1HHPA

The three-dimensional structure of the aspartyl protease from the hiv-1 isolate bru
Total Genus 12
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
12
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
molecule keywords UNLIGANDED HIV-1 PROTEASE
publication title The three-dimensional structure of the aspartyl protease from the HIV-1 isolate BRU.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 12
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1992-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hhpA00
4DJWA 5DQ2A 4I0FA 3UDNA 4YD5A 5HE5A 5P5QA 3OGPA 2QI7A 2ZJKA 3EBZA 3PLLA 3Q5HA 2R3WA 4FCOA 4KUPA 3VF3A 1GVXA 2PK6A 4Y3AA 4JECA 5P1IA 1RV7A 2BPZA 2WEAA 4CPTA 4Z4XA 3EC0A 4GIDA 5KOQA 1D4IA 3OHFA 4LAPA 4Y4XA 5P60A 4EP2A 1B6KA 1E5OE 5PEPA 1HPOA 4FM7A 3KDDA 1HWRA 5P56A 2P8HA 4Y3QA 3NUOA 1MSNA 5P1OA 5HDZA 5OYYA 3RTHA 1FG6C 5OZ8A 3ER3E 1AIDA 5P1TA 4YDFA 2OHSA 4IVTA 4X7IA 4APRE 2XFJA 4YOBA 3SACA 4EQ0A 4U8WA 2FIVA 2WF0A 5P04A 4EJLA 3BVAA 3SLZA 5P6RA 2G1OA 3FKTA 3LPKA 4Y57A 2BB9A 4FLGA 1K2BA 1BWBA 3OU1A 4ER4E 4AA8A 5P7EA 1QBUA 5COOA 2J9KA 3RSXA 5AGZA 4DQCA 4Y4ZA 4Y5KA 5P5IA 4Y4GA 1A8GA 1Z1HA 1PPLE 4RRSA 2HAHA 1PSOE 5P1WA 4RVXA 2PMAA 2O4PA 1BWAA 2VJ9A 3MSJA 5P0FA 3T11A 3IVHA 1FQ4A 2WEDA 4GJ9A 3T7XA 4N00A 4B1EA 1MIQA 2AODA 4QGIA 1Z1RA 3HVGA 3NDWA 4L6BA 1OHRA 5P7MA 4ZPFA 5P02A 3FSMA 3G72A 5P39A 3SM1A 5P1SA 5P4OA 5P5ZA 3OADA 2QNNA 1G2KA 2QI0A 1T3RA 5JFUA 3B80A 3N4LA 2A4FA 4J17A 1B6JA 1SIPA 4OBHA 4Y50A 3UFLA 5P5HA 3PSYA 3UDJA 5P8UA 2HM1A 3OAGB 2ZHRA 4NJTA 4Y3SA 4FIVA 3PJ6A 4DJXA 5P0PA 1ME6A 2Q55A 3KDCA 2I4VA 4B1CA 5P7DA 1EEDP 1BAIA 2O4SA 2V12C 4Y5CA 5P01A 4YCKA 5P18A 1LYBA 3OK9A 5OZAA 3VYFA 5P03A 3EKPA 5P8RA 1T6EX 2AQUA 5SY2A 3VFBA 4B77A 5E5JA 2QU2A 4DQFA 3SA4A 2FGVA 3URIA 2QP8A 5P4HA 3LPJA 1GVWA 4J0TA 3URLA 4ACXA 1ZPKA 1K2CA 1MSMA 3EM6A 1VIJA 5P3VA 2Q64A 3QN8A 3EKWA 3DM6A 1HEGE 4Y5PA 1A8KA 1LYAB 1XE5A 2AOJA 3CKRA 4DJPA 1LYWB 1ZPAA 3DCKA 2HIZA 3QROA 2B42A 5P8IA 1VIKA 4Y4WA 5P1HA 1YTIA 4R95A 1IVQA 5P4SA 4DQBA 2RSPA 4DJVA 1ODXA 3O9LA 4GZFA 1IZDA 4OBKA 5P1ZA 2FXEA 5P14A 4Y44A 5P19A 1AAQA 5OZTA 1BIMA 3ZL7A 3GGXA 5P6UA 4Y48A 5P2EA 2UXZA 3BC4A 3FNTA 4DV9A 2RMPA 4Y4JA 1HTFA 4DJQA 1ZSRA 4ZEAA 4Y3HA 4QJAA 1E82E 1BXOA 5P3ZA 5APRE 3PWWA 1RPIA 4RVJA 4Y3TA 5EZZA 4HVPA 4R91A 4AUCA 3LNKA 1YTJA 2V11C 2F3EA 5SY3A 3QRSA 5P6FA 4B70A 2VJ7A 4Y9WA 1HXBA 4I8ZA 3VLBA 5P76A 2OHUA 1D4KA 5P0RA 1ODYA 3O9AA 3ZPUA 4CP7A 5P51A 5P11A 1G0VA 3GW5A 5P7CA 1E81E 8HVPA 2BPYA 4Y35A 5DR4A 5P0WA 5DQ5A 3SFCA 4EYRA 5P24A 1EPRE 2O4LA 2R38A 5P13A 5P28A 4DH6A 3B7VA 4HEGA 3OXWA 5P6LA 3TOFA 4CKUA 2WL0A 5P4YA 4HE9A 5P8MA 2I0AA 4AMTA 1M4HA 5P61A 3NU9A 2BPWA 4J54A 3LIQA 5P3WA 3BRAA 5P86A 4EQJA 1SP5A 3UQUA 1E80E 4FRIA 5OZGA 5P1PA 4Y54A 4I8WA 3LIXA 4I10A 5P7IA 5P4GA 5P7LA 5P5EA 5P5UA 3OAGA 5P84A 2WECA 1NPVA 4TRZA 4X2LA 5P3SA 4J1KA 4Y3JA 1HTRB 1B6MA 3DJKA 5P8EA 2AVOA 1FF0C 4PPHA 3TOHA 1MESA 5P6WA 1FG8C 4OBDA 5P27A 5P6ZA 3MSKA 5P5OA 1BBSA 1HPXA 1EBZA 3S54A 4RCDA 4ER2E 5P78A 2G24A 4APEA 5P2AA 2F81A 2Z4OA 3LINA 4GB2A 3PM4A 2WKZA 3SA7A 1LYAA 2B8LA 4DPIA 3SKFA 1LYWA 2JJJA 2HS1A 3DV5A 3PBDA 2QHYA 3AIDA 2CEMA 5P3EA 1TSQA 1U8GA 4RZ1A 4OC6A 1HTGA 3K5GA 5P7QA 3T6IA 5P2VA 4I0DA 1Q9PA 4EXGA 3KT2A 4EHCA 3D3TA 2V16C 3KA2A 2QD8A 4AA9A 4YBFA 1TW7A 3R1GB 2IS0A 1HVKA 3CIDA 4B0QA 5P3QA 5SXNA 2CENA 4EWOA 4Y47A 5ENMA 4ZSPA 2PYNA 5P1GA 4Y43A 5OZHA 1EPLE 4MC1A 3KFRA 2FXDA 1MPPA 5P09A 3KDBA 4J1FA 2NXLA 4TVGA 4CPWA 3SQFA 1SGZA 2QI4A 2AVQA 2V00A 3WB5A 5ER2E 4Q1XA 1IIQA 4Z22A 5HE7A 5P53A 3EKTA 5P2NA 1RL8A 5P35A 5P2YA 4I0IA 1IZEA 4CPSA 3CKPA 3BXSA 3K5DA 3RTMA 1SDVA 1DMPA 4Y36A 3LZYA 5DR3A 4D88A 1BILA 4YA8A 5AHCA 4B1DA 1B6PA 2ER9E 1PPKE 1SMEA 3OQAA 5P07A 5T4SA 3O9HA 1QBTA 5P0SA 5P2WA 5P0ZA 3KFSA 4R92A 3EL1A 2RENA 3K4VC 3UDRA 1MT9A 4OD9B 1FMBA 4ZPGA 1PSAA 2QMGA 4R8YA 4J55A 2AIDA 2NXDA 5I3WA 5OZRA 5P3CA 1IDBA 4S1GA 4Y4EA 1AZ5A 1FIVA 4NKKA 4LXMA 3LIVA 1EC2A 5P5DA 4K4QA 4K4PA 5P30A 3UCBA 5P3HA 4YDGA 4J0ZA 1HSHA 2IGYA 4DQEA 5P2SA 3TKGA 4HDFA 5AH6A 4I0EA 2F80A 2OHMA 3ZKQA 3ZOVA 1DP5A 3LZVA 3SO9A 5HTZA 3ST5A 5P10A 4XXSA 3APRE 4Y3YA 2AZ9A 2XFIA 1W5VA 5P32A 4Y3PA 5P4BA 3IXKA 5AH7A 1FQ8A 4FRJA 5P2GA 3D1ZA 5UPJA 5P7YA 1A9MA 1BDQA 4GJ6A 4K9HA 4NJVA 4FAEA 5KQZA 1N49A 3HLOA 5P43A 1HRNA 5P7UA 3GI5A 5P2IA 3VUCA 5P05A 2PWCA 1D4SA 3QPJA 2Q15A 2UPJA 3O9DA 3S8IA 5P7WA 1PFZA 2AZCA 4Q1NA 5P5SA 2PSUA 1DW6C 2F8GA 5P40A 5P7BA 4EJKA 3TOGA 1QRPE 3HDKA 5DR7A 4FSEA 3VLAA 1FFIC 2QMDA 5P89A 1AVFA 2G22A 5OZPA 4RCEA 2IKUA 2Q11A 4Y4BA 5P0EA 4OBFA 3PWRA 3FNSA 4FL8A 2FNTA 1KJHA 5P34A 3VV7A 1A94A 2R3TA 4CPQA 1KZKA 3TL9A 2V0ZC 5COKA 3OGQA 5I3YA 3OU3A 5P0VA 3OU4B 1HPVA 4LBTA 4RGHA 2I4UA 4EP3A 5P1FA 5OZIA 4L1AA 1XS7D 3R4BA 3UDHA 1AJXA 1YT9A 5P63A 4Y3LA 3T7QA 4B00A 1GNOA 1XL2A 2G20A 1F7AA 3RTNA 4Y3DA 5DQCA 5IVQA 1FEJC 2QHZA 4I12A 3GGVA 1K1UA 3QIHA 3KMYA 3D91A 2PH8A 4Q1WA 2ZYEA 1ZAPA 4MC6A 5P6MA 2QZLA 1HHPA 1ZLFA 2IRZA 5P72A 1HEFE 5P7AA 2JXRA 3KF0A 4EJDA 1LS5A 2QCIA 3D1YA 3I7EA 4GJBA 4KE1A 1TCXA 5P1NA 2AZBA 3ZKXA 1FQXA 5P1JA 4M8YA 3KMXA 3O9CA 5P1XA 5P33A 5P5NA 5P7SA 5P31A 3R0YA 1EC1A 4Y5EA 5P5BA 3S56A 4YD4A 4UPJA 1B5FB 5OZ5A 4XX3A 5P49A 3NWXA 3R2FA 5P7ZA 1EPME 4E43A 5P17A 1F34A 5P0HA 5P4JA 4Q5MA 3ER5E 4B78A 2OHRA 4Q1YA 3QS1A 1OEWA 3RSVA 4NPTA 4DFGA 3LIYA 5P3TA 5P7OA 2ZHSA 3BHEA 2FGUA 3L58A 5P2KA 4DJYA 3VG1A 3BXRA 2PQZA 1EBWA 3PMYA 5P23A 2PYMA 5AH8A 5P6XA 3OUDA 2Q63A 1MEUA 4MC2A 3S2OA 2WF2A 1TZSA 4GJCA 5KQFA 2NXMA 3L5FA 5P5WA 1KJGA 1SIVA 3L5CA 5OYQA 5SZ9A 3OUCA 4GJAA 2WF4A 3DOXA 4RYGA 5P67A 3NSHA 4Y5AA 2I0DA 5OZOA 3K5CA 4DQHA 5P8TA 5P4XA 4ZSRA 2ZJMA 5P47A 4MC9A 5I70A 4DJRA 5P6SA 4PYVA 4YBIA 5P7GA 2F3KA 5AHBA 1KJ4A 5P1QA 5P4PA 5P2OA 1GVTA 5IE1A 2AVSA 1AJVA 3QVIA 2P3AA 3UDQA 4OBGA 2BKTA 4HDBA 3VYDA 5OZFA 4Y58A 5DGWA 5P0DA 2R8NA 3WSJA 4I0JA 1APTE 2AZ8A 4RYCA 5DR0A 4Y56A 1T7JA 2VA5A 3PLDA 1TCWA 3NWQA 1AM5A 1K6VA 3PCWA 2AOCA 4OBZB 1UH7A 2R9BA 2B7ZA 5P2ZA 2QU3A 4Y3WA 1MTRA 3OUBA 1W5XA 4ACUA 2G27A 2UY0A 3DCRA 4FSLA 2QMFA 3PSUA 1EPNE 4YD6A 3OOZA 4NJUA 1FLHA 3PSGA 5FIVA 4LHHA 2AOEA 4IVSA 2VKMA 2ZJJA 5P8BA 1YM4A 5OZZA 5P4MA 2B60A 5KQXA 5P5MA 2VIJA 1K6PA 1HSIA 4ZE6A 2ZDZA 3F9QA 5P6DA 5OZQA 1D4YA 4BEKA 2BBBA 5P62A 4D85A 1RNEA 2FS4A 1CMSA 1DAZC 4TRWA 1HVHA 3OUAA 3ZMGA 3UFNA 3I6OA 2VIEA 2ASIA 1YG9A 2IGXA 2ANLA 5P0UA 1META 2PSVA 1HXWA 4A6CA 5OZSA 3PEPA 2ZJLA 3EL9A 4K4RA 5P3XA 2PK5A 4YCYA 3QRMA 1UPJA 1W51A 1ZTZA 5P4VA 5P1RA 1HVIA 3LHGA 1IZHA 1EC0A 5P6EA 4Y3RA 1BVGA 1YTHA 2PWRA 3INDA 2R5PA 5JG1A 3S53A 1RQ9A 1BVEA 5P7HA 1ZSFA 3VV6A 4ER1E 1GVUA 5P7FA 3HVPA 3ECGA 5P77A 3TPJA 3PI0A 1M43A 5P42A 4L7HA 5P1DA 3NU6A 3NDTA 5P3PA 3VSXA 3L3AA 3S43B 1EPOE 2ZJIA 3NR6A 3QVCA 5BRYA 4KE0A 3HBOA 4Y38A 1T7IA 4F75A 3UDYA 1ZP8A 5OZYA 4FS4A 4NJSA 3VCMA 5P0AA 3GI4A 4JPEA 2HC0A 5P20A 5C9DA 3RVIA 3O9FA 5P5GA 5P8OA 4B72A 1EPPE 5OYUA 1BV9A 3TNEA 3L5BA 3KT5A 2VS2A 1ODWA 5OZ3A 2QD6A 5OZ7A 2HB2A 1EPQE 5DR1A 5E5KA 2J9JB 5F01A 5P8KA 2NNKA 3UTLA 2QI3A 3LIZA 5P6CA 5P74A 5P37A 4GYEA 4YE3A 2AOHA 2P3CA 1SDTA 4Y6MA 3TH9A 4FGXA 4ZIPA 1ZBGA 3NDXA 4HLAA 4Y3ZA 5I3XA 4H3IA 5P0BA 2FDDA 4Y5GA 4Y5LA 3SKGA 5P54A 3M9FA 4YHQA 4A4QA 3CYWA 5BWYA 2I4QA 7HVPA 5HDUA 5P4CA 5P3GA 4F76A 1TSUA 1SBGA 4OBZA 3JVWA 3NXNA 5P6OA 2P83A 3S45A 5KR1A 2JJIA 3DV1A 1MTBA 3UQWA 5KOSA 1GNNA 1MT8A 1QBRA 4GJDA 3L5DA 4ZPEA 2FDPA 5P7PA 3NU4A 3CKTA 1W5WA 3SA9A 2PH6A 3T3CA 2O4KA 3IGBA 5P8LA 5P5RA 5OZ2A 3UF3A 3ZKIA 3OTYA 3HW1A 2MIPA 5P5YA 5HCOA 3CYXA 3OQ7A 2I4WA 2O4NA 5JFPA 3VF7A 4A6BA 4BFDA 2Q5KA 3BUHA 5P5CA 4U7VA 1PPME 5P6JA 3C9XA 3JW2A 5P8HA 2VIZA 4H3JA 3HAWA 3CICA 3G70A 4LP9A 4RVIA 4DVFA 2G21A 3EKXA 4COEA 4CPUA 3U6AA 3L5EA 3TPPA 3NU5A 3H5BA 2HS2A 3U71A 2WJOA 2O40A 5OZJA 3OHHA 1LZQA 3UHLA 2I4DA 5OZUA 5P75A 1C6XA 5EZXA 2NNPA 4GJ5A 1C6YA 5P4WA 2NMYA 2OAHA 5ER1E 2WEZA 4Y5NA 4YCTA 1KJFA 3SA8A 1KJ7A 3QBFA 5P6KA 1WKRA 3SABA 1BXQA 5AHAA 5OYRA 2IKOA 5P26A 5P8VA 3O9GA 2Q54A 1AXAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DJW A;  5DQ2 A;  4I0F A;  3UDN A;  4YD5 A;  5HE5 A;  5P5Q A;  3OGP A;  2QI7 A;  2ZJK A;  3EBZ A;  3PLL A;  3Q5H A;  2R3W A;  4FCO A;  4KUP A;  3VF3 A;  1GVX A;  2PK6 A;  4Y3A A;  4JEC A;  5P1I A;  1RV7 A;  2BPZ A;  2WEA A;  4CPT A;  4Z4X A;  3EC0 A;  4GID A;  5KOQ A;  1D4I A;  3OHF A;  4LAP A;  4Y4X A;  5P60 A;  4EP2 A;  1B6K A;  1E5O E;  5PEP A;  1HPO A;  4FM7 A;  3KDD A;  1HWR A;  5P56 A;  2P8H A;  4Y3Q A;  3NUO A;  1MSN A;  5P1O A;  5HDZ A;  5OYY A;  3RTH A;  1FG6 C;  5OZ8 A;  3ER3 E;  1AID A;  5P1T A;  4YDF A;  2OHS A;  4IVT A;  4X7I A;  4APR E;  2XFJ A;  4YOB A;  3SAC A;  4EQ0 A;  4U8W A;  2FIV A;  2WF0 A;  5P04 A;  4EJL A;  3BVA A;  3SLZ A;  5P6R A;  2G1O A;  3FKT A;  3LPK A;  4Y57 A;  2BB9 A;  4FLG A;  1K2B A;  1BWB A;  3OU1 A;  4ER4 E;  4AA8 A;  5P7E A;  1QBU A;  5COO A;  2J9K A;  3RSX A;  5AGZ A;  4DQC A;  4Y4Z A;  4Y5K A;  5P5I A;  4Y4G A;  1A8G A;  1Z1H A;  1PPL E;  4RRS A;  2HAH A;  1PSO E;  5P1W A;  4RVX A;  2PMA A;  2O4P A;  1BWA A;  2VJ9 A;  3MSJ A;  5P0F A;  3T11 A;  3IVH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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