1IZIA

Inhibitor of hiv protease with unusual binding mode potently inhibiting multi-resistant protease mutants
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords proteinase
publication title Unusual Binding Mode of an HIV-1 Protease Inhibitor Explains its Potency against Multi-drug-resistant Virus Strains
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1iziA00
4DV9A 4RVXA 4H3FA 3NXNA 3Q4BA 3PB5A 3INEA 3QRMA 3KFRA 1B6PA 5P4NA 3U7SA 3NYGA 1HVCA 3QN8A 1MT9A 1KJ7A 3OXWA 5OZDA 1GKTA 5DR7A 5DGWA 1BILA 3INDA 1MUIA 1OHRA 4RCFA 5P29A 5I3WA 2BQVA 4GJAA 5P0XA 4Y37A 1XE5A 1SGUA 5OYXA 3NU3A 2F3KA 1W6HA 2QNPA 2WEZA 3OTSA 2F8GA 4F76A 2QHCA 2G1YA 3UDRA 1D4HA 2CEJA 5HCOA 5P5DA 1FFIC 1QS8A 2NXLA 5C9BA 2VKMA 3OOZA 3GI4A 3MWSA 3KN0A 2J9KA 5P0FA 4QJAA 3FKTA 1XS7D 3EM3A 2FGVA 3UHLA 3L3AA 5P0PA 4OBJA 1EBWA 4RROA 1IDBA 5P6NA 3ER3E 4AMTA 2O4PA 4FL8A 4OBZB 2P83A 2AZ8A 4WY1A 4ZPEA 1XL2A 4EQ0A 5COPA 3FNSA 4Y4BA 3VSXA 2QI3A 4GB2A 2QZXA 3QPJA 1BXQA 4JP9A 5KOSA 4HLAA 1DAZC 5P6WA 4Y5CA 3D1YA 3FNUA 4FCOA 5P3MA 4ZSRA 3EBZA 3UDYA 5P5HA 3O9LB 2JJIA 2G69A 5P2EA 1EBZA 1ME6A 4H3JA 5DQ1A 3NWQA 4EP2A 2I4QA 5P14A 3PM4A 3C9XA 3T11A 1KJGA 3QROA 5DGUA 1HWRA 1KZKA 2PH8A 1J71A 4PZWA 5P7RA 2PYNA 5OZCA 1B11A 3RTHA 1A9MA 1WBMA 4Y9WA 2WF4A 1WKRA 2IGYA 1XE6A 3OOTA 3ZKGA 5P0KA 1OEXA 1ZSRA 5P0VA 5P0MA 3L5FA 1HPXA 4Y4TA 2ZJNA 4Y3EA 5P1TA 5P8CA 3O9GA 4BFBA 2G1SA 2AVVA 1GVXA 5C9FA 1HVLA 4B78A 4J1KA 5P5BA 5P64A 3O9BA 3QS1A 5P5SA 4EHCA 3PSGA 4KUPA 4BFDA 3OUAA 2I0DA 1EC2A 5P1CA 4A4QA 1K6TA 2WF1A 1EPME 5P17A 1AAQA 5P4LA 4Y4EA 5JFUA 4KB9A 4YD6A 4F73A 2QZWA 5P3VA 4B77A 3SA8A 2Q11A 4OD9B 5APRE 2FGUA 3O9AA 4I0IA 2R5PA 1SIVA 4MC9A 5P1JA 3KA2A 5P8BA 4U8WA 2AOGA 3NDTA 5P13A 2IEOA 1DP5A 5OYTA 3OY4A 4EJDA 2OHMA 1QBUA 5P87A 5P6QA 1EPPE 4I0HA 3SA9A 4WTUA 3BRAA 5P2NA 2QZLA 4J1EA 5P7OA 1UH9A 1WBKA 3Q70A 1G2KA 5P4BA 1B5FB 3BC4A 4ZSQA 5P8VA 2RKFA 1HEGE 3LZUA 3OU4A 3LZVA 5P5RA 5P0LA 3CKTA 4DJVA 4RCEA 4D88A 2I4VA 5P4RA 1BVEA 2P3AA 1A94A 3T7XA 2HS2A 5P01A 1FQ4A 4DFGA 3PCWA 3UFNA 1BWAA 4XX3A 2WHHA 1MTBA 3F9QA 5P5GA 4M8YA 1T3RA 3EL1A 1GNMA 5OZMA 4LHHA 1XN3A 3UDQA 2V00A 3I6OA 2RENA 5P3XA 5DR8A 3WSJA 1W50A 5P5LA 3UQXA 4CPRA 5P60A 5P5JA 4HDFA 5P06A 3R2FA 2Z54A 1G35A 4K9HA 2WJOA 3BHEA 3UCBA 1C6ZA 3O9EA 1W5XA 1LF3A 2PWCA 3S8IA 4DPFA 3JW2A 4K4QA 5SY2A 5E5KA 1ODYA 2G27A 1ZPAA 3S43A 2HC0A 4RZ1A 2FDDA 4Y3WA 4A6BA 3SA3A 2G20A 5P0UA 2QI0A 2ZYEA 3KDDA 5P0HA 4GJBA 1AJVA 1LYBA 5COOA 3PSUA 5P53A 1TSQA 4I8ZA 2Q64A 3OU4B 3ZLQA 5P7PA 1SP5A 2AVSA 5OZGA 4OBKA 5P2QA 5ENKA 5P00A 2ZJKA 2O4SA 5OZFA 5P5TA 1C6YA 3VUCA 3TNEA 4CPTA 4TRYA 1FG6C 5P34A 3TKWA 1ZBGA 1FMXA 1PPME 5P4ZA 2FIVA 3PWRA 4Y5NA 1HHPA 3PWWA 1FG8C 2HB2A 4HA5A 5COKA 1W6IA 3JVYA 3VLAA 3OU3A 4ZLSA 5P7IA 3TL9A 1IVPA 3URJA 5JODA 2UXZA 3NWXA 1MSMA 4GZFA 4QJ9A 5AGZA 2VA7A 4DVFA 2QI6A 5P6PA 4Y5LA 2QI1A 1B6LA 3WB5A 1YG9A 1SGZA 1YX9A 2QZKA 5P6FA 5HD0A 3TPLA 2IENA 4Y51A 3S43B 1HPOA 2ZDZA 3IVHA 5DQ5A 3I8WA 5FIVA 1FQ6A 5P05A 3MSKA 5P2JA 3INFA 2Q63A 1LYBB 3O9CA 3MSJA 5AHAA 2ER6E 1XDHA 3OGQA 3LINA 5P8OA 3DJKA 5OZ6A 1K1TA 2FNSA 4A6CA 2FDEA 3KDCA 5HDVA 1GNOA 5P40A 5B18A 5ISKA 3OK9A 5P73A 2V16C 1FIVA 5P19A 2F80A 3OADA 4NPUA 5OZ4A 4FGXA 5P0YA 5OYQA 4J0VA 2QU3A 3DV1A 3VF7A 4EYRA 5HU0A 1HVIA 5P35A 2HB4A 1C6XA 5P7UA 3QBHA 5P8QA 1GVVA 4U7QA 3PCZA 5P2RA 5P8UA 3IVIA 2P8HA 5P8FA 3L5BA 1HIVA 4APRE 4FM7A 5P36A 2Q5KA 1D4IA 3FV3A 3UDMA 5P20A 3DUYA 4RGHA 5P6OA 3PLDA 4K8SA 3UDPA 4DQEA 4QLHA 1W51A 4Y43A 5KOQA 4PEPA 3DCKA 4J17A 2XFIA 5P1YA 4OBDA 5AHCA 4Z4XA 1HTRB 2FLEA 3EM4A 4DJUA 1EC0A 5P09A 5DQ2A 4JPEA 4UPJA 3I7EA 4FS4A 4EXGA 1K6CA 5OYZA 5P5VA 2NTRA 1SBGA 3ZKNA 5HE5A 1TQFA 4Y3JA 2ZHRA 2VA5A 3K1WA 4DJWA 1BBSA 5P69A 5P72A 2B60A 2BJUA 3EKTA 4Y44A 5P0TA 3SA5A 2QI7A 2AIDA 5P65A 5P1UA 1UPJA 3OADB 3HVPA 3ZL7A 1W5VA 4GJ5A 2AOEA 2FS4A 4HVPA 5P6YA 5P3QA 1EC1A 5P0WA 1M0BA 2I4UA 3KMYA 1QDMA 5P11A 5P44A 3QIHA 5ISJA 1EEDP 3VF3A 2R3TA 3TOGA 5P6MA 1FKNA 3QBFA 3UDNA 3FSMA 2H6TA 3HZCA 4FLGA 5P8NA 5CONA 3VF5A 4YDGA 3IAWA 3NDWA 1XL5A 4FRJA 5P4KA 1MT7A 3VG1A 4TVHA 2I4WA 4H3IA 4LXAA 5P83A 2NMYA 5P5NA 5I3VA 2O4KA 4J0PA 5P80A 2XFKA 1OD1A 4NJSA 2AVMA 3EL5A 3SA7A 1FEJC 4FRSA 1PSOE 5BWYA 2QMFA 3K5GA 3PSYA 5P0DA 2OHQA 1ZTZA 1LZQA 5J25A 5P4QA 2PSGA 5P4WA 4HDPA 3EKQA 4Y3QA 2I4XA 5OZLA 2ZE1A 4ER2E 1QRPE 3OXXA 4Y4AA 1Q9PA 4EJKA 2QCIA 3WZ7A 1A8KA 3AUPA 3LIZA 5P2BA 1KJFA 5P2ZA 4K4RA 5P7SA 5DR3A 1FQXA 1U8GA 2AZBA 2WEAA 7HVPA 4Y5PA 3CIBA 2Q15A 4Y3PA 2OHUA 2QD7A 5P7LA 2IQGA 1LS5A 5P79A 4I10A 1K6VA 2FMBA 2JXRA 3PRSA 4AZYA 4Q1XA 2BPXA 3DK1A 4Y3FA 2AQUA 4U7VA 5OZOA 3BGCA 2BB9A 5OZTA 3HVGA 5P2DA 4CPWA 5T4SA 3PEPA 1CPIA 4DJPA 3ZKIA 4Y3HA 3D91A 3CIDA 4Q5MA 1T6GA 1K2CA 4Y38A 2G1OA 5P4OA 3KT2A 3D3TA 2I4DA 5P8PA 3R0WA 1MEUA 2F3FA 3FNTA 2ER7E 2NNPA 3G6ZA 5HE4A 5P4YA 5P3TA 2FDPA 5P3GA 2IGXA 4YOBA 5P7QA 4CPXA 1PROA 4X7IA 5EZXA 1BV9A 2QHYA 5F01A 4GYEA 5P5ZA 5P6UA 4I0ZA 5P48A 2Q54A 2AVQA 5PEPA 4RYGA 4Z2ZA 1IZEA 1DMPA 4R95A 5P70A 3K5DA 3IN3A 5P45A 5P25A 3O99A 1HTFA 5P59A 5OZ7A 2OHTA 1D4LA 3VEUA 4R93A 4YCTA 4RCDA 1HVSA 4D85A 3MSLA 3CYWA 3EL0A 2ZGAA 4Y57A 2ER9E 4Y5MA 1IZDA 5P4FA 1PPKE 2B8VA 1W5YA 5P5YA 3SQFA 4YD5A 5P4GA 5P39A 3RTNA 3VYEA 3OUDA 3PMUA 4YD3A 3ST5A 3S53A 1AM5A 5P37A 5OZHA 5P07A 4EXHA 2G94A 5P4TA 4Y39A 1JLDA 3N4LA 5P4EA 3KF0A 5P88A 5P81A 3RSXA 5P2TA 4FAFA 3NDUA 5P63A 3EKVA 4QJ6A 5P10A 2QHZA 5P1KA 5P51A 5P3ZA 1MESA 5P8JA 5HDUA 5P3WA 3URLA 4TRWA 2B8LA 1AXAA 4CP7A 1D4JA 3QAAA 3D1ZA 2CENA 4FE6A 4DQCA 3O9DA 4CPSA 1FQ8A 3T7QA 2AVOA 2PK6A 5P2VA 1N49A 5IVSA 3EKXA 1TCXA 3U6AA 5P75A 2B7FA 4ACUA 4RVIA 3S56A 5P6BA 1HVKA 3LIQA 5P1SA 4DUSA 3M9FA 3UF3A 3OXVA 5UPJA 1BDLA 4D8CA 5P7MA 4Y5GA 5P50A 5HDZA 3EKWA 4Y3NA 1PFZA 3SACA 4J0TA 1HVRA 5P3KA 4Y3SA 4YDFA 3OGPA 3HBOA 3H0BA 5SXNA 3BVBA 3OUDB 4J1FA 5P7ZA 5OZ0A 1IZIA 1HBVA 3UFLA 2QD8A 3APPA 4GMIA 1YT9A 1SMEA 3QVIA 1E82E 2QNQA 4JPCA 5P1EA 2G1NA 3GGXA 1CZIE 2I0AA 1LV1A 5P7AA 2IL2A 5JFPA 5OZSA 4LBTA 2PH6A 5P7CA 3KM4A 1HPVA 4Y5BA 1HPSA 2VS2A 3PI0A 5P7KA 4R92A 1MRXA 3OQAA 2V0ZC 5P6AA 2P4JA 3UQPA 4Y5AA 5IS4A 5P3EA 5P66A 5OZQA 3B7VA 5P8HA 3SA4A 1K2BA 2EWYA 2IKOA 2AODA 2JYSA 3GI6A 1HIHA 1ENTE 2AOCA 3VV6A 5P49A 1RV7A 1M43A 1FLHA 2APRA 4YD4A 5P5EA 5EZZA 3S2OA 3SKGA 1FMBA 4H3GA 4J0YA 4LL3A 3SAAA 4PPHA 4NJTA 4LXMA 4Y4DA 1EPOE 4Y3DA 1HXWA 3HLOA 1NH0A 1IVQA 5AH6A 1Z1RA 3LITA 4ZSMA 5P28A 1HSGA 3BVAA 4I0JA 3O9IA 3I2LA 1YTJA 5P6ZA 3BUFA 5DR4A 5P8SA 2R9BA 4BEKA 1EAGA 5P4UA 1GVWA 5P6LA 1EPQE 4NKKA 5IVTA 1K6PA 2WECA 9HVPA 5P0ZA 1MTRA 5OZYA 3PJ6A 3EL4A 3KYRA 5P0RA 5P5OA 4Z50A 4HZTA 4J5JA 2JE4A 1E5OE 2VJ7A 1DIFA 4LC7A 3AIDA 3G72A 2O40A 4KE0A 4Q1WA 3WZ6A 3K4VA 4L1AA 1HTGA 5P15A 5P46A 4Y54A 2ANLA 5KQZA 5P2OA 3DOXA 5P8TA 2FNTA 5OZZA 3SM1A 3UQWA 4I0EA 5P8IA 5P61A 1CMSA 5P68A 5E5JA 4OBGA 5ER1E 3PGIA 1KJ4A 2NNKA 5P1PA 3VCMA 5P7VA 1AZ5A 5OZPA 3TH9A 5P4HA 5P0NA 4YBIA 5P6JA 1HVHA 5P22A 3IXKA 4CPQA 5KR0A 2WF3A 4Q1NA 5P89A 3R0YA 4B1EA 1ODXA 5HTZA 5P4IA 5AH7A 5P2IA 2BKSA 5KR2A 2P3DA 3PVKA 5F00A 3EKPA 3K5FA 3ZMGA 2Z4OA 5P74A 3TPJA 2VNMA 1AVFA 2OAHA 2HM1A 5HE7A 3SPKA 5P5KA 5I3XA 3VLBA 2R3WA 2IS0A 3T7PA 4IVTA 1MPPA 1YTIA 4B05A 5P4PA 5P42A 5P5PA 4I0DA 4L1AB 1M4HA 4YCYA 5P62A 4OBFA 1DPJA 5P0EA 2IRZA 5P7BA 3K5CA 4GJ6A 4RRNA 5DR0A 5P0JA 4Y47A 4Y45A 5P3CA 3IGBA 5OYUA 2G26A 5P5MA 3TOFA 2SAMA 5P1AA 4RYCA 2QD6A 3L59A 3BGBA 1T7JA 1NSOA 3R4BA 3T6IA 4Y6MA 3S85A 3G70A 3K4VC 5P4VA 5BS4A 4RRSA 5P2MA 2OHNA 1OEWA 2BKTA 2MIPA 3EMYA 1D4YA 1HRNA 2WF0A 5P43A 3CKRA 3RTMA 2UPJA 3DM6A 4ZSPA 1FGCC 3QI1A 1IIQA 2OHRA 1APTE 3HDKA 3NUJA 2CEMA 5P58A 2AZ9A 5OZEA 5P2KA 2WEDA 5P2HA 5P6EA 1RQ9A 5P02A 2J9JA 4RLDA 4HE9A 4Y4GA 3OUCA 3UQUA 3LPJA 4LP9A 1SMRA 1HOSA 2IDWA 2PK5A 3SA6A 5OYVA 2UY0A 1AIDA 3LZSA 4B1DA 1SDUA 1EPNE 3O9FA 5P8EA 1BDRA 5P4JA 3QRVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DV9 A;  4RVX A;  4H3F A;  3NXN A;  3Q4B A;  3PB5 A;  3INE A;  3QRM A;  3KFR A;  1B6P A;  5P4N A;  3U7S A;  3NYG A;  1HVC A;  3QN8 A;  1MT9 A;  1KJ7 A;  3OXW A;  5OZD A;  1GKT A;  5DR7 A;  5DGW A;  1BIL A;  3IND A;  1MUI A;  1OHR A;  4RCF A;  5P29 A;  5I3W A;  2BQV A;  4GJA A;  5P0X A;  4Y37 A;  1XE5 A;  1SGU A;  5OYX A;  3NU3 A;  2F3K A;  1W6H A;  2QNP A;  2WEZ A;  3OTS A;  2F8G A;  4F76 A;  2QHC A;  2G1Y A;  3UDR A;  1D4H A;  2CEJ A;  5HCO A;  5P5D A;  1FFI C;  1QS8 A;  2NXL A;  5C9B A;  2VKM A;  3OOZ A;  3GI4 A;  3MWS A;  3KN0 A;  2J9K A;  5P0F A;  4QJA A;  3FKT A;  1XS7 D;  3EM3 A;  2FGV A;  3UHL A;  3L3A A;  5P0P A;  4OBJ A;  1EBW A;  4RRO A;  1IDB A;  5P6N A;  3ER3 E;  4AMT A;  2O4P A;  4FL8 A;  4OBZ B;  2P83 A;  2AZ8 A;  4WY1 A;  4ZPE A;  1XL2 A;  4EQ0 A;  5COP A;  3FNS A;  4Y4B A;  3VSX A;  2QI3 A;  4GB2 A;  2QZX A;  3QPJ A;  1BXQ A;  4JP9 A;  5KOS A;  4HLA A;  1DAZ C;  5P6W A;  4Y5C A;  3D1Y A;  3FNU A;  4FCO A;  5P3M A;  4ZSR A;  3EBZ A;  3UDY A;  5P5H A;  3O9L B;  2JJI A;  2G69 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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