The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
52
|
structure length |
52
|
Chain Sequence |
MIQNFRVYYRDSRDPVWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Human immunodeficiency virus 1
|
| publication title |
Solution structure of the DNA binding domain of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
HIV-1 INTEGRASE
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| total genus |
5
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| structure length |
52
|
| sequence length |
52
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1995-05-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00552 | IN_DBD_C | Integrase DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IHV A; 1C6V X; 1C0M A; 1EX4 A; 1IHW A; 5D7U A; 1QMC A; 1C1A A; 4FW2 A; 4FW1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OPL A; 2FPE A; 1BB9 A; 4C8Q B; 2LT1 A; 1WX6 A; 4Y28 E; 4M7A B; 4JPB W; 1K73 R; 4OMQ A; 3DLM A; 2SEM A; 4FSX A; 4M75 B; 1YJN T; 2A0F B; 3MP6 A; 4PJL A; 2DER A; 1Q82 U; 4IUQ A; 1WYX A; 4Y91 A; 4EMK A; 2GCX A; 1YI2 Q; 2HQH A; 2J6K A; 2GTJ A; 2RH2 A; 2VWF A; 4B9X A; 4HCZ A; 1MMG A; 2CT3 A; 3HRS A; 2JMA A; 1VYU A; 3VS0 A; 4II1 A; 2JN0 A; 2RD1 A; 5GMK j; 1QVG A; 2XKO C; 4J8O A; 4OP0 A; 2K5I A; 5GMK e; 3PE0 A; 1K76 A; 2XK0 A; 4FSS A; 1WDX A; 3THK A; 2K5F A; 1E6G A; 5DM7 R; 2EGA A; 2L8D A; 2AZS A; 2RK1 A; 3MEA A; 4RTU A; 3MO8 A; 4M78 F; 2R57 A; 2O4X A; 3H6Z A; 3L1A A; 1X75 C; 2OTL A; 1KFZ A; 2D9T A; 1SHG A; 1VQK T; 1QVF S; 2FPF A; 2RHX A; 4PFZ A; 2EQK A; 2AIR B; 4KUI A; 4E7S A; 2MK5 A; 1OV3 A; 3ZBD A; 3CCS T; 2A37 A; 1VQM T; 3L2V A; 1D09 B; 3DB3 A; 1YIT Q; 3M5A A; 2F1L A; 4GLK A; 4RCB A; 2BTT A; 3V8K A; 2PVO B; 1K9M R; 5D6Y A; 4BUG A; 2DPP B; 3M59 A; 2RK2 A; 1JXO A; 2H3E B; 2X4W A; 1BCM A; 4PJO A; 2KQW A; 2LMJ A; 2OTJ A; 1ZHI A; 4ELZ C; 3OYE A; 3JCM W; 1ZUK A; 1VQ7 T; 4C0D C; 3NTK A; 3BW1 A; 3QBY A; 3CCV A; 2O2O A; 4XQ3 A; 2HKQ B; 3EG9 B; 5KYU A; 4LD6 A; 1PRM C; 1KD1 U; 5D6X A; 2COY A; 1OZ3 A; 4IUP A; 1JEG A; 3JAM E; 2O4X B; 3CEY A; 5I2S A; 3CC2 Q; 3HHT B; 2X3X D; 4M77 G; 1PKS A; 2VB6 A; 2GQI A; 1W4S A; 1UHF A; 1MND A; 4PLI A; 3SB2 A; 2VGN A; 1ZBJ A; 2DO3 A; 1R0B G; 5KE3 A; 1ZBX A; 2X3W D; 3GPL A; 2FO0 A; 1E6H A; 5CK9 A; 1IZ6 A; 2VUB A; 2RM4 A; 4LUD A; 3I55 A; 1EIF A; 2FVU A; 2SRC A; 2P0Q A; 4AG1 C; 1OZ2 A; 2RMO A; 2CS7 A; 1OQK A; 1VQ8 T; 4QVZ A; 1HYO A; 2ZPI B; 3ASK A; 3SWN A; 1RAH B; 3JCM g; 3OY9 A; 4C92 C; 4CC3 A; 2HQE A; 4BE0 A; 2E6Z A; 1ZUY A; 4JJN K; 4P5N A; 2K6D A; 4DBF A; 1NE8 A; 5GAN e; 1N5Z A; 5KYW B; 2DVJ A; 2DZC A; 4J9H A; 2KE9 A; 2YUN A; 1M1K C; 1KHC A; 2L2P A; 4DBQ A; 2HEQ A; 1UUE A; 1GXI E; 2CP3 A; 4OMM A; 2R58 A; 2BZ8 A; 1JXM A; 2ZPH B; 3A5Z B; 2CUD A; 3EH1 A; 3OYM A; 1MMD A; 5J26 A; 4FU6 A; 4IUV A; 3CBO A; 2DBM A; 3M58 A; 2FZG B; 1RAD B; 3REA B; 5LJ5 d; 1RI9 A; 4QW2 A; 4OVA A; 5IHN A; 2KAF A; 4JS4 A; 3A98 A; 2P4R A; 3BE3 A; 3UA7 A; 3LX7 A; 2LCC A; 4DBR A; 2E3H A; 4RUG A; 2M0O A; 5HY6 A; 3S3O A; 4JDS A; 2PZ1 A; 3HP9 A; 1OYX A; 1YWP A; 3FJ5 A; 5HCK A; 1TS9 A; 1JJ2 P; 3J81 E; 4C92 D; 1VA7 A; 5D7U A; 3TCJ A; 2EYY A; 2KDS A; 4LE9 A; 3QSU A; 2QEX T; 2DL3 A; 5GAM d; 5FRN A; 1D0Y A; 1Z9Q A; 3RIR A; 3MP8 A; 3UDC A; 4ESR A; 2A3L A; 2B86 A; 3FDR A; 2QK0 A; 3C0C A; 2L0A A; 2WSE E; 4C5G A; 4QQD A; 1NJI R; 4Y92 A; 3NPF A; 3I5S A; 3MCA B; 5GJW B; 4FYX B; 2DYB A; 2DET A; 3JB9 H; 4ATO A; 3GOX A; 1N6A A; 2XIC A; 2QI2 A; 1IRE B; 2RQT A; 3VJP A; 5GAN 8; 1YJW A; 1Q86 R; 2HDA A; 4HCC A; 2HNI A; 3URG A; 2BE7 D; 1WJS A; 4AFZ C; 5EC7 A; 1GFD A; 3RER A; 5IT9 E; 1M1K U; 1YI2 T; 2BIV A; 1IO6 A; 2PU9 B; 1JU5 C; 4LUE A; 1Y96 A; 2JM9 A; 1JQQ A; 1ZA2 B; 1Q81 R; 1MHN A; 2K4Y A; 4A54 A; 4C92 F; 2LP5 A; 3CCU Q; 2XDP A; 2QDL A; 5LJ3 g; 4JLG A; 1LCK A; 5CO7 A; 2K79 A; 2EKH A; 4O6J A; 1ABQ A; 1NLO C; 5A0D A; 2JVV A; 4MDW A; 3CQT A; 4A4H A; 4IUT A; 3LH0 A; 2BE9 B; 4RG8 A; 2ZAE A; 2DEQ A; 3GBQ A; 1NEG A; 1VUB A; 1UGP B; 1YIT T; 2J06 A; 1X2Q A; 2M0Y A; 2X9H A; 5FU6 C; 2B8A A; 2KYB A; 1M8V A; 4ORZ A; 1GCP A; 3L2Z A; 1SSH A; 2WAC A; 4C0D B; 2EQM A; 3OB9 A; 4J9C A; 1AWX A; 1I4K 1; 1YWO A; 1OI1 A; 2RO0 A; 1M90 C; 1K73 C; 2DXU A; 2YLB A; 1Y96 B; 1YIJ A; 2DTO A; 3VYG A; 3G4S A; 2LJ3 A; 1NLP C; 1B07 A; 1D1C A; 2A28 A; 1N8R R; 2RB6 A; 1FMV A; 1I5L A; 5DLQ E; 1Q95 G; 1RAE B; 3CCQ A; 2V26 A; 5CKF A; 3UT1 A; 4N4G A; 1BIB A; 3LGL A; 2DFU A; 3GNG A; 1M2O A; 3S6W A; 3CCE Q; 3SDZ A; 3CC2 T; 1O9S A; 4BB7 A; 4C8Q D; 1WXB A; 3OYI A; 1OEB A; 4RKU E; 1K8A R; 3NGP A; 1PD1 A; 4M7A D; 3VS1 A; 3HRU A; 4JJB A; 3CXC A; 2E5K A; 4J9E A; 1G2B A; 4M75 D; 2KY9 A; 2RA2 A; 4EMK C; 5FWB A; 1YJ9 Q; 2K3Y A; 1M1G A; 3JB9 D; 3OYB A; 4F7U A; 3V7S A; 2O01 E; 4B9W A; 1V29 B; 4V2S A; 3M53 A; 5CKD A; 2CZ0 B; 4C92 B; 2KGT A; 3INZ A; 1D1B A; 2H8H A; 2CYZ B; 1WLP B; 3SD4 A; 3REB B; 2GNC A; 3CC7 A; 3CME A; 2JS0 A; 3I56 A; 2CZ1 B; 2X4J A; 1NBE B; 3LLR A; 1K9M C; 3JV3 A; 2KEA A; 3JCM X; 3LWH A; 2LZ6 B; 3CMA Q; 1PNJ A; 3VV0 A; 3GIB A; 4DQ2 A; 3JCM b; 1W1F A; 2KYM A; 3PVL A; 3LWI A; 2K5L A; 1NG2 A; 1SEM A; 4IUU A; 2ZPE B; 3FB9 A; 1MMA A; 4PK4 A; 4QKU A; 5CQY A; 4L6V 5; 2DZ9 A; 3MKD A; 2Y4X A; 1PM3 A; 1VQ9 Q; 2L3P A; 1D3B A; 3RMQ A; 2GBQ A; 1SHF A; 2QGF B; 5KYN A; 2ROT A; 3CBM A; 4DA4 A; 3A8H B; 3M0P A; 1K73 U; 1ZLM A; 1QKW A; 2ENM A; 1YFN A; 2P4T A; 4MZM A; 4PJO C; 1PWT A; 4MML A; 5GAN 4; 4PNO A; 4KBM B; 1WHH A; 5IN1 A; 5GAN 5; 3JB9 F; 4XU2 A; 1QW1 A; 4WF2 A; 2NUZ A; 2EVR A; 4EIK A; 5LJ3 e; 1QVG P; 3MEV A; 3EAE A; 1VQ4 A; 3CCL Q; 1KQS A; 5DLO A; 3SHW A; 1PC0 A; 1QP2 A; 2QA4 A; 1WHG A; 2ZPG B; 2EGC A; 1RLP C; 3I9Q A; 1UGQ B; 3OYF A; 4XK8 E; 5LJ5 h; 3VS6 A; 4LD9 K; 2AKK A; 2YUO A; 1KQ1 A; 4BAC A; 2K57 A; 2JTM A; 4R0K A; 3L2U A; 1XOV A; 2L5Q A; 3HSB A; 1ABO A; 1UTI A; 2F2X A; 1M8M A; 1AZG B; 3CCJ Q; 3M0U A; 2QGG A; 4XTW A; 3MHX A; 3CPW A; 3CCR A; 3OW2 A; 4J7F A; 5CVI A; 1YCS B; 3CD6 Q; 1K4U S; 2EYZ A; 2LT4 A; 3M9Q A; 5GAM h; 1PSE A; 4J5Y A; 2JM8 A; 2X35 A; 1N9R A; 3KFV A; 2DL8 A; 1T0H A; 3SWN C; 2VXF A; 3TSZ A; 2QTV A; 2GGR A; 1JJ2 S; 3V8J A; 2DA9 A; 3OYD A; 1YBY A; 4C8Q G; 4N4H A; 3OBW A; 4M7D G; 1MUZ A; 4M7A G; 3FIF A; 5DY9 A; 1X27 A; 2P0P A; 1NPP A; 1W2B S; 3VS7 A; 2PVG B; 4M75 G; 4E7L A; 3A8L B; 4A4K A; 4HT8 A; 4E7Z A; 3CCU T; 2E10 A; 3NHN A; 1B34 B; 2X4Y A; 2DD4 A; 1VQP Q; 1CKB A; 1F1B B; 1WFW A; 1M90 R; 4HVU A; 2A36 A; 1HK9 A; 4XTX A; 3WXM B; 3VU3 C; 1VQN A; 2HZY A; 3S3N A; 1I1J A; 5IH2 A; 3SFM A; 3L2R A; 4ZTJ A; 2QAS A; 3EGX B; 2LJ1 A; 5FU6 B; 4LDY A; 2ZZD A; 4M7D E; 1BI0 A; 4M7A E; 4F04 B; 4JZ3 A; 7AT1 B; 3EG1 A; 2LQW A; 4C0F A; 3QKJ A; 1M2V B; 3G7Z A; 1K0S A; 4M75 E; 4N0A A; 2E41 A; 4ANJ A; 4GBQ A; 1NJI C; 3HTR A; 2YXY A; 1TU0 B; 2VKN A; 2WSC E; 2CSI A; 1WXU A; 1OU8 A; 1G3T A; 4XTZ A; 4PJO F; 3JCM J; 5HKC A; 2DLP A; 2IIM A; 1OU9 A; 4CC7 A; 1ZSZ A; 3TEE A; 4A63 B; 1VQ6 A; 1PG5 B; 1Q86 C; 4ELY C; 4CI0 C; 1YJN A; 2HQX A; 1OX8 A; 2HSP A; 1Y57 A; 2VV5 A; 3JB9 I; 1KK7 A; 3RR6 A; 4MZT A; 4KUL A; 3V8L A; 5A2Q E; 1T3S A; 4R55 A; 1PSF A; 1MMN A; 4KRT A; 1Q81 C; 1TXQ A; 2FZC B; 3D7S B; 5HK3 A; 2MOX A; 3X28 B; 2MIO A; 4J9I A; 3LYI A; 3CCE T; 3KXT A; 2PVD B; 2KBT A; 4EMK B; 3FRN A; 4XTU A; 2YWW A; 1WJQ A; 4KGX B; 2J6O A; 2EAY A; 1NPR A; 1YJ9 T; 3NMZ C; 1U1S A; 1UE9 A; 2E65 A; 1VQK A; 1BYM A; 3JB9 J; 2QTX A; 1M1F A; 3EGU A; 3OYK A; 3CCS A; 3UA6 A; 1VQM A; 5GMK h; 4X9D A; 4RTV A; 4KGZ B; 2RHY A; 4HVV A; 3LW5 E; 2LVM A; 2EQU A; 3X24 B; 3M4Y A; 3OYN A; 2YLC A; 4PKC C; 2QQR A; 2W10 A; 2KRS A; 3EFS A; 3QPH A; 5GMK m; 3S3M A; 3OA6 A; 2BZX A; 2D1X A; 1WGS A; 5GAO p; 3CMA T; 4AFU C; 1VQL A; 2GFU A; 1S72 A; 1VQ7 A; 2ZPB B; 2EFI A; 2MMP A; 4RTW A; 3OYL A; 1BBZ A; 1N8R C; 4M78 G; 1QP3 A; 3CC7 Q; 3OS0 A; 1NJI U; 4HKE A; 5GAO q; 4BE1 A; 4JRI A; 4EDU A; 3GNF B; 1VQ9 T; 5KYY A; 2LX9 A; 4RMO A; 4LXC A; 3MET A; 4PJO B; 1Q82 R; 1HSQ A; 5FLX E; 1HXD A; 3QDR B; 1Q86 U; 1RAG B; 4FCY A; 1VIE A; 5GAN j; 5KYU B; 1K8A C; 4M77 E; 4NL3 A; 5EG2 A; 1KHI A; 4OMN A; 1S1N A; 3E1S A; 3A8O B; 4LDU A; 5I2M A; 5GAN f; 3M0S A; 4BI8 B; 1H3H A; 4M78 E; 4FW2 A; 4RTY A; 3CCL T; 2COW A; 2E5Q A; 3JCM Q; 2XU8 A; 4HCB A; 1PCX A; 1IHV A; 1YHQ A; 1QCO A; 4C0Z A; 4KH1 B; 3OYG A; 4OB1 B; 2J05 A; 2RJF A; 4J7I A; 4OGC A; 2XDD A; 5I11 A; 2MF2 A; 1WHK A; 4AT1 B; 3VRZ A; 3E2U A; 1M3B A; 5L8R E; 3E9G A; 1WA7 A; 2EYX A; 3OBY A; 3HRT A; 2RQR A; 4CRI A; 2QXF A; 4A4G A; 2DE0 X; 1BI3 A; 3CCJ T; 3OYA A; 1TUD A; 2LDM A; 3L42 A; 3SWN B; 5A0G A; 1OOT A; 2RQV A; 5D6W A; 3TVT A; 2QQS A; 4AG2 C; 3CD6 T; 4EPC A; 5I21 A; 4YTL A; 2O9V A; 1VIF A; 2NUT A; 1QVG S; 4VUB A; 3C4S A; 2YUP A; 4D8K A; 3L2W A; 1SRM A; 3TU4 K; 4FYV B; 2DNU A; 3C94 A; 2ZPF B; 3TQ7 P; 3OYH A; 5GAN 6; 4IIM A; 1ZUU A; 3HFO A; 5GMK i; 4C5H A; 3EHR A; 1YJW T; 1G8X A; 4RTT A; 2L3R A; 3VUB A; 4JJD A; 3PT9 A; 4RTX A; 2FG0 A; 5LJ5 g; 1VQP T; 3L2Q A; 2D6F A; 3CCM Q; 1UG1 A; 4BE2 A; 3VUZ A; 5GAN 3; 3OSS C; 2DL4 A; 2CDT A; 2VC8 A; 2VAS A; 1QCN A; 2K2V A; 2QEX A; 2CP5 A; 3CXC P; 2IG0 A; 2PQW A; 1XJW B; 1EZZ B; 2P0K A; 2YHT A; 1DJ7 B; 2V1R A; 2D8H A; 2EYQ A; 2FPD A; 2JXB A; 5GAN 7; 2DXB A; 2FZK B; 1UEC A; 2GFA A; 2RHI A; 4RCC A; 2BZY A; 2NUT B; 4BDZ A; 2K3B A; 1QKX A; 3TSW A; 4ME7 A; 4HT9 A; 2KVQ G; 5GAM g; 2BKD N; 1OUL A; 2CKK A; 1H92 A; 3RES A; 1EX4 A; 2HMA A; 4HXJ A; 1ZQ1 A; 2CH4 A; 2HCK A; 2FEI A; 3M57 A; 5KE2 A; 2KK4 A; 1G5V A; 1IGU A; 4Z8A A; 4C5E A; 4PJJ A; 3QDF A; 4XU1 A; 3JCM e; 1LVK A; 4X9C A; 1WI7 A; 4J9B A; 1HD3 A; 1D1A A; 2LQN A; 2OTL Q; 1G83 A; 1M27 C; 1QMC A; 1MNE A; 1JO8 A; 3GF5 A; 2VGM A; 1ACM B; 2GQV A; 3OMC A; 3J7A F; 5KH6 A; 3EFR A; 2GTO A; 4F7U F; 3QYH B; 3MEU A; 1M3A A; 1M30 A; 2BUD A; 1JBM A; 3M56 A; 1NYF A; 4JZ4 A; 1RAF B; 2M02 A; 1KQS P; 3EFO A; 3EG0 A; 2RQU A; 3M0T A; 2E64 A; 4XU0 A; 1G3S A; 5J39 A; 1G3W A; 2QQA A; 3JSC A; 2JZ2 A; 2OTJ Q; 3EG3 A; 2CT4 A; 1KIK A; 1WHJ A; 2QAZ A; 3H8Z A; 5CR2 A; 4JLI A; 3CCV Q; 2V1Q A; 1CSK A; 1YN8 A; 4C92 G; 2RJD A; 1AT1 B; 1WHM A; 2ZGW A; 3MPU B; 3JCM V; 1QVP A; 2FHD A; 3LH5 A; 1H64 1; 2JJ9 A; 4JRP A; 4UC4 A; 2F5T X; 2EKO A; 1I07 A; 3AHU A; 3CC7 T; 1VQO A; 3CPW P; 2MWP A; 3OW2 P; 4QT7 A; 3C95 A; 2DYI A; 1UGS B; 1RL2 A; 1BCO A; 4N0A C; 1KJW A; 2COZ A; 1FMK A; 2E12 A; 2ZCF B; 1VQL Q; 1S72 Q; 2NYS A; 3A8G B; 3CC2 A; 3I55 Q; 1U3O A; 5LL6 S; 3FC3 A; 4EMG A; 2KRO A; 1ZSZ C; 4C92 E; 3CBP A; 3UPU A; 3CC4 A; 3EFO B; 5FRM A; 1X43 A; 2AKL A; 4F16 A; 2I0N A; 5J3B A; 1YCY A; 2D0N A; 5GAO l; 2ROL A; 5LJ5 e; 3QJY A; 3BY7 A; 4QQG A; 4XTV A; 1VQ5 A; 3QWX X; 3SEM A; 1JRI A; 5KCO A; 2IVW A; 4FT4 A; 2CSQ A; 1QVF A; 3BDU A; 1ZX6 A; 2CP6 A; 3G71 A; 3ULR B; 1M90 U; 3H41 A; 2KI7 A; 4E2F B; 4JUV A; 2AT1 B; 4F7U B; 2KR3 A; 2CUB A; 4DOV A; 4N4I A; 2G3R A; 1YHQ Q; 2EW3 A; 1KG1 A; 3V7C A; 3P8D A; 5GMK l; 5LJ3 j; 1GL5 A; 5GAM e; 2DAQ A; 3A8M B; 3QZ5 B; 4M77 C; 3RKW A; 1U8R A; 1YNZ A; 1RUW A; 2LNH B; 5LJ3 f; 5C6S A; 2DKG A; 1AHJ B; 1LPL A; 1J3T A; 2RI2 A; 1Q82 C; 4OB3 B; 4JS5 A; 4DEX A; 4GY5 A; 3QUI A; 2CH4 W; 4LNP A; 1R0C B; 3OYJ A; 3GLX A; 4ZNX A; 2XID A; 3QJ6 A; 4M4Z A; 1D3B B; 1RLQ C; 2JMC A; 3E9F A; 2CGH A; 2XI9 A; 5GAN d; 1AWJ A; 2RJC A; 1HJD A; 3G1J A; 4FL6 A; 1MV3 A; 2J7I A; 4AMC A; 4J9F A; 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