1HBVA

A check on rational drug design. crystal structure of a complex of hiv-1 protease with a novel gamma-turn mimetic
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (acid protease)
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title A check on rational drug design: crystal structure of a complex of human immunodeficiency virus type 1 protease with a novel gamma-turn mimetic inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hbvA00
4CP7A 1CZIE 2I4DA 3EKPA 3GI0A 1KJGA 5P8GA 5IVRA 3EKWA 1D4LA 3HZCA 2BQVA 1W5XA 2WKZA 5P0IA 2NNKA 4L7HA 4MC2A 5DQ4A 4ZIPA 1B5FB 3NXEA 3IAWA 1HSGA 2NXDA 4Y5AA 5OZ1A 4Y5GA 1BVEA 2V12C 5P51A 5P7IA 2FGUA 2NTRA 5AH7A 5P0HA 2FGVA 3UTLA 5OYZA 2OHPA 3LPIA 3WB5A 1J71A 1FEJC 2HB3A 5F01A 3UDJA 5P3ZA 3MWSA 1W6HA 4HE9A 4PPHA 1UPJA 4HZTA 4RLDA 4APEA 3PWWA 2I4UA 2ZGAA 3VLAA 3OWNA 4D85A 4F75A 2WECA 4Y3EA 5DR1A 3OQFA 3UQRA 5OYVA 4DFGA 4EHCA 2I0DA 5P20A 4Z22A 5KQYA 1K2CA 3S56A 1B6MA 4OBZB 3QPJA 1Z8CA 3TKGA 4ZPGA 1ZSFA 1B5FA 2H6SA 5OZ5A 1LZQA 2R5PA 1BXOA 1ZP8A 3VLBA 5P29A 4Y4UA 3TKWA 5KAOA 5P55A 1META 5P8AA 4Z4XA 4Y5EA 3NDXA 3ZPTA 1SDUA 5HDVA 2WEDA 1XE6A 1DIFA 4B77A 2P3CA 5OYUA 5P6YA 4B0QA 3MSLA 3ZOVA 5P1AA 3CKPA 5P50A 5AHCA 3S85A 4EXGA 5ISJA 4GB2A 1RQ9A 4GJAA 4Y4JA 5JODA 4R93A 5P47A 4HVPA 5P61A 3LNKA 5P0LA 3PI5A 3GI6A 3D20A 5P2IA 2ZHRA 1NSOA 4Y45A 2UPJA 5KOQA 1ZPAA 5C9DA 2NPHA 2OHQA 1CPIA 2QZKA 3S45A 4K4PA 5P8HA 4ZSMA 2PSUA 5P19A 2R9BA 3BUHA 5P3SA 2ZJJA 5P6AA 4Y4GA 1FQ8A 1A30A 5KQFA 2BPYA 4B70A 4DJXA 2PMAA 4I1CA 5P2WA 4J0YA 1EPQE 1K1UA 4IVSA 5P3PA 4ZSQA 4AA8A 4GMIA 5P3AA 1MESA 2O4PA 4PEPA 4M8XA 2VA7A 4Y3YA 3VSXA 3OGPA 5P80A 3O9IA 5P6DA 4EQ0A 3VFAA 4EYRA 5P4CA 5P6TA 1IDBA 2VNNA 5P83A 3H5BA 3VFBA 5P6JA 5KOSA 3JVYA 4I0IA 1GVVA 5DR0A 3O9DA 2VNMA 4Y5BA 4EJLA 4Y53A 5CLMA 5P2SA 3VYEA 1YTGA 4PHVA 5KR0A 3OUBA 4HLAA 3QRVA 3FNUA 3ZLQA 3NU5A 3Q4BA 3LITA 2VIZA 5P8CA 3L38A 5JFPA 1K6TA 2Q5KA 3GI4A 5P3VA 2I4XA 5P0PA 1GKTA 1OEXA 4LXAA 3BXRA 2QNQA 1OHRA 4A4QA 4U7QA 3O9LB 2O4KA 3OK9A 3DCRA 1AXAA 1M4HA 5ER2E 1C6YA 3TL9A 1XN2A 4IVTA 2PWRA 2IDWA 5P11A 5P8RA 3INDA 2V13A 2IS0A 1ZTZA 2B60A 5P39A 2G1YA 1HXBA 2V16C 5P1TA 9HVPA 1HTEA 2P3BA 1W6IA 2PSVA 3L5DA 4Y4ZA 4MC1A 1G35A 4Y3QA 1NPWA 3SO9A 3Q6YA 4YBIA 5P7AA 4CPWA 5P00A 4Y48A 3ZPSA 1AZ5A 2AZBA 2ZJLA 1IBQA 1D4JA 2Q55A 4HDFA 2QI4A 2FIVA 5P86A 5P45A 4QJ2A 5P1YA 1HVLA 5P27A 5P2KA 3C9XA 5P3OA 1DPJA 1F34A 4DJOA 1LYBA 4I0ZA 1BWBA 2QD6A 1T7KA 4XKXA 2QZLA 5DQCA 5P6SA 4LXMA 2QD8A 3BHEA 4YCTA 1G6LA 3O9FA 4ZLSA 4Y35A 5P0WA 5P1ZA 4FRJA 5P3JA 5KR8A 4NJTA 5COKA 2WF3A 2G26A 1DP5A 1ZPKA 4FAFA 4APRE 5P4VA 5HD0A 1IVQA 3QS1A 1PROA 3N3IA 3Q70A 2PC0A 4J1HA 1KJHA 1EC1A 5P7YA 1UH8A 5P8SA 5P4HA 2IRZA 4YE3A 4ZPFA 3QRSA 1YTJA 4LC7A 3UF3A 3ZL7A 4Y3RA 2HS1A 1MT7A 5P2LA 5P43A 4FCOA 2V0ZC 3G70A 1BV9A 1SMEA 5P06A 4Y44A 1HBVA 3IXJA 2FXDA 3CKRA 2WF1A 1AVFA 5P6NA 6APRE 5P6FA 5UPJA 1HIIA 2WJOA 5P0XA 5P2YA 1M43A 5OZLA 2OHKA 3PLLA 3UDYA 1MTBA 5P3IA 3MXEA 4LHHA 2PYMA 2QHYA 5P5FA 5P4PA 5P5MA 5P5ZA 2AOHA 5P1KA 1K6VA 4LL3A 4UPJA 4ER4E 5OZEA 1B11A 4Y5PA 5P6BA 3F9QA 4Y41A 3UFNA 2J9KA 5P08A 3BRAA 3QAAA 2QI1A 3APPA 5OZAA 5P7GA 3OAGA 5P0SA 3URLA 5P7XA 3ZKGA 3OQ7A 3RTHA 3QI1A 3PLDA 1PPLE 3NUOA 1CMSA 2V10C 1GNMA 1KJ7A 5P6PA 5P81A 1T6EX 1HWRA 5P48A 2FS4A 3UPJA 4DJQA 5BRYA 5P8NA 1EBKC 3VV8A 2AOEA 4I8WA 5P6WA 3OOZA 4CPTA 3KDDA 4Y9WA 5P2ZA 4Y3HA 5P4AA 3IXKA 2G1NA 3CMSA 4E43A 3NDWA 2B8LA 5P5LA 1TW7A 4Y4XA 5OZ3A 1YX9A 5DR7A 4Q1WA 5P0ZA 2QU3A 3EL9A 5P2JA 4GJCA 3EKTA 4QJ9A 4BFDA 1PSAA 5OZKA 2VJ7A 4CPQA 4DJUA 1FQ4A 2Z54A 1MT9A 3OUDB 5P84A 5P7PA 3TPJA 1MSMA 4JOOA 3SKFA 2O4SA 4FM7A 3HVPA 5DR8A 5P22A 4H3JA 3VCMA 1FB7A 4QGIA 1ODWA 4YA8A 4DQFA 4EP3A 5P58A 5P4QA 1LV1A 4ER1E 5IVTA 5P7HA 3UDHA 5ENKA 4LP9A 5P07A 4ZEAA 5P78A 4Y47A 4Y4BA 5IS4A 4FM6A 5P7NA 4K8SA 2F3KA 4YDGA 5P0DA 2G24A 2VIJA 4L7JA 3KFRA 5P8FA 1FG8C 2ZE1A 3SM1A 4FRKA 3GGAA 3D1XA 5P3NA 5P25A 4RCEA 5P0CA 2P3DA 5OZPA 1IIQA 5P1MA 1PSNA 5HDXA 5P6CA 5P59A 1YTHA 3UDMA 3NWQA 3CKTA 4I0FA 4Y3FA 5P7ZA 3HW1A 4Y6MA 2Q3KA 2G27A 3PBDA 4Q5MA 5P36A 2F8GA 3CIDA 5OZ9A 1HVHA 3INFA 5P6IA 4LXKA 5P6KA 3IVHA 2QMDA 1QBSA 1A9MA 1HHPA 1Z1RA 4J1IA 5P3BA 5P70A 3O9EA 4MC9A 5PEPA 4OBDA 5P49A 1RL8A 3WZ7A 2WF4A 2F81A 4KB9A 1DW6C 3SA5A 5OYWA 4TVHA 2ZDZA 5P69A 2QNNA 3INEA 1SIPA 3R0YA 3FSMA 4DH6A 5P66A 2O4NA 4RROA 5P76A 5P8MA 2FMBA 2QI6A 2RMPA 2QI7A 1W50A 5P2RA 1ENTE 1HTGA 5P1HA 5P1OA 4B72A 4S1GA 5P73A 3UDQA 2QI5A 2PQZA 3Q3TA 1GNNA 4B1DA 4ACUA 3OOTA 5I3YA 1ZAPA 3LIQA 4M8YA 5APRE 5P0FA 2Q64A 1SBGA 4OBGA 5P44A 2XFJA 4DQGA 2AZ9A 3VF3A 3KDCA 1XS7D 4RVXA 5P38A 3T7QA 2O4LA 3VYFA 4DI2A 5SZ9A 1FQ6A 4YCKA 1AM5A 1E82E 1EC3A 1RPIA 4TRYA 4H3IA 4Y38A 4OBKA 4QLHA 5P0EA 4U8WA 5P7UA 4NPUA 1GVUA 2ZYEA 2QNPA 1EPRE 5P3HA 1D4HA 1HOSA 1F7AA 1OD1A 5OZ0A 4FE6A 5KQXA 2NR6A 5DPZA 4I8ZA 4J0VA 3IVIA 3OXWA 5OZTA 5TOLA 2OHTA 2UXZA 3R0WA 2HB4A 5ENMA 4GJ9A 1MVPA 4ACXA 4GIDA 2HPEA 2VIYA 4RYCA 4DJRA 4ZSRA 1W5YA 4XX3A 3NLSA 3EM4A 5P82A 3APRE 3QROA 1EPOE 5P87A 3PVKA 4ZPEA 4Y3WA 4FIVA 4B78A 2G1OA 3T6IA 5P6UA 5P8TA 3LIVA 5P4RA 4J1EA 1EBWA 5P4ZA 4GJ5A 2QZWA 3TPLA 2G94A 4Y54A 3PRSA 4H3GA 5P0RA 5ISKA 4PZWA 4YDFA 5P1WA 3EL4A 5P7FA 1HPSA 3TOGA 4NKKA 5P4NA 5P0OA 3WZ6A 3NU6A 3EM6A 4I0GA 2VKMA 4EJ8A 1SGZA 2OHLA 1APUE 5AH6A 3BUFA 2IENA 4Y5KA 5P8DA 2R38A 3I2LA 3K5FA 5P8PA 2QU2A 5P6ZA 2AOCA 4Q1XA 5P75A 3UQXA 3SA8A 5P1NA 3HAUA 1BDLA 2HB2A 4RRNA 4Y5MA 5SY3A 1QBRA 3DK1A 3QVIA 5P7DA 5P0BA 4I0DA 3I7EA 5SXNA 5OZWA 3NUJA 3BUGA 4HDPA 3VF5A 2NMYA 3L3AA 2QI3A 3OTYA 5P77A 4RCDA 5B18A 5OZMA 4AUCA 5OZRA 4OBZA 2O40A 3LZVA 1TSUA 4R8YA 4J0ZA 1EC0A 3U6AA 3BC4A 2RKGA 5HVPA 3KMYA 3ZKIA 1HSIA 7UPJA 6FIVA 3OADB 2RSPA 2OHNA 4FSLA 4FRSA 5P1VA 3UQUA 5P24A 4Y58A 3BVBA 2A1EA 3SM2A 2VA6A 3EL0A 3OQAA 4Y56A 2F3EA 1B6LA 1VIKA 4JPCA 5P7MA 5P5VA 2BKTA 3NU3A 4OC6B 4ZE6A 1SIVA 5OYTA 5OZUA 3DV5A 5ER1E 1PPKE 1HVKA 5P6QA 3HAWA 4YD3A 4J17A 2QMGA 4JPEA 5OZ6A 3UDNA 3KF0A 3K5GA 3O9GA 3GW5A 2WL0A 4KE0A 1LYAB 1EPPE 5JFUA 4Q1YA 2H6TA 5AHAA 3K4VA 2I4VA 3SABA 3QN8A 1A8KA 4YHQA 4CMSA 1TCWA 1APTE 4DQCA 3OADA 2PWCA 3O99A 1HVCA 5OYQA 3OHFA 2F3FA 5P28A 3ZKXA 3QRMA 1FFFC 1OEWA 3KFNA 3FNSA 3LPKA 4I0EA 3LIXA 2XFKA 2G1RA 1HVSA 5P15A 1IZIA 3OU1B 2QMFA 4KUPA 5P7JA 2G22A 2WEZA 4NPTA 4RZ1A 5P4JA 1SDTA 1LYAA 3LINA 1E81E 5P4FA 5OYRA 2WHHA 5P4UA 4Y4WA 1FGCC 4X2LA 1MIQA 1IZDA 3DCKA 2QAKA 1LF3A 2EWYA 1MERA 5P3EA 1YG9A 1ODYA 2AVSA 3VV7A 1K6PA 3DM6A 5P52A 4CPSA 3SA4A 5P4YA 1LYWB 5P74A 3U71A 3CYXA 4NJVA 3VYDA 4YD4A 1BBSA 2FDEA 1HTRB 3O9LA 3GGXA 5HCOA 5P7LA 5P3QA 5P3YA 1FQXA 1QRPE 2OHUA 3FNTA 5P5RA 1NPVA 5P12A 4RVJA 3B7VA 4RYGA 5EZZA 5P2UA 5P42A 5P2QA 5P2VA 4EJDA 1XE5A 5P40A 1HPOA 3T3CA 5HDZA 3PEPA 2CEJA 4Z50A 5P89A 4I0JA 5P6XA 4XX4A 5P10A 4I10A 4Y50A 3OQKA 1QBUA 4YD5A 5OZHA 3OUCA 5P5AA 5P41A 1RNEA 5P2CA 4DJPA 5HU0A 1QBTA 5AH8A 2R3WA 3JW2A 3JVWA 5KR2A 4A6BA 3RTMA 3OU4B 5P4WA 5OYSA 2BBBA 2B7ZA 3EKVA 1FMBA 1HEFE 4Y3NA 1B6PA 3QP0A 4L6BA 1BILA 3NU9A 5P68A 2QHZA 1ER8E 5P57A 3OY4A 2ASIA 1D4KA 3PGIA 2IL2A 5E5JA 4Y5NA 3LIZA 1C6XA 5P65A 1HVIA 5P4OA 2V00A 1AAQA 5OZXA 1BIMA 4EP2A 5CONA 1XL5A 2Q63A 1T7IA 5OZZA 3NDTA 1AJVA 5P8BA 4YCYA 5P02A 2NNPA 1YT9A 4A6CA 4YOBA 1IDAA 2AZCA 5P3XA 3ZKMA 5OZFA 3HBOA 3IXOA 1KJ4A 5P1RA 2ZHVA 3EKXA 3K5CA 2B42A 4Y3MA 5I3XA 3CICA 3RSVA 2G21A 2XYEA 3TNEA 5P63A 5FIVA 4GJBA 3FKTA 5P5HA 3RTNA 2P3AA 4I12A 4Y3JA 4BFBA 2ZJMA 3S7MA 5P3RA 3PSYA 4J1FA 4RCFA 2AZ8A 3URJA 3ZPUA 3TH9A 5DGUA 2HC0A 5HE7A 5P1BA 3RSXA 5P54A 5P8EA 3TTPA 2QCIA 1YM4A 1EC2A 5T4SA 1QS8A 5DR4A 3TOFA 2B7FA 1HTFA 1W5WA 5AH9A 3L58A 5P5WA 5P1LA 3PHVA 5P03A 5P04A 5P7RA 5P5UA 2VJ9A 3RVIA 3R4BA 5P35A 5P4XA 3SACA 5KR1A 3S43B 3PJ6A 3NWXA 4RRSA 5P5XA 3S8IA 3MSJA 5P3LA 3LZUA 4GJ7A 5P3FA 1EBYA 4EWOA 2RKFA 5P26A 3DOXA 3QBFA 5P0TA 4Y4AA 2WF0A 3T11A 5HTZA 5P30A 3L5BA 1BWAA 1B6KA 4YOAA 2XFIA 4DJVA 2BPWA 3SA3A 2QK5A 5HE5A 5P0VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CP7 A;  1CZI E;  2I4D A;  3EKP A;  3GI0 A;  1KJG A;  5P8G A;  5IVR A;  3EKW A;  1D4L A;  3HZC A;  2BQV A;  1W5X A;  2WKZ A;  5P0I A;  2NNK A;  4L7H A;  4MC2 A;  5DQ4 A;  4ZIP A;  1B5F B;  3NXE A;  3IAW A;  1HSG A;  2NXD A;  4Y5A A;  5OZ1 A;  4Y5G A;  1BVE A;  2V12 C;  5P51 A;  5P7I A;  2FGU A;  2NTR A;  5AH7 A;  5P0H A;  2FGV A;  3UTL A;  5OYZ A;  2OHP A;  3LPI A;  3WB5 A;  1J71 A;  1FEJ C;  2HB3 A;  5F01 A;  3UDJ A;  5P3Z A;  3MWS A;  1W6H A;  4HE9 A;  4PPH A;  1UPJ A;  4HZT A;  4RLD A;  4APE A;  3PWW A;  2I4U A;  2ZGA A;  3VLA A;  3OWN A;  4D85 A;  4F75 A;  2WEC A;  4Y3E A;  5DR1 A;  3OQF A;  3UQR A;  5OYV A;  4DFG A;  4EHC A;  2I0D A;  5P20 A;  4Z22 A;  5KQY A;  1K2C A;  3S56 A;  1B6M A;  4OBZ B;  3QPJ A;  1Z8C A;  3TKG A;  4ZPG A;  1ZSF A;  1B5F A;  2H6S A;  5OZ5 A;  1LZQ A;  2R5P A;  1BXO A;  1ZP8 A;  3VLB A;  5P29 A;  4Y4U A;  3TKW A;  5KAO A;  5P55 A;  1MET A;  5P8A A;  4Z4X A;  4Y5E A;  3NDX A;  3ZPT A;  1SDU A;  5HDV A;  2WED A;  1XE6 A;  1DIF A;  4B77 A;  2P3C A;  5OYU A;  5P6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3KM4 A;  5P7E A;  5P7W A;  3OXX A;  3UFL A;  1NH0 A;  5COP A;  1HSH A;  4OBJ A;  1K2B A;  4Y3L A;  5I3W A;  5P13 A;  1A94 A;  5P6E A;  4Y5C A;  5P88 A;  2AOG A;  1GVX A;  3ER3 E;  5DR3 A;  3OQD A;  4K4R A;  2R5Q A;  5P8L A;  5P5J A;  1BDR A;  3WSJ A;  3HDK A;  5P5T A;  2G20 A;  5P3C A;  5P8Q A;  2JE4 A;  2IKU A;  4NJU A;  3L59 A;  5OZG A;  1IVP A;  5J25 A;  4Y4D A;  3CYW A;  2Q15 A;  3L5E A;  1DAZ C;  5I3V A;  4QJ6 A;  2CEM A;  4Y3A A;  2QMP A;  2OF0 A;  5P34 A;  1MUI A;  3VSW A;  3QIH A;  3LPJ A;  5OZJ A;  5P6G A;  5P6R A;  5P5P A;  5P60 A;  2Z4O A;  2IEO A;  3TLH A;  3OXV A;  4JEC A;  5IVS A;  3DJK A;  4Y3T A;  5P8V A;  3O9H A;  2CEN A;  3D3T A;  5P5I A;  5P4G A;  2IGX A;  2PK5 A;  3BVA A;  4B05 A;  5P0M A;  3LHG A;  5P4K A;  2R43 A;  4DPI A;  3FIV A;  3SPK A;  3S43 A;  5OZ8 A;  5P37 A;  2ER9 E;  2AOJ A;  5P7C A;  3GGU A;  3O9B A;  5P1I A;  4DJY A;  4FGX A;  2G1S A;  4J5J A;  1ZBG A;  2R8N A;  3TOH A;  5P4D A;  2P4J A;  3N4L A;  5OZY A;  3ER5 E;  5P2D A;  5P5N A;  2VJ6 A;  3S7L A;  6UPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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