1IWVA

Crystal structure analysis of human lysozyme at 147k.
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Nonlinear temperature dependence of the crystal structure of lysozyme: correlation between coordinate shifts and thermal factors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1iwvA00
1UIEA 1HFXA 2Y8PA 4NGJA 1GB0A 1JISA 1LYSA 3WPLA 2W1YA 1B7LA 1LZNA 6LYTA 4HTNA 1GAYA 1JJ0A 2BQJA 5DL9A 2FYDA 3WU8A 1OUDA 4NY5A 4Z98A 1DI5A 4OWEA 3E3DA 4WOAA 1B7NA 4DD3A 1JTPL 3N9CA 3WXTA 2DQEY 2YSSC 5DM9A 4LGKA 4NGYA 1J1OY 4RDSA 4NG8A 1CKHA 3CT1A 1HMLA 5B06A 2D6BA 1GHLA 3B6LA 4NGIA 5JENB 2CWIA 3AZ5A 3AGHA 3AZ6A 5C6LA 4CFPA 1B5WA 3AZ7A 5ILCA 1LJKA 1KIRC 3WUMA 4LYZA 1B7OA 2D4KA 3A95A 5LVGA 4IASA 2Z39A 1NHEA 2GV0A 1YAOA 1LHHA 1LPIA 1IORA 2Z37A 1LSEA 1LTMA 193LA 1HSXA 2Z2EA 5FSTA 1LZTA 5A3ZA 5B07A 4QDNA 2I6ZA 5DN4A 1VAUA 5T3FA 4YEMA 4II8A 2BPUA 1LZYA 2BQLA 5IHGA 4NG1A 2MEIA 1FKVA 1GAZA 1QIOA 2DQDY 2XTHA 1D0MA 1LKSA 4NGZA 3FE0A 1YKXX 1D6PA 1XFPL 1GFHA 2DQJY 4UWNA 2BLXA 4NGKA 4LYOA 3TMVA 8LYZA 4AXTA 1NBYC 1FLUA 4DWXA 4QY9A 1EQ5A 5KXSA 1OUBA 3AW6A 4HTKA 3A8ZA 1IX0A 4MSTA 4GCEA 5IDDA 1LJ4A 4AGAA 3EXDA 5APEA 5LAGA 5KXTA 1YAMA 3WYHA 3LZ2A 1E8LA 2YDGA 4WL6A 1RI8B 3QY4A 4YOPA 5I54A 4DD2A 4XJDA 3A34A 1IP5A 1GBWA 1UUZC 3HBHA 3MGWA 4G4CA 4J1BA 3WVYA 2VB1A 4BADA 1LYYA 1IP2A 1GBSA 4XENA 3A3RX 1LHMA 2BQOA 4XADA 1TAYA 1FKQA 1XGRC 1YL0X 3A94A 1GD6A 135LA 5FEKA 3W6CA 1OP9B 1YQVY 3TXKA 4DT3A 1B2KA 1B5UA 1JSEA 2HEDA 1FLYA 2PC2A 3A90A 4MR1A 3W6FA 2WARA 2IFFY 2XBRA 4LYTA 4LT1A 1YIKA 1BB5A 4OW1A 1LOZA 2MEEA 1LJEA 4N8ZA 3P4ZA 5F9UA 1GBYA 1GFAA 1IOCA 5DN5A 1JTOL 2HEBA 2BQDA 2LYZA 1JKBA 3CB7A 1LSMA 4TSCA 2BQMA 1NKHA 4CJ2A 1IIZA 4LYBA 4KT3A 3LYOA 5HMVA 1LZ1A 2BQGA 1IOSA 2ZILA 4XJHA 5HNCA 4BS7A 1F6SA 4UWUA 3CSZA 1IC5Y 3QE8A 1IWWA 4Z46A 4GCDA 4YEOA 1WQMA 2MECA 5F9XA 3P68A 3OJPA 1W6ZA 2Q0MX 1C7PA 1JJ3A 4H8YA 5KKIA 1XEIA 3WUNA 5KXWA 3AJNA 1HEOA 1LZ6A 2BQKA 1IWZA 1GB7A 2MEDA 2DQGY 4LFXA 4NSGA 3RNXA 2BQCA 5M1YA 4WG1A 5B1GA 4M6DA 5HMJA 3J6KA 4NHIA 5J7CA 4NGLA 3GXKA 3LN2A 1SLYA 2W1MA 2DQIY 1B5ZA 1N4FA 2D91A 3IJVA 3J4GA 1VFBC 5FDJA 2DBTA 1GB5A 4NSJA 4ETAA 1IO5A 4NWHA 4NHQA 1G7IC 1B7MA 3K3TA 3AB6A 4WM2A 5LVJA 5L9JA 4LT2A 3WUAA 1TEWA 1LZDA 4PRUA 1DPXA 1GF6A 1IY4A 1YAPA 4NFVA 1LYOA 3ZVQB 2F30A 3WU9A 5E9RA 1GE1A 5I4WA 5KKJA 1OQMA 4WM6A 1LZ4A 1TDYA 1RFPA 2B5ZA 2H9JA 3CSQA 2DKVA 3G3AB 4PPOA 5KXOA 5LYTA 1F6RA 6LYZA 4H9HA 4BAPA 1CJ8A 1ZVYB 1LJJA 4LT0A 4DD0A 2Z12A 4WG7A 4KL7A 1LZ5A 2BQNA 3TXJA 1LMOA 1GFTA 3A96A 1GFUA 1FDLY 3OK0A 4M4OA 1V7TA 4NSHA 5LINA 4ML7A 1QQYA 4GCBA 4C5FA 3AGGG 1HEMA 132LA 1B0DA 2BAAA 4N1EI 4PJ2C 4ETBA 5IELA 4DD1A 4OWAA 2G4PA 1LSAA 1HNLA 1P2CC 1GBZA 1HENA 194LA 2LZTA 1PZYA 1UC0A 1OUAA 1D9UA 1CKDA 1YL1X 4NHPA 4ANRA 4XJFA 3TMUA 5KJ9A 1B5YA 4C3WA 2F4GA 1BB6A 1IR9A 1JEFA 1WVUA 5EBHA 3WU7A 1CKGA 3ATOA 1DKKA 1LJHA 1WQRA 3WW5A 3A92A 4ZFPA 1CJ6A 1LYZA 1VDSA 3CSRA 2LHMA 3W6DA 2MEGA 4N9RA 4RW2A 1SQ2L 1GWDA 5HNLA 1W08A 1LJFA 4YENA 2MEHA 2C8PA 1MELL 5FELA 1WQOA 2F2NA 2H5ZA 1OUHA 1INUA 1D0KA 1GFGA 1C43A 1LSNA 1LZ8A 2HTXA 1FBIX 1DI3A 1VDTA 3WPKA 4DC4A 4OWCA 4TSBA 7LYZA 1LHKA 1HELA 4FJRA 2D4JA 4H91A 1GB2A 1IWTA 1HERA 2XBSA 1J1PY 4B4EA 1RE2A 2YBMA 1IP6A 2ZYPA 2MEBA 4H8ZA 4PRQA 2AUBA 3CT0A 5KXRA 3W3EA 1YANA 2RSCA 2HEAA 4J0LA 1IWXA 5APCA 5LYZA 3KAMA 1BVKC 2BLYA 3G3BB 1AM7A 1AT6A 1B7RA 2EQLA 3A3QA 4OWHA 3WW6A 1GXXA 4HV2A 1T6VL 1OUGA 3EO5A 3WMKA 1TBYA 2G4NA 1WVVA 1LJIA 3A6CY 3TXBA 1NBZC 5LVHA 4A7DA 4P2EA 2MEAA 4ETCA 1JSFA 1QDTA 1VEDA 1LZGA 1HEWA 4H90A 1UIAA 2BQBA 1MLCE 3T36A 2Z38A 1VDPA 1LAAA 3P64A 3W6BA 154LA 2BQHA 1GF9A 2ZWBA 5LA8A 4HPIA 4H9IA 4XYYA 1FLWA 3W6AA 5F16A 4I0CA 1LJGA 4H9EA 1XSFA 1BB3A 1VDQA 4RW1A 2YBNA 3ZEKA 1T3PA 5D5CA 5B1FA 1EQEA 4RLNA 1B7QA 1LZBA 1C46A 1AT5A 1CKFA 2HU3A 3TXDA 3AZ4A 4MCKA 1UIBA 1B5XA 4XJGA 4D9ZA 1OUJA 2HECA 2ZIJA 1IR8A 3RW8A 4LYCA 3TXIA 4OOOA 3TMWA 1GFVA 1IVMA 1BB7A 1F0WA 1REYA 1LZRA 1JWRA 3WPJA 4G4BA 4LT3A 2ZIKA 1HHLA 1LHLA 1GE3A 4N5RA 1LZ9A 4TX7A 1D0LA 1QUTA 1BB4A 3FI7A 4WLXA 4ET9A 1EQ4A 5I4YA 5KXYA 1B7SA 1NWGA 3F6ZA 4HP0A 1UICA 4WLYA 5A3EA 1GFJA 1BWJA 4NSIA 4TWSA 2ZQ4A 1KIPC 4HSFA 1DXJA 1RJCB 2ZYCA 1BVXA 4H92A 4N1CC 1YKYX 1IWUA 4YF2A 1LZAA 2LZ2A 3GXRA 3B72A 2A7DA 5DLAA 4KXIA 4WMGA 5FCPA 4LFPA 2Z18A 1JPOA 4Z3MA 3RT5X 5B59A 2G4QA 4WLTA 1D6QA 1OUEA 5APFA 1NDGC 3ULRA 1IOTA 4W94A 1YILA 1GF5A 4IJ4A 5APDA 2BQAA 5F14A 2A7FA 1LMNA 3TXHA 1DQJC 3LYTA 4LYMA 1HFZA 2CDSA 4PHIA 4E3UA 1GEVA 4HTQA 4H1PA 4GLAA 4QEQA 1IOQA 1GF7A 1LJ3A 1GF0A 4H9AA 4NWEA 1LZEA 4H9CA 4TUNA 1I1ZA 1JUGA 3AGIA 4U3XB 133LA 1FLQA 1GE0A 1GB9A 4CFOA 1WTNA 3N9AA 2ZNXY 4IATA 1WTMA 2YBLA 3SP3A 3TXGA 1KIQC 2EPEA 4B1AA 1JHLA 1GB3A 4WL7A 4CHXA 2DQAA 3RZ4A 4KPMA 1A4VA 4GN4A 2DQCY 2N5ZA 1DI4A 1NMMA 3ATNA 5LAFA 5LVIA 5L3IA 1VATA 4GN5C 1XGPC 2HEFA 2YVBA 3CT5A 4GCCA 4HJVA 4RLMA 1GDXA 1LSYA 4EOFA 1DPWA 4R0FA 1JJ1A 3B0KA 4L41A 5I53A 1LMTA 1CNSA 1H87A 1LMAA 4WO9A 4LZTA 1GF3A 208LA 5E4PA 1LHIA 1BHZA 4G4HA 1V7SA 1HF4A 3WVXA 5LVKA 1G7JC 1LZSA 2XJWA 1Z55A 1ALCA 1OUFA 1I56A 4NIJA 1NF5A 3WXUA 1GBXA 1EL1A 1AKIA 1OUCA 3EBAB 4ETDA 1B7PA 2FBDA 5I4XA 2DQHY 1IC7Y 1QSWA 1GPQC 1REMA 3LZTA 4XJBA 3VWOA 4DDAA 3WL2A 4BAFA 1G7MC 1ZV5L 1AZFA 4NGWA 1O23A 1RCMA 4DD9A 4EMNA 1QSAA 2DQFC 5KY1A 1XGTC 5HLLA 1BWHA 2NWDX 4WM1A 1HEQA 1B5VA 3IWRA 5II3A 1KXYA 4X3BA 4ZEEA 2BQIA 3RU5A 4WM4A 1KXWA 1HSWA 2YBHA 4GCFA 3B0IA 1WQNA 1G7LC 5C6IA 1UACY 3TMXA 9LYZA 1JIYA 3D9AC 4NGVA 1LHJA 1WQPA 1IP7A 4HJYA 4HJZA 2H9KA 2I25L 4CGEA 4B49A 1QTKA 1B9OA 4NHTA 1KXXA 5I5QA 2W1XA 2FBBA 4H94A 1IP4A 4B0DA 1LJNA 4WM3A 5B05A 4HV1A 1C08C 2LYOA 1BGIA 1GB6A 4O34A 1LSGA 4NEBA 1UBZA 1UIHA 3ZVQA 1YKZX 1IY3A 2W1LA 1JKAA 2FYCA 3A91A 4B4IA 1CKCA 3D3DA 2F4AA 3A67Y 3LYMA 5KXZA 4XJIA 1HEPA 5KXNA 1YAQA 4FDYA 1LSCA 2YBIA 3CQLA 3EMSA 1ZMYL 1REZA 2I26L 1HFYA 3A6BY 2BQEA 4WO6A 4H93A 5C6JA 5LA5A 1GFRA 2HUBA 5LYMA 1CJ9A 2MEFA 3P66A 1IEEA 1LMCA 3T6UA 3B0OA 1UIFA 1UA6Y 1REXA 4HPEA 4OWBA 1F10A 2YBJA 2HEEA 5AMYA 3IJUA 1HMKA 4G9SA 3WULA 1C10A 1GDWA 1OUIA 3LYZA 1IP3A 5KXKA 1H6MA 4GLVA 4ETEA 1GFKA 3HFMY 5KXMA 1CJ7A 2ZNWY 5FHWA 1GXV2 4H9BA 5KXPA 3LHMA 1QUSA 3N9EA 1UIDA 4OOTA 4R6CA 1NDMC 1DZBX 1JKCA 5F81A 3AYQA 153LA 4YM8A 4G49A 1ZVHL 1NQIA 3A93A 1G7HC 3AW7A 3HBDA 1JKDA 1GEZA 1LSBA 3P65A 3TXFA 4Z41A 1QDRA 1GB8A 3M3UA 1UIGA 1HC0A 1XGQC 1LCNA 1LSZA 4DDCA 1C45A 1PS5A 1DKJA 1XGUC 1IC4Y 2IHLA 2Z19A 207LA 2D4IA 2HU1A 4QGZA 3TXEA 1GE2A 1J1XY 2BQFA 4DDBA 2X0AA 3BKVA 1BWIA 5D5FA 2EIZC 1GF4A 1FN5A 1BQLY 1IP1A 4DYGA 3HBEX 4ET8A 4ZIXA 1QTEA 4I8SA 4PGJB 5KXXA 1GFEA 1WQQA 5K7OA 4J1AA 4TTDA 1XEJA 3WH1A 4XN6A 4B4JA 5HQ1A 1I20A 1GF8A 1LMPA 2ZQ3A 3QNGA 4NHSA 1LKRA 5L3HA 5ILFA 1JTTL 4H8XA 2CGIA 4W96A 2Z2FA 1LZCA 4WM5A 3W6EA 4J7VA 2CJLA 4GN3A 1LMQA 2EKSC 134LA 3BKHA 1UCOA 4DD7A 4UWVA 1IWYA 1XEKA 5LIOA 5LXWA 1LSFA 4WLDA 1GBOA 1TCYA 4N0JA 4NGOA 2LYMA 1A2YC 5KXLA 1JITA 1LSDA 1GE4A 3M18B 4H9FA 1IR7A 1IWVA 1YROA 2C8OA 1LSPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIEA 251LA 1GB0A 1JISA 1LYSA 3WPLA 2W1YA 1B7LA 1L38A 1L97A 1GAYA 1OUDA 4WOAA 2DQEY 2OE7X 1J1OY 3VW7A 1L34A 1HMLA 3AGHA 2Z39A 2GV0A 1IORA 1LSEA 1OWYA 1LTMA 1LZTA 5A3ZA 5IHGA 215LA 4NG1A 2MEIA 1L27A 1GAZA 220LA 2XTHA 2DQDY 2L78A 1QT6A 1OV7A 1YKXX 1C6DA 1GFHA 4NGKA 1C6AA 4AXTA 4DWXA 1EQ5A 5LAGA 1QUHA 1YAMA 3WYHA 1RI8B 1XJTA 4YOPA 155LA 1L13A 2Q9DA 1IP5A 160LA 1GBWA 3HBHA 4I7JA 4G4CA 4K5YA 1LYYA 1IP2A 4XENA 1XGRC 1L16A 3TXKA 2HEDA 2PC2A 4LYTA 4LT1A 3SBBC 3P4ZA 5F9UA 1JTOL 1L64A 2Q9EA 2BQDA 1LSMA 4LDLA 2BQMA 2QARC 1NKHA 4KT3A 3LYOA 5HMVA 5HNCA 4UWUA 4DQ5A 1IWWA 253LA 4Z46A 1DYGA 140LA 3P68A 3OJPA 4H8YA 1W6ZA 3NY8A 128LA 1JJ3A 2OEAX 3WUNA 5M1YA 5B1GA 4M6DA 5J7CA 1LYDA 2RBSA 3IJVA 3OE9A 4NWHA 3K3TA 1L69A 5L9JA 1L41A 1GF6A 4YXCA 4NFVA 2RB2X 3HWLA 1GE1A 5I4WA 1TDYA 2B5ZA 2H9JA 2DKVA 1CV4A 3GUOA 5LYTA 4BAPA 1CJ8A 1ZVYB 1LJJA 2Z12A 4KL7A 1LWGA 3OK0A 1V7TA 1L06A 1P3NA 1QQYA 4GCBA 1B0DA 4PJ2C 4EKPA 2G4PA 1HENA 1OUAA 3SBAA 1B5YA 1BB6A 142LA 3WW5A 1G0MA 1CJ6A 3HTGA 3CSRA 3LZMA 4RW2A 1GWDA 1W08A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UIE A;  1HFX A;  2Y8P A;  4NGJ A;  1GB0 A;  1JIS A;  1LYS A;  3WPL A;  2W1Y A;  1B7L A;  1LZN A;  6LYT A;  4HTN A;  1GAY A;  1JJ0 A;  2BQJ A;  5DL9 A;  2FYD A;  3WU8 A;  1OUD A;  4NY5 A;  4Z98 A;  1DI5 A;  4OWE A;  3E3D A;  4WOA A;  1B7N A;  4DD3 A;  1JTP L;  3N9C A;  3WXT A;  2DQE Y;  2YSS C;  5DM9 A;  4LGK A;  4NGY A;  1J1O Y;  4RDS A;  4NG8 A;  1CKH A;  3CT1 A;  1HML A;  5B06 A;  2D6B A;  1GHL A;  3B6L A;  4NGI A;  5JEN B;  2CWI A;  3AZ5 A;  3AGH A;  3AZ6 A;  5C6L A;  4CFP A;  1B5W A;  3AZ7 A;  5ILC A;  1LJK A;  1KIR C;  3WUM A;  4LYZ A;  1B7O A;  2D4K A;  3A95 A;  5LVG A;  4IAS A;  2Z39 A;  1NHE A;  2GV0 A;  1YAO A;  1LHH A;  1LPI A;  1IOR A;  2Z37 A;  1LSE A;  1LTM A;  193L A;  1HSX A;  2Z2E A;  5FST A;  1LZT A;  5A3Z A;  5B07 A;  4QDN A;  2I6Z A;  5DN4 A;  1VAU A;  5T3F A;  4YEM A;  4II8 A;  2BPU A;  1LZY A;  2BQL A;  5IHG A;  4NG1 A;  2MEI A;  1FKV A;  1GAZ A;  1QIO A;  2DQD Y;  2XTH A;  1D0M A;  1LKS A;  4NGZ A;  3FE0 A;  1YKX X;  1D6P A;  1XFP L;  1GFH A;  2DQJ Y;  4UWN A;  2BLX A; 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 4G9S A;  3WUL A;  1C10 A;  1GDW A;  1OUI A;  3LYZ A;  1IP3 A;  5KXK A;  1H6M A;  4GLV A;  4ETE A;  1GFK A;  3HFM Y;  5KXM A;  1CJ7 A;  2ZNW Y;  5FHW A;  1GXV 2;  4H9B A;  5KXP A;  3LHM A;  1QUS A;  3N9E A;  1UID A;  4OOT A;  4R6C A;  1NDM C;  1DZB X;  1JKC A;  5F81 A;  3AYQ A;  153L A;  4YM8 A;  4G49 A;  1ZVH L;  1NQI A;  3A93 A;  1G7H C;  3AW7 A;  3HBD A;  1JKD A;  1GEZ A;  1LSB A;  3P65 A;  3TXF A;  4Z41 A;  1QDR A;  1GB8 A;  3M3U A;  1UIG A;  1HC0 A;  1XGQ C;  1LCN A;  1LSZ A;  4DDC A;  1C45 A;  1PS5 A;  1DKJ A;  1XGU C;  1IC4 Y;  2IHL A;  2Z19 A;  207L A;  2D4I A;  2HU1 A;  4QGZ A;  3TXE A;  1GE2 A;  1J1X Y;  2BQF A;  4DDB A;  2X0A A;  3BKV A;  1BWI A;  5D5F A;  2EIZ C;  1GF4 A;  1FN5 A;  1BQL Y;  1IP1 A;  4DYG A;  3HBE X;  4ET8 A;  4ZIX A;  1QTE A;  4I8S A;  4PGJ B;  5KXX A;  1GFE A;  1WQQ A;  5K7O A;  4J1A A;  4TTD A;  1XEJ A;  3WH1 A;  4XN6 A;  4B4J A;  5HQ1 A;  1I20 A;  1GF8 A;  1LMP A;  2ZQ3 A;  3QNG A;  4NHS A;  1LKR A;  5L3H A;  5ILF A;  1JTT L;  4H8X A;  2CGI A;  4W96 A;  2Z2F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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