1HPOA

Hiv-1 protease triple mutant/u103265 complex
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Structure-based design of nonpeptidic HIV protease inhibitors: the sulfonamide-substituted cyclooctylpyramones.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hpoA00
3G6ZA 1XN2A 5FIVA 1W6IA 4YD5A 5P3LA 1BDRA 3QIHA 4FGXA 5P7XA 3OQFA 1EPME 3PB5A 4I0EA 5P5IA 3INEA 5KR0A 5P2QA 5P8VA 5P0OA 4Y3MA 4JOOA 5P2HA 3EXOA 2RKGA 3QRMA 1TQFA 3BVAA 3KFSA 5DQ5A 5P7GA 2J9JA 5P4MA 5P8PA 3SA8A 3TKWA 3K5FA 5P3ZA 4LC7A 4Y3YA 3KMXA 5P1TA 1ENTE 3O9EA 5P3NA 5P8EA 3ZKMA 3PLLA 3Q4BA 2QI6A 5OZ5A 5P8KA 5P1QA 5P6GA 2G1NA 2AVSA 2AVQA 5P2TA 1NH0A 4LP9A 2QD6A 3UDNA 5P37A 2ZJNA 1HSGA 3OQAA 4JECA 2HS2A 4YHQA 3D1ZA 4J0ZA 4Q1XA 1T6GA 2G1RA 1FGCC 4DJXA 5P2SA 1E5OE 2AVOA 4L7GA 5P5HA 1HSHA 1RPIA 2WF3A 1EBZA 3PI5A 5P59A 2I0AA 4LXAA 3I6OA 4QJAA 5P1VA 5P64A 5P52A 3VV7A 2P8HA 1E80E 3LIZA 3T6IA 4RVJA 5KOQA 2PSGA 5P6HA 5OYVA 5KQXA 1W5WA 3R4BA 2FDDA 4ZSQA 3UQPA 2HAHA 2PYMA 3GGAA 5C9FA 4OD9B 1DIFA 4GJ9A 4Q5MA 5P4WA 1IZDA 5HU0A 1G35A 5P2WA 3VSXA 5P71A 1LF4A 1OEWA 5P1RA 3KDBA 1QBTA 5P2GA 4RYGA 5IVTA 1HHPA 5P0WA 4AUCA 5P4ZA 2OHMA 3ZKXA 3OQKA 2AQUA 3CIDA 3BXRA 5P7LA 2VNNA 2R5QA 3LIYA 3NU5A 5SXNA 2J9KA 4DQGA 4FRJA 4Y5BA 4ER4E 3NU6A 1HTFA 3I8WA 4Y5NA 4Y3RA 3EBZA 3RU1A 5P5BA 5HTZA 5CLMA 4NJSA 1DMPA 4Y38A 4J1HA 2R38A 5P3PA 2NTRA 4L7JA 2QI3A 2G22A 4CKUA 3H5BA 1B6MA 2I4XA 5P0UA 3SFCA 5P0AA 3OUDA 4FRSA 5HDXA 2VJ7A 4Y3FA 5HD0A 4ZEAA 1GNNA 3D3TA 1D4IA 1KJ4A 5AGZA 2QD7A 3L5EA 3VF5A 5P8IA 5P5QA 2WEAA 1GNMA 1ZSRA 3KM4A 3GI6A 4GJCA 5OZ8A 5P14A 5P3OA 4I0ZA 5P88A 4QJ2A 5P8BA 3M9FA 4CPSA 2HB3A 5AH8A 5P4CA 5P4HA 2I4DA 2Z54A 5P2YA 5P3BA 4CPTA 1EEDP 2QMPA 1ODXA 5P2DA 3RSVA 1BV7A 1SDUA 3UDYA 4KE1A 1LYWA 5P5YA 4WY6A 1HXWA 1AXAA 2NXDA 4B1EA 1HPXA 3O9HA 5P5VA 3DUYA 2R43A 1HVJA 5P61A 3TPPA 1LYWB 3T7QA 5P31A 3HVPA 3LZSA 4I8ZA 4MC1A 3FKTA 3KFPA 3U71A 5F01A 3NU4A 4NPUA 3PLDA 2FS4A 4M8XA 1PPLE 4Y3NA 3L38A 3SPKA 5P6TA 1DW6C 5OZIA 2P3DA 2P3BB 4RZ1A 4K9HA 5IVRA 4D88A 1HBVA 3UCBA 5P47A 1W5YA 1K1TA 4BFBA 4NKKA 4Y3QA 1FFIC 3TTPA 5P13A 1MEUA 2IENA 4LBTA 4CMSA 5JODA 2G94A 2R9BA 1T6EX 3VUCA 1META 5P2KA 3BRAA 5P4NA 3R0WA 2VIJA 3SKFA 1TZSA 1HVKA 5P2LA 1TW7A 5P3YA 4DJVA 1GVXA 4DPIA 5P5UA 5E5KA 4KUPA 4I0HA 4Z4XA 2ZHSA 4TRZA 2QD8A 1YX9A 5P4XA 5P7YA 5P6LA 4DJWA 1AZ5A 2ZJMA 4YCYA 3EKQA 5EZXA 1K2BA 5P8DA 1RNEA 2BPZA 5AHCA 5P66A 1W51A 3VLAA 2HS1A 5P5GA 2XFIA 3K1WA 5P53A 3VV8A 2I4WA 4CPXA 5P7MA 5P1YA 4B1CA 4Y4EA 3OOZA 2R8NA 3SACA 3T7PA 5F00A 5P06A 3NSHA 3OU4A 6APRE 5OYSA 2AZ8A 5P5SA 2Q11A 3T11A 3URLA 1HTGA 3L5FA 3VFBA 1T3RA 2CENA 3OU4B 3ZKIA 5P4VA 5P0FA 1FQ8A 3VF7A 1FFFC 5P1MA 5SY2A 4J1EA 1YM2A 3FV3A 2ZE1A 4Y44A 5KAOA 5AH6A 5P4KA 4DI2A 5P2VA 4DJQA 1MTBA 1M4HA 1LYAA 3BVBA 2WEDA 5P6RA 4E43A 4R8YA 4ZIPA 1T7JA 3OWNA 3SABA 1IZIA 3PBDA 4J0YA 4XX4A 5P0HA 2QI4A 5OZFA 3KFNA 1FMUA 4K4QA 5P6YA 3O9LA 2QI1A 5P3WA 4J0VA 3HZCA 5P87A 1PPKE 5P55A 4FRIA 3UDHA 4FM6A 2Q64A 1SBGA 3LZVA 5SZ9A 2VJ9A 3O9GA 3S43B 4B77A 1ZBGA 3ZPTA 3WZ8A 3URIA 3O9LB 5P3DA 2BJUA 2WL0A 5OZ2A 3CYXA 1EC1A 5KQZA 4RRNA 4DJRA 2CEMA 3IVIA 2HB2A 4DPFA 1AJXA 3OADA 3QRVA 3ER5E 2JJIA 3OHFA 5DQ4A 1ME6A 2PYNA 4B78A 3NWQA 5P7EA 2BPVA 2H6TA 4YD6A 3SAAA 4BELA 5P2AA 3DCKA 3OADB 3PGIA 4R92A 1MESA 1LYBB 1XE5A 4RYCA 2O40A 3KFRA 4AZYA 5BWYA 3EM3A 2P3AA 1MPPA 2FMBA 3BXSA 3N3IA 2MIPA 3OAGA 1GVWA 4Y51A 3ER3E 1KJHA 5P7NA 3S7MA 4JPCA 3WB4A 2AVVA 5AHAA 5P6ZA 3KT2A 4BFDA 4NJTA 3LPJA 3OAGB 1QBSA 5P6KA 1BDQA 5P5EA 8HVPA 5P4PA 1VIJA 4Y3XA 1A94A 4CPUA 2F80A 1FQ7A 3HBOA 5P3SA 5DR4A 1D4KA 2AOJA 4OBZB 5ER1E 3JW2A 4I0JA 1D4SA 2VNMA 5P39A 1HVRA 4Y3EA 1TCXA 5ISJA 1BILA 4YCKA 1MUIA 3ZPUA 4Y3PA 5KQFA 2ER9E 4Q1NA 1C6ZA 3IVHA 3MWSA 5OZWA 5P0YA 4QLHA 3RTHA 7HVPA 1J71A 1C6YA 3OXVA 5P73A 2RSPA 3B7VA 2ER6E 4Y56A 2A4FA 5P84A 3L3AA 4L1AB 4Y39A 5P1NA 1EPPE 2QI5A 4B70A 3VYEA 1BDLA 4APEA 4Y41A 3CYWA 5P5ZA 2OHLA 5P5JA 4Q1WA 3OHHA 5AHBA 3APRE 1YT9A 5BS4A 5OZKA 4Z2ZA 4B05A 5P0CA 5OZHA 5OZUA 4Y4JA 1APVE 3ZOVA 3JVWA 5P2MA 5HVPA 2G26A 4GZFA 3HDKA 4HZTA 5P7ZA 4DVFA 1HPOA 4DQHA 2I4UA 3GGVA 1MSNA 5P1SA 4TVGA 2OHPA 4R93A 1HIHA 4BEKA 4J1CA 3EKTA 4KE0A 1ODWA 2WF0A 2ER7E 4OBJA 4WTUA 5P03A 5P7BA 3BUGA 5P7PA 4J54A 1UH9A 5P6NA 1HEFE 4APRE 1YTGA 2VIYA 5P7TA 3K5GA 2ZJLA 2PSVA 2XYFA 4HEGA 5P0VA 3UDKA 4IVSA 1HRNA 3GW5A 4OBGA 4AA8A 3CMSA 3RTNA 3QROA 2AZCA 4ER1E 4FCOA 4DQEA 3IA9A 1EC3A 5I3WA 1MTRA 5DR3A 2O4LA 5P57A 1D4YA 1BXQA 5P26A 2R3WA 4Y4UA 1FQ4A 4YBFA 4EP2A 3CKPA 4NJUA 1APUE 3ZKSA 3T7XA 5KR8A 3EL9A 3LINA 3ZMGA 2QHZA 3SLZA 2J9JB 1GKTA 5P70A 4IVTA 2XYEA 2B42A 5P7OA 3H0BA 1UH7A 5P7WA 4Y3GA 1BBSA 3TL9A 4QJ6A 4U8WA 1AVFA 5P44A 2VIZA 4X2LA 3S45A 3AIDA 3DV1A 4Y5PA 3GI0A 5P1IA 3L5DA 5I3XA 5DR8A 3EKPA 3L58A 3Q5HA 5P3TA 4GYEA 3EKYA 2G27A 3PRSA 4Y54A 2P4JA 4Y5GA 3DCRA 5OZQA 3INFA 5P40A 3S2OA 1W5VA 5P0LA 4A6BA 2BB9A 2G20A 5P8TA 5B18A 2JXRA 2IRZA 5HDUA 3QVIA 4DV9A 5P8MA 1HIIA 4LAPA 5P43A 4J1FA 5P75A 2QMFA 5P30A 3RVIA 3MSJA 5HE5A 4J55A 5P2FA 2OHTA 4R5NA 3OUBA 4QJ8A 4EJDA 1TSQA 2JE4A 2QNPA 5DGWA 3LNKA 5P17A 5P4QA 4EQJA 5OZVA 5EZZA 1U8GA 2IL2A 5OZ1A 1CZIE 2OAHA 1OHRA 3QI1A 4A4QA 4J1KA 3BHEA 3IAWA 2QNQA 4YOAA 5P2RA 1SGZA 3EKVA 2OHRA 4B72A 4GJ5A 1PROA 4XX3A 1AAQA 4QJ9A 3DM6A 3UDQA 2BKTA 5P3QA 1WKRA 4RVIA 3UDPA 1BWBA 5P0MA 5P58A 3K4VC 4ER2E 1AM5A 5P89A 5P1GA 1FB7A 3OQ7A 4I0FA 2VKMA 5P1DA 4ZLSA 2FIVA 3Q70A 4JP9A 5P6EA 4MC9A 5P5CA 4TRYA 3FIVA 1LZQA 5ENMA 3NDTA 5P6IA 5P5MA 5P68A 2QNNA 2NPHA 5P7CA 2QAKA 1LEEA 4J1IA 4DQCA 1EBWA 3JVYA 4H3IA 5P77A 5P63A 1EPOE 3DJKA 3I25A 3MXDA 3ZPSA 5P8CA 3OY4A 5P6WA 1Q9PA 3D20A 3FNTA 3UPJA 1YTJA 2FNSA 3UQRA 3OUDB 5P7HA 4FSEA 5OZDA 2PK5A 5C9DA 5OZ7A 3PEPA 5KR2A 1A9MA 4Y5EA 2AOEA 2XFJA 2EWYA 4CPRA 4MC2A 4FM7A 4Y4BA 2Q15A 5P81A 4OC6A 2AOGA 2G1YA 3UQXA 6FIVA 2Z4OA 3TH9A 3QBHA 3VFAA 4Y3WA 4Y3TA 5OZBA 1W5XA 2RKFA 1KJ7A 4OC6B 3INHA 5OYWA 2WJOA 2P83A 4I0DA 5P0PA 5IS4A 2G24A 1AJVA 1DAZC 3CICA 5P8HA 5OYQA 4H3JA 5DPZA 4PZXA 5P49A 4I8WA 4RLDA 5P1LA 2I4QA 5P45A 5P4EA 5I70A 2V12C 5OYXA 3OGPA 2PH6A 2AOFA 5P3HA 3S85A 4DQFA 5P8OA 3O9DA 1M0BA 4I0GA 3LIVA 2I1AA 5P3IA 3MXEA 5P1PA 3PWWA 2IGXA 3PHVA 5OZMA 3NUJA 5P54A 4Y4GA 2JJJA 4YD3A 2QU3A 5P0XA 3UTLA 1B6JA 3VEUA 5P0TA 4DJUA 2NXMA 2HM1A 2O4NA 4CPWA 4PYVA 5OZ6A 1HWRA 5JFPA 3EKWA 5SY3A 5P07A 4RCFA 5P79A 2BBBA 5OZJA 2V16C 5KOSA 5P69A 1PPME 4F73A 4AMTA 1EPRE 1GVVA 2VA7A 5OZSA 5DR1A 3PMYA 3LHGA 3PM4A 2RMPA 2NXLA 4YA8A 5P7FA 2IGYA 1B6KA 5P8QA 5OZTA 4N00A 4QGIA 1B5FA 1QDMA 4Y35A 3UF3A 3R2FA 1KZKA 3O9IA 1Z1RA 5P5FA 3O9CA 5P8FA 2BPYA 4A6CA 3HLOA 1B5FB 2G69A 1SH9A 3A2OA 1M43A 5P83A 3LIXA 5P12A 1K2CA 4ZSPA 5P0EA 2AODA 4L6BA 3UFLA 4EQ0A 3SM1A 3L5BA 2BQVA 2NNPA 3ECGA 2ZYEA 3NXEA 5P67A 3BGCA 2ZHRA 5P8LA 1W50A 4EJLA 1EBYA 3PWMA 5P7KA 5OYTA 4ZPFA 3FNUA 1FQ5A 5P20A 2ZDZA 5P1AA 5I3YA 1BWAA 2B7ZA 1PSNA 5P2UA 3SKGA 5P4BA 5P7UA 5P82A 2ZJJA 1KJFA 1HVLA 4Y6MA 1PFZA 1HVIA 4YD7A 4D89A 2F81A 5AH9A 4S1GA 1LYAB 5P0QA 1FQXA 3PCZA 5KR1A 5P76A 2O4KA 5OZOA 4Y48A 1SGUA 2Q63A 5P8AA 5P4LA 2AOCA 1NSOA 5OZEA 2PK6A 3KA2A 4ZPEA 4Z22A 2UPJA 1APTE 1XL2A 5P4FA 4Y4WA 1RV7A 5P51A 5JFUA 2UY0A 3TPRA 3NDWA 4I10A 3OXXA 1YG9A 2WEZA 3ZKNA 1FG6C 1G2KA 5P6XA 3MSKA 3LPKA 2F3KA 5P02A 2WHHA 5P4GA 5AH7A 3K5DA 4I12A 1EBKC 4YD4A 1IDAA 1N49A 2V00A 3EL0A 4EWOA 3K4VA 1A30A 5DR7A 4DUSA 1MRXA 2QCIA 1IIQA 3URJA 5P6PA 2PSUA 4Z50A 2F3EA 2IDWA 5P16A 5P42A 3TLHA 5P4JA 4Y53A 1YTHA 5OYZA 3CIBA 3O9BA 4WY1A 1NPWA 5P18A 4FLGA 4LHHA 3EL1A 3MSLA 1MIQA 1SDVA 3KYRA 4TVHA 1OEXA 4DQBA 2QHYA 1BVEA 1IZEA 4Y47A 5DQ2A 5P5RA 5P0KA 4FE6A 4I0IA 5P11A 1BXOA 2ZJIA 4XXSA 3VG1A 4Y4AA 3IN4A 3HVGA 2HPFA 5P72A 4YBIA 3IGBA 1E81E 2HPEA 2HB4A 1FIVA 3UHLA 2OHSA 4OBKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G6Z A;  1XN2 A;  5FIV A;  1W6I A;  4YD5 A;  5P3L A;  1BDR A;  3QIH A;  4FGX A;  5P7X A;  3OQF A;  1EPM E;  3PB5 A;  4I0E A;  5P5I A;  3INE A;  5KR0 A;  5P2Q A;  5P8V A;  5P0O A;  4Y3M A;  4JOO A;  5P2H A;  3EXO A;  2RKG A;  3QRM A;  1TQF A;  3BVA A;  3KFS A;  5DQ5 A;  5P7G A;  2J9J A;  5P4M A;  5P8P A;  3SA8 A;  3TKW A;  3K5F A;  5P3Z A;  4LC7 A;  4Y3Y A;  3KMX A;  5P1T A;  1ENT E;  3O9E A;  5P3N A;  5P8E A;  3ZKM A;  3PLL A;  3Q4B A;  2QI6 A;  5OZ5 A;  5P8K A;  5P1Q A;  5P6G A;  2G1N A;  2AVS A;  2AVQ A;  5P2T A;  1NH0 A;  4LP9 A;  2QD6 A;  3UDN A;  5P37 A;  2ZJN A;  1HSG A;  3OQA A;  4JEC A;  2HS2 A;  4YHQ A;  3D1Z A;  4J0Z A;  4Q1X A;  1T6G A;  2G1R A;  1FGC C;  4DJX A;  5P2S A;  1E5O E;  2AVO A;  4L7G A;  5P5H A;  1HSH A;  1RPI A;  2WF3 A;  1EBZ A;  3PI5 A;  5P59 A;  2I0A A;  4LXA A;  3I6O A;  4QJA A;  5P1V A;  5P64 A;  5P52 A;  3VV7 A;  2P8H A;  1E80 E;  3LIZ A;  3T6I A;  4RVJ A;  5KOQ A;  2PSG A;  5P6H A;  5OYV A;  5KQX A;  1W5W A;  3R4B A;  2FDD A;  4ZSQ A;  3UQP A;  2HAH A;  2PYM A;  3GGA A;  5C9F A;  4OD9 B;  1DIF A;  4GJ9 A;  4Q5M A;  5P4W A;  1IZD A;  5HU0 A;  1G35 A;  5P2W A;  3VSX A;  5P71 A;  1LF4 A;  1OEW A;  5P1R A;  3KDB A;  1QBT A;  5P2G A;  4RYG A;  5IVT A;  1HHP A;  5P0W A;  4AUC A;  5P4Z A;  2OHM A;  3ZKX A;  3OQK A;  2AQU A;  3CID A;  3BXR A;  5P7L A;  2VNN A;  2R5Q A;  3LIY A;  3NU5 A;  5SXN A;  2J9K A;  4DQG A;  4FRJ A;  4Y5B A;  4ER4 E;  3NU6 A;  1HTF A;  3I8W A;  4Y5N A;  4Y3R A;  3EBZ A;  3RU1 A;  5P5B A;  5HTZ A;  5CLM A;  4NJS A;  1DMP A;  4Y38 A;  4J1H A;  2R38 A;  5P3P A;  2NTR A;  4L7J A;  2QI3 A;  2G22 A;  4CKU A;  3H5B A;  1B6M A;  2I4X A;  5P0U A;  3SFC A;  5P0A A;  3OUD A;  4FRS A;  5HDX A;  2VJ7 A;  4Y3F A;  5HD0 A;  4ZEA A;  1GNN A;  3D3T A;  1D4I A;  1KJ4 A;  5AGZ A;  2QD7 A;  3L5E A;  3VF5 A;  5P8I A;  5P5Q A;  2WEA A;  1GNM A;  1ZSR A;  3KM4 A;  3GI6 A;  4GJC A;  5OZ8 A;  5P14 A;  5P3O A;  4I0Z A;  5P88 A;  4QJ2 A;  5P8B A;  3M9F A;  4CPS A;  2HB3 A;  5AH8 A;  5P4C A;  5P4H A;  2I4D A;  2Z54 A;  5P2Y A;  5P3B A;  4CPT A;  1EED P;  2QMP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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