1HYVA

Hiv integrase core domain complexed with tetraphenyl arsonium
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of a small-molecule binding site at the dimer interface of the HIV integrase catalytic domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 142
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hyvA00
3OYKA 2ZD1A 1FKOA 1RDDA 1HYSA 1TAQA 4KTZA 2FBVA 4CHQA 3HPOA 1QSLA 4OKEA 4CIGA 1VK0A 3V1QA 4B9SA 3CM5A 1TAUA 3O3FA 3V9XA 3LPUA 4KI4A 2QK9A 3TAGA 1HRHA 4DU4A 2XY5A 3NF8A 1UWBA 3ZSRA 1J9AA 4CF9A 5FRMA 3EYZA 1K6YA 4J2BA 4JRPA 4E7IA 1IO2A 4CK1A 3TAEA 1R0AA 4FW2A 4DSIA 3K5NA 4YFUA 3VA3A 1LAVA 4HUGA 1LAWA 4E1NA 2P5GA 3RR7A 4BACA 3E01A 3L8BA 3QERA 4FCYA 3WNGA 1WSIA 4AHTA 4CFDA 4Z4HA 3SI6A 2G8FA 4Z4FA 1J5OA 2G8WA 1KCFA 3SUOA 4KTWA 3OY9A 1VSFA 3DOLA 3TABA 1JLEA 3TARA 1TK8A 3SPZA 4HVJA 5J2NA 3QEXA 1T05A 2PY5A 3LDSA 4BDPA 3G0ZA 4UQGA 3TAFA 3KD5E 4Z4GA 1CXQA 4KO0A 2E6MA 5T7BA 3T1AA 1BISA 3ALYA 1DTTA 3DRSA 2EX3A 4B8AB 3CFRA 5CZ2A 2OZMA 2O4IA 4CF1A 3F73A 1EX4A 4KAZA 3HO1A 4E19A 1XWLA 3S3OA 3TANA 3KKSA 1BIZA 3S3MA 2PZSA 1Z26A 4ELUA 4DTMA 1WLJA 1WSFA 2Z1GA 4CERA 3NDKA 1QTMA 3RWUA 1ZBHA 3VQCA 2QKBA 3VQ4A 4DG1A 3SQ0A 1SKRA 3IS9A 3LPTA 4LH5A 4FM2A 4CECA 5DMRA 5HRNA 5FRNA 3NE6A 4FK2A 1WAFA 3I8DA 3I0SA 4KI6A 1IH7A 4AHSA 3OYDA 1JKHA 1KRPA 2YV0X 1U4BA 4J2AA 2D0AA 3ZSXA 2X74A 4M3XA 4W5QA 1SL1A 3QO9A 5FROA 3C94A 4F4KA 1RDCA 4B9UA 4CFCA 4CJ4A 4EP4A 4OLAA 4LD0A 3KK2A 4J2EA 3TAMA 2FBTA 3LAMA 2RN2A 3SUPA 1IKXA 3C95A 3L2WA 4DQQA 1W0HA 4CESA 3QEVA 1SKSA 4CJWA 1X9MA 4OLBA 1UA0A 1D9DA 4OPKA 3OS0A 3AO2A 4PY5A 1KVAA 2W42A 3ASMA 3KK1A 3U3YA 3SQ4A 3MEDA 2IOCA 2WOMA 1C1AA 3O4NA 3K57A 3RMAA 4DTRA 1YVUA 4BWJA 3TAPA 5I42A 1JLBA 3HT3A 4MFBA 3HVRA 3ZT2A 3SV4A 3HK2A 5HRPA 3FFIA 4CEZA 4E0DA 1RCHA 2E4LA 1ASUA 1QE1A 4C8KA 4FJ9A 4DTNA 4DQRA 3VQEA 3ZSQA 1FXXA 1JL2A 3L2QA 3ZT0A 3B6OA 4FJ5A 3QINA 4CK3A 4CE9A 4FLUA 3PV8A 1RBRA 1S1WA 4M45A 3OYFA 4E7LA 1NJXA 4DWIA 1X1PA 3ZSZA 4FJMA 1Q9XA 3K58A 4DSKA 4DFMA 4PUOA 1XHXA 5C24A 4MQ3A 3AO5A 4GW6A 1NJZA 4CCHA 2XO7A 3P1GA 4OGCA 2Z1HA 3OYHA 3AVAA 2IAJA 1SL2A 1NK4A 1Z25A 4CGGA 4O0IA 2D5RA 1EXQA 3OJUA 2G8UA 2G8HA 2OPPA 4HCCA 3QNOA 2YHBA 3SCXA 3QEIA 4O55A 1JXEA 4CIFA 2IS3A 5SWMA 2KFZA 1W9HA 1WAJA 1BL3A 4ICLA 2DFEA 5C42A 1BIUA 2ZQBA 3AVIA 2D0CA 3AVGA 1JL1A 2HVHA 4Q0BA 1U04A 2GUIA 3VQPA 3ZSOA 2AJQA 3T19A 4DU1A 1XHZA 3SPYA 3VN5A 2XRIA 4AHCA 4E7KA 3NFAA 2ZE2A 1HNVA 4F8RA 4J2DA 1B9DA 1RTHA 3OYCA 4LSLA 3L2UA 2BE2A 4DQPA 4LSNA 1ZBUA 4DF8A 3TI0A 4CGIA 1TKDA 4Q5VA 1VSDA 3NBPA 5HRRA 4NCBA 2D0BA 3LZJA 4DFKA 4DTPA 1CXUA 2X6SA 4CGHA 1N5YA 5K14A 3U3GA 3NGZA 3JYTA 1T03A 4KREA 4HCBA 2HHUA 3VQ8A 3EY1A 1C1CA 1LW2A 1TKZA 1JLCA 4NYFA 1I39A 3AA2A 1IKVA 1VSIA 4FJLA 1D5AA 4CJLA 1JXBA 3HP9A 1S6QA 1U49A 4FJJA 4FZYA 1DTQA 1VSMA 1WSEA 4B9VA 1RT4A 1VSLA 2F96A 3PO5A 5KTQA 3V9SA 4FJIA 4RW7A 3KLIA 3K5MA 3V1RA 4HTUA 2B4JA 3NH1A 1DLOA 1VRUA 4B3OA 2KQ2A 1UOCA 3AVLA 3NF6A 4JLHA 4RW8A 4OPJA 4N5SA 3LP3A 3HVTA 3KLFA 3ZSWA 3G10A 1YTUA 1TKXA 2DFFA 4M3ZA 1LWEA 4DLGA 4IDKA 3OYGA 3V6DA 1L3TA 1G15A 4N56A 2KW4A 2RF2A 3HPHA 4DS5A 1KVBA 4DTXA 2DFHA 1GOBA 3QIOA 1S5JA 4FJNA 3ZCMA 1LWCA 1HQUA 1ZYQA 4B9MA 1REVA 4DQSA 3AO1A 4QAGA 3HP6A 5J2PA 1ZBLA 4ID5A 2P5OA 1S9GA 1NK8A 5KGXA 4CJTA 1QS4A 1HMVA 4O44A 3VQ9A 3K59A 3SQ1A 1QQCA 4CHZA 1L5UA 1BGXT 4M41A 3S9HA 1VSJA 2HHVA 1Y97A 3SQ2A 2FBYA 3KIOA 4W5RA 2Q3SA 4CEBA 3CYMA 5JS1A 3K5OA 2F8SA 3M8SA 1LV5A 1D9FA 1RT3A 2HHSA 1CLQA 4B08A 2HB5A 1T8EA 3RMCA 2OPRA 4H4MA 1S9EA 2QXFA 2PYJA 3DLGA 3LAKA 4BE1A 3AA4A 4E1MA 3MECA 3QETA 4EZ6A 3TR8A 1L3VA 1HYZA 1QHTA 3VQ5A 1KTQA 1KLMA 3HSTB 4DTUA 3AVJA 4Y1CA 2Y1IA 2LSNA 4NCGA 4CFBA 1Q9YA 3CFOA 3HL8A 1KLNA 1ASVA 3QESA 3VQAA 1NK7A 2VWKA 4IG0A 1S6PA 2XHBA 3V9ZA 4M42A 1RTDA 4FW1A 4PQUA 2OPQA 4H4OA 4CGDA 4FLTA 3KKRA 3DOKA 4CF0A 3RMDA 1GOAA 4RG8A 1RBVA 3D45A 3P5JA 5KRSA 1C0UA 5HROA 2HNZA 2YNFA 1BCOA 4E89A 4FJ7A 4DMNA 3KLEA 2Y1JA 3AVMA 1NKBA 3LZIA 3AO3A 3MXIA 1ASWA 4IKFA 3RRGA 1RT7A 4O0JA 3L2VA 3D0PA 4B9LA 4M3TA 4DQIA 1ZBIA 4CHOA 4JRQA 4DS4A 3DLEA 2DTUA 3UIQA 1U45A 4I9QA 4KTQA 2OZSA 4HUEA 3CM6A 4M3RA 5C25A 2KTQA 4FJHA 1WNSA 1BCMA 4I9LA 1JLAA 5D3GA 3KLGA 1L3SA 3AA5X 4AHUA 1YT3A 4R5PA 4B9NA 3KJVA 3CFPA 2OA8A 4M3YA 4KRFA 4CJ3A 1ITGA 4YNQA 4CF2A 3AVKA 2YNIA 3OJSA 3QEPA 4FJ8A 4FJKA 3RTVA 5E41A 4CEDA 2YNHA 2ETJA 3H08A 2F8TA 3AVNA 4CEEA 3IAYA 3ITHA 4LH4A 1ZBFA 3P83D 1RT6A 3QNNA 4ZHRA 3OYLA 4BDZA 3NAEA 1J53A 2Z1JA 4KHWA 5SZTA 4DLEA 4FXDA 1CZBA 3B6PA 3DLBA 3ZT1A 3NH2A 3LP1A 1HJRA 1SUQA 1WN7A 4CJPA 2KFNA 4FLXA 1O1WA 3KK3A 3DLKA 3AVHA 3BDPA 2HHTA 1QSSA 3IRXA 1NKEA 1BHLA 4IBNA 1YTAA 4W5TA 2HHXA 4DSJA 4ID1A 5CZ1A 4FK0A 3V81A 3SYZA 3V4IA 1U47A 1RNHA 4GVMA 3VQQA 5J1EA 3OYEA 3JSMA 4OKJA 4DF4A 3QIPA 1C0MA 4CJUA 3CQ8A 4FLZA 4DU3A 1NK9A 2VG6A 3DMJA 2G8KA 4KHYA 4CGFA 3OYMA 1XI1A 1UAXA 3AVCA 1WSHA 2GBZA 1WSJA 1U48A 4B9TA 4RW9A 4K8ZA 1TV6A 4KHSA 3DI6A 1IG9A 4C8OA 2RPIA 3M8PA 3KLHA 4C8LA 3MXMA 4FM1A 4FLVA 2PYLA 1TL1A 2BGGA 3OYIA 3K5LA 4CJVA 3VA0A 4HUFA 1CZ9A 4Z0UA 3EZ5A 2HMIA 4DTSA 3NCIA 1VRTA 4I2PA 4DSEA 4OGEA 3L2RA 2VWJA 2E6LA 4FYDA 5I3UA 1RBSA 4CJEA 3U6FA 4OJRA 1IKWA 4DSFA 4QOZB 4CK2A 2BDPA 1RBTA 4E7JA 3S3NA 1C0TA 1SL0A 3IG1A 4QCLA 2X78A 3C6UA 3VQDA 1EKEA 3V1OA 4EZ9A 4PWDA 1C6VA 1S1UA 2B6AA 2JLEA 3DLRA 4O5BA 4FLWA 3KTQA 4AH9A 4KV8A 3AVFA 4CJSA 4ZTFA 2HHWA 1XC9A 4FJGA 4E3SA 4M3WA 3C6TA 4PA1A 4C8MA 1C1BA 1RDBA 1NJWA 3HPGA 3MEGA 3MEEA 3F9KA 4K8XA 4RW6A 1HNIA 1NKCA 3ZSVA 4BDYA 4CHNA 4N76A 3ZT4A 5J2QA 2IC3A 3DRRA 2HNYA 2GV9A 4FJXA 4BE2A 3BGRA 2VG7A 3LALA 4AHRA 1RT5A 4JS4A 1S1TA 2G8VA 2IGIA 2HVIA 2I5JA 3DLHA 1TKTA 1QSYA 2BANA 2YNGA 3RMBA 1EETA 3MAQA 4KHQA 2OPSA 4JS5A 4AHVA 4KHUA 4F3TA 4CEOA 3DYAA 3TAQA 3OYJA 4KB0A 4OKKA 4W5OA 5FDLA 1A5WA 5CY4A 4EP5A 4CJKA 4CF8A 1L3UA 4RW4A 1NK0A 1JLQA 1LW0A 1BI4B 2FC0A 5CYQA 2DY4A 1X9SA 3SUQA 3WNHA 3TWHA 1VSKA 1B9FA 1RTIA 3PX6A 3HXMA 3VQ6A 1RILA 5KGWA 4CEFA 1NOYA 2B5JA 3WNFA 3AV9A 3AA3A 4ELTA 4M3UA 4Z4IA 2G8IA 4GMJB 2HHQA 1WSGA 3DM2A 3NGIA 3T3FA 3SNNA 3WNEA 3PY8A 1VSHA 4FK4A 3QEWA 5HLFA 1EP4A 4O4GA 2A1RA 4FM0A 1B92A 2HW3A 2WONA 1I3AA 4Z4CA 3KD1E 4I2QA 4NCAA 1BI4A 1HQEA 4Y1DA 5JS2A 5HBMA 3LP2A 5KRTA 4KPYA 3NGYA 2VG5A 1TGOA 4HHTA 4F3OA 3SZ2A 3ZT3A 2YHAA 5HRSA 4ZTJA 2ITGA 4DFJA 2KZZA 3ULDA 2EHGA 3A2FA 1RBUA 4C8NA 3K2PA 4CEAA 3HM9A 3NHGA 4ELVA 2RKIA 4Z4EA 1BQMA 3NF7A 4DTOA 4DFPA 4OVLA 4N47A 3M8QA 3LWLA 4L8RB 1NK5A 3I0RA 3VQ7A 4IFYA 3M8RA 3LANA 1KFSA 4F2SA 4BWMA 3ISNC 4IG3A 1JLFA 3OS2A 1Q8IA 2P51A 4B8CA 3V9WA 3QLHA 4CJFA 4CJQA 3SJJA 1N6QA 2HNDA 4KB1A 1HPZA 4LY7A 3CG7A 2O4GA 3AVBA 1NJYA 4FLYA 2P1JA 3PUFA 4CJRA 5CYMA 5KI6A 4AILC 3THVA 2R7YA 4XIUA 2ATQA 3OYAA 1A5XA 4G1QA 3RRHA 2Z1IA 3O3GA 5HP1A 3OYBA 3L3UA 4BE0A 4H8KA 2JGUA 1T7PA 3PO4A 4NYNA 1KSPA 1D8YA 1UA1A 4DSLA 2YKNA 3NF9A 1S1XA 3OVNA 3VQBA 1NOZA 4KHNA 4IFVA 1HYVA 1KFDA 2FBXA 3OYNA 4FZZA 1SV5A 3NH0A 3OS1A 4E7HA 2OYQA 2X6NA 4CFAA 3V9UA 4CIEA 5J2MA 3PX0A 1RTJA 3LP0A 1TK0A 1RT2A 4DTJA 1X9WA 1NK6A 4F2RA 2NUBA 1FK9A 2XY7A 4N41A 3O4QA 4FVMA 4CGJA 3PX4A 3O3HA 3DRPA 1RT1A 1FKPA 4CHPA 1F21A 3SV3A 4KFBA 2IDOA 4FZXC 4W5NA 1BQNA 5EU7A 2XY8A 4I7FA 1GOCA 3AO4A 1RDAA 5DK5A 2QKKA 1MU2A 4CHYA 3RR8A 3L3VA 3MXJA 2XY6A 1JLGA 3HJFA 1IKYA 2A1SA 1TVRA 4CJ5A 3LWMA 1S1VA 3SUNA 1TL3A 1SKWA 4WE1A 1KVCA 1VSEA 1LWFA 1J54A 3HYFA 4TSXA 2KZMA 2YKMA 3ZSYA 4KKOA 1TK5A 4CEQA 1A5VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CHQA 4IOAL 4OKEA 4CIGA 1VK0A 4DV5K 4B9SA 4KI4A 5TKYA 3O1WA 1EO1A 5AFUA 3HOTA 4J2BA 1K6YA 4JRPA 3QDKA 2NRRA 2F7TA 4FW2A 3VA3A 3C0BA 1LAWA 3W3DA 3EE9A 2P5GA 4CFDA 1YJWN 3FZFA 1VSFA 1TK8A 3SPZA 1T05A 3LDSA 3G0ZA 4UQGA 4LFAK 4Z4GA 4KO0A 1VQMN 3SAGA 4C23A 2OZMA 3DRSA 1DTTA 2Q36A 4BC2A 4CZHA 1XWLA 3S3OA 5TKWA 1BG3A 1Z26A 3WT0A 1WLJA 1WSFA 2Z1GA 3LDLA 4CERA 4K0KK 1J6ZA 3IS9A 3LPTA 4CECA 5DMRA 5HRNA 2HF3A 1WAFA 3I8DA 4CBXA 4AHSA 4EHTA 3HOSA 1KRPA 1NNEA 4M3XA 3C6HA 1RFQA 1RDCA 4LD0A 1E4GT 3TAMA 3CCMN 4BR0A 2W41A 3TSUA 4OLBA 1YAGA 1KVAA 2W42A 3SQ4A 3MEDA 3K57A 1G99A 2WBNA 1YVUA 1WBBA 4B1VA 2E4LA 3SBGA 1QE1A 4DTNA 3ZSQA 3B6OA 3I55N 4CK3A 1NJXA 3J80O 2P9UA 3OYFA 4FJMA 1BOTO 4XEIA 4MQ3A 3AO5A 5LY3A 3CXCM 4KH4A 2DPNA 4DV6K 2XO7A 3WQTA 3P1GA 2IAJA 3AVAA 1NK4A 1Z25A 1DEJA 3F9MA 3IMXA 4A5BA 1NGIA 3QNOA 3SCXA 4O55A 2KFZA 3ENBA 1BL3A 3D2FB 4ICLA 4B3RK 2ZQBA 3AVIA 2FSJA 4Q0BA 3O80A 4DU1A 1N34K 3SPYA 2ZE2A 4H5VA 2V7ZA 1ZBUA 1U2VA 1VSDA 3NBPA 1VQ7N 4GKKK 3D7EO 1CXUA 2X6SA 3HRGA 4DTPA 4LF7K 1N5YA 4JHDB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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