The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
88
|
structure length |
88
|
Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
31
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FLX N; 1R6T A; 4JI4 O; 2UUA O; 4LF5 O; 4OPH A; 1N34 O; 1J5E O; 4JV5 O; 4LF6 O; 4JI6 O; 1XNQ O; 4K0K O; 4AQY O; 4B3S O; 2HHH O; 3JAM N; 5BY1 A; 1HNZ O; 1DK1 A; 4DR5 O; 1IBM O; 2DJV A; 4X65 O; 3J81 N; 1F7Y A; 4DV5 O; 1N33 O; 2F4V O; 1IBL O; 1HNW O; 1KUQ A; 2Z0A A; 1I94 O; 4X64 O; 1XNR O; 2LW7 A; 5IWA O; 4DV6 O; 4DR7 O; 1N32 O; 2ZM6 O; 5LL6 Y; 4DR3 O; 2UUB O; 3OTO O; 1NS1 A; 1IBK O; 2E5L O; 2UUC O; 1N36 O; 3F5T A; 2UXC O; 4DV0 O; 4GKJ O; 2DOS A; 1HNX O; 4JI0 O; 4OPA A; 4DR4 O; 4JI7 O; 4X62 O; 1XMQ O; 1AB3 A; 4GKK O; 1X59 A; 4X66 O; 4JI5 O; 4B3R O; 4YHH O; 5BXZ A; 1FKA O; 3T1Y O; 4JI1 O; 4DR1 O; 2FKX A; 2UXB O; 4LFB O; 2VQF O; 4YY3 O; 1HR0 O; 3SDL A; 4B3T O; 4OX9 O; 4LF9 O; 1YZB A; 4DR2 O; 5BR8 O; 4DV7 O; 2JRI A; 4NXN O; 2N74 A; 4DUZ O; 4DUY O; 5IT9 N; 2ZKO A; 4DR6 O; 5LMN O; 4NXM O; 1FJG O; 4LFC O; 2VQE O; 3J7A U; 3R66 A; 1D2D A; 4LF7 O; 4DV2 O; 4DV3 O; 4JI2 O; 1FYJ A; 3O65 A; 5A2Q N; 2AGA A; 3J80 N; 4KHP O; 4DV1 O; 1XMO O; 1AIL A; 3T1H O; 4LFA O; 3RT3 C; 2UU9 O; 4LF4 O; 1G1X B; 4JI3 O; 4LF8 O; 1R1B A; 3M8A A; 1A32 A; 4DV4 O; 5H5N A; 4B3M O; 4JI8 O; 5LMU O; 4A5U B; 1XEQ A; 2UXD O; 4JYA O; #chains in the Genus database with same CATH topology 5FNV B; 3E8B A; 2F95 B; 3LSU A; 4X89 A; 2KB1 A; 1YIJ V; 1QVG U; 4LF5 O; 4NTW A; 4PI2 A; 4I9Q A; 3OR7 C; 1E1Q G; 1YF2 A; 4BIZ A; 3CP1 A; 3N2K B; 3ASN C; 1KYO F; 1AR5 A; 4F6E A; 2IH1 C; 4I50 B; 2P90 A; 1DTO A; 2QWO B; 3BVO A; 4LF6 B; 4K0K B; 1R3J C; 2WA4 A; 4X1Y B; 2ZT9 B; 5CBF A; 1S5H C; 2LW7 A; 3UO2 A; 4I4T B; 5KLV H; 3ABU A; 4RUE A; 1NS1 A; 2Q7G A; 1IBK O; 1SQB H; 2Y69 C; 3JD1 A; 1N0J A; 4UCT A; 4F6R A; 2ZM6 B; 2XHB A; 4H37 A; 5B3S C; 4GKJ O; 3K08 A; 1NBM G; 3WB2 A; 1Y67 A; 2HJD A; 1GH6 A; 4GYC B; 3BEH A; 2UXC B; 1NT2 B; 4LWS B; 2Y4U A; 5LHH A; 4G28 B; 2GTS A; 2JS5 A; 2Y0P A; 3VBB A; 2Q6A A; 3JCZ A; 4TV8 B; 2YXL A; 4X1I A; 3ASO B; 1GN2 A; 1FXK A; 2DYR C; 3EFF K; 1WJZ A; 2QR4 A; 1SQQ H; 4LP8 A; 4JZG A; 3K79 A; 4DR6 O; 5LMN O; 4LFC O; 1D5N A; 2GBO A; 3CSX A; 4JGS A; 4CS3 A; 5IJ0 A; 3U10 A; 4UVB A; 2WLI B; 3CS5 A; 2WLH A; 5CB4 A; 4ZI7 A; 3ASN B; 4L87 A; 3WB1 A; 4GX2 A; 1JFF B; 4Q20 A; 1M1K W; 3D8C A; 4CH4 A; 4FMT A; 1VQ8 V; 4JI3 O; 1IX9 A; 5KX5 A; 2UU9 B; 4GLX A; 4JZ2 A; 4GKK O; 1QLE C; 3LNN A; 3TJT A; 2LQT A; 2Q5Z A; 3H01 A; 1IUR A; 3ZMV A; 3ETG A; 1B06 A; 1V55 C; 5BY1 A; 3WU2 Z; 5EIB D; 1DK1 A; 3SJC C; 3FB8 C; 1PNK A; 2Y69 B; 1PP9 H; 3RYI B; 4NKG B; 3TXQ A; 5B3S B; 3RYH B; 2JVD A; 5GON A; 3FAV B; 4J9Y B; 3L70 H; 2Z3Y A; 4PA3 A; 3B4S A; 5EBL C; 1Z5V A; 2LFR A; 3CCU V; 1VQ5 V; 5LL6 Y; 2AW9 A; 1MG1 A; 1Q6I A; 2FB5 A; 4JTA B; 2NLJ C; 3F5T A; 2EX3 A; 3CB2 A; 2DYR B; 2XAQ A; 4H13 B; 3CCE V; 4XDJ A; 5DEC A; 2RMK B; 3K06 A; 4X66 O; 3OUS A; 3HB3 B; 5FNV A; 2V4D A; 1Q86 W; 2Q69 A; 2A06 H; 2GDS A; 4FM2 A; 1VQ7 V; 4Z2W A; 4EEQ A; 3K5N A; 2LP7 A; 1THZ A; 1XDC A; 4I50 A; 1VQL V; 1PM9 A; 1K4D C; 3TGU H; 1QLE B; 2ZCE A; 2OCH A; 3OD4 A; 3B40 A; 2P5O A; 4LNU B; 2ZR2 A; 3NXS A; 3A2F A; 3AG3 C; 4GX5 A; 5ITZ A; 1G8M A; 2QM4 A; 1J95 A; 1V55 B; 2Y4T A; 1E1R G; 2CK3 G; 3ZJZ A; 2WLJ A; 4DV3 B; 4JI2 B; 2KG7 A; 3UM7 A; 3DC5 A; 4DV4 O; 5LMU O; 1OCC C; 4ASU G; 4D6T H; 2P22 C; 3AG2 C; 3CPW U; 4JYA O; 2UUA O; 4LWS A; 1XNQ O; 4U3J A; 5TIS Z; 1R3K C; 2WLM A; 1SES A; 3X2Q C; 2XAJ A; 2XT9 A; 4AQY B; 4YJ2 B; 1HNW O; 4G27 B; 4P30 A; 3SPI A; 4DR7 O; 1RSO B; 3ABT A; 2JK5 C; 3CCQ V; 1XNR B; 3ZRW B; 4DR3 O; 2IW5 A; 1ENV A; 3OTO O; 1FD9 A; 1R3I C; 1AR1 B; 2QEX V; 2BCC H; 1GN4 A; 2WLI A; 2EIL C; 4MS2 A; 1MZF A; 4MSW C; 5JJE B; 4HBN A; 1NJI W; 1JFF A; 1N4C A; 2LFS A; 4DXW A; 1BQ0 A; 3MAQ A; 1UPG A; 1IZ3 A; 1OJH A; 2Q9L A; 4JI1 O; 5KHK A; 1RP3 B; 4UCV A; 3AG3 B; 2UXB O; 3E89 A; 4J11 A; 2M6Y A; 1VQ4 V; 4YHH B; 4CH6 A; 1GN6 A; 1EBO A; 2HKO A; 4B7E A; 3BA9 A; 4XDL A; 5GTH Z; 4FLX A; 4P9P A; 3RYI A; 4NTY A; 1K73 W; 3DC6 A; 1RPO A; 4B3T B; 1ZL8 B; 2DE0 X; 1OCC B; 5L3E A; 3FAV A; 3AG2 B; 3RGB A; 4PHZ A; 5KHJ A; 5BR8 B; 5LXT B; 1KC8 W; 1SQX H; 1Q82 W; 3AG7 A; 1BZK A; 4O4I B; 5EC1 C; 1XMO O; 4JI4 B; 1SKV A; 2PI5 A; 4LFA O; 1JJO A; 4LF7 B; 4R6Z A; 3X2Q B; 3CRR A; 3FD9 A; 4N23 A; 4LH7 A; 1IXM A; 4X1K B; 5LBQ A; 1ZX3 A; 3CX5 F; 5FLX N; 1KU9 A; 4O4J A; 1MOF A; 1AJQ A; 3JAS B; 2OWO A; 2UXD B; 5KA5 A; 5LGU A; 1XQ8 A; 2E3C A; 1CPY A; 2EIL B; 2YEV A; 5CA3 A; 5L3G A; 2AZ2 A; 3ZHT A; 1IBL O; 4J7K A; 4FIP C; 1SQG A; 4DR5 B; 4PDM A; 3P30 A; 2HJF C; 3P32 A; 1NR7 A; 3BPZ A; 3K9A A; 4NR1 A; 5FPR A; 1FS0 G; 1N32 O; 3K57 A; 2EIK C; 4DV6 B; 2NNU A; 2ZE7 A; 1MSW D; 2IBZ H; 4FZ0 A; 3BAA A; 5JH7 B; 2JJ1 G; 2FYU H; 3LNM B; 3ZBH A; 2LJ2 A; 3E86 A; 2ODM A; 2PZS A; 3VQV A; 1BQZ A; 3OGI B; 1KKD A; 1FKA O; 1F23 A; 1EZV H; 2IU0 A; 1QNM A; 1O9G A; 1RFY A; 1FXK C; 3AG4 C; 1AJN A; 3K0G A; 2WA3 A; 4OX9 O; 3HKC B; 3LSS A; 5K1X A; 1K9M W; 1N0N A; 1EN6 A; 4J80 A; 2F66 C; 2QA4 V; 1GO3 F; 5CN0 A; 1F4N A; 2RDC A; 3KCY A; 2X0L A; 5JVD A; 3E22 B; 4KHP O; 3ZRW A; 1NQT A; 1EN4 A; 1S5J A; 4B3S B; 1W59 A; 3W7T A; 1A32 A; 5H6R A; 4YIP A; 5H5N A; 1M93 A; 3AEI A; 4X9Q A; 1ZLZ A; 2IJI A; 4JI8 B; 4UFZ A; 2EIK B; 3H1H H; 5IWA B; 2YI9 A; 4EB6 A; 1H2N A; 2DJV A; 4D7S A; 5IY5 C; 3IFX A; 5KHH A; 4DV5 O; 2C2A A; 2R72 A; 2HHH B; 1JA8 A; 4FK5 C; 1VF6 A; 1QLN A; 2PY5 A; 3I5D A; 1GTO A; 1GRJ A; 1ZL8 A; 4JI0 B; 4MVQ A; 3IJ4 A; 2YUA A; 4E4E A; 5KA6 A; 5LXT A; 1WB8 A; 2X6A A; 3U0Z A; 4X1I B; 2Q7H A; 4O4I A; 4K35 A; 1FXK B; 4R50 A; 3AG4 B; 2UUB B; 1MA1 A; 2R9A A; 2YS8 A; 2DOS A; 5EZY B; 2JGU A; 4ZKI A; 4DR4 O; 4JI7 O; 4X62 O; 4JAU A; 4DR2 B; 5IJ0 B; 2BTQ A; 4DYL A; 3JAK B; 4X1K A; 3ZHS A; 3BHP A; 3CRM A; 5CB4 B; 3CRA A; 1B04 A; 3A0R A; 2BTO A; 3JAS A; 4FVM A; 5LGN A; 3H1K H; 1MMM A; 5KMG A; 2BOC C; 3K58 A; 4H33 A; 2VQF B; 4X8A A; 5D5P A; 4I5S A; 3D3I A; 1EFR G; 1PL4 A; 3J7A U; 4MVZ A; 2MW2 B; 3SR2 C; 4DV7 B; 4BIO A; 2WPD G; 4U7N A; 2IJK A; 3K5M A; 1W0J G; 1FYJ A; 5LA6 B; 3J80 N; 4UV9 A; 2VWK A; 1AIL A; 1S0V A; 2Q0O C; 2XND G; 5IY5 B; 3M99 B; 2OTJ V; 3C3T A; 1G1X B; 1HNZ B; 5JH7 A; 4G2K A; 1QVF U; 2HG5 C; 2W0F C; 1L0N H; 2ILM A; 3CCM V; 3SYA A; 1R6T A; 1GM7 A; 2ATK C; 1R6N A; 4TOI A; 4LF8 B; 1U97 A; 3ZED A; 4LF6 O; 4K0K O; 4JYB A; 5LOV B; 1YTF B; 3EXA A; 5LHI A; 3QO7 A; 3TXS A; 2XAS A; 1JOY A; 4MTF A; 1ARO P; 2RCV A; 2YSU B; 2HP8 A; 5J2T B; 2DWD C; 3ZHU A; 1JMK C; 3SYP A; 4MVM A; 3HKC A; 3L9D A; 2NN4 A; 3A8T A; 2DMX A; 4ICG A; 5IE9 A; 2F93 B; 1R3L C; 2OTL V; 2ZM6 O; 4DW1 A; 4OGQ B; 1KD1 W; 1AI4 A; 5C93 A; 3Q4H B; 1Y66 A; 3E22 A; 3OFN G; 5H2F Z; 2MK3 A; 2UXC O; 1XL6 A; 4ABM A; 2X6B A; 3K04 A; 3OAA G; 2EIM C; 2UUC B; 1XMQ O; 1AB3 A; 3B77 A; 2ZR3 A; 3SGI A; 3RVZ A; 1NR1 A; 2CH7 B; 2JGD A; 5BXZ A; 1KBH A; 5ITZ B; 2DQ0 A; 4PV1 B; 4PA4 A; 1SRY A; 3A0H Z; 4HAM A; 3K9S A; 1VP7 A; 3QO5 A; 2W6I G; 4TQD A; 2KG7 B; 4LF9 O; 4IHJ A; 4MVR A; 5B1O A; 3JSN A; 4Z1V A; 4LFB B; 2N74 A; 1NVP B; 1S5L Z; 4LH6 A; 3C3S A; 4FLW A; 2CGN A; 1M57 C; 1L8D A; 2QTS A; 2RNB A; 3JAW B; 2X7R B; 1I5X A; 2PYL A; 1GM9 A; 2CAZ C; 4MVO A; 1B3Q A; 5CA1 A; 1DF4 A; 4WFH A; 4U3J B; 1OCR C; 2Y48 A; 4LF5 B; 4GT1 A; 3RT3 C; 1AR4 A; 4H44 B; 3ZHQ A; 5KHG A; 2UU9 O; 4J7Z A; 1BCC H; 4KP4 A; 1FFT B; 4LF4 O; 1QCE A; 1QU7 A; 5EZY A; 4LR3 A; 1GMG A; 3UO3 A; 2K9P A; 1K33 A; 1MSD A; 3B8N A; 3JAK A; 2IM9 A; 4CH5 A; 4NTX A; 4W4K A; 3J81 N; 2HR3 A; 5IYC O; 1N34 B; 1J5E B; 5IYD O; 2GUZ A; 1WAZ A; 3KZI Z; 4MW8 A; 4JAA A; 2QKS A; 3ETD A; 2EIM B; 4X65 B; 4NYK A; 3CCR V; 3MDS A; 1O9H A; 2ZQM A; 4AHC A; 3JD2 A; 4LCU C; 3ZHR A; 1KP2 A; 1P7G A; 3RYF B; 2O57 A; 3E8H A; 2R9R B; 4MW3 A; 2B5U A; 2P67 A; 5LA6 A; 3QVN A; 2FTK A; 1BE3 H; 4O4L B; 4DRX B; 4AIL C; 3C90 A; 3P3N A; 4I0X B; 3UCS C; 1M57 B; 5B1A C; 4O2A B; 2F23 A; 4TSF G; 3MHS C; 4WFE A; 2VRZ A; 3ETQ A; 1YIT V; 2WAM A; 4LFC B; 3L75 H; 2P4K A; 3W7W A; 1SER A; 4DW0 A; 1OCR B; 4TQF A; 4EFE A; 5LOV A; 1Q90 D; 4D7T A; 4UUJ C; 1YVW A; 3I56 V; 3FB5 C; 3WFV A; 3SJQ C; 5J2T A; 2B9Z A; 3AK1 A; 4NXM O; 1T5E A; 1EN5 A; 3CXH F; 4O4J B; 4JTC B; 3LDE A; 1RM1 C; 4DUY B; 1PD3 A; 2ZIN A; 4UVC A; 4DV3 O; 4JI2 O; 4JAV A; 2CTQ A; 1JR9 A; 3W7S A; 2YEV B; 2CDY A; 4O2B B; 2RN9 A; 3JCU Z; 3Q4H A; 2EZO A; 3SPJ A; 1MNG A; 5EIB C; 4I9W A; 2OCC C; 3T1H B; 2PUS A; 4W4L A; 4IL6 Z; 1P4R A; 1BHB A; 4PI0 A; 4OPH A; 4BAY A; 2CH7 A; 4AQY O; 2QDO A; 3VQX A; 4ZIB A; 4PA6 A; 4MTX A; 4B08 A; 4JI6 B; 3JYC A; 3ZIA G; 2F4V O; 1VF6 C; 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3MHH C; 3CXC U; 4DV6 O; 3B8M A; 2V7Q G; 4X64 B; 3DXR A; 3PN1 A; 5BMV B; 4HNA B; 1WNS A; 3ZN1 A; 1GN3 A; 3OMN B; 5KMG B; 4FFK A; 4K3A A; 4O2B A; 4RUF A; 5J9P C; 2EIJ B; 1OCZ B; 3OW2 U; 2PTM A; 3TCU A; 1RPR A; 2P06 A; 2WLL B; 3WB0 A; 1Q6H A; 3K3W A; 1JX9 A; 3OMA B; 3FYE B; 4K8X A; 2EJR A; 2IH3 C; 3BCC H; 3ABM B; 4CS2 A; 3SDL A; 1Q43 A; 4RWU A; 5IDJ A; 5IYB O; 1FXV A; 1HW7 A; 4KUM A; 1MZE A; 5IT9 N; 1HR0 B; 1H2M A; 3D36 C; 1HDJ A; 1WP8 A; 3K5O A; 1Q7Y W; 2HEP A; 1BS3 A; 2YC0 A; 2KKW A; 3ZN0 A; 3LSQ A; 4FLT A; 5B66 Z; 4J10 A; 5A2Q N; 1QBZ A; 1SC5 B; 4YXW G; 1QR8 A; 4XDK A; 3T1C A; 4PJ0 Z; 3G6B A; 4JI8 O; 2HFE C; 3KCX A; 1FFX A; 3HKE B; 1IBL B; 4O4H B; 3FB7 C; 3AG1 C; 4GCZ A; 4U3F H; 2Y0I A; 2HHH O; 1AI5 A; 4GX0 A; 2OIG A; 1N32 B; 4X88 A; 2QKA A; 4WFB V; 2VS0 A; 4MTO A; 3G6E V; 3L73 H; 4ZBM A; 3S3W A; 3CMA V; 2PYJ A; 3SJB C; 1Y74 B; 4KL1 A; 1S77 D; 5GTI Z; 1YTF D; 2JGD B; 1N33 B; 2ZXW C; 3TET A; 4UCS A; 5JJN B; 1HP8 A; 1I94 B; 1LUW A; 2UUB O; 4CBC A; 3SPG A; 1G6U A; 3VOU A; 4MVU A; 1G4Y B; 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