1IX0A

I59a-3ss human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQANSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords lysozyme
publication title Buried water molecules contribute to the conformational stability of a protein
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-06-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ix0A00
5DN4A 2AUBA 1DXJA 4ZFPA 1UA6Y 5KXRA 1OUDA 4FJRA 4H9FA 3E3DA 3CSQA 3P64A 4HSFA 1HC0A 4DD3A 1LZ5A 5KKIA 1LYZA 1JSFA 4LFPA 4TWSA 4R0FA 1BB5A 3LZTA 4DDCA 1LSAA 1J1OY 5C6JA 1LZDA 2HU3A 4ETAA 2B5ZA 3EMSA 2H5ZA 3W6DA 1LSMA 1B5YA 4A7DA 4KL7A 1FLQA 2YVBA 1IP2A 5IELA 2MEBA 1QUTA 1B7OA 3OJPA 1LZGA 1LZTA 4H8YA 1LZEA 1LYOA 2Z2FA 1LZAA 1PZYA 1GFVA 4NHIA 3TMWA 1O23A 1JTTL 5ILCA 2C8OA 3WPLA 5L3IA 4PPOA 5LAFA 1NBZC 4I0CA 3RT5X 5I5QA 2Z19A 4OWBA 6LYTA 2W1XA 4ET8A 1OUFA 1D0LA 3J4GA 1HSWA 3A6BY 5HMVA 154LA 132LA 4GCEA 4LYTA 5DN5A 2CDSA 3EXDA 1MELL 193LA 3CSZA 5I4YA 1BQLY 1LSFA 1OUCA 1F6SA 1QDTA 1F10A 3IJVA 1B2KA 1HELA 1INUA 4NY5A 3WU9A 5KXXA 1E8LA 1GBSA 3F6ZA 9LYZA 1GHLA 4WLXA 3P66A 4WM1A 4DD2A 5KJ9A 4CJ2A 1LMOA 5F14A 3CT0A 4LT3A 1GF7A 5C6IA 3WUMA 1FKVA 4B4IA 2DQGY 1GF5A 4LYOA 4NGLA 4QEQA 1QTKA 4LT0A 2Z12A 4OOTA 5FSTA 5KXLA 5B05A 1IOCA 1WQQA 1LSEA 1QUSA 4AGAA 1NMMA 3TXIA 4CHXA 4HPIA 4HJYA 1B5UA 2HUBA 5I4XA 3WU8A 1GB9A 3AGHA 1SQ2L 5D5CA 4OOOA 1W08A 5KY1A 4UWUA 4HV1A 2BQGA 3WVYA 1JWRA 2DQAA 2HTXA 3W6CA 5F81A 1GFUA 1IC5Y 3D3DA 1UIDA 4EOFA 1FLWA 2N5ZA 1IC4Y 1HMKA 4DC4A 5T3FA 5JENB 1GEZA 4YEOA 1UIHA 1C43A 1LJEA 3ATNA 1B7SA 1LZRA 1F6RA 4OWEA 4B49A 1T3PA 2ZNWY 3AJNA 1BHZA 1LZYA 1GB6A 5B1GA 2HECA 1FLUA 1IP7A 4H1PA 2ZQ4A 4NGIA 4N9RA 3ZVQA 1VEDA 1REYA 1JHLA 3EBAB 3A94A 1B9OA 2HU1A 1IX0A 1HSXA 5F9UA 4NWEA 1CJ6A 4LYZA 2D4JA 4WL7A 4BAPA 2I26L 1WTMA 4W96A 4CFOA 1BWHA 1DKKA 1DPWA 1JKBA 4PJ2C 1D6PA 1LSPA 3T36A 4MCKA 1GFTA 1JTPL 5FDJA 4HTQA 1LJNA 5LVHA 5E4PA 5A3ZA 1JISA 1H6MA 4ML7A 1LSYA 2DQDY 3A34A 3W6FA 1CKGA 1B5XA 1XSFA 2BAAA 2IHLA 3CT1A 1XGQC 4I8SA 1GE3A 4WM5A 5APEA 2Z18A 4IASA 4Z41A 4WMGA 4N0JA 4PRQA 2BPUA 4RW2A 1CNSA 1QDRA 1LKSA 3WULA 4ZIXA 1NQIA 1TEWA 1LTMA 2BQNA 5KXSA 3FE0A 5KXNA 1GB7A 4H8XA 4NSGA 4R6CA 1FLYA 1GAYA 1XGRC 4DDBA 1IORA 1LSCA 3W6AA 1LZNA 1IC7Y 1VFBC 2YBHA 5KXYA 4WO9A 1LZ9A 1WQNA 3D9AC 1FDLY 4DDAA 5FEKA 1EQ5A 1CKDA 2BQBA 2YBNA 3SP3A 4HTKA 4B4JA 1FKQA 5FHWA 5LVKA 4NGKA 4II8A 1IY4A 1GDWA 3ULRA 3IJUA 4Z98A 1AZFA 1D0KA 1LHLA 3RW8A 3ZEKA 1LHHA 4H92A 1AKIA 2DKVA 1ZVHL 5HNCA 4WO6A 1WQRA 4WLTA 1VAUA 4NGVA 4YEMA 1B5VA 4OWAA 5LAGA 3KAMA 1I1ZA 1OUIA 1IIZA 1KIQC 2H9KA 4GN4A 4DD7A 1YKYX 4G9SA 5KKJA 1P2CC 2G4QA 1LMAA 1W6ZA 4OWHA 1YL0X 4W94A 4H8ZA 4XJDA 2YBIA 3TXFA 3A6CY 5F9XA 3RU5A 1HF4A 1OUAA 4GCCA 1IR9A 3TXJA 2BQJA 1G7HC 1AT6A 2YBMA 4TSBA 4B0DA 2D4KA 7LYZA 4DD0A 5C6LA 1RFPA 2ZIJA 4NWHA 2Z39A 1IO5A 1KXWA 2WARA 1BB7A 1LZ4A 4YOPA 1XEIA 2ZQ3A 5B07A 1LSNA 1LZBA 1WVUA 2BQHA 3AZ7A 1F0WA 4OWCA 1KIRC 3OK0A 4J1BA 1DI3A 1IP3A 4GLVA 1GF9A 1DZBX 1GBWA 3CQLA 1BGIA 4LFXA 4PGJB 207LA 1QSAA 2BQKA 3W6BA 1XGPC 2Z38A 4PHIA 2BQLA 4WLDA 1NHEA 2HEDA 1IP1A 1YL1X 2I6ZA 6LYZA 1B7PA 2DQJY 2LYZA 1TDYA 5LIOA 2YBJA 5K7OA 2GV0A 1LJGA 3TXDA 1GF0A 2VB1A 1OP9B 2DQIY 1IWZA 1JKDA 3A3QA 3AW6A 4RDSA 3WUNA 3WUAA 2RSCA 1YQVY 1GFAA 1LKRA 1I20A 2MEGA 1GBYA 3P65A 2F2NA 5B1FA 5LA5A 1QIOA 5L3HA 4NGJA 4MSTA 4NHSA 4O34A 4RW1A 2IFFY 4WG1A 3WH1A 5B59A 1GXXA 2MEHA 1BB4A 3A92A 1GWDA 1LHKA 1LZCA 153LA 2LZTA 1JUGA 1BB3A 1N4FA 2MEFA 3AZ5A 3WYHA 1NDGC 2HEEA 1JJ1A 1GEVA 4H9IA 3A93A 1HNLA 3A95A 4WM2A 1D0MA 4XYYA 4HP0A 134LA 1IWXA 5LVIA 1B5ZA 4PRUA 2LYOA 5KXPA 1B7QA 1LAAA 1FN5A 1LMNA 3G3AB 5II3A 4J1AA 2FBBA 1GF8A 3N9AA 5LVJA 5F16A 1BWIA 2BQOA 135LA 4KT3A 5AMYA 1GFEA 1JEFA 3LZ2A 4NG8A 4NSHA 5E9RA 1GB3A 4N1EI 5DL9A 2NWDX 1ZV5L 2BQFA 5B06A 2F4GA 5ILFA 1GXV2 1XGUC 2MECA 1V7SA 1CKFA 1IWTA 1GE4A 1NDMC 1LHIA 1EL1A 2BQAA 3AGIA 4UWVA 3WPJA 4C3WA 4C5FA 4ETDA 5LYMA 4HJVA 3LYMA 2HEAA 1EQ4A 3K3TA 2W1LA 4H9HA 1IWWA 1C7PA 1LJKA 1LZ8A 4XN6A 3TMVA 4DD1A 1GBZA 1GFHA 1UBZA 1D6QA 1VATA 2D6BA 1QQYA 2Q0MX 4H90A 3WW5A 2YBLA 3FI7A 1KIPC 1UICA 2XTHA 1LHJA 1LSGA 1OUEA 1HENA 3T6UA 4LYCA 1GE1A 1HFZA 3M18B 1GAZA 1AM7A 1AT5A 1GFGA 3WVXA 1GPQC 2G4PA 4FDYA 2ZIKA 4NHQA 1CJ7A 2ZWBA 2A7DA 3TMXA 1D9UA 4ETCA 1YAPA 1LMCA 1LPIA 3A91A 1GBOA 1A4VA 2EPEA 3B0KA 1GBXA 1OUHA 1C08C 1YAQA 2A7FA 4B1AA 1DI5A 2LYMA 5KXZA 1DI4A 1IEEA 3HFMY 5J7CA 1GD6A 1J1PY 4LYBA 3WXUA 4LGKA 1UIAA 3TXGA 4ETBA 1G7LC 1B0DA 1GDXA 3N9CA 4NGYA 4EMNA 1IWVA 1REXA 1YAOA 4YM8A 2ZYCA 2EQLA 2F4AA 3HBEX 4GCDA 5DLAA 1HEOA 1WQPA 1JITA 1G7JC 1VDQA 2ZYPA 3TXKA 4WG7A 2C8PA 3LN2A 2DBTA 4IJ4A 1LJ3A 1TAYA 4WM4A 1JIYA 4KPMA 3WW6A 4H9EA 2EKSC 3RNXA 1C10A 4XJBA 5L9JA 2ZNXY 4NFVA 1LJIA 5FCPA 5D5FA 3LYOA 4RLMA 4OW1A 3HBDA 1IY3A 1V7TA 3CSRA 4XADA 1IOTA 3WMKA 3AW7A 1HEPA 4ET9A 1LZSA 2F30A 3GXKA 1JJ3A 4J0LA 1YAMA 1B5WA 1LJJA 1LZ6A 3AZ4A 4NGZA 4LT2A 1B7RA 3P4ZA 1IP4A 4H91A 4LYMA 4NG1A 1LJFA 5I54A 3B6LA 1IR7A 1GF4A 1LOZA 2Y8PA 3LYTA 5HQ1A 1VDPA 1UIBA 2W1YA 1REMA 4RLNA 4Z46A 1YANA 4N8ZA 1B7MA 1HEWA 2MEDA 1TCYA 3B0IA 3BKHA 4H93A 4TUNA 4J7VA 4WOAA 1HERA 1WVVA 3A8ZA 5KXMA 1GFRA 4NGOA 5KXTA 5KXWA 4H9AA 4L41A 4HPEA 2W1MA 4X3BA 1UACY 2XJWA 2H9JA 2XBSA 4XJIA 2CGIA 4BAFA 4YF2A 1IOQA 1EQEA 1LZ1A 3P68A 2BQMA 2I25L 3ZVQB 2FYCA 3VWOA 4DD9A 133LA 1LMPA 1XEKA 1VDTA 3AYQA 4G4CA 4TTDA 1WQMA 4G49A 1UUZC 1H87A 4Z3MA 4AXTA 1CKCA 2BQEA 3TXBA 1GE2A 4DYGA 1J1XY 1G7MC 1DKJA 3LHMA 4CFPA 1IR8A 2FBDA 1HEMA 1UIFA 1UCOA 3W3EA 2MEIA 1IWYA 5IDDA 1BWJA 1NWGA 1RE2A 3TMUA 1QTEA 2YSSC 1I56A 3G3BB 2HEFA 5IHGA 4NSIA 4ANRA 8LYZA 5KXKA 5LYZA 1LYYA 2MEAA 5DM9A 3IWRA 1LJHA 2XBRA 1NKHA 3CB7A 3MGWA 1LSZA 3GXRA 1KXXA 5LYTA 1REZA 4GN3A 4XJGA 1IWUA 2DQEY 5I53A 4GLAA 5LVGA 1GB5A 1TBYA 4GCBA 4UWNA 1GB2A 4M4OA 1IP6A 4HJZA 3WL2A 1B7NA 4WM6A 1ZMYL 1GE0A 2BQIA 5A3EA 1IVMA 1JKAA 1LCNA 3A96A 1WQOA 1KXYA 3AB6A 2Z2EA 4NSJA 1T6VL 1Z55A 1LYSA 4ZEEA 4YENA 1LHMA 1GFJA 2DQCY 1XFPL 4CGEA 2BQCA 3QE8A 1GFKA 1CJ8A 1UIGA 2FYDA 4U3XB 2D4IA 1SLYA 3M3UA 1HFYA 1XGTC 2Z37A 4GN5C 208LA 5M1YA 3A67Y 1YKZX 2EIZC 4G4HA 1JKCA 4H94A 1XEJA 3W6EA 2BLXA 1LSBA 3WU7A 1OUJA 3WXTA 4G4BA 1LMTA 1IP5A 5APFA 4M6DA 1A2YC 1G7IC 5EBHA 4QDNA 1OUBA 4ETEA 1NF5A 1BVXA 4HV2A 1YROA 1OUGA 5LXWA 1QSWA 1GF3A 2HEBA 1RI8B 1DQJC 1C46A 2ZILA 4TSCA 4HTNA 4WM3A 1JPOA 4TX7A 3QNGA 1UC0A 4XJFA 3WPKA 1UIEA 3TXEA 1NBYC 4P2EA 2X0AA 4DT3A 4KXIA 5HLLA 3J6KA 3AGGG 3TXHA 2BQDA 3HBHA 4QGZA 1GB8A 1BB6A 1JSEA 4NIJA 1CKHA 2D91A 1PS5A 4N5RA 1LJ4A 1ALCA 3QY4A 2PC2A 1B7LA 1YILA 4H9BA 4NHPA 3EO5A 2LZ2A 3A90A 2DQFC 1IOSA 1HFXA 1WTNA 4NHTA 2CWIA 1HMLA 1RCMA 4IATA 1GB0A 1YKXX 1ZVYB 4LT1A 4BS7A 2BLYA 2G4NA 2CJLA 3BKVA 194LA 1DPXA 1VDSA 3CT5A 5LA8A 1RJCB 3B0OA 4B4EA 1CJ9A 1BVKC 1LMQA 3B72A 2LHMA 5APDA 4E3UA 4BADA 1HEQA 1FBIX 3N9EA 3LYZA 4GCFA 4NGWA 1HHLA 4XJHA 2MEEA 4H9CA 4NEBA 1GF6A 3AZ6A 4LZTA 4WL6A 4XENA 1LSDA 5APCA 4QY9A 2DQHY 1MLCE 3ATOA 5I4WA 4DWXA 5HMJA 1JJ0A 4N1CC 4WLYA 5FELA 5KXOA 1YIKA 5HNLA 3A3RX 1OQMA 1JTOL 4D9ZA 2YDGA 3RZ4A 1C45A 5LINA 4MR1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DN4A 2AUBA 4ZFPA 4FJRA 4H9FA 3SB9A 5KKIA 2HU3A 1CV5A 2H5ZA 1B5YA 1C60A 1QT7A 4LDLA 3OJPA 1LZTA 1LZEA 2Z2FA 1PZYA 5L3IA 4PPOA 244LA 3RT5X 2W1XA 4ET8A 132LA 1L02A 1L57A 2CDSA 3EXDA 3FADA 3CSZA 197LA 237LA 4NY5A 5KXXA 1INUA 3L64A 260LA 103LA 3P66A 4WM1A 5KJ9A 3CT0A 1FKVA 2DQGY 4LYOA 1QTKA 2Z12A 2HULA 3C8SA 1QUSA 2XQOA 4ARMA 1SX2A 1B5UA 2HUBA 1W08A 1CU5A 1L12A 4HV1A 2BQGA 4I7TA 1LYIA 1G0JA 1IC5Y 3D3DA 3GUMA 1UIDA 4EOFA 1ZYTA 211LA 5JENB 1F6RA 4OWEA 2ZNWY 4PK0A 1REYA 3A94A 1B9OA 1IX0A 4I7SA 240LA 3DN8A 1BWHA 1L04A 1DKKA 214LA 1D6PA 1LSPA 3T36A 4MCKA 1C6TA 1GFTA 2HUMA 4HTQA 1L52A 1LJNA 5LVHA 1JISA 4ML7A 104LA 1B5XA 2B75A 2IHLA 4I8SA 4N0JA 1LKSA 4ZIXA 1L88A 1LYHA 2BQNA 3OE0A 1L72A 3FE0A 1L13A 4NSGA 1P3NA 1SX7A 1L91A 1CU0A 1LZ9A 3DMVA 181LA 1JTNA 4I7NA 4NGKA 1IY4A 3ULRA 1LHHA 1AKIA 5HNCA 209LA 4WLTA 1LYGA 4YEMA 1L84A 198LA 4OO9A 3KAMA 1I1ZA 1OUIA 1KIQC 4GN4A 5KKJA 1P2CC 1LMAA 1W6ZA 3TXFA 4B0DA 5C6LA 1RFPA 2ZIJA 4NWHA 1L70A 2WARA 1XEIA 1L28A 3OK0A 4J1BA 4LFXA 3NYAA 3PDSA 2Z38A 1L55A 4WLDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DN4 A;  2AUB A;  1DXJ A;  4ZFP A;  1UA6 Y;  5KXR A;  1OUD A;  4FJR A;  4H9F A;  3E3D A;  3CSQ A;  3P64 A;  4HSF A;  1HC0 A;  4DD3 A;  1LZ5 A;  5KKI A;  1LYZ A;  1JSF A;  4LFP A;  4TWS A;  4R0F A;  1BB5 A;  3LZT A;  4DDC A;  1LSA A;  1J1O Y;  5C6J A;  1LZD A;  2HU3 A;  4ETA A;  2B5Z A;  3EMS A;  2H5Z A;  3W6D A;  1LSM A;  1B5Y A;  4A7D A;  4KL7 A;  1FLQ A;  2YVB A;  1IP2 A;  5IEL A;  2MEB A;  1QUT A;  1B7O A;  3OJP A;  1LZG A;  1LZT A;  4H8Y A;  1LZE A;  1LYO A;  2Z2F A;  1LZA A;  1PZY A;  1GFV A;  4NHI A;  3TMW A;  1O23 A;  1JTT L;  5ILC A;  2C8O A;  3WPL A;  5L3I A;  4PPO A;  5LAF A;  1NBZ C;  4I0C A;  3RT5 X;  5I5Q A;  2Z19 A;  4OWB A;  6LYT A;  2W1X A;  4ET8 A;  1OUF A;  1D0L A;  3J4G A;  1HSW A;  3A6B Y;  5HMV A;  154L A;  132L A;  4GCE A;  4LYT A;  5DN5 A;  2CDS A;  3EXD A;  1MEL L;  193L A;  3CSZ A;  5I4Y A;  1BQL Y;  1LSF A;  1OUC A;  1F6S A;  1QDT A;  1F10 A;  3IJV A;  1B2K A;  1HEL A;  1INU A;  4NY5 A;  3WU9 A;  5KXX A;  1E8L A;  1GBS A;  3F6Z A;  9LYZ A;  1GHL A;  4WLX A;  3P66 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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