1JIYA

Crystal structure of tetragonal lysozyme grown in presence 20% sorbitol
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving tetragonal lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jiyA00
1GF3A 1YILA 5C6JA 4BADA 3GXRA 1GB9A 1YAQA 4KPMA 1KIPC 4OWBA 4KT3A 4CFOA 1AT5A 1IY4A 4LFPA 1C08C 4KXIA 1BB4A 4PHIA 1XGRC 1IIZA 4DDCA 1LMQA 1LZDA 3B6LA 3WPJA 5IELA 1LJHA 1N4FA 3WU8A 3RZ4A 4GLVA 1REZA 5IHGA 2YSSC 4GN3A 4DT3A 1YL1X 1IR7A 1D0MA 4HJZA 4HTKA 1DPWA 1JKBA 2XJWA 4P2EA 4NGOA 2MEHA 207LA 2W1XA 4J7VA 3A34A 5DN5A 4OWCA 1KIRC 1DKJA 4TSCA 5APDA 1QDTA 1QUTA 5KXWA 2X0AA 1XGTC 3P4ZA 1BWIA 4H8XA 1GD6A 1ZMYL 1LZGA 4NG8A 4O34A 3TXEA 2ZWBA 1B2KA 3CT5A 2YBIA 4NSHA 1IOTA 3AJNA 4HJYA 1NHEA 2A7FA 4LZTA 1CJ6A 4B4IA 3GXKA 3LN2A 1GDXA 1CNSA 1VDSA 1IWTA 2YBHA 4XJBA 2BQOA 5LYTA 1VDPA 4DD1A 1BB6A 4LYBA 4OWHA 1LMNA 5B1GA 4UWVA 1TAYA 4HTQA 2EPEA 1RE2A 2YBNA 1H6MA 1GF7A 1NMMA 1ZVHL 5I54A 4WLTA 2Z37A 3HBEX 4YM8A 1GB5A 1B7MA 1XEIA 3CSQA 1HHLA 3B0IA 1JISA 4H94A 3QY4A 5KXZA 1YKYX 1HSXA 2LHMA 3E3DA 1WQNA 3LZ2A 3A93A 1VFBC 2FBDA 4LT3A 4WM4A 2CJLA 3WL2A 1DPXA 1LZEA 4NIJA 1NBYC 1PS5A 2Z18A 4U3XB 1RFPA 1LSFA 4A7DA 1VDQA 1F6RA 3WPLA 1UIGA 4XJDA 4Z98A 4KL7A 1WVUA 1B7PA 4LYOA 4CGEA 3P66A 1HMLA 1LJGA 1UIAA 5FEKA 1V7SA 2FYDA 4DD3A 4WO6A 3WU9A 1IR8A 4NSJA 2Z12A 1YKZX 4NSIA 5FCPA 153LA 1WQRA 3G3AB 5FSTA 1GF6A 1GBOA 5C6LA 1YL0X 1LJNA 1QDRA 3TXKA 1SLYA 3LZTA 5KXXA 1TCYA 4H9IA 1LZTA 3CT1A 1TEWA 4M4OA 2F2NA 3TMVA 2IHLA 1GB6A 134LA 1LZSA 5APEA 1H87A 2Z39A 4H9AA 1IP7A 1UACY 4WM5A 4UWUA 1IWYA 1OUHA 3TXGA 1DKKA 1FKQA 2DQHY 4NGLA 1DQJC 4ML7A 1HC0A 1BHZA 3BKHA 5A3ZA 3AGGG 1RCMA 2ZIJA 5F16A 2EQLA 1AT6A 4WM2A 5J7CA 2Z2EA 3IWRA 1P2CC 2HU1A 1FDLY 1LSGA 4R6CA 4ET9A 1JSFA 3TMWA 3OK0A 2IFFY 1JEFA 5KJ9A 1GF0A 4J1BA 1GE3A 1QSWA 2F4AA 1DI5A 1UIDA 2MEFA 5KXSA 4D9ZA 1GBSA 1GEZA 1LSBA 1YANA 1JITA 4TTDA 4XJGA 4FDYA 4NGWA 3AZ4A 2MEAA 2LZ2A 1KXXA 5B06A 5F14A 1GXXA 1DZBX 1OUAA 3TXFA 2BQEA 1LSZA 2YVBA 1C46A 4MSTA 3ATNA 4PJ2C 1ZV5L 1B5WA 1GBZA 1LKRA 1WQQA 3M18B 5I4WA 2DBTA 1CKCA 9LYZA 2BQHA 4QGZA 2I25L 1OUGA 5DN4A 3WXUA 2DQAA 3A6CY 1GF8A 3F6ZA 3D3DA 1G7HC 1LZ6A 3IJVA 1JKDA 1BB7A 1XGPC 2MEDA 3W6AA 1UIFA 3A3QA 1D0LA 4NWEA 4IASA 1B7OA 4RW1A 3A91A 3T6UA 2D4IA 1JUGA 2HUBA 1HERA 4OWEA 1LZ4A 1GE1A 1LTMA 4G9SA 4H8YA 1KXWA 1LHHA 2A7DA 3N9CA 4NHPA 1LJKA 4HPIA 4TSBA 2BQNA 4GCFA 4TWSA 4ANRA 4DD2A 2CWIA 3WULA 1REYA 1UA6Y 1LSNA 4G4CA 4PRQA 1HEPA 4DD7A 2Z19A 1GFVA 2B5ZA 1VEDA 2RSCA 3AW6A 154LA 1GE4A 1LCNA 2BPUA 2AUBA 2LYMA 1UIBA 1LYOA 2LZTA 2MEBA 2VB1A 4GCBA 3A96A 1LZRA 4DD0A 1IWUA 4QY9A 1LJ4A 1G7JC 4HV1A 4XN6A 3J4GA 1LZCA 4RLMA 1GE2A 1HEWA 1SQ2L 1BGIA 1LJFA 2BQIA 5A3EA 2MEGA 4EMNA 1LMTA 1TDYA 2BLXA 1LHJA 4LYMA 1GB0A 1C7PA 1OP9B 3W6EA 4H93A 1JWRA 1LSYA 1HFYA 2DKVA 1C45A 4H9HA 4NGZA 4N1EI 1HEMA 1RI8B 3AZ7A 1IWXA 5F9XA 2XBRA 2DQGY 3EBAB 1LZYA 1YAOA 4PPOA 133LA 4NGIA 1HMKA 3ZEKA 4DDAA 4NGJA 4WLYA 2FYCA 2HU3A 3FE0A 4GCDA 5T3FA 2HEBA 1EQ5A 4I0CA 1LMOA 5KXKA 3N9EA 3LYZA 5C6IA 2BQJA 3T36A 1GHLA 4WLDA 1ZVYB 1A2YC 1OUFA 2DQDY 4ET8A 4NHIA 4G4HA 5I5QA 4G49A 1AM7A 4H9FA 4NFVA 4WL6A 3AZ6A 2H9KA 4TUNA 5ILFA 1GBWA 5HNCA 1IY3A 1LHLA 1GAYA 3TXIA 1IP2A 1D9UA 2W1YA 6LYZA 1GE0A 1JTPL 1Z55A 2GV0A 3WVXA 1XGQC 1XGUC 3WW6A 1E8LA 1UIEA 3P65A 5F9UA 1EQEA 1VDTA 5KY1A 3P68A 4NY5A 1I56A 2BQDA 4FJRA 5EBHA 1BWHA 3A67Y 1GFRA 8LYZA 3AGHA 1WQPA 1RJCB 1UUZC 3QNGA 1FLWA 3TXJA 1HNLA 3W3EA 2ZQ4A 4NHQA 1QTEA 3EO5A 2XTHA 5E4PA 4H92A 2C8PA 2D6BA 1HF4A 2LYZA 1BVKC 3G3BB 4Z3MA 1LKSA 1JHLA 4ETCA 5LVJA 3CT0A 1GB7A 4BAPA 3AZ5A 4XADA 1UIHA 1GBXA 4BS7A 1IP6A 1LSAA 2CGIA 1IP3A 1CKHA 3WUMA 2BQLA 3SP3A 4HP0A 3ZVQB 4ETAA 5D5FA 5LIOA 1NKHA 1IP5A 1GFJA 1LZ5A 4NHSA 1HEQA 1LSPA 4WM6A 2ZQ3A 1YKXX 4C5FA 1BQLY 2BQGA 1WVVA 1LZ1A 4YEMA 1UCOA 1VATA 3RT5X 1UICA 1CJ9A 4XJHA 4ZIXA 1G7IC 1GF4A 1BWJA 5DLAA 1J1OY 3RU5A 1OUBA 4LYTA 1LSMA 1IP1A 4H8ZA 4CHXA 4QDNA 3EMSA 1B7NA 1EL1A 3AW7A 2DQIY 4XJIA 3WYHA 1V7TA 2F30A 3AGIA 1GAZA 2Y8PA 1LHMA 1CKGA 2ZIKA 5KKJA 5D5CA 1BB3A 1B5VA 4Z41A 2BQMA 2WARA 4H9CA 1GFAA 5LVKA 5KXNA 1GWDA 1LOZA 3WMKA 4J0LA 4WG1A 4Z46A 132LA 2H5ZA 4LGKA 1QUSA 3LYTA 5KXPA 1GEVA 193LA 1F6SA 1LPIA 4HTNA 1T6VL 1REXA 1IR9A 3IJUA 5KXTA 3TMXA 3WUAA 1WTNA 2LYOA 4OOTA 6LYTA 5LAGA 4IATA 5LXWA 1LJJA 1WTMA 2YDGA 1KIQC 3D9AC 4C3WA 4YENA 1REMA 3W6CA 5LA8A 2Q0MX 1BVXA 5LVIA 5HMVA 1IC4Y 1J1XY 1UBZA 2Z38A 1OQMA 3J6KA 4H9BA 5LINA 1B5XA 4J1AA 1LYYA 1GB2A 1TBYA 4WLXA 5FHWA 5ILCA 1CJ7A 1MLCE 3HFMY 4GCEA 1XEJA 3B0OA 1QIOA 2C8OA 3CB7A 4BAFA 4WMGA 4RW2A 1YAPA 1LZAA 2MECA 3A92A 2HTXA 4H1PA 1MELL 1XSFA 4OOOA 3TXDA 3TXHA 5LAFA 4LT1A 4YF2A 5I4YA 5JENB 1GF5A 1IEEA 3LYMA 5L3HA 5L9JA 1BB5A 1LYSA 2MEIA 4CFPA 1NDGC 1OUDA 4ZFPA 1LMPA 1YROA 1A4VA 1DXJA 4MCKA 4B49A 4NWHA 5APCA 5KXRA 5LVHA 3RW8A 4RDSA 5HLLA 3CSRA 4WOAA 4II8A 3W6FA 4ETEA 5APFA 4N8ZA 3ATOA 7LYZA 2ZNXY 1B5YA 3VWOA 3A94A 3MGWA 3RNXA 1FKVA 1B7LA 3A3RX 1GXV2 2HEAA 5IDDA 1C43A 1NBZC 1LZ9A 4XYYA 1DI4A 1B7QA 208LA 4MR1A 4OW1A 4YEOA 5F81A 3A8ZA 5I53A 1NQIA 1OUEA 4R0FA 1LMAA 1LZNA 1LJ3A 4NGKA 1GFKA 4AXTA 5LA5A 5B1FA 1AKIA 3K3TA 1YAMA 2D91A 4NGYA 5II3A 4IJ4A 5K7OA 1GB3A 4WL7A 1FLUA 4PRUA 1LHKA 1JTOL 135LA 1NF5A 1IORA 1AZFA 194LA 4HSFA 4DDBA 5LVGA 1GFUA 1LSEA 1G7LC 3B72A 2W1MA 4DC4A 5HQ1A 1JIYA 4DD9A 4DWXA 4RLNA 2PC2A 3HBDA 4N1CC 3HBHA 3TMUA 1LHIA 4WM3A 4GN4A 3ULRA 4DYGA 2G4NA 4G4BA 4LT0A 4E3UA 2BQBA 3KAMA 2CDSA 4PGJB 2G4QA 4NGVA 2Z2FA 4CJ2A 3W6DA 4EOFA 1D0KA 1HELA 3M3UA 1YQVY 1IX0A 4ETBA 1B0DA 4H91A 4B0DA 4B4JA 5KKIA 4ZEEA 3WVYA 2ZYPA 4WM1A 5FELA 3QE8A 1EQ4A 1LMCA 4HJVA 3WUNA 1QTKA 1GFEA 4H90A 1GF9A 1XEKA 1ALCA 1B7RA 4LFXA 1LSDA 5I4XA 1I20A 2I6ZA 1O23A 1WQMA 4TX7A 1GB8A 1HSWA 1JSEA 4LYZA 1I1ZA 1CKFA 1GFHA 1QQYA 1IOCA 1FLQA 2BAAA 3BKVA 1VAUA 4N9RA 4NSGA 3A6BY 5LYMA 1HENA 2HECA 1JKAA 2ZILA 1JTTL 1NDMC 1D6QA 2G4PA 2MEEA 2EIZC 1IWWA 2BQCA 5AMYA 4B4EA 2EKSC 3WPKA 5KXLA 2H9JA 3WU7A 4GCCA 2I26L 1DI3A 4ETDA 1LYZA 1LZBA 3LHMA 1B9OA 2W1LA 1JKCA 1CKDA 3CSZA 1B5UA 4QEQA 5DM9A 4L41A 1GDWA 4GLAA 4HPEA 4M6DA 2ZNWY 1IWVA 2HEEA 3W6BA 5E9RA 4NHTA 4B1AA 5DL9A 5LYZA 1OUIA 4LT2A 1KXYA 1IVMA 4W94A 1HEOA 1INUA 1OUJA 2D4JA 2ZYCA 3TXBA 1XFPL 1LAAA 2FBBA 3P64A 4NG1A 2HEDA 1JPOA 1UC0A 5KXYA 1IOQA 2YBJA 5B05A 4GN5C 1C10A 1CJ8A 3WW5A 5M1YA 1GPQC 5L3IA 4HV2A 2BQAA 4UWNA 4H9EA 4LYCA 1FLYA 3FI7A 4N5RA 4X3BA 5FDJA 3ZVQA 2NWDX 1GFGA 1IC5Y 1F0WA 1W08A 3N9AA 1IC7Y 4XJFA 1JJ1A 2BQKA 4YOPA 2DQEY 4N0JA 1PZYA 2BQFA 2D4KA 4OWAA 3EXDA 1F10A 5KXOA 3CQLA 1IOSA 3WH1A 1FBIX 1B5ZA 1LZ8A 1FN5A 1OUCA 3AYQA 1IP4A 1WQOA 1NWGA 4I8SA 4NEBA 4W96A 2N5ZA 1B7SA 3LYOA 1J1PY 2YBMA 1GBYA 1GFTA 1LJEA 2BLYA 3WXTA 1D6PA 3A95A 4WO9A 1JJ3A 2YBLA 1LSCA 5HNLA 4XENA 2DQJY 1G7MC 1HFXA 2DQCY 2F4GA 3A90A 3OJPA 5B07A 4AGAA 1T3PA 1JJ0A 3B0KA 1HFZA 1W6ZA 1IO5A 5KXMA 5B59A 2DQFC 3AB6A 1IWZA 2HEFA 1LJIA 2XBSA 5HMJA 1YIKA 4WG7A 1QSAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTDA 240LA 5C6JA 4BADA 187LA 1C08C 4ARQB 3ODUA 4GLVA 1REZA 1QT5A 2YSSC 123LA 3HDFA 2XJWA 6LZMA 1L58A 4P2EA 2MEHA 3P4ZA 1ZMYL 4O34A 158LA 191LA 225LA 4HJYA 2A7FA 4LZTA 1LWKA 3LN2A 1KY1A 1VDSA 1G07A 2YBHA 2Q9DA 1QUDA 1HHLA 3F9LA 3QY4A 1L05A 5KXZA 2LHMA 1D3JA 1VFBC 4LT3A 140LA 1PS5A 1LSFA 4K5YA 4KL7A 1WVUA 1QT4A 4LYOA 4CGEA 1CV5A 1V7SA 2FYDA 1QSQA 1IR8A 3WU9A 1L26A 3HH3A 5FCPA 153LA 3LZTA 1G0JA 1LZTA 4H9IA 1L29A 1LYEA 2F2NA 3TMVA 2IHLA 5APEA 1H87A 1IP7A 4UWUA 1DKKA 1FKQA 2DQHY 155LA 1SWYA 3AGGG 2ZIJA 1AT6A 260LA 2Z2EA 1P2CC 1FDLY 4ET9A 1TLAA 1GF0A 4DD7A 1L11A 1DZBX 1LSZA 1L08A 118LA 4MSTA 1JQUA 1OVJA 9LYZA 2I25L 1LI6A 1GF8A 3F6ZA 1QT6A 1UIFA 3A3QA 1L60A 3A91A 109LA 3T6UA 1G06A 1L73A 4H8YA 3N9CA 4I7RA 1L96A 4ANRA 4DD2A 1REYA 2Z19A 2RSCA 1L34A 130LA 2LZTA 2VB1A 4GCBA 1LZRA 3A96A 2B6XA 2RB2X 4HV1A 4XN6A 3JR6A 1GE2A 3L2XA 1C6PA 1L37A 1LMTA 1KW7A 3CDOA 4DQJA 4H9HA 1D2YA 146LA 1RI8B 1LZYA 4ARMB 4PPOA 4NGIA 3ZEKA 4WLYA 3FE0A 2HEBA 1LMOA 3LYZA 2DQDY 4ET8A 4WL6A 5HNCA 1LHLA 6LYZA 220LA 1EQEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF3 A;  1YIL A;  5C6J A;  4BAD A;  3GXR A;  1GB9 A;  1YAQ A;  4KPM A;  1KIP C;  4OWB A;  4KT3 A;  4CFO A;  1AT5 A;  1IY4 A;  4LFP A;  1C08 C;  4KXI A;  1BB4 A;  4PHI A;  1XGR C;  1IIZ A;  4DDC A;  1LMQ A;  1LZD A;  3B6L A;  3WPJ A;  5IEL A;  1LJH A;  1N4F A;  3WU8 A;  3RZ4 A;  4GLV A;  1REZ A;  5IHG A;  2YSS C;  4GN3 A;  4DT3 A;  1YL1 X;  1IR7 A;  1D0M A;  4HJZ A;  4HTK A;  1DPW A;  1JKB A;  2XJW A;  4P2E A;  4NGO A;  2MEH A;  207L A;  2W1X A;  4J7V A;  3A34 A;  5DN5 A;  4OWC A;  1KIR C;  1DKJ A;  4TSC A;  5APD A;  1QDT A;  1QUT A;  5KXW A;  2X0A A;  1XGT C;  3P4Z A;  1BWI A;  4H8X A;  1GD6 A;  1ZMY L;  1LZG A;  4NG8 A;  4O34 A;  3TXE A;  2ZWB A;  1B2K A;  3CT5 A;  2YBI A;  4NSH A;  1IOT A;  3AJN A;  4HJY A;  1NHE A;  2A7F A;  4LZT A;  1CJ6 A;  4B4I A;  3GXK A;  3LN2 A;  1GDX A;  1CNS A;  1VDS A;  1IWT A;  2YBH A;  4XJB A;  2BQO A;  5LYT A;  1VDP A;  4DD1 A;  1BB6 A;  4LYB A;  4OWH A;  1LMN A;  5B1G A;  4UWV A;  1TAY A;  4HTQ A;  2EPE A;  1RE2 A;  2YBN A;  1H6M A;  1GF7 A;  1NMM A;  1ZVH L; 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 1DI3 A;  4ETD A;  1LYZ A;  1LZB A;  3LHM A;  1B9O A;  2W1L A;  1JKC A;  1CKD A;  3CSZ A;  1B5U A;  4QEQ A;  5DM9 A;  4L41 A;  1GDW A;  4GLA A;  4HPE A;  4M6D A;  2ZNW Y;  1IWV A;  2HEE A;  3W6B A;  5E9R A;  4NHT A;  4B1A A;  5DL9 A;  5LYZ A;  1OUI A;  4LT2 A;  1KXY A;  1IVM A;  4W94 A;  1HEO A;  1INU A;  1OUJ A;  2D4J A;  2ZYC A;  3TXB A;  1XFP L;  1LAA A;  2FBB A;  3P64 A;  4NG1 A;  2HED A;  1JPO A;  1UC0 A;  5KXY A;  1IOQ A;  2YBJ A;  5B05 A;  4GN5 C;  1C10 A;  1CJ8 A;  3WW5 A;  5M1Y A;  1GPQ C;  5L3I A;  4HV2 A;  2BQA A;  4UWN A;  4H9E A;  4LYC A;  1FLY A;  3FI7 A;  4N5R A;  4X3B A;  5FDJ A;  3ZVQ A;  2NWD X;  1GFG A;  1IC5 Y;  1F0W A;  1W08 A;  3N9A A;  1IC7 Y;  4XJF A;  1JJ1 A;  2BQK A;  4YOP A;  2DQE Y;  4N0J A;  1PZY A;  2BQF A;  2D4K A;  4OWA A;  3EXD A;  1F10 A;  5KXO A;  3CQL A;  1IOS A;  3WH1 A;  1FBI X;  1B5Z A;  1LZ8 A;  1FN5 A;  1OUC A;  3AYQ A;  1IP4 A;  1WQO A;  1NWG A;  4I8S A;  4NEB A;  4W96 A;  2N5Z A;  1B7S A;  3LYO A;  1J1P Y;  2YBM A;  1GBY A;  1GFT A;  1LJE A;  2BLY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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