1HXWA

Hiv-1 protease dimer complexed with a-84538
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title ABT-538 is a potent inhibitor of human immunodeficiency virus protease and has high oral bioavailability in humans.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hxwA00
4F75A 1AM5A 1EEDP 1MERA 2QHYA 5DQ5A 1EPQE 5AH7A 1QBSA 2WF0A 2WF3A 1IZIA 1BWBA 1GVVA 3MXDA 5OZZA 4Y5AA 2BB9A 3A2OA 4GJ7A 4Y44A 2APRA 3LITA 5OZYA 4FRIA 5P1ZA 2Q64A 5P17A 3WB4A 2OHLA 5DPZA 4DJVA 5P5WA 2JXRA 1EBYA 2HB3A 2F81A 5P7EA 5P3LA 4FGXA 5P7CA 3OAGB 3TKWA 3VG1A 3ECGA 5P8KA 4QJ8A 5P57A 4Y37A 3TH9A 1RL8A 3SQFA 4EXHA 3IGBA 1HPXA 3OQAA 4RROA 3LHGA 4H3FA 4N00A 3UFNA 1BBSA 4F76A 4RRSA 4Y4DA 3FV3A 3HZCA 4RVIA 5OZOA 4K8SA 4ZPFA 1F34A 2Q11A 3HDKA 1B11A 5OZ7A 2WF2A 3RSVA 2WF1A 2F3EA 2R43A 2VIYA 5P4TA 1EBZA 1HSIA 3EL9A 2VIJA 2QI0A 5C9BA 5HDUA 1K6VA 5P04A 3OXVA 1EPME 2O4KA 2XFKA 4DUSA 5DR7A 1NH0A 2JYSA 1IIQA 1NPWA 3DJKA 1FEJC 1B6PA 4WY1A 2P3BA 5P4MA 3NDTA 5P4HA 3EM3A 2IL2A 4OBKA 5P5YA 3LINA 3SO9A 3LIVA 2IQGA 4DJOA 4B72A 2ZJKA 3K5CA 5OZGA 5OZIA 3K4VC 5P79A 3L5CA 4Y3LA 3ZKMA 2PSVA 5P6MA 2IS0A 1A8GA 5P2UA 1MUIA 5P15A 4DV9A 5P4AA 4QJ7A 2JJIA 3PM4A 2XFJA 5KR2A 1BIMA 2G1YA 4I0HA 5P14A 3NLSA 4UPJA 4DH6A 1D4JA 1B6LA 1T6EX 4RCEA 1HXBA 4J1FA 3BUGA 5P0MA 1Z1HA 1F7AA 3IN4A 4Y4WA 4J0ZA 1KZKA 1T3RA 2FIVA 2O40A 4U8WA 5P3EA 5P6JA 5P3FA 4PZWA 3Q4BA 8HVPA 4RCDA 3TTPA 3SKGA 3SA4A 4Q1NA 5P6NA 3NUJA 4Y4TA 3ER3E 3O9LA 3EBZA 2R5QA 1W6IA 4FE6A 5IVRA 4R91A 1Z8CA 4DJRA 5P2EA 5P7MA 1RPIA 3KMYA 3QIHA 1XN3A 1RNEA 5OZ4A 5P09A 5P5SA 1HPOA 3GI4A 3OGQA 5P13A 5AHAA 4ZLSA 5P3MA 2QI1A 4OBJA 5P8HA 3LNKA 3S53A 3LZSA 3I7EA 5P7HA 2AVSA 3DUYA 3QROA 1BXOA 5OZLA 1KJ4A 3K5DA 5HCOA 1HVCA 3DCRA 5P3KA 2VS2A 5P6PA 5P1DA 3JVWA 3NR6A 4L7HA 2I4DA 1IBQA 2HM1A 3KDBA 5P1WA 4GIDA 2VNMA 5P6ZA 3INHA 2AOJA 3I6OA 5DGUA 3S2OA 5P1SA 5I3YA 2HS1A 5P2HA 5OZUA 3KDDA 1A94A 4M8YA 1C6XA 2QI5A 1OEXA 5P1KA 4APEA 5AH6A 5P49A 2ZJIA 2RMPA 5OZ5A 2QI6A 3PB5A 5P5CA 5HU1A 2WEDA 3L3AA 2F3FA 3SFCA 4RCFA 4KB9A 4GJ5A 1GVUA 4YHQA 3VF7A 3KN0A 1FMBA 5P4KA 5P4IA 2ZJLA 2QMFA 3UDKA 5P4GA 2Z4OA 3IVHA 4HEGA 1LF3A 3FNUA 2IDWA 5P66A 4PPHA 4NJVA 4QJ9A 2R9BA 5DR0A 5P11A 1GVTA 5P08A 4TVHA 5C9FA 1YTGA 2G1RA 4H3JA 5P36A 3OADB 5P55A 5P6QA 3HD8A 3PWRA 3G72A 4ER4E 3EL1A 2PYNA 3JVYA 5E5KA 3VCMA 1CZIE 3SAAA 2NMZA 5P3PA 3BHEA 5OZDA 1Z1RA 2PH6A 2NPHA 1IDAA 2I0DA 2G24A 2ZJJA 1K2CA 5P5ZA 5P5OA 4GJ6A 5P16A 5P67A 2Q3KA 3VYDA 2QAKA 5P6FA 1TCXA 5P63A 4Y5GA 3OQFA 2A1EA 5P4WA 5P7RA 5HTZA 2I0AA 4J5JA 5P3UA 5P5TA 5P1XA 2ZHUA 3S8IA 4Z4XA 4YD4A 5OZTA 3KT2A 5P5MA 3CYWA 3UDQA 2AOFA 2QZXA 5P5AA 4YD3A 3D3TA 3EL5A 5P7KA 3CKRA 5P3XA 2QMDA 2P3BB 2OHNA 5OYRA 5P4JA 5P5KA 5P7NA 4KE0A 3OUAA 1GKTA 4EJDA 3HW1A 5P82A 5P00A 3PSUA 2ZGAA 1J71A 4Y3RA 5P7YA 4JOOA 2QMGA 3OHFA 4FS4A 4WY6A 5P54A 1G2KA 4QJAA 4Y45A 2IGXA 1GVWA 3OUCA 1GVXA 3KDCA 1BXQA 4Z22A 3IAWA 1GNNA 4EYRA 3EMYA 5FIVA 1BDRA 5OZXA 5P65A 4Y5PA 3ZLQA 5P5RA 4HZTA 4EQJA 5ER1E 5P2YA 3UDHA 4NJUA 1PROA 1CPIA 3CYXA 3DK1A 3S43B 3ZMGA 4I0IA 4I0FA 2V12C 5OZJA 3QRVA 2WL0A 2HAHA 3Q3TA 3EKVA 4FSEA 3O9CA 4F74A 1TW7A 3PWMA 4Y3GA 5P3OA 4Y5EA 1WBKA 4I8ZA 5OZSA 4RYCA 4FM8A 2NXDA 4R8YA 4Y4GA 1FIVA 1SP5A 5P8VA 3FNSA 3OK9A 3OUDA 1YM4A 3EC0A 4BEKA 3QN8A 3NYGA 4HDFA 5P43A 5P0DA 4Y5MA 2A4FA 1NSOA 4TRWA 4JECA 5P4LA 2G94A 3PI0A 1FQ6A 3PMYA 5P7FA 1FB7A 5P6HA 2B8LA 5P8CA 2O4LA 2JJJA 1LYBA 5P6WA 4HE9A 4RRNA 1HHPA 5HU0A 2QU2A 3AUPA 4RYGA 5P5HA 5C9DA 4FCOA 3SM2A 1OD1A 5P64A 5JFUA 4ZSMA 2AIDA 3EL4A 3UQPA 2QNPA 5DQ1A 5P7QA 3FNTA 4Y3FA 5P8OA 3KFSA 1PPLE 1FFIC 4Y3TA 4EWOA 1HPVA 5P6LA 4F73A 5DR3A 3PWWA 4MC9A 4Y5NA 3U71A 5P30A 3DV1A 5HDXA 1A9MA 2HB2A 4FLGA 1B6JA 5OZBA 2QHZA 5DGWA 5E5JA 5KOQA 2UXZA 5P25A 3VYFA 2V10C 4JPCA 3OWNA 2JE4A 4OD9A 2QZWA 3BUHA 1LEEA 3BVAA 5SZ9A 5OYXA 3EM6A 3FSMA 1MT8A 2AZBA 4J1IA 4Q1WA 5P29A 4Y4JA 3CKPA 2QMPA 5P1BA 3H0BA 3OOZA 5HD0A 5P2RA 1HOSA 3UDJA 3T7XA 4YBIA 4Y53A 5P7SA 4OBZA 4R5NA 2FDEA 3NU6A 1SDVA 4CPSA 5OZ8A 4DI2A 5P6YA 2VJ6A 2FNTA 1BILA 3ZKXA 2AOGA 3L59A 1IDBA 2QZKA 2B42A 4OBDA 5P2SA 5P83A 5P5NA 4J1CA 2UPJA 5P5JA 5P06A 4Y5CA 4B70A 1VIKA 3CICA 5P1MA 1YT9A 3VFAA 1BV7A 1CMSA 2V00A 1OHRA 3ER5E 4LL3A 5P0OA 1B5FB 3ZKIA 2QI7A 1LF2A 3Q5HA 5OZHA 4OC6B 1MT7A 4LBTA 3BC4A 5P78A 1Q9PA 5ENKA 5P60A 2OHRA 5P5XA 4D88A 1D4YA 4B0QA 2V0ZC 1FF0C 1D4SA 1HSHA 1NPVA 4XX4A 2PMAA 1M0BA 4J0YA 4CMSA 3GGUA 2NR6A 5P28A 3EKYA 1M43A 1UH8A 3D91A 4CPTA 4MC2A 5P5DA 1E81E 3DV5A 3QVCA 1AZ5A 3HLOA 1KJGA 2IEOA 2AOCA 3HAWA 5P07A 5P77A 4ZPEA 5P42A 5P6VA 3EKWA 4FL8A 2J9JB 2ER0E 3TKGA 2OHQA 5P02A 5P40A 5P2ZA 1KJFA 1AXAA 1AIDA 3GGVA 4J0TA 5ISJA 1YTHA 5F01A 3LPKA 5P3IA 5IVTA 4HA5A 4ZEAA 5JFPA 5OZPA 1EC0A 3R2FA 5P3QA 5P51A 2RKGA 2Z54A 4I0DA 3CIDA 3L38A 1HVHA 5OYZA 3INFA 1QDMA 5P2IA 5P80A 5P76A 2I4XA 4FSLA 5P4ZA 5BS4A 4LXMA 3RTMA 3OU3A 5OZKA 2P4JA 5P0GA 2F80A 5P7BA 4ZSQA 4Y3XA 5P6IA 5P3TA 5P6BA 3APPA 1FG6C 2P83A 4EJLA 5P4SA 5IS4A 2ZDZA 4FIVA 5OZWA 3I8WA 3O9BA 4HDPA 5P2KA 5PEPA 1ZP8A 4YCTA 5KQZA 1FQ7A 1W5WA 1YX9A 4Y4XA 4CPQA 1PPME 2I4QA 5I3VA 5OYYA 5P0XA 4Q5MA 1B6MA 3RTHA 1K1UA 3SA6A 3OGPA 3TOHA 5HVPA 3T6IA 5ISKA 3OUDB 4FAFA 3Q6YA 4B1DA 2CEJA 2I1AA 3SLZA 4ER2E 3OXCA 5P0TA 1PPKE 5OZ2A 1MPPA 4Y35A 3ST5A 3TPPA 1SIVA 1YM2A 3INDA 1D4HA 1GNMA 5HE5A 4Z50A 3INEA 3EXOA 5P44A 1DW6C 5P4PA 1LYBB 3BVBA 4DQGA 4EXGA 5P0AA 5P75A 5P2BA 5OYSA 1T7IA 4DQEA 2QHCA 3OXWA 5P70A 1IZHA 5P84A 5I70A 3TOFA 4I0GA 2QD7A 2HPEA 1AJXA 5P8GA 4CPWA 1SMEA 2QK5A 4GZFA 5P58A 3RTNA 3RU1A 3NUOA 1A30A 5P0NA 3QRMA 1BDLA 5P1VA 5P0EA 3LZVA 5B18A 4EHCA 3ZL7A 1LYAA 2OHMA 5P1YA 3R4BA 3BGCA 5P6TA 4RLDA 4ER1E 3GGXA 1AVFA 4LAPA 2QNQA 5OZNA 5HCTA 5P3AA 2IGYA 3OU1A 1T6GA 1C70A 4GJAA 2VA7A 2VIZA 1FGCC 1HVSA 3D1YA 1BAIA 3CMSA 3OQKA 4PHVA 2ZYEA 4J55A 2B7FA 1C6ZA 4ACXA 1ER8E 5P6SA 5OYUA 4XX3A 4DPIA 5P8EA 3VLBA 2H6TA 3QBHA 2QD6A 5P4VA 5P32A 5P5QA 4I0ZA 1LYWA 5P4UA 2G26A 2PQZA 4Y4ZA 3VUCA 2R3WA 3KFNA 5P1GA 2AVOA 1EPRE 1WBMA 3PVKA 5KR1A 5P1UA 4Y3MA 1TZSA 3O99A 5UPJA 4Y6MA 3DM6A 3OTSA 5P3BA 2ZHTA 3KFPA 3OU4A 5P73A 3KA2A 2PK5A 5DQ2A 1SDUA 1EBKC 4Y3WA 5P3WA 1SH9A 4GB2A 4Y3EA 2P3AA 1HWRA 1LZQA 5P2LA 2NXMA 4LXKA 3UQXA 5BRYA 2NNPA 4GJ8A 1SMRA 2PSUA 5P26A 1HSGA 3UF3A 4DQHA 2NNKA 3K5GA 5P6GA 4CKUA 4DJPA 4CPRA 5P7VA 5DR8A 5P22A 3KMXA 2FXEA 5P10A 1HTRB 2QI4A 3S45A 3L5EA 5P8LA 2OHSA 5P71A 4Y57A 2BJUA 3UDYA 5P4FA 5P5VA 4H3IA 3QRSA 5P2OA 2BKSA 2QP8A 4J1KA 3UQWA 4PZXA 1LF4A 4J1HA 5IVQA 4Y5LA 4Y47A 3OAGA 1LV1A 4AMTA 4EPJA 2OF0A 1RV7A 4FM7A 4R93A 3WZ6A 2FMBA 4YD5A 4YE3A 2R3TA 5P4QA 3SA5A 2J9KA 4Y56A 1K1TA 4GYEA 5P0PA 5DQ4A 4B00A 3B80A 4I0EA 5HE4A 2G69A 1AAQA 6APRE 3PMUA 3JW2A 3ZKSA 5P1TA 2RENA 3K1WA 3VYEA 4GMIA 5P61A 1ZSFA 3DOXA 4J17A 3SA7A 2V13A 4LXAA 3EKTA 5P0KA 3OHHA 5P8BA 1E80E 5P7AA 2QI3A 1HVIA 4BELA 5P27A 4DJYA 4PYVA 3QP0A 1W6HA 5P2TA 3QBFA 4K4PA 3KYRA 2VJ7A 3MXEA 2QCIA 2Q5KA 3LZYA 4R95A 4Y36A 5P7TA 2VIEA 5P41A 5P7JA 3O9GA 1W51A 5CLMA 1ME6A 5P8RA 1YG9A 4LP9A 3PI5A 4Y3PA 1D4IA 4AZYA 3NXEA 5OZ9A 4HDBA 5KQXA 1TSQA 2B7ZA 4DJXA 2HS2A 1G0VA 4RVJA 4IVSA 3FKTA 4RZ1A 2Q54A 5P8TA 4AUCA 3ZOVA 4QJ6A 1XS7D 3L58A 5OZCA 5P6UA 4YD6A 3SKFA 3O9IA 4X7IA 1MTBA 4YCKA 2ER9E 1RQ9A 1ODWA 3PEPA 3U7SA 1EC3A 3PSYA 5P8NA 4Y3NA 3WSJA 3O9LB 3EKXA 2G1SA 4D89A 1T7JA 1PSOE 5P5IA 3MSKA 2UY0A 4ZIPA 5P53A 5AGZA 3NXNA 2AZCA 3ZKGA 4EJKA 1FQ8A 4GJDA 1UH7A 4LC7A 4DPFA 1XN2A 1HXWA 2SAMA 2ZJHA 1SDTA 3D20A 2EWYA 5P1AA 3VV7A 3S7MA 4QLHA 5P4EA 3BXSA 1UPJA 4FRKA 2NXLA 4J1EA 1FQXA 2BPZA 2H6SA 5P3ZA 3O9FA 4L1AA 4K4RA 3G6ZA 1C6YA 2G1NA 2ER6E 9HVPA 5P38A 5P52A 5P0UA 3UCBA 1XL2A 1W5VA 1BVEA 1LYAB 5P8AA 2OAHA 3IVIA 4KE1A 4OBFA 3PBZA 5EZZA 4RGHA 3NWQA 1YTJA 1HIIA 1ZPAA 3SABA 3HVPA 1MT9A 5P1OA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4F75 A;  1AM5 A;  1EED P;  1MER A;  2QHY A;  5DQ5 A;  1EPQ E;  5AH7 A;  1QBS A;  2WF0 A;  2WF3 A;  1IZI A;  1BWB A;  1GVV A;  3MXD A;  5OZZ A;  4Y5A A;  2BB9 A;  3A2O A;  4GJ7 A;  4Y44 A;  2APR A;  3LIT A;  5OZY A;  4FRI A;  5P1Z A;  2Q64 A;  5P17 A;  3WB4 A;  2OHL A;  5DPZ A;  4DJV A;  5P5W A;  2JXR A;  1EBY A;  2HB3 A;  2F81 A;  5P7E A;  5P3L A;  4FGX A;  5P7C A;  3OAG B;  3TKW A;  3VG1 A;  3ECG A;  5P8K A;  4QJ8 A;  5P57 A;  4Y37 A;  3TH9 A;  1RL8 A;  3SQF A;  4EXH A;  3IGB A;  1HPX A;  3OQA A;  4RRO A;  3LHG A;  4H3F A;  4N00 A;  3UFN A;  1BBS A;  4F76 A;  4RRS A;  4Y4D A;  3FV3 A;  3HZC A;  4RVI A;  5OZO A;  4K8S A;  4ZPF A;  1F34 A;  2Q11 A;  3HDK A;  1B11 A;  5OZ7 A;  2WF2 A;  3RSV A;  2WF1 A;  2F3E A;  2R43 A;  2VIY A;  5P4T A;  1EBZ A;  1HSI A;  3EL9 A;  2VIJ A;  2QI0 A;  5C9B A;  5HDU A;  1K6V A;  5P04 A;  3OXV A;  1EPM E;  2O4K A;  2XFK A;  4DUS A;  5DR7 A;  1NH0 A;  2JYS A;  1IIQ A;  1NPW A;  3DJK A;  1FEJ C;  1B6P A;  4WY1 A;  2P3B A;  5P4M A;  3NDT A;  5P4H A;  3EM3 A;  2IL2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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