1I8JA

Crystal structure of porphobilinogen synthase complexed with the inhibitor 4,7-dioxosebacic acid
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
TDLIQRPRRLRKSPALRAMFEETTLSLNDLVLPIFVEEEIDDYKAVEAMPGVMRIPEKHLAREIERIANAGIRSVMTFGISHHTDETGSDAWREDGLVARMSRICKQTVPEMIVMSDTCFCEYTSHGHCGVLCEHGVDNDATLENLGKQAVVAAAAGADFIAPSAAMDGQVQAIRQALDAAGFKDTAIMSYSTKFASSFYGPFREAAGSALKGDRKSYQMNPMNRREAIRESLLDEAQGADCLMVKPAGAYLDIVRELRERTELPIGAYQVSGEYAMIKFAALAGAIDEEKVVLESLGSIKRAGADLIFSYFALDLAEKKILR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Mechanistic basis for suicide inactivation of porphobilinogen synthase by 4,7-dioxosebacic acid, an inhibitor that shows dramatic species selectivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
total genus 113
structure length 323
sequence length 323
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2001-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1i8jA00
5FEWA 2B0MA 3G22A 1TTPA 4GUFA 4UFKA 5HMSA 1TSIA 1P0KA 1VYPX 2A1YA 2E6YA 3A21A 5C5YA 3P80A 3BLFA 1HL2A 3HPSA 5AN7A 3GKFA 5D32A 2V0TA 4ONVA 2HS8A 1V7YA 3G0UA 4KWVA 3P74A 3CQ0A 4JTJA 1KTBA 4PODA 3G0SA 4JTTA 4NVTA 1KM3A 3Q2DA 2NZLA 3MJYA 5AYXA 4IOTA 4UTLA 4O13A 1QPNA 3W2JA 1LBMA 4FNPA 3LCGA 4PCFA 3IIPA 1OX6A 1Z41A 3QM3A 1H61A 2A2IA 4IPJA 3S5ZA 2A4AA 1QMLA 3IVTA 3EEGA 5DN1A 1YDVA 3OA3A 2X2GA 3UWYA 3C0JA 4NX0A 2PE4A 4GUGA 1T8XA 2QKFA 4EWND 4M6VA 3T78A 1EB3A 4IX2A 3W7QA 2OJPA 1TJRA 3MP3A 3NEVA 1XBYA 5D2VA 3NL2A 2ZDRA 1M7PA 4XZ9A 4FF7A 4BR1A 1ALDA 2BSLA 1LBLA 3BPWA 2QCDB 1M5WA 3NDOA 5LHFA 1SFJA 1LDCA 4BI5A 2VEKA 4I9AA 1H7RA 4GC4A 3W70A 3VFLA 3WJSA 5G2WA 2HS6A 3S5NA 4JTIA 3L0KA 2YXGA 4UR8A 1EP1A 2CZDA 3IVSA 1SFLA 3HMJG 4JX4A 3RFAA 1TPB1 2ABAA 1W3IA 3PSWA 4M5PA 2OZ0A 1KV5A 2J9ZA 3QSTA 2Y70A 1XDMA 1X8FA 3W85A 1MEWA 4K39A 1SO5A 4DO6A 3C61A 3PUEA 2RHGA 4MKNA 3L5MA 3KVLA 2NV2A 1PIIA 2DP3A 4WOQA 4DF1A 3TJLA 4OE7A 3BO9A 1SQ7A 1LLZA 3LDVA 1OF8A 3SI9A 3N2MA 4OQVA 3HB9A 2E77A 3I7SA 1FY6A 3NQ6A 2WJZA 1G4SA 3NL3A 4S2CA 3C6CA 1ADOA 1I2NA 4O15A 3W1RA 1A5AA 1VCGA 2DORA 1Z48A 1VLIA 4O16A 3SW6A 2NXHA 3LCLA 3W1TA 3G0XA 1X6UA 2JGQA 4WJEA 1VGAA 3PUDA 3I7QA 1GVRA 1ZY9A 2WSYA 3PB0A 3S9YA 1QDSA 1KTCA 2XFWA 1CI1A 3W83A 3LBCA 3GYEA 1BWKA 3M47A 3DI1A 2NV1A 2HTMA 5D33A 2F84A 1JCYA 4MZ1A 4MY8A 3SR7A 3L66A 1LLWA 3NQEA 1MXSA 4K38A 3DHFA 2A0NA 2V5BA 1UUOA 1AL8A 5EBUA 5FESA 5DY3A 5D37A 3EWUA 1SZNA 2BWGA 3UZ5A 1G67A 4RXGA 2YYTA 3HG5A 4KFOA 3W7PA 1UUMA 3G1FA 1OFAA 3W73A 3W1PA 1H7WA 4UFHA 2D73A 3CWNA 3O63A 3IIZA 4H6KA 4RXFA 4N9EA 1TTIA 3GDLA 1OFBA 1KBJA 3PM6A 3MI2A 2H90A 1LZOA 3G3MA 1QNVA 4MYAA 3W1UA 3ATYA 1DJNA 3QW4B 2W79A 2ZA3A 5D04C 3R2GA 4LVGA 3BG5A 3B04A 3ELFA 2IQTA 4MLRA 3V75A 4QAIA 1XKYA 1GWJA 1QWGA 1OK4A 2ZA1A 3D0CA 4IMGA 1KBIA 1SSDA 4DF2A 1EX5A 3W75A 3KHJA 4LTSA 4BWLA 3DAQA 3NQ8A 1GJPA 3UD6A 1F5ZA 3W9ZA 1O5XA 4RZ6A 3B0UX 1GEQA 3W7IA 1K7EA 1PCKA 3WK0A 1XXXA 2FB2A 3GXNA 2V8ZA 3OHIA 3DU0A 3PR2A 5J5DA 2E6DA 1F73A 3NGJA 1FCUA 3W2UA 1EPXA 5CZTA 3LTYA 3SECA 3PB2A 3R8RA 3UY8A 4AVFA 3HBLA 4QISA 5AC6A 2C14A 5CG7A 1IF2A 3QPYA 3M16A 5K4ZA 3P7YA 5CPLA 2ZCGA 2RDUA 1OYBA 3JS3A 3DZ1A 1XBXA 3W88A 1RQHA 1GPWA 1H7XA 2EAWA 2YSWA 1H62A 1DHPA 4GUHA 4HNTA 1JCMP 1ZNNA 5FEPA 3MP4A 2GVGA 1EIXA 4MZ8A 2QR6A 3WK1A 1CX9A 1OF6A 3SJ3A 1TV5A 1TV7A 3S1VA 1P0NA 4JYEA 1ZAIA 5KMYA 4O4WA 1W5MA 1W5OA 4IMEA 1JR1A 3THAA 3W7CA 5D30A 4PH6A 1FBAA 3W2NA 3W2MA 4XKYA 4RZ4A 4K36A 4LWWA 4FX6M 4O0ZA 4HPXA 4UFIA 3LX9A 3NQAA 5C2XA 1FDYA 5HULA 1KFLA 3GDTA 3W3OA 4JTHA 3S6DA 1GVQA 5KZMA 2YFOA 3CIXA 4YLWA 3L9CA 3PY2A 4FNSA 5I3GA 1DORA 4FNQA 4LUIA 2FJKA 2QJGA 4UIOA 4E2DA 2Y62A 1XBVA 4JS3A 1GVOA 1R2RA 3QF0A 3FYOA 1KFJA 1NSJA 1YPFA 1H51A 1QAPA 3STCA 3Q94A 3FLUA 3NA8A 4OV4A 3GVGA 4I7VA 4MVAA 4YL2A 1KM4A 3BG9A 2X16A 3BW4A 2CLKA 4S1FA 2GPTA 6TIMA 2OT0A 2V82A 4WXZA 4UXDA 2A85A 1EEPA 1TREA 3AJXA 4RKAA 4NNBA 5KZEA 1ICPA 3R12A 5SWUA 1ME7A 2ZRYA 3M44A 4JN6A 5K7JA 1J2WA 1VHCA 2ALDA 1M7OA 4LU0A 3UYCA 4Q32A 3TCEA 2C6QA 5E0KA 2PRLA 1VJIA 2QCLA 1YDNA 1VR6A 3LV6A 3RK8A 4WXYA 1KFBA 4O52A 1J4EA 3KVKA 4MJZA 1RPXA 3EXTA 1GT8A 4DBEA 3B0VC 3V1PA 2JK2A 3NO5A 1O95A 2C13A 2YW4A 2ZA2A 3EKLA 3NL5A 3E96A 3WJWA 3TUUA 3TH6A 3PUOA 3F4WA 3F03K 1VPXA 3KRSA 2WNNA 4LNYA 3A24A 5DXYA 3M6YA 3PWAA 1SW0A 3N9RA 5AOUA 5LNSA 4JYDA 3LRMA 1X1OA 5EY5A 3CPRA 3PC0A 4AHPA 1HFBA 3MUXA 3LGEA 2I1OA 3P81A 3NQFA 1ONRA 5EA9A 4AH7A 4M7SA 3SGUA 4LVAA 1IXPA 5I3JA 3DXIA 2ISSA 2A7RA 2H6RA 2W0UA 1TTJA 3S1XA 2I14A 1B4EA 5LNWA 3A5VA 2OCZA 2WV8A 3E9AA 3NZ1A 3O15A 2ZQ0A 2VOMA 2A6NA 2UV8G 2CLFA 3CTLA 4WY0F 1W3TA 2PRMA 3GAYA 4WY0A 5I3IA 4ORMA 5CPMA 1RZMA 3KFTA 4ADTA 1DOSA 2QUVA 3EB2A 3L0GA 3DKJA 3WFAA 2DZVA 2ZZ7A 2EPHA 4H4IA 4GE8A 1K02A 3MI3A 2OX1A 5LZLA 1R46A 5D2YA 2R14A 5AHEA 1Q45A 1W31A 1F05A 5CSSA 3GXTA 1RV8A 2TPSA 3O05A 3G1SA 1JUEA 3L2IA 3TXZA 4JTUA 2GQ8A 1G7VA 1P1XA 1HUVA 3BGJA 3FJ6A 4JXCA 2G97A 4MYXA 2WKJA 4LVBA 3ANYA 4MFEA 1YXCA 4K8HA 1AG1O 1S5WA 4OHQA 5CKSA 5LNUA 3GB6A 4NXSA 5K9XA 3HGJA 1FWRA 4DPPA 4QITA 4XTDA 2GOUA 5BRBA 2ISVA 3E02A 1W1ZA 1SR9A 1J5TA 1LROA 5LNRA 3FIGA 3K30A 4OWGA 3S0CA 3EWZA 8TIMA 1LORA 4O0KA 5HQEA 3P8JA 3QJAA 3LV5A 3W2KA 3TC6A 2XN2A 3LRLA 2ZZ4A 4FIQA 4JYFA 1TTQA 3EKZA 1IXQA 4N4QA 1OYAA 3LHZA 2DZWA 1UBSA 2NX1A 1B9BA 2FTPA 1GZGA 1T96A 4MZYA 2C0AA 2CZEA 1UB3A 1KM1A 2I9EA 4A22A 1EA0A 1X7FA 2BXVA 4ZL1A 2DZTA 1Q3NA 2ZRZA 2GJLA 2OMAA 5TIMA 3G8RA 2AQWA 1Q6LA 2CZ5A 4QQ3A 4UMBA 3EX6A 4RV8A 3PULA 2PCQA 2PRHA 1F6PA 3HF3A 3FEMA 3NPUA 3P67A 1TJPA 2WO5A 4IPIA 1TPC1 4D2JA 4FX7A 1L2UA 2X1TA 5FEXA 2CLEA 4NT0A 4TU1A 1ZAHA 4NJHA 1JUBA 2GUUA 1OHLA 3I7RA 2Z1BA 3TQKA 2WQPA 3TV8A 3WJZA 1F74A 2QJHA 1TYGA 4LRSA 1VYRA 2XN1A 2DZSA 3C8FA 3RLVA 1JUKA 4QM1A 4S2BA 1YTKA 2GVJA 3QH2A 5CPOA 1M6JA 3LHYA 1XUUA 4UFMA 4FXSA 2EF9A 2Y85A 1LTDA 4LVDA 2LLEA 3W72A 1YLVA 2NWRA 3W76A 3KX6A 2A6LA 1TIMA 3P84A 3ABQA 4M6PA 5AYYA 2Q8LA 3SGZA 4LY8A 5KTLA 5EKYA 4JY8A 1N55A 3EXSA 3N9SA 1WV2A 4UMCA 1TO3A 4IMCA 1K8ZA 1W5NA 2Z6IA 1MZHA 1B57A 1L6SA 2P10A 4FXRA 3VCRA 3BG3A 1XBZA 4IQLA 1R2TA 2V30A 1Z42A 2WSQA 4CNNA 5F2LA 5BOOA 4BWLC 1SW7A 5U7SA 4AEOA 4CCCA 1NVMA 1H5YA 3HIJA 5G4WA 2O7QA 1DJQA 4MJMA 2DU2A 3I65A 3W7OA 4CCDA 2JKEA 1FCVA 3DFTA 3OBKA 4NJKA 4ALDA 3HGSA 4E2BA 5HUOA 2QUUA 4JTFA 2ZTJA 3LM7A 5CZJA 1FDJA 4N4PA 4I7WA 2RH9A 3LCHA 3G1VA 3Q58A 2RDTA 2ZRUA 4UTMA 4UC5A 5K9DA 1H50A 1Y0EA 3R89A 4RCXA 3TKFA 2WNZA 3LHWA 5CSRA 4XQ6A 1LBFA 1KM0A 5ABTA 1ICSA 3G18A 1JCJA 3T44A 1AL7A 3LERA 2BLEA 4OU1A 4NJJA 2E68A 4LS2A 3W71A 3W7LA 1L9WA 1WOBA 3C2VA 3RMJA 1T99A 4UFLA 1D9EA 3TE9A 3TXVA 3LCWA 4N9DA 1SU5A 3NVTA 4BF9A 5EL1A 4X22A 3TNOA 5F2MA 4JR5A 2A7NA 2X1RA 3TR2A 3UY7A 5AHNA 2VEIA 2Y6ZA 3HO8A 1OX4A 3N3MA 3S8HA 4EIVA 2ZRVA 1G4EA 1FWTA 5G4EA 3G1DA 3UWQA 3W7MA 4RLIA 3G24A 4KWWA 4YMZA 3STGA 1GVFA 3W1MA 2FPYA 3LXCA 2CLMA 3A22A 5LGXA 3TA6A 2TRSA 1QCWA 1ME9A 3B8DA 4JX6A 2QAPA 1WAUA 3M7WA 2V2CA 4GNJA 3NPXA 3UWUA 3IRDA 1SZFA 4LS0A 4TMBA 5CZ0A 3EX3A 1O5KA 2QDGA 3G1YA 1NAL1 2X1SA 1KV8A 3G1AA 4PEKA 1TPVA 2Q3OA 2E5DA 5HWMA 2ZZ5A 7TIMA 3OG3A 4UTWC 4NZJA 1TPUA 2JKPA 3IV3A 3SY5A 5DCDA 4AHQA 2ATMA 2EGZA 3LBMA 4WX2A 4Q4KA 4G1KA 1S3HA 3NG3A 2V9DA 1I4NA 3EX1A 3T55A 3U6WA 1ME8A 4JICA 4BK9A 3M5VA 2VFIA 3PBWA 3M43A 2C1HA 4Z08A 2YGYA 2NX9A 1QPQA 5FF7A 4O4VA 4FEZA 1I2OA 1FCBA 3VI2A 4UTHA 4NJIA 2QCCA 5EMUA 4CNOA 3T40A 1Q6QA 3TSMA 1SO6A 1TRDA 4YCOA 4O54A 1G69A 3TROA 4LUJA 5T26A 2ZRWA 1DV7A 2YX0A 3S5YA 5AC7A 3RNDA 3W23A 4Y8FA 3W7RA 5CZSA 4A29A 2A7PA 5U4NA 3MW7A 1KLYA 1H7OA 4XUGA 3CLMA 4TO8A 5G5IA 2WOQA 2WNQA 1C29A 4LV4A 4ZQMA 3GNNA 3RLUA 4Z0JA 5DBUA 1K8YA 2VEPA 1VYSX 4N2YA 4GWEA 1H60A 4MLJA 5EYWA 4AMAA 4O1CA 5D2WA 1EUAA 1ZJIA 1E51A 3LTSA 3O6YX 3GDKA 1O60A 3CWOX 1IGSA 3QSRA 4Z1DA 1KM2A 3WK3A 3MYOA 4ZZ9A 1OVDA 1OFQA 4XBSA 3W7GA 4R53A 3CIWA 4ADSA 1QFEA 1IIGA 3GZ3A 3UNDA 1QOQA 2DZUA 4K6AA 2CLOA 4W9TA 2H3BA 5F1VA 5D2XA 5D05A 1EWDA 3FA5A 1YTDA 4N02A 2J9XA 4PC8A 1XC4A 5L9FA 4KFNA 3IGUA 1WDWA 2PC4A 5EPDA 2Z0IA 4OBTA 4JDYA 1SO4A 1WX0A 3S1UA 1K3UA 4AWTA 3U2OA 3ZWSA 2Y61A 2J27A 2GQ9A 1PV8A 3ZR4A 4OGZA 3M41A 4CNPA 2GVLA 2G95A 5F2IA 5CPNA 5E1QA 1W5PA 1BKSA 1G4TA 2WSRA 4UTUA 1WOAA 3MP5A 1FXQA 3L68A 3PF3A 2Y7GA 4XTIA 3MWAA 3BV4A 4O19A 4RJEA 2JGYA 2Y7DA 5LSMA 5DELA 1SZGA 2ZZ3A 2TYSA 3IIOA 2J9YA 3P5ZA 4X2RA 1K7XA 4AWSA 1S5TA 2E6FA 4QNWA 3NQGA 1RQBA 4LW7A 2V2HA 3HPZA 2VEMA 4O17A 1XL9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NSO A;  3W0K A;  1TTP A;  3LK6 A;  2A1Y A;  1EHN A;  4HU4 A;  1V3M A;  3HPS A;  4V33 A;  5AN7 A;  1JGI A;  4AIU A;  3G0U A;  2PP1 A;  3CL8 A;  4G2D A;  3ABZ A;  3WQF A;  3LGD A;  4POD A;  4NRS A;  4XAG A;  4MB5 A;  4UTL A;  1UD6 A;  1C92 A;  3IIP A;  1L6F A;  1OX6 A;  4IPJ A;  3S5Z A;  1M3U A;  2A4A A;  3IVT A;  3EEG A;  5I3D A;  1YDV A;  3CAQ A;  3OA3 A;  2F38 A;  4NX0 A;  1I1X A;  2PE4 A;  4GUG A;  5E6Y A;  2UY5 A;  4FR1 A;  3QPE A;  3CWH A;  4M6V A;  3T78 A;  1HJQ A;  4UQB A;  3MP3 A;  3NEV A;  3UZW A;  4LGX A;  3F5J A;  3SCT A;  3BH4 A;  3GFX A;  5A3H A;  1ALD A;  4PMO A;  4DYJ A;  5GPR A;  3CB3 A;  4Q8V A;  3W70 A;  3WJS A;  4GGB A;  1TJ1 A;  2CZD A;  1I1W A;  3SQM A;  1SFL A;  3HMJ G;  3RFA A;  4GYP A;  3KTS A;  3PSW A;  4J3T A;  1I75 A;  3W85 A;  1MEW A;  4MKS A;  4S3C A;  1SO5 A;  2RHG A;  2GVY A;  3EDJ A;  3K8L A;  3QV7 A;  4TX6 A;  5T91 A;  4CN6 A;  4OE7 A;  1F4A A;  2VRK A;  3LDV A;  2FGL A;  3SI9 A;  1PSC A;  1ZQ5 A;  1JZ5 A;  2V3D A;  2X41 A;  4UQE A;  1G4S A;  3NL3 A;  5FAC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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