1JEFA

Turkey lysozyme complex with (glcnac)3
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVYGRCELAAAMKRLGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTHATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSKNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIASGGNGMNAWVAWRNRCKGTDVHAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title X-ray structure of turkey-egg lysozyme complex with tri-N-acetylchitotriose. Lack of binding ability at subsite A.
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jefA00
1LSZA 3IJVA 3TXJA 1VDQA 4O34A 1ZVHL 1D6QA 2BQAA 5F16A 1BWHA 2EQLA 1LJJA 1DQJC 1IOSA 1UIHA 1YKYX 4H9IA 1REYA 3W6FA 3LN2A 3GXRA 4DDCA 5E4PA 1CNSA 1WQNA 2EKSC 3WPLA 3BKVA 1I20A 4EOFA 1GB8A 4B49A 4IATA 4KXIA 1LJGA 2HU3A 1IWYA 1GF3A 2VB1A 3WUAA 1XGTC 2FBBA 4MSTA 4HTQA 4CFOA 1B5VA 4GLAA 2D91A 4W96A 2BQMA 1GFAA 3B0OA 3A90A 1GEZA 5LYTA 2DBTA 1GBZA 1LMQA 1DI4A 3TXKA 1OUGA 2G4QA 4DD2A 1C10A 2FYDA 5LYZA 4OOOA 3SP3A 3MGWA 3WU7A 1LMOA 1GFVA 4LYBA 1T3PA 2AUBA 2DQCY 1F0WA 4DDBA 1VFBC 5LIOA 1LJ4A 1YANA 4WL7A 2ZQ4A 3WXUA 2BQDA 4NY5A 3EXDA 1LZRA 1CJ9A 4X3BA 1GHLA 1GAZA 1LZCA 1IIZA 1G7HC 4ETEA 4N1CC 1BB7A 5KJ9A 1IR7A 1JKCA 3ULRA 1HEWA 4R0FA 6LYZA 3RU5A 133LA 3A94A 4CGEA 3QY4A 5FCPA 1NDMC 1BB6A 1YIKA 4H1PA 1VAUA 1GFUA 4OWEA 5LVKA 4G4CA 1LHKA 5D5FA 5I5QA 1FLYA 1IX0A 1WVVA 1YAOA 3CSZA 4G4BA 1LMAA 1LMPA 4LZTA 2LHMA 1XSFA 3WUNA 5IELA 4NHSA 3LYOA 4ET8A 1W6ZA 1JSFA 3CT0A 2F2NA 2W1YA 3EMSA 1JJ3A 1LZ5A 1YKZX 2BQFA 1FDLY 2HEEA 4C3WA 2LYZA 3K3TA 4GN5C 1B7PA 1QDRA 4WLDA 3RW8A 5M1YA 3A3RX 1GFGA 4FDYA 1VDSA 2BQNA 3CSRA 3T36A 5LA5A 1FKQA 3AGIA 1YL0X 3B0IA 2W1XA 1GF7A 3WYHA 1FLWA 4LFPA 1LSAA 4HJYA 7LYZA 1GFJA 2D6BA 1HMKA 1GBOA 1XGPC 2XJWA 2W1MA 5I4WA 1QIOA 1LMCA 4N0JA 4NSJA 1XEIA 2X0AA 3AZ6A 1KXXA 4PHIA 4M4OA 5HLLA 1VEDA 3ZVQA 5ILFA 1NKHA 5LINA 1RCMA 3RT5X 1JJ0A 1J1XY 3RNXA 3P66A 1JSEA 4MCKA 1Z55A 1LSPA 3WH1A 2BQIA 3F6ZA 4N5RA 4OW1A 5KXWA 4YF2A 2DQIY 1B5ZA 5T3FA 3WPJA 2Z12A 4H9EA 1BQLY 1REMA 4M6DA 3AW6A 4YOPA 4DD3A 1LZTA 1GBYA 4TTDA 4HV1A 4H8ZA 1B5XA 2HTXA 1PS5A 5KKJA 1GDXA 5L9JA 4KPMA 4IASA 2N5ZA 5K7OA 6LYTA 4AXTA 1UBZA 4J7VA 1GWDA 1IP2A 4RW1A 1BVKC 1LZGA 3W6BA 2H9KA 1V7SA 1GF9A 1NWGA 3A92A 3A96A 1KIRC 4WG1A 1LPIA 1OUFA 1OUAA 4HPEA 5LAGA 3A6CY 3TMVA 1JTTL 3AW7A 4DYGA 1B5YA 2YBMA 4OWBA 1CKFA 4G9SA 2W1LA 2F30A 3LHMA 2HUBA 3LZTA 1LHMA 1GFHA 1ZV5L 4ML7A 1CKHA 4RLNA 2Z18A 4FJRA 4ETCA 1GXV2 3CB7A 1XEJA 4OWHA 4RW2A 3CT1A 4H9BA 5DN4A 1GD6A 1LJIA 1LZNA 4HP0A 193LA 1LJFA 1RI8B 2YBLA 3TXBA 2H9JA 194LA 1D6PA 3AJNA 1DKKA 5DL9A 153LA 4B0DA 1XGRC 1QSWA 2BPUA 3J4GA 4E3UA 1JEFA 1NF5A 4A7DA 3D3DA 4DC4A 5KXYA 4NGIA 2BQCA 1IWVA 4II8A 3TMXA 4ETDA 3WU8A 1W08A 1OUBA 1ZMYL 2YSSC 4GCEA 3J6KA 1TCYA 1NMMA 5KXZA 1BVXA 2ZNXY 1HEOA 1KXYA 1LHJA 154LA 2RSCA 1GXXA 3B6LA 4DWXA 3A95A 1C08C 4LGKA 4WM3A 1LJKA 1UIDA 2CDSA 4G4HA 1BB5A 1IP3A 4LYTA 3HBEX 2Z38A 1IR9A 1IOQA 2PC2A 4H93A 4XJHA 2YVBA 2I25L 3W6EA 5KXTA 1LSBA 1C43A 1LZ6A 1IVMA 1REZA 4LYMA 1WQPA 2DQAA 1HNLA 4H9CA 5I53A 1B7NA 1LHIA 3CSQA 1JKAA 1G7IC 5LVJA 5E9RA 3VWOA 3LYMA 1WQRA 1GDWA 1GPQC 1DXJA 4ZFPA 4PJ2C 3E3DA 1V7TA 3B0KA 3N9CA 8LYZA 1QSAA 3T6UA 1GB9A 1WTNA 1IC4Y 4NHTA 4H9HA 4WO9A 4YM8A 1LJ3A 2WARA 1B7RA 4H94A 2BQKA 4NHPA 4NSGA 3WPKA 3A67Y 1IC5Y 5B1GA 3M18B 1QTEA 1HF4A 4OWAA 3WULA 3WVXA 3HFMY 1D9UA 1RE2A 4XADA 4QEQA 1EQ5A 4MR1A 4NGYA 1RFPA 1UUZC 5B05A 1CKDA 5APDA 1H6MA 4H9FA 4GCDA 3IWRA 1JIYA 1GF0A 3WL2A 1WQQA 4XJGA 1HEQA 2YBIA 3BKHA 2YBHA 3TXDA 1JJ1A 4LYZA 4RDSA 1GB3A 4NG8A 4I0CA 3OK0A 4XJIA 3WW5A 4Z3MA 1GFTA 2H5ZA 1LJHA 2HU1A 1IP7A 4NFVA 1EQEA 5FEKA 4ANRA 5FSTA 1OUJA 3TXIA 1JUGA 1OUEA 1GE3A 1YAQA 1C46A 1F6RA 4HSFA 1BWJA 2XBRA 5LVHA 1LSEA 4NWEA 4TWSA 1YQVY 1C7PA 3HBHA 1VDPA 2DQEY 2DQJY 2HEDA 2XBSA 2ZIKA 5FDJA 1JPOA 5KY1A 5EBHA 1JISA 1O23A 4UWNA 4ZEEA 1XEKA 4DD1A 2CWIA 1QUTA 2BQHA 4H8YA 4WOAA 4N9RA 4AGAA 1LZAA 2DQGY 4DT3A 135LA 1DI3A 3EBAB 1UACY 5F14A 1B5WA 1B5UA 1OP9B 5F9XA 5IDDA 4HJZA 4HJVA 1C45A 1AT6A 5AMYA 3A6BY 1IY3A 1HSWA 3ZEKA 1FKVA 2YBJA 4LYCA 4TUNA 3QE8A 1AZFA 1EL1A 5I54A 1DKJA 2ZYPA 4HV2A 4DDAA 1KIPC 2DQDY 1LZEA 3AGHA 1OUHA 1LSDA 1G7LC 3FI7A 1YAPA 2Z19A 1HSXA 2LZ2A 1XGQC 4NHIA 4PPOA 5F9UA 4NSIA 2I6ZA 4HTKA 5KXLA 2F4GA 3CT5A 1NBYC 2BLXA 5L3IA 1NHEA 1OUIA 2EPEA 3CQLA 2BLYA 1HERA 1KIQC 4NG1A 5APFA 1E8LA 5APCA 3LYZA 4W94A 4DD7A 3AGGG 1IOTA 2DQFC 4LYOA 1UICA 2LZTA 1B7QA 2ZQ3A 3AZ7A 4GN4A 4RLMA 4TSCA 4TX7A 5B06A 1CJ7A 4UWUA 5A3ZA 2HEBA 5LA8A 2ZIJA 1GE4A 1JTPL 1GB5A 4NGKA 4BAFA 1LYYA 4D9ZA 5KXSA 1LYZA 1UA6Y 4J0LA 3TMUA 4XJDA 2Z39A 4YENA 5KXRA 4BS7A 2EIZC 5FELA 1LZ9A 1QQYA 2MEGA 1HEPA 1QDTA 2HECA 1LKRA 5HNLA 4ETBA 1LZBA 4UWVA 5D5CA 1HFXA 2Z37A 2D4JA 2XTHA 1LSYA 1EQ4A 1MLCE 1LHLA 1T6VL 1UIGA 2G4PA 2BQLA 132LA 1J1PY 2LYMA 4WM1A 2ZYCA 5FHWA 1SLYA 3WU9A 4QY9A 1YKXX 3HBDA 4N1EI 3TXGA 1IY4A 4EMNA 5L3HA 5J7CA 1LTMA 2MEAA 1UC0A 1YL1X 4H90A 3LYTA 1UIAA 2BAAA 1IP6A 3ATNA 1GAYA 4G49A 1GFEA 4NEBA 1IP1A 1BB3A 3A91A 5IHGA 4WMGA 4J1BA 4NIJA 3A34A 1LZ1A 1GB7A 1GF8A 5KXMA 3G3BB 1GB6A 1GFKA 1A4VA 3A8ZA 4PGJB 1JKBA 3N9AA 4HPIA 3P64A 1IOCA 4GCBA 1IWZA 5B59A 4R6CA 1FBIX 2GV0A 1IORA 1AT5A 4H8XA 1LSGA 1SQ2L 2NWDX 5DN5A 4DD9A 2Q0MX 3TXEA 5JENB 4Z98A 1WQMA 3WXTA 4P2EA 4I8SA 5APEA 1LAAA 3B72A 4QDNA 1LSCA 1IWUA 4KL7A 3OJPA 4LT1A 5C6LA 1B7LA 2ZWBA 1JHLA 2IFFY 1XFPL 4LT0A 3WMKA 1LSMA 1LJEA 2BQEA 4U3XB 1QTKA 5A3EA 5KXNA 4Z41A 5I4YA 2BQBA 2BQJA 134LA 1JITA 1GBSA 3WVYA 3W6AA 4PRUA 3N9EA 3A3QA 1P2CC 4XYYA 5HNCA 4HTNA 4LT2A 1D0KA 1TEWA 1IP4A 1HELA 2F4AA 1LYOA 4LFXA 3TXHA 2CGIA 1LOZA 2LYOA 1HFYA 3ZVQB 5I4XA 1B2KA 4XJBA 1KXWA 1GF5A 2YDGA 4NGZA 1UIBA 4QGZA 1IWXA 1LSNA 1GF4A 2CJLA 1LCNA 5LVGA 4YEOA 207LA 3TXFA 4C5FA 1GBWA 1IP5A 2MEEA 4WM4A 3M3UA 1LKSA 1G7JC 4NGJA 1B7OA 4GCFA 1IEEA 4BADA 1N4FA 5LAFA 1AKIA 1LZYA 1BHZA 1FLUA 1WTMA 1YAMA 1YROA 2IHLA 4GCCA 4NGOA 1B0DA 1XGUC 3ATOA 5HQ1A 5KXXA 1HHLA 1DPWA 5KXOA 2D4KA 1UIEA 4NGWA 2MEFA 4XJFA 3WW6A 1NQIA 3TMWA 1DPXA 1F10A 4WM2A 1YILA 5B07A 1TBYA 4IJ4A 1LSFA 4L41A 1JWRA 1G7MC 1J1OY 4OOTA 5LVIA 1IWTA 1WVUA 4NHQA 4WLXA 5KKIA 4TSBA 4H92A 1VDTA 5DM9A 3W6CA 2I26L 1CJ8A 1VATA 3AB6A 1LZDA 4B4JA 4GLVA 4ZIXA 2MEDA 4BAPA 1H87A 4DD0A 1MELL 5KXPA 1GB2A 2A7FA 5HMJA 1GE2A 3P65A 4WG7A 2Y8PA 5LXWA 4N8ZA 1HEMA 4YEMA 2BQGA 4WLYA 1D0LA 3P68A 1B7MA 1LZ8A 1AM7A 1CKCA 4NSHA 1UCOA 1A2YC 4CHXA 2MEBA 2HEFA 2MECA 5C6JA 1IWWA 2FBDA 4OWCA 4WM5A 3RZ4A 5F81A 5II3A 4J1AA 2D4IA 4GN3A 4NGVA 5LYMA 2G4NA 1TDYA 5C6IA 1INUA 4XENA 1GEVA 3EO5A 3W6DA 1OUDA 5HMVA 2Z2FA 3AZ4A 1HFZA 3P4ZA 4PRQA 1BWIA 1LZSA 2HEAA 5KXKA 3AZ5A 1IO5A 1FLQA 1LMTA 1BGIA 3FE0A 1F6SA 1GBXA 208LA 1HMLA 3WUMA 4CFPA 2ZNWY 4KT3A 4CJ2A 1NDGC 2A7DA 1IR8A 1WQOA 2MEIA 4ETAA 1DI5A 2C8PA 4WLTA 2DKVA 1NBZC 3D9AC 1LHHA 1PZYA 1IC7Y 1D0MA 4H9AA 1REXA 3AYQA 5B1FA 1I1ZA 1GE0A 3G3AB 4H91A 9LYZA 2C8OA 1ZVYB 1LYSA 1GFRA 2FYCA 1CJ6A 2B5ZA 3KAMA 1ALCA 1FN5A 3GXKA 4LT3A 1TAYA 1GE1A 4NWHA 1RJCB 3IJUA 4B1AA 1HENA 1QUSA 1LZ4A 1GB0A 1OQMA 2YBNA 2Z2EA 1OUCA 2BQOA 4B4IA 1BB4A 3W3EA 1DZBX 1GF6A 3LZ2A 4WO6A 1HC0A 1CKGA 1B9OA 3QNGA 1JTOL 5DLAA 1UIFA 2MEHA 5ILCA 4NGLA 1JKDA 2DQHY 2ZILA 1I56A 4WM6A 1LMNA 3A93A 4WL6A 4B4EA 4Z46A 4XN6A 1LJNA 1B7SA 4ET9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TXJA 1VDQA 5F16A 1BWHA 2EQLA 2RBPA 188LA 1UIHA 2EKSC 1LYFA 4K5YA 3BKVA 1I20A 1GB8A 4B49A 3NY9A 1LJGA 3WUAA 4HTQA 4I7RA 2D91A 1C6CA 5LYTA 2DBTA 1L96A 3VW7A 248LA 1C6NA 1OVJA 2FYDA 127LA 1L10A 2DQCY 1QSBA 1VFBC 4W52A 5LIOA 4W59A 3WXUA 2RB2X 165LA 1CJ9A 1IIZA 1G7HC 4E97A 4ETEA 2OU0X 1HEWA 4CGEA 5FCPA 1NDMC 4OWEA 1WVVA 3CSZA 1L99A 2LHMA 4ET8A 2W1YA 3CSRA 1CU5A 1LSAA 1GFJA 5I4WA 1QIOA 4GRVA 4N0JA 3AZ6A 2OU8A 1VEDA 237LA 4EKPA 182LA 4I7JA 149LA 2BQIA 4YF2A 2DQIY 189LA 2Z12A 161LA 1BQLY 1REMA 138LA 4EKSA 1QT5A 1L52A 4H8ZA 4HV1A 104LA 168LA 2OE4X 4J7VA 1GWDA 4EPFA 1LZGA 1GF9A 1L93A 1P2RA 1OUFA 5LAGA 3A6CY 4DYGA 1QTDA 3GUMA 4G9SA 3UONA 1LHMA 2B72A 1ZV5L 4ML7A 4OWHA 3CB7A 2QB0B 1JTNA 1LZNA 1RI8B 3K2RA 2QARC 3AJNA 3G3VA 5DL9A 1XGRC 1QSWA 1DYDA 3D3DA 5KXYA 2BQCA 3TMXA 3WU8A 1KS3A 2ZNXY 154LA 1GXXA 4DWXA 3A95A 1UIDA 1BB5A 4I7QA 1IP3A 4LYTA 1C69A 3GUOA 1IR9A 4H93A 3W6EA 1C65A 2I25L 1L98A 231LA 3GUKA 1LZ6A 1XJUA 1JKAA 5LVJA 5E9RA 3VWOA 1WQRA 1GPQC 259LA 140LA 3B0KA 3N9CA 1L0JA 8LYZA 198LA 4H9HA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LSZ A;  3IJV A;  3TXJ A;  1VDQ A;  4O34 A;  1ZVH L;  1D6Q A;  2BQA A;  5F16 A;  1BWH A;  2EQL A;  1LJJ A;  1DQJ C;  1IOS A;  1UIH A;  1YKY X;  4H9I A;  1REY A;  3W6F A;  3LN2 A;  3GXR A;  4DDC A;  5E4P A;  1CNS A;  1WQN A;  2EKS C;  3WPL A;  3BKV A;  1I20 A;  4EOF A;  1GB8 A;  4B49 A;  4IAT A;  4KXI A;  1LJG A;  2HU3 A;  1IWY A;  1GF3 A;  2VB1 A;  3WUA A;  1XGT C;  2FBB A;  4MST A;  4HTQ A;  4CFO A;  1B5V A;  4GLA A;  2D91 A;  4W96 A;  2BQM A;  1GFA A;  3B0O A;  3A90 A;  1GEZ A;  5LYT A;  2DBT A;  1GBZ A;  1LMQ A;  1DI4 A;  3TXK A;  1OUG A;  2G4Q A;  4DD2 A;  1C10 A;  2FYD A;  5LYZ A;  4OOO A;  3SP3 A;  3MGW A;  3WU7 A;  1LMO A;  1GFV A;  4LYB A;  1T3P A;  2AUB A;  2DQC Y;  1F0W A;  4DDB A;  1VFB C;  5LIO A;  1LJ4 A;  1YAN A;  4WL7 A;  2ZQ4 A;  3WXU A;  2BQD A;  4NY5 A;  3EXD A;  1LZR A;  1CJ9 A;  4X3B A;  1GHL A;  1GAZ A;  1LZC A;  1IIZ A;  1G7H C;  4ETE A;  4N1C C;  1BB7 A;  5KJ9 A;  1IR7 A;  1JKC A;  3ULR A;  1HEW A;  4R0F A;  6LYZ A;  3RU5 A;  133L A;  3A94 A;  4CGE A;  3QY4 A;  5FCP A; 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 4N8Z A;  1HEM A;  4YEM A;  2BQG A;  4WLY A;  1D0L A;  3P68 A;  1B7M A;  1LZ8 A;  1AM7 A;  1CKC A;  4NSH A;  1UCO A;  1A2Y C;  4CHX A;  2MEB A;  2HEF A;  2MEC A;  5C6J A;  1IWW A;  2FBD A;  4OWC A;  4WM5 A;  3RZ4 A;  5F81 A;  5II3 A;  4J1A A;  2D4I A;  4GN3 A;  4NGV A;  5LYM A;  2G4N A;  1TDY A;  5C6I A;  1INU A;  4XEN A;  1GEV A;  3EO5 A;  3W6D A;  1OUD A;  5HMV A;  2Z2F A;  3AZ4 A;  1HFZ A;  3P4Z A;  4PRQ A;  1BWI A;  1LZS A;  2HEA A;  5KXK A;  3AZ5 A;  1IO5 A;  1FLQ A;  1LMT A;  1BGI A;  3FE0 A;  1F6S A;  1GBX A;  208L A;  1HML A;  3WUM A;  4CFP A;  2ZNW Y;  4KT3 A;  4CJ2 A;  1NDG C;  2A7D A;  1IR8 A;  1WQO A;  2MEI A;  4ETA A;  1DI5 A;  2C8P A;  4WLT A;  2DKV A;  1NBZ C;  3D9A C;  1LHH A;  1PZY A;  1IC7 Y;  1D0M A;  4H9A A;  1REX A;  3AYQ A;  5B1F A;  1I1Z A;  1GE0 A;  3G3A B;  4H91 A;  9LYZ A;  2C8O A;  1ZVY B;  1LYS A;  1GFR A;  2FYC A;  1CJ6 A;  2B5Z A;  3KAM A;  1ALC A;  1FN5 A;  3GXK A;  4LT3 A;  1TAY A;  1GE1 A;  4NWH A;  1RJC B;  3IJU A;  4B1A A;  1HEN A;  1QUS A;  1LZ4 A;  1GB0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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