1HC0A

Structure of lysozyme with periodate
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Regular Arrangement of Periodates Bound to Lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1hc0A00
4B1AA 1C7PA 5KXRA 1D0LA 1LSEA 1CJ8A 1VEDA 1LJJA 1LMOA 1FLWA 1GF9A 1IX0A 1JTOL 1ZV5L 3AJNA 2N5ZA 4NGLA 3AZ4A 3WPKA 4CHXA 2HEBA 5LYZA 4YENA 9LYZA 3TMXA 1B0DA 4UWNA 4W96A 1DKJA 1NDGC 3A3RX 1WQPA 4GN3A 4NHIA 2BQHA 3TXBA 1B5ZA 4EMNA 1JITA 4NGJA 3AB6A 1LZGA 1LJHA 1JUGA 1IWTA 1LSBA 5L3IA 1REZA 2AUBA 3KAMA 3TXKA 1GDWA 5II3A 4XJDA 1GBYA 5KXWA 3W3EA 4DT3A 4WM3A 1QIOA 1BHZA 1LPIA 1YAMA 4TX7A 3A3QA 4WLYA 4H8YA 2NWDX 4NGOA 5FCPA 4N5RA 1W08A 3EMSA 1IP1A 1IOCA 2CJLA 1TDYA 1EQ5A 1JWRA 5JENB 4NGZA 4Z41A 5HNCA 1B7OA 2W1LA 5APCA 5KKIA 1GFTA 4Z3MA 4MCKA 1GEZA 1HSWA 6LYZA 4BS7A 1GPQC 3IJVA 5IELA 5DN4A 2D4KA 3W6EA 4OOOA 1GE1A 2DBTA 5E4PA 1YL1X 4ETCA 1DI3A 1EL1A 4PRUA 1RCMA 4KL7A 5J7CA 4YF2A 1XSFA 3CB7A 1UICA 4NSJA 5LA5A 4NG1A 1FBIX 2Q0MX 3TXFA 1DKKA 2I6ZA 5KXZA 5B05A 3M3UA 1UIHA 135LA 4LYZA 3G3AB 1J1PY 4GLAA 2IHLA 3AYQA 1D0KA 1IWXA 1LJ3A 4N1CC 207LA 3MGWA 3N9EA 4LT1A 5LVHA 1HNLA 4YEMA 2DQDY 4DDCA 4ETEA 1GE2A 1LKRA 1B7NA 2D4IA 1B7RA 1HEWA 1HEOA 1LSDA 1LZYA 1UACY 1XGUC 3LHMA 3P68A 4AGAA 1CJ6A 5B1FA 1ZMYL 5APFA 3EBAB 4TSBA 3A67Y 1UBZA 3LYMA 2MEIA 3WVYA 3ZVQA 1NMMA 2DKVA 2Y8PA 1B5XA 1GFVA 2BQDA 1HEPA 2LYMA 2MEBA 4KXIA 1YQVY 1JTTL 3A6BY 3OK0A 1WQMA 2HUBA 4KT3A 4IJ4A 2YVBA 5B59A 1E8LA 5LINA 4QDNA 2LYOA 2LHMA 1JPOA 4NSGA 1OUFA 1FKQA 4NSHA 1AZFA 4O34A 1YAPA 3SP3A 4RW1A 2PC2A 4OWAA 4M4OA 5HNLA 4BAFA 4DD7A 4P2EA 5F16A 1GB5A 4H9FA 2YBJA 4HTKA 1D6PA 1B5YA 1TBYA 1NHEA 3CT0A 1JKDA 3N9AA 3WU9A 4CJ2A 5KXXA 1G7IC 8LYZA 5KJ9A 1G7LC 1D9UA 2BPUA 2MEEA 1IEEA 1LSMA 1OP9B 5I4YA 3A8ZA 4XENA 1JHLA 193LA 4HSFA 1B2KA 1IP7A 1FDLY 1LYYA 4WM1A 1SQ2L 1KIQC 2XTHA 4C5FA 1HEQA 1VDTA 1GF4A 1XGTC 4WLTA 1OUDA 1LZ6A 1OUCA 4PRQA 5A3EA 3W6BA 4ANRA 3FI7A 1LKSA 4H8ZA 5I4XA 2W1MA 1FN5A 3GXKA 1LJNA 4YEOA 3LYOA 5FELA 4NGWA 1FLYA 4YM8A 2BQLA 1RJCB 4NWEA 1YL0X 4B0DA 3AZ5A 5E9RA 1WQNA 1YKXX 3QE8A 5F9UA 1B5WA 3A95A 4B4JA 3CSQA 1NBZC 4NWHA 3RU5A 5ILCA 1LSCA 4FDYA 4FJRA 1WVUA 1GFEA 2I25L 1REXA 6LYTA 1GFKA 4PPOA 1GE4A 1QUSA 1IOTA 4NHPA 4CFOA 4NGVA 1YKYX 3LZTA 4OWEA 3WUMA 1XEJA 1BVKC 1GF5A 4ETDA 3ZEKA 4WLDA 1CKCA 1WQRA 4LGKA 4DD3A 1GAZA 3ZVQB 4TSCA 1XGQC 2D4JA 2HEEA 1HENA 4NFVA 5HMJA 1LTMA 1OUIA 3CT1A 1QQYA 1UIEA 2H5ZA 1LMQA 2LYZA 4UWUA 1UIBA 1HELA 5I53A 1XEKA 1BGIA 2ZNWY 1OUAA 2H9KA 3TXJA 1T6VL 4DDAA 1JSFA 4NIJA 1IP6A 1G7JC 1AT6A 4DWXA 3AGHA 3P65A 1C08C 1LZNA 3LZ2A 1NQIA 4EOFA 2BQBA 4ET8A 2YSSC 1IO5A 1C46A 1A4VA 3A90A 3AGIA 4DD9A 3IWRA 1CKFA 1DQJC 4H9CA 4QY9A 4X3BA 4XJIA 4DDBA 1LJIA 5DLAA 1LSYA 4LYMA 1GFAA 5HQ1A 1LCNA 1INUA 5KKJA 1B7LA 1GHLA 1LZEA 5LVKA 1YIKA 3QNGA 1OUBA 1LZAA 5IHGA 1IC7Y 1JSEA 2ZQ3A 3WU7A 134LA 1QTKA 2ZILA 1IWVA 4N8ZA 5I5QA 1VATA 1LZBA 1ZVYB 4GLVA 1JISA 2FBDA 4H92A 1QDTA 1HFZA 1GF8A 1VDSA 1Z55A 2Z2EA 4H9AA 2A7FA 1G7HC 1LZSA 2ZYCA 1F6RA 4IATA 4YOPA 2HEDA 154LA 1LZDA 4GCBA 5F9XA 3CT5A 4KPMA 4XYYA 2MEGA 2BQEA 1GBSA 1LSNA 4H93A 4OW1A 4DD2A 1HERA 1YILA 3TXGA 1BB3A 1DPXA 1N4FA 1OUHA 1JKCA 4N9RA 2XBRA 4ZIXA 4GN4A 4ETBA 2A7DA 5KXKA 1BVXA 2DQGY 3RNXA 4E3UA 1GBXA 3CSZA 4WG7A 1KIRC 2DQIY 1F6SA 3A6CY 1GE3A 1OUGA 2BQJA 3K3TA 4H91A 5HLLA 1HHLA 3A94A 1LAAA 5M1YA 2FYDA 4H1PA 4LFXA 4ET9A 4ETAA 1F0WA 1GFRA 1LHMA 1VFBC 1B7SA 1YROA 2YBLA 5LYTA 4Z46A 5LXWA 1DPWA 5B07A 4H8XA 1YKZX 3B0KA 1AT5A 4B4IA 4II8A 5F81A 5K7OA 1GBWA 1GF0A 2GV0A 2I26L 3LYZA 5D5FA 2BQFA 1CKDA 1ALCA 1LJ4A 3N9CA 2Z39A 4TUNA 1RFPA 1IWWA 1HFYA 3B6LA 4WLXA 3W6CA 2HTXA 1LYOA 3EXDA 4WM6A 3M18B 2HEAA 1CKGA 4HJZA 4N1EI 1LMNA 4D9ZA 7LYZA 208LA 1PS5A 4Z98A 1UC0A 1OQMA 3TXEA 3W6DA 2C8PA 5D5CA 1LJKA 3TXHA 1XFPL 2BLXA 1TEWA 2BLYA 1H6MA 2EKSC 2MECA 4XJFA 1GBZA 5APEA 1HF4A 1WQQA 1JKAA 5LAGA 4H9BA 4NSIA 4XADA 4DD0A 5I54A 1IP4A 1HMKA 4WG1A 4WOAA 2VB1A 2ZYPA 5KXSA 3TXDA 5C6LA 4G49A 4TWSA 1WVVA 3IJUA 1GB7A 1GE0A 3WPLA 132LA 1B9OA 4NY5A 2F2NA 4PHIA 3WULA 4BAPA 2DQCY 1GFHA 1NKHA 1GEVA 1LYSA 4RDSA 3W6FA 4G4HA 4J1BA 3RT5X 1LMPA 3WXUA 3F6ZA 3ULRA 3TXIA 4RLMA 1A2YC 1HEMA 1WTNA 4J7VA 4LT3A 5KXTA 4WM2A 2CDSA 4DC4A 5LVJA 3CSRA 4TTDA 2W1XA 3HBHA 3T6UA 1B5UA 3ATNA 3CQLA 1GD6A 1MLCE 1LZTA 1LJGA 4WL7A 1LZCA 1GFJA 2CWIA 1WQOA 2B5ZA 1GWDA 1LMCA 3HBDA 5DM9A 1GAYA 1NBYC 4OWCA 1I56A 3E3DA 1V7SA 3LN2A 4NHQA 2MEHA 3WUAA 1NWGA 2C8OA 2MEAA 3J6KA 2XJWA 4WM5A 1IP2A 1LHHA 1IR7A 1LSAA 2F4GA 3AZ7A 1GF3A 2BQOA 1KXXA 5F14A 4NGKA 1OUEA 1YAQA 2FBBA 4RW2A 1B7PA 2F30A 1UA6Y 2EPEA 2ZIKA 4HJVA 4NGYA 2F4AA 1CKHA 2XBSA 4LT2A 4LT0A 3WW6A 1LSZA 2RSCA 1JEFA 3FE0A 1WTMA 1LHIA 2HU3A 2HECA 4ML7A 4BADA 4XJGA 1NDMC 2ZWBA 4OWHA 1J1XY 1LJFA 1LMTA 4HP0A 1IOSA 1XGRC 2HEFA 4HTQA 1QTEA 2W1YA 1QUTA 1JKBA 1UIAA 1BB4A 3ATOA 4W94A 4QGZA 1DI5A 1VDPA 2YBNA 1IOQA 4GCFA 3WUNA 5KXMA 1UIDA 3GXRA 4LYOA 2BQKA 5B06A 4ZEEA 3D9AC 4B49A 4WO9A 5C6IA 2LZ2A 1GF6A 2EIZC 5ILFA 4WMGA 4MR1A 4HPIA 1LZ4A 2YBIA 3TMVA 133LA 1IC5Y 1P2CC 3AW7A 1GB0A 1HFXA 1V7TA 1LHKA 2Z38A 4HV2A 4L41A 4QEQA 1MELL 4B4EA 1JIYA 1QDRA 3LYTA 5LVIA 1LSPA 1GB6A 1GFUA 1T3PA 2WARA 2MEDA 1UUZC 3A93A 4G4CA 4H94A 4J1AA 4NHSA 5FEKA 5LA8A 1LMAA 4A7DA 4PJ2C 4H9IA 2Z19A 5APDA 4CFPA 1IVMA 1AKIA 1JJ3A 3AZ6A 4XJBA 1GB3A 1IR8A 4R6CA 2MEFA 5A3ZA 2YBHA 2Z12A 2ZQ4A 1AM7A 5KY1A 1LZRA 1IC4Y 3RZ4A 4M6DA 1B7MA 1RE2A 5LYMA 1SLYA 1C45A 3WH1A 1EQ4A 4GCDA 4UWVA 5AMYA 3RW8A 4MSTA 4NHTA 4LYTA 3B0IA 1GXXA 1YANA 2ZNXY 1TCYA 1LYZA 1YAOA 3P66A 4NG8A 3QY4A 4WM4A 5KXNA 3WVXA 5KXLA 1CJ9A 1DXJA 1FLUA 3WMKA 1IWZA 2DQEY 5I4WA 1GB2A 3B72A 1XEIA 3D3DA 2DQAA 5KXPA 2BQIA 4AXTA 4XJHA 4XN6A 4ZFPA 1JJ1A 1D0MA 1LSGA 1KXYA 2H9JA 1IP3A 1LJEA 5FHWA 1F10A 1BQLY 2G4NA 3WU8A 2ZIJA 5FSTA 1BB6A 1IR9A 2DQHY 4DYGA 1FKVA 1JTPL 1RI8B 1IY3A 1KXWA 1LOZA 1C10A 4RLNA 1LHJA 1HC0A 1XGPC 4NGIA 3B0OA 4H9HA 3P64A 2CGIA 2LZTA 2FYCA 4DD1A 1BB5A 2Z2FA 2G4PA 4WL6A 1PZYA 2BAAA 4G4BA 1GF7A 2X0AA 1H87A 2D6BA 4WO6A 2BQMA 1B5VA 1UIFA 4IASA 3EO5A 1GB9A 4H9EA 5C6JA 1LHLA 4LFPA 3AGGG 1FLQA 5IDDA 3WXTA 3A96A 3J4GA 4I0CA 4NEBA 3BKHA 5L3HA 3TMUA 1NF5A 1QSWA 4I8SA 2IFFY 3TMWA 5L9JA 1BWIA 1DI4A 5LVGA 4G9SA 1G7MC 1KIPC 1LZ5A 4GCEA 3VWOA 1QSAA 1ZVHL 4LYBA 2Z37A 3WYHA 1O23A 5B1GA 5LIOA 2BQCA 3W6AA 4J0LA 5DL9A 1REYA 4C3WA 1IIZA 153LA 5KXOA 3WL2A 2BQAA 4GN5C 2DQJY 3AW6A 1JJ0A 3HFMY 3BKVA 4OOTA 4HPEA 1UIGA 1GBOA 1GDXA 4GCCA 4OWBA 5DN5A 1BB7A 5HMVA 1GFGA 2G4QA 4HV1A 5FDJA 2HU1A 1GB8A 1LZ1A 194LA 1I20A 2D91A 5T3FA 3T36A 1J1OY 2YDGA 2Z18A 1IP5A 4R0FA 4HTNA 3A91A 1LSFA 3WPJA 1REMA 1IWYA 1OUJA 4U3XB 1HMLA 3A92A 1IORA 1VAUA 1D6QA 1DZBX 1BWHA 4N0JA 1CJ7A 4PGJB 5EBHA 5LAFA 3G3BB 1BWJA 2BQGA 2BQNA 2DQFC 4LYCA 1VDQA 1GXV2 1CNSA 4H90A 1HSXA 1I1ZA 5KXYA 2YBMA 3A34A 1B7QA 1UCOA 1IY4A 4CGEA 3P4ZA 3WW5A 3HBEX 4HJYA 1IWUA 1EQEA 1TAYA 1LZ8A 1C43A 4LZTA 3OJPA 2EQLA 1LZ9A 1W6ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L73A 1L50A 4B1AA 216LA 3OE9A 1GF9A 1ZV5L 4NGLA 4CHXA 1G07A 5LYZA 3TMXA 4UWNA 3SB9A 139LA 3F9LA 1NDGC 260LA 242LA 1LZGA 1IWTA 3KAMA 4YXAC 3FADA 4WM3A 2NWDX 1IOCA 2CJLA 1TDYA 1EQ5A 1JWRA 5HNCA 5APCA 1L97A 1OVHA 1CV5A 5IELA 2D4KA 4OOOA 1GE1A 2ANVA 1UICA 126LA 2F47A 3TXFA 1J1PY 2IHLA 4ARQB 2B7XA 3MGWA 4LT1A 5LVHA 3GUMA 2DQDY 189LA 1LKRA 1B7NA 1UACY 3P68A 1CJ6A 1ZMYL 3EBAB 1C6LA 3A67Y 3LYMA 1L27A 1L91A 2HUBA 5B59A 1E8LA 5LINA 3CDRA 1D3NA 4NSGA 1AZFA 172LA 1L70A 4DD7A 5F16A 2YBJA 3WU9A 1B5YA 1TBYA 3N9AA 5KJ9A 1L59A 1G7LC 2BPUA 1L55A 2MEEA 1LSMA 2B70A 3A8ZA 4XENA 4HSFA 1SQ2L 1L46A 1CUQA 1L63A 1KIQC 1LLHA 4WLTA 5A3EA 3W6BA 5I4XA 4H8ZA 3GXKA 4YEOA 1LJNA 5FELA 4NWEA 231LA 186LA 3GUKA 3QE8A 4B4JA 4NWHA 1GFEA 1L66A 236LA 4OWEA 1YKYX 1QS9A 4LGKA 1GAZA 129LA 1D2WA 2D4JA 3CT1A 1UIEA 2LYZA 3SBAA 1L14A 2ZNWY 1OUAA 2H9KA 2B72A 4DKLA 1IP6A 1XEPA 3GUPA 4ET8A 2YSSC 4DD9A 1L26A 178LA 1L03A 3HU9A 2OEAX 1GFAA 1LCNA 1L13A 5LVKA 1OUBA 2HUMA 1SX2A 3WU7A 1L36A 134LA 1QTKA 1IWVA 4N8ZA 1VATA 4H92A 158LA 1NHBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B1A A;  1C7P A;  5KXR A;  1D0L A;  1LSE A;  1CJ8 A;  1VED A;  1LJJ A;  1LMO A;  1FLW A;  1GF9 A;  1IX0 A;  1JTO L;  1ZV5 L;  3AJN A;  2N5Z A;  4NGL A;  3AZ4 A;  3WPK A;  4CHX A;  2HEB A;  5LYZ A;  4YEN A;  9LYZ A;  3TMX A;  1B0D A;  4UWN A;  4W96 A;  1DKJ A;  1NDG C;  3A3R X;  1WQP A;  4GN3 A;  4NHI A;  2BQH A;  3TXB A;  1B5Z A;  4EMN A;  1JIT A;  4NGJ A;  3AB6 A;  1LZG A;  1LJH A;  1JUG A;  1IWT A;  1LSB A;  5L3I A;  1REZ A;  2AUB A;  3KAM A;  3TXK A;  1GDW A;  5II3 A;  4XJD A;  1GBY A;  5KXW A;  3W3E A;  4DT3 A;  4WM3 A;  1QIO A;  1BHZ A;  1LPI A;  1YAM A;  4TX7 A;  3A3Q A;  4WLY A;  4H8Y A;  2NWD X;  4NGO A;  5FCP A;  4N5R A;  1W08 A;  3EMS A;  1IP1 A;  1IOC A;  2CJL A;  1TDY A;  1EQ5 A;  1JWR A;  5JEN B;  4NGZ A;  4Z41 A;  5HNC A;  1B7O A;  2W1L A;  5APC A;  5KKI A;  1GFT A;  4Z3M A;  4MCK A;  1GEZ A;  1HSW A;  6LYZ A;  4BS7 A;  1GPQ C;  3IJV A;  5IEL A;  5DN4 A;  2D4K A;  3W6E A;  4OOO A;  1GE1 A;  2DBT A;  5E4P A;  1YL1 X;  4ETC A;  1DI3 A;  1EL1 A;  4PRU A;  1RCM A;  4KL7 A;  5J7C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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