1IIQA

Crystal structure of hiv-1 protease complexed with a hydroxyethylamine peptidomimetic inhibitor
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Hydroxyethylamine isostere of an HIV-1 protease inhibitor prefers its amine to the hydroxy group in binding to catalytic aspartates. A synchrotron study of HIV-1 protease in complex with a peptidomimetic inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1iiqA00
3EM3A 4GJ5A 5P6GA 1DP5A 2O4SA 1HVKA 3ECGA 5P2OA 1AJXA 3O9BA 2AOIA 3L5DA 1YX9A 2IS0A 5P0SA 3BGCA 4MC1A 5P14A 4QJ8A 1VIJA 3G6ZA 4I0FA 3PBZA 3S45A 5P4UA 1CMSA 3WZ6A 5P2ZA 3EM4A 5P7JA 5OZRA 2V12C 2QD7A 5P5WA 1DIFA 3TH9A 5P6CA 2RKGA 5PEPA 1UH9A 3UDHA 2QNPA 4GJBA 4CPTA 3S54A 6APRE 5P4HA 5P61A 4YCYA 4S1GA 5P7TA 4J0ZA 1TCXA 4L1AA 4N00A 5P3UA 1UPJA 1GVWA 2G27A 3EKPA 5P6NA 5P4GA 1AM5A 4YA8A 1OD1A 5ER2E 1TW7A 1EPNE 2APRA 4YCTA 2QAKA 4Y5LA 2HPFA 4Y5NA 5P10A 2ER6E 3D91A 1FF0C 4FRJA 4Y57A 3ZKQA 5P2SA 1QBTA 2J9JA 4Y48A 5P2GA 1BVEA 4DQGA 3APRE 3SM1A 5HDXA 3D1YA 5P7EA 4I0GA 4J5JA 4RVXA 2AZCA 5P4EA 4Y4BA 1EC3A 2F3KA 4MC9A 4Z22A 4EJLA 1YTHA 3OGPA 1BDQA 3QRVA 5OZSA 4I0IA 5KR8A 3ZKGA 4Y3MA 4CPWA 2NMZA 3SA8A 5P37A 1HIVA 1HVSA 5P3SA 4Y58A 4TVHA 4FM8A 3G70A 5P34A 5P5AA 2HPEA 4CP7A 3HW1A 4FE6A 5OZIA 1K6PA 4GJDA 4H3IA 1LV1A 3UF3A 2R38A 3ST5A 5P76A 2Z54A 4ZIPA 3LIYA 5P4PA 5AH6A 4LAPA 3FNTA 3NSHA 3RTHA 5P8DA 3D20A 5P0XA 1FFIC 3HAUA 3NDXA 2PWCA 4LXAA 5P4QA 4GB2A 2VJ7A 1MVPA 3TL9A 4E43A 3TOFA 2FDEA 3HBOA 5P6XA 2AQUA 4NPTA 2AOEA 1Z1HA 4H3GA 5ISJA 1GKTA 3QI1A 5BS4A 5P56A 3RSVA 2O4LA 5HCOA 5P0WA 1HOSA 2V10C 3FIVA 2R3TA 4Y3WA 5P7PA 5P6AA 3FSMA 2FLEA 5HE7A 4I1CA 4Y4UA 3UHLA 4KE0A 5P8IA 3UDKA 2I1AA 5APRE 2Z4OA 3QAAA 1APUE 5P3HA 1XE5A 3EL1A 3U71A 2QHYA 5KQFA 3PI0A 4ZEAA 4D8CA 4Y56A 2R9BA 2QU3A 5F00A 4J1EA 5OZCA 3SA5A 3VV7A 4COEA 5P04A 3I6OA 1FB7A 4L1AB 4ZE6A 5P05A 3KDBA 3WZ8A 5P64A 5P8BA 2HIZA 4R8YA 5C9BA 4Y3JA 3JVYA 4FM6A 2BPXA 4EJDA 5P08A 1HIHA 5P1PA 1NH0A 3ER3E 3EXOA 4Y4DA 2SAMA 5P3JA 1LYAA 3S56A 1OHRA 5P15A 2Q55A 5OZXA 3VYFA 5P43A 5OYQA 5HE4A 5P0LA 2QNNA 2G22A 5P8PA 5P7FA 5AGZA 2J9JB 2BKSA 5P1AA 5P17A 1Z8CA 1EC1A 1KZKA 2I4WA 3DOXA 4DJYA 2P3AA 5OZUA 2PMAA 4B1EA 3OXCA 4B1CA 1LEEA 5P1BA 3PWMA 3VV8A 1WBMA 4Y3FA 3UDNA 3VYEA 2B8LA 4CPXA 1EPQE 3UQWA 1ZAPA 4IVTA 1BAIA 1HVJA 2AOJA 2R3WA 3FNSA 5P4NA 1Q9PA 4XX3A 4XXSA 5P6KA 1LS5A 1DW6C 3BVBA 1SBGA 4HE9A 3LPIA 1ZPKA 4AUCA 3SQFA 4NJSA 1FQ8A 2AZ8A 3ZLQA 1FG6C 4D88A 3FX5A 1BDRA 3VFAA 3LZYA 5P3TA 5P48A 3QS1A 5P57A 2QU2A 4L7JA 1BV7A 2P3CA 3T7XA 4OD9A 1GVVA 5P6VA 1FFFC 4Y5BA 2WF2A 3ZOVA 2FDPA 5P7KA 3EL5A 4JP9A 5P8KA 1GNMA 2FXEA 4B78A 4GJ6A 5P7AA 2BBBA 4FRKA 2IDWA 1N49A 2Q3KA 4YD4A 4PZWA 3ZKMA 3UDYA 4Y53A 5P6JA 2NNKA 2QCIA 1KJ4A 1KJGA 5P8CA 4RROA 3R2FA 5P3ZA 3PWRA 2G24A 5P1TA 3K4VC 5OYWA 5P02A 1UH7A 1HTGA 3GGUA 4RRSA 5KAOA 4QJ7A 4PYVA 1BDLA 1PFZA 4F75A 1HPSA 5KQXA 1APTE 3GW5A 5P83A 3NUOA 3N3IA 5OZ4A 5P0CA 2HB3A 2WF1A 2QD8A 3QRMA 5P3NA 1BWAA 3I7EA 2WKZA 3O9GA 5P41A 2O4PA 1W5WA 5OZJA 4Y47A 1C6YA 4Y4WA 3U7SA 1D4KA 1HTRB 4TRYA 1MSMA 3EKXA 3FNUA 2VJ6A 3RTMA 5P2EA 4NJUA 4CPQA 5DPZA 1E80E 5P5TA 5P40A 2CEMA 3L38A 1HSIA 1HTFA 1LYAB 3SPKA 4R92A 4RYGA 5P78A 3NU4A 5SY2A 1D4YA 1WKRA 5P5PA 5P82A 2I0AA 2QZWA 5KR2A 5P66A 1XDHA 5OYSA 4FIVA 5P6HA 1AJVA 4Y54A 2NPHA 2P8HA 3L5FA 3CYXA 5AHCA 5P3YA 2QP8A 3UQRA 1T3RA 1HBVA 5P5EA 3L5BA 4RCEA 4HLAA 4ER4E 2B7ZA 2AVMA 2IGXA 3VCMA 5P47A 4Y5EA 1YTGA 4Y4XA 5P1MA 5P6TA 4OBHA 3OGQA 3S7MA 3Q6YA 4EQ0A 5P7LA 4Y50A 3VUCA 4Y3HA 5IVTA 1SGZA 2ER7E 3NR6A 1HEGE 3T11A 3TNEA 1HXBA 5P0HA 3LZSA 1PSAA 2QI3A 1BWBA 4YDFA 2FNSA 1SMRA 3NU6A 2RMPA 3H5BA 3KFPA 5DR0A 1EPLE 2F80A 2ZJNA 1W5VA 5SZ9A 5OYRA 5P5GA 2AOGA 3JW2A 5P5FA 4K9HA 5IVRA 5P2IA 1W6IA 5P2HA 5BRYA 5P5BA 2VKMA 1XL5A 5OZYA 5P8RA 5P0QA 2RKFA 5P1NA 4DQFA 4U7VA 3TTPA 3OOZA 4AA8A 4DH6A 5P1JA 5OZQA 1BIMA 3GI0A 3OU3A 4HA5A 4J55A 5AH7A 4YCKA 3SA3A 4I8ZA 5P1CA 4EQJA 5P54A 5DQCA 2WEBA 1RL8A 5OZOA 5P8AA 2B7FA 4JOOA 4Y5MA 5P7DA 2NR6A 4I0JA 3K1WA 2VS2A 5P3BA 5P1XA 2JJIA 3QBFA 3G72A 1D4JA 3RVIA 4D89A 5P2VA 1APVE 5HD0A 2CENA 1QS8A 6UPJA 3OUDA 3VLAA 3NU5A 3L58A 1HTEA 1ZLFA 5P1DA 2OHSA 3OQFA 2CEJA 3GGVA 4XKXA 1BV9A 5P0NA 1D4HA 1IDBA 1SP5A 1ER8E 2ZYEA 1K1UA 4J1FA 3ZPSA 5P3QA 4DUSA 1AZ5A 1IBQA 5P58A 3IXKA 4Y4TA 1ZP8A 3TKWA 5P72A 3TPLA 3KDCA 4R93A 5C9DA 5P6FA 4Y5PA 4DJOA 3QN8A 3B80A 5P1RA 1ODYA 3T7QA 5P33A 5P03A 3ZKNA 2FXDA 5OZNA 2AODA 5SY3A 1FIVA 3JVWA 3OQ7A 5P22A 3A2OA 2G94A 3MSJA 3CKRA 5P6QA 1SGUA 3HD8A 2PH6A 2G26A 4RZ1A 2ZHUA 2V00A 5P2JA 5P2BA 1C6XA 3TLHA 4FGXA 4EJKA 5P29A 5P51A 2A1EA 5P89A 5P5DA 4EYRA 1W5XA 3OQDA 3SKFA 5COPA 3UFLA 2BQVA 4I11A 3MWSA 5AHBA 3MXEA 5P86A 4FM7A 5P6IA 4OBJA 3IVHA 5KQYA 4CKUA 4L7HA 2WL0A 3HZCA 5P31A 2F3EA 5COOA 4OBZA 5EZZA 2ZHVA 3UQUA 4F76A 3UQPA 1MT8A 4Y3YA 3LHGA 1HPOA 5OZ1A 3EKQA 5P69A 3O9FA 5P2YA 4DJVA 1YM2A 4FLGA 3OAGA 3UDPA 2FMBA 2OF0A 5DR7A 3IXOA 5E5KA 5P4IA 5P24A 4Y3AA 1JLDA 3SAAA 2HM1A 5P3XA 2JJJA 5P0DA 3U6AA 4Y43A 1EBYA 1J71A 3CKTA 3NUJA 5IS4A 5P0TA 5P45A 3INDA 3LIVA 5P71A 3OUDB 5P35A 4YD6A 2P3DA 3BUHA 5P6PA 3NU9A 5P5XA 5HDZA 1FQXA 1T7JA 4Y45A 5P2QA 5P4AA 3CMSA 3SO9A 3PMYA 3SA6A 5P5JA 3PSUA 5I3WA 5OYTA 5P7YA 2PK6A 2VNMA 2PQZA 2WEAA 1IVPA 2G21A 5KR0A 1VIKA 4DVFA 4RCFA 2ER9E 5P18A 2OHPA 3AIDA 4I0EA 3KM4A 1XE6A 1M0BA 4DQCA 5P0JA 5HCTA 5P25A 3VYDA 2A4FA 3SACA 2VIYA 3KMYA 2P3BA 3LITA 5P5SA 5P6LA 4RVJA 3T3CA 3CYWA 1EEDP 4D83A 1IZEA 2ZGAA 5JODA 1YTJA 2VIZA 4LXKA 1A94A 1IIQA 1K6CA 2IEOA 3S7LA 1MUIA 3T6IA 1G6LA 5DR3A 4BFBA 5P7VA 5P5KA 5I3XA 4ACXA 3EM6A 3NLSA 5COKA 3QBHA 5P88A 4Y3GA 2Q54A 5P8SA 5P7QA 1ME6A 4Z50A 5P79A 2G1NA 1K1TA 5E5JA 5P75A 2QHCA 5J25A 4FRIA 5P3EA 1FKNA 5P4SA 3TOHA 1AIDA 2FGVA 4YOAA 1SIVA 1HVHA 4YE3A 3DV1A 2AZBA 3LPJA 1XN2A 3QVCA 5P5RA 3MSLA 2G20A 1NPAA 4Y5GA 5T4SA 1D4SA 2VIJA 3PHVA 4OBZB 3UTLA 1B6LA 3T7PA 1HSHA 2G1SA 1GVTA 2ZHTA 4NPUA 4B70A 3ZKSA 2QI7A 1YM4A 3OXVA 2QK5A 1FG8C 1KJFA 5P7NA 2Q63A 5P23A 5P1HA 3OAGB 3QVIA 4Y4ZA 4DPIA 5P6MA 3LPKA 5P2CA 5P0UA 5P7OA 5P1WA 4APRE 3BUFA 1EBZA 4H3FA 2Q5KA 5HU1A 4Y39A 1SH9A 3WZ7A 1NSOA 3I8WA 5P8LA 4Y51A 2I4VA 2V13A 2VIEA 2G1OA 5P49A 4FSLA 3MXDA 6FIVA 2I4UA 4J54A 3L59A 3H0BA 1IZIA 2WHHA 3OY4A 1WBKA 3PRSA 3DJKA 5P4TA 1ZPAA 3Q70A 1D4LA 3OXXA 4LHHA 3O9EA 3KF0A 5OYVA 1MT7A 3CICA 3QRSA 3ZPUA 2VA7A 4ZSQA 5P3PA 5JG1A 4Q1WA 2JE4A 2WECA 4MC2A 2IL2A 1HVRA 4RCDA 3VEUA 4Z4XA 5P0BA 3QROA 4NJVA 3GGAA 3PGIA 4Z2ZA 2FDDA 4QGIA 1LF3A 5BWYA 4I0DA 7UPJA 4GYEA 1LYBA 4J17A 2P3BB 5P01A 3PMUA 1B5FA 5P2MA 4B05A 3VFBA 4Y3TA 3Q5HA 4LXMA 5P7CA 5P60A 5P7MA 4JPEA 5OZ2A 3WSJA 4Y9WA 4Y3QA 4X7IA 5DR1A 4EP2A 1T6EX 5P68A 4RRNA 1HHPA 4Q1XA 3F9QA 5P6SA 2J9KA 3OADA 4J1HA 4FRSA 5OZ7A 3VLBA 4CPRA 4HDPA 5SXNA 3APPA 5HDUA 4JPCA 3EL4A 1QBSA 4Y4AA 4B1DA 1BVGA 3OHFA 4LP9A 1YG9A 1MT9A 5P6EA 5P8HA 4I8WA 1ODWA 5F01A 2QMPA 3NYGA 5P7SA 3L5CA 1OEWA 1MRXA 3OTYA 2AOHA 5P4CA 4ER2E 4WTUA 4EXGA 5P4YA 2ZJMA 1GNOA 2WF4A 1EAGA 1B11A 5P1YA 2OHKA 4YD3A 3D1XA 3KA2A 2B42A 1PSOE 5HVPA 3OQKA 3KFNA 5P2FA 1LF2A 2QI1A 1FQ5A 4Y4EA 3R0WA 4GJCA 5P19A 5CONA 2AVSA 2ANLA 1G35A 5P4JA 2UY0A 4FAEA 1MRWA 2R5QA 5P5IA 5OYZA 1AAQA 3PLDA 1SIPA 1HEFE 5DQ4A 5P4VA 2HB4A 3S2OA 3O9AA 4Y41A 1HIIA 1EPPE 4GJAA 5ENMA 1IVQA 5OZ3A 3CIBA 1FEJC 3EL9A 3S43A 1FGCC 3RTNA 5P3CA 1W50A 3K5DA 4OD9B 2BPZA 4FSEA 4DJUA 2QZXA 5HDVA 1XS7D 1SDUA 3SFCA 5P6WA 1FMXA 1F34A 4J1IA 5DQ5A 5P6OA 3OK9A 2BJUA 4I12A 4LL3A 3IVIA 4PZXA 4MC6A 3UDJA 1A30A 3OQAA 3PCZA 5P63A 4ZPGA 5OZ6A 1APWE 4TRZA 4KB9A 3WB4A 5P1UA 2O40A 3LZUA 2Q64A 3Q4BA 4OBKA 5CLMA 1IZDA 1FQ6A 5P8UA 5P3IA 1HPXA 2B8VA 3OWNA 2V16C 2RSPA 1MEUA 2PSVA 3HAWA 4EWOA 3NWQA 3N4LA 3UQXA 2FS4A 1GVXA 3SA4A 1EC2A 1LYBB 1YT9A 3O9CA 2WEZA 1B5FB 2NXLA 2OHRA 4FAFA 3SLZA 3VF3A 5P6RA 3HDKA 1MTRA 3UDQA 5P28A 1SDVA 1K6VA 5P0MA 4Y38A 3UCBA 2ZHSA 4HEGA 3OADB 2IKUA 5P3FA 2XYEA 4OBDA 4Y3ZA 5P1GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EM3 A;  4GJ5 A;  5P6G A;  1DP5 A;  2O4S A;  1HVK A;  3ECG A;  5P2O A;  1AJX A;  3O9B A;  2AOI A;  3L5D A;  1YX9 A;  2IS0 A;  5P0S A;  3BGC A;  4MC1 A;  5P14 A;  4QJ8 A;  1VIJ A;  3G6Z A;  4I0F A;  3PBZ A;  3S45 A;  5P4U A;  1CMS A;  3WZ6 A;  5P2Z A;  3EM4 A;  5P7J A;  5OZR A;  2V12 C;  2QD7 A;  5P5W A;  1DIF A;  3TH9 A;  5P6C A;  2RKG A;  5PEP A;  1UH9 A;  3UDH A;  2QNP A;  4GJB A;  4CPT A;  3S54 A;  6APR E;  5P4H A;  5P61 A;  4YCY A;  4S1G A;  5P7T A;  4J0Z A;  1TCX A;  4L1A A;  4N00 A;  5P3U A;  1UPJ A;  1GVW A;  2G27 A;  3EKP A;  5P6N A;  5P4G A;  1AM5 A;  4YA8 A;  1OD1 A;  5ER2 E;  1TW7 A;  1EPN E;  2APR A;  4YCT A;  2QAK A;  4Y5L A;  2HPF A;  4Y5N A;  5P10 A;  2ER6 E;  3D91 A;  1FF0 C;  4FRJ A;  4Y57 A;  3ZKQ A;  5P2S A;  1QBT A;  2J9J A;  4Y48 A;  5P2G A;  1BVE A;  4DQG A;  3APR E;  3SM1 A;  5HDX A;  3D1Y A;  5P7E A;  4I0G A;  4J5J A;  4RVX A;  2AZC A;  5P4E A;  4Y4B A;  1EC3 A;  2F3K A;  4MC9 A;  4Z22 A;  4EJL A;  1YTH A;  3OGP A;  1BDQ A;  3QRV A;  5OZS A;  4I0I A;  5KR8 A;  3ZKG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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