1JFXA

Crystal structure of the bacterial lysozyme from streptomyces coelicolor at 1.65 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
DTSGVQGIDVSHWQGSINWSSVKSAGMSFAYIKATEGTNYKDDRFSANYTNAYNAGIIRGAYHFARPNASSGTAQADYFASNGGGWSRDNRTLPGVLDIEHNPSGAMCYGLSTTQMRTWINDFHARYKARTTRDVVIYTTASWWNTCTGSWNGMAAKSPFWVAHWGVSAPTVPSGFPTWTFWQYSATGRVGGVSGDVDRNKFNGSAARLLALANNTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A new lysozyme fold. Crystal structure of the muramidase from Streptomyces coelicolor at 1.65 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 1,4-beta-N-Acetylmuramidase M1
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces coelicolor
total genus 80
structure length 217
sequence length 217
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1jfxA00
4CCCA 5FKYA 3AMGA 1B3WA 3VM5A 4MDPA 1C93A 1TZ7A 3MUIA 4H04A 2DEPA 4M81A 1KBBA 5CPTA 2VX4A 1JYNA 1E4NA 1GOMA 2VL4A 3RMEA 4QCEA 3AJ7A 2OYKA 1L0PA 4Z2GA 1CXHA 4UFHA 3MMWA 2PWFA 1R7AA 1NM9A 2G8ZA 3PZGA 3MMUA 3D5HA 4W8LA 3A4AA 1PEZA 3OLIA 4GI9A 1C3FA 3QOMA 4F8XA 2FHBA 3AHTA 3F4VA 5IFTA 4YN5A 2XPKA 3LPOA 1UUQA 5E0CA 1LG2A 3SUWA 3AOFA 2X09A 2CBUA 2YOCA 2ESCA 1GNXA 1E9LA 1CGVA 1GORA 3ARWA 3VILA 2WAGA 3VIJA 2F8QA 4ACZB 2Y8VA 4W7UA 2DDXA 2IXUA 3VNYA 2VRKA 4P7NA 3GNOA 3O2LA 5DEZA 1Q6GA 1TVPA 4NSBA 4IPLA 1NWRA 1ISYA 1TR1A 3U57A 4AD5A 2WMGA 5FCZA 1VEMA 1C90A 1PIFA 1HJVA 3QHMA 1XCXA 4HP5A 3MKKA 3CIVA 3GDBA 1CENA 1OSEA 2ZX9A 4LPCA 1LWHA 4WIWA 1UKSA 1DP0A 1JD7A 5BXTA 3BXWA 2Z1SA 1QNQA 4QLLA 1VENA 2PF0A 4QCFA 4AIUA 3VD4A 1CWYA 2VVSA 3FW6A 3WUGA 5CGMA 4TTGA 5I0DA 2JEQA 2IUZA 1UA3A 5DMYA 3L4YA 4UQBA 2MANA 3K4AA 3EMZA 4V28A 1FFRA 2VUYA 2EPMX 2OLHA 1BTCA 5A95A 1MFVA 2GK1B 3WFZA 3CZLA 4CVWA 1VBUA 3ZJKA 1L8NA 1GQJA 2E8ZA 3UCQA 2BVDA 1NQ6A 1UG6A 1KGXA 3QR3A 5DO8A 4YHEA 4J7RA 4CKQA 3WEOA 4PMZA 1KR1A 1BGAA 4AZ7A 3VUPA 3WUFA 1V3LA 3VOCA 1B1YA 4ZENA 4N42A 3RM4A 1CIUA 4U3AA 1GOIA 2WCGA 3RM9A 4D6JA 4S3JA 3GXMA 1GOWA 3W6MA 2VTFA 1I1XA 1WNOA 4X0NA 1EA9C 5CSYA 5A3HA 1DHKA 4J3SA 3VO0A 4D6FA 4CCDA 2XIIA 2W67A 1IV8A 2W92A 1K6AA 1GHRA 3L4ZA 4LX4A 2D1ZA 2DT3A 3VIMA 2C8NA 3CZKA 5A2BA 1Q6DA 2J79A 3VPLA 2VQUA 2BS9A 5JBEA 1WKYA 4AZGA 4PTMA 4MNKA 2J25A 5BXRA 5I3DA 1ZJAA 3VTRA 1CGXA 3F5KA 5CLTA 3WKZA 3UEQA 4WKFA 2G4FA 4W7VA 3VGFA 5D9PA 3WBEA 2JIEA 4NZCA 2EXOA 2ZOXA 1JAEA 2WVTA 1G0CA 1OM0A 5BROA 4CN4A 1G01A 3MS8A 3OGSA 4FMVA 1E6QM 3AFBA 5EBAA 3WH7A 1WDPA 3DHUA 4E8DA 2BNJA 3VD9A 2WKGA 2XVNA 5FL0A 3HJEA 4U2ZA 2OWWA 4FLQA 1JYWA 4JKMA 3PZUA 2QV4A 1MQQA 4HMCA 4Q22A 1E72M 2ZUVA 3SCRA 1LL6A 1KB3A 3BAKA 1UQYA 2E40A 1CEOA 1DWJM 1PJ9A 4R27A 1XD0A 2WBGA 1Z32X 3OZPA 3J7HA 4HZ7A 1FFQA 1JZ2A 3AHZA 3RDKA 3VDCA 5HNNA 3F5JA 4JIEA 1E40A 4F79A 1ISXA 4QP0A 2ZWYA 2X0HA 2OSXA 2G3MA 1V0NA 2EQDA 1VAHA 2EBNA 2W4XA 3K4DA 1G5AA 1GONA 4DUXA 5C8BB 3CHEA 2O9TA 1QOXA 5CQ1A 2ZUNA 1EHNA 1C92A 5BRPA 2O92A 3FY1A 2VRQA 2W66A 1JZ8A 4HOZA 2XTKA 3PBGA 4D6HA 3EDEA 3WEMA 3TTQA 1E0VA 3BCDA 3AHYA 5DF0A 1UH4A 4GXPA 2VO5A 4TXEA 3K8MA 1C7TA 3GYCA 5EFDA 1R8LA 4URIA 4UR9A 3SCOA 3WD0A 5CG0A 2EEXA 1AQHA 1R7OA 3PHAA 1B31A 1E4IA 2V3EA 1U2YA 2CHNA 5I77A 2FH8A 5HOSA 3ZSSA 2ZXAA 2ZUMA 4E4PA 1B3YA 1GCYA 4CVUA 4EAMA 4PUDA 5AY7A 3AIRA 4UFMA 3CZGA 3MV01 3SCSA 4BA0A 3L4XA 1NOUA 2VMFA 1BSIA 1TMQA 1MW3A 2NW0A 1EXPA 2J7GA 4MAZA 3N04A 5GQBA 2WLYA 1PPIA 3UERA 5CXPA 4AZCB 3ZO9A 2XM2A 2WC7A 3OIHA 4XB3A 3TTOA 1GOKA 1SYTA 4H8UA 1KCLA 3WSUA 2O9RA 4KMQA 3UR7A 4K68A 2EPOA 1J0IA 1QNOA 1JNDA 1W1TA 5A94A 4JFWA 1XHGA 2WANA 2WPGA 1OT1A 1BYCA 2X05A 4Z2HA 1E3XA 2E4TA 3W6LA 1IZKA 3ZT5A 3PZ9A 1A3HA 4AIEA 3VGGA 1VIWA 5A69A 3BSHA 1QVBA 2O9PA 2VR4A 4PMNA 1W9PA 3WNLA 3NJ3A 3ZR5A 2J4GA 3WEZA 1UWTA 4B9ZA 1CZ1A 4C7DA 5LYRA 3SURA 2WMFA 1DEDA 1OWQA 1H49A 5D9NA 1OGGA 4M82A 1QHOA 2JF6A 4CUCA 1ZBWA 3T2PA 5M17A 1E4LA 3I3BA 1MW1A 4TUFA 1EO5A 2X1IA 2DQXA 4AMCA 4C7GA 4CD8A 1SFSA 1BYAA 1EHAA 1UR0A 2X0YA 3VX0A 4W8BA 1C7SA 5I78A 1FH9A 2EO7A 3DYPA 1BVZA 3N13A 5D9OA 5IHRA 3WH8A 4A4AA 5LA0A 1CXEA 1I1WA 2A3BA 3N11A 4U31A 1PAMA 4L4PA 4RL3A 1E6RA 4B3KA 3O6AA 1OBAA 4JFTA 4TX6A 2DPEA 4AZHA 3WUEA 1J0YA 1M04A 5DFAA 4HMDA 4JFVA 1LL7A 4B3LA 2QMJA 5BYWA 1F4AA 3CUGA 1UR4A 2UY4A 5ECUA 4F9DA 5CPQA 3G6LA 4P7OA 3SCQA 4HPGA 2V3GA 1E6PA 4TVDA 4PEEA 3CZEA 2VCCA 4PMOA 1W3KA 2J62A 4MJ2A 2WCAA 2W5FA 1UWRA 2YDQA 4PMXA 1ISWA 1J12A 3LPPA 4UOQA 3RM8A 4AZ6A 3PTMA 4UTFA 3GNPA 2J7CA 3UG4A 1J0JA 2E9MA 1W9XA 3IJ9A 2FGLA 2GSJA 3U5YA 1VFMA 1QI3A 2A3AA 5E0FA 5HDRA 4BZYA 1H5VA 1UH3A 1GQKA 2WSKA 2UWFA 1TA3B 2WHKA 5E6ZA 1ESWA 2W62A 4MNLA 1DWAM 2VNCA 5GNXA 5I5RA 4M80A 4PN2A 3U7VA 4NRSA 3N1AA 3VDHA 3BMVA 4OOZA 4QFUA 3W81A 1ISVA 3ZT7A 1E6XM 2GDUA 4U5KA 1G1YA 5M5DA 1JIBA 2BVTA 4RE4A 1HP4A 1VBRA 3CTTA 4UOJA 1C91A 1HN1A 2DGAA 2IXVA 2WB5A 1RD6A 1ZBKA 1X6NA 1BFNA 3OLEA 2DIEA 1UZ1A 2WW5A 4IM4A 3THCA 1KQYA 5A8NA 2XVKA 1SMDA 1HT6A 3ZJ6A 1M03A 4FLSA 4AWEA 1UQZA 4DUVA 1DWIM 4MADA 3AMLA 1UR1A 2D2OA 4W86A 1OB0A 5AYBA 4Z2IA 1YHTA 1WE5A 1WZAA 3FHQA 1V3KA 4DWSA 3AIBA 5EMYA 1W1VA 1HJQA 2XWEA 3EMQA 4OBRA 3WDIA 2XVLA 2CKRA 1CGTA 3BAYA 1VJSA 3MSDA 4QAWA 1K9FA 4JCMA 2RGLA 1M7XA 4PMRA 2XFRA 3VDAA 2JEPA 4WSKA 3AIWA 4AD2A 1OINA 1DWGM 4Q7NA 2XWDA 1ITXA 3MO4A 4GQRA 1K9TA 4PMQA 2CESA 1VRXA 1TFVA 2ZX6A 1E55A 1QNSA 3W37A 3SUSA 1GPFA 1CPUA 3AIQA 2GFTA 4XZBA 4BQ3A 1SMAA 3AXHA 4WK9A 4OBSA 4J3WA 1XRVA 2Y5EA 1KXVA 1UZ4A 1VFUA 2QMKA 1FHLA 1UKOA 3VDBA 1PZ3A 2V38A 4CU7A 5HPOA 3AMKA 4UZUA 1JZ7A 1H11A 1EOMA 2WWDA 3F5LA 4W8AA 4H8VA 3S2CA 4MB3A 2WC3A 4PYSA 1BYDA 2CHOA 2G41A 5A6KA 1UD6A 3WENA 3CLWA 1HJSA 2JFEX 3BLKA 3MMDA 2BHYA 1BGGA 1EDGA 1W2PA 3PZNA 4XZWA 1UHVA 3TTYA 3AISA 1LQ0A 1JXKA 1LLOA 3RILA 2XUCA 4U5IA 1EDQA 3THDA 4NF7A 2YDRA 4DUWA 3W0KA 5LA2A 4M24A 1KXTA 3ARYA 2VVNA 1E5JA 3CO4A 3BGAA 3CMGA 3IANA 3IAPA 4IISA 4NRRA 2VZVA 5D8WA 4M56A 1CLXA 2WZIA 2DH3A 5CJ5A 2OYLA 2J78A 4MDOA 1WZMA 4HA4A 2G3NA 1U30A 5ABGA 2JE8A 1J0KA 3VVGA 1E43A 3WF3A 3T0AA 3AQUA 1HVQA 2CIPA 4PCSA 1UKQA 3SCTA 1B90A 1BF2A 1V08A 4V2XA 5DT7A 4DWSD 1HL8A 1AQMA 1HX0A 1J10A 2BXYA 3IJ8A 4FK9A 1W1YA 3OLDA 4P8WA 3WF2A 3WQWA 5HXMA 1WAWA 2XYLA 1GHSA 4BS0A 2D22A 5A6LA 2GJXA 2VJXA 2EPLX 2VR5A 5CPSA 1E6NA 4F66A 3RO8A 1EOKA 4D6IA 3AROA 2F2HA 3UESA 3PZMA 1GVIA 3ARXA 2AMGA 1B3VA 1J0ZA 1UA7A 5BXSA 4P7LA 3BC9A 1B0IA 1N82A 2GVYA 1KWKA 1AMYA 3ECQA 3BAWA 1E15A 2VX5A 5M3WA 2BV9A 1FP8A 1UD4A 1UD5A 1EQCA 3MUZ1 4HOWA 2CBIA 2WXDM 5E6YA 2QPUA 3WNOA 4JL1A 3WL1A 1EDTA 1VB9A 2C7FA 4OOUA 1HL9A 1H41A 3WDRA 4PTWA 3SCUA 3FN9A 3MUAA 3NDYA 1M53A 4UFJA 4UQAA 3CUIA 3OG2A 2WMHA 1J0HA 1VEPA 3K1DA 3W82A 4EKJA 2VZOA 1JF6A 1UWIA 2UY3A 4MPKA 3VX1A 1RH9A 3WELA 2VCAA 3ARSA 4J3VA 2OSWA 3WF0A 4UFIA 1HJWA 4D6EA 1E71M 1E4MM 1Q4NX 3WD4A 1EIBA 1H2JA 2ZXDA 2VI0A 3AIUA 4B9YA 1CBGA 4W7WA 1F4HA 4NI3A 1QHZA 4AISA 2FHFA 5E09A 1OIFA 1D7FA 3WF1A 5A6JA 5I79A 1JYXA 3BSGA 4WF7A 4CN6A 2WWCA 3WQ8A 1E6ZA 4UOZA 3GH4A 3VIGA 4HA3A 1B3XA 1WDRA 3VMOA 1G94A 4KRTA 3ZMRA 2QF8A 3AICA 3W53A 1HJXA 6A3HA 1KWGA 1KGWA 1KR0A 1BHGA 1JD9A 2EPNA 1XSKA 3CZ8A 4OKDA 4D1IA 2ZUWA 3AIVA 5CLWA 4CN1A 3N17A 1MXGA 4EK7A 1BLIA 4UCFA 1TG7A 1V6WA 4GZIA 1UOKA 5CZKA 1US3A 4MB5A 4LYQA 3WH6A 3IJ7A 4JL2A 8A3HA 3WDQA 4PRWA 2DSKA 2CCRA 5A6AA 3RIKA 1JDAA 1UYQA 2J77A 2WCSA 3RJXA 3BMWA 2WMIA 3L2LA 4C7FA 1A47A 2Y8KA 3PZOA 1GJWA 3ZJ7A 4AZIA 1QI0A 4GIAA 3K8LA 5AC4A 1JXJA 3W25A 3L4UA 1CXFA 1W9VA 4JHZA 5ABHA 1HKJA 3GH5A 5A6MA 3JUGA 2B31A 1V6YA 2YBUA 1E73M 2WK2A 1WB0A 2WLZA 4HU8A 3WD1A 2WZEA 3II1A 4X0VA 4AIOA 2J7BA 3BAJA 1QI2A 3KEHA 3HMCA 3AHVA 4M29A 1UR2A 4ZE5A 3SCPA 4CU6A 4W85A 7CGTA 3N12A 1XCWA 2BY1A 1RP9A 3KL5A 4W5UA 1KGUA 3A4XA 3IK2A 3AS2A 5C70A 3HU7A 3APGA 4DM2A 1QI5A 1WZLA 2CNCA 4AXNA 5A8PA 1DWHM 1IT0A 2C0HA 1CECA 1OIMA 3WD2A 2JIWA 3KL3A 4JHOA 1W3HA 1H0IA 3A4WA 3W26A 3VD7A 3MU7A 3N18A 4GI8A 4U2YA 3AXIA 2ZX5A 5I23A 5A8MA 1JFHA 5I6SA 3WH5A 1BVNP 3POCA 4ZE4A 1FA2A 3EDDA 4WKAA 2Y4SA 1C8XA 2XFYA 1UWUA 1CXKA 2VZTA 3AYSA 2J8GA 2XJ7A 2BY3A 1HKMA 1DWFM 3UG5A 5E70A 3WQ5A 5I24A 1UKTA 1SR0A 4M8UA 2PBGA 4JCLA 3S6TA 3K8KA 1QW9A 1MWOA 2PC8A 1ODZA 2GUYA 1VF8A 4YPJA 5A2CA 5BRQA 1PZ2A 4MB1A 1ECEA 3PZVA 2EPKX 1YQ2A 3MSGA 2JALA 3L4WA 2ZUTA 2A3HA 3OGVA 4P7RA 3AIEA 1C8QA 5GPRA 4W88A 1O6IA 1JNEA 1E1EA 4Z2JA 1W2VA 4Z2KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CCC A;  5FKY A;  3AMG A;  1B3W A;  3VM5 A;  4MDP A;  1C93 A;  1TZ7 A;  3MUI A;  4H04 A;  2DEP A;  4M81 A;  1KBB A;  5CPT A;  2VX4 A;  1JYN A;  1E4N A;  1GOM A;  2VL4 A;  3RME A;  4QCE A;  3AJ7 A;  2OYK A;  1L0P A;  4Z2G A;  1CXH A;  4UFH A;  3MMW A;  2PWF A;  1R7A A;  1NM9 A;  2G8Z A;  3PZG A;  3MMU A;  3D5H A;  4W8L A;  3A4A A;  1PEZ A;  3OLI A;  4GI9 A;  1C3F A;  3QOM A;  4F8X A;  2FHB A;  3AHT A;  3F4V A;  5IFT A;  4YN5 A;  2XPK A;  3LPO A;  1UUQ A;  5E0C A;  1LG2 A;  3SUW A;  3AOF A;  2X09 A;  2CBU A;  2YOC A;  2ESC A;  1GNX A;  1E9L A;  1CGV A;  1GOR A;  3ARW A;  3VIL A;  2WAG A;  3VIJ A;  2F8Q A;  4ACZ B;  2Y8V A;  4W7U A;  2DDX A;  2IXU A;  3VNY A;  2VRK A;  4P7N A;  3GNO A;  3O2L A;  5DEZ A;  1Q6G A;  1TVP A;  4NSB A;  4IPL A;  1NWR A;  1ISY A;  1TR1 A;  3U57 A;  4AD5 A;  2WMG A;  5FCZ A;  1VEM A;  1C90 A;  1PIF A;  1HJV A;  3QHM A;  1XCX A;  4HP5 A;  3MKK A;  3CIV A;  3GDB A;  1CEN A;  1OSE A;  2ZX9 A;  4LPC A;  1LWH A;  4WIW A;  1UKS A;  1DP0 A;  1JD7 A;  5BXT A;  3BXW A;  2Z1S A;  1QNQ A;  4QLL A;  1VEN A;  2PF0 A;  4QCF A;  4AIU A;  3VD4 A;  1CWY A;  2VVS A;  3FW6 A;  3WUG A;  5CGM A;  4TTG A;  5I0D A;  2JEQ A;  2IUZ A;  1UA3 A;  5DMY A;  3L4Y A;  4UQB A;  2MAN A;  3K4A A;  3EMZ A;  4V28 A;  1FFR A;  2VUY A;  2EPM X;  2OLH A;  1BTC A;  5A95 A;  1MFV A;  2GK1 B;  3WFZ A;  3CZL A;  4CVW A;  1VBU A;  3ZJK A;  1L8N A;  1GQJ A;  2E8Z A;  3UCQ A;  2BVD A;  1NQ6 A;  1UG6 A;  1KGX A;  3QR3 A;  5DO8 A;  4YHE A;  4J7R A;  4CKQ A;  3WEO A;  4PMZ A;  1KR1 A;  1BGA A;  4AZ7 A;  3VUP A;  3WUF A;  1V3L A;  3VOC A;  1B1Y A;  4ZEN A;  4N42 A;  3RM4 A;  1CIU A;  4U3A A;  1GOI A;  2WCG A;  3RM9 A;  4D6J A;  4S3J A;  3GXM A;  1GOW A;  3W6M A;  2VTF A;  1I1X A;  1WNO A;  4X0N A;  1EA9 C;  5CSY A;  5A3H A;  1DHK A;  4J3S A;  3VO0 A;  4D6F A;  4CCD A;  2XII A;  2W67 A;  1IV8 A;  2W92 A;  1K6A A;  1GHR A;  3L4Z A;  4LX4 A;  2D1Z A;  2DT3 A;  3VIM A;  2C8N A;  3CZK A;  5A2B A;  1Q6D A;  2J79 A;  3VPL A;  2VQU A;  2BS9 A;  5JBE A;  1WKY A;  4AZG A;  4PTM A;  4MNK A;  2J25 A;  5BXR A;  5I3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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