1IOCA

Crystal structure of mutant human lysozyme, eaea-i56t
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
AEAKVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGTFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Elongation in a beta-Structure Promotes Amyloid-Like Fibril Formation of Human Lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1iocA00
1LZBA 1H6MA 3CSZA 1GEVA 3EBAB 1JKCA 1CJ7A 1HSXA 2Q0MX 4H9EA 2BQBA 1OP9B 5T3FA 2MEAA 4QGZA 4C5FA 4OWHA 1JJ3A 1HELA 1TDYA 1WVUA 4G4CA 1CKCA 5E4PA 5M1YA 1YKZX 7LYZA 5FEKA 1HFZA 3A8ZA 5F81A 2YBIA 1XGRC 5C6JA 5C6IA 1C45A 1IP1A 2ZNXY 4WL7A 4GCBA 1GF0A 4FJRA 1HEOA 4GCCA 3CT1A 2BAAA 4ETDA 5FHWA 1IP2A 1NF5A 1LMOA 3OK0A 3P4ZA 1KXWA 3D3DA 5KXSA 3WPLA 5LXWA 1FLYA 1LSNA 5APCA 1YANA 3T36A 2HU3A 4WLXA 3RU5A 3WVYA 1XEKA 1INUA 1YKYX 1DPXA 3A3QA 1D0LA 1HEWA 1OUHA 4MSTA 1KXYA 4XENA 193LA 1QUSA 5KXTA 5HMVA 1JSEA 5LYZA 1AZFA 2W1YA 4C3WA 3TXHA 4NY5A 5AMYA 2BQDA 133LA 1BHZA 1GXXA 3LYOA 4N1CC 1GF4A 1JKAA 4YEOA 4CHXA 1GBWA 4DDAA 1FBIX 1AT5A 3N9EA 2MEHA 4IJ4A 3TMWA 2Z18A 4ETCA 2H9JA 5KKJA 4TSBA 1LZAA 1WQRA 1YIKA 1LJKA 3HBHA 2YDGA 1PS5A 1J1OY 4UWVA 1DXJA 2ZQ3A 1D0MA 4GLVA 1LYYA 3WVXA 4H9IA 1VDPA 1LCNA 5KXZA 2C8OA 3A6BY 3W6AA 2LYMA 1LZYA 3B0OA 3EXDA 1KXXA 1LZRA 2EKSC 1OQMA 4XJBA 3SP3A 4OWBA 4A7DA 1HEMA 4GLAA 4H1PA 4LYZA 1WQNA 2MEGA 3IJVA 1LSFA 5DLAA 2BQMA 1NDMC 3M18B 1XGQC 194LA 2XJWA 3P65A 1GFJA 1G7MC 1CKFA 3ZVQB 153LA 1NBYC 4H90A 1GB5A 1GB7A 1NQIA 2I6ZA 4YM8A 4D9ZA 2FYDA 2N5ZA 4NG8A 3TXBA 1REMA 3IWRA 1XGUC 1JIYA 4E3UA 3M3UA 1VDSA 2Z2EA 1LMQA 1LSBA 2BPUA 3RZ4A 1IWWA 1IP3A 1VEDA 5LIOA 4GCEA 4BADA 3TXFA 3K3TA 2FBDA 1LHMA 1LKRA 1WQOA 3LN2A 4UWUA 5D5CA 1WQPA 3WXTA 5KKIA 4GN3A 2A7DA 1IY4A 1CNSA 4LYOA 5F14A 1G7LC 1LMNA 3LYTA 3P68A 4NWHA 1IP4A 3P64A 1NMMA 1GB9A 4ML7A 4NGOA 4XADA 1BWIA 2CJLA 3WPJA 1EL1A 1HF4A 4B49A 5HNCA 5APEA 1JJ1A 1NKHA 1VATA 4NFVA 5L3IA 1LJFA 1UIFA 5DL9A 1GF7A 4WM4A 4H9FA 2DQEY 1IY3A 1IR8A 4M6DA 1XGTC 9LYZA 1UIHA 2DQIY 4DDBA 1OUJA 1ZVHL 3AB6A 4B4JA 1GB3A 1FDLY 3AZ4A 4HJZA 5L3HA 5IHGA 4N0JA 1OUAA 4OW1A 5KXYA 1REYA 1IP6A 1HNLA 3J6KA 3WU9A 1UC0A 3CT5A 1IWTA 1UIEA 1IC4Y 1WVVA 4NHSA 2XBSA 5A3EA 3WYHA 5LVIA 1HC0A 4DDCA 1D9UA 4LYCA 1DKJA 1GFGA 3AYQA 3AGIA 3KAMA 1G7HC 1YL0X 2YBJA 2ZQ4A 5LAFA 4ETAA 5DN5A 1GFUA 1JITA 1WQQA 4GCDA 1CJ8A 3IJUA 1QTEA 2YVBA 4NSJA 1DI3A 3WPKA 1LZ4A 1IWVA 1LZTA 1YILA 1GEZA 1ZVYB 2NWDX 4FDYA 1LZGA 1LJIA 2EIZC 4NHQA 1LZ1A 4P2EA 5LVKA 2LYOA 3CQLA 4MCKA 2H5ZA 1LSMA 5F9XA 3WUMA 4WG7A 1ZMYL 3W6BA 5HLLA 4X3BA 4PGJB 2H9KA 1YQVY 3FE0A 1LZ9A 1IEEA 5LA8A 2DQJY 3AJNA 3ZEKA 2YBNA 1F10A 1HFXA 2D91A 3AGGG 2AUBA 5B1FA 4B0DA 4CFOA 1O23A 4HJVA 1FLWA 4ZEEA 1IVMA 1QDRA 1D6QA 4G9SA 3A3RX 1UIAA 5LYMA 1CKHA 1LZ5A 4LGKA 5KXMA 1A2YC 1JTOL 1H87A 3TMVA 3ATOA 4RDSA 1UICA 2X0AA 3B72A 2MEBA 3A91A 1LJNA 1ZV5L 4BS7A 1LYOA 3MGWA 4IATA 1B7QA 4KL7A 1XFPL 1REZA 1GXV2 3CSRA 1QQYA 4KXIA 4LYBA 4OOTA 2MEEA 4ANRA 4ET9A 5LA5A 2F4AA 4GN5C 5K7OA 2ZYCA 1LMTA 1GPQC 1F6SA 1LSYA 1FKQA 1C46A 2F2NA 5FELA 3EO5A 5E9RA 2MEDA 2BQEA 4TSCA 4WO9A 3TXIA 1OUIA 2A7FA 1GBYA 1GFHA 1V7TA 3QNGA 1GDXA 4AGAA 1SQ2L 3F6ZA 3AW7A 4NGWA 1ALCA 3LZ2A 3HBEX 3A93A 4XJDA 2DQCY 5I4XA 2DQAA 1JTTL 1UIBA 4RLMA 4NHTA 3D9AC 4NSHA 5F9UA 2BLYA 4LT1A 207LA 4LFXA 1XEIA 5EBHA 1GF8A 4YENA 1HEPA 2BQCA 1IOTA 4LZTA 4L41A 5B06A 1HENA 4WM6A 1IWYA 2Z2FA 3RT5X 1LTMA 2BQOA 3J4GA 1LZCA 4DD2A 2CGIA 2RSCA 1GBSA 4NGIA 5LVJA 1NWGA 4NIJA 5DN4A 5LVHA 1BWJA 3CB7A 1TEWA 2HEAA 3CT0A 1GF3A 3P66A 1YAMA 2DKVA 2I26L 1D6PA 1LJEA 1JWRA 2LZ2A 4PHIA 1JJ0A 3WH1A 1BB7A 1EQ4A 1LZEA 1GBXA 1BGIA 1RCMA 1VDQA 3TXKA 1LZ8A 2CWIA 4Z3MA 2ZYPA 1GE2A 3LYMA 4ETEA 1BB6A 4NGZA 1QTKA 2C8PA 1JKDA 1FLUA 1GFKA 1N4FA 1RFPA 4B4EA 2HEDA 3G3BB 2BQLA 1OUDA 4N9RA 1LJHA 4TTDA 1REXA 1DQJC 1LMAA 4W96A 4XYYA 1YAPA 2LYZA 4NHPA 1RI8B 4QEQA 4BAPA 1XSFA 1MELL 2YBHA 3A6CY 3N9CA 1C08C 4Z46A 5F16A 4KT3A 1CJ9A 1LSPA 1QIOA 1WTNA 4XJIA 1LJ3A 1GB6A 1B5ZA 1CKGA 1LZDA 1B7MA 2W1XA 3RNXA 4EOFA 5B59A 1IO5A 1B2KA 1YKXX 2D6BA 4YOPA 1IR7A 4N1EI 3W6EA 2BQKA 1UUZC 4WMGA 3WUNA 1BB3A 2ZIKA 1JEFA 4Z98A 5D5FA 4OWAA 1LAAA 5FDJA 1JHLA 1GF5A 208LA 2XBRA 3WULA 5I53A 4DC4A 5KJ9A 5L9JA 2DQDY 3GXRA 4XJFA 5ILFA 3CSQA 4XJHA 1A4VA 1QDTA 4YEMA 1HMLA 1NHEA 2BQNA 2WARA 4LFPA 1B0DA 4WM5A 1DI5A 2LZTA 2Y8PA 5KXXA 6LYZA 1GFTA 3W6CA 2G4PA 1B5UA 4M4OA 4WG1A 1LKSA 3WW5A 1B7RA 4G4BA 4EMNA 1I20A 3HBDA 4W94A 1SLYA 1IWXA 4KPMA 3AZ6A 1DKKA 3WMKA 1GAYA 4DWXA 1HEQA 3AZ7A 4LYMA 4WO6A 1GB2A 2F4GA 1OUCA 1VAUA 2W1MA 2YBMA 2PC2A 4J1BA 4QY9A 3ATNA 4HJYA 2MECA 1GBZA 4I0CA 4LYTA 5J7CA 2Z38A 1GFVA 4RW2A 4N8ZA 5B07A 4DD3A 3BKHA 5LINA 1DPWA 2HTXA 1LMPA 2YBLA 3OJPA 1JSFA 134LA 1F0WA 1LSDA 4H9BA 1DZBX 1RE2A 1UIGA 4ZFPA 4DT3A 5APFA 2BQGA 1LSGA 3W3EA 3TXJA 4LT2A 1LHHA 4H92A 5LVGA 1FKVA 4AXTA 1G7JC 2DQHY 3AW6A 1VDTA 1LZ6A 1KIQC 1IR9A 3E3DA 8LYZA 2LHMA 1VFBC 1UCOA 3WU7A 1C7PA 1JPOA 1IOQA 1LYZA 1IP5A 1LOZA 1NBZC 3A95A 5LAGA 4ZIXA 5B05A 1C10A 2I25L 5I4WA 3A96A 2Z39A 4H8YA 2VB1A 4NGYA 2ZIJA 4H94A 4N5RA 2DQGY 3GXKA 2IFFY 4GN4A 2HEBA 4PRQA 2HUBA 2YSSC 3W6DA 1OUBA 1OUEA 1IORA 4NWEA 5LYTA 1IWUA 4NGVA 4WM2A 4WLDA 4TX7A 1CJ6A 1F6RA 4HPEA 4NGJA 1UBZA 4HPIA 3A90A 1LJ4A 4MR1A 1LSZA 1AM7A 5KXRA 1GFEA 4QDNA 1YROA 3B0KA 4BAFA 2XTHA 5KXNA 1GB0A 4ETBA 1LJJA 1J1PY 4NSIA 2G4NA 5I5QA 1LZSA 4WM1A 1I56A 3TXEA 2W1LA 4NGLA 154LA 3N9AA 1B5VA 4RW1A 1LHJA 1B7LA 1OUFA 2Z37A 4NG1A 5IELA 1GDWA 1BVXA 2EPEA 1GF6A 2HEEA 2F30A 1WTMA 1DI4A 3LYZA 3WU8A 5KXKA 1LYSA 2IHLA 2MEFA 4Z41A 1GE3A 1Z55A 4G49A 4LT3A 1B5XA 5I4YA 1TAYA 5JENB 4ET8A 1UIDA 1GHLA 2DBTA 5HMJA 3QY4A 4HSFA 1LPIA 4IASA 4R0FA 4WLTA 4J1AA 4PRUA 1IOCA 1BB5A 1IWZA 1PZYA 4CFPA 4NEBA 1J1XY 1EQ5A 3WXUA 1YL1X 1NDGC 3ZVQA 1B7NA 1P2CC 1FLQA 4DD7A 4U3XB 1I1ZA 4H8XA 1GE4A 1B5WA 1G7IC 4DD0A 1KIRC 4G4HA 1B7OA 1GE0A 1LHIA 1GD6A 1OUGA 3A92A 1GWDA 1QSAA 5II3A 1LHLA 5I54A 1LJGA 3A67Y 4OOOA 1AKIA 1XEJA 3HFMY 1UA6Y 1W6ZA 3LZTA 1BWHA 3WW6A 2GV0A 4HTNA 2HECA 5KXOA 1C43A 5B1GA 1T3PA 1LHKA 3TXDA 5KXPA 2ZILA 1B7PA 1B7SA 1WQMA 1KIPC 3TXGA 3LHMA 3VWOA 1UACY 4PPOA 3W6FA 1JTPL 2Z19A 4WL6A 1V7SA 1LMCA 4B1AA 4J0LA 1LSCA 3TMXA 5A3ZA 1BVKC 1T6VL 4NSGA 1LZNA 2DQFC 1LSEA 4H8ZA 4OWEA 2B5ZA 4UWNA 3WUAA 4HP0A 1B9OA 2BQHA 2D4IA 2EQLA 4OWCA 1JUGA 5FSTA 2MEIA 4DD9A 6LYTA 2BQJA 4WLYA 1IOSA 1CKDA 1E8LA 1RJCB 4II8A 1LSAA 5DM9A 2D4KA 1GB8A 1BQLY 4H93A 4CJ2A 1TCYA 4HV2A 4O34A 5HNLA 1IC7Y 1AT6A 1HSWA 4WOAA 1QUTA 5KY1A 5KXWA 1B5YA 3G3AB 4RLNA 2HEFA 3A94A 1EQEA 1FN5A 1MLCE 3AZ5A 4NHIA 3B6LA 5IDDA 2ZNWY 4XJGA 1QSWA 2ZWBA 3T6UA 5C6LA 2CDSA 5APDA 4GCFA 3RW8A 5HQ1A 2BQFA 1JISA 4R6CA 4TWSA 1BB4A 1TBYA 1YAOA 1GFRA 4J7VA 3WL2A 1IIZA 5KXLA 3B0IA 3A34A 1HERA 1GBOA 1D0KA 4YF2A 1IX0A 2FBBA 4B4IA 3EMSA 1HHLA 1GAZA 1GF9A 1HFYA 2D4JA 4LT0A 1HMKA 4HTKA 5ILCA 1JKBA 3BKVA 1IC5Y 4I8SA 4WM3A 2Z12A 1W08A 4XN6A 1IP7A 1GFAA 4TUNA 4H9AA 3ULRA 1XGPC 4CGEA 2HU1A 1YAQA 4HTQA 2BQIA 4DD1A 3FI7A 4H91A 1GE1A 135LA 5FCPA 2FYCA 4HV1A 132LA 2BQAA 2G4QA 4PJ2C 3TMUA 4NGKA 2BLXA 4H9HA 4DYGA 3QE8A 4H9CA 3AGHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZBA 3CSZA 1CV4A 4H9EA 1C6DA 5T3FA 4OWHA 1HELA 4E97A 5M1YA 1XGRC 223LA 2Z6BA 1L45A 1OVJA 3HUAA 2BAAA 2IGCA 3GULA 1NF5A 3OK0A 3CDOA 1YANA 1L41A 2HU3A 4LDEA 4WLXA 1XEKA 1LLHA 3RU5A 4EKQA 1QT4A 3A3QA 1D0LA 1KXYA 5KXTA 5LYZA 1ZURA 1D2WA 1CUQA 4NY5A 5AMYA 1BHZA 1CTWA 1JKAA 4W55A 1L83A 1L61A 259LA 2B75A 4TSBA 3HBHA 210LA 2YDGA 1G06A 1DXJA 1D0MA 4GLVA 233LA 1VDPA 2C8OA 3A6BY 2LYMA 1LZYA 1L81A 126LA 3FA0A 1OQMA 222LA 4A7DA 5LZMA 4LYZA 1WQNA 2MEGA 2XJWA 1GFJA 1QSBA 1NBYC 4H90A 1GB7A 1NQIA 1TLAA 4D9ZA 171LA 4E3UA 3QAKA 1IP3A 1WQOA 1WQPA 4GN3A 1IY4A 5F14A 1LMNA 3C7WA 154LA 3HU9A 2CJLA 1C6HA 242LA 5HNCA 5DL9A 1GF7A 3GUNA 4WM4A 4M6DA 185LA 1L05A 1UIHA 2DQIY 4B4JA 4PK0A 3AZ4A 4HJZA 5IHGA 4N0JA 1L63A 4W54A 3J6KA 1IWTA 1L25A 4NHSA 3WYHA 5LVIA 4LYCA 3AYQA 4ARMA 1YL0X 1JITA 1WQQA 4DJHA 2YVBA 2OU0X 1LZ4A 1IWVA 4FDYA 1GEZA 3W6BA 151LA 1YQVY 1L73A 1LZ9A 1L58A 3ZEKA 3AJNA 1F10A 2AUBA 1QUHA 1FLWA 1IVMA 1QDRA 4G9SA 1UIAA 4LGKA 1A2YC 1H87A 1UICA 3CDRA 109LA 1P7SA 1L23A 1B7QA 1QTBA 1REZA 1GXV2 3CSRA 1QQYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LZB A;  1H6M A;  3CSZ A;  1GEV A;  3EBA B;  1JKC A;  1CJ7 A;  1HSX A;  2Q0M X;  4H9E A;  2BQB A;  1OP9 B;  5T3F A;  2MEA A;  4QGZ A;  4C5F A;  4OWH A;  1JJ3 A;  1HEL A;  1TDY A;  1WVU A;  4G4C A;  1CKC A;  5E4P A;  5M1Y A;  1YKZ X;  7LYZ A;  5FEK A;  1HFZ A;  3A8Z A;  5F81 A;  2YBI A;  1XGR C;  5C6J A;  5C6I A;  1C45 A;  1IP1 A;  2ZNX Y;  4WL7 A;  4GCB A;  1GF0 A;  4FJR A;  1HEO A;  4GCC A;  3CT1 A;  2BAA A;  4ETD A;  5FHW A;  1IP2 A;  1NF5 A;  1LMO A;  3OK0 A;  3P4Z A;  1KXW A;  3D3D A;  5KXS A;  3WPL A;  5LXW A;  1FLY A;  1LSN A;  5APC A;  1YAN A;  3T36 A;  2HU3 A;  4WLX A;  3RU5 A;  3WVY A;  1XEK A;  1INU A;  1YKY X;  1DPX A;  3A3Q A;  1D0L A;  1HEW A;  1OUH A;  4MST A;  1KXY A;  4XEN A;  193L A;  1QUS A;  5KXT A;  5HMV A;  1JSE A;  5LYZ A;  1AZF A;  2W1Y A;  4C3W A;  3TXH A;  4NY5 A;  5AMY A;  2BQD A;  133L A;  1BHZ A;  1GXX A;  3LYO A;  4N1C C;  1GF4 A;  1JKA A;  4YEO A;  4CHX A;  1GBW A;  4DDA A;  1FBI X;  1AT5 A;  3N9E A;  2MEH A;  4IJ4 A;  3TMW A;  2Z18 A;  4ETC A;  2H9J A;  5KKJ A; 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 4WL6 A;  1V7S A;  1LMC A;  4B1A A;  4J0L A;  1LSC A;  3TMX A;  5A3Z A;  1BVK C;  1T6V L;  4NSG A;  1LZN A;  2DQF C;  1LSE A;  4H8Z A;  4OWE A;  2B5Z A;  4UWN A;  3WUA A;  4HP0 A;  1B9O A;  2BQH A;  2D4I A;  2EQL A;  4OWC A;  1JUG A;  5FST A;  2MEI A;  4DD9 A;  6LYT A;  2BQJ A;  4WLY A;  1IOS A;  1CKD A;  1E8L A;  1RJC B;  4II8 A;  1LSA A;  5DM9 A;  2D4K A;  1GB8 A;  1BQL Y;  4H93 A;  4CJ2 A;  1TCY A;  4HV2 A;  4O34 A;  5HNL A;  1IC7 Y;  1AT6 A;  1HSW A;  4WOA A;  1QUT A;  5KY1 A;  5KXW A;  1B5Y A;  3G3A B;  4RLN A;  2HEF A;  3A94 A;  1EQE A;  1FN5 A;  1MLC E;  3AZ5 A;  4NHI A;  3B6L A;  5IDD A;  2ZNW Y;  4XJG A;  1QSW A;  2ZWB A;  3T6U A;  5C6L A;  2CDS A;  5APD A;  4GCF A;  3RW8 A;  5HQ1 A;  2BQF A;  1JIS A;  4R6C A;  4TWS A;  1BB4 A;  1TBY A;  1YAO A;  1GFR A;  4J7V A;  3WL2 A;  1IIZ A;  5KXL A;  3B0I A;  3A34 A;  1HER A;  1GBO A;  1D0K A;  4YF2 A;  1IX0 A;  2FBB A;  4B4I A;  3EMS A;  1HHL A;  1GAZ A;  1GF9 A;  1HFY A;  2D4J A;  4LT0 A;  1HMK A;  4HTK A;  5ILC A;  1JKB A;  3BKV A;  1IC5 Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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