The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| total genus |
29
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DUZ K; 4LFB K; 1IBK K; 4GKJ K; 3OTO K; 4LFC K; 1N34 K; 3J7Y P; 4DR2 K; 2UXB K; 4X62 K; 4AQY K; 4OX9 K; 4B3R K; 3J80 O; 3T1H K; 4LFA K; 4DV7 K; 1HNW K; 1FJG K; 4X66 K; 4B3M K; 4DV5 K; 1IBL K; 1I94 K; 2VQF K; 4JI1 K; 4JI2 K; 4JI5 K; 5IT9 O; 4DR3 K; 5AJ3 K; 4DV6 K; 1N32 K; 4K0K K; 5LL6 Z; 4V19 S; 4JV5 K; 1XNR K; 4DV0 K; 3J7A P; 1HNX K; 3J81 O; 4LF8 K; 4LF5 K; 2E5L K; 1IBM K; 1N33 K; 4LF7 K; 4YHH K; 4JI4 K; 4GKK K; 1HNZ K; 2UUB K; 4DR5 K; 2UUA K; 4B3T K; 4DR6 K; 4JYA K; 4DV4 K; 4JI6 K; 4DR1 K; 4DR4 K; 4X65 K; 5A2Q O; 1XMQ K; 4CVN E; 2UXC K; 5IWA K; 1HR0 K; 5FLX O; 4JI3 K; 2UU9 K; 4LF4 K; 4JI0 K; 2ZM6 K; 1N36 K; 4JI7 K; 4KHP K; 2F4V K; 1J5E K; 2VQE K; 4DV2 K; 4CW7 B; 3T1Y K; 5LMU K; 4LF6 K; 2UUC K; 4LF9 K; 4B3S K; 4DR7 K; 4DV1 K; 4NXN K; 1XNQ K; 4NXM K; 5LMN K; 4DUY K; 3JAM O; 2HHH K; 5BR8 K; 4YY3 K; 4JI8 K; 4X64 K; 4DV3 K; 1XMO K; 2UXD K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RT4 A; 3VES A; 4CHO A; 2Y1I A; 4F3O A; 1RTH A; 1BDG A; 3TAM A; 2RKI A; 3IKM A; 1RTI A; 5AQQ A; 1N34 K; 4CZG A; 2E2N A; 4BE1 A; 3ZCM A; 3P83 D; 2NRR A; 3DOK A; 1JLF A; 5C24 A; 4CHY A; 4K43 A; 4LH5 A; 4BR7 A; 3FGU A; 2NUB A; 3V4I A; 1S1W A; 1EXQ A; 3M3Z A; 4KHU A; 3HI0 A; 2VCP A; 4M3W A; 1IKW A; 3SUO A; 4EAH D; 2YHX A; 1SS6 A; 2KTQ A; 2DY4 A; 2ZGY A; 4DV6 K; 4F8R A; 2BTF A; 4E89 A; 3OYI A; 2RF2 A; 3CYM A; 5CY4 A; 1QZ6 A; 4FYD A; 5FPM A; 3CER A; 4FO0 A; 2ZWH A; 3N4Q A; 2I7N A; 4KH4 A; 4E1M A; 3BDP A; 4LF5 K; 4FL9 A; 1ZBI A; 1LWE A; 3F9M A; 2PYL A; 3D45 A; 5AZI B; 3H3O B; 2FBX A; 2P9U B; 3AVL A; 4HWI A; 1TUU A; 4FM2 A; 4R5P A; 3K57 A; 1NGI A; 2P9N B; 2WFB A; 3G4S N; 4C8N A; 3JS6 A; 1TK0 A; 1YI2 N; 1MDU B; 3MEE A; 4KI6 A; 5CR4 A; 2GWJ A; 2UU9 K; 4FLU A; 4RW4 A; 3CIP A; 2IGI A; 3U8X A; 1ZBS A; 3CI5 A; 2O4I A; 3VQ8 A; 3D7E O; 2VQE K; 3G71 N; 2JLE A; 1Q86 O; 2UUC K; 4ISF A; 1Q18 A; 3ENO A; 3VET A; 3BF1 A; 3AVB A; 1L3S A; 1CXU A; 1YJN N; 3NDK A; 1TYQ A; 3HPG A; 2H3G X; 1NU0 A; 2XY8 A; 4XH4 A; 4CEZ A; 4JI8 K; 4X64 K; 3ALY A; 4GV6 A; 1WSJ A; 4AIL C; 3KK7 A; 4LFB K; 5KRT A; 3TWH A; 4WFB L; 1S1T A; 1QQO A; 4PHT X; 3OJU A; 2YNI A; 4AQY K; 3QLH A; 5AQF A; 2YJE A; 5C15 A; 3RWU A; 1S3X A; 4FLX A; 2Y1J A; 3H45 C; 4AM6 A; 4CJF A; 1QVG M; 1B9D A; 1I94 K; 4H5R A; 3MK6 A; 4Z4H A; 4N47 A; 1JLC A; 1KC8 O; 4CER A; 1QQN A; 4K0K K; 4DCH A; 4UY8 O; 2PZS A; 4KFB A; 1NKB A; 1VSM A; 4LF8 K; 3AVN A; 4JHD B; 4K25 A; 4Z0U A; 4CEA A; 3MEC A; 1IBM K; 4FSV A; 4E19 A; 3AAP A; 1TL3 A; 4BDZ A; 1D4X A; 4FJ9 A; 4FWL A; 1D9D A; 4NCB A; 2VWB A; 4A5A A; 2QEX N; 5CYM A; 1ILY A; 4CBW A; 5C25 A; 2ITG A; 1TK5 A; 3L3U A; 2QKB A; 5A2Q O; 1JJ2 M; 4FJX A; 3VEY A; 2A6A A; 4O8U A; 2FC0 A; 4EP5 A; 2XO7 A; 4HCC A; 4LY7 A; 5FLX O; 2IAJ A; 2ATQ A; 3RMD A; 4WYB A; 5AQI A; 3KKR A; 4BC4 A; 2DFE A; 4BAC A; 2NZT A; 4FM1 A; 1NK6 A; 5AQP A; 2G8V A; 1RDU A; 3SV4 A; 4KHN A; 2VG7 A; 1EET A; 4XEI A; 2Z1G A; 2O8D A; 4EIA A; 5GAE P; 1RT3 A; 1HQU A; 3AO3 A; 3SBG A; 1T44 A; 3THX A; 3IRX A; 2E2O A; 1P90 A; 5T7B A; 1HMV A; 5HRP A; 4DFJ A; 3THY B; 2Q1N A; 4E0D A; 4KAZ A; 3SI6 A; 1ZBH A; 4DG1 A; 3LDQ A; 1RTD A; 3GOI A; 2YNH A; 3PV8 A; 1GLF O; 4FWS A; 1NK0 A; 3OTO K; 1OH7 A; 3LWM A; 5HL7 L; 1JCE A; 2DPN A; 1NNE A; 5BRF A; 2IC3 A; 4M41 A; 3T1H K; 3MWP A; 3MN7 A; 4DQR A; 5AQU A; 4GMJ B; 4E3S A; 4KRE A; 3H46 O; 3K59 A; 5EU7 A; 4N76 A; 1GLB G; 4JKD A; 4KI4 A; 5JS1 A; 3VQE A; 4DV5 K; 3R8E A; 4CJ4 A; 2F9T A; 3HSC A; 2QW9 A; 1K8K A; 2P9K A; 4JI2 K; 4BC2 A; 4IKF A; 3I8D A; 3O4N A; 2PFU A; 2P1J A; 4DR3 K; 2YNG A; 3L2Q A; 1YIJ N; 3LAM A; 2ZGZ A; 4CZH A; 3C95 A; 4KH5 A; 4IWV A; 1HNX K; 4CJQ A; 1TAU A; 3TAG A; 4W5N A; 4FOE A; 2BGG A; 5EVZ A; 3O9U A; 3C94 A; 3ZEU A; 4BE2 A; 4F2S A; 1GLJ O; 1NMN A; 1C0U A; 2YNF A; 1QSS A; 3C0B A; 1WLJ A; 1YJW N; 5AQS A; 1I39 A; 1UWB A; 1U47 A; 3TPQ A; 2YHA A; 3PY8 A; 3MN6 A; 4AHC A; 4FLW A; 2X78 A; 1E3M A; 3L8B A; 5KPT A; 5TKW A; 4BRD A; 3AVM A; 2YHB A; 1TKT A; 3NVM A; 5KRS A; 3AVH A; 1VRU A; 3PX4 A; 5KTQ A; 4YOY A; 2B5J A; 3KIO A; 4PA1 A; 1KLM A; 1U04 A; 1GOC A; 4CZJ A; 2Z1J A; 2P9S A; 1BU6 O; 3OYG A; 3U6F A; 4BR9 A; 1KCF A; 4Z94 A; 2HHU A; 3CCV N; 4IZ9 A; 1BA0 A; 2D0P A; 5JLH A; 2OPP A; 4R79 A; 3KLG A; 5AQG A; 4BRM A; 4F4K A; 3JAM O; 4C8O A; 1TYQ B; 2KZM A; 2ZD1 A; 4Z4E A; 4H4M A; 3KD1 E; 3EY1 A; 3P31 A; 3W3D A; 3FE1 A; 2Z1I A; 1HJO A; 3SBT A; 2OPR A; 2HVH A; 4FZX C; 4IFY A; 4FLT A; 3VEV A; 2P5O A; 3B8A X; 1NBW A; 1NKC A; 4FLZ A; 3MXJ A; 3ZSO A; 1Q81 O; 3E1Y A; 4JEP A; 3KJV A; 4JKB A; 4CFA A; 5JVG L; 1NGE A; 2FBV A; 4CGG A; 3BP8 A; 4DTM A; 4FJ8 A; 2WC9 A; 1J9A A; 5GIP A; 4B9N A; 2HHQ A; 1Y97 A; 3CCE N; 2E6L A; 4AHT A; 5M1O A; 3L4I A; 3LPT A; 4FJL A; 4FK4 A; 3VQP A; 5HP1 A; 2D0O A; 2DFF A; 1L5U A; 1W9H A; 4CJR A; 1EKE A; 3K9J A; 3ZSX A; 3H1V X; 1GLL O; 1XUP O; 4RW8 A; 5AQO A; 3NAE A; 3A0I X; 3VF2 A; 4DS5 A; 4H0P A; 3P38 A; 2I5J A; 1Q8I A; 5CZ1 A; 5GAH P; 3CPW M; 3LDP A; 4H5T A; 4OO1 J; 4BE0 A; 4YHH K; 3KK2 A; 4ZTF A; 4FCY A; 3VQA A; 3QEW A; 1HNZ K; 4DTP A; 3EEQ A; 3VQ4 A; 4CF1 A; 3DI6 A; 1RT7 A; 1JLE A; 1YHQ N; 3T19 A; 4CJ3 A; 1EWR A; 4B9S A; 3IDH A; 1JL1 A; 1VSE A; 2HNZ A; 2Q97 A; 3M8R A; 2OZS A; 3H3N O; 3ZSR A; 2OPS A; 2IVP A; 1LCU A; 2QI2 A; 1MWM A; 5AZI A; 4CZI A; 2QTD A; 2ETJ A; 4AM7 A; 4OPK A; 5CYQ A; 4G1Q A; 4B9Q A; 4CK3 A; 3OBW A; 3QIP A; 3LZI A; 1LW0 A; 4C23 A; 2QWR A; 4WE1 A; 1LOT B; 2E88 A; 4IBN A; 1BOT O; 2QWL A; 3OS1 A; 4IDH A; 3KD5 E; 1YTU A; 2O8D B; 5FPD A; 5KGX A; 3LP1 A; 1KVC A; 1CXQ A; 3H6E A; 4JNE A; 2WUS A; 3A5L C; 3ENH A; 4CF0 A; 2HBL A; 1XMO K; 2HHW A; 1LWF A; 3RTV A; 3A5N C; 4U67 L; 4GKJ K; 2VWJ A; 4K42 A; 4FWR A; 3LPU A; 1TL1 A; 3E01 A; 1A5W A; 3G25 A; 2NRZ A; 5F1X A; 4DSE A; 4KB0 A; 3MWT A; 4BRQ A; 3SK3 A; 1G99 A; 4L8R B; 4W5Q A; 2B4J A; 2I7P A; 4BVO A; 3A2F A; 3LDO A; 1XI1 A; 2JWK A; 1NK7 A; 1DGK N; 3OA9 A; 4JKG B; 1J53 A; 4Y0W A; 1UA1 A; 1RNH A; 2P9K B; 4GV3 A; 1NJZ A; 3C7N A; 3FFK B; 1VQ4 N; 4FJ5 A; 3ZT4 A; 1KQS M; 1HUX A; 1SKS A; 1HX1 A; 3T1A A; 2QWQ A; 3O8M A; 3ZEU B; 2Z1H A; 2ITM A; 2WOM A; 5KQ8 A; 2OTL N; 1X9S A; 1DLO A; 5BRH A; 3MXI A; 1OH6 A; 1S72 N; 3R9P A; 3LDN A; 5BPL A; 1NGJ A; 4FZY A; 3BGR A; 4DV4 K; 3QEX A; 4IEI A; 2NNW A; 1T7P A; 4BDP A; 4GNI A; 3LM2 A; 3NBP A; 1VSI A; 3HYF A; 2GV9 A; 1HR0 K; 4KO0 A; 1BCM A; 4JI3 K; 3M5R A; 4E7I A; 5HRS A; 1ZBL A; 1X3N A; 1NKE A; 1Z26 A; 3Q7B A; 4CZK A; 1J5E K; 3CJ9 A; 3HK2 A; 1RT2 A; 2YCH A; 4B9T A; 3E66 A; 1YVU A; 5M1F A; 2P9S B; 4DTR A; 4LF9 K; 1U4B A; 4XIU A; 2HST A; 4CGH A; 4DHY A; 4E1N A; 2P9I A; 3EZ5 A; 1J5O A; 3T7Z A; 4CHQ A; 3QB0 A; 4K8Z A; 3EKS A; 1S5J A; 3NFA A; 5AQW A; 1WAJ A; 3VF6 A; 4IOA L; 3NF7 A; 4Q5V A; 5ADX A; 4LD0 A; 2O8C A; 3TSP A; 3AO5 A; 2F9W A; 4FWN A; 4YY3 K; 1U2V A; 5KPR A; 1X1P A; 2UXD K; 4NYF A; 1IG9 A; 2CGK A; 3CPE A; 4OKJ A; 4ID1 A; 3R1X A; 3VEW A; 3O9T A; 3OYN A; 2ASP A; 5BRE A; 3MMV A; 4X62 K; 3TAN A; 4H4O A; 4BDY A; 3SYZ A; 3DLR A; 4B3R K; 3C6T A; 4DV7 K; 3V81 A; 1BQN A; 3SPY A; 3M6G A; 1KTQ A; 1IV0 A; 2A3Z A; 3C6H A; 5HRO A; 1IBL K; 2VQF K; 1LW2 A; 5LJV A; 4JI1 K; 3MN9 A; 1I3A A; 4JAX A; 4ISG A; 2D5R A; 3HTV A; 1LWC A; 1NOZ A; 5LL6 Z; 4V19 S; 1W2B M; 5FRM A; 1XNR K; 3ENB A; 3KLF A; 2PBD A; 3QES A; 3ID6 A; 4M7Y A; 3O9Q A; 4N41 A; 1A5V A; 3DAW A; 3IS9 A; 4CZL A; 4AF1 A; 5DK5 A; 3EN9 A; 3RMA A; 2YV0 X; 4YOU A; 4FOI A; 3OW2 M; 2B6A A; 3C6A A; 1RDA A; 4Z4C A; 4DR5 K; 4MDB A; 3AVJ A; 1U49 A; 1DTT A; 4CEE A; 1C6V A; 4IFE A; 3QER A; 3A5O C; 4CF8 A; 1BQM A; 3PSF A; 4M3U A; 4BG9 A; 4DR1 K; 4H5V A; 4CEQ A; 5D3G A; 3U4L A; 2FBY A; 1RBV A; 3QEP A; 2IOC A; 1HYV A; 1U48 A; 4O5F A; 3O4W A; 5IWA K; 3IMX A; 4CFC A; 3L2U A; 1VQO N; 3O1W A; 1DTQ A; 1FKO A; 3CM6 A; 3TAR A; 3LL3 A; 3JSM A; 1T3V A; 4LH4 A; 4BRF A; 1BO5 O; 1RT5 A; 4BRL A; 3THW A; 1IG8 A; 4OPJ A; 1KSP A; 5AZJ A; 3I0S A; 5ADX H; 4RW6 A; 4LF6 K; 5EY4 A; 5C42 A; 5FRO A; 1H1V A; 1C0F A; 5C2F A; 4YDU A; 1WN7 A; 3HPH A; 3ITH A; 1HYS A; 5HLF A; 4DQQ A; 3DLL L; 1FK9 A; 3CFR A; 2HHT A; 1KAZ A; 1RBS A; 4JS4 A; 3ZX3 A; 2HHH K; 5C12 A; 4MDA A; 3RSE A; 3HST B; 4WQ5 A; 3ZET A; 3U3Y A; 4C8K A; 2BAN A; 3JXU A; 4AHR A; 5HBM A; 5B8H A; 3KLH A; 4XH5 A; 2XY7 A; 5LJW A; 4CCH A; 4ELV A; 3PO4 A; 1SKR A; 4HVJ A; 3CD6 N; 3DXK A; 3O1B A; 2E2P A; 1TKD A; 1SZ2 A; 5I3U A; 3O5B A; 3CJ1 A; 1RT1 A; 3NGY A; 4JS5 A; 3CJB A; 1YIT N; 2A41 A; 4PL7 A; 1NGB A; 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4FWO A; 4DWI A; 4I6M A; 3OYL A; 3VQQ A; 4M3Y A; 2GEL A; 2YX6 A; 3K9K A; 3VGL A; 3THV A; 4A62 A; 3SJH A; 1TKX A; 4B1X B; 4KHW A; 1HNV A; 3ULE B; 3VA3 A; 2HBK A; 1DEJ A; 2QXL A; 1NWK A; 3OYB A; 4GVM A; 4DQP A; 4B1U B; 3SLC A; 3HT3 A; 4OGE A; 3MX5 A; 4EFH A; 1X9M A; 5BN8 A; 5M1P A; 3CJA A; 1GLC G; 3AV9 A; 4IJN A; 4JKG A; 4UQG A; 3NGI A; 3M1F A; 3OYM A; 2FXU A; 2HNY A; 2UUA K; 5SZT A; 4O44 A; 5TKY A; 3RR8 A; 4FJM A; 4FJN A; 4BWJ A; 5C2D A; 1WSF A; 3LDS A; 1EX4 A; 1VHX A; 4PL8 A; 4Y1C A; 5KQD A; 4FWM A; 3S3N A; 4KTZ A; 3LWL A; 4JKF A; 1IKV A; 5M1Q A; 2E4L A; 5FDL A; 5JMV A; 3AA3 A; 3P39 A; 3ZLJ A; 3VQ6 A; 4JK7 A; 2G8U A; 4CW7 B; 3THW B; 5F2R A; 3UKU B; 3NCI A; 3HXM A; 5AZJ B; 3M8P A; 5JVH L; 1NJX A; 4H0V B; 3PIP L; 4DQS A; 2P9P A; 4I9Q A; 4TSX A; 3A8Y A; 4NXN K; 3HL8 A; 3F9K A; 3WNE A; 2HND A; 3VTI A; 2G8H A; 1SAZ A; 4PKI A; 1C1A A; 1D5A A; 4OKE A; 3WXM B; 4YOW A; 4CD1 A; 3SJJ A; 4PUO A; 3LP0 A; 2Q0R A; 5KPZ A; 1UOC A; 5J2N A; 4CZE A; 1QQM A; 3EE8 A; 1IKX A; 3RSE B; 3ZET B; 4OKK A; 4RCH A; 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