1IY3A

Solution structure of the human lysozyme at 4 degree c
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Low-temperature-induced structural changes in human lysozyme elucidated by three-dimensional NMR spectroscopy
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 27
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1iy3A00
4YM8A 4XJHA 4RDSA 4W94A 1B0DA 1GB0A 4TTDA 1LZSA 1ZV5L 4H9CA 1OUGA 4WM4A 2BPUA 1SLYA 2H9JA 4DD3A 3AZ7A 3FE0A 1FLUA 1FLQA 3A67Y 1IC5Y 1LMAA 4WM1A 4B1AA 3WMKA 1KXWA 1LZ9A 4NHSA 4H9FA 4H93A 1P2CC 4BS7A 1W6ZA 3IJVA 3M3UA 1F6SA 1B7OA 2BQDA 1OUJA 4DT3A 4AGAA 4BAFA 1QUTA 3B72A 1IX0A 1WQMA 1CJ7A 4LGKA 4LYTA 4OWEA 5LVKA 1VDTA 2FBDA 1LSDA 3E3DA 5APCA 4C5FA 2BQKA 1GE4A 3D3DA 1OUIA 8LYZA 1HELA 2BQNA 5FDJA 4BAPA 1BGIA 4PRUA 5K7OA 1IWUA 1C08C 3CT1A 3W6CA 4GLVA 5AMYA 2ZNWY 3LYTA 3TMXA 1HF4A 2YBNA 1QDTA 1IWXA 1LJGA 4RW2A 2X0AA 3WPJA 1YROA 5KKJA 1YIKA 1JSEA 1LSAA 4WLTA 1C45A 4DWXA 4X3BA 1JIYA 1BQLY 5C6JA 1C43A 1QIOA 1RJCB 5L3HA 2RSCA 3CQLA 1FN5A 1JTTL 2G4PA 2DKVA 3CSQA 1KXXA 1OUHA 1B7LA 4XJDA 1GFEA 3TXBA 1GBZA 1G7MC 2AUBA 1IP5A 4HV2A 4DDBA 2DQIY 5LAGA 1GBYA 3CSRA 1LSNA 5IHGA 5KXWA 4NSHA 1IWWA 4G4HA 4ETCA 2ZYPA 4NFVA 1EQ4A 1LZTA 1MLCE 3CT0A 3KAMA 4FDYA 4LYBA 4NEBA 5FSTA 1YANA 4NGOA 3GXRA 4NSIA 5LYTA 1FDLY 1GD6A 1LHIA 4OOTA 3N9AA 3TXEA 1IP4A 1C7PA 1YL1X 2Z38A 1GF0A 3A92A 3LN2A 1DKKA 1DXJA 3N9CA 4WMGA 1DZBX 2BQEA 2EKSC 1LHHA 1OUEA 4NGVA 4OWBA 2H9KA 1GEVA 4II8A 1LJHA 4B49A 1IOCA 1BVKC 3TXFA 1JHLA 1GEZA 4KT3A 3ZEKA 1BHZA 2Q0MX 1QSAA 1WQQA 1BWHA 1LPIA 4GN3A 3AJNA 4XADA 5F16A 1I1ZA 1LZCA 3G3AB 4LFXA 4ZIXA 2DQJY 1G7LC 4I0CA 5HNLA 1UBZA 2IFFY 4DD0A 3M18B 1YAPA 3LZTA 1OQMA 4N8ZA 1HFZA 1REZA 2FYCA 1GB8A 4NHTA 4DYGA 1EQ5A 1FKQA 4MCKA 1LMCA 1VDQA 1HFXA 1LOZA 2F30A 2ZIKA 1LZ6A 3BKVA 4RLMA 4WLDA 2BAAA 1IORA 1LZ4A 3A34A 4FJRA 1QDRA 1UCOA 5LVGA 3AZ6A 4NSGA 4B0DA 1GB6A 4OWAA 1LSMA 1QQYA 1Z55A 2HTXA 1NDGC 1VDPA 3AGGG 4TUNA 4M6DA 4WG1A 3ATNA 5B05A 4XJIA 2D91A 3AW6A 4QY9A 4O34A 5HMJA 5JENB 2DBTA 3P4ZA 5APFA 5FELA 2MEDA 1LZ5A 1NDMC 1D0MA 1YAOA 5HLLA 1GXXA 3W6FA 4J0LA 1BWIA 1NKHA 1WQOA 1GXV2 1LTMA 3TXKA 3WVYA 2F4AA 4B4EA 1OUAA 2BQMA 4UWUA 1HMLA 3CB7A 4AXTA 1JITA 4H9EA 4CGEA 3RZ4A 5LVJA 1LAAA 4ETEA 2XBSA 4OOOA 7LYZA 1GE3A 1OUCA 1CJ8A 2W1LA 1F10A 1IY3A 3WU9A 3CT5A 3T36A 2VB1A 1CJ6A 2BQIA 1UIFA 2YDGA 1DKJA 4Z41A 3BKHA 4B4JA 1ZVHL 3AZ5A 1DPWA 5L3IA 3AYQA 2MEBA 1JUGA 5ILFA 1UACY 1GBSA 1IEEA 1LMOA 1UICA 1XGRC 3WUMA 2DQHY 1XSFA 1LZ8A 1LZEA 1YKYX 2IHLA 4N9RA 5KXKA 5KXPA 9LYZA 1RCMA 5EBHA 5I4WA 1J1XY 4R0FA 1LSCA 3B0OA 2CDSA 4ETAA 5J7CA 5E9RA 1RI8B 1JISA 3EBAB 3VWOA 3WL2A 1QTKA 4ZFPA 2NWDX 1JEFA 1B9OA 3RU5A 6LYZA 1TDYA 4HJZA 1GBWA 1CKDA 1F0WA 1GBOA 1CKGA 1LJFA 1VDSA 2YBJA 4NGYA 1OUDA 1VAUA 3IJUA 4NSJA 4XJGA 4R6CA 4GLAA 3WU8A 1IP3A 4QGZA 4TSCA 1G7JC 4OWHA 1IWTA 1UIEA 5LYMA 1CJ9A 1LSYA 3WXUA 4ET8A 3WH1A 6LYTA 1XGTC 1JJ0A 3A90A 1LSBA 1AZFA 4WM5A 1XFPL 1JKDA 1GAYA 4NHQA 3A96A 3ZVQA 4BADA 5KXRA 3W6BA 2DQCY 3A8ZA 5KY1A 4QEQA 1TCYA 1FKVA 4HJYA 2LYOA 5B07A 3T6UA 1BVXA 2YVBA 3HBDA 4LYMA 4XJBA 1B7NA 4RLNA 5A3ZA 1IOSA 4HSFA 4YF2A 2ZIJA 1IOTA 1OUFA 1LZNA 1WTNA 1YILA 1XGPC 2F4GA 5C6IA 5I54A 2HU1A 1A4VA 2BQFA 1LYSA 4KPMA 3W6DA 5APEA 2ZNXY 5F14A 1ZVYB 3FI7A 5DN4A 3HBEX 1JKAA 1B7PA 4J1BA 2W1XA 4NHIA 1G7IC 1GFRA 1CKCA 1G7HC 1LHJA 4HPIA 2Z2FA 154LA 4WG7A 4A7DA 1WTMA 4WM2A 2H5ZA 1AM7A 3P66A 5F9XA 1BB3A 1IY4A 5LIOA 4HJVA 1WQNA 1HSWA 2BQLA 4CFPA 5KJ9A 3QE8A 2C8OA 3LYMA 1ZMYL 1LJNA 1GE2A 5E4PA 4DD2A 1HC0A 5IELA 3A93A 4W96A 5LVIA 3GXKA 4H8YA 3A3RX 3EMSA 1YAQA 1D0LA 5I4YA 1GDWA 1LHLA 2MEEA 2MEGA 4GN4A 4TSBA 2D6BA 5KXZA 2W1MA 1V7SA 5DM9A 1AKIA 1XEJA 1GB3A 4H9IA 3TXHA 1IOQA 1HEQA 2B5ZA 1VFBC 2Y8PA 2HEBA 1LZ1A 1SQ2L 3RW8A 3P68A 4NGZA 4YEMA 5I5QA 2Z19A 1C10A 2I25L 4NGLA 5HQ1A 1KXYA 4H9HA 1JTPL 1B5ZA 3LHMA 1IC4Y 1DI4A 1GBXA 1B7RA 1IWZA 1NBZC 4LT0A 1IP1A 1INUA 1BWJA 5DL9A 1XEKA 1GF4A 1FLWA 1GFHA 2D4KA 1UC0A 153LA 4IATA 1XGUC 1YAMA 3WW6A 4CHXA 1VATA 2LYZA 4LYOA 2BQAA 4WM3A 1WQPA 1GB2A 1C46A 1IWVA 1LJ4A 2XJWA 4YOPA 5HNCA 2PC2A 3LYZA 4YEOA 1HFYA 1HEPA 4TX7A 4ML7A 2XTHA 1WQRA 4J7VA 1DQJC 1CKHA 2HUBA 4PJ2C 4WM6A 1AT6A 1IR9A 4H91A 4LYCA 1HNLA 2ZILA 5B1GA 4D9ZA 4EOFA 5KXMA 1LMTA 3J4GA 4DC4A 5ILCA 2G4QA 3LZ2A 4WLYA 1REMA 1GF9A 1T6VL 3P64A 4GCEA 4PRQA 4E3UA 3WUNA 4ETDA 5B1FA 1HMKA 2HEAA 1GFVA 3EO5A 4H8XA 1CNSA 4OWCA 2ZQ4A 4OW1A 1IP7A 1LYOA 2LZTA 5LA8A 1LKSA 4B4IA 1OP9B 1GF5A 2DQEY 1UIBA 3AGHA 1LMNA 5KXSA 3A91A 3OK0A 3A6BY 1B5WA 3AW7A 1IR7A 1BB7A 2BQJA 3A6CY 4HTKA 2FBBA 2DQGY 4LFPA 1OUBA 1GAZA 5A3EA 4H9BA 4XJFA 3MGWA 3G3BB 5KXNA 3CSZA 1LMQA 1GFUA 1IVMA 208LA 2Z37A 1LZGA 2HEEA 3TXIA 5LAFA 3A3QA 2GV0A 2Z2EA 2ZWBA 2BQBA 4LT2A 2Z18A 3HBHA 4N0JA 4WLXA 135LA 4QDNA 4M4OA 4WL6A 4GN5C 3D9AC 4GCDA 1EL1A 3W6AA 1LSGA 1QUSA 1V7TA 4HV1A 2BQOA 1PZYA 1TBYA 1HEMA 1NQIA 2MECA 3WYHA 1LJEA 1TEWA 2HEFA 3HFMY 3J6KA 4H1PA 2Z39A 5KXLA 1UIHA 2F2NA 1NF5A 1H87A 1JSFA 1J1OY 4NGKA 2XBRA 2EPEA 4GCFA 1LMPA 4MR1A 4MSTA 4NIJA 1EQEA 2HECA 1LCNA 3AGIA 4NWHA 5C6LA 5LYZA 1LSFA 1DI3A 1DI5A 3ATOA 1HERA 4I8SA 3TXJA 4G9SA 1A2YC 1GF3A 1REXA 4CFOA 4XENA 1JJ1A 1NMMA 1BB4A 1E8LA 4EMNA 134LA 1HHLA 4CJ2A 1GHLA 1JPOA 1YQVY 1IIZA 1FBIX 1REYA 1HEOA 1UUZC 4J1AA 1GB5A 4N1EI 5LINA 1LJ3A 1LKRA 2MEIA 1LZBA 3TXGA 3RNXA 1KIPC 2BLYA 4PGJB 3WVXA 1GFGA 2MEFA 1IP2A 4NG8A 1XEIA 4WL7A 1GF7A 1GE1A 1LHMA 4GCCA 4N1CC 1LJKA 2LHMA 1GB9A 1LJIA 3RT5X 2D4JA 4G4CA 4HPEA 4H92A 4XN6A 2YBLA 4NGWA 1KIQC 1PS5A 1GWDA 1GFKA 2BQGA 3EXDA 4NWEA 4P2EA 5D5CA 5D5FA 1KIRC 2DQAA 3AB6A 3WXTA 1W08A 1YL0X 2HEDA 3B0IA 3OJPA 4HP0A 5HMVA 1JKCA 1H6MA 2A7FA 3F6ZA 3WW5A 2ZQ3A 5KXOA 2HU3A 1IC7Y 2DQFC 4ANRA 1RFPA 5KXYA 3TMUA 1VEDA 2CJLA 1GDXA 1QSWA 3WPKA 4Z46A 2C8PA 1HENA 4H9AA 1CKFA 1JTOL 1T3PA 1YKZX 2LYMA 4ZEEA 5LVHA 3TMWA 1IWYA 3W6EA 1LYYA 4G49A 1B5YA 5FHWA 3B6LA 1WVUA 2WARA 1LJJA 1YKXX 1B7SA 3P65A 2MEHA 4PPOA 5KXTA 1HSXA 4XYYA 1IP6A 4LZTA 1JWRA 1IO5A 1BB5A 4UWNA 5F81A 207LA 1LYZA 1HEWA 5DN5A 3A94A 1D0KA 5F9UA 1RE2A 1GFJA 2I26L 1GFAA 4IASA 4KXIA 4UWVA 4NGJA 1NHEA 5DLAA 4ETBA 5L9JA 5M1YA 2Z12A 4DD7A 1LSZA 5B59A 1I20A 2EQLA 2BQHA 4KL7A 3TXDA 1GPQC 3K3TA 2LZ2A 2W1YA 193LA 4TWSA 3ZVQB 4Z98A 3QY4A 1LSEA 4H90A 2BQCA 4IJ4A 1GF6A 3SP3A 1B7QA 3TMVA 3B0KA 5T3FA 2YBMA 1GB7A 2FYDA 1JJ3A 3ULRA 4YENA 1F6RA 1I56A 1D6QA 4PHIA 5LA5A 4U3XB 5APDA 1B5UA 5B06A 1B5VA 1LZDA 3A95A 2A7DA 2CGIA 3QNGA 4H8ZA 1TAYA 3W3EA 1JKBA 4DD9A 2ZYCA 1GFTA 5I53A 133LA 1UIGA 1QTEA 1FLYA 4LT3A 1LZYA 4WOAA 5FEKA 2CWIA 1LZAA 4HTQA 2N5ZA 4NHPA 5KKIA 2G4NA 4LT1A 3WUAA 1LZRA 1NBYC 1NWGA 2D4IA 4H94A 1BB6A 4GCBA 4NY5A 1IR8A 1B5XA 1WVVA 1GF8A 2YSSC 4DDAA 4ET9A 1LSPA 3N9EA 3WULA 1UIAA 2DQDY 2I6ZA 3WU7A 5KXXA 4G4BA 4LYZA 4WO6A 1B2KA 4DD1A 1DPXA 2EIZC 2MEAA 2YBHA 4HTNA 1LHKA 4N5RA 3WPLA 4Z3MA 132LA 4NGIA 1O23A 3IWRA 4NG1A 5I4XA 4C3WA 1N4FA 1XGQC 3AZ4A 1GE0A 1UA6Y 2YBIA 5IDDA 4L41A 1ALCA 5LXWA 4DDCA 4RW1A 5II3A 194LA 1B7MA 1UIDA 4WO9A 5FCPA 1MELL 3LYOA 1D6PA 1J1PY 1D9UA 2BLXA 1AT5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L88A 4YM8A 144LA 3C80A 1GB0A 4TTDA 1OUGA 1QT7A 1FLQA 109LA 3NYAA 189LA 3WMKA 1QUOA 2F32A 3DNAA 1LZ9A 160LA 188LA 1DYEA 2OE4X 4AGAA 4BAFA 1IX0A 1WQMA 3D4SA 2B6WA 1L0KA 4OWEA 3OE9A 3GULA 5LVKA 4AQNA 3HT7A 1OV5A 2BQKA 3DMVA 3SB5A 1D3FA 2BQNA 3HUQA 3HWLA 1BGIA 5K7OA 1IWUA 175LA 2ZNWY 3LYTA 3TMXA 2YBNA 1LJGA 4DJHA 1YROA 5KKJA 1QTBA 1JIYA 1QIOA 4OO9A 253LA 2DKVA 1T8GA 3TXBA 186LA 1GBZA 1G7MC 2DQIY 5LAGA 191LA 219LA 1GBYA 3CSRA 3LZMA 1C6PA 143LA 4ETCA 4G4HA 1LYFA 1MLCE 3KAMA 108LA 4NEBA 5FSTA 224LA 3GXRA 1FDLY 1SSYA 1IP4A 1GF0A 4WMGA 1OUEA 4W54A 4II8A 4B49A 1BVKC 159LA 2Q0MX 1QSAA 1WQQA 1LPIA 1PQKA 4ZIXA 1G7LC 242LA 1YAPA 230LA 4NHTA 1EQ5A 4MCKA 1HFXA 2ZIKA 200LA 1LZ4A 1UCOA 147LA 6LZMA 4NSGA 1GB6A 1LSMA 4TUNA 1VDPA 3AGGG 4W53A 3ATNA 4LDEA 3P4ZA 5FELA 1YAOA 1GXXA 3W6FA 1NKHA 1L92A 1LTMA 3HUKA 4I7RA 4ARMB 1L98A 3RZ4A 2B6YA 2XBSA 2W1LA 1F10A 1IY3A 3CT5A 3T36A 2VB1A 2F2QA 5L3IA 3AYQA 1L14A 2ANVA 3WUMA 2QARC 2DQHY 2HUKA 4DQJA 2CDSA 5E9RA 1JISA 1G07A 256LA 2NWDX 1L07A 3FA0A 3C7YA 1C6AA 2LC9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YM8 A;  4XJH A;  4RDS A;  4W94 A;  1B0D A;  1GB0 A;  4TTD A;  1LZS A;  1ZV5 L;  4H9C A;  1OUG A;  4WM4 A;  2BPU A;  1SLY A;  2H9J A;  4DD3 A;  3AZ7 A;  3FE0 A;  1FLU A;  1FLQ A;  3A67 Y;  1IC5 Y;  1LMA A;  4WM1 A;  4B1A A;  3WMK A;  1KXW A;  1LZ9 A;  4NHS A;  4H9F A;  4H93 A;  1P2C C;  4BS7 A;  1W6Z A;  3IJV A;  3M3U A;  1F6S A;  1B7O A;  2BQD A;  1OUJ A;  4DT3 A;  4AGA A;  4BAF A;  1QUT A;  3B72 A;  1IX0 A;  1WQM A;  1CJ7 A;  4LGK A;  4LYT A;  4OWE A;  5LVK A;  1VDT A;  2FBD A;  1LSD A;  3E3D A;  5APC A;  4C5F A;  2BQK A;  1GE4 A;  3D3D A;  1OUI A;  8LYZ A;  1HEL A;  2BQN A;  5FDJ A;  4BAP A;  1BGI A;  4PRU A;  5K7O A;  1IWU A;  1C08 C;  3CT1 A;  3W6C A;  4GLV A;  5AMY A;  2ZNW Y;  3LYT A;  3TMX A;  1HF4 A;  2YBN A;  1QDT A;  1IWX A;  1LJG A;  4RW2 A;  2X0A A;  3WPJ A;  1YRO A;  5KKJ A;  1YIK A;  1JSE A;  1LSA A;  4WLT A;  1C45 A;  4DWX A;  4X3B A;  1JIY A;  1BQL Y;  5C6J A;  1C43 A;  1QIO A;  1RJC B;  5L3H A;  2RSC A;  3CQL A;  1FN5 A;  1JTT L;  2G4P A;  2DKV A;  3CSQ A;  1KXX A;  1OUH A; 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 1NHE A;  5DLA A;  4ETB A;  5L9J A;  5M1Y A;  2Z12 A;  4DD7 A;  1LSZ A;  5B59 A;  1I20 A;  2EQL A;  2BQH A;  4KL7 A;  3TXD A;  1GPQ C;  3K3T A;  2LZ2 A;  2W1Y A;  193L A;  4TWS A;  3ZVQ B;  4Z98 A;  3QY4 A;  1LSE A;  4H90 A;  2BQC A;  4IJ4 A;  1GF6 A;  3SP3 A;  1B7Q A;  3TMV A;  3B0K A;  5T3F A;  2YBM A;  1GB7 A;  2FYD A;  1JJ3 A;  3ULR A;  4YEN A;  1F6R A;  1I56 A;  1D6Q A;  4PHI A;  5LA5 A;  4U3X B;  5APD A;  1B5U A;  5B06 A;  1B5V A;  1LZD A;  3A95 A;  2A7D A;  2CGI A;  3QNG A;  4H8Z A;  1TAY A;  3W3E A;  1JKB A;  4DD9 A;  2ZYC A;  1GFT A;  5I53 A;  133L A;  1UIG A;  1QTE A;  1FLY A;  4LT3 A;  1LZY A;  4WOA A;  5FEK A;  2CWI A;  1LZA A;  4HTQ A;  2N5Z A;  4NHP A;  5KKI A;  2G4N A;  4LT1 A;  3WUA A;  1LZR A;  1NBY C;  1NWG A;  2D4I A;  4H94 A;  1BB6 A;  4GCB A;  4NY5 A;  1IR8 A;  1B5X A;  1WVV A;  1GF8 A;  2YSS C;  4DDA A;  4ET9 A;  1LSP A;  3N9E A;  3WUL A;  1UIA A;  2DQD Y;  2I6Z A;  3WU7 A;  5KXX A;  4G4B A;  4LYZ A;  4WO6 A;  1B2K A;  4DD1 A;  1DPX A;  2EIZ C;  2MEA A;  2YBH A;  4HTN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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