1HYVA

Hiv integrase core domain complexed with tetraphenyl arsonium
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Identification of a small-molecule binding site at the dimer interface of the HIV integrase catalytic domain.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 54
structure length 142
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hyvA00
4FJ8A 4IG3A 3OYJA 4KPYA 4NCGA 3QEIA 1TL1A 4AHCA 4M3XA 1R0AA 1S1XA 2Z1IA 3DOKA 4FVMA 2KZMA 1HYSA 1KFDA 4DTUA 1WN7A 4N56A 4O55A 3S9HA 2PY5A 4FJLA 4MFBA 1S1VA 1Z25A 4CF2A 4NCAA 4DQPA 4KRFA 4FJXA 1T8EA 1LV5A 1IH7A 1RBTA 1BIUA 1HYZA 3HP9A 1HMVA 4HUGA 4Z4IA 4QOZB 3C6UA 3AA3A 1ZBIA 3EY1A 1J5OA 1RTHA 3ZT1A 1TKTA 1U45A 1RNHA 1WSGA 4O4GA 1YTAA 3OY9A 2BDPA 1KVBA 4E1MA 1L3SA 3QLHA 1Y97A 4BDZA 2B6AA 2WONA 2DFHA 4FZXC 5EU7A 3B6OA 3VQQA 4KB1A 3CM5A 3V1RA 1NJZA 3IRXA 3KIOA 4FM0A 1GOAA 3ISNC 1D9FA 4DU4A 1BGXT 1U04A 4I9LA 1C1AA 3TAPA 4CIFA 4KI4A 4DQRA 1Z26A 1VSDA 1MU2A 3LP1A 4LH4A 3OYDA 3RTVA 3SPZA 1S5JA 3G0ZA 1N5YA 3V81A 1EETA 1RT1A 2P5GA 5K14A 1BL3A 4JRQA 3K58A 1S9EA 1RT6A 3AVJA 2BE2A 3S3NA 4TSXA 1S1UA 2LSNA 3HP6A 3QO9A 3LAKA 1JLQA 4CEBA 5C25A 4AILC 5CYQA 4FJ9A 5J2NA 5KGWA 3RWUA 1Q9YA 1HJRA 2XRIA 3F9KA 2EX3A 4IG0A 1YVUA 5KRSA 3MXMA 2DY4A 3SJJA 4CJVA 1HYVA 4ELTA 3AVHA 4OKKA 1VSKA 4CGGA 4DTNA 1XC9A 3O4QA 4NYFA 3OYFA 4BDYA 2IGIA 4N41A 4CJQA 1DTTA 2OA8A 1X9WA 3HYFA 4FLXA 1Q9XA 3KLGA 4B9MA 5D3GA 5FRMA 3NGIA 4OGCA 5I42A 4H8KA 4YFUA 2IDOA 1NKCA 1NK6A 4M3TA 3VQEA 3HVRA 1U48A 1CLQA 1TKDA 2IC3A 2Z1JA 3ASMA 3OYHA 3TAGA 3SCXA 4CIEA 3BGRA 2W42A 2QKBA 1QSLA 1KTQA 2O4GA 1IKYA 2E4LA 3DMJA 3AVCA 5KGXA 4BE2A 3NE6A 4E0DA 1KCFA 3NF6A 3QEWA 3AO3A 3L2WA 1S9GA 2KQ2A 3M8SA 3SYZA 5CZ2A 2R7YA 3V6DA 1VSHA 3V4IA 2RKIA 1JKHA 1WAJA 4KTZA 4HUFA 3CFRA 1X9MA 2XO7A 4DQIA 2O4IA 4AHUA 4C8LA 5FROA 3I0SA 3WNFA 4EP4A 3NCIA 1DLOA 2G8HA 4Y1DA 4LH5A 4JS5A 1LWEA 4CJWA 4IKFA 3PX6A 2OYQA 1GOBA 1RTIA 1S1WA 1WAFA 4GVMA 3OYEA 2YHAA 3S3MA 3V1QA 4CECA 3SUNA 3DLBA 3D45A 2G8FA 1I3AA 4DU3A 1BCMA 1TVRA 4FM1A 4K8XA 4CJRA 2ITGA 3L3UA 4BWMA 3VQ7A 1XHXA 1JL1A 4H4MA 3KTQA 1SKSA 3ZT4A 1RBUA 2P5OA 4CHQA 4KHYA 4PWDA 3HO1A 3KJVA 3HT3A 1TL3A 1JXEA 4BE1A 1SKRA 3ZSRA 3DLEA 3PO5A 3PV8A 1JL2A 4FW2A 4DTMA 1TKZA 4DSEA 1IG9A 3LP0A 4KB0A 4CJSA 4OLAA 4I2PA 2DFFA 1SUQA 5CZ1A 4KHUA 4M3WA 4B9UA 4Z4FA 1VSLA 1BI4B 1VSFA 2YNGA 2ATQA 2ETJA 3AVGA 3DM2A 3WNEA 4CESA 5I3UA 1WSJA 3OYKA 1C0TA 3MECA 1QS4A 1RT5A 3LPUA 2IOCA 3KK2A 3L2RA 3V9WA 4DFPA 3QEXA 2HHUA 1RBVA 4PA1A 4RW7A 2G8VA 3JYTA 1C0UA 4IDKA 3L2UA 4HHTA 4DG1A 5HRNA 1NK0A 1NOZA 2Z1GA 4AH9A 3P1GA 3CG7A 5SWMA 4M3RA 2G8KA 3KD1E 3TAFA 3IG1A 3ZSZA 1XI1A 1NJYA 2KZZA 3TAQA 1VSIA 1RDBA 1RT3A 1D5AA 2GV9A 3VQ9A 1SKWA 3AVAA 3G10A 1RT4A 1JLBA 1EX4A 3QIPA 4LD0A 4E89A 3K5OA 4E1NA 4CJ3A 3P5JA 4ZTJA 1B9DA 1SL1A 3H08A 4CF9A 3NH0A 3A2FA 2DFEA 5CYMA 2XY7A 3O3FA 3TABA 4DTXA 3AA4A 3T3FA 4M3ZA 4IFYA 1NJXA 4ELUA 2QK9A 4NYNA 4DMNA 2VG6A 2ZE2A 4NCBA 5JS1A 4DS5A 4CCHA 2FBTA 4L8RB 4CHPA 4CJPA 1ASUA 3AVMA 3ZSXA 4CF8A 4Z4HA 3THVA 2A1RA 4CFCA 2HHXA 3TANA 4J2AA 3VQ6A 1VSEA 4ICLA 2XHBA 5HBMA 4O5BA 2YNFA 2E6LA 4W5OA 1C6VA 2B5JA 2XY6A 2G8UA 3OJUA 3DI6A 4PUOA 4AHTA 1VK0A 3TR8A 3K5LA 3KK1A 4HCCA 3HK2A 4CFDA 4EZ6A 4E7KA 3ZT3A 1ZYQA 1A5XA 4KKOA 4OKJA 1RBRA 3LAMA 1RDAA 3C94A 2RF2A 4IBNA 4CK3A 4OLBA 4F8RA 3HSTB 1RILA 5HRSA 5FRNA 4FJ7A 1BQMA 3SUQA 5J2QA 1KVCA 1QQCA 4H4OA 4OGEA 3V9SA 3OYLA 1BHLA 2AJQA 2ZD1A 1FK9A 3QETA 4FJ5A 3O4NA 5HP1A 3SQ0A 4Z4GA 1UA0A 3UIQA 4LSLA 3P83D 2FBXA 4KFBA 1HPZA 2FC0A 4CEAA 4LY7A 3AO1A 4B9VA 4CGIA 1X1PA 3KK3A 2OPRA 4DFMA 1GOCA 3AO4A 1LWCA 3ZSQA 3KLFA 5E41A 4GMJB 3OJSA 1ZBHA 1U47A 3V1OA 1FXXA 1J9AA 4AHSA 4FJKA 3V9XA 4RG8A 1HRHA 4CF0A 3PUFA 4ID1A 1L3UA 1S6QA 2E6MA 5KI6A 4CEDA 1NK7A 1KRPA 3NBPA 3U3YA 4Q0BA 1A5WA 2B4JA 1FKPA 4CIGA 4CHNA 3SUPA 1U49A 2P51A 3OS1A 3F73A 4B3OA 4BWJA 1RTDA 3RMCA 1BISA 4B9NA 1B92A 3NFAA 4HVJA 3PX0A 3VN5A 3CYMA 3NF8A 4CFAA 2OPQA 4AHVA 2YNHA 4Z4CA 3QNOA 1L5UA 2DTUA 1ASWA 3TAEA 4F2SA 4CGFA 2Z1HA 2GUIA 3DOLA 3OYAA 2RPIA 4RW4A 2BGGA 3SPYA 3RR8A 4BE0A 3RMBA 3O3HA 3DRSA 3HVTA 4MQ3A 1SV5A 3I0RA 3NGZA 3AVBA 1TAUA 4CERA 3AVFA 3ZSWA 4DTPA 1IKXA 4N47A 4CEFA 5DMRA 4PQUA 2F96A 4YNQA 1KLMA 3AVKA 1N6QA 3AVNA 4FJHA 3WNGA 4CJUA 2HNZA 4Z4EA 2Y1IA 1TAQA 3LP2A 4E7HA 1C1CA 1QSSA 1VRUA 3SV4A 4DSIA 4I9QA 2IAJA 4W5NA 3VQ8A 2HNDA 1RDCA 1WNSA 1KFSA 3VQPA 3V9ZA 3OYGA 4DU1A 3PX4A 1ZBUA 3FFIA 1JLAA 1T05A 4CEQA 4CEOA 3CQ8A 4W5RA 4W5QA 2VG7A 1J53A 1T03A 1RT2A 2IS3A 3M8PA 4KV8A 2JLEA 4CJFA 3LWMA 1UAXA 4F2RA 4FJGA 3V9UA 2VG5A 1B9FA 4CJEA 3DLRA 3LPTA 1K6YA 3HXMA 1Q8IA 4B08A 1REVA 3L2QA 1NOYA 4M3UA 1C1BA 3AO2A 4F3OA 3NHGA 3VQBA 1D8YA 3LDSA 3RR7A 3B6PA 5C42A 5HLFA 2HVHA 3SQ1A 4C8NA 3L3VA 3VQDA 3KLEA 3HJFA 2F8SA 2D0AA 4CK1A 4ELVA 3M8QA 3AVLA 4RW9A 4CHZA 4EP5A 1ZBLA 3RRGA 3U3GA 1NKBA 3VQ5A 4O0JA 3DLHA 3CFPA 1WSFA 1CXUA 3ZSVA 1TK8A 3PO4A 4E7IA 2HHSA 2HHWA 3SNNA 3RMDA 5T7BA 1S6PA 4JS4A 4DFKA 4DFJA 3SI6A 4FXDA 3C95A 1NK4A 4KI6A 3VQAA 1S1TA 3ZSOA 3HPGA 3T1AA 3LP3A 4OPKA 4DTJA 1O1WA 1KVAA 3SZ2A 4ZTFA 1BI4A 1NK8A 4N76A 1UOCA 4FW1A 3DRPA 4CHYA 3E01A 4C8MA 2ZQBA 1L3VA 4B8AB 1JLEA 2JGUA 4CF1A 4ZHRA 5J2MA 1UA1A 2I5JA 1UWBA 5HRPA 4FLZA 4Y1CA 4I2QA 2YV0X 1QTMA 3I8DA 4N5SA 3QEPA 2Y1JA 2OZMA 1F21A 1WLJA 2YKMA 4W5TA 4LSNA 1TK5A 2KW4A 3AA5X 4CGDA 4B9SA 3QEVA 4M42A 4FJNA 3QINA 3HPHA 4CJ4A 3OYMA 3OYCA 2NUBA 4CJKA 1D9DA 5J1EA 3EYZA 1ZBFA 4E3SA 3MEDA 2D5RA 2D0CA 3VA3A 3DLGA 2VWJA 3VQ4A 4PY5A 1JLCA 3ZT0A 4BDPA 4DSLA 1YTUA 1TV6A 3S3OA 5KRTA 4CGHA 3DLKA 3DYAA 2HB5A 4CEZA 3D0PA 4B8CA 4DS4A 1LWFA 3SUOA 4J2EA 1HNVA 4QCLA 2OPSA 3L2VA 3NDKA 3MEGA 4FLYA 4QAGA 3HPOA 4OVLA 4XIUA 3QESA 1YT3A 3VA0A 1SL2A 2HHVA 3KKRA 1LAVA 1CZ9A 1TKXA 1HNIA 1G15A 3OVNA 2GBZA 4CHOA 3RMAA 1XWLA 3OYNA 4FZZA 4JLHA 5SZTA 2X74A 4DTRA 1TGOA 4KAZA 1C0MA 4BACA 2OZSA 1LW2A 1DTQA 3ZSYA 1QHTA 4CGJA 3NH1A 3QNNA 3T19A 4DF8A 1ITGA 2WOMA 3DRRA 4FCYA 3KLIA 2D0BA 2YKNA 4O0IA 4FK4A 2HHQA 1VSJA 4K8ZA 3AO5A 4O44A 2HW3A 1EKEA 2X6NA 1IO2A 2HHTA 4DSKA 2XY8A 3NF9A 4KHQA 3NAEA 3AV9A 3JSMA 4UQGA 1SL0A 1CZBA 1EXQA 3KKSA 3CM6A 5JS2A 1KLNA 2KTQA 4RW8A 3ZT2A 3QIOA 1TK0A 4E7LA 1EP4A 2HMIA 3ITHA 4I7FA 3QERA 1NK9A 3LANA 4FJMA 4FK0A 3TAMA 3CFOA 3L8BA 4DQQA 4G1QA 4DLGA 2VWKA 3OYIA 4HUEA 3SQ4A 1NKEA 4JRPA 1VRTA 4R5PA 3OS0A 3SQ2A 4KTQA 4KHSA 1WSIA 1LAWA 4OPJA 4KHNA 4IFVA 1KSPA 2RN2A 3O3GA 1I39A 3LZJA 3AA2A 1T7PA 5DK5A 4CEEA 4DTOA 5HRRA 2PZSA 1J54A 1W9HA 2FBYA 4M45A 3LALA 2P1JA 4DLEA 1RT7A 4FM2A 4J2BA 4KREA 3OYBA 1BIZA 1JXBA 4HTUA 2FBVA 4Q5VA 3IAYA 4E19A 3K59A 3VQCA 4J2DA 2HNYA 3HL8A 4CE9A 3K5MA 3LZIA 1RBSA 4Z0UA 1RTJA 2BANA 2XY5A 1U4BA 4GW6A 1QSYA 3MXIA 2KFZA 4KHWA 1WSHA 3MEEA 4ID5A 1JLFA 2Q3SA 3EZ5A 1QE1A 2G8WA 5CY4A 3ALYA 1XHZA 1VSMA 3TWHA 4F3TA 5C24A 2G8IA 2KFNA 1CXQA 4M3YA 2HVIA 4B9TA 4M41A 1LW0A 2A1SA 3RRHA 5KTQA 5FDLA 4E7JA 4CK2A 2QKKA 4DSFA 3BDPA 4EZ9A 2YNIA 4DSJA 2QXFA 1NK5A 3K2PA 2EHGA 3PY8A 2X6SA 1NJWA 1HQUA 1W0HA 3OS2A 4KO0A 3MAQA 3K57A 5HROA 3HM9A 4FLWA 3NH2A 5J2PA 4FK2A 4FYDA 4CJLA 4AHRA 1BCOA 3ZCMA 3K5NA 4FLUA 4C8OA 3TI0A 4B9LA 2OPPA 2PYLA 1WSEA 3KLHA 4DWIA 4RW6A 1JLGA 3AVIA 1HQEA 3SV3A 4DQSA 1FKOA 4CJTA 2PYJA 1IKVA 1RDDA 3IS9A 1L3TA 3M8RA 1X9SA 1RCHA 4KTWA 2F8TA 4CFBA 4OKEA 3WNHA 3MXJA 3NGYA 1BQNA 4FJJA 4HCBA 3U6FA 4FLVA 2YHBA 3ULDA 4FZYA 4C8KA 4OJRA 3LWLA 3KD5E 1A5VA 2X78A 4CJ5A 4FLTA 4F4KA 4FJIA 1ASVA 3TARA 4WE1A 4DF4A 3C6TA 3NF7A 1IKWA 4DTSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CW7B 3H3OB 3O6WA 3LDNA 3ENHA 2KZMA 1YJWN 4DTUA 2E88A 5AZIB 4MFBA 1Z25A 3FZMA 4FJXA 1NGFA 1RBTA 3A5NC 3HP9A 3C6UA 3AA3A 3EY1A 2O8EA 4OO1J 4O4GA 1OVYA 3OY9A 1KVBA 3O80A 5M1NA 2B6AA 4BRCA 4FZXC 5EU7A 3CM5A 1NJZA 3WXLA 3ISNC 2GWJA 4LC9B 4I9LA 4A2AA 4KI4A 3SAGA 4DQRA 1Z26A 4WCEL 4BC4A 4LH4A 3RTVA 1VQNN 3G0ZA 3LDLA 3V81A 4JRQA 5BREA 4BR5A 3S3NA 1NM1A 3HP6A 3QO9A 1JLQA 5CYQA 4FJ9A 5J2NA 3WT0A 3F9KA 2A6AA 2EX3A 5KRSA 1N36K 2DY4A 3CCSN 4CGGA 4CZJA 3R6MA 3AAQA 3KHYA 4B9MA 4FLXA 3KLGA 5FRMA 4WQ4A 4H8KA 4K25A 1NK6A 5AQYA 2IC3A 3ASMA 4CD3A 3B8AX 3J8AA 1KAYA 1QSLA 5IWAK 3AVCA 5KGXA 4BE2A 5EOYA 3NE6A 3KWIA 1KAXA 3AO3A 2P9PB 1S9GA 3A0IX 2KQ2A 2R7YA 1VSHA 5GAEP 4BR7A 1WAJA 1NLVA 4AHUA 2GWKA 3I0SA 5AQMA 1N34K 1DLOA 4Y1DA 2Q97A 4IKFA 4CJWA 4AM7A 1GOBA 3VENA 3P39A 2YHAA 3D45A 2G8FA 4DU3A 4FM1A 3O9SA 2ITGA 3L3UA 3VQ7A 4H4MA 3ZT4A 5BR9A 5LL6Z 1HNXK 3H46O 1SKRA 1JXEA 4BVOA 5BPNA 4EHUA 3PO5A 1JL2A 2WUSA 4CJSA 3U9DA 2YNGA 3WNEA 3DM2A 3OYKA 2JWLA 1BOTO 1RT5A 3LPUA 3VTIA 3KK2A 3V9WA 5C10A 4H0YB 4ISGA 3VGLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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