1HVSA

Structural basis of drug resistance for the v82a mutant of hiv-1 protease: backbone flexibility and subsite repacking
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (acid protease)
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Structural basis of drug resistance for the V82A mutant of HIV-1 proteinase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hvsA00
4F74A 1C70A 4DQFA 5JFPA 1IVPA 3EKQA 1D4KA 3Q6YA 5P07A 2HAHA 1HSGA 5P3IA 2QI4A 3OQ7A 3FNTA 1TSUA 3OQDA 4FE6A 4Y3WA 3IA9A 3NR6A 1K6VA 4GB2A 2O4PA 1MT7A 4YHQA 1D4HA 1DPJA 4Y3LA 1T7JA 4Y3YA 4DJQA 4FS4A 3HZCA 5SXNA 4Y3SA 4PYVA 2HIZA 3OK9A 5P7UA 4Y44A 2WHHA 3QIHA 1WKRA 3OXWA 1LZQA 4Y58A 1LF4A 5P4DA 4RVXA 4YD6A 1APWE 1XL2A 3K5GA 3BGCA 1HOSA 5P7CA 3O9DA 2P3CA 4ZPEA 1FEJC 4YCTA 3S45A 4GJAA 1YM2A 3UDYA 5IS4A 3QRSA 5KAOA 2ZJIA 1RV7A 5OYWA 2V0ZC 1BDRA 1D4JA 5P00A 1ODWA 4GMIA 5P75A 1K1TA 3B80A 3VCMA 2JJIA 4X2LA 5P5VA 3IVHA 5P71A 2OHPA 5P6ZA 3RSVA 2UY0A 5P7QA 5P5RA 3HDKA 3OQFA 1GVXA 2PSGA 3BHEA 5P0SA 3RTMA 1T7KA 2QHCA 5P0QA 1KJGA 3TTPA 4Y56A 4FM8A 1YM4A 3EL0A 5P8GA 1K2BA 3VSWA 2G22A 3IGBA 5P4JA 4J5JA 3K1WA 1AAQA 3UDRA 4LL3A 1GKTA 3CKRA 3FSMA 5P8DA 4D89A 5P1NA 1FLHA 4FRJA 4Y5GA 1BVGA 3UCBA 1NSOA 2BPXA 2FDDA 2NXDA 2G1RA 5P0DA 5P4RA 3MSJA 3SKFA 1WBMA 5KR8A 4F73A 3H5BA 5EZZA 3NDXA 1LYWB 4D85A 1B6LA 4GJBA 5P23A 3BUFA 5P64A 3TOGA 3VEUA 4DUSA 3AUPA 5OYUA 3FV3A 5HE5A 3PI0A 5P7DA 4Y39A 4I1CA 5AGZA 3CYXA 5P8HA 1HHPA 2WEAA 4CPTA 4K4PA 1XN3A 2QMDA 1A8GA 4DQEA 5P5NA 2VIEA 3O9IA 3KFPA 4FM7A 2QHYA 3R0YA 1Z1RA 1E80E 4Y45A 5P8JA 4DJVA 5P48A 3EC0A 1C6XA 5OYSA 3PRSA 5P82A 2Q11A 4I0ZA 5P7HA 5P0VA 2ZJNA 3QP0A 4HDPA 5P17A 2G1OA 5P24A 3K5DA 5P5DA 2NMYA 1LYAA 3VFBA 3LZUA 1Q9PA 5CLMA 5HCOA 2AOIA 4KB9A 3OU3A 5SY3A 5AH6A 3UF3A 4GJ6A 5P0EA 2BKTA 3I25A 5P13A 5P2NA 4EP3A 2R38A 5P6GA 2FNSA 5OYXA 3UDPA 5DR4A 4I10A 4QJAA 5I3WA 5COKA 1NPWA 4EJ8A 2G1SA 4QJ6A 4Y3DA 4KE0A 4DJXA 5P1EA 5C9BA 4PZWA 5P5UA 1AVFA 3ZKMA 5P5YA 1N49A 5P2WA 4YDFA 4AZYA 4DJWA 1PFZA 5P7NA 4RVJA 2JJJA 5P5OA 5P3WA 4LXMA 2PWCA 3RVIA 5P2CA 4L6BA 3AIDA 3RTNA 5P54A 1HTEA 5OZWA 4Y48A 4Y4DA 5P36A 5KQXA 5P6FA 3S56A 1BV9A 1C6YA 1HVJA 2EWYA 4R95A 1LYAB 4BFDA 5E5KA 5P6HA 3DCKA 3SPKA 5P73A 5P68A 3TH9A 3NXEA 3EKVA 3URJA 1FQ6A 2FNTA 4Y3PA 2QHZA 4Y43A 5HDXA 5IVTA 5DQ1A 3URIA 2G20A 4YCKA 1BWBA 3OTSA 5P22A 4J0YA 4B72A 2V12C 1C6ZA 3BRAA 4PZXA 3KT2A 4RCEA 5P8EA 4YBFA 3HD8A 1Z8CA 1B5FA 3G6ZA 4ZPFA 1T6GA 1HPOA 3CIDA 2HPFA 3S53A 5P3XA 4DJUA 5P11A 2QMPA 3OTYA 3NU6A 5P8CA 3QRMA 4L1AB 4Y3XA 5P5ZA 5P8BA 1DIFA 3OXXA 2OF0A 5HDUA 5P4GA 3NUJA 5P3JA 1BDLA 4YD7A 3OUDA 3O9EA 2VKMA 1BAIA 3K4VA 4WY1A 4NJVA 5OZ4A 4M8XA 1F34A 5P40A 4HDBA 4Y5LA 5P7WA 1MERA 4DQBA 4HE9A 1GNOA 5P6LA 5AH9A 4Y54A 1APVE 5P0KA 1ZAPA 3UQUA 2B7FA 5DQ2A 4Q1XA 5DQ4A 4CPRA 5P1TA 5P1PA 3VYFA 4Y4JA 2F81A 5OYVA 1XS7D 4RYGA 4APRE 1YTGA 4A4QA 2FDPA 1B5FB 5OZUA 4HDFA 5P3FA 1HVHA 1W5YA 3DCRA 4HVPA 5P67A 3T7XA 1T7IA 5APRE 5P15A 4YA8A 5P4BA 3KDBA 5P56A 4I0GA 4EJDA 3S85A 3OU4A 3KF0A 1QRPE 4Y38A 2F80A 3INEA 2R3WA 2HB2A 5P0TA 1HTFA 2ER9E 4OBZA 2NXMA 2BPYA 2PC0A 3T7PA 5P2VA 2G24A 3PWWA 4FRKA 3MXEA 2QU2A 5P0GA 5P41A 4Y3TA 2WF1A 3PI5A 3PSYA 1TCXA 4XX3A 4PPHA 2Q55A 5P1RA 3PGIA 5P4FA 5P5JA 4ACXA 1W6HA 4Y4XA 3QBHA 1FQ4A 5P03A 4DQGA 3GI4A 1AJXA 5HE4A 3RSXA 4I8ZA 4Z2ZA 4Y5EA 3A2OA 3APRE 3PEPA 5BRYA 5EZXA 4QLHA 5P06A 2Q54A 5P8PA 4OBKA 1MRXA 3ZPTA 3OHFA 4J0ZA 1MTBA 1QBRA 4JECA 3EKPA 5P1DA 2VIYA 1XE6A 5OZCA 5P2OA 3OXVA 2IENA 3OU4B 5DR1A 5PEPA 2WJOA 1FMUA 5P3BA 3Q3TA 4K4QA 3DM6A 2QNQA 4OBZB 5P14A 1ER8E 4H3GA 3GI6A 2Q5KA 5CONA 4AUCA 5COOA 2HS1A 1HPXA 4GJ7A 5P8AA 2I1AA 4WY6A 1YX9A 5P4IA 4KUPA 3WSJA 2HS2A 1ZPAA 3QBFA 1META 5P1CA 3LZVA 4I0IA 5P0JA 1MESA 4Y4WA 4D88A 2HB3A 1IZIA 1M4HA 4R92A 3VV7A 3PCZA 4DJRA 5KR1A 4D8CA 5DQCA 2BB9A 1AXAA 4I0EA 5P4MA 2PK5A 1PROA 1BIMA 1QBSA 4Y3MA 3TKWA 3VYDA 5P7GA 2F3EA 1EPLE 1AJVA 3D20A 1M0BA 4GJ8A 1QS8A 1MTRA 2OHLA 2QZLA 3WB5A 3UDNA 5P7BA 4DI2A 3NUOA 4Y5MA 4N00A 5OZRA 4YD3A 2G26A 2OHRA 5P33A 3T3CA 4LC7A 3WZ7A 5P7EA 1IDBA 5C9FA 4GZFA 5P6CA 5OZHA 4A6BA 5P0OA 1HXWA 4J17A 3DK1A 5E5JA 3TNEA 5P66A 5P8OA 3EBZA 3FIVA 3BC4A 4Y6MA 3ZKQA 4OBDA 2VNNA 4EQ0A 4Y3QA 3QVIA 5OZXA 3NDTA 3UQRA 2Q3KA 3VF5A 5P6YA 4FL8A 5P4NA 1HEGE 1HVLA 5P7IA 4J55A 4LXAA 4Y57A 5I3VA 2G27A 1CPIA 5KQYA 5P4ZA 5SZ9A 5AHBA 2Q64A 1HSHA 4FGXA 5P5EA 1LYBB 2QNPA 5P7OA 3VF7A 1MEUA 3MSLA 1CZIE 4Q1NA 5P2KA 1W5XA 2FGUA 1EBWA 5P77A 1GNNA 5P6JA 2JE4A 5P6OA 3S2OA 4OC6B 4B1EA 2XFJA 1TQFA 2AOGA 5P0BA 3SKGA 5IVSA 4NJSA 4Y4AA 4QGIA 1PSOE 5P16A 5OZGA 9HVPA 4MC2A 4OBHA 1K1UA 1PPLE 5P89A 4EJLA 4MC9A 5P58A 3GI0A 5C9DA 2P3BB 1B11A 5P2EA 3BXRA 3LZYA 5P45A 2FMBA 2AVMA 3WZ6A 5P5KA 2NR6A 3D1XA 2OHTA 3PLDA 5P7VA 4TVHA 1AM5A 5OZOA 3UHLA 5P1VA 3ZLQA 1LYWA 3KFRA 2AOHA 3ZPSA 2OHNA 5DQ5A 1YT9A 4Y5AA 1HWRA 4XXSA 2ER7E 5P10A 5P4EA 3QI1A 5P76A 3LIYA 1FG8C 3LPKA 3HVPA 5P1QA 1E82E 2ZJLA 2NNPA 3F9QA 3LITA 2PSVA 5P1XA 2F3FA 3SA4A 3ZMGA 1KJHA 3I8WA 2OHUA 1D4IA 1PPKE 5ISJA 4MC1A 5P60A 3KA2A 1AZ5A 1FFIC 2RSPA 4DQHA 4K8SA 3JVYA 5P2XA 1OD1A 1UH9A 5P80A 2O40A 5P6MA 4HLAA 1FF0C 2B8LA 2NPHA 4YE3A 3L59A 5P0UA 4IVSA 3LPJA 4L7JA 5OZVA 1HBVA 2OHSA 5P3GA 5P4TA 5P81A 4U8WA 5HDVA 4Y3RA 2R8NA 2CENA 3K5CA 1FQ8A 3RTHA 2BJUA 5P1JA 4CP7A 5OZ6A 5P35A 5JFUA 3ER5E 3PVKA 5P0CA 5KOSA 3PMUA 3L5EA 3QN8A 5P26A 2F3KA 1BXOA 3KYRA 5DGUA 1QBTA 5P1HA 5F00A 2ER0E 2P3DA 3KM4A 1HPSA 4LP9A 1G0VA 5KR0A 4EXHA 4J1KA 3OY4A 2Q15A 2HB4A 4OBFA 1UH7A 2VS2A 5P6UA 3NDUA 3SLZA 1Z1HA 4Y41A 1IZEA 5P4QA 5P4HA 4A6CA 1KZKA 3B7VA 4K9HA 1UPJA 2V13A 1IIQA 2UPJA 3CICA 5P72A 3UPJA 1EBKC 4GJ9A 5P51A 3S43A 4R5NA 3R1GB 2QI0A 2ZHVA 5P38A 2B60A 5P0NA 4QJ7A 4YCYA 4Y4BA 2VA5A 3OAGB 5P6PA 4I8WA 4F75A 4JPEA 3LPIA 4OD9A 2VIJA 2ZJJA 2QI5A 5SY2A 1APUE 4AA8A 3MSKA 4I0JA 5I3YA 5P8TA 3OUCA 5P5TA 5P3NA 4NJUA 1EAGA 3LIZA 4Y5PA 5JODA 4OBJA 4YDGA 3NU5A 1KJFA 5P47A 1IDAA 1ZPKA 5P18A 4RGHA 2ZJKA 5P70A 1YTJA 2P83A 4L1AA 1B6KA 4FAFA 5P7RA 5P3PA 5P02A 3NDWA 1YTIA 5P7XA 4ER4E 5P2TA 2CEJA 2O4NA 5OZMA 3S43B 4KE1A 5P2FA 1J71A 5J25A 5P1BA 2O4LA 5P7SA 4EXGA 5OZIA 4TRYA 4ZSMA 1HEFE 5OZKA 3GGXA 2IEOA 3JW2A 4Z4XA 4OD9B 8HVPA 4NKKA 4ZPGA 4ACUA 2QZWA 2G1YA 4ZEAA 1ODYA 1W50A 3BGBA 3O9CA 1HVSA 3NSHA 2ZGAA 5P2JA 5P32A 3PLLA 1BVEA 5P4SA 2AODA 3OWNA 3CYWA 2H6TA 5P3TA 3PSUA 2V00A 2VA7A 1BV7A 3R2FA 5P4PA 5P7PA 2OHQA 5P0AA 1K2CA 4XKXA 5P6DA 3UQWA 5P5MA 5OZAA 1ODXA 4YD5A 3URLA 1FMBA 1GVTA 4ZSQA 3FNUA 5P4YA 3QROA 2QP8A 3QRVA 2IS0A 1IVQA 1ENTE 3GGAA 3OADB 5BS4A 5P3AA 3KFSA 5P1AA 4I0FA 1SMEA 5P43A 2ZJHA 1LF3A 2OAHA 1HTGA 1EBZA 1K6CA 1M43A 2VJ9A 3BUGA 4DPIA 3UDHA 3TPRA 5P3ZA 1LS5A 5P6BA 1D4LA 4Y3EA 3UDKA 3Q4BA 3OXCA 3OOZA 3FNSA 3O9HA 1NH0A 1ZSFA 5P42A 2RKFA 5P53A 5P4XA 3KMYA 3UFNA 3HBOA 3NU3A 3PBDA 4Q1YA 1HIVA 4BEKA 1YTHA 3HVGA 5HCTA 3UDMA 2R5QA 3EL4A 5P1OA 5P1MA 3ZL7A 5P0WA 5P2AA 4RCFA 4Y4EA 3NU9A 5P8SA 1EPME 5OYZA 1AIDA 4DQCA 5P3RA 2VJ6A 5P7MA 2AIDA 5P8VA 2P8HA 4Y3FA 4Y50A 1GVUA 3T6IA 1D4YA 4TRWA 2NXLA 5P6IA 4DFGA 4Y9WA 5P0IA 1HXBA 4JOOA 5P1UA 4D83A 2V11C 5P27A 5P5HA 1QBUA 4M8YA 5HE7A 2P3AA 1MIQA 1T3RA 1MVPA 2B7ZA 4I0DA 5P1SA 4J1EA 4RCDA 4COEA 4X7IA 5KQFA 4H1EA 3QPJA 4Y3GA 3SM1A 3SA8A 2PK6A 2AZBA 5P2HA 1MSNA 4J1HA 1SBGA 4FAEA 5P85A 1CMSA 4GYEA 3ZKXA 3SA3A 4F76A 3TKGA 4LHHA 3NWXA 3INDA 4J1CA 5OZFA 4Y47A 3NYGA 1G35A 4HEGA 2FDEA 4LXKA 4QJ8A 3VV6A 5OZ0A 3SACA 5P8FA 2SAMA 3L5BA 1MUIA 2NMZA 1YG9A 1XN2A 5P2IA 1K6TA 5P5LA 1GVVA 1B6MA 3S7LA 4ZE6A 2G94A 3VLBA 3EMYA 3OUAA 5P2LA 2RMPA 2ANLA 4Y4TA 1W6IA 3M9FA 1HVRA 2G21A 1ZSRA 3NWQA 4WTUA 5P46A 3SAAA 3PSGA 5P0FA 2WL0A 5P88A 1ZLFA 3WZ8A 4ZLSA 5P57A 3ER3E 3ZKGA 5P6AA 1MPPA 5OYTA 3G72A 5P3OA 2QI7A 5P5GA 3OGQA 3TOFA 2QZKA 1HTRB 3IXOA 3INFA 1RPIA 5P5BA 5AHCA 5P5AA 3L5DA 5P5PA 5OZYA 5P49A 1ZTZA 5P0LA 5P5WA 3PBZA 5P6XA 5I70A 3IN4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4F74 A;  1C70 A;  4DQF A;  5JFP A;  1IVP A;  3EKQ A;  1D4K A;  3Q6Y A;  5P07 A;  2HAH A;  1HSG A;  5P3I A;  2QI4 A;  3OQ7 A;  3FNT A;  1TSU A;  3OQD A;  4FE6 A;  4Y3W A;  3IA9 A;  3NR6 A;  1K6V A;  4GB2 A;  2O4P A;  1MT7 A;  4YHQ A;  1D4H A;  1DPJ A;  4Y3L A;  1T7J A;  4Y3Y A;  4DJQ A;  4FS4 A;  3HZC A;  5SXN A;  4Y3S A;  4PYV A;  2HIZ A;  3OK9 A;  5P7U A;  4Y44 A;  2WHH A;  3QIH A;  1WKR A;  3OXW A;  1LZQ A;  4Y58 A;  1LF4 A;  5P4D A;  4RVX A;  4YD6 A;  1APW E;  1XL2 A;  3K5G A;  3BGC A;  1HOS A;  5P7C A;  3O9D A;  2P3C A;  4ZPE A;  1FEJ C;  4YCT A;  3S45 A;  4GJA A;  1YM2 A;  3UDY A;  5IS4 A;  3QRS A;  5KAO A;  2ZJI A;  1RV7 A;  5OYW A;  2V0Z C;  1BDR A;  1D4J A;  5P00 A;  1ODW A;  4GMI A;  5P75 A;  1K1T A;  3B80 A;  3VCM A;  2JJI A;  4X2L A;  5P5V A;  3IVH A;  5P71 A;  2OHP A;  5P6Z A;  3RSV A;  2UY0 A;  5P7Q A;  5P5R A;  3HDK A;  3OQF A;  1GVX A;  2PSG A;  3BHE A;  5P0S A;  3RTM A;  1T7K A;  2QHC A;  5P0Q A;  1KJG A;  3TTP A;  4Y56 A;  4FM8 A;  1YM4 A;  3EL0 A;  5P8G A;  1K2B A;  3VSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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