The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
29
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR1 K; 1IBK K; 4YY3 K; 4B3S K; 4JI4 K; 2VQF K; 4DUY K; 1N34 K; 1XMQ K; 4LFC K; 4X62 K; 4JYA K; 4CVN E; 4DV5 K; 4B3R K; 5LMU K; 1N36 K; 4X66 K; 4AQY K; 4K0K K; 4NXN K; 4LF8 K; 1N33 K; 4DUZ K; 1XNR K; 2E5L K; 4LF6 K; 2ZM6 K; 5LMN K; 2UU9 K; 4JI0 K; 2HHH K; 2UUA K; 1FJG K; 5BR8 K; 2UXB K; 4LF5 K; 3OTO K; 4V19 S; 4LF7 K; 4JI8 K; 3J80 O; 4DV3 K; 3JAM O; 2F4V K; 4LFB K; 4DR6 K; 3T1Y K; 4LF9 K; 1J5E K; 4DV2 K; 4JI3 K; 4GKJ K; 4GKK K; 4DV1 K; 4LFA K; 4KHP K; 3T1H K; 4JI7 K; 2UUC K; 5IWA K; 4DR3 K; 4DR5 K; 4DV0 K; 3J81 O; 1I94 K; 4DV7 K; 1HNW K; 1HR0 K; 2UXC K; 1XMO K; 3J7A P; 5FLX O; 4JI2 K; 1IBM K; 1N32 K; 4YHH K; 4NXM K; 4CW7 B; 4DR4 K; 1HNX K; 4DV4 K; 5LL6 Z; 5AJ3 K; 2VQE K; 1IBL K; 4JV5 K; 4JI5 K; 4DV6 K; 1HNZ K; 1XNQ K; 4B3M K; 3J7Y P; 2UXD K; 4LF4 K; 2UUB K; 4JI6 K; 4B3T K; 4X64 K; 4OX9 K; 4JI1 K; 5A2Q O; 4X65 K; 4DR7 K; 4DR2 K; 5IT9 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IDH A; 1W7A A; 2A41 A; 2P9K A; 2E1Z A; 3CJ9 A; 3ZSX A; 4LY7 A; 3AO4 A; 3NF7 A; 5BRD A; 3I56 N; 4F3T A; 4DLG A; 3AO1 A; 3NBP A; 1SL2 A; 4AM7 A; 1XWL A; 4FK0 A; 3E9O A; 2YHY A; 3RSE A; 2OZS A; 4KTQ A; 1HYZ A; 3K9J A; 3W3D A; 1YT3 A; 4ELV A; 2E2N A; 3WQT A; 3VF4 A; 3THV A; 1VRU A; 2O8E B; 1MA9 B; 4CI6 A; 1BL3 A; 1EQY A; 3VPZ A; 4FZY A; 1Q9Y A; 2P9L A; 2OAN A; 4QS7 A; 1QZ5 A; 3AVL A; 1QSY A; 4JKG A; 3MCP A; 4YOR A; 3E66 A; 2IVP A; 2E5L K; 1NJZ A; 4E1N A; 3RR7 A; 2UU9 K; 2HNY A; 3K5L A; 2KHO A; 4DS5 A; 1T03 A; 5AQI A; 3UKU B; 3CJ1 A; 1Z25 A; 4LF5 K; 3IS9 A; 1IH7 A; 2YHX A; 3WXJ A; 3SBG A; 1JXE A; 1KVC A; 1RT5 A; 4AF1 A; 3EO3 A; 1R59 O; 1TL3 A; 4FJI A; 3N4P A; 2X6N A; 1U47 A; 3DAW A; 3P5J A; 3TU5 A; 5KTQ A; 2ITM A; 3KLH A; 4BE2 A; 1HKC A; 1SKS A; 1DTQ A; 3PIO L; 2X6S A; 3QIP A; 3PSF A; 4YDU A; 4C8L A; 3AVF A; 4QOZ B; 3SLC A; 1HR0 K; 4GV6 A; 2NLX A; 5AQL A; 1BA0 A; 4JS5 A; 5EU7 A; 1XMO K; 3J7A P; 5FLX O; 2A42 A; 3LP3 A; 2YV0 X; 1ASV A; 1HLU A; 4KFB A; 1TUY A; 1LCU A; 4IEI A; 3N4Q A; 3H3O B; 4KPY A; 5FPD A; 1YJW N; 5C24 A; 3NH2 A; 4NCB A; 5LL6 Z; 4I7F A; 3BGR A; 2YNF A; 3CCJ N; 2IVN A; 1XNQ K; 2PYJ A; 1DEJ A; 1VSJ A; 2DFH A; 4AHV A; 4HWI A; 1NOY A; 1DLO A; 3SI6 A; 4WFN L; 2XHB A; 5AQV A; 3VQD A; 3GG4 A; 3HP9 A; 5M1K A; 4JS4 A; 4CGF A; 4Z4I A; 3CYM A; 1TYQ A; 1VSM A; 5KQ8 A; 2NRV A; 5J2P A; 1IBK K; 3NH1 A; 3AY9 A; 1F21 A; 1Q9X A; 4CFC A; 4CEB A; 4PKI A; 3AO2 A; 5JIC A; 1C1B A; 3DRP A; 3CER A; 3QB0 A; 4XH1 A; 3AAR A; 3GL1 A; 3WEE B; 4H5R A; 2F7T A; 4DSL A; 3HK2 A; 2D0C A; 3UKR A; 3SQ2 A; 3CXC M; 1EO1 A; 2FBT A; 4E1J A; 3SAF A; 4NCA A; 3OS1 A; 1JLC A; 1G15 A; 4DQI A; 3M3Z A; 4RWT A; 1Q18 A; 1NLV A; 4LD0 A; 3LWL A; 3TR8 A; 1K6Y A; 4M3Z A; 1ZXO A; 4BR2 A; 4DTU A; 4CE9 A; 4H8K A; 1JLQ A; 2GUI A; 3AO5 A; 2WFB A; 4CF0 A; 2Z1G A; 2P9P A; 1BO5 O; 3L2V A; 3CCQ N; 3QET A; 3LDL A; 4ISE A; 4DTS A; 4CFD A; 3P39 A; 1Y97 A; 1TK0 A; 1MWK A; 4IWV A; 1J5E K; 1QQC A; 3OBW A; 3MAQ A; 5AQH A; 4KHP K; 4N76 A; 1VSE A; 1HPM A; 3AA5 X; 1JKH A; 1A5V A; 1C1C A; 4A5A A; 2UUC K; 2P9I A; 5HRN A; 3J81 O; 2X74 A; 1QQM A; 3ITH A; 4I2Q A; 2KZZ A; 1S1V A; 4FJK A; 3BDP A; 3AGR A; 3ZET A; 5CY4 A; 5KPZ A; 4MQ3 A; 4KHQ A; 3NF8 A; 1NMD A; 4C8N A; 1NKC A; 4FWM A; 3V1Q A; 5AJ3 K; 1XHZ A; 4FZX C; 2DFF A; 3OYG A; 4IO9 L; 4BR5 A; 4U67 L; 2CGL A; 2A1S A; 5KPR A; 4FVM A; 1C0F A; 3QIO A; 1JCF A; 4B9M A; 4CHY A; 3CD6 N; 5JS2 A; 3M8S A; 5DM7 L; 1NMN A; 5KGX A; 4DB3 A; 2IGI A; 3AVG A; 1NJY A; 2KKZ A; 2E20 A; 4FJN A; 4ILJ A; 2VQF K; 1XC3 A; 5GIO A; 4ZTJ A; 1YJ9 N; 4IG0 A; 5BN9 A; 3A5N C; 3E9L A; 3TSU A; 3V1R A; 1N34 K; 4BC3 A; 4WQ4 A; 1RBS A; 4KRE A; 2KLA A; 3ZX2 A; 1S1U A; 1KCF A; 3SZ2 A; 3BP8 A; 4CVN E; 2WON A; 5AZI B; 1WB9 A; 4CZL A; 1NGF A; 3WUH A; 3I0S A; 1SL0 A; 1CLQ A; 4DSE A; 1CZ9 A; 1YVU A; 4XEI A; 4FW2 A; 4CBW A; 1QE1 A; 3CG7 A; 1TUU A; 2HHH K; 1U2V A; 4A5B A; 4XIU A; 3K0S A; 1U45 A; 4OPJ A; 3NE6 A; 3T69 A; 3I33 A; 1E3M A; 1NJX A; 3R3L A; 4KHU A; 5EXW A; 4E0D A; 4W5O A; 2FSK A; 3OYD A; 1IKV A; 1M1K O; 2IC3 A; 1IG9 A; 1WSG A; 3PUF A; 3OYE A; 3THW A; 3PO4 A; 1NKB A; 3G25 A; 4JKD A; 1FK9 A; 3QEX A; 2Q3S A; 4FLT A; 5FPM A; 1NU0 A; 3VQ5 A; 3MX5 A; 3SNN A; 1ILY A; 2YJF A; 2IIR A; 2B6A A; 5EOY A; 4BQZ A; 3VQ6 A; 1VQM N; 4O8K A; 4NXM K; 3L2Q A; 1YF5 L; 1U04 A; 1VAZ A; 4FOE A; 1BHL A; 4CJL A; 4NCG A; 4FOI A; 4DV6 K; 4BWJ A; 3IDH A; 1ATR A; 5M1P A; 4KB1 A; 4KHW A; 1B9D A; 1UWB A; 3R1X A; 3FZM A; 3EY1 A; 3A5M C; 4CJR A; 2ZD1 A; 4PL7 A; 4A2A A; 4NYN A; 4IDK A; 2HVI A; 3C6T A; 4FSV A; 5C15 A; 5LY3 A; 2DY4 A; 3L6Q A; 1RBU A; 3H46 O; 1BI4 B; 2Y1J A; 3EKS A; 2Q36 A; 3E01 A; 5AQJ A; 4N5S A; 1K8A O; 4MLE A; 5D3G A; 4GNI A; 4CF2 A; 2KZM A; 3C6A A; 4JLH A; 1RDD A; 3B6O A; 2OTJ N; 3IAY A; 4DTR A; 3CM5 A; 3L2W A; 1QQO A; 1U49 A; 1NK8 A; 4YFU A; 4BC2 A; 4JKB A; 1WSH A; 4I9Q A; 1HRH A; 4JYA K; 1X3M A; 4JAX A; 4JK7 A; 3K5N A; 4KH5 A; 4JD2 A; 5M1O A; 4FLV A; 4CZM A; 1W9H A; 4CJF A; 2WC9 A; 1S22 A; 1ASU A; 1HJO A; 4CGH A; 3U8X A; 4CEC A; 5HRO A; 3V9U A; 1EXQ A; 2FF3 B; 2UXB K; 3QDK A; 3ZT0 A; 2FBX A; 2G8H A; 1S1T A; 4BR7 A; 4IFV A; 1OH5 A; 1TL1 A; 4CBX A; 3RMB A; 3HI0 A; 1S9G A; 2ZQB A; 5HL7 L; 2Q1N A; 3ISN C; 3MX2 A; 1BIU A; 4O5B A; 1UA1 A; 3WQU A; 1TK8 A; 3HZ6 A; 4E1M A; 4GMJ B; 5AQS A; 2ZJP L; 4IOC L; 1S6Q A; 1KD1 O; 2GBZ A; 3O9T A; 2HBM A; 3V4I A; 1BDG A; 5SWM A; 3DRS A; 2FBV A; 5AQZ A; 1RTH A; 4FZZ A; 2WUS A; 3SUO A; 3CCL N; 1YIJ N; 3O9R A; 4ISF A; 4Q0B A; 4EZ6 A; 1TK5 A; 3DJC A; 4IO8 A; 4NLC A; 5ADX H; 4I6M A; 1EKE A; 5AFU H; 3D2E B; 2RN2 A; 5MLC Q; 1REV A; 2ASP A; 4CJE A; 1BQM A; 1GLF O; 3WXM B; 2P9U A; 3C7N B; 2YHB A; 4CJQ A; 3DLR A; 2DFE A; 3HM8 A; 1VSH A; 1JXB A; 1GLD G; 3VGL A; 3HPO A; 1GOB A; 3IUC A; 4PKH A; 4CZG A; 2RF2 A; 1JCG A; 3NMU A; 3MEE A; 4NYF A; 1TKX A; 2AJQ A; 2HBJ A; 3PIP L; 1TAQ A; 4JRQ A; 3QEV A; 3GOI A; 2P9N B; 1E4G T; 3KK7 A; 5M1Q A; 2D0B A; 1XMQ K; 3TAB A; 1RT2 A; 3LPT A; 3PX6 A; 3DRR A; 3WXL A; 3BF3 A; 3NAE A; 4EAH D; 2GWJ A; 4FLW A; 2ETJ A; 2PYL A; 1O1W A; 1NGE A; 1N36 K; 3KIO A; 1QSL A; 4KH4 A; 3KKS A; 1RT6 A; 3F2K A; 3FZL A; 3D7E O; 4FK4 A; 3JS6 A; 5AFU A; 4CZH A; 4AHR A; 2QK9 A; 1N8R O; 3O4Q A; 5AQM A; 4BRK A; 2NRW A; 4XH5 A; 1BG3 A; 3QML A; 4HUG A; 3TPQ A; 3FGU A; 2OPS A; 3CQY A; 3VN5 A; 1U4B A; 4CZI A; 2BE2 A; 1VSK A; 2P9S A; 4E7H A; 4BC4 A; 1RT7 A; 3SUP A; 4JKF A; 1S6P A; 2DPN A; 3NH0 A; 4J2E A; 3VGK A; 4PHT X; 2HND A; 4F8R A; 5AQN A; 1K8K B; 2O8B B; 2D1K A; 1IG8 A; 1BCO A; 4F2R A; 4DR3 K; 3D6R A; 1LW2 A; 1VHX A; 3CCV N; 4J2B A; 3CJ7 A; 5JLH A; 1NOZ A; 2UYT A; 4K8X A; 4JHD B; 5AQK A; 4CJS A; 4CJP A; 3KKR A; 4FJH A; 4DV4 K; 5I3U A; 1RTJ A; 2F9W A; 2O8E A; 4NO7 A; 2RKI A; 4B3M K; 1Q7Y O; 4CD1 A; 4LF4 K; 3CCR N; 2YKM A; 4U7B A; 3GDQ A; 4M3Y A; 2AP1 A; 2O8F B; 5BN8 A; 5IT9 O; 2YI1 A; 3K57 A; 2YNG A; 3EKU A; 4W5N A; 3O9S A; 1WOQ A; 3RMC A; 1H1V A; 1EX4 A; 1BOT O; 3A2F A; 3KLF A; 4FLY A; 5J2N A; 4KRF A; 3BF1 A; 1KC8 O; 1HNV A; 3LPU A; 1S1W A; 2P1J A; 4Z4H A; 3ZSZ A; 4B8A B; 4RW7 A; 5JVH L; 1JL2 A; 3VGM A; 4CEZ A; 3DLK A; 4FJG A; 2QA4 N; 3ZYY X; 3QBX A; 4HUF A; 2HHV A; 1CZA N; 3QLH A; 5GAD P; 4OKJ A; 3THX A; 2PBD A; 2NRT A; 3O3G A; 3K2P A; 4WYB A; 3IKM A; 4YOT A; 1XUP O; 4DU4 A; 1BA1 A; 1WSF A; 4WF9 L; 1FJG K; 3CCS N; 4DHY A; 2NRX A; 3MEC A; 3VEX A; 4LFB K; 4DR6 K; 3VER A; 1LW0 A; 4LF9 K; 5FPE A; 4QCL A; 2HVH A; 4RW8 A; 3DLL L; 4BVP A; 4BAC A; 1GLE G; 3T1H K; 4E7K A; 1I3A A; 5AZJ B; 3D2F A; 3SUQ A; 2BGG A; 1UAX A; 2NRZ A; 4KO0 A; 4HUE A; 5IWA K; 5T7B A; 2O8C A; 1SZ2 A; 3OA9 A; 4DV0 K; 4MO5 A; 5HP1 A; 2HB5 A; 2UXC K; 2NNW A; 1EWR A; 4I2P A; 1QHA A; 4AHC A; 3OYL A; 1NWK A; 1NG9 A; 1N32 K; 3QFU A; 2A5X A; 3OYB A; 3TWH A; 4M7Y A; 4CD3 A; 4DR4 K; 4K42 A; 4KB0 A; 1HNX K; 1TKD A; 3HT3 A; 3HSC A; 2QXL A; 3MXJ A; 2ZGY A; 1KTQ A; 3HO1 A; 4FWQ A; 2F8S A; 1J5O A; 4MFB A; 2FLO A; 4IXC A; 5FDL A; 3FE1 A; 3IG1 A; 3VQC A; 5HOO A; 2VGM A; 4KI6 A; 1LOT B; 1R0A A; 3LDO A; 2HMP A; 3NVK A; 1OH8 A; 3FZH A; 3L8B A; 2F96 A; 5AQQ A; 1V4S A; 3OJU A; 1CXQ A; 1YXQ A; 1RDU A; 1W97 L; 3F9M A; 5GAH P; 2FXU A; 4CGG A; 1Z6R A; 3VTH A; 2P9K B; 4CZJ A; 3KLE A; 2LSN A; 5C2F A; 4X62 K; 1EWQ A; 2V51 B; 4J2A A; 3RSE B; 1VSI A; 2NRH A; 3CCM N; 1DT9 A; 3O5B A; 3OYA A; 4FLU A; 1XNR K; 1YAG A; 4AM6 A; 4JKC A; 4B1V A; 2QWO A; 4ICL A; 5KPT A; 4LF6 K; 3CHW A; 2Z1H A; 3KWI A; 4CHQ A; 3I0R A; 5CZ2 A; 2P9L B; 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2FF6 A; 1KAY A; 5I42 A; 3OTO K; 2WTU A; 4EHT A; 3VTI A; 4B9L A; 4DS4 A; 4YDU C; 3H45 C; 3JXU A; 5CZ1 A; 3WT0 A; 3DXK B; 3WNG A; 4GV9 A; 5J1E A; 1J6Z A; 5AQY A; 2P9P B; 5C12 A; 3O9U A; 5C42 A; 1JCE A; 3L3V A; 4F2S A; 1ZBI A; 3NCI A; 3ZSW A; 2O8D A; 4O5F A; 2R7Y A; 4BRE A; 1D4X A; 2VWB A; 4CGI A; 4Z94 A; 3OS2 A; 4CFA A; 4I9L A; 4ID1 A; 1BI4 A; 5DK5 A; 3IFR A; 3HPG A; 1X9S A; 3DXM A; 1Q82 O; 3EE8 A; 4KBO A; 3GE1 A; 1VQ5 N; 2P9I B; 2ZJR L; 3CME N; 4PUO A; 1X9W A; 2YCH A; 3CCU N; 1WN7 A; 2CH6 A; 2E2P A; 3V9Z A; 2W6L A; 4FJ7 A; 3IRX A; 1LWC A; 3ZET B; 4KI4 A; 4ZHR A; 1HNZ K; 4C8K A; 4CIE A; 3O1B A; 1NNE A; 3OYM A; 2CH5 A; 4CJ3 A; 2OCE A; 1ZBL A; 2AA4 A; 4JI6 K; 3SBT A; 1Q81 O; 2A6A A; 1KAZ A; 1T7P A; 5HRR A; 3MMV A; 4E19 A; 2OPQ A; 4H0V B; 2Q2R A; 3ZSV A; 2HMI A; 3VEW A; 3LAM A; 2G8I A; 2NZT A; 3PX0 A; 4FJM A; 1NGH A; 3EE9 A; 2OA8 A; 4B3O A; 1Q86 O; 3CPE A; 5JMV A; 3SAG A; 2NRR A; 3OVN A; 4IOA L; 4OO1 J; 3NF9 A; 3RMA A; 3QER A; 4CEO A; 4OKK A; 5J2Q A; 1C1A A; 1KVA A; 2YNH A; 2XRI A; 4JKH A; 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