1HVJA

Influence of stereochemistry on activity and binding modes for c2 symmetry-based diol inhibitors of hiv-1 protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid protease)
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Influence of Stereochemistry on Activity and Binding Modes for C2 Symmetry-Based Diol Inhibitors of HIV-1 Protease
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hvjA00
5P50A 1IZDA 1ZPAA 5P1EA 5P32A 4B1EA 1CZIE 4FRIA 1CPIA 5P31A 4Y43A 5P8FA 3OAGA 4Y4WA 2O4KA 5P5NA 1RL8A 2ER9E 1G6LA 3QROA 5DR0A 5P81A 1LYAA 3OUAA 5P73A 4H3FA 1F34A 4B05A 3S54A 3BC4A 4FM7A 2Q54A 4Y48A 5P0OA 1NSOA 4EJKA 5P6IA 2G22A 5P3ZA 5P2YA 4F74A 4Y51A 3UQWA 3NXEA 3L3AA 2F8GA 5P41A 3SA4A 4Y3WA 3LZUA 5P0DA 2P3BA 4CPUA 5P5CA 5P36A 5SY2A 5F00A 4OBDA 3KMXA 2O40A 4GMIA 5P7WA 3S8IA 4N00A 5P69A 2WF1A 3L38A 2CENA 3BVAA 3ZKSA 2R5PA 5KAOA 5P2AA 3ZPUA 4L1AA 5P30A 2I4QA 4J1EA 5COKA 1AZ5A 3M9FA 3INHA 4NKKA 4YDGA 3Q3TA 5P4EA 3I8WA 3UFNA 3LPKA 1G35A 5P7TA 5P7SA 5P7NA 4Y3ZA 3OQDA 3R0YA 4PEPA 1E80E 3KT5A 5P0SA 1AJVA 5P0VA 2FMBA 4AMTA 5BS4A 4H3IA 3IVIA 1BWAA 5CLMA 2CEMA 2A1EA 4LC7A 3S43B 2B42A 5P35A 4Q1XA 4RGHA 3G6ZA 5OYVA 1AVFA 1K6PA 1FMUA 2NXLA 2ZHSA 1ZBGA 4Y5PA 5P4KA 3RSXA 2RSPA 3D1YA 4YHQA 2O4SA 2I4XA 4Y53A 5OZMA 2HPEA 3SA6A 5P6OA 5IVQA 3ZL7A 5OZGA 4B70A 5P0BA 2ZDZA 2J9JA 3WZ6A 1HXBA 3PGIA 4FGXA 5HCOA 5OZPA 5P03A 4BELA 3LZYA 2BB9A 4CPXA 1HXWA 5P53A 5P7CA 2HPFA 2UXZA 3O9HA 4HA5A 1XL2A 5P1MA 3QVIA 3NYGA 4J1HA 3ZOVA 1QDMA 3FV3A 4YOBA 4OD9B 4AA8A 5P3RA 1GVWA 1SIVA 4RYGA 2ZJJA 2QZXA 3FNUA 4MC6A 4J1KA 2VIZA 5OZFA 4GJAA 5P10A 2XFKA 1CMSA 3UQRA 5P6PA 5P4RA 5P4FA 4Q1WA 2QZLA 5P06A 5P49A 5P2LA 5P1PA 5JFUA 4COEA 3Q6YA 3OU4A 4Y41A 3LIQA 1PSAA 3I25A 1EPOE 4Y3DA 4KE1A 2BBBA 2AOIA 4FS4A 2QNNA 3OU1A 1HPXA 2I4DA 2QZKA 4FAEA 5EZZA 5P3PA 5P19A 5SY3A 3CYWA 4I0ZA 5OZTA 4Q1YA 3KN0A 3OWNA 4YA8A 5P4SA 4ZSRA 3VFBA 5E5JA 2I0AA 3GGXA 3ER3E 1C6YA 1BV7A 4Y38A 3EKQA 4NPUA 4H3JA 2BPXA 1FQ6A 5ISJA 1T3RA 3OTSA 2AZCA 2P8HA 1JLDA 4RCDA 4B1CA 2PC0A 3G72A 3R1GB 5P8SA 2MIPA 3SA5A 5P7GA 1FGCC 5SXNA 2QI6A 3T11A 3K5CA 5P4BA 3O9EA 1NPAA 5P1GA 4HVPA 2NXDA 1EC3A 3UDJA 3VF5A 4DPIA 2HIZA 5P8KA 5P0GA 1GNNA 1BV9A 2BPVA 4ER4E 4I0DA 5P5SA 4Y5LA 2ZJHA 1EPPE 2V10C 3IGBA 4OC6A 3QN8A 1MRWA 5P2DA 2B60A 1BVGA 3SQFA 3O9DA 3DUYA 4Y3GA 5P6UA 5P6FA 1A9MA 3PM4A 5OYZA 3KT2A 2NMZA 4OBGA 4XX3A 5OZ0A 2QI5A 2OHTA 2PQZA 4CPQA 4BEKA 4QJ9A 5P6QA 4Y3EA 1YX9A 1FQXA 1AIDA 1W51A 3NLSA 5P5FA 2IQGA 2HAHA 2VA7A 4F73A 4FRSA 5HU1A 3APPA 3PCWA 2JXRA 5P0TA 5ENMA 5P3AA 2O4PA 4NJUA 5OYSA 1BDQA 3TPJA 4X2LA 1HSIA 5IVSA 2VA6A 5BRYA 5P8AA 3HLOA 1K2CA 5P8PA 1HVJA 3OXVA 5OZ9A 2ZJIA 1QS8A 5P4DA 5P1LA 3RVIA 5P0AA 4Y5KA 5P25A 5P1XA 2G1YA 2PK5A 2UPJA 1ZLFA 1A8KA 3PWRA 3NXNA 3ZKGA 5SZ9A 5P5AA 5P18A 2HC0A 3LHGA 1B5FB 5P65A 2BQVA 3VUCA 5P48A 5AHAA 2IGXA 3HAUA 4R5NA 3FNTA 5P4LA 2P83A 2FNSA 3LIYA 2AVOA 5P0XA 5P57A 5P5OA 2IL2A 5P7YA 5OYQA 7UPJA 4Y3TA 4Y4JA 2AODA 2PSUA 1D4YA 4Y3MA 3SM1A 3JVWA 4RYCA 1HSGA 2CEJA 1BBSA 5P0UA 4GJ5A 2ER7E 4YD7A 4E43A 2G24A 4Y45A 3ZPSA 4FM6A 5I3VA 2IKOA 1LF2A 2P4JA 5P8IA 1ZP8A 3FX5A 1LYAB 1W50A 4EPJA 4QLHA 5P2EA 2G69A 1SGZA 2FDDA 5P07A 5P5HA 1VIJA 5P1RA 3EKPA 3WZ7A 3NUJA 5KQZA 3D20A 1SDTA 4KUPA 5P2BA 5P5YA 5P14A 1EBYA 3I7EA 1ZJ7A 5P23A 1B6JA 5T4SA 1KJ7A 4YD3A 5OZYA 4B00A 3DJKA 2BJUA 1Z1RA 2ZHRA 1IZHA 2F3EA 3BXSA 1IVPA 3KFPA 1T6EX 1D4LA 2ANLA 2RKFA 3HAWA 3H0BA 5P2MA 2ZGAA 4GIDA 4Y3SA 3PMUA 2RKGA 3DV1A 5P6LA 3IXOA 3LINA 6APRE 3MXEA 5P56A 5P7LA 4EP2A 3T3CA 3NR6A 5P5RA 4UPJA 3ZPTA 5P78A 3GGAA 1IIQA 4MC2A 3TPPA 4I8WA 4ZSPA 3S56A 1KJFA 4Y4EA 3R4BA 4L1AB 5P1AA 5P6DA 4LXKA 3MSKA 1NH0A 4WTUA 4A6BA 5P0RA 1QBUA 3OQAA 5P3BA 1K6CA 2F3KA 5OYRA 2ZYEA 1BVEA 1FQ4A 2ASIA 1MRXA 3CKRA 2I4VA 3GI0A 5P71A 4ZLSA 3OGPA 3DM6A 4GJ8A 3OUDA 5P8RA 3VYFA 4FCOA 5P5JA 2P3DA 1QBSA 4EQJA 1BIMA 3PWMA 2V12C 5P55A 3OADA 4J1CA 1E82E 1YTHA 2V16C 2WEBA 1OD1A 3JW2A 1LYBA 2QCIA 5P1IA 3L5FA 1PROA 1FMBA 3I2LA 2Q64A 5P72A 3EL9A 3KA2A 4H1EA 5OZCA 3L5BA 4K4QA 2PWCA 2J9JB 5P7EA 1BDRA 4DPFA 5P6CA 4Y36A 3IN3A 4J5JA 3NWQA 4Z50A 3VCMA 1XDHA 1IDBA 2ZJLA 2H6TA 4R8YA 2EWYA 4RCFA 5P22A 3S7LA 5P27A 3D1XA 4FIVA 3VSXA 2QI0A 5P3QA 1XL5A 3PSYA 5P09A 2Q5KA 1BILA 5P6YA 1K6TA 3UHLA 5P0EA 5OZ2A 4EWOA 4FL8A 3PCZA 2QD7A 5OZOA 4RLDA 3O9LA 1ZTZA 5P2TA 2QHYA 2VIEA 3VV7A 2QU2A 3HZCA 1HVHA 3NU6A 1UPJA 4DJXA 4HDBA 5CONA 3O9IA 5P00A 4AZYA 1GNMA 1DMPA 2OHSA 5P3TA 4WY6A 4HDFA 3TKGA 3WZ8A 2OF0A 5P2QA 4YDFA 5OZZA 3NDXA 3VV6A 3INFA 1HVIA 3K4VA 3OU1B 4EJ8A 5DGUA 5P3YA 4GYEA 5P0YA 2R5QA 3CIDA 5P3IA 5P2CA 2QAKA 2QMDA 5P1ZA 2VJ9A 5P3CA 3CKTA 1FEJC 1M43A 5OZEA 2I1AA 5OZBA 5OZ5A 4AA9A 3QBFA 5P2OA 5HTZA 2G26A 3UQXA 3TH9A 5P0ZA 3DOXA 1TSUA 3FIVA 3JVYA 5P1YA 4OBJA 3UF3A 2G20A 2B7ZA 5P3NA 4B78A 2ZHUA 3RTMA 4K8SA 1TCWA 5P79A 4EXGA 5P5VA 4HLAA 4RZ1A 2FS4A 3B80A 4F75A 3SFCA 1HVCA 5HDXA 2QHCA 3QBHA 4OBHA 3QRVA 5KR1A 1BXQA 5P6WA 5OZQA 2ZHTA 1SMRA 3AUPA 4R93A 1LYWA 1ODYA 3CYXA 1ER8E 5P24A 2WJOA 3L5DA 3S2OA 1LV1A 5P29A 5P7HA 3U7SA 4ZSQA 3L58A 4CPSA 4A4QA 3Q4BA 4OC6B 3RTHA 1W5XA 1EPRE 2PSVA 1FFFC 1SGUA 3BXRA 5P38A 5OZNA 2ZE1A 5F01A 5P7XA 4K9HA 2ZJNA 4Y3RA 1G0VA 1HOSA 1D4JA 4FLGA 1UH9A 5P4YA 1MT9A 5P4WA 2NXMA 2OHLA 2R3TA 4GJ9A 2JJJA 5P7JA 1OEXA 1ZAPA 4ZIPA 3DV5A 2O4LA 5P12A 5P26A 3UDPA 3ZKIA 2FLEA 4Y44A 5P28A 2IDWA 3CMSA 3B7VA 1SDUA 4B0QA 5P51A 1EBZA 5P85A 2Q63A 5OZDA 4M8XA 4DH6A 3NU5A 4L7HA 4Y4BA 5DR8A 3OTYA 3TPLA 5P1UA 3K4VC 3OY4A 3KFSA 4QJ6A 1FIVA 3K1WA 3INEA 5P63A 3CICA 5P5DA 5DR1A 5DR4A 4GJ7A 3ST5A 1MT8A 5DQ2A 5P7PA 3WB5A 4ACUA 5P6GA 2WF2A 4OBFA 3PJ6A 3GI4A 4Y3XA 5P43A 4NJVA 4M8YA 4Q5MA 5P15A 3PLLA 5P8DA 2WF4A 3WSJA 5I3YA 2Q15A 4EJLA 5I3XA 2OAHA 1LF4A 1HBVA 3ER5E 2JE4A 5OZWA 5P6MA 1OEWA 4L7GA 5P6XA 3BVBA 4Q1NA 5EZXA 3FNSA 5P17A 2AOEA 5P3LA 5OYWA 1G2KA 5P0NA 2NTRA 3OUBA 5P11A 3PEPA 1ENTE 2NNPA 2ER0E 3K5DA 2FDPA 3UQPA 2XYEA 2QK5A 5AH6A 4DJWA 2QMFA 5P42A 6FIVA 1B6LA 3EM3A 5P1OA 5P3FA 2PYNA 5P8EA 3BUGA 5HVPA 3S53A 5P4AA 3EM6A 4D89A 3G70A 3SLZA 2G94A 5P0QA 2V0ZC 2Z4OA 4J0PA 4Y5EA 2FXDA 2HB4A 4YCTA 5P2VA 5P7AA 2HB2A 3RTNA 5OZUA 3U71A 3HDKA 5I70A 2AOJA 5OZIA 2R9BA 1MT7A 2V11C 3MWSA 2AVVA 5P5UA 2R38A 1MIQA 1AM5A 3O9BA 2ZJMA 2WKZA 3EM4A 3QIHA 1MEUA 1M4HA 3SA7A 4QJ2A 3IXJA 1YTIA 5HDUA 3ZKQA 1DPJA 5P8GA 2I4UA 2F3FA 4ACXA 5P8MA 1A30A 5P08A 1C6ZA 2AVSA 1GNOA 3OOTA 5P7QA 3OUDB 4HZTA 1HVLA 4ZPFA 1HWRA 4Y4DA 5P8BA 5AH7A 5P39A 5ER2E 5P2GA 1Q9PA 4Y54A 3LITA 1A8GA 1YTGA 3OADB 3NSHA 5OZ1A 3Q5HA 5P1BA 4GJDA 4J0TA 4Y47A 1VIKA 4GJBA 4DJQA 1T6GA 5KR0A 1HSHA 1IZEA 4LXMA 5J25A 3EC0A 4R91A 3QS1A 2B8LA 3TOHA 2NNKA 4OBKA 3SAAA 5P5WA 1IVQA 5P8NA 1EBWA 4OD9A 1D4SA 4X7IA 5OZLA 5P4HA 2IS0A 4EQ0A 2QU3A 5P2KA 1MTRA 3IN4A 3T7PA 4S1GA 4WY1A 5JFPA 5IE1A 2VA5A 3DK1A 1ME6A 3NU3A 2VNNA 1PPKE 5P4ZA 5P2SA 3GI6A 2G1OA 3EL1A 4HEGA 2IRZA 3EXOA 4PHVA 4MC1A 3BGBA 3TNEA 1XN3A 5P5GA 4DQGA 2PH8A 2WEDA 1D4KA 4YBFA 4APRE 3OAGB 5P83A 3IA9A 3S7MA 3SM2A 3VYEA 3NDTA 4DJYA 3NU9A 1HEFE 3VV8A 5P1QA 1BAIA 5OZXA 4MC9A 3HW1A 3H5BA 5OZVA 3VSWA 4J17A 1EPQE 4FRJA 5P7ZA 3SACA 5DGWA 3EKXA 3N4LA 4KB9A 2B8VA 1T7IA 2ER6E 1IZIA 2PK6A 5OZ7A 5P84A 1W6IA 3VEUA 4TRYA 5P2HA 2QI7A 4I12A 2AOFA 2P3BB 2G1RA 3SPKA 4CKUA 3U6AA 4J1FA 1J71A 2AOGA 3HVGA 1F7AA 3BUFA 4Y35A 1HIIA 3GGVA 4GJ6A 4XX4A 5P20A 5JODA 1UH8A 3KMYA 1BDLA 2QI4A 1T7KA 3LZSA 4YD4A 5HDVA 4ZSMA 5P3OA 4U7VA 1APVE 5P16A 1MPPA 5P6BA 1APTE 4Y3FA 1GVUA 1YM2A 3RU1A 5C9DA 3LPJA 4Y3HA 4CPTA 1E5OE 4YOAA 2PWRA 2WECA 2BPZA 3APRE 3VLAA 4NPTA 2F81A 5HE5A 4H3GA 5AH9A 4IVTA 4DUSA 7HVPA 3MSJA 5P1CA 1LF3A 3OXCA 2R43A 5AHBA 2QD6A 3EKWA 5DQ4A 1HTEA 5I3WA 2HM1A 5P5BA 3CKPA 5P0JA 1FQ7A 3IVHA 1PFZA 4FM8A 3BUHA 5P1WA 1E81E 2F80A 5P5LA 5P2IA 2IGYA 5P2NA 4APEA 4YD6A 3WB4A 2AZ8A 3ZLQA 3SKFA 1TSQA 5P64A 1W5WA 4F76A 5HCTA 5P2XA 4JPCA 4Y5NA 4ZPGA 2QNQA 4Y3PA 4Y4UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P50 A;  1IZD A;  1ZPA A;  5P1E A;  5P32 A;  4B1E A;  1CZI E;  4FRI A;  1CPI A;  5P31 A;  4Y43 A;  5P8F A;  3OAG A;  4Y4W A;  2O4K A;  5P5N A;  1RL8 A;  2ER9 E;  1G6L A;  3QRO A;  5DR0 A;  5P81 A;  1LYA A;  3OUA A;  5P73 A;  4H3F A;  1F34 A;  4B05 A;  3S54 A;  3BC4 A;  4FM7 A;  2Q54 A;  4Y48 A;  5P0O A;  1NSO A;  4EJK A;  5P6I A;  2G22 A;  5P3Z A;  5P2Y A;  4F74 A;  4Y51 A;  3UQW A;  3NXE A;  3L3A A;  2F8G A;  5P41 A;  3SA4 A;  4Y3W A;  3LZU A;  5P0D A;  2P3B A;  4CPU A;  5P5C A;  5P36 A;  5SY2 A;  5F00 A;  4OBD A;  3KMX A;  2O40 A;  4GMI A;  5P7W A;  3S8I A;  4N00 A;  5P69 A;  2WF1 A;  3L38 A;  2CEN A;  3BVA A;  3ZKS A;  2R5P A;  5KAO A;  5P2A A;  3ZPU A;  4L1A A;  5P30 A;  2I4Q A;  4J1E A;  5COK A;  1AZ5 A;  3M9F A;  3INH A;  4NKK A;  4YDG A;  3Q3T A;  5P4E A;  3I8W A;  3UFN A;  3LPK A;  1G35 A;  5P7T A;  5P7S A;  5P7N A;  4Y3Z A;  3OQD A;  3R0Y A;  4PEP A;  1E80 E;  3KT5 A;  5P0S A;  1AJV A;  5P0V A;  2FMB A;  4AMT A;  5BS4 A;  4H3I A;  3IVI A;  1BWA A;  5CLM A;  2CEM A;  2A1E A;  4LC7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XS7 D;  4LAP A;  5P0K A;  5P68 A;  3LNK A;  4LP9 A;  1AAQ A;  3MXD A;  5P1T A;  3HVP A;  5P58 A;  5P7B A;  3KM4 A;  5OYU A;  5P1D A;  5P40 A;  3ZMG A;  1RNE A;  1UH7 A;  4RCE A;  5P80 A;  3QVC A;  5KQY A;  3UFL A;  1PSN A;  3EKV A;  3TOF A;  5P3G A;  1HTF A;  4Y5M A;  1SME A;  3QPJ A;  1MUI A;  3LZV A;  3GGU A;  3PHV A;  1BWB A;  2XYF A;  4BFD A;  3OQ7 A;  3F9Q A;  1PPL E;  2QD8 A;  5P7O A;  1KJG A;  3EKT A;  4DI2 A;  4Y5A A;  5OZA A;  3EL4 A;  2OHQ A;  1PPM E;  4TRW A;  2FNT A;  5APR E;  3UDY A;  3O99 A;  4I0J A;  2RMP A;  2G1S A;  4J54 A;  3OU3 A;  4JEC A;  3ZKN A;  3PSG A;  4Y58 A;  1TCX A;  5OYT A;  2PYM A;  2QMP A;  3OQF A;  5OYX A;  3KF0 A;  3OK9 A;  3AID A;  1RQ9 A;  4B72 A;  3OQK A;  1W5Y A;  5P3X A;  3VG1 A;  5P2J A;  5P13 A;  5P8U A;  3VLB A;  3VFA A;  2JYS A;  3T7X A;  1TW7 A;  1IDA A;  3PI0 A;  5DQC A;  3O9G A;  3SAB A;  1HTG A;  5P0M A;  2OHU A;  5P5T A;  1KJ4 A;  4I8Z A;  5P8Q A;  3TKW A;  4TRZ A;  2P3A A;  1DW6 C;  4Y3L A;  5OZH A;  1N49 A;  3UDM A;  4K4R A;  4J0Z A;  5HE4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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