1J1PY

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant ls91a complexed with hen egg white lysozyme
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
molecule keywords lysozyme binding Ig kappa chain V23-J2 region
publication title The Role of Hydrogen Bonding via Interfacial Water Molecules in Antigen-Antibody Complexation. THE HyHEL-10-HEL INTERACTION
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1j1pY00
1GEZA 1IP6A 4G4BA 4L41A 1KIQC 1REYA 3QY4A 1C46A 3W6AA 3WU8A 1LMTA 1OUGA 1EL1A 4GCBA 3AW6A 3EMSA 2LYOA 153LA 5LAFA 1IP5A 4UWUA 1BWHA 1LSAA 2RSCA 1UIHA 2D4JA 1JTPL 1BWJA 1ZVYB 1RI8B 3A6CY 1Z55A 1IOSA 1GE1A 2BQCA 2Y8PA 1NQIA 1B5VA 3AGGG 5APDA 5HNLA 1IP7A 1XEIA 2W1MA 5B1FA 1UICA 2EKSC 4TTDA 1OUEA 1GBOA 1HELA 2YBLA 3AZ6A 4NGYA 5E9RA 3TXHA 4H91A 1JJ0A 1V7SA 4LT0A 1UBZA 3TXJA 8LYZA 2MEAA 4XJDA 193LA 1QDTA 1CJ9A 2VB1A 2F30A 4H8XA 4DD2A 5T3FA 1YIKA 1JSEA 4OWAA 4LYBA 1IORA 3CT0A 1AKIA 1IP1A 1WQOA 1BQLY 1LPIA 1LMQA 3LYTA 1LHLA 3WL2A 4H92A 1IWZA 4N1EI 2FYCA 1BHZA 1CJ6A 1EQ4A 1B7RA 1DXJA 5DM9A 1KXXA 4DD0A 2PC2A 4ZEEA 4W96A 4NIJA 1QUTA 1NMMA 3CQLA 4WM3A 1JITA 1WQRA 1C10A 4B4JA 4XN6A 5F9UA 5I4YA 4LZTA 1LZAA 5L3IA 4GCEA 1V7TA 4WLXA 3A92A 4U3XB 1CKCA 1UA6Y 2BQLA 1GFGA 1GPQC 1JTOL 2F4AA 2H9JA 2YBHA 4OWHA 5HMJA 4NHSA 4ANRA 4BAFA 1NF5A 1IWUA 1B5ZA 2HEDA 1B5YA 2MEHA 135LA 3A3QA 1GFVA 2HECA 3BKHA 1TAYA 3N9EA 4HJVA 4TWSA 4AGAA 1LSDA 3TMWA 1JKAA 1FKQA 1GFEA 2MEEA 4NSHA 1BWIA 5FCPA 1GB6A 1WVUA 1YAMA 3WUAA 3ZVQB 3P68A 4HTQA 2HU3A 1LJ3A 4IATA 4IASA 4WLTA 5F9XA 4BS7A 4YEOA 5I54A 2BQBA 3QE8A 1GBWA 2C8OA 1VDSA 2W1YA 2XTHA 4NHQA 4XJBA 2GV0A 5LVKA 3N9AA 2Z2FA 1GE2A 4DT3A 1A2YC 1F10A 5FELA 5C6IA 4DD9A 3HBHA 5K7OA 3A8ZA 4I0CA 1IO5A 1GAYA 1QTEA 4GCFA 1UIBA 5HLLA 1OUFA 5B07A 2NWDX 5C6JA 4H9IA 1LSEA 3P4ZA 1TEWA 3ZEKA 1B0DA 1GFUA 4KL7A 4R0FA 1FDLY 4QDNA 4UWNA 2W1LA 1JSFA 5B06A 3RT5X 1GFAA 4LGKA 3ULRA 5KXRA 5FSTA 5LINA 2G4PA 2H9KA 1HERA 1WQQA 5HQ1A 1I1ZA 1P2CC 1UIDA 2ZQ3A 1IOCA 1HC0A 1LSMA 1DI3A 2ZIJA 4OWBA 2IHLA 4PHIA 4YF2A 5I5QA 3WPLA 5D5CA 1I20A 1WTNA 1KXYA 1CKGA 1EQ5A 4NGIA 1XFPL 1HEPA 1GE4A 1IR8A 1GF6A 5KXNA 4PGJB 4A7DA 1HEMA 2BLYA 2BQEA 1LSBA 3KAMA 1KIPC 1DPWA 3ATNA 2YSSC 1G7MC 1IC7Y 4J0LA 1LMCA 5KXZA 4NGKA 1YKYX 3QNGA 5C6LA 1CNSA 1GFRA 1IC5Y 1JJ1A 2BQGA 4CFOA 2BQOA 2DQAA 2FBBA 1B9OA 1SLYA 2B5ZA 1C08C 1H87A 1RCMA 1GB2A 1UIAA 1ZV5L 5I4XA 1GAZA 4HJYA 4WL6A 1QSAA 3K3TA 4YEMA 1LZ9A 1GBSA 3W6FA 2HEFA 4WM5A 4B4IA 1GBYA 2ZWBA 4NGVA 5APFA 4NHTA 1WQMA 5KXKA 3J6KA 1LZSA 3FI7A 1HSXA 1ZMYL 2A7FA 2CJLA 4HPIA 1XGQC 4LYMA 1LAAA 3A67Y 2MEGA 4G49A 4ZIXA 5B59A 4XADA 3B0KA 1LZ5A 3HFMY 1IR7A 2EIZC 4QEQA 4NG1A 1XGPC 2YBNA 2BQMA 4LYTA 4WM2A 3TMVA 1IP4A 1TCYA 1RFPA 3A90A 2DQFC 4GN3A 3N9CA 5DL9A 5KXPA 1D9UA 1HNLA 2DBTA 3AW7A 3LYZA 3VWOA 1RJCB 4E3UA 4WO9A 1PZYA 1NBYC 4WL7A 1LYZA 3AZ4A 1LOZA 5HNCA 4OWCA 4OOTA 1JUGA 2A7DA 1FN5A 1G7JC 2BAAA 3W6DA 4GCCA 4H9CA 3WVXA 1VDTA 4NWHA 1YAQA 5E4PA 1LMPA 3HBDA 2CDSA 2W1XA 2I26L 5KXMA 1WTMA 2LZTA 3W3EA 3WXTA 3AJNA 1IY4A 4DDBA 5LVHA 2Z2EA 1LSFA 1HEWA 1LKSA 2ZYCA 1LSZA 3MGWA 4XENA 1LZ6A 3SP3A 1D0LA 3A34A 3LHMA 5FHWA 4H9FA 3CSZA 1HMKA 1GXXA 1WQPA 4XJFA 5KXYA 1FLWA 4OOOA 2XJWA 207LA 4HJZA 3IJUA 5LAGA 4CGEA 1LTMA 4ETAA 1OUIA 1IC4Y 5KXWA 2XBRA 3TXBA 4LT3A 1XGRC 1UIGA 3AZ5A 2LZ2A 4PRQA 4I8SA 1GF8A 1W08A 3A91A 2XBSA 2DQCY 1B7SA 1DPXA 1NDMC 2MECA 1LJ4A 4II8A 1LJIA 4B0DA 4N8ZA 4GLVA 4NFVA 1TDYA 2LYZA 1HFYA 3EBAB 2HU1A 1LHIA 4HV2A 4NG8A 3AYQA 3RZ4A 5APEA 1BVXA 5F14A 3B6LA 2FBDA 2G4NA 4HTKA 3T6UA 1AZFA 1TBYA 4H93A 5M1YA 1GHLA 1VEDA 3WUNA 1NDGC 1GE0A 1CJ7A 1YANA 3B72A 1LSGA 5A3ZA 1JKDA 1FBIX 1VATA 2AUBA 2ZQ4A 4NEBA 2BQFA 1AT6A 1UCOA 4TX7A 2DQGY 2HEAA 1ALCA 1C43A 4NSIA 4WM4A 1LJJA 4LFPA 4N9RA 3G3BB 4NGLA 5KXOA 2DQIY 1F0WA 1JWRA 1DI5A 1FLYA 2YVBA 4XJIA 1GF5A 4YENA 3WW5A 1D6QA 1DI4A 1LYOA 4MCKA 5F81A 3WXUA 1J1PY 4C5FA 5IDDA 1KXWA 4LT1A 1QSWA 4NGJA 4H90A 4NGZA 2Z12A 1B2KA 1LYYA 4WM1A 1LZEA 1IWTA 4XYYA 1T6VL 1GF3A 1QTKA 3GXKA 1GBXA 1HENA 1JEFA 1JKBA 1GDWA 1REMA 133LA 1CJ8A 3BKVA 3TMUA 1FKVA 4H8YA 4H9HA 4QY9A 4DWXA 3F6ZA 1NKHA 4NY5A 4X3BA 1HEQA 1LZCA 1F6SA 194LA 2BQHA 2Z39A 1T3PA 4G9SA 3LYOA 1XEKA 4WG7A 2Z19A 3ATOA 5KKJA 1HF4A 3CT5A 5I4WA 1LHMA 4NSGA 3P66A 2MEBA 1BB5A 4PPOA 1IWWA 2Z37A 1GE3A 1LHKA 5LVGA 5HMVA 3ZVQA 1GD6A 1F6RA 1LSYA 3TXKA 3WH1A 1JKCA 1SQ2L 1B7PA 1H6MA 1OUAA 2LHMA 1IX0A 1YROA 4HV1A 1FLQA 2HEBA 4C3WA 5ILFA 1O23A 1LJEA 4TUNA 1IWVA 4DDAA 1DZBX 3EO5A 1G7LC 1YQVY 4B4EA 2IFFY 1AT5A 1BGIA 5APCA 1OUCA 1UIEA 3TXEA 1OQMA 1LJNA 2G4QA 5LA8A 3WU9A 132LA 1E8LA 1VFBC 1QDRA 1LZ1A 2ZILA 1OUDA 4GCDA 4WLYA 4H9AA 4P2EA 1C45A 5B1GA 3CB7A 3LN2A 4ETCA 1XSFA 1FLUA 4NSJA 4RW1A 1B7MA 2ZNXY 1GF7A 1GWDA 3WU7A 6LYZA 4DD3A 1YKZX 3E3DA 3G3AB 4XJHA 2LYMA 3M3UA 5I53A 5A3EA 2Q0MX 1D0KA 3AB6A 4ETEA 1LMNA 4IJ4A 1VDQA 5D5FA 2DQDY 3WYHA 1LCNA 3A6BY 2N5ZA 5LYMA 1JPOA 4ET8A 1J1XY 4B49A 2X0AA 1IWYA 2CWIA 5KXSA 4RLNA 1LHJA 4HTNA 5AMYA 1LYSA 1YL0X 4UWVA 5DN4A 2YDGA 1UIFA 4G4CA 1HFZA 4O34A 4RLMA 1LZDA 2DQHY 9LYZA 2BQIA 3LZTA 4GLAA 3GXRA 3TXFA 4PJ2C 5FEKA 1DKKA 1LHHA 1JISA 1CKHA 1AM7A 1JJ3A 1ZVHL 2YBJA 4WG1A 1IP3A 4LFXA 4HSFA 4J1BA 1B7QA 4GN5C 4MSTA 1D6PA 2H5ZA 3CSQA 1GFJA 1B5UA 4KPMA 3P65A 3B0IA 1BB7A 1KIRC 2BPUA 2HUBA 3HBEX 4G4HA 4W94A 2FYDA 1GB5A 3AGHA 4ETDA 1OUJA 3B0OA 7LYZA 5L9JA 1OUBA 3WPKA 4N0JA 1LMOA 2ZYPA 1LJKA 1LJHA 5KXTA 1INUA 2Z18A 1J1OY 4GN4A 2MEDA 1IEEA 1JTTL 1NBZC 6LYTA 4DDCA 1UC0A 1VAUA 1GF0A 2D4IA 5II3A 1LZRA 5J7CA 1CKFA 5LVJA 3M18B 1GB3A 4YOPA 4RDSA 2DQJY 5JENB 4TSCA 5LA5A 3RU5A 1I56A 1GBZA 4D9ZA 3A96A 4EOFA 5IHGA 4NHPA 5KXXA 3TMXA 1DQJC 4CJ2A 1WVVA 5B05A 1OP9B 5KJ9A 2EPEA 1NHEA 4LT2A 4NGWA 1QQYA 3J4GA 3P64A 4KXIA 3EXDA 1LKRA 4OWEA 4PRUA 3IJVA 4M4OA 5LVIA 1BB4A 2BQNA 5KY1A 208LA 4DD7A 1MELL 3AGIA 1YL1X 1B7OA 1EQEA 3WW6A 1GXV2 3WUMA 4BAPA 5KXLA 1BVKC 4J1AA 3W6EA 3TXDA 3LZ2A 4J7VA 2HEEA 2Z38A 1C7PA 1N4FA 1YKXX 4H9BA 4BADA 2MEIA 2BLXA 4HP0A 4H1PA 4LYOA 1GFTA 1REZA 2ZIKA 4DC4A 1IOQA 1LSCA 1B7NA 4FDYA 5L3HA 2DQEY 1B7LA 2WARA 1LZTA 4N5RA 4AXTA 1VDPA 1GF9A 1B5WA 2EQLA 1B5XA 4FJRA 3RW8A 4Z3MA 4NHIA 1GB9A 1QUSA 3WULA 2ZNWY 1XGTC 4HPEA 4NGOA 4M6DA 2YBIA 4YM8A 3A95A 2D4KA 1PS5A 4H8ZA 3RNXA 4Z41A 4WMGA 1LZ4A 1IP2A 4Z98A 4CFPA 1GB8A 4B1AA 1LZGA 1A4VA 3A94A 2D6BA 1UACY 3IWRA 1IIZA 5LYTA 1LJFA 1HEOA 2MEFA 1GF4A 3WPJA 4NWEA 2DKVA 4ML7A 3FE0A 1XEJA 154LA 1LJGA 2F2NA 4OW1A 2I6ZA 1GFKA 5DN5A 5IELA 1RE2A 1IR9A 1XGUC 1QIOA 1YAPA 1YAOA 3AZ7A 1GDXA 3OK0A 1LZBA 1G7HC 2C8PA 4Z46A 1JHLA 5ILCA 4XJGA 4CHXA 1LZYA 2BQKA 4R6CA 4WLDA 2YBMA 4LYCA 3TXIA 3CT1A 1IOTA 2BQDA 1GB0A 1LMAA 4ZFPA 3CSRA 4TSBA 5LXWA 2D91A 2BQJA 1BB6A 2CGIA 5FDJA 5F16A 1HHLA 1LZ8A 2I25L 3W6BA 2HTXA 5DLAA 3W6CA 1GFHA 5EBHA 4DD1A 1MLCE 3D9AC 4QGZA 1DKJA 1LZNA 1JIYA 4H9EA 3TXGA 1OUHA 3A93A 1CKDA 1LSNA 3D3DA 4RW2A 2BQAA 1UUZC 3LYMA 1IVMA 3A3RX 5LIOA 4MR1A 1YILA 4N1CC 1HSWA 4KT3A 3OJPA 134LA 4H94A 4WM6A 1HFXA 4WOAA 4WO6A 4EMNA 1G7IC 2F4GA 1LSPA 1NWGA 1REXA 4LYZA 1BB3A 1GEVA 1HMLA 5LYZA 1GB7A 1D0MA 3T36A 3WMKA 4ET9A 4ETBA 1IWXA 1W6ZA 1IY3A 5KKIA 4DYGA 3WVYA 1WQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
242LA 1IP6A 4L41A 1OWZA 4W56A 1D3NA 2NTHA 1L56A 1L46A 1CV0A 2RAYX 153LA 3ODUA 1L05A 1RI8B 1GE1A 4I7LA 1PQDA 1B5VA 2W1MA 1L09A 1QT8A 1OUEA 2YBLA 108LA 4H91A 1JJ0A 4LT0A 169LA 1P5CA 1G0MA 1CJ9A 4ARJA 4H8XA 4DD2A 1YIKA 1JSEA 2L78A 1LMQA 234LA 1LHLA 4H92A 4N1EI 3HH3A 1QUTA 1C6QA 5I4YA 4ARMA 151LA 3A92A 2F4AA 4OWHA 5HMJA 1JTOL 1CTWA 4NHSA 1PQKA 1L55A 184LA 1B5YA 4TWSA 1TAYA 4AGAA 1LSDA 3TMWA 4NSHA 3P68A 4HTQA 2HU3A 4WLTA 4IASA 5F9XA 5I54A 5LVKA 4DT3A 5IELA 1A2YC 236LA 5FELA 4YX7C 1OVJA 1IO5A 1QTEA 1UIBA 2NWDX 1LI2A 1L43A 1KS3A 1L25A 118LA 2RB2X 4LGKA 1C6PA 1L82A 5LINA 1WQQA 3G3WA 1UIDA 114LA 1IOCA 3NY9A 1KY0A 2ZIJA 157LA 4NGIA 127LA 1GE4A 125LA 1L53A 1HEMA 1LPYA 1G7MC 1IC7Y 4J0LA 4NGKA 3QNGA 4I7OA 2DQAA 2FBBA 1SLYA 144LA 1CU0A 1GB2A 4WL6A 4I7TA 1SX2A 4I7SA 1LZ9A 1C6AA 4WM5A 149LA 241LA 1HSXA 4HPIA 1L26A 3GUKA 4G49A 233LA 4ZIXA 4XADA 3B0KA 2EIZC 2YBNA 4WM2A 2BQMA 1JQUA 1L19A 3TMVA 1C6MA 3GUNA 102LA 1D9UA 2DBTA 261LA 3AW7A 3LYZA 4WO9A 1PZYA 4WL7A 1JUGA 109LA 1L15A 1YAQA 5E4PA 1LMPA 2CDSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GEZ A;  1IP6 A;  4G4B A;  4L41 A;  1KIQ C;  1REY A;  3QY4 A;  1C46 A;  3W6A A;  3WU8 A;  1LMT A;  1OUG A;  1EL1 A;  4GCB A;  3AW6 A;  3EMS A;  2LYO A;  153L A;  5LAF A;  1IP5 A;  4UWU A;  1BWH A;  1LSA A;  2RSC A;  1UIH A;  2D4J A;  1JTP L;  1BWJ A;  1ZVY B;  1RI8 B;  3A6C Y;  1Z55 A;  1IOS A;  1GE1 A;  2BQC A;  2Y8P A;  1NQI A;  1B5V A;  3AGG G;  5APD A;  5HNL A;  1IP7 A;  1XEI A;  2W1M A;  5B1F A;  1UIC A;  2EKS C;  4TTD A;  1OUE A;  1GBO A;  1HEL A;  2YBL A;  3AZ6 A;  4NGY A;  5E9R A;  3TXH A;  4H91 A;  1JJ0 A;  1V7S A;  4LT0 A;  1UBZ A;  3TXJ A;  8LYZ A;  2MEA A;  4XJD A;  193L A;  1QDT A;  1CJ9 A;  2VB1 A;  2F30 A;  4H8X A;  4DD2 A;  5T3F A;  1YIK A;  1JSE A;  4OWA A;  4LYB A;  1IOR A;  3CT0 A;  1AKI A;  1IP1 A;  1WQO A;  1BQL Y;  1LPI A;  1LMQ A;  3LYT A;  1LHL A;  3WL2 A;  4H92 A;  1IWZ A;  4N1E I;  2FYC A;  1BHZ A;  1CJ6 A;  1EQ4 A;  1B7R A;  1DXJ A;  5DM9 A;  1KXX A;  4DD0 A;  2PC2 A;  4ZEE A;  4W96 A;  4NIJ A;  1QUT A;  1NMM A;  3CQL A;  4WM3 A;  1JIT A;  1WQR A;  1C10 A;  4B4J A; 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 4NGO A;  4M6D A;  2YBI A;  4YM8 A;  3A95 A;  2D4K A;  1PS5 A;  4H8Z A;  3RNX A;  4Z41 A;  4WMG A;  1LZ4 A;  1IP2 A;  4Z98 A;  4CFP A;  1GB8 A;  4B1A A;  1LZG A;  1A4V A;  3A94 A;  2D6B A;  1UAC Y;  3IWR A;  1IIZ A;  5LYT A;  1LJF A;  1HEO A;  2MEF A;  1GF4 A;  3WPJ A;  4NWE A;  2DKV A;  4ML7 A;  3FE0 A;  1XEJ A;  154L A;  1LJG A;  2F2N A;  4OW1 A;  2I6Z A;  1GFK A;  5DN5 A;  5IEL A;  1RE2 A;  1IR9 A;  1XGU C;  1QIO A;  1YAP A;  1YAO A;  3AZ7 A;  1GDX A;  3OK0 A;  1LZB A;  1G7H C;  2C8P A;  4Z46 A;  1JHL A;  5ILC A;  4XJG A;  4CHX A;  1LZY A;  2BQK A;  4R6C A;  4WLD A;  2YBM A;  4LYC A;  3TXI A;  3CT1 A;  1IOT A;  2BQD A;  1GB0 A;  1LMA A;  4ZFP A;  3CSR A;  4TSB A;  5LXW A;  2D91 A;  2BQJ A;  1BB6 A;  2CGI A;  5FDJ A;  5F16 A;  1HHL A;  1LZ8 A;  2I25 L;  3W6B A;  2HTX A;  5DLA A;  3W6C A;  1GFH A;  5EBH A;  4DD1 A;  1MLC E;  3D9A C;  4QGZ A;  1DKJ A;  1LZN A;  1JIY A;  4H9E A;  3TXG A;  1OUH A;  3A93 A;  1CKD A;  1LSN A;  3D3D A;  4RW2 A;  2BQA A;  1UUZ C;  3LYM A;  1IVM A;  3A3R X;  5LIO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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