1IJJA

The x-ray crystal structure of the complex between rabbit skeletal muscle actin and latrunculin a at 2.85 a resolution
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
370
structure length
363
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Polylysine induces an antiparallel actin dimer that nucleates filament assembly: crystal structure at 3.5-A resolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Contractile protein
total genus 97
structure length 363
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-04-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1ijjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ijjA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ijjA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1ijjA04
3O6WA 2YI1A 1GLJO 2CGKA 1V4SA 1CZAN 2J4RA 4A61A 5AQHA 4BRHA 3ZX3A 4BRLA 5AFUH 1NGBA 3VF6A 4EAHD 4M7XA 3ENOA 1KAXA 1U2VB 2QXLA 5AQUA 3D2FB 5AQWA 3DXMB 5JLFA 1DGKN 1NLVA 1E4FT 3LM9A 3LDQA 3R6MA 3GE1A 3UKUA 1C0GA 3CJ9A 1X3NA 4H0VB 4FL9A 2FF6A 5EVZA 4BRNA 3R8EA 4K41A 4CZIA 4EHTA 4B1UB 4B1YB 1BWFO 4IJNA 2F9TA 2V52B 1BUPA 4HTLA 4FWRA 1QZ6A 3O8MA 5AQSA 3L6QA 1NMDA 2HMPA 3SJHA 2FF3B 1WOQA 5FPEA 3A5NC 1IG8A 4XH5A 3VETA 4O8KA 3R9PA 5BN8A 2E1ZA 4A62A 3HM8A 4BROA 1NGIA 1MA9B 4FWNA 4DQ8A 2D1KA 2QWLA 1U2VA 4CZHA 3D2FA 2NLXA 1LOTB 4IJAA 4O5FA 3QB0A 3DXMA 4PL8A 4XH4A 4ISEA 4H03B 5AQTA 3HBTA 1GLDG 3BF3A 4PKHA 2YJFA 4F9OA 4JN4A 1HUXA 1GLCG 2YHXA 2IVNA 3HZ6A 2KHOA 2P9SB 4MLHA 5AQFA 3C0BA 3EKUA 3CJCA 1XUPO 2QM1A 4BC3A 5AZIB 1S22A 1T6DA 2ZF5O 5BN9A 2FXUA 3VEXA 3VF2A 4XEIA 2Q1NA 2P9KB 3WXKA 4JHDB 1J6ZA 3M1FA 3CIPA 3LM2A 2A3ZA 2P9UB 3H1QA 2HOEA 4FWMA 3LDLA 2P9LB 3FGUA 4B1WB 2VCPA 4RWTA 4FWOA 1NGGA 4JD2B 5BPLA 1RGIA 4WQ4C 4H0TB 1GLBG 5LY3A 1IJJA 5KQ8A 4JAXA 1Q18A 2ZWHA 4A2BA 5CE3A 3MK6A 4BREA 3VPZA 5F0XA 2P9SA 2ASPA 5AQVA 2GTDA 3LDPA 5BRFA 4K42A 3FE1A 4H0YB 4BRPA 2GWKA 2I7NA 5AZIA 3D2EA 4FWSA 4FWLA 2P9KA 1KXPA 1NGEA 5AQPA 4JHDA 1DEJA 2YCHA 2IIRA 2P9UA 1OKJA 4MO4A 5EY4A 4BQZA 2HF3A 3FZHA 4JNEA 2Q0UA 2H3GX 1R59O 4JD2A 4IO8A 1MDUB 2NZTA 2DPNA 3JXUA 4CBXA 1HJOA 5BREA 1V4TA 1SAZA 3KVGA 3A5MC 2PBDA 2V7ZA 4E1JA 3VGMA 3W3DA 1C0FA 5EOYA 1HPMA 4IZ9A 3TU5A 1RDWX 1Y64A 5KPRA 2QWPA 3C7NB 2EWSA 4I6MB 5BRHA 2A41A 4MLEA 2GWJA 3M6GA 4FWPA 5AQGA 3VESA 3SMPA 3GG4A 1EQYA 5AQXA 4B1ZA 4B9QA 2F9WA 2GEMA 1NWKA 1HKBA 2FSNA 2E8AA 2D4WA 3QDKA 2FSKA 3ZX0A 4B1VA 4BRQA 4H5VA 2Q97A 3AY9A 3CERA 5JICA 3WUHA 4WYBA 5AFUA 1HLUA 3QMLA 2QWNA 1YXQA 4L3QA 3EKSA 5JLHA 1BOTO 2IVPA 4A2AA 4CBWA 5ADXH 5AQQA 1P8ZA 3FZLA 4NB4A 3EN9A 5BR9A 2YHWA 4FO0A 3B8AX 3MCPA 5AQLA 2UYTA 3C7NA 3FLCO 4I6MA 4BVOA 3VERA 3QFPA 2E2OA 1ATNA 4BR5A 3L0QA 2W40A 3LDNA 1QHAA 5AQJA 1QZ5A 3QICA 2CGJA 4FWQA 2AA4A 1NGFA 3ZETB 4BR7A 3A8YA 3O80A 2ITMA 5I9EB 2VWBA 4CD3A 1ZC6A 1NGAA 5LJVA 3D2EB 1K8KB 3FFKB 3BP8A 3DAWA 4CI6A 4FSVA 3GL1A 3UB5A 2W41A 1ATSA 5EX5A 3CQXA 3H45C 3WQTA 1QQMA 1Z6RA 3MN6A 1T6CA 2P9PB 3FR0A 3EO3A 1ATRA 4AM7A 4BRIA 3H1VX 5E26A 4CD1A 3CJ7A 1GLFO 2QWMA 3A5LC 4M7YA 4MO5A 3U8XA 5E84A 4BQLA 3DWLA 3FZKA 4BR2A 5EXWA 4QS7A 4H0OA 5B8HA 1JCGA 5JMVA 3VEWA 4NO7A 3GOIA 3ZETA 1XC3A 4HWIA 2CH5A 3AAQA 4FOIA 3JS6A 1SQKA 1HKGA 1TUUA 3HSCA 2FSJA 4K25A 2V51B 5AQKA 5BPNA 2ZGZA 5TKYA 3HI0A 5KPTA 1YVNA 3OHRA 2YJEA 3TPQA 4BRAA 4EHUA 4FOEA 1K8KA 3DJCA 4WQ5A 2Q2RA 3VGLA 3AAPA 5AQYA 4BR4A 4LC9B 4K43A 3SMSA 2PAVA 1LCUA 3CJBA 3CI5A 4BRGA 5BPMA 3GBTA 2P9IB 3VOVA 1G99A 5KQDA 2P9PA 4AM6A 3IDHA 5AQOA 1JCFA 4FWKA 3W0LA 3ATVA 1X9JA 5AR0A 3MN5A 1NGCA 3A5OC 4J8FA 4Y0WA 3ZEUB 4BC5A 4BRFA 2BUPA 3BF1A 2ASOA 1TYQB 2CH6A 2A40A 4BR0A 1WUAA 4BGBA 3ATUA 2D0OA 3M3ZA 3MN7A 2A42A 2E88A 3CETA 3O4WA 5AQZA 3RSEB 3S41A 3SLCA 3IFRA 4KBOA 5KPZA 5AQRA 3WXIA 3H46O 2E2PA 3I8BA 1GLEG 1QQNA 2FLOA 3H6EA 4DHYA 2GUPA 4CZKA 4CZLA 1NM1A 1QQOA 3CJ1A 4WQ5C 2Q0RA 3IMXA 2QWRA 2QWOA 3ZX2A 2NRHA 1NGDA 2OANA 1GLAG 4C23A 1T44A 1XQSC 3D7EO 3FZFA 3L4IA 3WT0A 3KHYA 3BUZB 2P9IA 1BG3A 4H5WA 3F9MA 4H0XB 1HKCA 3HTVA 1BO5O 2A6AA 5LJWA 1NBWA 2AP1A 3ZEUA 1Z05A 1TYQA 4H5RA 3FZMA 3U4LA 3I33A 4CZMA 5BRDA 4QS8A 3RSEA 3VGKA 5FPMA 1TUYA 1NGHA 3UE5A 3LDOA 1KAZA 1JCEA 2E2QA 4GY2B 4B1XB 4CZJA 1NGJA 4EIAA 4BRDA 2E2NA 3VEVA 2V7YA 3CQYA 4BR9A 2ZGYA 2E20A 4CZGA 1BA1A 4BC2A 3QBXA 5AQIA 3WEEB 5FPNA 2YHYA 3KZBA 3J8AA 3UKRB 5ADXA 2ASMA 5AZJB 3QBWA 3O08A 1BU6O 3ID8A 4IWVA 4BRCA 5F2RA 2P9NB 2WUSA 3DXKB 4EFHA 1S3XA 2QW9A 1DKGD 1YAGA 4WQ4A 3VEYA 2HF4A 1RFQA 2D0PA 5AQNA 3H3OB 2I7PA 3VENA 1BA0A 2Q31A 3VF4A 4BGAA 5AQMA 1MWMA 2E1YA 4PKIA 4BG8A 3MMVA 4FPBA 4RTFD 4FPAA 2QWQA 4ISGA 1E4GT 3ULEB 3MN9A 3H3NO 4BRKA 4DB3A 4Z94A 1X3MA 4CJ7A 2IVOA 3WQUA 3MDQA 4GNIA 1GLLO 3WXJA 4XH1A 4DCHA 1KAYA 3WEEA 3O1WA 1BDGA 2BTFA 3UKRA 3U9DA 1YUWA 3O5BA 3EL2A 4YDUA 4PL7A 5AZJA 3VEZA 4QS9A 3G25A 2P9NA 1H1VA 3DXKA 2CGLA 3ENHA 1SZ2A 3GDQA 3VEOA 4ISFA 3EZWA 3LL3A 3QFUA 3O1BA 4IXCA 2VYPA 3IUCA 2Q36A 1ZXOA 3P4IA 4H0PA 3CHWA 1U6ZA 3A0IX 4BRMA 5ELZA 1D4XA 4CZEA 4H5NA 4H5TA 3ULEA 1ZBSA 2GELA 3WXLA 2A5XA 5F1XA 3UKUB 3U9ZA 4BC4A 4BVPA 3SK3A 3AARA 4M63C 1MWKA 1ESVA 3CJAA 4YDUC 4BG9A 4PKGA 5FPDA 2P9LA 4CBUA 4CZFA 4RCHA 1HX1A 3BEXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DSKA 2QKKA 4HCCA 3OBWA 1TKZA 4IG3A 2HHWA 4KTQA 4BRLA 3SUQA 3T1YK 1NGBA 4EAHD 4M7XA 2QXLA 1WSHA 2VWKA 1S1VA 1UA0A 5AQUA 1WBBA 1KVCA 2RF2A 5JLFA 1NLVA 3NHGA 4PUOA 3GE1A 3G4SN 4MDAA 4CHOA 3RMAA 3V6DA 2GUIA 2FF6A 4M3XA 4Z4HA 4EHTA 1TL1A 2F9TA 2V52B 1BUPA 2HBMA 4FWRA 4B9UA 5AQSA 3L6QA 4C8MA 2RKIA 1T03A 4KHWA 1TVRA 3HSTB 1QSSA 4DFKA 4UY8O 3NF9A 1HR0K 4CHYA 4E89A 3DRPA 1NGIA 3JAMO 3AV9A 4FWNA 1ILYA 3CYGA 2D0AA 4IJAA 3AO4A 4WFNL 2Q3SA 3DXMA 1S9GA 4B3RK 1YJNN 1NOYA 1XI1A 4PKHA 1C6VA 1WSGA 4OGEA 1KVBA 2Z1GA 2G8FA 2XY7A 4MFBA 3DLEA 3VQEA 1L3TA 4FVUA 4MLHA 4XJXA 4DTPA 3C0BA 2E4LA 3EKUA 3ENBA 4DSEA 3L3VA 2FXUA 3CPWM 3VF2A 4E7LA 1NK6A 1ZBHA 3CIPA 2HHTA 5CY4A 5DM6L 2A3ZA 5J2PA 4WFAL 1DT9A 2PY5A 4DF8A 4WE1A 3RTVA 4RWTA 3CFRA 1RBRA 3K9KA 4FWOA 4JD2B 4A59A 4PWDA 1RGIA 3VQAA 3K5LA 3VQ4A 5LY3A 3O4QA 2QK9A 2Z1JA 3P1GA 2O8FB 1RTHA 4JAXA 4DR3K 2ZWHA 3AVAA 1HQEA 3E1YA 3VPZA 4IDKA 2W42A 3PIOL 1L5UA 3LDPA 5T7BA 4K42A 3CC2N 2GWKA 4IO9L 3TR8A 5AZIA 2EHGA 3D2EA 3DOKA 4C1NI 4ZTFA 4JHDA 3A2FA 4HHTA 4FJLA 1KRPA 3DRSA 5EY4A 4E1NA 4JNEA 5KRSA 4DSJA 5IT9O 4OPAA 4CK3A 2DPNA 3JXUA 4CBXA 4ELVA 2HHQA 1V4TA 1SAZA 3SQ2A 1IKYA 1KCFA 4DV7K 4BY9C 3VGMA 4KHPK 3C95A 1C0FA 1RDWX 2Z1HA 3ZSYA 3C7NB 2EWSA 4LF5K 1EWQA 4FCYA 3VESA 3IS9A 4B1ZA 4U67L 4KTWA 1NJWA 4BACA 2HVHA 1C1AA 4FXDA 1Z25A 3QDKA 4B1VA 4BRQA 3AA3A 4H5VA 3T1HK 3CERA 3WUHA 2WTUA 3Q7BA 3VN5A 3QMLA 4LSLA 3OA9A 1EWRA 2Z1IA 4CESA 3CD6N 4OX9K 1P8ZA 4GVEA 4NB4A 4DFJA 1KD1O 1M1KO 1TV6A 3K5OA 3MCPA 3LP0A 3AVIA 1VSMA 2UYTA 3FLCO 5M1QA 3I0SA 3ZYYX 1NMNA 3LAMA 4BVOA 3VMFB 1NK0A 2E2OA 4K0KK 2ZE2A 4BR5A 1RILA 3L0QA 3PX6A 1QHAA 2AJQA 3ZSZA 3WNEA 2CGJA 2AA4A 3A8YA 4MDBA 3CXCM 1RT1A 4ICLA 4JI6K 4I2PA 1FW6A 3U6FA 3LALA 1NGAA 1KQSM 3D2EB 3FFKB 3DAWA 2HNYA 3GL1A 1QS4A 1ATSA 3ISNC 3ZSXA 3CQXA 5DMRA 5I42A 3R1XA 3WQTA 1Z6RA 1N36K 1XHXA 4N5SA 3FR0A 1VHXA 3HT3A 2C1GA 1KLMA 3VQCA 1VQ7N 4AM7A 1X9SA 3DM2A 1GLFO 3KK2A 1ASUA 4QS7A 4H0OA 4DFPA 1JCGA 2DFHA 1BL3A 3HYFA 3VEWA 4FJJA 4CJLA 1ZYQA 3V9WA 5GAHP 2G8UA 1HKGA 3KD5E 2VQEK 2ZGZA 3HI0A 3QETA 1YVNA 5C2FA 3MCAB 2F8SA 3DJCA 1YI2N 1BHLA 3CYMA 3SMSA 3CJBA 3NGYA 3CI5A 3TAPA 4DTMA 2P9IB 1KLNA 1WNSA 5JS2A 5MLCQ 4AM6A 3Q7CA 3MXMA 5AR0A 3B6PA 4Y0WA 3ZEUB 4DTNA 1HNXK 5M1OA 4BGBA 3ATUA 1HYSA 3NVMA 3RSEB 3VQ8A 4KBOA 4FJMA 5AQRA 1HJRA 1VRTA 1QQNA 4DTUA 5K14A 4CEFA 3SQ1A 2KW4A 3IMXA 3THXA 2GBZA 3I0RA 3ZX2A 5DM7L 5H1SQ 2OANA 2HHSA 4CECA 1XQSC 4I9QA 3MECA 3WT0A 3TAQA 3SUOA 4CJQA 5M1PA 3SI6A 4H5WA 4FJXA 4CE9A 3K57A 4H0XB 1RT2A 1D8YA 2X78A 3HTVA 1BO5O 5JENA 3OYNA 1NBWA 2UUBK 3NMUA 4DR4K 2YHBA 1TYQA 4DFMA 1DTTA 3FZMA 4I7FA 4BE0A 4NLBA 2O8EA 4NXMK 4CZMA 4QOZB 2O8BB 5FPMA 3M8RA 1TUYA 3UE5A 4F4KA 3LDOA 3QEIA 4GV3A 4CZJA 4EIAA 4CF8A 4YOWA 4BRDA 4Q0BA 2V7YA 3C6TA 4O0JA 4BR9A 1FKOA 4CZGA 1C0MA 1NU0A 1JKHA 2VGMA 4CHQA 5C10A 4A5AA 3KLEA 3R3LA 2W6KA 4DQPA 3O08A 1BU6O 4BRCA 3I56N 4E7KA 2IS3A 2P9NB 2WUSA 3DXKB 3L8BA 1YJ9N 2QW9A 1LAVA 2HF4A 4EP5A 4BWMA 3H3OB 3VENA 1J5OA 1S6QA 4BGAA 1DTQA 3ASMA 3PO4A 4R79A 1S1WA 3G0ZA 2HNDA 1E4GT 4W5OA 3SYZA 2YNHA 3MDQA 4LFCK 4XH1A 4DCHA 2X74A 3SQ4A 1KAYA 3WEEA 3NBPA 1JLAA 2UXDK 2BTFA 3AVBA 3MEGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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