The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| total genus |
29
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR3 K; 4B3T K; 4AQY K; 5FLX O; 4JI4 K; 4JI7 K; 2VQE K; 1N36 K; 4B3M K; 4LF5 K; 4NXN K; 4B3R K; 1N33 K; 4LFA K; 4DV5 K; 4JV5 K; 1J5E K; 4DR2 K; 2UU9 K; 2F4V K; 1XMQ K; 4OX9 K; 4DV4 K; 1XNQ K; 4JI6 K; 3J81 O; 3J7A P; 1XMO K; 4GKK K; 1N32 K; 1IBM K; 1IBK K; 1N34 K; 4LFB K; 4DV3 K; 4JI3 K; 4CW7 B; 2VQF K; 4KHP K; 1XNR K; 4X66 K; 4YHH K; 4JYA K; 4DV2 K; 4X62 K; 3JAM O; 5LMN K; 4CVN E; 2UUA K; 3J80 O; 4V19 S; 3OTO K; 4JI5 K; 2HHH K; 5LMU K; 4YY3 K; 1I94 K; 5AJ3 K; 4LF6 K; 5IWA K; 1IBL K; 1FJG K; 4DR6 K; 4X64 K; 4LF8 K; 4X65 K; 2UUB K; 4DR4 K; 4DV7 K; 3J7Y P; 4DV1 K; 5BR8 K; 4DUY K; 1HR0 K; 2UUC K; 4LF4 K; 4JI8 K; 4LFC K; 1HNZ K; 4JI0 K; 4JI2 K; 4DR1 K; 2UXB K; 4JI1 K; 2UXD K; 4K0K K; 5IT9 O; 2UXC K; 4DR7 K; 4DUZ K; 5A2Q O; 4LF9 K; 2ZM6 K; 4DV0 K; 3T1Y K; 2E5L K; 4LF7 K; 3T1H K; 4NXM K; 4B3S K; 5LL6 Z; 4DR5 K; 4DV6 K; 1HNW K; 1HNX K; 4GKJ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HVJ A; 2V52 B; 4MLE A; 5EVZ A; 4E7J A; 5FLX O; 4IOA L; 1N36 K; 4BGA A; 3L2Q A; 1K73 O; 5CHI A; 4BG9 A; 1KVA A; 4BE0 A; 4JNE A; 4I2P A; 1JCF A; 5CZ1 A; 2FBY A; 1Q81 O; 4PHT X; 3SBG A; 5AQS A; 3AGK A; 3C7N B; 3LL3 A; 2QWO A; 4BG8 A; 4DV4 K; 1C1C A; 4DS5 A; 3ZCM A; 4LSL A; 1XI1 A; 4WYB A; 1XC3 A; 1VSK A; 4CEE A; 4BR5 A; 1YJ9 N; 4OLB A; 3WUH A; 4IEE A; 3ZET B; 1S1U A; 4JHD A; 5HOO A; 2GEL A; 3VEZ A; 4JI3 K; 1HYZ A; 1LWF A; 4M7X A; 3BUZ B; 4FM2 A; 4RTF D; 1S72 N; 2FF3 B; 2EX3 A; 1C0M A; 3TI0 A; 3EEQ A; 3FLC O; 1EWR A; 3H46 O; 4JLH A; 1JCE A; 2WUS A; 1YXQ A; 4DQR A; 3IUC A; 1NMN A; 4BRF A; 2FC0 A; 3PLA A; 5JVH L; 3WEE B; 1NGC A; 4FCY A; 4BWM A; 3H45 C; 5IWA K; 1J53 A; 4DB3 A; 3EKS A; 5JS2 A; 4Z4F A; 1SKW A; 4X65 K; 3K9K A; 3TTC A; 3OYK A; 2IVO A; 2FLO A; 3THW B; 3MXI A; 3VF4 A; 2RE2 A; 4XH4 A; 3CET A; 5AFU A; 3MMV A; 3VGK A; 1HKC A; 2A3Z A; 1RBU A; 4DTS A; 3U6F A; 3TPQ A; 3HPO A; 2E2Q A; 2GX9 A; 3TAM A; 5DM6 L; 2OZS A; 4PL8 A; 4M3W A; 3PUF A; 4M41 A; 3L4Q A; 3KLE A; 4UY8 O; 4BWJ A; 3BZC A; 3NH1 A; 2NRV A; 1A5W A; 1LAW A; 3O80 A; 1Q82 O; 1EO1 A; 1MU2 A; 4DHY A; 3EZ5 A; 2Z1J A; 4FJI A; 3F9M A; 3R1X A; 3WXM B; 3VQ6 A; 1ATN A; 4LH5 A; 1RBT A; 2I7N A; 4CCH A; 4ID1 A; 4B1Z A; 3PV8 A; 4NCA A; 3I56 N; 4BR7 A; 4ISG A; 4B8A B; 3QIC A; 2HVH A; 2RKI A; 4OVL A; 4DTM A; 1J9A A; 3VA3 A; 4C8K A; 2E1Z A; 2ZJR L; 3LPU A; 3DXK A; 1U6Z A; 2ASM A; 4CGI A; 2BAN A; 1GLE G; 4IXC A; 4IEI A; 3PIP L; 3AO2 A; 4JK8 A; 2IDO A; 3AVL A; 3LPT A; 3VQ5 A; 4A2B A; 2O4G A; 4DF8 A; 5AQM A; 1YHQ N; 3VET A; 2P9P B; 4LC9 B; 4M3Z A; 2VG6 A; 4JKG A; 4CHO A; 2LSN A; 3UKU B; 4N5S A; 1RT1 A; 2O8E A; 4PL7 A; 4NYF A; 3A5M C; 2VGM A; 4DFK A; 3O1W A; 1ZBH A; 3TAR A; 3VQ7 A; 3A0I X; 2DPN A; 3VEX A; 3EE9 A; 1IBL K; 2ASP A; 4CJF A; 4EZ6 A; 2E2N A; 3KD5 E; 4HUF A; 3SLC A; 4DFP A; 3NF7 A; 3SI6 A; 3CER A; 2BUP A; 3ENO A; 2IGI A; 5BR8 K; 1HR0 K; 4O5F A; 2FXU A; 4FL9 A; 1NK0 A; 2FF6 A; 4FJ9 A; 4H4O A; 1V4S A; 2NRR A; 3DOL A; 4B9Q A; 4ELT A; 1GLJ O; 2VYP A; 3AO3 A; 1NBW A; 2VG5 A; 4H0X B; 1TK5 A; 2P1J A; 1WSF A; 3TAE A; 5BRD A; 2ZM6 K; 1JXE A; 3SMP A; 4NB4 A; 3PO5 A; 3BEX A; 4F2S A; 1RT5 A; 1CLQ A; 4XH1 A; 4DR5 K; 5I3U A; 2NRZ A; 2NUB A; 3K0S A; 4DR3 K; 3VQ4 A; 1NGJ A; 3FGU A; 3IRX A; 2VWJ A; 4BE2 A; 4CJW A; 2YHX A; 1T03 A; 4AHS A; 4M3Y A; 2NZT A; 3OYE A; 1S1V A; 4CHP A; 3CQX A; 1QQO A; 2AA4 A; 4R79 A; 4GKK K; 4BVO A; 1NG9 A; 4FPB A; 3RTV A; 2FSK A; 1IBK K; 4CBW A; 1BA1 A; 2ZF5 O; 3ID6 A; 2FSN A; 4FJG A; 3LDS A; 3QB0 A; 1M90 O; 4CZF A; 4Z4C A; 3QEV A; 4CZH A; 3DLL L; 2VQF K; 5BPL A; 3NAE A; 1BO5 O; 4E7K A; 1NGE A; 3AV9 A; 4KFB A; 4YHH K; 3AA3 A; 3AVB A; 4X62 K; 3WQT A; 4FJK A; 5AQQ A; 5M1P A; 2Q3S A; 4DKW A; 3OYI A; 5AR0 A; 5KTQ A; 3OA9 A; 4KH5 A; 4G9Z A; 1I94 K; 3DWL A; 3T7Z A; 1Z6R A; 4A5B A; 1FJG K; 1NGA A; 1KVC A; 3ALY A; 1SZ2 A; 1JLQ A; 3P38 A; 1VSF A; 3TAN A; 3RR7 A; 3ZT4 A; 5KGW A; 1MWM A; 3KWI A; 3ULD A; 4KHW A; 1VK0 A; 1BDG A; 1SS6 A; 5FRN A; 2ZJP L; 3L6Q A; 4CF8 A; 1HLU A; 2F8T A; 4JI1 K; 3CJC A; 5JLF A; 1QE1 A; 4PA1 A; 2BE2 A; 3BF3 A; 1BOT O; 1VQ4 N; 5KQ8 A; 4E7L A; 2KZM A; 1Y64 A; 4FWK A; 1ZXO A; 5AQG A; 4DSL A; 3QIN A; 3DXM A; 3OYB A; 4FSV A; 4B1X B; 1RNH A; 4CFD A; 4FWS A; 3SYZ A; 3T1Y K; 2QEX N; 5CR4 A; 2HMP A; 4NXM K; 1X9S A; 1RDB A; 3OS2 A; 2F7T A; 2HND A; 2FSJ A; 1WBD A; 2OAN A; 3OBW A; 1NKC A; 4FZY A; 3H6E A; 4KHQ A; 2NRW A; 3O4Q A; 4WQ5 A; 1C1B A; 1CXQ A; 3WXL A; 3IFR A; 1K8A O; 3SUN A; 1VQ6 N; 3RSE B; 4BC3 A; 1EQY A; 1GLF O; 4QCL A; 4JV5 K; 3PO4 A; 3M1F A; 4H5W A; 1NU0 A; 4ILH A; 3C6H A; 3A5O C; 4CZG A; 3D2F A; 4DTR A; 2E6M A; 3MAQ A; 1S6Q A; 1D9D A; 2I7P A; 1S22 A; 4KHY A; 3VQE A; 3ATV A; 4LFB K; 4CJE A; 3V9U A; 5AQL A; 4CJR A; 3MXJ A; 4I6M A; 4DTN A; 2W42 A; 2XHB A; 1LW0 A; 4LH4 A; 2OPR A; 3H3N O; 4YOR A; 1HQE A; 1TUY A; 4KHP K; 1BL3 A; 3CCS N; 2WTU A; 2O8B A; 3NVM A; 5LJW A; 5CE3 A; 3GOI A; 1OH8 A; 2VGN A; 3MK6 A; 1VQ7 N; 3WNG A; 1K6Y A; 1C6V A; 3OS0 A; 1VSE A; 2UUA K; 4GY2 B; 3OJS A; 5KPZ A; 2VWB A; 3SZ2 A; 3ISN C; 4IG0 A; 3CMA N; 2HHV A; 2P9K A; 4CJS A; 1WB9 A; 3AAR A; 5CY4 A; 4BR9 A; 1RDD A; 3ZEU B; 1HJR A; 3V6D A; 2GTD A; 4DR6 K; 4BC4 A; 5HRO A; 4FJX A; 2QM1 A; 4B9N A; 3V4I A; 4KV8 A; 3AAP A; 4DF4 A; 2G8K A; 3C6U A; 4FLU A; 1QVG M; 1RBS A; 3S3M A; 4DQI A; 3PY8 A; 1NJX A; 4EHT A; 3L2V A; 4JS4 A; 3JSM A; 3L2U A; 3NH2 A; 2QWQ A; 5H1S Q; 1VQP N; 3K9J A; 1UOC A; 4DUZ K; 2HHU A; 1WSG A; 2E1Y A; 4N56 A; 1VQM N; 1EKE A; 3E66 A; 3VEO A; 1RTJ A; 5I42 A; 3VGM A; 4CK3 A; 5KPR A; 1FKO A; 2QXL A; 5BRF A; 4CES A; 2E5L K; 1TV6 A; 3ZT2 A; 4UQG A; 4CZE A; 3CCM N; 2WOM A; 1KXP A; 2A42 A; 1Q18 A; 4DV6 K; 1OH6 A; 1GOA A; 5FPN A; 1VSJ A; 3VEW A; 2HNZ A; 3FE1 A; 3LAN A; 2VG7 A; 4CJ4 A; 5LJV A; 1REV A; 2HBL A; 3TAQ A; 2ZWH A; 5AQH A; 4ID5 A; 4GNI A; 5DM7 L; 3LDQ A; 2O4I A; 3LWL A; 3ZSR A; 2YKN A; 4CJL A; 3C65 A; 3OYM A; 3PX0 A; 4GV6 A; 4MDA A; 1N34 K; 1K8K A; 4FJL A; 3BGR A; 2QTD A; 3ZSW A; 1IKX A; 4CJP A; 4YNQ A; 3UIQ A; 4DTU A; 4FJJ A; 2AP1 A; 1C0F A; 5AZI A; 4ILJ A; 3ZX2 A; 1XHX A; 3TSP A; 1FW6 A; 2JLE A; 3HM8 A; 3QEW A; 3DRP A; 4CBX A; 1IJJ A; 3VEV A; 3T69 A; 1T6D A; 3S3N A; 3EN9 A; 4XEI A; 3EY1 A; 2QWP A; 1HNI A; 1RT6 A; 1QQN A; 3AAQ A; 4DU3 A; 4JN4 A; 3O6W A; 3WXI A; 1W0H A; 5GAG P; 1YTU A; 1YVN A; 4F9O A; 3VQQ A; 3AVF A; 1VQO N; 1EXQ A; 2OPS A; 3D2E A; 1IO2 A; 4PKI A; 3UE5 A; 4F8R A; 2KLA A; 3RWU A; 1DTT A; 3ZT1 A; 3QEI A; 4PQU A; 2I5J A; 4CHQ A; 4CHN A; 4CD1 A; 3CCR N; 3P5J A; 4DCH A; 5KI6 A; 3NF8 A; 3NF6 A; 1TYQ B; 1YAG A; 2XY8 A; 1QSY A; 5BRH A; 1JLB A; 2D1K A; 3O9Q A; 1E4G T; 5E84 A; 1GOB A; 3SNN A; 3NHG A; 1C0T A; 1W2B M; 1L3T A; 4WQ5 C; 2O8D A; 2P9L B; 1YIJ N; 4JEP A; 3T1H K; 2V7Y A; 4C8L A; 3MCA B; 3OHR A; 4FZX C; 3RRH A; 3R3L A; 1NK4 A; 1S9E A; 1XQS C; 1KVB A; 4F4K A; 2UYT A; 4GMJ B; 3SJJ A; 1ZBU A; 3I0S A; 2ZGZ A; 3SK3 A; 3TTF A; 1I3A A; 4M45 A; 1UA1 A; 4DU4 A; 4JHD B; 1G15 A; 3M6G A; 4EIA A; 4FK2 A; 3VPZ A; 5K14 A; 1ASV A; 4FJM A; 5F1X A; 3AVI A; 4GV3 A; 1R59 O; 4O8U A; 4QAG A; 1U47 A; 5EXW A; 1OKJ A; 3W3D A; 4CZL A; 3S9H A; 1GLB G; 4JRQ A; 5C2D A; 3PSI A; 3CCV N; 4F2R A; 1U48 A; 3LAK A; 3M5R A; 1X3N A; 1NGI A; 4O44 A; 2A5X A; 4KH6 A; 2XY7 A; 3QFP A; 4FWO A; 2XY6 A; 5BN8 A; 4DR4 K; 3K5L A; 2XO7 A; 4B8C A; 3DAW A; 3K57 A; 4LF4 K; 3P31 A; 2X6N A; 4HHT A; 2V7Z A; 4ZTJ A; 3QER A; 3ZSQ A; 1TK8 A; 1B9D A; 4IOC L; 2IVN A; 3SQ4 A; 1QVF M; 3G10 A; 4FW1 A; 1R0A A; 2PY5 A; 2UXC K; 4DG1 A; 1GLD G; 4CJQ A; 3VF2 A; 3KHY A; 4CK1 A; 5C25 A; 4W5T A; 4CEA A; 4I9L A; 1UA0 A; 2B6A A; 3NE6 A; 5AQW A; 1KLM A; 4JRP A; 1RCH A; 1YIT N; 4WCE L; 3M8P A; 3O5B A; 4DSF A; 3MWT A; 2HF3 A; 2HHQ A; 1RT7 A; 2BH1 A; 1DGK N; 5KQD A; 3ZX0 A; 1ZBF A; 2O8F A; 3CYM A; 4I7F A; 1NKB A; 3VOV A; 4BC2 A; 3J8A A; 4Z4G A; 2ZJQ L; 1S3X A; 1LOT B; 3DXK B; 1ZBI A; 1HUX A; 1QS4 A; 1S1W A; 4H5T A; 3BF1 A; 3IS9 A; 1Y97 A; 2E2P A; 1NK7 A; 2D0O A; 4WFA L; 3OYJ A; 2HHS A; 3GG4 A; 4C1N I; 3SBT A; 3FZL A; 2G8F A; 3MN5 A; 5KGX A; 4BVP A; 5C10 A; 3ZX3 A; 3E9O A; 3LWM A; 3PX4 A; 5AQP A; 1SV5 A; 4RW9 A; 3HL8 A; 5M1O A; 3ULE A; 4JKG B; 4BAC A; 3HVT A; 5BN9 A; 4N41 A; 2CGL A; 2BDP A; 3M3Z A; 1BHL A; 4ZTF A; 2A1R A; 1VAZ A; 3CHW A; 1JLE A; 1CZA N; 3JAM O; 3V1Q A; 5LMN K; 1Z26 A; 2OYQ A; 3K5M A; 4J2A A; 2O8E B; 4YOX A; 3SJH A; 3G25 A; 3ZSX A; 3DLG A; 4H5N A; 4A5A A; 2OA8 A; 4LY7 A; 3CF5 L; 2W41 A; 4KH4 A; 2ZGY A; 4MLH A; 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4FLT A; 3G6E N; 5J2M A; 1BIS A; 2O8C A; 4FJ7 A; 1SL2 A; 4W5N A; 3OTO K; 5BRE A; 3DLB A; 2YJF A; 3QBX A; 3AVM A; 4W5Q A; 4B9T A; 3F2K A; 4KHU A; 3M8Q A; 2YI1 A; 4YOT A; 4M3U A; 1FK9 A; 3EL2 A; 4JKD A; 4IFV A; 2P9N A; 3O9U A; 2D5R A; 1RBV A; 2UUB K; 1D9F A; 4DV1 K; 4FJN A; 2P9U A; 1TL3 A; 3ENH A; 3CJA A; 3VEN A; 1N8R O; 4DMN A; 4HTU A; 3WNF A; 1TAQ A; 1RTD A; 3GBT A; 3I8B A; 4BDY A; 5FPE A; 2UXD K; 1OH7 A; 3HP9 A; 3VQB A; 4AHT A; 3DXM B; 4QS9 A; 1NJY A; 1KCF A; 3PIO L; 1KLN A; 3U9D A; 3KVG A; 1O13 A; 1T05 A; 4AIL C; 3QEX A; 4DSE A; 5AQV A; 4DFJ A; 1U45 A; 1YI2 N; 2RN2 A; 1N5Y A; 4CJU A; 5C42 A; 3O3G A; 3SAH A; 4JK7 A; 3NGI A; 2EHG A; 4M3R A; 3LZJ A; 1Q9Y A; 2E6L A; 1JLF A; 3QET A; 3OYG A; 3CJ7 A; 3TAG A; 4B1U B; 4Z4E A; 1L3V A; 3D2F B; 1WSI A; 3DLH A; 4E19 A; 4BR2 A; 2KTQ A; 4BR0 A; 3CC4 N; 3VQD A; 1EX4 A; 3KLF A; 1NJW A; 3MDQ A; 4KI4 A; 4LD0 A; 5J2N A; 3WNH A; 2HBJ A; 3SUO A; 3ZT3 A; 3LAM A; 4B1W B; 4I6M B; 3FZH A; 1D4X A; 1RDA A; 1BU6 O; 1RDW X; 3A2F A; 1JCG A; 5AQF A; 4CF1 A; 1KRP A; 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