1J1NA

Structure analysis of algq2, a macromolecule(alginate)-binding periplasmic protein of sphingomonas sp. a1., complexed with an alginate tetrasaccharide
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKAKAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords AlgQ2
publication title Crystal structure of AlgQ2, a macromolecule (alginate)-binding protein of Sphingomonas sp. A1, complexed with an alginate tetrasaccharide at 1.6-A resolution
pubmed doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Sugar binding protein
total genus 171
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1j1nA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1j1nA02
2Y84A 4TLMB 2H25A 1B4HA 5F1QA 2RINA 2F7AA 4EXKA 5H8NA 3W15C 3TTLA 4DCXA 3VXCA 1LLSA 3TTNA 4BLAA 1NNPA 2Q88A 1MQGA 2D3IA 2ZNTA 3S9MC 2DYXA 2H99A 1OLAA 1B3EA 3GLBA 3PU5A 3KEIA 2ABHA 4YB6A 1SW1A 2F97A 2O7UA 2CMOA 2WKYA 1BIYA 5DEXA 3KSJA 1OVBA 1MQHA 1IQ7A 3G3FA 5ISUA 1NKXA 1URSA 4KR5A 4H65A 3CFLA 1EH3A 1B9JA 1AL3A 5L8DA 2DWJA 1B7UA 4LATA 3IOWA 4OERA 1QKBA 4RPNA 1OVTA 4NEDA 2Q8JA 4DXBA 2BJJX 2V84A 1H45A 5JEIA 3TCGA 1B7ZA 4GD5A 1ZIUA 5DVIA 4OESA 3SKPA 1O7TA 5AE4A 3TYHA 4R9GA 4EQ9A 1Q1KA 1FTMA 4GXSB 2O51A 3OO8A 3E3KA 1UQWA 5IKBA 2E0SA 1N04A 3FVKA 3RT6B 4ONYA 1FW0A 3CIJA 2CZLA 1SI1A 3V89B 4F2OA 3R26A 4FORA 3MPLA 1A54A 4UACA 2OJTA 3QIMA 4JBZA 4G77A 3IR1A 2I6EA 3OO6A 4ELPA 4YZZA 1DTGA 5CRYA 2HAVA 3FJGA 3RY3A 1Y1ZA 3MQ9A 4R2FA 2P0SA 3HCQA 4F29A 4LZ5A 3Q29A 4GL8A 2F6GA 1XVXA 2PYYA 3W9VA 1GGGA 3SEWA 4PFUA 5AA4B 4U2RA 2V3QA 4N07A 1B32A 3O2AA 4RK2A 1UTHB 2XX7A 3O97A 5FTIA 3EHTA 3VXBA 3S9NC 1FTJA 3MP1A 4KFQA 2P1SA 4JWXA 5TPAA 2Q2AA 3JYRA 3O6HA 4H8IA 4LQ2A 1SI0A 1UTBA 1LB9A 4ZEBA 4PFWA 3VVFA 4YKPA 1GV8A 3ZKKA 1YCJA 1IITA 1LBBA 3N26A 3T22A 5I2KB 5JK4A 1BTJA 4HS7A 5AA2D 4Q30B 1KWHA 1FQCA 3FD3A 4F2QA 3OEMA 2Q2CA 1URGA 3LSLA 2Y7RA 5I59B 3BFTA 4MLQA 3B6WA 1DPEA 2UYEA 4R6HA 5JTYA 4RJZA 3BFUA 2UVGA 4IO2A 3M3KA 1R9LA 3C35A 5F7VA 2QSXA 4GOTA 4O3CA 3DLNA 2A5SA 5FHNA 3S9LC 4IO3A 1Y4CA 1LAGE 3LC8A 3QUFA 3OOAA 1D3KA 3FIRA 1Y9UA 4F1VA 1JEUA 1DSNA 4OVJA 4EQ7A 2ONSA 2ESNA 4ZEDA 1GTKA 4DE8A 3LUYA 4FEDA 4MF3A 2UVIA 3ONMA 3RN8A 5I58A 4P0IA 5DT6A 2YJPA 3TAJA 2VD2A 3QYTA 2ZNSA 1IXHA 4POXA 2O69A 3PMVA 1ANFA 1II5A 1XC1A 3Q25A 2HXWA 1MY4A 3FJ7A 3R6UA 3IJOB 4DIGA 2DXYA 1H3DA 4ZZEA 3QAXA 4IB2A 4HCWA 1LBCA 5FTHA 3EHUA 4G68B 4YMBA 4OTEA 1LSTA 4F19A 1FCKA 3FXUA 2G93A 1NNTA 3KJTA 1WVJA 4JWOA 1IEJA 3OO9A 3B7DA 2O68A 4I9DA 3QK6A 3TQLA 1PB8A 4NF8A 5L9OA 2H5YA 3DP6A 3L6GA 5I2NB 1H43A 1M5CA 3QXMA 4M4GA 1MXWA 2QS1A 1A8EA 3OXNA 4KHZE 1MXUA 4E0XA 1PDAA 1Y1MA 3GBBA 2ZYMA 3E13X 4ECFA 2XXUA 1JW5A 3HV1A 3H6WA 4R9FA 4BDLA 1T0KA 1LGBC 2XD2A 1MDP1 5AA2B 3GZGA 3PPNA 1EU8A 3H06B 3H6VA 4JWYA 2ZYNA 2V25A 4X9TA 5IAIA 1MXZA 2XXWA 3Q27A 2HZKA 4H6DA 4GL0A 3O6IA 3P7IA 2DWIA 4PE5B 4HTGA 3WAEA 2DSFA 2GHBA 4PETA 1D4NA 3FXQA 1YPNA 4F3BA 4ISUA 1UIVA 1US4A 3IORA 1GVCA 4F18A 4ESXA 1BKAA 4G8MA 1MG1A 5AA3A 5DEXB 4I1DA 4I8CA 2XXQA 3V8XB 1HSJA 5DTBA 1PEBA 2YPNA 4ZEFA 3BKIB 3MW0A 1DMBA 5KDTA 4R75A 2OCUA 2PT2A 1LB8A 2VHAA 1LFIA 5K2XA 2XXVA 3N5LA 3FVOA 3C9HA 1B0HA 3HO7A 4FIMA 3IOUA 2F78A 1Z7ME 1VR5A 3OSRA 4OFLA 3MZBA 2UVHA 4KI0E 1IXGA 2NOOA 3LSXA 3N6UA 3MAMA 4TQUQ 1VFDA 1QUJA 2ONKE 5KCJA 1Y3PA 1Y20A 4EXLA 4EDPA 1BP5A 1SQYA 5H8SA 5AA1A 2F35A 1B3GA 4GQOA 1IXIA 1N3WA 4JSDA 1D9YA 3LSFB 3G3KA 3Q28A 1RYXA 1SBPA 4NF5A 1VSOA 1EZOA 3U94A 3PMXA 2PX1A 3G3IA 3TTKA 1B5JA 4XXUA 3TZAA 2F6PA 3SERA 1FQBA 2V3UA 1OIBA 1JVXA 3VDFA 4BDNA 4LUBA 4YKJA 4NWDA 2DXRA 1FQFA 3AXFA 4YICA 1N3XA 1JW1A 1M5FA 4OFOA 3O28A 2AL4A 4BDQA 5H8FA 5A5XA 3S9EA 4G2ZA 2XX9A 4ESWA 4H1XA 3QSLA 1MM7A 3DP8A 4P0GA 1AOVA 4RXLA 1JEVA 2ZNUA 4QFLA 2HCAA 2AIXA 2QS3A 4KYSA 2E1SA 3T66A 3EQ1A 1I6AA 3TUSA 3IB1A 4MFIA 1UTBB 5H8HA 3SEVA 1B1HA 3H03A 4UA8A 5ITOA 3K1NA 3OEKA 2FNCA 3C31A 3DELB 1OQGA 1US5A 4U23A 5L9SA 3K01A 1B58A 2F7CA 5TP9B 3H6UA 3RGYA 4XKNA 2GHAA 5DVFA 5CBSA 2G29A 4H5FA 2I49A 1ELJA 1P1WA 1EZPA 3HHGA 4QF9A 4KCCA 5H8QA 3CFZA 2HAUA 5JTYB 1MH3A 2A5TB 1PB9A 1S50A 4KQPA 2RKMA 2R9JA 3CR9A 2ONRA 1JQFA 1NH8A 3U1OA 2RC8A 3FV2A 4DXUA 3W9WA 4NWCA 3IOTA 4HW8A 3G7WA 3R7XA 1IUDA 1CB6A 3JV9A 3SEXA 2RC9A 4NF6B 5CMBA 5FHOA 3IX1A 1EZ9A 5I58B 3C36A 3LSWA 3VVDA 1SYIA 2ZYKA 2OWSA 4OENA 3MP6A 3RNNA 1LCTA 2B3FA 4RPOA 1LFHA 4OEUA 1QULA 4XKRA 4NF4B 1SYHA 4WKMA 4OWDA 2Q89A 4R2BA 1P1OA 1FTKA 3TODA 3GXAA 4FAJA 1DTZA 3PPQA 2RCBA 4QHQA 4U1OA 1B5HA 4OXVA 2F8DA 1O63A 3OD7A 3TDJA 3UK4A 5HM4B 2OZZA 4RA1A 3G3GA 1CE2A 3I5OA 3K02A 2HZLA 2UVJA 1LFGA 4GIZA 1MXYA 5I56B 2FYIA 4BDRA 1D9VA 5CMMA 3TELA 1OQHA 2Y7IA 3K1PA 5ELVA 2XXRA 4KCDA 1J1NA 1A55A 3G3HA 3FV1A 5K2YA 1JVYA 5EHMA 2OWTA 1B5IA 4DDDA 4G4PA 3VVEA 1S7YA 3IL1B 3S4UA 3UP9A 2NXOA 1XHYA 2W7YA 1DPPA 5J1DA 2Z23A 4DZ1A 3KFMA 3VLUA 2I0CA 1N7XA 4F1UA 2RCAA 4R74A 5AA4A 4ELRA 4GVOA 1B40A 2ALUA 3MVZA 4G8HA 4GFRA 3PUVE 4LP2B 1B52A 2M8CA 3IOVA 4TLLB 3FATA 3CI8A 3MUQA 4EF1A 2I0BA 2F7BA 1S9TA 2F36A 4EF2A 4POWA 3K1MA 5I57B 4N6PA 5CBRA 1MS7A 2HFBA 1HSLA 2O84X 2XXIA 3MZ9A 3C33A 1I69A 1N84A 5ITPA 4RK9A 3O66A 3KJ7A 1N76A 3RLFE 2YLNA 1QUKA 3HN0A 2XXHA 2GRVA 2Z8FA 3E4RA 2UYFA 1NMUA 2QS2A 2OBGA 2QJEA 1B3HA 2ZXTA 1POY1 4JB7A 2V93A 4U4XA 1QVSA 4KPTA 3CVGA 4QFOA 4R6YA 4BDOA 2O6AA 1TWYA 4AB5A 3SESA 3O29A 5I59A 4ND9A 4THIA 2PMSA 4WEDA 3PV0E 3PUZE 4C0RA 2DP8A 2HEUA 3VFJA 1A8FA 4PFYA 4JXIA 2IEEA 4BDMA 1NNFA 2O7IA 3USDA 2RF1A 1FTOA 4QSCA 4FECA 2QPQA 3TTRA 1XT8A 3H6TA 1AMFA 1R1NA 4ELQA 3HHFA 2DVCA 2F34A 1MH4A 5H8NB 1B6HA 3FASA 3RTFB 1NH7A 1N7WA 3M3LA 2R71A 1P1NA 4P11A 4KYDA 3C4MA 3F11A 4NF5B 3O6GA 3PPRA 3TCHA 3K2DA 3VV5A 3MC2A 1MM6A 2ANJA 3C34A 1H76A 3H4ZA 4XKPA 3VE1B 1OLCA 4ZE8A 3PD8A 4G68A 1TXFA 1I6BA 1IZ1A 3ZS6A 2I3WA 3U72A 4DCYA 2KLFA 5B7DA 2X7PA 4Q0CA 1MY0A 3ECRA 3PUYE 3RT8A 3IJXB 3TPAA 3I3VA 5HPQA 1F9BA 3S2VA 1WODA 2REGA 4O3BA 4OQOA 3O9PA 2PBWA 1GR2A 5I2NA 3TCFA 1QW0A 4I62A 1MY1A 2Z22A 1MRPA 2XD3A 1P1QA 4RY1A 5EHSA 4ELOA 3SDFA 3PUXE 3ZKLA 2Y7WA 4QSEA 4NMYA 2NWJA 1JETA 4G8NA 5AA2A 3V83A 3KGCA 2D5WA 3JZJA 3PGFA 3MVXA 3CRBA 3M3FA 1ZKBA 5CM6A 5H8QB 2NVUB 1YAEA 5CI5A 3KBRA 2HQ0A 3KZGA 1P99A 4YMAA 2Z8DA 1MXVA 4NTLA 4M1VA 3RPWA 3UGWA 4FATA 3K6VA 1ATGA 3CFXA 1ZU0A 3VLWA 3K6UA 2Q9TA 5EYFA 5TU0A 3ZSFA 2Y7PA 3WAFA 4LZ8A 4IO4A 4JDFA 4AQ4A 1NNKA 3SEYA 4LA9A 3MZ1A 1QUIA 4FE8A 4KYEA 4F1YA 1QKAA 3EHSA 3B6QA 3K6XA 5M2VA 2ZYOA 1M5DA 2X7QA 3T9VA 2V3TA 2FA7A 3UORA 4GWOA 1B46A 3OENA 5B70A 2DWAA 3K4UA 4ZE9A 2XXXA 5TPAB 4LONB 1MPCA 3PPOA 1I6QA 2NUVA 1ZJLA 2I3VA 5DYHA 3FVNA 1ZLQA 4E0WA 1MQDA 3IO4A 3L6HA 3ILUB 4IO7A 1MPBA 1FQAA 1ZBMA 1YTVA 4MH5A 3T9UA 1P1UA 3U8QA 5ICQA 3FGSA 1LAFE 2I4BA 1PC3A 4GXAA 1B3FA 1B7HA 4Z7EA 4IY6A 4F31B 1BLFA 4R73A 2AYSA 1VE4A 1IXCA 3MVWA 4XTCQ 2UXAA 2F5XA 4F3PA 2I4CA 4U4SA 4ZEKA 1Y3QA 1N0TA 2XXTA 2VD3A 4IGTA 4KD5A 1SW5A 4MBPA 3FJMA 3C32A 1FQDA 1A99A 4Q5TA 4F3SA 2PT1A 3IK6B 4YKIA 4YB7A 3IAZA 4IGRA 1B3LA 4PQJA 1M5BA 1NL5A 2I58A 1NFTA 3THIA 1MQJA 2DE4A 5CMCA 4O3AA 5DVJA 4IO6A 2XHDA 2H98A 3U92A 1QJMA 1WDNA 4OZ9A 4LZ7A 3PD9A 4ZECA 1JNFA 1LAHE 3MPKA 4X1BA 2B3BA 3GBAA 2IA4A 2QRYA 3A3CA 3FZVA 3PPPA 3U93A 1B2HA 2DQVA 1POTA 2O1LA 3FVGA 1B1XA 3TFLA 3IB2A 3B6TA 4U21A 1Q35A 3CG1A 3CG3A 2THIA 4OEVA 2P2AA 4NF8B 2Z8EA 3EF7A 2R6GE 4EQBA 4X1DA 5TP9A 2DE3A 3DP4A 2X26A 1OMPA 3CSBA 1Y4TA 1SD3A 3OELA 3H7MA 4QFPA 4YU0A 3TQWA 1A7LA 1VFEA 5FHMA 3UIFA 4QRZA 4FJPA 3G3JA 2A5TA 3KOTA 1Z7NE 3D4CA 3IO6A 1FQEA 3K00A 3SETA 2H9BA 4H0WA 3T93B 4F22A 3BBRA 1ZTYA 1TFDA 4QFKA 3I6VA 2QMWA 4NE4A 4OHNA 3UA8A 1SW2A 2RC7A 1FTLA 1B51A 1PBPA 3KN3A 2VOZA 5ICTA 3OMBA 2DE2A 5L9MA 4QSDA 1USYE 4NF6A 5BWJA 5LOMA 4RYAA 3ILTB 3UN6A 1LCFA 4FEBA 1UTHA 3QUJA 1M5EA 3MP8A 4RNSA 2D21A 4U1ZA 3Q26A 1HSEA 4MLVA 4NF4A 3RQTA 2PVUA 3KOSA 5I84A 4H5GA 3RTWB 3HPIA 3N6TA 2Y7KA 1JW4A 3EPEA 3MWBA 2DWHA 3KG2A 1URDA 3OSQA 2LAOA 2O1MA 3M8UA 5KDTB 2GH9A 4WEPA 5I2KA 4N13A 4OYVA 3TEPA 1B4ZA 2XXPA 1TT1A 3A3UA 3DM0A 5KZTA 1USYH 2REJA 3N94A 3T9XB 3KN7A 4JSOA 2OK2A 3HSTA 3MBPA 5I56A 4R6KA 1SDXA 2GFEA 1DOTA 5BUUA 4HCYA 1LAXA 4ZDMA 4AB6A 5KCJB 1AH5A 3KSXA 1PB7A 3T9HB 1MY2A 3VLVA 3FXRA 1L5TA 1UIUA 2VGQA 5HBCA 3EN3A 4F3GA 4TOZA 3PUWE 3D4GA 3FUZA 4DXCA 3KN8A 3TMGA 4OMBA 4C1UA 4F39A 1AIVA 3PMWA 1PBQA 4QFNA 2QL3A 4H67A 1XVYA 4Z0IA 4YAHX 4PP0A 2QS4A 3V5AA 3ODBA 1B05A 1B0LA 3K0VA 1MXXA 4C1TA 4IY5A 4IO5A 4R72A 1MQIA 3E9XA 4XIGQ 5I57A 3H3GA 2OLBA 2H4IA 1MPDA 4GLIA 4Q8RA 3LR1A 4U22A 4ZEIA 4OETA 3MVYA 4GRKA 2XX8A 5H8FB 5A5XB 4X48A 1RYOA 4LQ5A 1Y3NA 3SEUA 3OO7A 1R9QA 2DOJA 4LVQA 4ZZAA 3TKDA 2XXYA 4ZS9A 1MDQA 2DVZA 5CC2A 1O64A 2ZMBA 5H8HB 1SW4A 3MJNA 1R6ZA 3TTMA 2QMXA 1ZMGA 4WXJA 2DS9A 1XS5A 2B65A 4XKQA 1MY3A 3IB0A 5CMKA 4DLDA 4L17A 3RUMA 4PFTA 2I48A 4K3FA 4YB5A 4EUOA 4OFJA 1RKMA 1SVXB 4G68C 1XOCA 4GF8A 3LBSA 1A40A 1H44A 3T96B 3CSGA 3K6WA 2VP1A 4H8JA 4YKKA 1IIWA 1TFAA 3A09A 2AL5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y84A 4TLMB 2H25A 4PAKA 1B4HA 2XWIA 5F1QA 4KXPA 2RINA 2F7AA 4EXKA 5H8NA 1FBPA 3W15C 2QVRA 3TTLA 4DCXA 3VXCA 4GX4A 1LLSA 3TTNA 4BLAA 4GWZA 1NNPA 2Q88A 2XWOA 1MQGA 2D3IA 2ZNTA 3S9MC 4P3LA 2DYXA 2H99A 1OLAA 1B3EA 3GLBA 2XA5A 5J16A 3PU5A 3KEIA 2ABHA 4YB6A 1SW1A 2F97A 2O7UA 2CMOA 2WKYA 1BIYA 5DEXA 3KSJA 1OVBA 1MQHA 5IM2A 1IQ7A 3G3FA 5ISUA 4N8YA 1NKXA 1URSA 4KR5A 4H65A 3CFLA 1EH3A 1B9JA 1AL3A 1FBDA 5L8DA 2DWJA 1B7UA 1EYIA 4LATA 3IOWA 4OERA 1QKBA 4RPNA 1OVTA 4NEDA 4X8RA 2Q8JA 4DXBA 2BJJX 2V84A 1FPDA 1H45A 4GWWA 5JEIA 3TCGA 1B7ZA 4GD5A 1ZIUA 5DVIA 4OESA 3KC1A 3SKPA 1O7TA 5AE4A 3TYHA 4R9GA 4EQ9A 1Q1KA 1FTMA 2FIXA 4GXSB 2O51A 3OO8A 3E3KA 1UQWA 5IKBA 2E0SA 1N04A 3FVKA 3RT6B 4ONYA 5ESYA 1FW0A 3CIJA 2CZLA 4PGPA 1SI1A 3V89B 4PDDA 2QVUA 5ET5A 4F2OA 3R26A 4FORA 3MPLA 1A54A 4O7IA 4UACA 2OJTA 3QIMA 4JBZA 4G77A 3IR1A 2ZZWA 2I6EA 3OO6A 4ELPA 4YZZA 1DTGA 5CRYA 4PFIA 4P1EA 2HAVA 3FJGA 3RY3A 1Y1ZA 3MQ9A 4R2FA 2P0SA 3HCQA 4F29A 4LZ5A 3Q29A 4GL8A 4P1LA 2F6GA 5I3SA 1XVXA 2CZHA 2PYYA 3W9VA 1GGGA 3SEWA 4PFUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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