1J1NA

Structure analysis of algq2, a macromolecule(alginate)-binding periplasmic protein of sphingomonas sp. a1., complexed with an alginate tetrasaccharide
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
KEATWVTDKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAKESFRLTNVKLQSVANKAATNSQEQFNLMMASGDLPDVVGGDNLKDKFIQYGQEGAFVPLNKLIDQYAPHIKAFFKSHPEVERAIKAPDGNIYFIPYVPDGVVARGYFIREDWLKKLNLKPPQNIDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEVPFIDRHPDEVFRLVNFWGARSSGSDNYMDFYIDNGRVKHPWAETAFRDGMKHVAQWYKEGLIDKEIFTRKAKAREQMFGGNLGGFTHDWFASTMTFNEGLAKTVPGFKLIPIAPPTNSKGQRWEEDSRQKVRPDGWAITVKNKNPVETIKFFDFYFSRPGRDISNFGVPGVTYDIKNGKAVFKDSVLKSPQPVNNQLYDMGAQIPIGFWQDYDYERQWTTPEAQAGIDMYVKGKYVMPGFEGVNMTREERAIYDKYWADVRTYMYEMGQAWVMGTKDVDKTWDEYQRQLKLRGLYQVLQMMQQAYDRQYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of AlgQ2, a macromolecule (alginate)-binding protein of Sphingomonas sp. A1, complexed with an alginate tetrasaccharide at 1.6-A resolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords AlgQ2
source organism Sphingomonas sp.
molecule tags Sugar binding protein
total genus 171
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1j1nA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1j1nA02
1JVYA 3FXUA 5A5XB 2Z8EA 3LUYA 3FIRA 2GHBA 4R74A 2I6EA 3JV9A 1WVJA 3QAXA 5KDTA 3OSRA 4OERA 3TQLA 1M5CA 2P2AA 4NWDA 3GXAA 4NF8B 1LAGE 1BKAA 1EZPA 5F7VA 4OHNA 4FATA 3V5AA 4QFNA 3W9WA 4PETA 2F6PA 1SBPA 4DXBA 2Y84A 3SEXA 1XVYA 5EHSA 3LSLA 2I48A 3HV1A 3OENA 5AA4A 1EH3A 1LB9A 4C1TA 3O6GA 3SEVA 4DE8A 1NL5A 4JB7A 5JEIA 2QS1A 5DVIA 1B3LA 2DXRA 4LZ7A 3KG2A 2VGQA 5I2NA 3I5OA 3V83A 1ZTYA 4Q30B 3MVWA 1P1OA 4IGRA 2F7BA 4QSDA 4LUBA 1H44A 3QUFA 4RNSA 1Z7NE 4RK9A 4EQ9A 4N6PA 4FEBA 1NMUA 2R6GE 1R9QA 1URSA 3T22A 5JTYB 3C33A 3K1NA 1NKXA 3TELA 4LATA 4OQOA 5BUUA 1D9VA 1N04A 3PUXE 5I56B 1MG1A 2G93A 3OO7A 4IO7A 1EU8A 3EHUA 1HSJA 5H8HB 4G68A 3VVDA 4LQ5A 4BLAA 3MPKA 4KYSA 4DDDA 2H4IA 4X1BA 4NF4A 2RINA 3LBSA 3MVXA 5I2KA 4XKQA 4YMAA 3H06B 2QMXA 3ILTB 1US4A 3T93B 4E0WA 1ELJA 4KCCA 3C35A 1P1UA 2RC9A 1B3HA 3HHGA 2PT1A 4XKNA 5H8FB 3ZSFA 1SW2A 2BJJX 1OVBA 1JW5A 4F22A 1N7XA 3KSXA 1Y4TA 3FXQA 3TAJA 4MFIA 5H8QA 2VD2A 5CI5A 2DYXA 2O51A 4ZEIA 1B58A 1M5BA 3EHTA 2DOJA 1MQIA 4FE8A 4HW8A 2XXWA 4GIZA 4QHQA 4JWXA 1A7LA 3K01A 2XXIA 3FV2A 3G3GA 4IY6A 4MF3A 4ZZEA 2I3VA 4U21A 3SESA 4GWOA 4PFTA 4THIA 1GVCA 4QFLA 4R73A 1A54A 4IO5A 2V3TA 1MQHA 1TT1A 3FJGA 1HSLA 3K1MA 4JSDA 2UYEA 3USDA 3A09A 2O68A 4QFOA 3UGWA 3SETA 2DVZA 3OD7A 4OXVA 3HO7A 3MC2A 4ZEKA 4WXJA 4YZZA 2I49A 2Q9TA 4PFYA 3TEPA 1LB8A 4AB5A 4GOTA 3MPLA 1B0LA 3FVKA 3KJTA 4YKJA 5CM6A 3VFJA 3Q28A 3TCHA 4GFRA 3PD9A 1FQEA 3V8XB 2FNCA 3V89B 3A3CA 1WDNA 1I6BA 1NNPA 4FECA 2ABHA 3IK6B 4F31B 3U8QA 1TFDA 3PV0E 4RPOA 1LCFA 1MPDA 3C32A 2XXXA 4R2FA 4YMBA 3MBPA 3TODA 4ISUA 3CSBA 1J1NA 3UN6A 5TU0A 2R9JA 2OBGA 4F3BA 5FTIA 4ECFA 1QULA 4F1YA 3ZKLA 3LSFB 2O6AA 2QS4A 3MZ9A 3OEKA 1IITA 3VLWA 1I6AA 2DE2A 2UVGA 5HBCA 2V3QA 1MPCA 5CMMA 5DTBA 1UTBB 2V3UA 3KZGA 2FYIA 4WKMA 4KI0E 2O1MA 1IXHA 4QFPA 1P1NA 1XVXA 4GF8A 1IXGA 1SQYA 3SERA 3ECRA 2F8DA 1ZBMA 2H25A 2OJTA 4R6YA 2GHAA 3B6QA 4Z7EA 2P0SA 4U4SA 3LSWA 4HCYA 2QL3A 4XXUA 4F1VA 2AL4A 3IJOB 3B6TA 3A3UA 3PPOA 1PB8A 4IO6A 3QUJA 3H6UA 3O9PA 4YB5A 3RT8A 4KQPA 3N6TA 1QJMA 1ANFA 2XX7A 3HN0A 3RGYA 4R72A 4X9TA 1YPNA 1A8FA 4NF5A 2XXTA 3TTRA 1PDAA 5I58A 1MY4A 3G3JA 1FTJA 4LP2B 3IOWA 5A5XA 1MY0A 1SW5A 4ESWA 4DIGA 3VV5A 2DQVA 3C4MA 1S9TA 4WEPA 1PC3A 4NF8A 3IB0A 1BTJA 4ZZAA 3AXFA 2ZMBA 1DOTA 1AH5A 3FVOA 2F36A 5DEXB 2XD2A 1B32A 1SI0A 2HXWA 4DXUA 2X26A 2IEEA 4F29A 4BDQA 2RCAA 3DP6A 3M3FA 1JQFA 2RC8A 4ELRA 1MRPA 4EQ7A 2F35A 1MY2A 3VLVA 4LZ5A 3C34A 3CG3A 3PPQA 3RQTA 1QUKA 1Y9UA 1MM7A 1SVXB 1N76A 5CC2A 1XT8A 2DXYA 1UIVA 1LAXA 4GXAA 3H3GA 2DWJA 3PUVE 1MQGA 1OQHA 3EF7A 1PBPA 5EYFA 2XX9A 4Q0CA 1NNKA 1B5IA 4GL8A 3FVNA 2ANJA 4TOZA 1USYE 5JTYA 3D4GA 4KPTA 4OWDA 2UXAA 1MXVA 1VSOA 4Q8RA 1IQ7A 2ZYNA 3MP8A 5L9SA 2ESNA 3IJXB 1MH3A 1UTHB 3FXRA 2H5YA 4OETA 1NNTA 5I56A 5ITOA 3LC8A 3PMVA 5I59B 3B6WA 4R6HA 2ZXTA 2REJA 1N0TA 3H6TA 4PFUA 5H8HA 5AA2B 3UA8A 2A5SA 1TXFA 1UIUA 2P1SA 3FGSA 1R1NA 2R71A 3MUQA 4R6KA 1B7ZA 4MLQA 3K6XA 2DWHA 4QSCA 2UVJA 1LBCA 1PB9A 3G3HA 4RK2A 1MXUA 4ZEBA 4H0WA 4DXCA 3H7MA 3K02A 3ONMA 4I62A 2O7UA 2CZLA 4XKPA 3S9EA 1AL3A 2RC7A 2Y7RA 4H65A 3Q29A 5ELVA 5L9MA 3GLBA 5H8FA 4R9FA 3GBAA 1MQJA 2DWIA 1QKAA 2IA4A 4L17A 4YKPA 1DSNA 1ZKBA 5KCJB 2DP8A 1QUJA 4PQJA 4I9DA 4OEUA 3DM0A 2RKMA 2HZKA 2VD3A 4WEDA 2AL5A 1QW0A 1B40A 1T0KA 1XC1A 2F6GA 3O28A 5AA3A 1Y20A 2HZLA 1LBBA 3UIFA 1H43A 3PGFA 2YPNA 4EF2A 4GD5A 4YB6A 2I4BA 1IEJA 2H9BA 4TLLB 5DYHA 4OVJA 1VR5A 4DLDA 4EXLA 1I69A 3D4CA 1Y1ZA 1B2HA 1B4HA 1POTA 4F3GA 2ALUA 3OO8A 3MJNA 3KN3A 3TMGA 3TYHA 3O2AA 5EHMA 2NUVA 1B4ZA 1B05A 3PUWE 1TWYA 5AA2D 2XXQA 5L8DA 3EHSA 4OFJA 1DPEA 3ILUB 1MXWA 3WAEA 2NXOA 1ZIUA 3K6WA 5LOMA 2Z22A 1B3EA 3T9UA 4ZE9A 4F3PA 5CBRA 4YAHX 5J1DA 4MH5A 2E1SA 1LCTA 5CMCA 3H4ZA 3L6GA 4C1UA 1MDP1 3FJ7A 2M8CA 4R75A 3R6UA 4F2OA 1JETA 3PMXA 1Q1KA 3GBBA 2Y7WA 1H76A 3HSTA 3QK6A 4IY5A 2OCUA 4ZE8A 4F19A 1PBQA 3IORA 4QRZA 1IXCA 1JW1A 2HEUA 2OWTA 1JNFA 2GFEA 4XTCQ 3RTFB 1N84A 4F2QA 2B65A 1S7YA 2ZYMA 4F1UA 4OFLA 3HPIA 2D5WA 1UTBA 1R9LA 3CFXA 1MDQA 1RYOA 3VLUA 1SW4A 1P1WA 3KEIA 3TPAA 3TZAA 3CFLA 3IB2A 3PD8A 1YCJA 3IB1A 3OO9A 2A5TB 1SDXA 3KBRA 2ONKE 2HQ0A 2QRYA 1D3KA 4GXSB 1MXXA 2DE3A 2F5XA 4OESA 3TDJA 4POXA 4OFOA 3OELA 1UQWA 1B7HA 1URDA 1FQFA 3TTLA 2DS9A 3CIJA 4FORA 4BDLA 2XXYA 4QFKA 2O1LA 5H8SA 4I1DA 1FTKA 3LR1A 5I57B 1D9YA 3IO4A 4ND9A 1AMFA 1A99A 4AB6A 4MBPA 3N6UA 3CFZA 3MVYA 5M2VA 1P1QA 4RA1A 2Q2AA 4O3CA 1B5JA 1ATGA 3G3FA 4M4GA 4ZDMA 2Q2CA 4IO2A 3H03A 3PPRA 2I4CA 3DELB 4YKKA 2PX1A 2Z8FA 4NE4A 2GRVA 3HCQA 3RY3A 3R26A 1XHYA 3VVFA 3VVEA 4DCXA 3UK4A 2Z23A 1JVXA 4AQ4A 2ZNTA 4U1ZA 1BLFA 1DTGA 4U22A 1HSEA 3U94A 2WKYA 5DEXA 3S9NC 3IOTA 3K1PA 4HTGA 2I3WA 1F9BA 3SEUA 3QSLA 2HAUA 2AYSA 3G3KA 5FTHA 1OIBA 1RKMA 1NFTA 3K0VA 1M5DA 4YB7A 1B1HA 3O29A 5F1QA 1LGBC 2THIA 3W15C 4U2RA 3MP1A 1JW4A 3B7DA 2X7PA 1LLSA 4JBZA 5FHMA 3U92A 2Q88A 5DT6A 2XXPA 1B7UA 5IKBA 3U1OA 3BKIB 4E0XA 2CMOA 5TP9B 4BDNA 3VDFA 5HM4B 4YKIA 3TFLA 1M5FA 4P0IA 1A55A 2OK2A 2Y7IA 4G2ZA 2RF1A 2XXRA 3I3VA 1UTHA 2V93A 1N7WA 1Y3PA 2XXUA 1ZLQA 5I59A 1GV8A 5ICQA 5AA2A 1DPPA 1FCKA 2H99A 3DLNA 3OOAA 5TPAB 4XIGQ 1O7TA 1MQDA 5H8NB 3OO6A 3MVZA 4HCWA 4Q5TA 3MQ9A 4FIMA 4NTLA 3KOSA 5FHNA 1LAFE 3HHFA 3C36A 5ICTA 4POWA 4EDPA 3R7XA 2V84A 3KFMA 4NF6B 1FTLA 3FUZA 3BFUA 5IAIA 5HPQA 3CSGA 3PPNA 4LONB 3IL1B 1II5A 3K4UA 2XHDA 2E0SA 3P7IA 4KYDA 3KN7A 3C31A 1LFIA 2I58A 3OXNA 2AIXA 3OSQA 4G8MA 1B5HA 3FZVA 1FTOA 2I0CA 2D21A 1B1XA 3CI8A 2F7CA 5KCJA 3MZ1A 3RTWB 3UP9A 5CMKA 1JEUA 5KZTA 5DVFA 4RJZA 1VFEA 4X1DA 1D4NA 2H98A 4GL0A 4R2BA 1SD3A 4F39A 1AOVA 5CMBA 1QUIA 3TCGA 3SEYA 2NWJA 3EN3A 3K00A 1IZ1A 3M3KA 1VFDA 2OZZA 3U72A 3K2DA 5B7DA 2XXHA 4K3FA 3VXBA 3FV1A 3GZGA 4M1VA 1CB6A 1EZOA 1NH7A 4PE5B 1ZU0A 3M3LA 4ZEDA 4KCDA 2Q8JA 1MXZA 3T96B 1B52A 4JWYA 3ZKKA 1RYXA 1FW0A 4JXIA 3FJMA 3FASA 2ZNUA 3U93A 3K6UA 2F97A 4G8HA 2ONRA 3SKPA 1QKBA 4DCYA 2Y7KA 1MY1A 2VHAA 3OEMA 2REGA 3JZJA 1PB7A 5ISUA 3RPWA 3TQWA 1YTVA 2PT2A 1ZMGA 4FJPA 4P0GA 5KDTB 4G4PA 2XXVA 4H1XA 1M5EA 3VE1B 4OENA 2NVUB 1NNFA 1TFAA 3PU5A 2ZNSA 4ELQA 5AA1A 3FVGA 3JYRA 4ZECA 4Z0IA 2W7YA 3K6VA 1LFGA 4FAJA 2B3BA 1DMBA 3E13X 1NH8A 3QYTA 4RY1A 1B9JA 4FEDA 2OWSA 3E4RA 2O84X 4KHZE 2GH9A 3S4UA 4X48A 4TLMB 4BDOA 4U1OA 5AA4B 2DVCA 2PVUA 4KFQA 3IO6A 3E3KA 1Y1MA 1OVTA 5ITPA 1H3DA 4JWOA 3CR9A 1EZ9A 2HAVA 5I2NB 1FQAA 2B3FA 5CBSA 4BDRA 1BIYA 4F3SA 2QPQA 1JEVA 3MZBA 1VE4A 4G77A 4F18A 3S2VA 3MWBA 4MLVA 1R6ZA 1I6QA 2D3IA 4GQOA 4IO3A 3F11A 1PEBA 1N3WA 2ZYOA 4LZ8A 4G8NA 4P11A 4ZEFA 2A5TA 3RUMA 1SYHA 3TKDA 2NOOA 1O64A 1OQGA 3I6VA 3Q25A 2PBWA 4QSEA 4ELPA 1IUDA 5AE4A 1Y3QA 1LAHE 4G68B 3TTKA 4RPNA 3KGCA 4YU0A 4OYVA 1B3GA 4NF4B 3H6WA 1QVSA 3N26A 5I2KB 2UYFA 1CE2A 4H8IA 4KR5A 4GRKA 5I57A 4H5GA 3N5LA 3PUYE 1FQDA 4IB2A 1B3FA 2G29A 2V25A 3UORA 3O6IA 1A40A 3O6HA 1A8EA 1N3XA 2QJEA 2DE4A 3CG1A 2I0BA 4EXKA 1US5A 1SI1A 3EPEA 2O69A 4R9GA 3OMBA 4IGTA 1USYH 4UA8A 1IIWA 2DWAA 1LFHA 3IAZA 3N94A 3CRBA 2LAOA 3LSXA 3C9HA 4JSOA 4RXLA 5DVJA 3VXCA 1Z7ME 3Q26A 1MY3A 3ODBA 5H8QB 2F7AA 1B6HA 4ONYA 1OLCA 1Y3NA 4U4XA 1GR2A 1XOCA 4H5FA 2O7IA 3S9MC 5B70A 3T9VA 4ZS9A 1MPBA 3T9HB 1KWHA 2RCBA 4OMBA 3RLFE 1DTZA 2XX8A 3EQ1A 4XKRA 4PP0A 5BWJA 2QS3A 3T66A 3MP6A 2X7QA 4G68C 4PFWA 3RNNA 1FTMA 3G7WA 4GLIA 1B51A 3S9LC 4UACA 3SDFA 1Q35A 4H6DA 1FQCA 1P99A 5FHOA 3TTNA 3W9VA 3DP4A 4BDMA 4HS7A 2YJPA 1IXIA 3KOTA 4O3AA 3SEWA 4OZ9A 4N07A 2HCAA 3M8UA 3DP8A 5TP9A 4LVQA 1O63A 3MAMA 3TTMA 3H6VA 1WODA 2UVIA 3T9XB 3ZS6A 3BBRA 4I8CA 3G3IA 3PPPA 3PUZE 3BFTA 4QF9A 4NEDA 4KD5A 3CVGA 3WAFA 3IX1A 5TPAA 1B46A 3L6HA 4H67A 4OTEA 5H8NA 4RYAA 2PMSA 3E9XA 2HFBA 3QXMA 1B0HA 1OMPA 1BP5A 4IO4A 1LSTA 3O66A 4GVOA 3KJ7A 2Z8DA 1H45A 4NF6A 2OLBA 4DZ1A 4ESXA 2F34A 2VOZA 3FATA 4YICA 1MS7A 3KSJA 1GGGA 4H8JA 2QSXA 4U23A 4C0RA 3TCFA 3Q27A 4NWCA 4OEVA 2QS2A 2KLFA 4EF1A 3QIMA 3IR1A 4TQUQ 2VP1A 1ZJLA 1XS5A 2PYYA 3O97A 2Q89A 2UVHA 1URGA 3MW0A 1MH4A 4EQBA 2DSFA 4KYEA 1SW1A 2QMWA 4NMYA 2XD3A 5JK4A 1L5TA 4JDFA 3THIA 3IOUA 1OLAA 4EUOA 3RT6B 2Y7PA 5I84A 1Y4CA 4LA9A 3TUSA 5K2XA 2FA7A 1GTKA 1MM6A 2F78A 5L9OA 1YAEA 2YLNA 4ELOA 4N13A 3RN8A 4LQ2A 1MXYA 3IOVA 5CRYA 4NF5B 1POY1 1AIVA 3FD3A 2ONSA 1S50A 5I58B 3KN8A 1FQBA 1SYIA 2ZYKA 5K2YA 3PMWA 4O3BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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