1IH7A

High-resolution structure of apo rb69 dna polymerase
Total Genus 303
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
303
sequence length
903
structure length
897
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the Replicating Complex of a Pol alpha Family DNA Polymerase
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA POLYMERASE
molecule tags Transferase
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 303
structure length 897
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1ih7A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1ih7A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ih7A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1ih7A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1ih7A03
1U47A 4DSLA 1BQNA 3DM2A 3SUPA 4JRQA 4Z4GA 1B9FA 4M42A 4NCGA 4CJEA 4CK2A 2QXFA 4DU1A 4FZXC 3HK2A 4DTMA 4FK0A 4DF8A 2I5JA 4DSIA 4W5TA 2G8WA 2G8KA 3V1QA 3LP3A 4HCBA 4ZTJA 3QINA 4B8CA 3BDPA 1TK8A 1HYSA 3T3FA 1T03A 1K6YA 3K5OA 1TKXA 4N5SA 3NH2A 1KTQA 4CJWA 3PX6A 3ZT2A 3HVTA 3KD1E 3HP6A 1TV6A 1Z26A 4HHTA 2GV9A 4ELUA 2DFFA 1WSFA 3L2RA 3LAMA 1XHXA 1RBVA 4IG3A 2QKKA 3M8PA 1GOCA 1VSFA 4YNQA 3OYEA 4M41A 3M8QA 3OYDA 3NH0A 3QNNA 3V9XA 2F8SA 2NUBA 1S1WA 3AV9A 3KK2A 4I9LA 3OJUA 2Z1JA 3OYIA 4ELVA 4IBNA 3HPOA 2E6LA 4DQQA 3AO5A 4J2AA 4KHNA 5KGXA 1D9FA 4NCAA 4DQRA 1SUQA 5HRRA 4C8MA 3RRHA 1D9DA 1IKVA 2KQ2A 1UA1A 4FZYA 4CGFA 4CERA 1NK4A 2KFZA 3SJJA 3NE6A 4K8ZA 3S3OA 3C94A 2LSNA 4PWDA 3EY1A 4AH9A 4F3OA 2Z1HA 3TAEA 4ZTFA 4E7HA 1LV5A 1S6QA 2FBVA 3ISNC 5HP1A 1R0AA 4B9VA 4OJRA 4DTNA 4FLVA 3CFPA 1NOYA 3L3UA 5KGWA 4FJIA 2DFEA 4DTPA 4Z4FA 1EX4A 2X74A 1S9GA 3ZSOA 3RMDA 5HRPA 1ZBLA 3F73A 2P51A 1BL3A 3KKRA 1JLBA 3OS0A 1ASWA 4CF8A 4C8KA 4FM2A 3M8RA 1QSSA 3ZSVA 3L8BA 3LZIA 3ITHA 3V9ZA 1TK0A 1SV5A 5FRMA 3VQ4A 4Z4CA 4G1QA 4DQSA 1N5YA 1N6QA 4KRFA 4YFUA 3DOKA 4FLZA 3ZSYA 1NK9A 1VSDA 1NKCA 4BACA 2YNFA 1RBSA 2XO7A 3U3GA 1HPZA 1QSLA 1EP4A 4M45A 1QQCA 1RT2A 1UOCA 2HNZA 5FROA 2FBTA 4CHQA 3ASMA 4IKFA 3KLHA 1EXQA 4FJXA 2DTUA 3C6TA 4DTOA 4N56A 4F3TA 3V1OA 3V9SA 3TAPA 3HVRA 4B9NA 4E7LA 5CY4A 3AA4A 3OS2A 4LD0A 3DRSA 1KVBA 4KI6A 1RDBA 1I39A 3SPYA 1JLFA 3NF7A 2Y1IA 1SKRA 1D8YA 3MECA 4FLTA 4PUOA 3OYMA 3EZ5A 1LAWA 3KJVA 3SQ2A 2DY4A 3S3MA 3VQ8A 4CJLA 3OYGA 3O3FA 1HJRA 4DLEA 3U3YA 3QERA 3KLFA 4FJLA 1Y97A 1ITGA 3O4QA 1J54A 1I3AA 2YHAA 2P5OA 1RT7A 4KKOA 4FLWA 4AILC 2OPRA 2XHBA 1S1UA 3MXIA 5CZ2A 5J2PA 1JL2A 3VQ6A 4HUEA 4OPJA 1WSIA 1WSGA 4O5BA 3SV4A 4XIUA 1TAQA 1FXXA 1NK5A 2Z1IA 5HRSA 1J9AA 3PX4A 3C95A 1CZ9A 5SWMA 4B3OA 2HHUA 4I2QA 4CK3A 3B6OA 5T7BA 4OLBA 1JLCA 1TL3A 1WLJA 4CJVA 5JS1A 1IO2A 2ITGA 3AO3A 1SKWA 3KLGA 4DU4A 1LAVA 3AVCA 1VK0A 3KKSA 1KSPA 3SV3A 3SUQA 1FKOA 1C1CA 3DMJA 4CJQA 3IS9A 4I2PA 1KVCA 1RCHA 3KK3A 4CF1A 3SYZA 4DFJA 4KHSA 2EHGA 1RDDA 1CXQA 2XY6A 4JS4A 4HTUA 2FBYA 3VQAA 3MXMA 1LW0A 3ZT0A 1RBRA 2YNIA 3K5LA 1RT1A 3NF8A 4F8RA 4CGJA 4DFPA 4CEBA 3V81A 4FJ7A 1L3SA 1DLOA 2Y1JA 1XC9A 4FK2A 4CEEA 2HHWA 1JLGA 1WSEA 2FBXA 4DTXA 1Q9YA 3PO4A 5J2NA 2DFHA 3TWHA 1S9EA 2YV0X 4BWJA 3V1RA 1RT4A 2IGIA 3K57A 2F8TA 1S5JA 3QEVA 1KVAA 4ID5A 4LH4A 1T05A 3VQBA 1NJZA 3V9WA 4CESA 3SQ1A 1BI4B 4M3RA 3C6UA 3HSTB 3OYHA 2KTQA 3AVJA 4CE9A 4BE1A 5J2MA 3K58A 4DTJA 4I9QA 4OKKA 1RNHA 4Z0UA 4AHUA 4CEAA 2WONA 4HUFA 3LDSA 3SPZA 1UWBA 2RKIA 3I0RA 5KI6A 3OY9A 4AHTA 1RDCA 4M3ZA 1SKSA 3QEPA 4CFDA 3DLKA 3VN5A 4DS5A 4BDPA 3DLEA 3L2VA 1S6PA 3NGYA 5HLFA 4OKEA 4B9MA 3SNNA 4E7KA 1S1XA 1WSHA 4FJGA 2D5RA 2ZD1A 3TAGA 1C1AA 4CJTA 1C6VA 5J2QA 3G0ZA 1NK6A 4GMJB 3QNOA 3EYZA 4CJ4A 4B9TA 3NBPA 3D0PA 1JL1A 4M3WA 1KLMA 3CM6A 4CCHA 4DTSA 5C42A 4CHPA 2HMIA 1ZBUA 3G10A 2BE2A 1REVA 3P83D 4F4KA 4H4OA 4ICLA 2ATQA 1VSEA 3NF9A 1HQUA 1U45A 4N41A 4FCYA 2YKNA 3LP2A 1ZBFA 2E4LA 1CXUA 2OYQA 3K2PA 1VSHA 2Z1GA 3ZT4A 4CECA 1HMVA 4CGHA 5KRTA 3LWMA 1W9HA 1Q9XA 3WNFA 4DSJA 4E1MA 3U6FA 4NCBA 1TAUA 4F2SA 4CJPA 1CLQA 4UQGA 3DLRA 1IH7A 2VG6A 3L3VA 2YKMA 3L2UA 3ULDA 4FLXA 3ZT3A 4FVMA 1TK5A 4FJJA 2IAJA 3RRGA 5FRNA 3LPTA 4DMNA 1IKYA 3V9UA 4CFAA 4CIEA 4FJ9A 4KI4A 1VSIA 4KHYA 4BE0A 4DG1A 2OPQA 3I8DA 1GOAA 1HYZA 3UIQA 3P1GA 4PQUA 1BQMA 4HVJA 4LSNA 3MEDA 3LWLA 4Z4EA 3HP9A 4OGEA 5C25A 4EP5A 4IFYA 3O3HA 4DQIA 5K14A 1BISA 4RG8A 3HPHA 4CGIA 4WE1A 4OGCA 2HHTA 4CJFA 3M8SA 4Q0BA 4N47A 3OYLA 3KLEA 4J2EA 4H4MA 4O4GA 1JLQA 3SUNA 2IDOA 1DTTA 1KFSA 5J1EA 4KHWA 2PYJA 3AVFA 3WNGA 1HNIA 1RDAA 3O4NA 4E7IA 4M3TA 3LP1A 5CYQA 3PY8A 1RTIA 3SQ4A 4DF4A 3RTVA 1X9SA 3AVBA 3OJSA 4NYNA 2B4JA 3K5MA 1C0MA 2IOCA 4CFCA 4BWMA 3HM9A 3KK1A 5JS2A 3NGIA 3CQ8A 4M3XA 3OYCA 4EP4A 1U48A 1SL0A 2PYLA 3VQEA 2OPPA 5E41A 3HJFA 3VQPA 3I0SA 3OYBA 3AA3A 1NOZA 1YT3A 1BCMA 1NJXA 3DRRA 3NAEA 4QCLA 1JLEA 1LW2A 1J53A 2VG5A 3ZT1A 4FJ8A 3OYJA 4KAZA 1NJYA 2HVHA 1ZYQA 2KZZA 3P5JA 3AVKA 1O1WA 4C8LA 3TAMA 1VSJA 4KFBA 2ZE2A 2X78A 2IC3A 3ZSQA 4KTWA 4Z4IA 1QS4A 4CJ5A 3NFAA 4M3YA 2D0CA 4HUGA 2B6AA 4R5PA 2GBZA 4B9SA 4FJKA 3HL8A 1JXBA 2OPSA 4C8NA 4BE2A 3AO2A 3K59A 4E89A 1KRPA 4KHUA 3NF6A 2HNYA 4JLHA 3CYMA 1SL2A 1ZBHA 3SI6A 2VWKA 1C1BA 2FC0A 1D5AA 1RBUA 3TARA 4CGGA 2G8FA 1QSYA 3OVNA 4CJSA 3JSMA 3VQ5A 2A1RA 1IKWA 4JRPA 3PX0A 4QOZB 4MQ3A 1FK9A 2X6NA 3ALYA 3H08A 4O44A 3S3NA 3L2QA 3NCIA 2XRIA 5HROA 3SUOA 4I7FA 4CGDA 3JYTA 1WNSA 3QESA 3AA5X 1X9MA 3AVGA 2HHQA 1RILA 1B92A 4CHZA 1ZBIA 1X1PA 3QLHA 1NK7A 3NHGA 3THVA 3QEWA 3NGZA 4FJMA 2RN2A 2R7YA 3B6PA 3PUFA 4KV8A 2HHSA 4TSXA 4B9LA 3IAYA 1RTJA 2ZQBA 1XWLA 1LWFA 4CK1A 2XY5A 4F2RA 1CZBA 4ZHRA 1KCFA 3AA2A 4RW7A 3DOLA 1WAFA 3OS1A 4E1NA 5KTQA 3E01A 2BDPA 3ZSXA 4CF9A 3V6DA 1W0HA 3S9HA 4FJNA 2IS3A 4Q5VA 1LWCA 2KZMA 3CM5A 4PA1A 4K8XA 4CFBA 4W5RA 4CEZA 4LH5A 1BIUA 1HNVA 1NKBA 5D3GA 1BHLA 3VA3A 2E6MA 3AVAA 3NH1A 3HO1A 5DMRA 4OPKA 3ZSRA 1T8EA 4FK4A 4L8RB 5I3UA 4B8AB 2QKBA 3AVNA 3QIOA 4B08A 3TANA 4FXDA 4HCCA 3O3GA 1T7PA 4E7JA 2OA8A 3KLIA 3NDKA 1S1VA 2BGGA 2P5GA 4IG0A 4CJ3A 3AO1A 3AVMA 3LPUA 5CZ1A 1L5UA 2KW4A 1TKZA 2EX3A 3WNEA 4M3UA 3RMAA 4Y1DA 3MXJA 1C0UA 2BANA 4PY5A 2O4IA 1RTDA 3ZSZA 3VQDA 3SQ0A 3IG1A 3HPGA 4QAGA 4FYDA 1VSLA 3HYFA 1L3UA 1VSMA 3ZSWA 2HHVA 2RF2A 1HRHA 2B5JA 4GW6A 1J5OA 3DRPA 1ASVA 1BGXT 3FFIA 3OYAA 1SL1A 1FKPA 4KB0A 2HW3A 3VQ9A 4CHOA 4E19A 4CF2A 4KREA 3TAFA 2VWJA 5C24A 4W5QA 4ID1A 3V4IA 3BGRA 4OLAA 3L2WA 3QEXA 1TKDA 4FLYA 4B9UA 1U04A 1MU2A 4EZ6A 4Y1CA 4CF0A 3LAKA 4CEQA 3IRXA 1VSKA 4FM1A 5HRNA 2YNGA 4DS4A 3PV8A 1C0TA 3SCXA 1TVRA 4AHRA 1TGOA 1QE1A 3AO4A 4FW2A 1U49A 1JLAA 1NJWA 3DLGA 2XY8A 1NK8A 4DQPA 1A5XA 4CJKA 4KHQA 1A5WA 1WSJA 4GVMA 2XY7A 1TL1A 1TKTA 1A5VA 2YHBA 3QETA 1RT3A 4IDKA 1RT5A 2O4GA 1U4BA 4O0IA 3VA0A 2HB5A 3DLBA 1VRUA 4FW1A 1NK0A 2HHXA 3VQQA 3D45A 3AVIA 4CIFA 3CG7A 1HYVA 1WN7A 4AHCA 3F9KA 2JGUA 4W5OA 3T1AA 4DSFA 3RR8A 1VRTA 4CEFA 3AVLA 5KRSA 4DSEA 5I42A 3RMCA 1QTMA 2ETJA 1KLNA 4FLUA 4DLGA 4E3SA 5CYMA 4AHVA 1BCOA 3MEGA 4RW9A 3AVHA 3OYFA 3CFOA 3OYKA 3TR8A 2G8HA 4DFKA 2RPIA 2P1JA 2GUIA 3KD5E 1S1TA 3VQ7A 1RT6A 2D0AA 2OZSA 1B9DA 1EETA 3K5NA 4ELTA 3KIOA 1IG9A 3QIPA 3LANA 4FM0A 1G15A 4Z4HA 4BDZA 4NYFA 2KFNA 3TABA 3RR7A 3DYAA 4W5NA 1WAJA 4AHSA 1F21A 4DWIA 3MEEA 4FJHA 3MAQA 4KTQA 5SZTA 4KO0A 3QO9A 3RWUA 3TAQA 1HQEA 4JS5A 3HT3A 3T19A 2OZMA 1XHZA 4RW6A 4FJ5A 2JLEA 5EU7A 2A1SA 3ZCMA 1GOBA 4LY7A 1UA0A 4FZZA 4CJUA 1JKHA 4BDYA 3HXMA 2G8VA 4KB1A 1JXEA 3LP0A 4CHYA 4IFVA 1YTAA 2HNDA 1IKXA 3LZJA 2WOMA 4CEOA 4MFBA 1UAXA 4DTRA 4OVLA 1RBTA 4KPYA 5HBMA 1X9WA 4CJRA 2AJQA 2YNHA 3DI6A 3QEIA 4DFMA 2Q3SA 4C8OA 4O55A 2HVIA 4H8KA 3CFRA 1QHTA 4CEDA 1L3VA 1EKEA 3VQCA 1LWEA 3KTQA 3SZ2A 2G8IA 1BIZA 1ASUA 1KFDA 4RW4A 2F96A 2X6SA 3PO5A 4RW8A 2G8UA 4EZ9A 2QK9A 3TI0A 3LALA 3A2FA 4CIGA 4J2BA 4DSKA 5FDLA 2D0BA 1YTUA 4CHNA 1L3TA 4N76A 4OKJA 2W42A 1Z25A 4O0JA 3OYNA 4E0DA 3DLHA 5DK5A 2PZSA 2VG7A 4LSLA 1XI1A 1NKEA 4KTZA 1YVUA 2PY5A 4DTUA 3RMBA 4DU3A 4J2DA 3WNHA 1Q8IA 1DTQA 1BI4A 1RTHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3AVJA 3CIPA 4BE1A 2MZWB 2O8DA 4DTJA 4G9ZA 4PKIA 4U7BA 3SPZA 2H3GX 5KI6A 3OY9A 1FZ9E 5CE3A 3SBTA 3VN5A 3NGYA 1S22A 4CJTA 3TAGA 1C6VA 1YF5L 4JKBA 4GMJB 4B9TA 3NBPA 2JHCA 1JL1A 4CCHA 2P9LB 3H1VX 4CHPA 3QDKA 1QHAA 3G10A 2BE2A 4JKDA 5AQPA 3N1EA 4BGAA 5AJ3K 5AQZA 2P9SB 3L4IA 5M1OA 2QM1A 3U9ZA 2E4LA 4RL5A 3CETA 3F9MA 2QA4N 4YOXA 1U2VA 4JI2K 4CJPA 2VQFK 3DLRA 2HBMA 3ZT3A 1TK5A 4FJJA 5AQYA 3LPTA 1IKYA 4FJ9A 1YITN 2OPQA 1VHXA 3UIQA 4CBWA 4PQUA 3CD6N 4HVJA 3VEWA 2QWRA 4JHDA 4JKGA 4OGEA 1BISA 4GKKK 4Q0BA 4N47A 3OYLA 1XMOK 3J27A 1HX1A 3SUNA 3WEEB 3GL1A 4QS8A 1K73O 4KHWA 2NRRA 2PYJA 3OBWA 3JXUA 4MDBA 4E7IA 3MWTA 1YXQA 1X9SA 2B4JA 1C0MA 2MW2A 2ASPA 4BWMA 1XVEE 4EAHD 4DV0K 4EP4A 2F9WA 4HTLA 3QICA 1X9JA 3VQPA 3I0SA 3AA3A 4FWSA 1LW2A 3VF6A 1J53A 4JI1K 2JHAA 3H45C 1ZYQA 2HVHA 3O9UA 2D0OA 4JK9A 3TAMA 3ZSQA 2GTDA 4CJ5A 3ZEUA 4R5PA 4B9SA 3MN6A 4K43A 3WXMB 3ENBA 4MLHA 4IT5A 3AO2A 4BE2A 1KRPA 1ZBHA 3SI6A 1XU5E 3O08A 1D5AA 2G8FA 5C2FA 2NRVA 4BG8A 1S72N 3JSMA 3VQ5A 1GLBG 2X6NA 4O44A 3H08A 2E1ZA 1XNRK 1FZ2E 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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