1HTRB

Crystal and molecular structures of human progastricsin at 1.62 angstroms resolution
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SVTYEPMAYMDAAYFGEISIGTPPQNFLVLFDTGSSNLWVPSVYCQSQACTSHSRFNPSESSTYSTNGQTFSLQYGSGSLTGFFGYDTLTVQSIQVPNQEFGLSENEPGTNFVYAQFDGIMGLAYPALSVDEATTAMQGMVQEGALTSPVFSVYLSNQQGSSGGAVVFGGVDSSLYTGQIYWAPVTQELYWQIGIEEFLIGGQASGWCSEGCQAIVDTGTSLLTVPQQYMSALLQATGAQEDEYGQFLVNCNSIQNLPSLTFIINGVEFPLPPSSYILSNNGYCTVGVEPTYLSSQNGQPLWILGDVFLRSYYSVYDLGNNRVGFATAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords PROGASTRICSIN (PRO SEGMENT)
publication title Crystal and molecular structures of human progastricsin at 1.62 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 83
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.3: Gastricsin.
pdb deposition date 1994-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1htrB02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1htrB01
1IDAA 4RCEA 1PROA 3GW5A 1ZP8A 5P42A 5P6MA 3QVIA 5OZUA 1YTGA 3GI4A 2AOIA 7HVPA 2G1YA 1W5YA 2FDDA 2IDWA 5P8EA 1ZAPA 2I4UA 4ZLSA 4QGIA 2B7FA 1OEWA 4FRKA 5P2BA 1FB7A 1QDMA 5P71A 3KYRA 3EKXA 5P7IA 5OYQA 3T7QA 1CMSA 2QAKA 4KB9A 3URJA 4R93A 5P7FA 1BIMA 1JLDA 2V11C 1DMPA 3QVCA 5P1IA 1ZLFA 5P6UA 5P74A 3SO9A 5OZVA 1HVJA 5OZ3A 1M4HA 2Q63A 5IVTA 3O9EA 1ZJ7A 1HIHA 1HIIA 1W5WA 3O9LB 3KT2A 2AODA 3L5FA 4CMSA 4QJ9A 2ER6E 3OTYA 1BDQA 1HEGE 5P2GA 5P27A 5P1ZA 3MSLA 1FLHA 5SY2A 4B00A 3EL0A 5P36A 1IDBA 2P4JA 3SA4A 5P81A 4H3JA 4A6BA 1AIDA 4EXGA 4Y3LA 5KQYA 5P58A 1PPLE 1TZSA 2BPXA 3NU6A 3ZOVA 4K4PA 2PMAA 5P1VA 3VF5A 3SKGA 1HBVA 3PBDA 5OZYA 3L5DA 4FM8A 4GYEA 4Q1WA 5P4OA 5OZTA 4EQ0A 5P3VA 3O9GA 2NTRA 1SGUA 2OHKA 4I11A 4XX3A 1HVRA 2HB2A 4J0ZA 3OQFA 2G21A 3UQRA 3KMXA 3R0WA 5P1SA 3OY4A 1HOSA 4B0QA 4PZWA 3INDA 4OBZB 1QBRA 2HC0A 5DQ1A 5OZ0A 5JODA 4AA8A 2ZJIA 4FM7A 5DR8A 1EPME 4YOAA 4ZE6A 4I0HA 2Q11A 4HDBA 1B6KA 1XL5A 3SA8A 4S1GA 5P5GA 3UQPA 5P48A 5I3YA 1W50A 3AIDA 3PI0A 1FMUA 3SA5A 4XKXA 5DR3A 1BBSA 3R2FA 5P53A 3APPA 3URLA 2P8HA 4Y5MA 3VCMA 5P6EA 4Y45A 3NXNA 2RSPA 5P2YA 5HU0A 4NJTA 4ER2E 1DPJA 2J9KA 4ZPFA 2BPVA 2FIVA 2BQVA 5P5RA 3S54A 4Q5MA 5P1KA 3S43B 4CPTA 5KQZA 4TRWA 4RLDA 3K5GA 1PPKE 5COPA 4Y3AA 1HIVA 2Q3KA 4RVIA 5P7OA 4I0DA 3UPJA 4RYGA 3OXXA 1LYAA 3FNUA 3QP0A 3TNEA 5P3UA 2B7ZA 5P3RA 5P5XA 2NXLA 5P5SA 4PEPA 2QNQA 4EJKA 3O9DA 5P07A 1XE6A 4L6BA 2P3BA 3O9AA 1FMXA 4J1KA 4Y3PA 5P7UA 4Y36A 5OZIA 5P0BA 2I4VA 4AMTA 4ER4E 2ZJMA 5P5CA 4HZTA 3PLLA 4E43A 1B5FA 4Y3QA 4M8YA 1SMRA 3OWNA 3TLHA 2FMBA 4Y4ZA 5P23A 1ER8E 4ZSMA 3F9QA 2AVSA 5P04A 2AIDA 5OZLA 5DGUA 4YBIA 1QBTA 2APRA 4A6CA 3KDCA 1HSIA 5P25A 3PMYA 3OU1A 4IVSA 2ZJNA 5OZOA 3L5EA 5OYXA 4CPXA 2BBBA 4FRSA 4NJVA 2QI4A 1TSQA 1MT8A 3LZUA 3PCZA 1HVCA 1K1UA 3GGAA 4RCFA 5DPZA 3QS1A 3WZ7A 4WTUA 3QRMA 3UCBA 4GJ5A 2I0DA 5P8TA 5P7PA 3NU4A 5OYUA 5OZRA 1MPPA 2G1OA 3OXVA 2P3AA 1YX9A 3PMUA 3DUYA 1YTIA 4U8WA 5P6QA 3OU4B 5P72A 5P2TA 5P0IA 2ER9E 2ZJHA 3JVYA 5P7XA 5JG1A 1GVUA 5HE7A 5DQ5A 5P8QA 4Y43A 2XFJA 5OZFA 5P73A 5P6BA 5P69A 5P80A 1BWAA 5P6PA 3HW1A 3UTLA 2Q64A 1WKRA 3NR6A 5P1GA 2ZHTA 4L7GA 2QD6A 4Y3JA 4Q1NA 4Y3GA 3IXKA 3OAGB 4LXAA 3LIQA 1PPME 5P59A 2NR6A 1DIFA 5E5JA 5P1HA 3U6AA 3HAWA 1K6TA 4TVHA 5P1LA 2AOFA 4Y58A 4PPHA 5COKA 5P35A 2AOCA 5P3SA 2NXDA 3CYXA 7UPJA 2B8VA 4Y3FA 2NXMA 1HEFE 2B8LA 5P3CA 3I7EA 5AH8A 5P3MA 5P60A 1W6IA 2QZKA 5P02A 5P7JA 1BDRA 3LIXA 1IZDA 3FX5A 4BFBA 1SBGA 5OYSA 2WF1A 5IVSA 2I1AA 4Z50A 3BVAA 3L5BA 1YT9A 1E82E 5P16A 1IIQA 2AOEA 3LITA 5OZNA 4FGXA 4YCTA 3PVKA 4QLHA 2V00A 3KT5A 5P6RA 5P1NA 5P7RA 5OZGA 3T7PA 5OZPA 5JFPA 1FF0C 3KFNA 4HEGA 1MVPA 3RSVA 4DV9A 4LXMA 1EPPE 5IVRA 3LZYA 5DR0A 3OQAA 5OYZA 5P4VA 3VF3A 4Y3RA 4GB2A 4DH6A 3UQUA 4Y57A 5P4AA 4DJPA 5P5QA 2QI5A 1EPRE 3PRSA 4DFGA 1WBMA 1T7JA 5P38A 5DR7A 1F34A 5COOA 5P3QA 4OBFA 2WEBA 3JVWA 1W6HA 3ER3E 5P1FA 5OYWA 3L38A 4B78A 3IGBA 2V12C 2IENA 5P78A 1A30A 3N4LA 3AUPA 4Y3MA 1APUE 4Y3XA 3GI6A 3OHFA 1UH9A 1WBKA 4H3GA 4Q1YA 2QHZA 1A94A 4GJAA 5P2JA 5P39A 4FM6A 5P2FA 3LZSA 2F3KA 1FG8C 3HD8A 4ZSQA 5HCTA 5P17A 4OD9A 2F3EA 1SIPA 3TKWA 1RL8A 4KE0A 5CLMA 4Y5BA 4BEKA 3HZCA 1MERA 3SA6A 2ZJLA 3IN4A 2VJ6A 3UDYA 5P22A 1A8GA 5P2HA 4R91A 5P0GA 5KAOA 2IEOA 5P7TA 5P6XA 3SPKA 3T6IA 2BB9A 4Y56A 5P6VA 3D20A 2IKUA 3UDQA 1LS5A 1MUIA 5P8DA 3L58A 4RCDA 4M8XA 5P4SA 1TCWA 1RQ9A 2VIYA 2AOHA 5P76A 5P8GA 5P4KA 5P0AA 3O9FA 3R4BA 1LF3A 3BXRA 3SA9A 1UPJA 3PWRA 3SAAA 5OYYA 4GJ7A 5OZ5A 2XFKA 2P3CA 3CYWA 2WKZA 9HVPA 2G69A 2HIZA 4I1CA 3FNTA 2FXDA 4FSEA 4Y51A 3QIHA 2IS0A 1LF4A 5P5LA 3PBZA 3NSHA 5P0PA 5P84A 1EC3A 4A4QA 1K1TA 3CICA 5P57A 5P7LA 1BV9A 2OHNA 1K6CA 1XDHA 4HA5A 1N49A 3SACA 2AOJA 1GNNA 2R38A 5P6DA 2I0AA 1GVTA 2O4NA 2HPEA 5OZBA 1Z1RA 5P6IA 1W5VA 4Y50A 2F80A 3SA7A 4Y38A 3INHA 3OQ7A 5P0TA 5P0DA 1MESA 2PQZA 4RVJA 5P8JA 4B1CA 4YCYA 3EMYA 2BKSA 3BGCA 2JE4A 3DM6A 1QBUA 1K6PA 5P44A 4FRIA 5I3WA 3TOFA 2UXZA 3EM3A 3B7VA 4ZSPA 5P7ZA 2R5QA 5P5VA 2PK5A 5P2DA 3K5DA 1OHRA 3LIVA 5P8BA 4I0FA 3S7MA 3I6OA 5OZXA 4Y47A 5P1WA 4L1AB 3L59A 3OUCA 4Y5PA 2A1EA 3URIA 2Z4OA 1LV1A 1B6PA 1ZPKA 5P30A 3QAAA 3PWWA 1NPVA 2RMPA 5P0YA 3KDDA 5P2QA 1BVGA 2QMPA 3VF7A 1FKNA 1TQFA 5P5FA 3ZKIA 5P2KA 4PZXA 4QJ7A 5P7WA 2OHLA 4FLGA 4GJDA 4OBJA 1VIKA 4Y3ZA 5DR4A 4Y4EA 4Y4DA 5P1XA 5P3WA 1YG9A 5P5OA 3QRVA 2VA5A 1FIVA 4J1EA 4OBKA 3EBZA 5P5KA 4KE1A 4ZEAA 3Q4BA 5P28A 1IVQA 3O9LA 2F3FA 1EPNE 3HVPA 5P2AA 4Z2ZA 1PSNA 4MC2A 2AVQA 2Q54A 5P05A 3SLZA 3OUAA 4RGHA 4Y53A 5IS4A 5P7SA 2QI7A 4EXHA 2PWRA 4Y5GA 5P20A 5P2VA 3S8IA 5P0JA 1QBSA 3LIYA 3EL5A 4DJOA 2R5PA 5P4CA 1BV7A 1C70A 1HPVA 2I4DA 5PEPA 4Y39A 2HAHA 2ASIA 2R3WA 1APVE 2AZCA 4CP7A 1YM4A 3G72A 4Y3DA 1GVWA 3L5CA 1YM2A 3K5CA 4DQBA 5UPJA 5P2RA 2CEMA 2Q15A 3QBFA 4APEA 4MC9A 1IZHA 4RRNA 3UHLA 5KR1A 5P75A 2BPWA 1EBYA 1M0BA 4Y3NA 3ZKNA 4NJSA 5P2IA 4L7JA 4Z22A 4I8ZA 3OADB 5P14A 5P86A 4OBZA 4YCKA 2QI1A 5P6TA 3ZKGA 2QZWA 2VA6A 2VNNA 4DUSA 3EL4A 5P1JA 3JW2A 4K4QA 2B60A 2ZGAA 3BGBA 5I3XA 2FDPA 3SKFA 1FFFC 1ME6A 4ZPEA 4Y4AA 5P64A 1M43A 3NDTA 5KOSA 1HRNA 2QMFA 1EC0A 5SY3A 1XS7D 3N3IA 5AH9A 5P2XA 1EAGA 5HDZA 4CPQA 4OC6B 3EL1A 5P0RA 1B6LA 3FKTA 2V13A 4Y37A 3S43A 5BRYA 3D3TA 3DCKA 3KDBA 2J9JB 1FFIC 4PHVA 5P6NA 5P7AA 1IZIA 3IVIA 3ZPUA 5P1QA 1UH8A 3Q6YA 2G26A 2P83A 1MSMA 5ISKA 4JP9A 4I0EA 5P8HA 3ZPTA 1KJ4A 4AUCA 1BWBA 2VKMA 3CKTA 3I25A 5HDUA 3R0YA 3VV8A 3D1XA 4F75A 5P7NA 3HLOA 1HPSA 3SQFA 2R3TA 5P0UA 5P70A 4AA9A 5AHAA 4J1HA 4TRYA 1FQXA 4EJLA 4BELA 1OD1A 4TVGA 5P3FA 1D4IA 2O4SA 2QCIA 3VYFA 3MXEA 3EC0A 1ZPAA 5HU1A 5ISJA 3PSGA 3QPJA 3GI5A 5P6OA 4EQJA 5P33A 3R1GB 3OOZA 5P8IA 3EKYA 3INFA 1LZQA 1ENTE 2AQUA 4FCOA 3CKPA 4FSLA 2WHHA 4J1FA 2ZDZA 3RTMA 4YD7A 5P61A 4QJ2A 3RSXA 2Q55A 3MSKA 4I12A 3IA9A 5P2CA 1YTHA 4B70A 5P79A 5P1UA 5TOLA 3O9HA 5P3OA 1ZSRA 5AH6A 1XL2A 4J0YA 2HS2A 3VFAA 4LBTA 3KF0A 4J55A 4K8SA 5P00A 4R95A 5P87A 4LL3A 4DQHA 4LHHA 3PCWA 3BXSA 5P8NA 4YD4A 2VIZA 4FL8A 4FRJA 3G6ZA 2FNSA 2PSVA 5B18A 3PB5A 1DAZC 3GGVA 1A9MA 3WZ6A 5P2EA 1ODWA 2QI3A 4I10A 4J54A 4U7VA 5P4XA 4QJ8A 1PSOE 2PC0A 4UPJA 2EWYA 1MT7A 5P68A 3LIZA 5P09A 3UFNA 2QHCA 1E81E 3GGUA 4J0TA 2FGUA 5P5MA 5P7EA 3ST5A 3OAGA 5P4DA 4EWOA 5EZXA 5P4JA 5P3JA 1EBZA 3EL9A 3LHGA 3UQXA 4FIVA 1B11A 5OZ4A 3PSUA 3Q3TA 4U7QA 5OZDA 5P89A 1NPAA 4DJUA 1ZTZA 3C9XA 5DQ2A 3SA3A 3G70A 3SM1A 1FQ8A 4Y3YA 1D4LA 3TTPA 4Y48A 2OHPA 5F01A 1HXWA 3CMSA 2AVMA 2UY0A 3VYEA 3LPJA 3PM4A 1HVHA 3KFRA 4RRSA 2F8GA 4ZIPA 5P1RA 4FAEA 2BKTA 3VFBA 2FLEA 4GZFA 5OZ8A 5P31A 2QP8A 1QS8A 4Y4JA 5P4ZA 3I8WA 3EKWA 4EP2A 4NJUA 4Z4XA 5P0VA 5P6GA 1HSGA 2CEJA 5P0KA 4HVPA 1F7AA 3TPRA 3H0BA 1LYWB 4JOOA 5OZEA 3QI1A 3TPLA 3GI0A 5P4WA 2G27A 2A4FA 3OGQA 1HTRB 1GVVA 1LYBA 3ZPSA 5P83A 5HDVA 1A8KA 4F76A 2B42A 3U71A 3VLAA 1T3RA 4YD6A 3IXJA 1HXBA 3INEA 3DV5A 5P0MA 3PSYA 4XXSA 3NU3A 3KA2A 2Q5KA 3O9BA 3ZKQA 5ENMA 1EBWA 5JFUA 3ZMGA 5P12A 5OZWA 4LC7A 5P5AA 5P6FA 3ER5E 4YDFA 5P4MA 3APRE 1GVXA 5P7VA 2G20A 4H3FA 5P1BA 2QZXA 2VJ7A 5P77A 5P8MA 1T6EX 1D4KA 4CPRA 5E5KA 5P5IA 3UDHA 1AZ5A 5P1CA 2WL0A 2R9BA 3IXOA 4HDFA 5P2LA 5P0FA 2QMGA 4D89A 1META 2PH6A 3TPJA 2PYNA 5P7CA 1E5OE 4B05A 5P82A 3OUDA 5P4GA 3S2OA 1GKTA 2HPFA 3ZKXA 3U7SA 3Q70A 5HCOA 1AM5A 5P7KA 1SDTA 2VJ9A 1HVIA 4MC1A 5P0SA 1Q9PA 1DW6C 3OK9A 2G24A 5P37A 5HE5A 5P5TA 5P85A 2VIJA 2OHMA 4YDGA 4ACXA 1C6XA 5OZ7A 1EPQE 3OQDA 2O4KA 3DK1A 5P8CA 5P8PA 4Y3TA 2MIPA 4CPWA 3CKRA 3NYGA 4B77A 4GIDA 4DPFA 1G35A 5P11A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IDA A;  4RCE A;  1PRO A;  3GW5 A;  1ZP8 A;  5P42 A;  5P6M A;  3QVI A;  5OZU A;  1YTG A;  3GI4 A;  2AOI A;  7HVP A;  2G1Y A;  1W5Y A;  2FDD A;  2IDW A;  5P8E A;  1ZAP A;  2I4U A;  4ZLS A;  4QGI A;  2B7F A;  1OEW A;  4FRK A;  5P2B A;  1FB7 A;  1QDM A;  5P71 A;  3KYR A;  3EKX A;  5P7I A;  5OYQ A;  3T7Q A;  1CMS A;  2QAK A;  4KB9 A;  3URJ A;  4R93 A;  5P7F A;  1BIM A;  1JLD A;  2V11 C;  1DMP A;  3QVC A;  5P1I A;  1ZLF A;  5P6U A;  5P74 A;  3SO9 A;  5OZV A;  1HVJ A;  5OZ3 A;  1M4H A;  2Q63 A;  5IVT A;  3O9E A;  1ZJ7 A;  1HIH A;  1HII A;  1W5W A;  3O9L B;  3KT2 A;  2AOD A;  3L5F A;  4CMS A;  4QJ9 A;  2ER6 E;  3OTY A;  1BDQ A;  1HEG E;  5P2G A;  5P27 A;  5P1Z A;  3MSL A;  1FLH A;  5SY2 A;  4B00 A;  3EL0 A;  5P36 A;  1IDB A;  2P4J A;  3SA4 A;  5P81 A;  4H3J A;  4A6B A;  1AID A;  4EXG A;  4Y3L A;  5KQY A;  5P58 A;  1PPL E;  1TZS A;  2BPX A;  3NU6 A;  3ZOV A;  4K4P A;  2PMA A;  5P1V A;  3VF5 A;  3SKG A;  1HBV A;  3PBD A;  5OZY A;  3L5D A;  4FM8 A;  4GYE A;  4Q1W A;  5P4O A;  5OZT A;  4EQ0 A;  5P3V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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