1IVPA

The crystallographic structure of the protease from human immunodeficiency virus type 2 with two synthetic peptidic transition state analog inhibitors
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
publication title The crystallographic structure of the protease from human immunodeficiency virus type 2 with two synthetic peptidic transition state analog inhibitors.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1993-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ivpA00
2ZHUA 5KR8A 1FQ4A 3D1XA 1C6YA 4RYGA 5P3JA 3O99A 4OBKA 5P4SA 1T7JA 4LP9A 4XX3A 3PHVA 5P8IA 4YDGA 3S2OA 1D4JA 3IXJA 2QNPA 1Z8CA 4Y5CA 3FX5A 4X7IA 3NSHA 5P63A 3NLSA 5KR0A 3MXEA 4QJ2A 2WL0A 3EKYA 4Y4JA 4Y5AA 2AVVA 5P5YA 2XFIA 5P22A 1SDVA 4FL8A 3S7LA 3VV8A 5P2VA 1DPJA 2QI4A 4FM8A 3ZKQA 1ZSFA 3HBOA 3K4VC 1LYWB 4Y4XA 2Q63A 2QNQA 5P8PA 4Y5PA 1GVXA 1W5YA 5P4UA 4RRSA 2JJJA 3NUOA 4FRIA 4YBIA 3IA9A 5APRE 5P6UA 3IN3A 4LXAA 4U7VA 5P6MA 4B70A 1FKNA 4Q5MA 5P3UA 3LIZA 4EP2A 2P83A 2AVOA 5OZLA 3D3TA 5P48A 5P4OA 3F9QA 5P3ZA 4DQHA 4CPTA 4DJWA 3D91A 4A4QA 5P7QA 1HEFE 3CIDA 4FCOA 5P6RA 3KMXA 4MC6A 5OZXA 5P2AA 4I0EA 3O9LB 3UDHA 5I70A 5P3BA 3FNUA 5DR0A 1ZBGA 3BVBA 4YOAA 1IVPA 4YE3A 4F75A 1CMSA 1HPVA 2ZYEA 3HAWA 3S54A 3GGUA 2OHUA 5OZZA 4CPRA 4Z2ZA 3B7VA 4RCFA 3ZKSA 1BDQA 5P2GA 1BDRA 3UFLA 4EJ8A 5P1IA 3T6IA 5P39A 5OZ7A 3MSKA 1PFZA 5P4VA 3OTYA 5P81A 3SQFA 3U7SA 2PWCA 4TRWA 3IVHA 5P7EA 3NXEA 5P8AA 3HVGA 3L5DA 1E81E 1FLHA 1APTE 2VIEA 5HVPA 5P4GA 2APRA 3OU4B 1FG6C 4DVFA 1OHRA 2I0DA 5P55A 5P5GA 4GJCA 4Y3DA 5OZFA 2F8GA 4QLHA 3DUYA 4PHVA 1IZDA 5SY3A 1SP5A 4S1GA 3K5GA 5P1ZA 1NH0A 1TW7A 3OUAA 3PI5A 5COKA 2FS4A 4HDBA 3EM6A 2WF2A 3PCZA 4R5NA 5P5LA 4PZXA 4GJDA 1EC0A 4NPTA 3U6AA 1HWRA 3PRSA 3WZ6A 2ZDZA 4H3GA 1FB7A 3O9BA 3KYRA 5P1FA 4Y39A 5P7GA 5P0TA 3PWMA 5DQ2A 4DV9A 2OHLA 4DJQA 2HPFA 1LF3A 5P86A 5AH9A 4RCEA 4Y4EA 1YTIA 5OYWA 4J55A 4YCTA 4GJAA 2QD6A 5ISKA 4DQEA 1TCWA 3HVPA 2NNKA 5OZKA 1SBGA 3KA2A 3Q5HA 5DQ5A 5E5JA 3LZYA 1T6EX 3OU1B 5P06A 5P29A 5P3SA 3TPRA 2V16C 1BBSA 4Y4ZA 4FRKA 5P1UA 2QZLA 2ZJKA 5P3FA 2OHNA 2I4QA 4YBFA 1YM2A 5P15A 3BRAA 4RRNA 4IVTA 1OD1A 4Y58A 3ZLQA 5P2MA 1FGCC 3LNKA 4I0ZA 2ER9E 1AJXA 4PEPA 4Y41A 4ACXA 5P1EA 1MRXA 1E5OE 4I8ZA 3EM4A 3KT5A 5P0LA 3OADA 4Y3HA 2OHQA 1QBUA 3BUGA 5P7LA 5PEPA 5P1YA 1D4SA 4Y3QA 3KMYA 4MC2A 5P0GA 5EZZA 2AOEA 1HVLA 5DR1A 4DJXA 2PSVA 1GVUA 5OYZA 2IS0A 4K8SA 2WF3A 5P5FA 3MXDA 3HZCA 5P17A 1D4IA 3EM3A 4CMSA 4BFDA 1EPQE 1XDHA 5P7YA 3K4VA 5OZYA 1HPXA 3EL0A 5OZ5A 5P49A 5P2RA 1G35A 2BPXA 1IBQA 4DFGA 5P4XA 1VIKA 4JPEA 4OC6A 4RVIA 2P3BA 2XFJA 4CP7A 2P8HA 1HOSA 5P1CA 3PWWA 5P5TA 5OYRA 4Y44A 4LBTA 1SH9A 5P8FA 4DJPA 5JFPA 5DQCA 3O9IA 5P6BA 2AZ9A 2QHZA 4IVSA 3GI0A 4TVHA 2AZCA 4B0QA 1EAGA 1HHPA 5P1SA 4Z4XA 5P0NA 3SACA 4DI2A 2PSGA 2VA7A 5J25A 1W50A 5P0ZA 2ZJNA 5OZ8A 5P3MA 2G94A 5P25A 3LHGA 5P2FA 1HIVA 1ZP8A 2I4XA 4BELA 4L7JA 3SM2A 3OQDA 4WTUA 5P4IA 3KT2A 4CPSA 4CPQA 1MTBA 2QAKA 3D20A 2ZJMA 5CLMA 3SA5A 1PSNA 1K6VA 5P87A 4R95A 4B1DA 5P84A 3KN0A 2FXDA 5P4QA 1GKTA 4TRZA 4DQFA 2BPZA 2WF4A 3EL9A 3S85A 5P24A 3DOXA 5P7HA 5P4LA 5P6IA 1B6JA 5P1DA 4WY6A 4Y3XA 2WJOA 3PGIA 2ZHTA 2FDPA 4I0DA 3OTSA 4YCKA 4NJUA 5DGUA 4J0YA 1BV7A 2ZHRA 4ER4E 5CONA 2AVMA 2QMGA 1B6KA 5P38A 4DPFA 3U71A 5P26A 2QI6A 1HXWA 3UQXA 1MIQA 1K6PA 5P01A 5F01A 4HEGA 3RTHA 3IXOA 4Y3LA 4PPHA 4EXHA 2P3CA 3QIHA 2FDEA 1HVIA 3OGQA 3OUDB 4I11A 2VA5A 3LZSA 1FG8C 1T7KA 2G1SA 1HBVA 2NNPA 4JP9A 5P8GA 5P40A 1SDUA 5KAOA 3UDRA 3O9FA 5P61A 1N49A 3KDCA 4H3FA 5HDUA 3ZOVA 5P19A 5P6PA 4Y3AA 2HB3A 3EMYA 2BPWA 3SM1A 1APVE 5P1KA 4J1EA 3URIA 2IENA 4FLGA 5P7AA 3UCBA 1F34A 3QRMA 4L1AB 1XN3A 4HLAA 4HVPA 2FMBA 5FIVA 3KFRA 5P56A 3OXXA 5P35A 3EBZA 1TCXA 3I25A 3EL4A 2J9JB 3R0YA 3URJA 5OZJA 4DJRA 1G0VA 1LZQA 5P77A 5SXNA 4Z50A 5P5MA 1UH8A 2I4DA 5P8HA 5ER2E 3TPLA 5P8OA 1D4YA 4COEA 3EXOA 1BVEA 3M9FA 1BXOA 5P27A 5P7CA 5P0FA 1EBKC 5AHCA 3A2OA 1A30A 1DAZC 5P89A 1FF0C 1M43A 3QN8A 3WB5A 5OZPA 3PSGA 3PJ6A 4YA8A 5P4JA 3URLA 3NUJA 1M0BA 2AOCA 4TRYA 5P74A 3SPKA 4DQCA 3PLLA 2A1EA 1YTHA 3OUBA 4PYVA 5P4KA 4Z22A 1QBSA 4EPJA 3PM4A 4LHHA 3NYGA 3SA9A 3GW5A 3OHHA 3LZVA 2QD7A 2B42A 2G26A 1W5XA 4Y36A 5P50A 2ZJLA 3ZKGA 3GGVA 3S53A 3IAWA 3JVWA 4Y4AA 5ER1E 5AHAA 1DW6C 1AJVA 1HVRA 5P1WA 3PB5A 5P8UA 2H6TA 5P2YA 2OHTA 4Q1XA 3EKVA 4JOOA 2BB9A 3ZL7A 3UDNA 3QP0A 3CKTA 1DMPA 1FMUA 1KJ7A 5P47A 5P04A 4Y3WA 3L59A 2PC0A 3RSXA 3RU1A 1W5WA 1ZSRA 5HDVA 3UDJA 3R0WA 5P0VA 3T11A 1GNNA 2B60A 3MSJA 1EBZA 1E80E 5HTZA 1BWAA 3WB4A 1G6LA 2G20A 4RCDA 2G1OA 1HSGA 1NPAA 2Z54A 2P3AA 5P16A 5P0IA 4B00A 4DJYA 5E5KA 5P4TA 5HCOA 1DIFA 5UPJA 4U7QA 4AZYA 3PEPA 1W6HA 3FNTA 3I2LA 2UPJA 1APWE 5P0XA 2AIDA 5KQFA 1BVGA 2VNMA 5OZ1A 2VJ9A 3VYFA 4AUCA 5P6GA 5P7ZA 3VCMA 2QI7A 5DR7A 5SY2A 3APPA 5IE1A 3H0BA 3NU3A 5P5SA 3SAAA 2BKTA 4Y3JA 1EC1A 1EPPE 1K6TA 2P3DA 5P3DA 1U8GA 2HM1A 5P0WA 5P0YA 5P8BA 3PWRA 5P0KA 5OZHA 5P7RA 1HVJA 2O40A 4Y53A 3K5FA 3ZKNA 4N00A 3S56A 2R38A 3HDKA 6UPJA 2PK6A 4R8YA 5P78A 2V12C 2NXMA 5P83A 2CEJA 3SO9A 5KQXA 2R5QA 5P6CA 5AH7A 5P4RA 5P1LA 5P3RA 2BJUA 2I4WA 2O4KA 3ZPTA 3UQWA 3Q3TA 2B8LA 3H5BA 1ZPAA 4YD6A 4Y3SA 4QJ9A 5P4WA 5OZEA 5P3KA 5P08A 1MUIA 4OD9B 3PMYA 1LEEA 3GGXA 3TL9A 2PQZA 4F73A 3UDYA 5P14A 1DP5A 1QBRA 4YHQA 2AOFA 3FKTA 5P2ZA 3NDTA 3Q6YA 3RVIA 4FAEA 4H3IA 1QBTA 3L5CA 5C9DA 3Q4BA 5P75A 3ZKMA 5AH8A 4Y5MA 3BC4A 3O9GA 4B72A 4LAPA 3OU3A 4HDPA 2QI1A 1PPKE 2Q54A 5TOLA 1YTGA 4DQGA 1EBYA 5P0QA 4D85A 5P4MA 3TOGA 1LYAB 4ZSQA 5P5KA 1TZSA 4NKKA 5BRYA 3MSLA 2AZ8A 4DJOA 1LV1A 5P7KA 5P1XA 4FIVA 5I3VA 4F74A 2A4FA 5P8QA 5OZAA 3EKWA 1J71A 2NMZA 3VLAA 2I0AA 4LC7A 4AA9A 2PMAA 4OBZB 1E82E 4Y48A 2JJIA 1AM5A 3QBHA 4FGXA 3PI0A 5P3NA 4FM7A 5P4DA 3UDQA 1ER8E 1MT8A 5P0DA 1RQ9A 1RV7A 5P82A 4DH6A 5KR2A 2HC0A 4ZPGA 4XX4A 5P43A 1LS5A 1RPIA 4FS4A 1M4HA 1MVPA 2ZHSA 4J1KA 5P18A 2FIVA 2G27A 1HTFA 3KDDA 5P09A 5P6FA 5OZVA 2Q11A 2VJ6A 2BPYA 3OXWA 4I0GA 4L6BA 4Y3NA 4OBHA 4EP3A 4EHCA 5P4NA 2PYNA 1FQ5A 4Y4TA 4K4PA 3ZPSA 3O9DA 1IDAA 2AQUA 4ER1E 1A8GA 4OBDA 4EQ0A 3UF3A 1AAQA 1QRPE 1W5VA 4YD4A 1PSAA 4DPIA 5P1OA 3LIQA 5P3HA 5P4BA 2WF1A 3L58A 5KR1A 5P8NA 2Z4OA 2OF0A 2G22A 5P5ZA 4GJ8A 3DJKA 4YDFA 3NDWA 5P79A 3S45A 1PSOE 5P28A 5SZ9A 2NXLA 5HE7A 5P6VA 2QP8A 1D4HA 4RROA 3NDUA 5P8VA 4AMTA 1PPLE 1FFFC 3JW2A 4ZEAA 1SMRA 1ODXA 3GI4A 1MSNA 3UQPA 1W6IA 3TOHA 4CKUA 1KJ4A 3G6ZA 1FMBA 3OAGA 5P1PA 2SAMA 2QK5A 5EZXA 2OHRA 4J1FA 1B5FA 9HVPA 3SLZA 5OZCA 2HPEA 1UH9A 5P6LA 3INEA 4QJ7A 3IN4A 1MPPA 5P2KA 1IIQA 5HE4A 4KUPA 3QPJA 4Y4DA 3EC0A 3LPIA 5P70A 4ZLSA 1TSUA 4Y45A 3VF5A 5HDXA 3PBZA 3OUDA 3LZUA 2O4PA 3VV7A 4K4RA 2IEOA 3UPJA 5P6ZA 5P44A 4Q1NA 5P03A 5B18A 3TLHA 4JECA 4X2LA 3NU4A 5P4PA 2IKOA 2O4LA 4GIDA 5P5QA 5P4YA 3PSYA 5OZGA 5P64A 5DQ1A 1YTJA 2XYEA 3QBFA 4EXGA 4I0IA 2NPHA 1OEWA 2B7FA 5P00A 2CENA 1OEXA 1GVVA 4HZTA 4QJ6A 2XYFA 5OZOA 1UH7A 4YD3A 5DR8A 5P13A 5P59A 5HU0A 5HCTA 5DGWA 5P1JA 3LITA 5P41A 4NPUA 3OQAA 4J1HA 5P5WA 4FM6A 3NU9A 2HAHA 2QCIA 4DUSA 1MT9A 3DK1A 3VFBA 4FAFA 1CPIA 4J0PA 2OHMA 3GI6A 1MRWA 4BEKA 4RYCA 3LINA 4Y5NA 3K1WA 5P71A 1Q9PA 2MIPA 3DV5A 2AOIA 5P6NA 1PROA 4EJLA 1BDLA 4Y5BA 4Y56A 4AA8A 2NMYA 2PH8A 5P1RA 3MWSA 2ZGAA 3KM4A 5IVQA 5OYYA 5IVRA 2G21A 5P7WA 5P52A 1APUE 1C6ZA 2OHSA 3HW1A 3AUPA 4B1CA 5OZQA 3SA7A 3OHFA 4GZFA 2PWRA 2QMPA 1YG9A 3FIVA 1HSIA 4ZSRA 1FMXA 8HVPA 4M8YA 3T3CA 5P6HA 5P2WA 5AH6A 4OBJA 3S43B 3HAUA 3OADB 3ZMGA 4F76A 4B77A 5P2XA 4GJ9A 2AODA 1BXQA 2RENA 3R2FA 3UQRA 7UPJA 4MC1A 1EC3A 3OOTA 2I1AA 1LYWA 3AIDA 1LYBB 3IVIA 1WKRA 5OZWA 4ZPFA 3BUHA 2G69A 3VLBA 2NXDA 2R3TA 4I10A 3VF7A 2QZKA 5OZ2A 5P7IA 4RVXA 4D83A 2AOHA 5OZSA 3EKQA 4L7GA 2FNSA 2HS1A 3NDXA 4J1CA 5P7JA 5P2OA 4Y5LA 5ENKA 5P53A 5JODA 3FV3A 1D4LA 5T4SA 2RMPA 5P58A 5IS4A 5P54A 1RNEA 1YT9A 5P7BA 4HA5A 5BS4A 5P2EA 4OC6B 5P5JA 5P0OA 2P3BB 5P88A 1HPSA 3ZPUA 5P6SA 5P1MA 4Y37A 1BILA 5P6JA 3UQUA 1IDBA 5P0UA 3O9LA 5P0PA 2WF0A 5P7OA 1WBKA 3VYEA 3T7QA 5P3XA 5P6YA 4Y3ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZHU A;  5KR8 A;  1FQ4 A;  3D1X A;  1C6Y A;  4RYG A;  5P3J A;  3O99 A;  4OBK A;  5P4S A;  1T7J A;  4LP9 A;  4XX3 A;  3PHV A;  5P8I A;  4YDG A;  3S2O A;  1D4J A;  3IXJ A;  2QNP A;  1Z8C A;  4Y5C A;  3FX5 A;  4X7I A;  3NSH A;  5P63 A;  3NLS A;  5KR0 A;  3MXE A;  4QJ2 A;  2WL0 A;  3EKY A;  4Y4J A;  4Y5A A;  2AVV A;  5P5Y A;  2XFI A;  5P22 A;  1SDV A;  4FL8 A;  3S7L A;  3VV8 A;  5P2V A;  1DPJ A;  2QI4 A;  4FM8 A;  3ZKQ A;  1ZSF A;  3HBO A;  3K4V C;  1LYW B;  4Y4X A;  2Q63 A;  2QNQ A;  5P8P A;  4Y5P A;  1GVX A;  1W5Y A;  5P4U A;  4RRS A;  2JJJ A;  3NUO A;  4FRI A;  4YBI A;  3IA9 A;  5APR E;  5P6U A;  3IN3 A;  4LXA A;  4U7V A;  5P6M A;  4B70 A;  1FKN A;  4Q5M A;  5P3U A;  3LIZ A;  4EP2 A;  2P83 A;  2AVO A;  5OZL A;  3D3T A;  5P48 A;  5P4O A;  3F9Q A;  5P3Z A;  4DQH A;  4CPT A;  4DJW A;  3D91 A;  4A4Q A;  5P7Q A;  1HEF E;  3CID A;  4FCO A;  5P6R A;  3KMX A;  4MC6 A;  5OZX A;  5P2A A;  4I0E A;  3O9L B;  3UDH A;  5I70 A;  5P3B A;  3FNU A;  5DR0 A;  1ZBG A;  3BVB A;  4YOA A;  1IVP A;  4YE3 A;  4F75 A;  1CMS A;  1HPV A;  2ZYE A;  3HAW A;  3S54 A;  3GGU A;  2OHU A;  5OZZ A;  4CPR A;  4Z2Z A;  3B7V A;  4RCF A;  3ZKS A;  1BDQ A;  5P2G A;  1BDR A;  3UFL A;  4EJ8 A;  5P1I A;  3T6I A;  5P39 A;  5OZ7 A;  3MSK A;  1PFZ A;  5P4V A;  3OTY A;  5P81 A;  3SQF A;  3U7S A;  2PWC A;  4TRW A;  3IVH A;  5P7E A;  3NXE A;  5P8A A;  3HVG A;  3L5D A;  1E81 E;  1FLH A;  1APT E;  2VIE A;  5HVP A;  5P4G A;  2APR A;  3OU4 B;  1FG6 C;  4DVF A;  1OHR A;  2I0D A;  5P55 A;  5P5G A;  4GJC A;  4Y3D A;  5OZF A;  2F8G A;  4QLH A;  3DUY A;  4PHV A;  1IZD A;  5SY3 A;  1SP5 A;  4S1G A;  3K5G A;  5P1Z A;  1NH0 A;  1TW7 A;  3OUA A;  3PI5 A;  5COK A;  2FS4 A;  4HDB A;  3EM6 A;  2WF2 A;  3PCZ A;  4R5N A;  5P5L A;  4PZX A;  4GJD A;  1EC0 A;  4NPT A;  3U6A A;  1HWR A;  3PRS A;  3WZ6 A;  2ZDZ A;  4H3G A;  1FB7 A;  3O9B A;  3KYR A;  5P1F A;  4Y39 A;  5P7G A;  5P0T A;  3PWM A;  5DQ2 A;  4DV9 A;  2OHL A;  4DJQ A;  2HPF A;  1LF3 A;  5P86 A;  5AH9 A;  4RCE A;  4Y4E A;  1YTI A;  5OYW A;  4J55 A;  4YCT A;  4GJA A;  2QD6 A;  5ISK A;  4DQE A;  1TCW A;  3HVP A;  2NNK A;  5OZK A;  1SBG A;  3KA2 A;  3Q5H A;  5DQ5 A;  5E5J A;  3LZY A;  1T6E X;  3OU1 B;  5P06 A;  5P29 A;  5P3S A;  3TPR A;  2V16 C;  1BBS A;  4Y4Z A;  4FRK A;  5P1U A;  2QZL A;  2ZJK A;  5P3F A;  2OHN A;  2I4Q A;  4YBF A;  1YM2 A;  5P15 A;  3BRA A;  4RRN A;  4IVT A;  1OD1 A;  4Y58 A;  3ZLQ A;  5P2M A;  1FGC C;  3LNK A;  4I0Z A;  2ER9 E;  1AJX A;  4PEP A;  4Y41 A;  4ACX A;  5P1E A;  1MRX A;  1E5O E;  4I8Z A;  3EM4 A;  3KT5 A;  5P0L A;  3OAD A;  4Y3H A;  2OHQ A;  1QBU A;  3BUG A;  5P7L A;  5PEP A;  5P1Y A;  1D4S A;  4Y3Q A;  3KMY A;  4MC2 A;  5P0G A;  5EZZ A;  2AOE A;  1HVL A;  5DR1 A;  4DJX A;  2PSV A;  1GVU A;  5OYZ A;  2IS0 A;  4K8S A;  2WF3 A;  5P5F A;  3MXD A;  3HZC A;  5P17 A;  1D4I A;  3EM3 A;  4CMS A;  4BFD A;  1EPQ E;  1XDH A;  5P7Y A;  3K4V A;  5OZY A;  1HPX A;  3EL0 A;  5OZ5 A;  5P49 A;  5P2R A;  1G35 A;  2BPX A;  1IBQ A;  4DFG A;  5P4X A;  1VIK A;  4JPE A;  4OC6 A;  4RVI A;  2P3B A;  2XFJ A;  4CP7 A;  2P8H A;  1HOS A;  5P1C A;  3PWW A;  5P5T A;  5OYR A;  4Y44 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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