1IJJA

The x-ray crystal structure of the complex between rabbit skeletal muscle actin and latrunculin a at 2.85 a resolution
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
370
structure length
363
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Polylysine induces an antiparallel actin dimer that nucleates filament assembly: crystal structure at 3.5-A resolution
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 97
structure length 363
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-04-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1ijjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ijjA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ijjA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1ijjA04
2UYTA 5AZJA 2FSNA 3ZEUB 1X3NA 1R59O 4A62A 5JLFA 4DCHA 4EFHA 1NGEA 4BRPA 2QM1A 1ATRA 4Z94A 2HF4A 2OANA 3MDQA 3M6GA 3A5MC 4FWKA 1HLUA 4Y0WA 4MLEA 5CE3A 5E26A 5LY3A 2E2OA 3H45C 2VWBA 2ASPA 1NGFA 2QXLA 5AQIA 3O80A 3WEEB 2YI1A 3P4IA 3A0IX 4FOIA 4B1WB 4BRDA 4BR2A 1QQMA 5AQNA 1P8ZA 2A5XA 4H0XB 5F0XA 4BROA 1MWKA 3GE1A 4QS7A 3LDNA 2CH5A 2CGJA 5F1XA 5JLHA 3MN9A 4FPAA 1H1VA 3ZEUA 1QQOA 4JN4A 3FE1A 5ELZA 3M3ZA 2A6AA 4XEIA 5LJWA 3U9DA 5BPNA 3CI5A 5BN8A 2BTFA 4BVPA 3WUHA 5FPMA 3L6QA 4K43A 2P9UB 4M7XA 4WQ4C 4FWOA 3DJCA 5FPDA 2I7PA 1ZXOA 2FSKA 2IVNA 5KPRA 3O8MA 3WQTA 1XUPO 3CJAA 5BRHA 4CZEA 2F9TA 3U4LA 3IUCA 4B1UB 4FSVA 3D2EA 3VOVA 5BRFA 3LDPA 4BRHA 3UKRA 5AQQA 1Q18A 3AAPA 3HZ6A 3VF2A 3ULEA 3I8BA 1GLFO 5AQXA 2E1ZA 4RCHA 5AQSA 2P9PB 3M1FA 1BWFO 2GWKA 4YDUC 1LCUA 4I6MA 1T6DA 3C7NA 3DXMB 4BGBA 3WXIA 2ASOA 2P9IA 3AY9A 4JHDB 1MWMA 4H5WA 5BPMA 2ITMA 3R8EA 1NGBA 3ATUA 2P9LB 4LC9B 1WUAA 3O1BA 4BRCA 4H5VA 4IJAA 1Z6RA 4RTFD 3FZFA 1BUPA 1XQSC 3KVGA 3FZMA 2WUSA 3LM2A 1TYQB 3LDLA 5LJVA 3BF3A 5AQHA 3HSCA 1E4GT 3GOIA 3MN7A 3O5BA 5AZJB 1QZ6A 4DB3A 3VENA 1JCFA 4WQ5A 2P9PA 5BN9A 4JAXA 3HBTA 4EAHD 3A5OC 3GL1A 2YHYA 2D1KA 3ID8A 3R9PA 4CZJA 2IVPA 1KAYA 1NM1A 4CBWA 2V7ZA 4JHDA 1GLEG 4BREA 1ZC6A 4KBOA 2P9LA 2D0PA 1JCEA 4FPBA 3KHYA 5AQZA 3D7EO 1SQKA 4BRIA 3SMPA 1HX1A 3AAQA 1TYQA 3C0BA 5EOYA 4BC2A 2GTDA 1X9JA 1QQNA 5AZIA 1NGJA 4QS8A 3IFRA 1BOTO 4CZIA 4MO4A 3ZX3A 3JS6A 4FWPA 2QWLA 3S41A 3MCPA 4NB4A 3G25A 2FSJA 2A3ZA 2QWNA 1G99A 3EZWA 4H0VB 5BRDA 3O6WA 5AQJA 4FWRA 3IDHA 4A2BA 4AM7A 4M7YA 3FZKA 4M63C 5AQRA 3VESA 3BEXA 4F9OA 1YAGA 2QWQA 4BC5A 4MO5A 1NGDA 1NGGA 4J8FA 1ATNA 3D2EB 2GWJA 5EVZA 4A61A 3HI0A 3UKRB 3CJ1A 2VCPA 5F2RA 5KPTA 1GLJO 3ULEB 4IO8A 3BP8A 3WT0A 3QFPA 3MN5A 3VPZA 4E1JA 5BR9A 1EQYA 2FF6A 3O4WA 2ZWHA 4FWMA 3O1WA 3UB5A 4GY2B 5KPZA 3B8AX 3HM8A 4I6MB 3C7NB 1NWKA 1S22A 4BRAA 1NBWA 2Q36A 3BUZB 4CZHA 2P9IB 5AQPA 1IJJA 4FO0A 4A2AA 1HKGA 2DPNA 1V4SA 4H0PA 4DQ8A 1T6CA 4PKIA 3WQUA 4BC3A 3BF1A 1BA1A 3ZX2A 2QWPA 1ATSA 2Q0UA 4ISFA 3CERA 1C0GA 2GUPA 5KQ8A 3SK3A 2P9NA 1T44A 2IIRA 1D4XA 5AQLA 1NMDA 5AQVA 1IG8A 5AQTA 1YVNA 2FXUA 3CETA 3UKUB 2GELA 1QHAA 2YCHA 3GG4A 5FPEA 1GLBG 4BC4A 4H0OA 2HMPA 4H5NA 2E20A 4CD3A 4CZKA 2HOEA 1KAZA 3O08A 1DKGD 2QW9A 5AZIB 3EL2A 1BG3A 3CQXA 3MK6A 1BO5O 3QMLA 1RDWX 1E4FT 4BRGA 2KHOA 2QWRA 1SZ2A 1HKCA 4JD2B 4FWSA 4CZGA 1U2VA 2YJEA 1GLAG 2A42A 3FGUA 1NLVA 3J8AA 2GEMA 3W3DA 1MDUB 1GLDG 1ZBSA 3H6EA 1OKJA 3ENHA 4WQ4A 2NRHA 4FWQA 4BR9A 3FFKB 1K8KB 1TUYA 5AFUH 2A40A 1WOQA 3UKUA 4BR4A 4BQZA 5B8HA 3ZETB 5AQGA 3UE5A 2YHXA 4BR7A 4XH5A 1NGCA 3CIPA 1HUXA 5BREA 1V4TA 1MA9B 1XC3A 3CHWA 3HTVA 4QS9A 5EY4A 4BRFA 3AARA 3OHRA 3CJ9A 5E84A 4H0YB 5AQUA 3VEVA 4BRNA 4FWLA 4BR5A 4CZLA 4CZFA 1Z05A 2P9SB 4YDUA 4B1YB 2QWOA 4JD2A 4XH4A 4H03B 3MN6A 4CZMA 3FZHA 4H5RA 4CJ7A 2W40A 1LOTB 4B1ZA 5EXWA 1K8KA 3W0LA 3CJCA 4K25A 3ZETA 2Q2RA 2Q97A 3A8YA 2CH6A 2EWSA 5AFUA 1BA0A 4PKGA 5KQDA 5AQFA 4O5FA 4B1XB 4DHYA 3LDQA 3EN9A 4BR0A 3VF4A 2E8AA 4IXCA 1S3XA 4BG8A 5BPLA 2PBDA 1CZAN 1NGAA 1TUUA 4BVOA 3SMSA 1KXPA 1Y64A 3VF6A 2IVOA 1HPMA 4BG9A 3QB0A 2P9SA 3DWLA 4EHUA 2V51B 1GLCG 2F9WA 4PL7A 2P9NB 3EKSA 2BUPA 1BDGA 2E1YA 4CD1A 5AQMA 3DXKB 5ADXH 2I7NA 2E2QA 2YHWA 2YJFA 1JCGA 2D0OA 3CQYA 4L3QA 1BU6O 3H46O 4BRLA 3L4IA 2ZGYA 3TPQA 3VGMA 4B1VA 2CGLA 2NZTA 2J4RA 1ESVA 3FR0A 4H5TA 4HWIA 3VEXA 1U6ZA 3LDOA 2FLOA 4XH1A 4WQ5C 4BGAA 3LL3A 1C0FA 2E88A 3GDQA 3ENOA 4EIAA 2Q1NA 4EHTA 1J6ZA 1HKBA 3VGLA 3WEEA 4RWTA 4IJNA 3H1VX 3RSEB 4CBUA 2W41A 3CJBA 1YUWA 4PKHA 3GBTA 1U2VB 4CBXA 4MLHA 2V52B 3DXKA 4B9QA 4K41A 1HJOA 3SLCA 5AR0A 5TKYA 4ISGA 4ISEA 2CGKA 4H0TB 3A5NC 3CJ7A 4BRMA 3D2FB 3JXUA 5ADXA 4BQLA 5EX5A 5AQYA 3ZX0A 1DEJA 1KAXA 2P9KB 2ZF5O 3U9ZA 4BRKA 2NLXA 1NGHA 2E2NA 5AQKA 3SJHA 2AP1A 3FZLA 3WXKA 3R6MA 2FF3B 4CI6A 2P9UA 4FWNA 3QICA 3WXJA 3RSEA 4K42A 2QWMA 3VETA 3QBWA 1QZ5A 1GLLO 3VEZA 3QDKA 4C23A 3QFUA 3F9MA 1NGIA 3VEWA 2H3GX 3VEOA 4IWVA 1SAZA 2HF3A 3H3NO 4AM6A 3D2FA 3KZBA 3IMXA 3ATVA 1DGKN 2ASMA 3FLCO 3QBXA 2A41A 3H1QA 4FL9A 1RFQA 5FPNA 1RGIA 5AQWA 3VERA 5AQOA 2P9KA 4BRQA 5I9EB 2PAVA 3EO3A 2E2PA 3L0QA 3H3OB 2Q0RA 4PL8A 2ZGZA 4GNIA 2AA4A 3DXMA 3WXLA 4O8KA 4HTLA 2V7YA 4NO7A 5JICA 4FOEA 1YXQA 3DAWA 3A5LC 4JNEA 2VYPA 2D4WA 3VEYA 3EKUA 3U8XA 3VGKA 3TU5A 3I33A 2Q31A 4WYBA 1X3MA 3MMVA 4IZ9A 5JMVA 3LM9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QETA 2JGUA 2BDPA 5AJ3K 1R59O 3IS9A 1EETA 4JI1K 3SBTA 1ATRA 1GOAA 2HF4A 1BIZA 3MDQA 1HLUA 5CE3A 5E26A 3SJJA 4CJ4A 3TI0A 4IDKA 1T3VA 1NK0A 4DQIA 5AQIA 3WEEB 2IOCA 4CFDA 1EWRA 3AVFA 3QNNA 4DG1A 1QQMA 3KK3A 2BH1A 1ZBLA 1FJGK 1VQ6N 1H1VA 3NF6A 4JN4A 4CJSA 4WFBL 1KQSM 4RW6A 3ITHA 4CJ3A 4AHVA 4XEIA 1Q82O 5I3UA 4KH5A 3WUHA 1WAJA 4FJ5A 3TANA 4HUEA 2VWKA 2P9UB 1T7PA 1FK9A 4JYAK 4C8MA 1LW0A 3K9KA 3WQTA 5CY4A 3S3MA 1S1XA 1XUPO 5BRHA 1EO1A 5FROA 3KLFA 4JKEA 4M3RA 3D0PA 4JI2K 3QEIA 4DV7K 3KKRA 3VOVA 2HNZA 3LDPA 5BRFA 3UKRA 3CCUN 3AAPA 3HZ6A 3G6EN 2OTJN 2RHKA 4OLAA 2E5LK 3I0RA 2P9PB 2UXBK 1BWFO 4K0KK 1UA1A 3C7NA 3AVJA 3T69A 4AF1A 3OS1A 4LFCK 4JHDB 2ITMA 3CFRA 3DMJA 2P9LB 3KLIA 2A1SA 4RG8A 1WUAA 1QHTA 1TGOA 3LP1A 4KKOA 4IJAA 1BUPA 4Z0UA 1XWLA 3OY9A 4DS5A 2WUSA 4K8ZA 4FXDA 1TYQB 3SCXA 4FLYA 1RT3A 3O9TA 1E4GT 3MN7A 3O5BA 4DB3A 3VENA 2YKMA 1VQON 2G8WA 2QKBA 1QQCA 3HBTA 4EAHD 1I39A 3C95A 4CZJA 5EU7A 1KAYA 1NM1A 2V7ZA 3NH2A 4C1NI 1GOBA 4JI7K 4KH6A 4N5SA 3THYB 4CHQA 1WNSA 4OPJA 3PO5A 3MX5A 1L3UA 5I42A 5HOOA 3AAQA 3R1XA 1C0MA 1X9JA 3OYCA 4FJ7A 1ZBHA 2IAJA 3I55N 2F7TA 4QS8A 3IFRA 4MO4A 4B9TA 4FJ8A 1ASUA 3JS6A 4FWPA 3TAEA 1I94K 1ZBFA 4CJEA 4RW8A 1KSPA 3EZWA 1LV5A 1K73O 4B9LA 4CF9A 3LAMA 4KAZA 4F2SA 1WSEA 4AM7A 4M7YA 4IG0A 3OYGA 4MO5A 2RPIA 1VQ7N 4J8FA 3C6UA 4GV3A 5EVZA 3HI0A 3UKRB 2VQFK 5SZTA 3CJ1A 3C65A 1RDCA 2WOMA 4IO8A 3QFPA 4NYNA 2XY8A 3UIQA 3SPZA 3VQEA 1LWEA 3DLBA 3C7NB 1NWKA 3KD1E 1S22A 5H1SQ 2GX9A 4E7HA 5J2NA 3AVHA 3QO9A 5AQPA 2ZJPL 3PIOL 3SYZA 1IJJA 1D9DA 4U7BA 4H0PA 1XMQK 4YFUA 4C8NA 4QOZB 3HOSA 1XHXA 3HJFA 5HRPA 2QWPA 3E01A 5KRSA 3PX6A 2Q0UA 1VSLA 2NUBA 3CERA 1C0TA 4W5OA 1IBKK 4CFCA 3O4NA 3ZSWA 1FXXA 5KQ8A 3HP6A 1EKEA 3OYMA 4CGFA 4B3MK 5AQLA 1NMDA 1TVRA 3SQ4A 3CETA 2OZSA 4DV4K 2C1IA 2YCHA 1KLMA 2HNDA 4BWMA 1LWCA 4WF9L 3PV8A 5GINA 1DKGD 4KHSA 4CIGA 3IG1A 5GIOA 1BG3A 4JK9A 4JKBA 4B3OA 1HRHA 1SZ2A 3SUQA 4JD2B 4NXNK 3THXA 3ZLJA 2YJEA 1GLAG 3P39A 4DFMA 1KVBA 3J8AA 2GEMA 3BZKA 1NJIO 1NMNA 3VQBA 5LL6Z 4DTUA 4ILJA 3FFKB 1NK5A 3UKUA 1VQ8N 4CJLA 2X74A 1K6YA 4FVUA 3CIPA 4FJLA 3DOLA 4CK2A 1HUXA 4CE9A 4IKFA 3CHWA 4CEOA 3OHRA 3EZ5A 1A5VA 5E84A 2C1GA 3NBPA 4BRNA 4FWLA 4E7KA 4AQYK 3HM9A 1N34K 5CZ1A 1TK5A 1Z05A 3HVRA 2QWOA 5C0YA 4RW7A 1LW2A 3LPUA 3ID6A 2B5JA 4QAGA 5C42A 2KFZA 1KTQA 4GVMA 3NVKA 3ZETA 4Z4HA 3EE9A 1D5AA 2EWSA 5AFUA 4PKGA 4B1XB 4DHYA 1HNZK 4FK2A 4BR0A 2HBKA 4M3ZA 1CZAN 1NGAA 4X65K 3SMSA 3M8RA 4FLWA 3VF6A 1VQ5N 5E41A 3KWIA 3QEWA 4OO1J 2YNGA 5C15A 1IKXA 3DWLA 4EHUA 1U48A 2F9WA 2DFFA 1BHLA 4PL7A 4DR6K 4LF9K 5AQMA 5ADXH 2D0OA 1YHQN 2ZGYA 3TPQA 1HJRA 1KFDA 3RMBA 2CGLA 3HYFA 4E1NA 4H5TA 3OTOK 2FLOA 2YNHA 4Q0BA 1CXQA 3VQ6A 1D9FA 3LDSA 2Q1NA 4EHTA 3VGLA 2QI2A 1XI1A 4F2RA 4CBUA 4CW7B 3L3VA 3DM2A 3GBTA 4KO0A 4CBXA 1J53A 5AR0A 4ISEA 3A5NC 4JK7A 3NAEA 4O4GA 3K59A 5EX5A 5AQYA 2O8FB 3TAGA 3F9KA 3ZX0A 1DEJA 2ZF5O 2P9KB 3U9ZA 4KTQA 1S9EA 1NGHA 4OVLA 4AHTA 3SJHA 2UUBK 4IOXA 3WXKA 4E1MA 4CGGA 3R6MA 1BISA 1VSFA 3P1GA 1JL1A 4K42A 2QEXN 3QBWA 3WXMB 4RW9A 4CHYA 3MEGA 3VQCA 1QE1A 1SAZA 1U49A 1JLCA 4AM6A 1KLNA 2VG6A 2ETJA 1VRUA 3IMXA 1U45A 1DGKN 4BRHA 3H1QA 1RFQA 2O8EA 4CFAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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