1HPSA

Rational design, synthesis and crystallographic analysis of a hydroxyethylene-based hiv-1 protease inhibitor containing a heterocyclic p1'-p2' amide bond isostere
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Rational design, synthesis, and crystallographic analysis of a hydroxyethylene-based HIV-1 protease inhibitor containing a heterocyclic P1'--P2' amide bond isostere.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-05-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hpsA00
3Q70A 3CICA 4D83A 1E80E 3UDMA 5P3RA 5P6GA 2ZDZA 1MRWA 5P5IA 2PQZA 4K9HA 2IENA 3MSKA 3ER3E 4K8SA 5P7DA 4ZSQA 2VJ7A 4I0FA 2IEOA 3U7SA 5P2CA 1MTRA 5P62A 1FFFC 2NMZA 3KDCA 3GI5A 2R8NA 4FM6A 3WB5A 4RCFA 2ANLA 5OZIA 3PGIA 4RCEA 2OHRA 5P7VA 2QMPA 3EL4A 3LIZA 5JODA 1HTFA 2QD6A 2R3WA 1EBYA 5P2JA 5P57A 1T7KA 5P5QA 2FDDA 2I4UA 5P2TA 3O9LB 5P8SA 1QBTA 4YD7A 3DUYA 5P48A 2I0DA 5P7PA 3PMYA 5P89A 5P3UA 5HU0A 4RRSA 2A4FA 2XFJA 3SKGA 1DP5A 3VLBA 2Z4OA 4TRWA 5P5KA 1UPJA 2PSGA 1APUE 1IZDA 2R5PA 3N3IA 5P4XA 1A9MA 3EKPA 4Y4UA 4I0ZA 1F34A 4I12A 2AOIA 3FNTA 2FDEA 4ER1E 2F3FA 5P3HA 5P69A 4CPSA 2Q54A 4DQGA 5DR0A 3S54A 4DJXA 5P7RA 1MSMA 1BVEA 1EPRE 1D4KA 3O99A 2B8LA 2CEMA 3NU9A 5P8MA 5P2ZA 3Q6YA 5P4HA 5P74A 1Q9PA 2NXDA 4Y35A 3D1XA 2HB3A 4YOAA 3ER5E 3IA9A 5OZRA 3ECGA 4YCTA 4NPUA 1HXBA 1APVE 4Z22A 3VG1A 5P7WA 3IAWA 1C6ZA 5P0AA 1C6YA 5OZ4A 2WF3A 2JJJA 5FIVA 4B05A 4B70A 2BB9A 1IVPA 2BPZA 5OZGA 4Y57A 3ZKXA 5OZPA 3TOGA 4CPWA 3NU4A 4HVPA 1D4HA 5P45A 3KDBA 5SXNA 4QGIA 3LIXA 5P5TA 1NPWA 2RENA 2AOGA 3DV5A 4D89A 1EPQE 2SAMA 2AQUA 2ZHTA 1HIVA 3K5DA 3QVCA 2IL2A 3SQFA 3PWMA 5P35A 3DCRA 5P8IA 3I2LA 1KZKA 1XL2A 5P6TA 1FQXA 3LPJA 4Y51A 5P1QA 2HS1A 4GYEA 4Y4ZA 3OXCA 4DFGA 4LHHA 5P7EA 2QD8A 2HB4A 1CPIA 2NNPA 2P83A 3HW1A 3QRSA 4DV9A 1GVTA 4PZWA 3OY4A 4PHVA 4Y6MA 3PSUA 2FGVA 1EC1A 2V13A 1J71A 2PC0A 5OZFA 2BJUA 5P4QA 5I70A 3PCWA 1HIIA 1ZAPA 2OHKA 4ZIPA 5OZZA 4CKUA 3PVKA 1W51A 5P6FA 3ZPSA 2I0AA 1META 4MC9A 1YTGA 1FQ8A 4KE0A 4B1EA 5P2LA 4A6BA 4RVJA 2R43A 1DIFA 5P1SA 5P77A 5P1TA 3NDWA 5P6WA 5P7JA 1XE6A 5P6NA 5HE5A 5OZYA 4ER4E 2QMGA 5P0FA 3UHLA 3OU4B 1LF2A 5COOA 5DGWA 4Q1YA 5P8JA 1BWBA 2B60A 4EP2A 1SDUA 4D88A 2PSUA 5EZXA 2UXZA 3VUCA 5P6SA 4Y41A 5P8UA 5ISJA 5P0CA 5P7KA 5P4YA 4FM7A 5P3CA 1W6IA 5P7YA 3NLSA 5P3OA 2BBBA 5P6IA 1IZIA 5P24A 4R93A 3IVHA 3O9HA 4Y48A 4R8YA 2Q3KA 5P6YA 3OGPA 5P04A 1HTEA 5P54A 5P0MA 5P6HA 5P5VA 5P65A 2JXRA 5JFPA 4FSEA 5F00A 5P8HA 1MERA 3DK1A 2WF1A 4Y3HA 4DJUA 5P4FA 5P58A 5P15A 2F81A 1QBRA 5P2QA 5HDXA 2F80A 5P6UA 5P59A 3JW2A 3T7XA 5OZ9A 5ISKA 4Z50A 5P2IA 1IVQA 5P3JA 4AA9A 1PROA 1SDVA 3OWNA 1B11A 3GGUA 2WEAA 4APEA 4H3GA 4Y39A 3SA3A 1DMPA 4HDFA 4Y3WA 3PBDA 4ZPGA 5F01A 5P1VA 4CP7A 2B7ZA 4K4RA 4TVHA 5P5SA 5P09A 5P6PA 3FNSA 3UDHA 5E5KA 2QI5A 3I25A 4Y3QA 3BVBA 4GJ7A 5HU1A 2QI4A 4DJVA 3UDYA 3S2OA 5APRE 3VCMA 5ER2E 1RPIA 2Q11A 2OHQA 4AZYA 3LPIA 1C6XA 3O9EA 4DJOA 1IZEA 4Y43A 5P1PA 1EBWA 5OZCA 5DR4A 3NSHA 5P2AA 5P18A 4FAEA 1ME6A 5P5YA 1HIHA 1ODWA 1K2BA 5P22A 3BUGA 5P4RA 5KR0A 4FIVA 5P4NA 3SKFA 3SA6A 2AVSA 2BPXA 5P4IA 4DPIA 2ER0E 4Y4BA 3UQUA 3NU5A 4Y4XA 5P8OA 1IBQA 2OF0A 1FMUA 5OYVA 4GJBA 3R0WA 5OYRA 2ASIA 2RKGA 3MXDA 2Q15A 1DAZC 4E43A 1HOSA 3EKTA 3H0BA 5P3VA 2R9BA 3CMSA 1HVIA 4TRZA 3D91A 3SM2A 5OYUA 3KM4A 5DR7A 1HVLA 1LYWA 5OZWA 5P51A 2XFIA 5P2BA 2WL0A 2IRZA 4Q5MA 1ENTE 5P3AA 4MC2A 5P2KA 5OZUA 4AA8A 2V10C 4OBJA 1HVHA 1T7JA 3ZLQA 4IVSA 4WY1A 4HLAA 1EBKC 4LC7A 2G1YA 1HXWA 4DPFA 5C9FA 3EKYA 2APRA 1ODXA 5DPZA 2QZKA 4Y3PA 3GGXA 2G20A 1BDRA 4Y3LA 4Q1WA 3NDTA 3DOXA 3QAAA 4AMTA 5DQ1A 4DUSA 4HDBA 3Q5HA 1TW7A 4YCKA 1CMSA 4GMIA 4RVIA 3ZKQA 4LXKA 1XE5A 5P47A 2AVQA 1FFIC 3SA8A 3PLDA 5AHBA 4QLHA 5P3PA 5P88A 5P3KA 4Y44A 3RSVA 1HVKA 1ODYA 5OYYA 1G35A 4PPHA 3APPA 2WECA 4NJUA 4ZEAA 3QBHA 3LPKA 1QDMA 5P2YA 1SMEA 4TVGA 3ZKGA 4DQBA 3I7EA 5P7MA 2QNPA 1LYWB 3IN3A 3NDUA 5CONA 3S7LA 4L7JA 5P4PA 2EWYA 4B1CA 3EMYA 1RQ9A 5OZJA 5OZMA 4YBFA 3OTSA 1MRXA 3UQRA 4Y4AA 1K6VA 1VIKA 3INHA 2OHSA 4Y5BA 4J54A 4X7IA 1PFZA 3EL1A 4WY6A 3KFPA 2CENA 3OU3A 3NWXA 4Y36A 2G24A 2G22A 5OZ3A 4F75A 1HSHA 2AVVA 2BPYA 5BRYA 1EPPE 2ZJKA 5P5MA 3IN4A 3MSLA 5P1RA 1ZPAA 1RL8A 3NU6A 5KR8A 2P3DA 2R5QA 4LL3A 3VSXA 2V00A 5P10A 3SA4A 1HEFE 5P68A 1Z8CA 4Y56A 4YHQA 5P7HA 2VIYA 1BDQA 1AXAA 1ZPKA 3S43A 4HDPA 3LZYA 2HPFA 1SIPA 1EC0A 2O40A 5P5ZA 4Y5EA 1B6MA 5OZBA 4Y9WA 5P28A 5OZ7A 3WSJA 2BPVA 5I3YA 2BKSA 4R95A 5OZ0A 3T7PA 2G1NA 3UFNA 4KB9A 1BBSA 2PSVA 2FNTA 1LF4A 3OQFA 5P8TA 2J9JA 3FKTA 1EPME 5P7QA 1MTBA 1PPME 1RNEA 4FS4A 1SBGA 2WF0A 1SMRA 4NJTA 1FG6C 5P46A 2QMFA 3UDQA 5KQYA 2QK5A 5P8AA 5P08A 1W5WA 3EKVA 5P86A 2P3AA 3OQKA 5P4ZA 4EJLA 1N49A 3BUFA 3S56A 2MIPA 3DV1A 4DQCA 1XDHA 1PSOE 5P3DA 1IDBA 1E82E 4U7VA 3CKPA 4EJDA 4ER2E 4K4QA 3Q3TA 3QRVA 4JPEA 2BKTA 5ER1E 3KMYA 5P1DA 2WKZA 3OADA 3URJA 3OOTA 2WEZA 3S43B 5P0ZA 3T7QA 4Y4DA 4A6CA 5P76A 5P3MA 3NUOA 4I0HA 7HVPA 4YD6A 3QP0A 3ZKMA 5P31A 5P37A 1K6PA 1GNNA 3EL9A 5OZTA 5P11A 1PSNA 1HRNA 4FLGA 3MXEA 2IQGA 2AZCA 3QBFA 3SO9A 5P55A 5P38A 1BV7A 3UQXA 1KJ4A 1TCXA 2PH8A 4DH6A 5P6LA 3OQ7A 3VEUA 2NTRA 3EL5A 3PRSA 5P63A 1T6EX 1HSGA 3NWQA 3SACA 3OUBA 2XYFA 4J1IA 4Y4TA 5OZ8A 2G69A 2J9JB 3IXJA 2G26A 3PHVA 5P20A 3TOFA 2WHHA 4GB2A 3N4LA 1BXOA 1FEJC 5P1MA 1EC2A 1K6CA 1UH8A 2ZJIA 3EL0A 5P0YA 1EPOE 4J1EA 1PPLE 1HBVA 3EM4A 4ZSPA 3NR6A 5P0EA 3OU4A 3SA7A 1YT9A 1FF0C 2WJOA 1EEDP 1ZBGA 1K2CA 3EKXA 4FL8A 4HZTA 3QIHA 4MC6A 2V11C 4I11A 1AZ5A 2WF4A 3EM6A 3WB4A 4CPRA 1BIMA 5P0IA 1FIVA 1T7IA 4NPTA 4QJ8A 3ZKSA 1NH0A 3OADB 3URIA 3QROA 5P5UA 2O4KA 4Y3FA 2VIJA 2NXMA 5I3XA 1LEEA 3ZL7A 3R1GB 5COPA 5P4AA 3NDXA 3O9IA 4K4PA 5P8CA 3SA5A 2H6SA 1VIJA 5P5WA 1W6HA 5OZ5A 1EAGA 4IVTA 1FQ6A 2AOCA 2QD7A 5P6QA 3QS1A 5P1IA 3LHGA 2Q63A 4OBFA 4DJWA 5P8LA 2VJ6A 4DVFA 5P6BA 5P5GA 3H5BA 3PI0A 3LINA 4H3JA 2RKFA 5HE7A 1FKNA 1TCWA 4QJ2A 5P0OA 5E5JA 3IXKA 4Y5CA 5P8DA 5OZNA 5P5RA 3UDJA 3MWSA 1MEUA 5DQCA 3S8IA 1A8GA 5P3SA 4PYVA 5HDZA 1YX9A 2I4DA 5P8RA 1W5VA 1B5FA 5P14A 1A8KA 3PBZA 4FCOA 3KFNA 3HBOA 1AJVA 5HDVA 2IKOA 5IVQA 2VIEA 4EPJA 5OZ1A 5DR1A 3NUJA 4YDFA 3FV3A 4RVXA 5J25A 5P0DA 4JP9A 3LIQA 1DPJA 5P1XA 5AH6A 5P25A 4Y3SA 1FQ5A 1LYAA 3I6OA 5P5FA 5OYWA 3PMUA 3SAAA 2AODA 5P33A 2O4SA 1HPVA 4OBZA 3ZOVA 1GNOA 1OEXA 2V0ZC 4LXMA 3PSYA 4Y37A 5OZAA 4U8WA 5P4BA 1HVRA 3LIVA 3UDKA 3TKWA 5P03A 1A30A 3RTHA 4Y3XA 5P3TA 5P44A 4EXHA 5P2HA 1WKRA 5IVSA 5P0QA 4EP3A 5P83A 4J1KA 4B0QA 3O9FA 2QZWA 3A2OA 3D1ZA 4OC6A 1B5FB 5P7LA 5P3WA 3UQWA 4YBIA 3L58A 2O4PA 2QHYA 1HHPA 3L5FA 3FX5A 5P0HA 4OBHA 4U7QA 3FNUA 4I8WA 5ENKA 5P12A 5BS4A 2PYNA 3KA2A 1MIQA 1GVXA 1F7AA 1LYAB 4YE3A 5P5EA 1D4LA 3VYEA 2HPEA 3VFBA 5IS4A 1AJXA 2PH6A 5OZLA 4QJ6A 5P8BA 5OYSA 4Z4XA 4OBZB 4Z2ZA 5P4GA 2HM1A 3S45A 1SH9A 5P01A 5P6XA 3IVIA 3TPJA 2AOHA 2FXDA 1D4YA 2WF2A 5P29A 1UH7A 4Y5NA 3TL9A 2FNSA 5OYZA 1BVGA 3HAWA 3LZSA 5P0UA 5P79A 5P7CA 2OHPA 5P6RA 3TLHA 1EC3A 1OD1A 1KJFA 5OZSA 5P2DA 3OHHA 4I8ZA 2NMYA 4OC6B 5P4MA 2VKMA 1GVUA 5SY3A 1Z1HA 3AIDA 4L1AA 3PJ6A 3GI6A 5P13A 4EQ0A 3UCBA 2ZE1A 2OHLA 2QAKA 5P67A 5P17A 5P7NA 5P4SA 2G94A 3HAUA 3GGAA 3VF7A 2AOFA 2R38A 2I4QA 3L5CA 5P7AA 1TSUA 4RROA 5HCOA 5P1ZA 3QRMA 2AIDA 2Q64A 4UPJA 5T4SA 3PWWA 4EWOA 4M8XA 4H1EA 5HDUA 1FQ4A 3PSGA 3LIYA 2QMDA 2V12C 3TTPA 5P0PA 2G27A 4CPUA 3S7MA 1TZSA 4N00A 4B78A 3L5DA 3SA9A 3NU3A 5PEPA 4DJPA 3HLOA 5P0KA 5OZHA 4YD5A 3UTLA 3OU1A 3K5GA 4MC1A 2BPWA 3D3TA 2ZHSA 1LYBB 5P0JA 1MT7A 3UQPA 2O4NA 5DQ5A 4DJRA 2PWCA 3CYWA 3VV7A 4HA5A 3PB5A 2XYEA 5P3IA 5P8EA 4L1AB 1EPNE 5P4LA 1FQ7A 3UFLA 5UPJA 5P4TA 3BXSA 1E81E 4CPTA 5P53A 3K4VC 1LZQA 2B8VA 5P0WA 3O9GA 3CYXA 4QJAA 5B18A 4ZLSA 4CMSA 1AAQA 5AH7A 4D85A 5P41A 4A4QA 3TPPA 4FM8A 3VFAA 2B42A 5P2SA 3VYDA 2HAHA 5AH9A 4S1GA 3TPLA 2XFKA 3BGCA 5DR8A 2G1RA 1ZP8A 4R5NA 5EZZA 2JYSA 5P7IA 5AGZA 3OUDB 3BRAA 5P16A 5P8FA 3G6ZA 1CZIE 2QI3A 1A94A 4Y3NA 4YCYA 5P0TA 2IKUA 5P36A 1E5OE 3F9QA 3EBZA 5AHAA 3JVYA 2AZ8A 3OU1B 2QP8A 5P82A 6FIVA 5P87A 3SFCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3Q70 A;  3CIC A;  4D83 A;  1E80 E;  3UDM A;  5P3R A;  5P6G A;  2ZDZ A;  1MRW A;  5P5I A;  2PQZ A;  4K9H A;  2IEN A;  3MSK A;  3ER3 E;  4K8S A;  5P7D A;  4ZSQ A;  2VJ7 A;  4I0F A;  2IEO A;  3U7S A;  5P2C A;  1MTR A;  5P62 A;  1FFF C;  2NMZ A;  3KDC A;  3GI5 A;  2R8N A;  4FM6 A;  3WB5 A;  4RCF A;  2ANL A;  5OZI A;  3PGI A;  4RCE A;  2OHR A;  5P7V A;  2QMP A;  3EL4 A;  3LIZ A;  5JOD A;  1HTF A;  2QD6 A;  2R3W A;  1EBY A;  5P2J A;  5P57 A;  1T7K A;  5P5Q A;  2FDD A;  2I4U A;  5P2T A;  3O9L B;  5P8S A;  1QBT A;  4YD7 A;  3DUY A;  5P48 A;  2I0D A;  5P7P A;  3PMY A;  5P89 A;  5P3U A;  5HU0 A;  4RRS A;  2A4F A;  2XFJ A;  3SKG A;  1DP5 A;  3VLB A;  2Z4O A;  4TRW A;  5P5K A;  1UPJ A;  2PSG A;  1APU E;  1IZD A;  2R5P A;  3N3I A;  5P4X A;  1A9M A;  3EKP A;  4Y4U A;  4I0Z A;  1F34 A;  4I12 A;  2AOI A;  3FNT A;  2FDE A;  4ER1 E;  2F3F A;  5P3H A;  5P69 A;  4CPS A;  2Q54 A;  4DQG A;  5DR0 A;  3S54 A;  4DJX A;  5P7R A;  1MSM A;  1BVE A;  1EPR E;  1D4K A;  3O99 A;  2B8L A;  2CEM A;  3NU9 A;  5P8M A;  5P2Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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