1J1PY

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant ls91a complexed with hen egg white lysozyme
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Mus musculus
publication title The Role of Hydrogen Bonding via Interfacial Water Molecules in Antigen-Antibody Complexation. THE HyHEL-10-HEL INTERACTION
pubmed doi rcsb
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1j1pY00
3WPKA 1VFBC 3W6BA 3WVYA 1LZAA 2WARA 4NGLA 1YILA 2YBHA 2IFFY 3CT1A 4NGKA 3RU5A 2EQLA 2GV0A 4NSGA 1JTPL 2MEHA 4H92A 1G7IC 1OUBA 5LVHA 1JPOA 3LYTA 1GB8A 4RLMA 2BQLA 2HEEA 2DQJY 5I4WA 1DI5A 1LZSA 1GB3A 5LVJA 4R0FA 1Z55A 1LHIA 3EBAB 1ZVHL 2XBRA 3LYZA 1REMA 2BLYA 5FCPA 1IP6A 1LHJA 4GLAA 5C6LA 1NDMC 5I4XA 1LJIA 4G4BA 2ZQ4A 4MR1A 5HLLA 1YKYX 2I6ZA 4Z3MA 3HFMY 1GFGA 2BQAA 5DM9A 1UICA 3ULRA 1IP5A 4PJ2C 4N5RA 2N5ZA 194LA 3IJUA 1CJ6A 1C7PA 1LHHA 3ZVQA 3K3TA 1D6PA 2CWIA 2BQBA 2HTXA 3AZ5A 4XJFA 2Z19A 1XGPC 1LJFA 4P2EA 1GE1A 132LA 2FBDA 2W1YA 1LSAA 1GPQC 3M3UA 1IVMA 4YOPA 1IWTA 1B2KA 1GB0A 4QY9A 1QSWA 5KXMA 1GB9A 2LYZA 3W6CA 4H93A 1AM7A 1BWIA 3TMUA 1HEMA 3MGWA 1IO5A 4CHXA 1KXYA 1LMQA 1WTNA 4N1EI 1B7MA 1DI4A 2D6BA 4L41A 1JHLA 208LA 1BHZA 3F6ZA 1B7LA 4OWEA 5DN5A 4AXTA 3A93A 1B7QA 1KIQC 2DQEY 1OUDA 5APFA 2F2NA 1B5XA 4FDYA 1H6MA 5D5FA 1NQIA 1OUAA 1LSNA 2HUBA 4UWNA 4U3XB 5B1FA 1YAPA 2MEGA 2W1LA 2Z38A 4NGJA 4RW2A 1GFKA 1UIBA 4N0JA 1FKVA 1AZFA 1VDQA 2ZIKA 1B5ZA 2CDSA 1LSZA 4GCCA 1JITA 4MCKA 1EQ4A 4LYZA 1A4VA 3VWOA 1IWZA 4CFOA 4TX7A 4YM8A 1EQ5A 2BQMA 5LXWA 4NGOA 4E3UA 3A34A 4LFPA 4H90A 1IP7A 5APCA 1GFRA 4H9IA 1GDWA 4X3BA 1IX0A 1GWDA 1LZEA 4J1BA 1V7SA 4NIJA 5LIOA 1IWYA 4NWHA 9LYZA 2FYCA 2FYDA 2BQFA 3CSQA 1JEFA 1GHLA 1NF5A 1UACY 4YF2A 4IATA 1IOSA 3A94A 1FDLY 4B0DA 1F6SA 2G4NA 1HEPA 4DWXA 1B7OA 1LZ9A 4LGKA 2A7FA 2W1XA 4XJDA 4NSIA 4EMNA 3FI7A 1E8LA 3A95A 4CFPA 5L9JA 1UCOA 1GXXA 1YANA 2H9JA 5KXLA 1BWHA 4DD3A 1IOQA 3HBDA 1WQQA 1CNSA 1WQOA 3AZ6A 4H8YA 4NHPA 6LYTA 4HPIA 1MLCE 3WPLA 1BB7A 3TXIA 1GFEA 1GAZA 2DQFC 3A3RX 2F4AA 4LYMA 4OWAA 5APEA 1NBYC 2MEAA 3FE0A 153LA 1D9UA 1LZ4A 1KIRC 4XJBA 1LHKA 4LYOA 1LZ8A 1LSPA 4QGZA 1HEQA 3CSZA 1KIPC 1LJHA 1IWWA 1GF0A 4H9CA 1GBOA 8LYZA 2G4QA 3WPJA 2LYOA 4ANRA 1GB6A 1XGQC 3D9AC 4B49A 5M1YA 5KKJA 3A3QA 3TXDA 2LHMA 5LYZA 3AJNA 1UIHA 4LYTA 2RSCA 2BAAA 5I5QA 3P65A 4ZFPA 1OQMA 3AYQA 1LZ1A 2BQNA 1GBXA 4WO6A 3RNXA 4B4EA 3TMXA 3J6KA 4DDBA 2DKVA 4PRUA 1GBZA 1D0LA 2BQIA 5LINA 1WTMA 4WM5A 1XGRC 3AZ7A 1JJ3A 6LYZA 4HP0A 5LVIA 4C3WA 3TXJA 1HEWA 2C8PA 1LMPA 1INUA 3BKHA 3LZ2A 4N9RA 1QUTA 1UA6Y 2HEFA 1SQ2L 2XBSA 1AT6A 1LSMA 5C6IA 1W08A 2ZNXY 3LYOA 4LYBA 3AZ4A 1HF4A 2MECA 3G3BB 1JKDA 1GB2A 1J1XY 2DQCY 1GF3A 1DQJC 3ATNA 4W96A 3P4ZA 1CKHA 3B72A 3OK0A 4H9FA 3LZTA 1CJ9A 1UUZC 1ALCA 1HSXA 1LKRA 2CJLA 3B0OA 4NSJA 3E3DA 4DYGA 4DD2A 4EOFA 1YAQA 5KKIA 1JJ0A 1DKKA 1SLYA 5F9UA 1IP1A 3IWRA 4NGYA 1J1OY 5FHWA 5B1GA 1REXA 5EBHA 1LZ6A 1YROA 1IORA 1IC5Y 4PHIA 3WUMA 3LN2A 1IEEA 1NKHA 3WMKA 1G7LC 4HTKA 4LT2A 1GF7A 1LSYA 2ZNWY 2G4PA 4KXIA 1FLYA 207LA 1JKBA 1IOCA 1JSFA 2Z37A 2B5ZA 2YVBA 3D3DA 4WM1A 2MEIA 3WU8A 5B06A 133LA 5ILFA 4XADA 4GN3A 4IASA 2BQKA 4OWBA 4OOOA 5KY1A 2BQDA 5B59A 5F81A 3RW8A 4O34A 2MEEA 5KXPA 3TXBA 5J7CA 5A3ZA 4ETDA 1HERA 1LHMA 5T3FA 1MELL 3AGGG 3TXHA 3AB6A 1HHLA 2DQHY 3WYHA 4TWSA 4CGEA 1LJ4A 2DQGY 4ZEEA 1JKCA 5F14A 4R6CA 1WVUA 1FLUA 1BVXA 1JUGA 3QE8A 5F16A 1D0MA 1B5VA 1GF6A 4YEMA 1T6VL 1JTTL 1LSBA 3CT5A 5KXSA 1AKIA 4LT0A 2ZQ3A 5ILCA 1C45A 1T3PA 2H9KA 1GB7A 2MEBA 4OWCA 1IR9A 1GBSA 1LPIA 1IY3A 5L3HA 5KJ9A 5LA8A 4C5FA 2I26L 4BAPA 5K7OA 4NG8A 1FLQA 1FBIX 1F6RA 4BADA 1JIYA 1NDGC 3AGHA 4NGIA 1IP2A 1WQRA 1YL1X 5IELA 1UBZA 1QSAA 1LYSA 2NWDX 1B0DA 1IR7A 3WW5A 1B5YA 1REZA 1HNLA 4UWUA 4HJYA 4H9BA 1GFAA 4LYCA 4WM6A 1CJ8A 2W1MA 1LMAA 1FLWA 4H91A 4N8ZA 4PGJB 2ZWBA 1XEKA 1JISA 1LJ3A 2YBJA 2Y8PA 1LJNA 5KXWA 4H94A 5KXTA 1G7HC 1LCNA 1CKFA 1LJEA 2D4JA 4NGWA 4RLNA 4II8A 3AW6A 4TUNA 4RDSA 1BGIA 1LZCA 2Z18A 1NBZC 1OUIA 4NHSA 1LZBA 4LZTA 1CKGA 1B7NA 1LSEA 5HMVA 4NG1A 5IHGA 1YL0X 1FKQA 2BQCA 4DD1A 1GFTA 1YQVY 3HBHA 4NEBA 4WM4A 2D4KA 2HEAA 4H1PA 1XSFA 2MEDA 1PS5A 3RT5X 1GAYA 1D6QA 1OUGA 1QTEA 4NFVA 3TXFA 2LZTA 2C8OA 2DBTA 4TSCA 4OOTA 2BQGA 5HNLA 3WU9A 1UIFA 1O23A 3WUNA 2ZYPA 4WLYA 1RJCB 1WQMA 1GE2A 2Z39A 1HFYA 1LZ5A 2ZILA 2MEFA 1PZYA 1YKZX 3A8ZA 1GF4A 1JWRA 4NWEA 2EIZC 1HMKA 1DZBX 1LZDA 1TDYA 1XEJA 1LZYA 4G49A 4J0LA 2DQAA 4UWVA 5E9RA 1LMOA 3EO5A 7LYZA 1QQYA 4Z46A 1G7JC 2YDGA 1KXXA 3A96A 1GFVA 4G4CA 1GEVA 3N9AA 4Z98A 2F4GA 4H9HA 3GXRA 2XTHA 1XGTC 4YENA 5DL9A 2H5ZA 1QDTA 4LT1A 1HC0A 4I0CA 1BVKC 1JSEA 4GCBA 5FEKA 3RZ4A 1AT5A 4HV2A 1QUSA 1ZVYB 1LSCA 4WG1A 1RI8B 1LZRA 1F0WA 3B0KA 3TXEA 4H8XA 1XEIA 3ZVQB 1IWUA 1VDPA 1GFUA 2IHLA 3T36A 3WH1A 4NGZA 3WW6A 2D91A 1GE0A 2DQDY 4ETBA 5JENB 1HEOA 3LHMA 4WLDA 3W3EA 1RFPA 1J1PY 1TAYA 2HEBA 3B6LA 3QY4A 4HV1A 4M6DA 5KXRA 5LA5A 4WG7A 1LYYA 3A6BY 1OUEA 5DLAA 1B7PA 1LAAA 3IJVA 1TCYA 1GXV2 1OUFA 1BWJA 1OUCA 3CB7A 4GCEA 4QEQA 1KXWA 3SP3A 5LYTA 2FBBA 1C43A 3CQLA 1IWXA 1VAUA 4FJRA 2F30A 4J7VA 1DPXA 1ZMYL 4WL7A 4KPMA 4MSTA 4G9SA 1GE3A 1LKSA 2I25L 4NSHA 3CSRA 1GFHA 2Z12A 4M4OA 1CJ7A 1B5WA 1GBYA 1LHLA 1IP4A 2BQOA 4WLTA 5KXXA 4ML7A 2HEDA 4H9AA 1LMTA 2D4IA 5E4PA 2LYMA 2CGIA 4ET8A 4J1AA 1WVVA 2BQEA 2YSSC 3AW7A 1LYZA 1GBWA 4GN4A 5HQ1A 5B05A 1EL1A 1TEWA 4NHIA 3WU7A 1XFPL 2BQHA 3P68A 1JTOL 1W6ZA 1HMLA 2BQJA 1YAOA 5KXZA 4XENA 1OUHA 5F9XA 1VEDA 4HJVA 1B7SA 3ZEKA 1LSFA 4HJZA 1I1ZA 1V7TA 4W94A 4AGAA 3M18B 4WO9A 3OJPA 5I4YA 3W6AA 1JJ1A 1RCMA 4RW1A 5LVKA 5KXOA 1LTMA 5FDJA 1GB5A 1GF8A 1H87A 1LMNA 1QTKA 3WXUA 2DQIY 1GDXA 5IDDA 4OWHA 1LZTA 4PRQA 3TMVA 4WM2A 1TBYA 3A91A 4DD9A 134LA 1NHEA 1IC4Y 1N4FA 4XYYA 1JKAA 3W6EA 3WULA 4B1AA 1LYOA 4OW1A 2EKSC 1DI3A 4D9ZA 2VB1A 4G4HA 1WQPA 1LSGA 1I20A 4WL6A 3KAMA 4NGVA 4H8ZA 5APDA 4GCDA 4XJIA 3BKVA 4HSFA 1LJGA 5L3IA 3A90A 3W6FA 5FSTA 4N1CC 4TSBA 1HSWA 5LVGA 4XN6A 5LAGA 2Z2FA 4WM3A 5KXKA 4TTDA 1BQLY 4KT3A 4WLXA 154LA 1LJJA 4ZIXA 2LZ2A 2EPEA 5KXNA 4ETCA 3ATOA 4PPOA 4GN5C 2YBIA 4ETAA 1C08C 4DDCA 2ZIJA 4ETEA 3EMSA 1IIZA 1GF5A 1YIKA 1YKXX 4H9EA 1HELA 4DT3A 4WMGA 4DD7A 1B9OA 1UIDA 1B5UA 5DN4A 1I56A 135LA 4NY5A 5I53A 1LMCA 5B07A 1UIGA 1HFXA 4DC4A 1A2YC 2X0AA 3P64A 1BB4A 3N9CA 4KL7A 5FELA 5LYMA 1RE2A 3A67Y 4XJHA 4IJ4A 4B4JA 1ZV5L 1UIAA 1LJKA 1FN5A 3G3AB 2HU3A 4LT3A 2ZYCA 3B0IA 1OUJA 1LSDA 5LAFA 4CJ2A 1IR8A 5HMJA 1B7RA 1VDSA 4XJGA 1YAMA 4B4IA 4HTNA 4BS7A 3TXKA 1IWVA 5C6JA 2BLXA 1UIEA 3N9EA 4A7DA 1QDRA 1HENA 2A7DA 5D5CA 1GF9A 193LA 2PC2A 2Z2EA 4HTQA 4Z41A 3WUAA 1G7MC 5A3EA 4I8SA 3WXTA 3CT0A 1LOZA 5HNCA 1IP3A 3J4GA 4GLVA 1GE4A 5KXYA 1BB5A 1CKDA 1UC0A 1GFJA 3EXDA 1DKJA 3P66A 1IOTA 4QDNA 1GEZA 3A92A 3LYMA 4DD0A 1DXJA 3WVXA 3GXKA 3AGIA 1BB6A 3TMWA 1BB3A 1DPWA 1NMMA 1F10A 1QIOA 3T6UA 3W6DA 3WL2A 1WQNA 5I54A 1C46A 4GCFA 5II3A 2BPUA 1LZGA 2AUBA 2Q0MX 4DDAA 4NHQA 1D0KA 1IC7Y 3QNGA 4NHTA 1LZNA 2HU1A 2YBLA 4LFXA 4WOAA 2HECA 1NWGA 2YBNA 1EQEA 1OP9B 3HBEX 1VDTA 5AMYA 3A6CY 1C10A 1VATA 3TXGA 1HFZA 4BAFA 1P2CC 1CKCA 1REYA 1XGUC 1GD6A 1IY4A 2XJWA 4ET9A 2YBMA 4HPEA 4YEOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WPKA 3W6BA 1L98A 2WARA 3RU5A 175LA 4NSGA 1OUBA 1GB8A 4RLMA 3HUKA 4R0FA 1LHIA 1ZVHL 3LYZA 1G0KA 2I6ZA 4Z3MA 247LA 3ULRA 4N5RA 139LA 1CJ6A 1C7PA 2BQBA 4XJFA 4P2EA 2FBDA 1L33A 1I6SA 104LA 5KXMA 1BWIA 3C83A 3CDOA 3TMUA 4CHXA 1WTNA 208LA 5DN5A 3F6ZA 3A93A 1KIQC 1B5XA 4UWNA 4ARQA 2RAZX 2Z38A 4RW2A 215LA 4K5YA 1VDQA 4PK0A 1OV5A 1EQ4A 255LA 1PQIA 4LYZA 3VWOA 206LA 4TX7A 4YM8A 2BQMA 1L08A 4LFPA 5APCA 1CX6A 4X3BA 1IX0A 1GWDA 1SSWA 142LA 5KXOA 2BQFA 1NF5A 2L78A 1LGXA 1B7OA 198LA 2A7FA 1UCOA 1GXXA 2RBRA 1BWHA 3HBDA 3AZ6A 4H8YA 1MLCE 161LA 1XEPA 3GUMA 1GAZA 2F4AA 3FE0A 237LA 153LA 1LZ4A 1C6FA 1LHKA 1LZ8A 1HEQA 3CSZA 1LJHA 3DN2A 3DN0A 1IWWA 8LYZA 1GB6A 5KKJA 1L16A 5LYZA 2RSCA 4ZFPA 1OQMA 187LA 4DDBA 4PRUA 2BQIA 1JJ3A 168LA 3TXJA 1HEWA 1SX7A 1LMPA 4N9RA 1QUTA 1AT6A 5C6IA 2ZNXY 4LYBA 1QSQA 3AZ4A 1L92A 1DQJC 4W96A 3B72A 3LZTA 1ALCA 2CJLA 1C62A 3E3DA 4DD2A 3HT8A 5F9UA 4DQ5A 1J1OY 5FHWA 5B1GA 1G0GA 3WUMA 1IEEA 2ZNWY 4KXIA 2YVBA 5B06A 5ILFA 4GN3A 2NTHA 1L12A 2BQKA 3RW8A 4O34A 5A3ZA 3AGGG 2B6WA 4CGEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WPK A;  1VFB C;  3W6B A;  3WVY A;  1LZA A;  2WAR A;  4NGL A;  1YIL A;  2YBH A;  2IFF Y;  3CT1 A;  4NGK A;  3RU5 A;  2EQL A;  2GV0 A;  4NSG A;  1JTP L;  2MEH A;  4H92 A;  1G7I C;  1OUB A;  5LVH A;  1JPO A;  3LYT A;  1GB8 A;  4RLM A;  2BQL A;  2HEE A;  2DQJ Y;  5I4W A;  1DI5 A;  1LZS A;  1GB3 A;  5LVJ A;  4R0F A;  1Z55 A;  1LHI A;  3EBA B;  1ZVH L;  2XBR A;  3LYZ A;  1REM A;  2BLY A;  5FCP A;  1IP6 A;  1LHJ A;  4GLA A;  5C6L A;  1NDM C;  5I4X A;  1LJI A;  4G4B A;  2ZQ4 A;  4MR1 A;  5HLL A;  1YKY X;  2I6Z A;  4Z3M A;  3HFM Y;  1GFG A;  2BQA A;  5DM9 A;  1UIC A;  3ULR A;  1IP5 A;  4PJ2 C;  4N5R A;  2N5Z A;  194L A;  3IJU A;  1CJ6 A;  1C7P A;  1LHH A;  3ZVQ A;  3K3T A;  1D6P A;  2CWI A;  2BQB A;  2HTX A;  3AZ5 A;  4XJF A;  2Z19 A;  1XGP C;  1LJF A;  4P2E A;  1GE1 A;  132L A;  2FBD A;  2W1Y A;  1LSA A;  1GPQ C;  3M3U A;  1IVM A;  4YOP A;  1IWT A;  1B2K A;  1GB0 A;  4QY9 A;  1QSW A;  5KXM A;  1GB9 A;  2LYZ A;  3W6C A;  4H93 A;  1AM7 A;  1BWI A;  3TMU A;  1HEM A;  3MGW A;  1IO5 A;  4CHX A;  1KXY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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