The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
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sequence length |
52
|
structure length |
52
|
Chain Sequence |
MIQNFRVYYRDSRDPVWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
HIV-1 INTEGRASE
|
| publication title |
Solution structure of the DNA binding domain of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Human immunodeficiency virus 1
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| molecule tags |
Dna binding protein
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| total genus |
5
|
| structure length |
52
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| sequence length |
52
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1995-05-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00552 | IN_DBD_C | Integrase DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1C6V X; 1C1A A; 1IHW A; 1EX4 A; 5D7U A; 1QMC A; 1C0M A; 4FW2 A; 4FW1 A; 1IHV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2M0O A; 3RES A; 2K5L A; 1M3A A; 3G1J A; 4GY5 A; 1ZUU A; 3M58 A; 2RHY A; 4JRK A; 1TSF A; 1AZE A; 1BYM A; 2X9H A; 2KE9 A; 5DLQ E; 4ESR A; 3RIR A; 3HHT B; 2LJ3 A; 4J83 A; 4F16 A; 1NJI C; 1ABQ A; 3REB B; 2LJ1 A; 1NYF A; 2DBK A; 1X6G A; 2XG8 D; 2RD1 A; 2I2L A; 1M2O A; 5GMK e; 2K3X A; 2O31 A; 3UAT A; 2X4J A; 1OUL A; 1ZSG A; 2AZV A; 5A0G A; 4HCZ A; 2XDB A; 3X26 B; 3M55 A; 2ENM A; 4LD9 K; 2DM1 A; 4C8Q B; 4M78 G; 1QCN A; 4OMP A; 2CP0 A; 4WCI A; 3EG1 A; 4N4H A; 1T0H A; 4DEY A; 2MWP A; 4ME7 A; 1AZG B; 2CSI A; 5FU6 C; 1Q95 G; 1VOM A; 2CSQ A; 4M7A D; 4C5I A; 4M7A A; 3CCM A; 4NOY A; 5I21 A; 3OSV A; 3J81 E; 4OF1 A; 4LDW A; 4L59 A; 1KIK A; 4J7I A; 1E6G A; 2E1H A; 2LJ0 A; 3PT9 A; 2W0Z A; 1X01 A; 2KRN A; 2GNC A; 5D7U A; 4KUI A; 1MNE A; 1J3T A; 2X3W D; 1G5V A; 3CMA Q; 3UF4 A; 1GL5 A; 2XID A; 4PKC C; 2HAX A; 2E6N A; 3OYJ A; 4WF2 A; 4X1V A; 1QVG P; 1KQ1 A; 5KCO A; 1MMA A; 3QXE B; 1M1K U; 1AHJ B; 2C0O A; 1KFZ A; 4N4I A; 1K9A A; 5M9O A; 1W1F A; 5LJ5 g; 2CUB A; 3MO8 A; 3CC7 Q; 3R6O A; 3HTR A; 3EG9 B; 3LGF A; 5KCH A; 1VQK Q; 5DM7 R; 1BCO A; 1IHV A; 4KBM B; 4K11 A; 2NLU A; 1C0M A; 2XU8 A; 3F70 A; 3A8O B; 3JSC A; 4M78 D; 2A08 A; 3A8L B; 4M78 A; 2AZS A; 3OB9 A; 3M56 A; 4PJO D; 5IXB A; 4E7K A; 5GAO p; 4PJO A; 4QVZ A; 1RLQ C; 5IT9 E; 3EH1 A; 1JQQ A; 2C0T A; 1Y96 B; 3JCM c; 5CKE A; 1QVF S; 1EFN A; 4LE9 A; 3DLL A; 3CBO A; 4M77 D; 3L2U A; 3JV3 A; 1GCP A; 3SFM A; 4J8O A; 4M77 A; 1QVF A; 1W6X A; 2O9S A; 1M90 R; 1AWW A; 3CMA T; 2DYB A; 5LJ3 f; 4ANJ A; 1TS9 A; 7AT1 B; 1Z9Q A; 1Y7X A; 4FW2 A; 1VQO T; 3BFM A; 2KXD A; 2DMO A; 1A0N B; 5FRM A; 2EW3 A; 5LJ3 e; 2RHX A; 3CC7 T; 5HY6 A; 4M7A F; 2F1L A; 2E3I A; 3GNG A; 2L2P A; 2EBP A; 3V8K A; 1TUC A; 3RMQ A; 1KQS A; 1PWT A; 3CMA A; 2K7A A; 3RMS A; 1BI2 A; 1M3C A; 2DBM A; 2HL3 A; 2M0Y A; 2EYX A; 1MMG A; 3QII A; 2KRM A; 3OS5 A; 4XU1 A; 4C8Q E; 4J6W A; 4Y28 E; 2LVM A; 3M54 A; 1HXD A; 3S3O A; 3CEY A; 1X2K A; 3CC7 A; 3ASK A; 1N9S A; 1O9S A; 3JCM J; 4RTV A; 1VQK A; 3JCM g; 4F7U B; 2HQH A; 3L42 A; 1FXX A; 4FL6 A; 3JCM Q; 2LQN A; 4E7Z A; 3DB4 A; 3CCR T; 5GAN g; 2D0N A; 2QQ9 A; 5LJ3 h; 3BDL A; 1FWZ A; 4M78 F; 3OW2 P; 3P8H A; 1I1J A; 3OYM A; 5LJ3 d; 3CCQ T; 3FC3 A; 1H3Z A; 2ZZD A; 1ZA1 B; 5KH6 A; 4V2S A; 1UGQ B; 4KGV B; 1K8A R; 1IGQ A; 4HA8 A; 5GAN 5; 2RQW A; 4MML A; 5I22 A; 2A3L A; 3NTK A; 2RJE A; 1KJW A; 4ZTF A; 1IRX A; 4J9H A; 2BIV A; 2L3S A; 3UA7 A; 2JM8 A; 2COY A; 1AWO A; 1M1F A; 3ULR B; 3UA6 A; 4AFQ C; 1NZ9 A; 2B86 A; 5CKD A; 2F69 A; 3OQ5 A; 5IHI A; 4HVU A; 3RDV A; 3TSW A; 1BCM A; 2RF0 A; 4HKE A; 1BK2 A; 1OEB A; 4CRI A; 1TWB A; 3PNW C; 4AFZ C; 3ZL7 C; 2F2V A; 4WTO B; 5DY9 A; 4OMO A; 3CCJ Q; 2RB6 A; 1VA7 A; 3UDC A; 2RQT A; 5I11 A; 2ZPI B; 2IIM A; 1SRL A; 2DXC A; 2CZ1 B; 3CBP A; 5HK0 A; 3VS4 A; 4GLK A; 3RR6 A; 3OMC A; 2LCL A; 4C5E A; 1R77 A; 5CK9 A; 1NEG A; 2EYZ A; 3NTH A; 2FZC B; 2BZY A; 2EKH A; 2YLC A; 3EGD B; 3E9G A; 1TH7 A; 3FRN A; 4XAX B; 5GAM g; 1I5L A; 1Q82 C; 2KRS A; 2DEQ A; 4PJL A; 1FMW A; 4R55 A; 1PC0 A; 2FEI A; 2PNI A; 1KQ2 A; 3S3N A; 1M3B A; 2R57 A; 3ZFJ A; 3QWX X; 5D6Y A; 3FJ5 A; 4JLI A; 3MEW A; 2VV5 A; 3OMG A; 3QKJ A; 1X2Q A; 1PD1 A; 3GF5 A; 2DXT A; 1WFW A; 2NUT B; 1VQ9 T; 3CME T; 1V76 A; 1WGS A; 1U06 A; 1VQN Q; 2EYW A; 4M75 B; 5KYN A; 5DLO A; 3VS1 A; 2CDT A; 2GBQ A; 2M02 A; 5GAO l; 4ZGJ B; 1ZQ1 A; 3HFO A; 2KBT A; 5L8R E; 1RLP C; 1M8M A; 1K9M R; 4EMK C; 2JNG A; 1C6V X; 2DD5 A; 4F7U E; 1BIA A; 1BB9 A; 4LXC A; 4C0D B; 2EAY A; 1Q81 U; 2CH4 A; 1Q86 C; 3NGP A; 1WLP B; 3LH0 A; 2NUP B; 1ZSZ A; 3BDU A; 4M7D E; 1YWO A; 1VQ9 A; 2ECZ A; 2YLB A; 4B9X A; 2OTJ Q; 3QDR B; 2RJC A; 2QYZ A; 1QVF P; 1NJI R; 4CI0 C; 2QQS A; 3CCJ A; 3PVQ A; 1K4U S; 2KRO A; 5IN1 A; 2LT1 A; 3SB2 A; 4JJB A; 4KUD K; 3JCM b; 4PL6 A; 1T3L A; 4C92 B; 3CD6 T; 4GBQ A; 3CQT A; 5I2S A; 1GBR A; 3EGX B; 1FMV A; 3FJP A; 3L2R A; 3OYG A; 4ZN1 A; 4FW1 A; 4LDX A; 2K79 A; 2PVD B; 1OPL A; 4OP0 A; 4KGX B; 2MK5 A; 4BDY A; 5FRO A; 2KI7 A; 1Q7Y R; 1YNZ A; 3DB3 A; 3FB9 A; 2A0F B; 2QA4 Q; 5J3B A; 3GNF B; 1S72 Q; 2CUD A; 1NYG A; 4M7A C; 2HNI A; 1X6O A; 1VQL Q; 2JM9 A; 2KVQ G; 1M2V B; 1FMK A; 2BE9 B; 2DZC A; 4AG1 C; 1VQN A; 2DXU A; 1ACM B; 4Y92 A; 3H8Z A; 3SDZ A; 2KYM A; 2DEU A; 4JPB W; 1RAC B; 2JOY A; 1SHF A; 1TUG B; 4LD6 A; 3VV0 A; 4C8Q D; 4C8Q A; 2LZ6 B; 2NUZ A; 2X4Y A; 2EGA A; 3JCM h; 1QCF A; 1YJW T; 1PRL C; 2H3J A; 3CCU T; 1O75 A; 3G6E T; 2YUO A; 4BI3 A; 1HK9 A; 1N27 A; 1NLP C; 3THK A; 2EQU A; 2YUQ A; 1RI9 A; 3KBG A; 4DQ2 A; 2JW4 A; 2K2M A; 2R58 A; 1I81 A; 3M9Q A; 2OTJ A; 1M30 A; 4JRP A; 1GFD A; 5IXF A; 4LDU A; 4M78 C; 3LLR A; 4F14 A; 1VQ5 Q; 2P4R A; 5D6X A; 4M75 E; 3AT1 B; 3HKS A; 3H0H A; 1ABO A; 1S72 T; 4KH1 B; 2ZPH B; 3CCU A; 1XJW B; 1PCX A; 2DL5 A; 2RMO A; 2CT4 A; 2VKN A; 3QUI A; 2LCS A; 4HT9 A; 4MDW A; 5IHN A; 4ZN3 A; 4DOV A; 4EPC A; 2KT1 A; 2MI6 A; 3X25 B; 5FWB A; 3QG1 A; 3EG9 A; 1VUB A; 2EGC A; 3QZ5 B; 4JJN K; 5GAO n; 1JXM A; 1PNJ A; 3KFV A; 3INZ A; 4LN2 A; 1E6H A; 1JXO A; 1KHI A; 4MDX A; 1RAD B; 2JT4 A; 2LQK A; 2QA4 A; 5FWC A; 4JJC A; 4RCB A; 4X34 A; 3OYI A; 1S72 A; 3RKW A; 4AFU C; 1Y96 A; 1M90 U; 2L3Q A; 3G71 Q; 4IIO A; 2DNU A; 5IH2 A; 2V1Q A; 4RTY A; 1EIF A; 2SEM A; 4F7U G; 2HKQ B; 4C92 E; 1W2B A; 1W70 A; 3VS6 A; 3EFO B; 4MZP A; 1WX6 A; 1UEB A; 3JCM P; 3KXT A; 1RUW A; 2EJ9 A; 2RI5 A; 3QO3 A; 1QP2 A; 1NE8 A; 3C4S A; 5A0L A; 3HRS A; 3MP8 A; 4XU3 A; 3M0T A; 1GBQ A; 1WA7 A; 4BE0 A; 1VQM T; 2JMC A; 4NL2 A; 2KSS A; 1LVK A; 4FT2 A; 4RG2 A; 5CCA A; 2DA9 A; 3I56 Q; 2DD4 A; 4YTL A; 1V1C A; 1UGR B; 1YCY A; 2HEQ A; 4E7L A; 4J9B A; 1Y0M A; 2R5M A; 3NTI A; 1G3W A; 1YHQ Q; 3OS2 A; 3CCM T; 3QZ9 B; 2E64 A; 4LDV A; 4XU2 A; 4PJN A; 3DKM A; 1VQ5 A; 3OYK A; 3X28 B; 3RNJ A; 4A53 A; 2FG0 A; 4Z8A A; 2A36 A; 2L3R A; 1GCQ C; 3CCE Q; 4OML A; 1R0C B; 3G71 T; 2DPP B; 2XDD A; 1VQM A; 5FLX E; 3MKD A; 4PJO G; 4RTZ A; 3TQ7 P; 2AHJ B; 3M4Y A; 5LJ5 j; 3EG0 A; 3HRT A; 5HKC A; 4F7U A; 4NS5 A; 2JJ9 A; 1AVZ C; 3H41 A; 1D09 B; 4M7D D; 4BUG A; 1HJD A; 4IUP A; 1SHG A; 4M7D A; 1ZBJ A; 1K8A U; 1RL2 A; 2ZCF B; 4O5V A; 1PG5 B; 2MF2 A; 2WSC E; 1SSH A; 4M77 G; 2X3X D; 3A8G B; 2D9T A; 2J06 A; 2FZG B; 4E7S A; 1WHL A; 1M27 C; 1WQ7 A; 2QQA A; 3G7Z A; 3I56 T; 1VIF A; 3G71 A; 4JS4 A; 1D3B B; 3VUB A; 1K0X A; 4A4H A; 4EMG A; 2MYS A; 1NM7 A; 1D1B A; 4J9D A; 2JS2 A; 5KYY B; 1QWE A; 3MJX A; 1BKB A; 2O9V A; 3OY9 A; 2YSQ A; 3A98 A; 5CO7 A; 1RAG B; 4PNO A; 4ATO A; 2GQI A; 3I56 A; 4RUG A; 2QQR A; 1WPY A; 3QPH A; 2XHC A; 3MP6 A; 1AEY A; 2E6Z A; 1GXI E; 2HBW A; 1IRE B; 4J7F A; 1YIJ Q; 4PLL A; 4HCK A; 1YHQ A; 3E19 A; 3EG3 A; 2KY9 A; 1KHC A; 5ECA A; 1KD1 R; 2VWF A; 4FT4 A; 2DJZ A; 3PMI A; 5I2M A; 2IVW A; 1KC8 C; 3Q1J A; 4EDU A; 5GMK l; 2HL5 C; 2NYS A; 1G8X A; 2XKO C; 5A2Q E; 1RAH B; 2XIC A; 4Y91 A; 1D1C A; 2IG0 A; 3CCE A; 2COZ A; 1IO6 A; 1MMD A; 3EGD A; 4E6R A; 2C06 A; 3P8D A; 1JBM A; 3PIP A; 2A37 A; 1TTH B; 4F7U F; 4VUB A; 2OTL Q; 4IUU A; 3JRZ A; 1ZHI A; 5GAN 4; 3LH5 A; 1X43 A; 2XK0 A; 1F1B B; 3CC2 Q; 1VQK T; 3OBW A; 5KE2 A; 1AWJ A; 2RI2 A; 2AK5 A; 2LRQ A; 1KQS S; 2RO0 A; 5GAN j; 1N8R C; 1KK7 A; 1K73 R; 2NUT A; 1ZSZ C; 5KYW B; 2J6F A; 4L6V 5; 4J6Y A; 4B9W A; 4FYW B; 4AG2 C; 5C0M A; 4M75 D; 1QW1 A; 1TXQ A; 1OZ2 A; 2AKL A; 1K9M U; 4M75 A; 2M16 A; 4BY6 C; 1Q81 C; 1MMN A; 2PTK A; 3M0S A; 2KR3 A; 1IGU A; 1SSF A; 3ME9 A; 2EGE A; 4A4K A; 4DA4 A; 4MZT A; 4KGZ B; 4J9E A; 3QYG B; 1MND A; 2QGG A; 2E65 A; 1M5Q 1; 2DTI A; 3H9N A; 4HCB A; 4A4F A; 1ARK A; 4L5G A; 1NJI U; 1OPK A; 2YXY A; 2NUP A; 3LWH A; 3MP1 A; 3PTA A; 2KAF A; 1P92 A; 4M7D B; 2CP6 A; 1KG1 A; 1PSF A; 3JB9 I; 1UFF A; 2FVU A; 4RG8 A; 2SRC A; 1MHN A; 4PJO F; 2XI9 A; 2A28 A; 4JZ4 A; 3C0C A; 3TEE A; 2L3P A; 1YIJ A; 1NPR A; 2E41 A; 3LYI A; 2LTO A; 2YT6 A; 3EFS A; 4O6J A; 1WDX A; 3CC2 T; 5HK3 A; 4C92 D; 2J6O A; 1BI3 A; 4J9I A; 1MV3 A; 1TG0 A; 4C92 A; 4PJM A; 2P0P A; 5CIU A; 2E10 A; 3C94 A; 3U23 A; 4M77 F; 3EGX A; 1Q7Y U; 1H3H A; 1VQ6 Q; 2YDL A; 5GAN 2; 2ATC B; 3A8M B; 5EG2 A; 1VQ4 Q; 3VJP A; 4J9F A; 4C8Q C; 1QKX A; 2G3R A; 3OYE A; 3SWN B; 3PIO A; 5GAM j; 1XNI A; 2OTL A; 2JTE A; 5GAN 3; 4IUV A; 5LL6 S; 3VUZ A; 2GTO A; 2V26 A; 3ZBD A; 3HRU A; 3CC2 A; 5LJ5 f; 2YRD A; 3QBY A; 2ZAE A; 1VQ8 Q; 2P0K A; 1M2V A; 1E7O A; 5KYX B; 4HCC A; 2J7I A; 2D6F A; 5LJ5 e; 1TUD A; 4PJJ A; 1Y07 A; 1GRI A; 1LPL A; 1OX9 A; 2CYZ B; 4AFS C; 2BUD A; 2IPO B; 3QJY A; 3V7R A; 2HMA A; 3OYN A; 1W4S A; 2EFI A; 4HXJ A; 2BTT A; 5FU7 B; 3L2Q A; 1R0B G; 2YRC A; 3RER A; 3MEU A; 3JB9 J; 3ER0 A; 1JJ2 S; 4E47 A; 1SPK A; 1H92 A; 1VQ6 T; 2P4T A; 1AD5 A; 4ORZ A; 3P8B B; 4QKU A; 2ROL A; 4AMC A; 2RQU A; 1VYT A; 1JJ2 A; 1WHK A; 2X51 A; 2MIO A; 1K1Z A; 4J5Y A; 3HL8 A; 4JUV A; 3E1S A; 2O4X B; 1OOT A; 2DVJ A; 1N6A A; 3VS5 A; 5LJ5 h; 2C0I A; 3CCJ T; 2CKK A; 2WSE E; 2RQR A; 2FHD A; 2H8H A; 3VS3 A; 1DJ7 B; 4ZNX A; 5LJ5 d; 2QEX Q; 2MMP A; 1VQ8 T; 1X75 C; 4IKF A; 3JB9 G; 3LGL A; 3CCS Q; 2CGH A; 1VQ6 A; 3OYC A; 4QT7 A; 1D0Y A; 2DAQ A; 5CAI A; 1M90 C; 3CXC S; 2CRE A; 2LNH B; 2AIR B; 4OB1 B; 3BW1 A; 3EHR A; 4OMF B; 2JZ2 A; 2M9U A; 5EC7 A; 3CXC A; 3L2V A; 1VQP Q; 4BB7 A; 2HKN A; 3E9F A; 4BAC A; 3OBY A; 1VIE A; 1SRM A; 3G4S Q; 1QWF A; 4C8Q G; 3J7A F; 2H3E B; 2YWW A; 1MV0 B; 2V8K A; 3JCM f; 3GBQ A; 4JRI A; 1VQ8 A; 4BE1 A; 1OI1 A; 3DLM A; 5GAN f; 1OX8 A; 2DKG A; 2F2X A; 4JS5 A; 3EFO A; 2L8D A; 2V8I A; 2OAU A; 3JCM e; 4RKU E; 1VQN T; 5AT1 B; 3SEM A; 3IQL A; 2QTX A; 5GAN e; 2D8H A; 4HVV A; 1UJ0 A; 2QAZ A; 3H0F A; 1YWP A; 1PD0 A; 2MOX A; 2DYI A; 2EKO A; 3C95 A; 2QEX T; 2PQW A; 1KQS P; 3JB9 D; 5FU6 B; 1OZ3 A; 2CZ6 B; 1U1S A; 4X9D A; 2LQ8 A; 2GQV A; 2KQW A; 3TSZ A; 1VYV A; 2LX9 A; 4OB0 B; 1QVG A; 3V8J A; 1MUZ A; 2RA2 A; 4CC2 A; 2PVG B; 2DE0 X; 1QLY A; 2OTJ T; 2DF6 A; 3EHQ A; 1WXU A; 2X4X A; 3MCA B; 4AT1 B; 4XTX A; 2KEA A; 4XTZ A; 3A5Z B; 3M0R A; 3G4S T; 2EJG A; 1U8R A; 4E2F B; 1UGV A; 1PM3 A; 2JXB A; 2QEX A; 3VU3 C; 1BBZ A; 2FPE A; 1UHC A; 4OGC A; 5GAN h; 3JCM d; 3UWN A; 4II1 A; 1WJQ A; 3HSB A; 3OYF A; 3S3M A; 5GAN d; 1M1K C; 2YHT A; 1VQP A; 3TVT A; 4KUL A; 5C6S A; 2JTM A; 2PU9 B; 4HVW A; 3X24 B; 3G4S A; 5GAM f; 3CC4 Q; 1UB4 A; 1RAF B; 3RBB B; 3TRE A; 4J9C A; 1D3B A; 4PJO C; 2DTH A; 3QDF A; 5CR2 A; 2QA4 T; 4IUR A; 3CCL Q; 4PFP A; 1H64 1; 3I55 Q; 2CZ7 B; 2P84 A; 1VQ7 Q; 2DJQ A; 1UG1 A; 5CQY A; 5D6W A; 5GAM e; 1VQL T; 5J26 A; 1HSQ A; 1R8O B; 1KC8 R; 1CKA A; 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