1HTGA

X-ray crystallographic studies of a series of penicillin-derived asymmetric inhibitors of hiv-1 protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title X-ray crystallographic studies of a series of penicillin-derived asymmetric inhibitors of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1htgA00
2P3CA 3KYRA 1NPWA 1PPKE 5P4AA 5P06A 2XYFA 5P7BA 4MC2A 3IN4A 3HVGA 1XN2A 1LV1A 2OF0A 5P83A 3EL0A 1B6JA 1XE5A 1AAQA 3L5DA 4OBDA 4DPIA 1LYWB 5P8NA 3FIVA 1TCWA 1TCXA 1HEFE 5P7AA 5P2VA 3FNUA 1LYBA 5OZXA 3DJKA 1J71A 5P60A 4EP3A 2QMPA 2Q11A 1APTE 2IENA 5OZ4A 2VIJA 5P6DA 5P61A 3A2OA 3WSJA 5P81A 2OAHA 5HCTA 4DQGA 5P8TA 3TPPA 1IDAA 3HW1A 2Q54A 2QI6A 3KMXA 5P16A 5P4OA 3EKTA 4EP2A 5P6LA 4GZFA 1B6MA 1APUE 5OZAA 4K9HA 4ZSPA 1TSUA 4R92A 4J0ZA 4Y43A 4HZTA 5OZFA 1OEWA 5P5QA 2JYSA 5P2ZA 4FL8A 4DI2A 5I70A 4JOOA 2I4WA 5KR1A 3UDJA 3OGQA 1DP5A 5IVSA 3OUDA 5P0CA 4YE3A 2I4DA 5P27A 4J0PA 4J1HA 1QRPE 4Y39A 3GW5A 5P63A 5OYZA 5P0NA 4Y3QA 1AZ5A 3KFNA 4DJUA 5DQ5A 5P0BA 5P5NA 3ZPTA 3BC4A 2MIPA 5P72A 4B1CA 5JFPA 1T6EX 4FM7A 3SO9A 1GKTA 3LHGA 5P4ZA 5BS4A 3PCZA 5OZSA 5I3WA 3PWWA 3UQPA 3PVKA 4RZ1A 4Y4XA 5P7PA 3QAAA 5FIVA 1FQ6A 5P43A 2RMPA 1HHPA 2IGXA 4Y56A 5P36A 5P38A 2NMYA 3VV8A 4Y58A 5P0YA 3QVIA 5P13A 4ZPFA 3K5DA 4ER2E 2UPJA 5EZZA 3O9LA 2R9BA 5OZ2A 1BVEA 3AUPA 1KJFA 2B60A 5P79A 5P4JA 3BXRA 2PSVA 2R5PA 5P68A 4L7GA 2P4JA 3VUCA 3D3TA 5P1FA 1BVGA 5P74A 2UXZA 3EL4A 4DFGA 3G70A 4Y3MA 4RGHA 2FNSA 2ZJHA 2B8LA 4DV9A 1C6XA 1OEXA 2FXDA 4A4QA 5P6GA 4BFBA 5P52A 4J0YA 3ZPSA 5P75A 2IS0A 3BVAA 4OD9A 3EC0A 3EL1A 1C6ZA 2XFKA 3IAWA 3R4BA 4X7IA 3PSUA 4FM6A 3UDPA 1MSNA 4I8ZA 3O9DA 4YA8A 4LXMA 3OUCA 3VFAA 3BUHA 2ZDZA 1LYAA 3KN0A 4BELA 4CPQA 1MPPA 1ZTZA 4EHCA 1ODYA 4H3JA 4QJ6A 5P7OA 5KOQA 4Y3SA 4XXSA 2HPFA 1PPME 4TRWA 5E5KA 5P1MA 5OZPA 4Z2ZA 2I1AA 1HSGA 2V00A 2H6SA 2QCIA 3UDMA 3SM1A 4ER1E 3GGXA 4DQEA 3INFA 5OYUA 5P5DA 5P0EA 5DGUA 6FIVA 5OYRA 5P85A 5P1NA 1MESA 5P3WA 4Y3XA 5P5UA 5P1QA 5OZCA 1CPIA 3KDCA 3KFRA 4Y9WA 3KM4A 5P3SA 3CKTA 5P07A 3UQRA 3UHLA 4MC1A 5P6JA 1D4IA 5P4VA 4J1CA 3S8IA 5IVRA 2PWCA 1SDVA 5P1HA 3CIBA 4GJBA 1XN3A 1HBVA 3VEUA 5HDVA 5P8JA 2HIZA 3ZKNA 1YTGA 1ZP8A 1BXOA 1EPLE 3OOTA 1T7IA 3HAUA 5DGWA 4Y5BA 3K4VC 2A4FA 3D91A 3PMYA 5P8SA 4GJAA 1YM2A 2WL0A 3U7SA 4J1IA 2JE4A 5P6NA 3T7QA 1ZBGA 4Y41A 3QBFA 4I0HA 4EJ8A 2R3WA 2VKMA 1C6YA 3GI6A 5SZ9A 4NJTA 1MT7A 2AOJA 4CP7A 1W5VA 5C9FA 1LF4A 2VIYA 3QS1A 3O9EA 3EKXA 4Z50A 4EQ0A 1YG9A 2J9JA 4Y4UA 3S2OA 1RL8A 3UQXA 5KQYA 1SDUA 5P2WA 3VYDA 1CMSA 4CKUA 4YOBA 5KOSA 3RSVA 4QGIA 5P2JA 1IZHA 1WBMA 5P26A 3K5GA 4Q1WA 1KZKA 3T7XA 1YT9A 5P15A 4I0FA 3URJA 3VV6A 3VSXA 5P2AA 2V11C 3OHHA 4B0QA 2QZXA 5IE1A 1EC2A 4GJ7A 5OZKA 2VJ9A 3WZ7A 2Q5KA 3QRSA 2QNNA 5OZNA 3PGIA 5P8UA 2PYMA 1B5FA 5P3RA 3TPRA 5OYWA 3ZL7A 1Z1HA 5ISJA 2QK5A 3APRE 5P1RA 3UFNA 5P22A 5P4YA 4Y3DA 5DQCA 2QHCA 4FM8A 4Y3NA 1UPJA 3NU9A 4XX3A 4BFDA 6APRE 4PYVA 5P86A 3NWQA 1ODWA 5EZXA 3SKFA 2NXLA 3KT5A 3H5BA 4L7HA 3KMYA 5P10A 4Y47A 5P8RA 1C70A 3ZOVA 2NNKA 1W50A 1HTEA 4R91A 1BDRA 5P4MA 3MXDA 5JODA 5P3HA 3FX5A 1FKNA 3OXVA 2AOEA 5P64A 1FMUA 1LF2A 4J0VA 4KB9A 1QS8A 3SA6A 3SA9A 5P5SA 5PEPA 7HVPA 2BKTA 2QI4A 3EKPA 6UPJA 3PLLA 4U7QA 4RROA 1DW6C 1PSNA 1EPOE 4RCFA 1B6PA 2F3FA 3KFPA 1K6TA 2ER6E 2HC0A 4DJQA 3HVPA 1AJVA 3S43A 2G24A 1IZIA 4D89A 3FNTA 3DCKA 5P5GA 4L1AA 5P31A 3BUGA 2G69A 3OK9A 2OHTA 2ZJNA 2B8VA 5P6VA 2WEAA 5P6XA 4YCKA 5P4KA 4Y37A 5OZBA 5P2DA 5OZWA 4LL3A 4Y3FA 2WF2A 2CEMA 5P3LA 3QBHA 3S45A 1ZSRA 3OAGA 1PFZA 1HXBA 3I2LA 4GMIA 3LIVA 1EAGA 3OQAA 5OZ7A 1SP5A 5P7JA 5HU1A 4FRJA 3WB4A 5P0AA 4Y4TA 1TQFA 2HM1A 3NWXA 1BWAA 4JPEA 2BPWA 2G21A 3Q3TA 5P19A 5P7RA 1MSMA 4D83A 1RV7A 3OXWA 4AZYA 3L59A 5P0JA 5P2TA 3MXEA 1ODXA 5P28A 1ZJ7A 1BXQA 2VIEA 1LF3A 1QBUA 5P6MA 2G26A 1DAZC 4EJDA 5OZOA 1PROA 3NUOA 1OD1A 2AOFA 5P2HA 3NXEA 5P0PA 3SQFA 5P0RA 4B72A 4GJ5A 4J1EA 4Y3RA 3HZCA 3OGPA 3R1GB 1HOSA 5P57A 3DCRA 3CICA 5P3UA 3ZKXA 1IDBA 4EQJA 4EXHA 2AVMA 3DK1A 3I25A 1E5OE 4FSLA 1PSOE 1RNEA 2XYEA 1HVSA 2BQVA 1YTJA 2H6TA 2WF3A 1FMBA 4DQCA 4RYCA 5DPZA 4Y5GA 4D8CA 3RTHA 2HB4A 2PK5A 4Y4WA 2AOGA 4QJ2A 3TL9A 5P2BA 4FSEA 1ZAPA 4OBJA 5P0ZA 2JJJA 5P4TA 4ZEAA 3VYEA 2ZJIA 1KJ7A 5J25A 5P3AA 2PSGA 3LPJA 5P5BA 5P5AA 1HPXA 1K1TA 4K8SA 4ZSQA 5P05A 5P6AA 2O40A 3L3AA 5P0IA 1EPME 4NPTA 2O4LA 1BWBA 4F76A 5KQZA 2PH8A 2FGVA 1FG6C 3U6AA 3TOFA 5P5YA 1FLHA 1MTRA 1G6LA 1HIHA 1AVFA 1G35A 4B78A 1XDHA 3WB5A 5KR0A 1HVRA 5ER1E 2NR6A 2ZHUA 3WZ8A 4I11A 4Y4GA 1FF0C 4RVJA 3NUJA 1HTGA 4IVSA 2V10C 4D88A 2FMBA 5P5TA 3QPJA 5IVTA 4BEKA 2ZHSA 4ZE6A 2IQGA 4KUPA 5P7FA 3GGAA 5P1BA 5P2XA 5OZDA 1EBYA 2QI5A 3CYXA 3NLSA 3AIDA 2FXEA 4J5JA 5P2MA 5P55A 5P6ZA 5P2FA 5P78A 5P1XA 3D1XA 3PI5A 1G0VA 5COKA 1BDQA 3EM6A 1RQ9A 5P4EA 3VF5A 3WZ6A 2R3TA 3OY4A 1XL2A 1E80E 3OHFA 2ZYEA 2BPXA 3EKWA 2NMZA 1RPIA 5P6CA 5P8GA 3N3IA 5AH6A 2FDPA 1GVUA 5CLMA 5P0TA 4YD5A 5P4IA 5P0OA 5OZTA 5P73A 5P67A 5P08A 1GVTA 2CEJA 2I4QA 5P3CA 1D4LA 4RCEA 3T11A 2HS1A 1SIVA 1Z8CA 5I3VA 3H0BA 5P20A 3ECGA 2WJOA 3Q6YA 1BILA 5OYXA 4ZSRA 4RYGA 2QU2A 3NDTA 4XX4A 3B80A 2PC0A 4NJVA 5HCOA 2G27A 5P1DA 1B6LA 5BRYA 1HVKA 1DPJA 3CKRA 5P3GA 5COPA 5AHBA 3BXSA 1D4KA 3R0WA 3R0YA 4Y57A 3SLZA 4Q1YA 9HVPA 4YD3A 3RU1A 3O9AA 5P5XA 2AVOA 1T7KA 2ER9E 2ASIA 5I3YA 3NSHA 3IA9A 4DVFA 2O4PA 4OBZA 3OXCA 5P6RA 5P7QA 5P70A 1NH0A 4Y5KA 2ZJJA 1FEJC 5P3BA 4WTUA 5P87A 4OC6B 3VF3A 3CMSA 2PQZA 5P6WA 2FDEA 1GNNA 3Q4BA 4GB2A 4ACUA 5P6EA 3O9IA 5HU0A 2ZGAA 4YD6A 4I0GA 5P3TA 1AIDA 2WF4A 5TOLA 4DQBA 5P2GA 1ENTE 5P0XA 5OZIA 3KF0A 5P33A 5P0SA 5P8DA 3IXOA 1BV7A 4B00A 5P7ZA 4Y3JA 4Y4AA 2B42A 2WF0A 4Y35A 4Y5CA 2O4NA 5P76A 3IGBA 2AVSA 5COOA 4L7JA 2OHQA 3EL9A 4J1FA 5P03A 4GJCA 4XKXA 4RRSA 3O99A 4HEGA 1EPQE 1LYBB 5P4WA 4OBFA 3MSLA 2A1EA 4Y5NA 4I1CA 2IDWA 4Y3PA 5ISKA 1ZSFA 3PMUA 3SA8A 1KJ4A 1NPAA 3O9FA 5AH7A 5P4DA 4FAEA 2PWRA 2QMDA 3QRMA 3LPKA 2WEBA 5F00A 3D1YA 5P4RA 4EXGA 5HE5A 4A6CA 2WKZA 5P00A 3OADA 5P8IA 1SDTA 5P6UA 5AGZA 2Q63A 3SACA 5P8LA 1EC3A 3VV7A 4FCOA 4DJOA 5P2IA 5JFUA 1HIVA 4ER4E 3ZMGA 5P59A 4NJSA 4GJ6A 3K1WA 1FQ4A 4I8WA 4K4PA 1M0BA 5DR1A 4Y54A 2WEDA 5P7HA 5P32A 1UH8A 3GI4A 3EXOA 5P3OA 2HB2A 1MRXA 1SIPA 3FV3A 3OUDB 1EBKC 5P7NA 5P0HA 2G1SA 4OBGA 4R93A 5OZHA 3LZUA 3OUAA 2QMFA 5P3NA 3LPIA 2IRZA 1A9MA 1T7JA 5P5EA 5AH8A 2OHLA 5P7KA 1K1UA 2G1NA 3T7PA 4FRKA 3OU4A 2AZ8A 1A30A 5DR3A 3EKQA 5P14A 1NSOA 3T3CA 4QLHA 4RLDA 3F9QA 5DR7A 1D4JA 5P04A 4Y5EA 5P6KA 1APWE 1PPLE 2I4XA 5OZMA 1SBGA 4OBHA 3PJ6A 5P6BA 1LS5A 2P3BA 4PEPA 1YM4A 4ZLSA 5P5MA 3KT2A 3O9LB 4FAFA 2QAKA 1EEDP 5P88A 3MSJA 1XL5A 4QJ8A 3O9HA 5P4XA 3UTLA 3O9BA 2R8NA 4DPFA 4DUSA 4I0JA 1N49A 5P47A 4Q1NA 5OZVA 2AOHA 1LYWA 3APPA 3Q5HA 3VG1A 2Q64A 5B18A 5DR4A 1MVPA 2ZHRA 1A8KA 5P0MA 5P7SA 5C9BA 3PI0A 4Y4JA 5P77A 4PHVA 5SY2A 1LZQA 1E82E 3I7EA 2QNQA 3MSKA 4LHHA 4OBZB 3UF3A 5P1JA 4I0IA 1FQ5A 1K6VA 2IL2A 1YTIA 3HBOA 4OD9B 3HAWA 3IXKA 4EWOA 2ZHVA 5P1YA 3D1ZA 5P4GA 2OHNA 3URIA 4FLGA 3DOXA 5P1VA 5P5WA 5P8PA 4I0EA 3FNSA 3ZKGA 3ZKIA 4YBFA 1LYAB 5ER2E 1W5XA 1WKRA 2Q55A 4Y48A 5CONA 2G1RA 5P3VA 2BPYA 2I0DA 5OZEA 3EMYA 2Q3KA 1MRWA 5P0GA 1FQ8A 5P5VA 1EPPE 5DQ2A 5P48A 4LAPA 5T4SA 4Y5MA 4Z22A 2QZWA 2NXMA 1IBQA 3I6OA 1GNOA 1W6HA 2QI7A 2BPZA 5P51A 4H3GA 1FFFC 5P01A 4HDBA 3PSGA 2BPVA 2BJUA 5P3KA 4IVTA 5KQXA 4A6BA 5P25A 4DQHA 4JECA 1HVHA 3UPJA 1OHRA 4HDFA 4B77A 2ZE1A 5P89A 3PRSA 1FGCC 3DUYA 3FKTA 1W5YA 3PWMA 3INDA 3OQDA 1UH9A 3EL5A 2NNPA 1SMEA 5IS4A 4GJ9A 3KFSA 3KA2A 2I0AA 5DR0A 4R5NA 5P5KA 2FGUA 1G2KA 2PYNA 3UDQA 2CENA 4YDFA 3OWNA 5P5CA 5P3FA 3PHVA 2FS4A 5OYYA 3KDDA 1CZIE 1ZPAA 5P82A 3HD8A 1F7AA 5P46A 1Z1RA 5P2EA 3N4LA 5HDXA 2VIZA 1DIFA 2JXRA 4GYEA 3TLHA 4I0DA 5P49A 3VLBA 5HD0A 1SGZA 4GJ8A 5OZZA 4EPJA 2J9JB 5ENMA 4RVIA 1K2CA 1T3RA 3R2FA 3U71A 1A94A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3C A;  3KYR A;  1NPW A;  1PPK E;  5P4A A;  5P06 A;  2XYF A;  5P7B A;  4MC2 A;  3IN4 A;  3HVG A;  1XN2 A;  1LV1 A;  2OF0 A;  5P83 A;  3EL0 A;  1B6J A;  1XE5 A;  1AAQ A;  3L5D A;  4OBD A;  4DPI A;  1LYW B;  5P8N A;  3FIV A;  1TCW A;  1TCX A;  1HEF E;  5P7A A;  5P2V A;  3FNU A;  1LYB A;  5OZX A;  3DJK A;  1J71 A;  5P60 A;  4EP3 A;  2QMP A;  2Q11 A;  1APT E;  2IEN A;  5OZ4 A;  2VIJ A;  5P6D A;  5P61 A;  3A2O A;  3WSJ A;  5P81 A;  2OAH A;  5HCT A;  4DQG A;  5P8T A;  3TPP A;  1IDA A;  3HW1 A;  2Q54 A;  2QI6 A;  3KMX A;  5P16 A;  5P4O A;  3EKT A;  4EP2 A;  5P6L A;  4GZF A;  1B6M A;  1APU E;  5OZA A;  4K9H A;  4ZSP A;  1TSU A;  4R92 A;  4J0Z A;  4Y43 A;  4HZT A;  5OZF A;  1OEW A;  5P5Q A;  2JYS A;  5P2Z A;  4FL8 A;  4DI2 A;  5I70 A;  4JOO A;  2I4W A;  5KR1 A;  3UDJ A;  3OGQ A;  1DP5 A;  5IVS A;  3OUD A;  5P0C A;  4YE3 A;  2I4D A;  5P27 A;  4J0P A;  4J1H A;  1QRP E;  4Y39 A;  3GW5 A;  5P63 A;  5OYZ A;  5P0N A;  4Y3Q A;  1AZ5 A;  3KFN A;  4DJU A;  5DQ5 A;  5P0B A;  5P5N A;  3ZPT A;  3BC4 A;  2MIP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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