1JIYA

Crystal structure of tetragonal lysozyme grown in presence 20% sorbitol
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title The effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving tetragonal lysozyme.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jiyA00
1GE1A 1B7LA 2CWIA 4H1PA 3KAMA 2BQLA 4B1AA 4NSGA 4NFVA 2DQDY 2BQHA 3E3DA 2GV0A 1HEQA 4H90A 2XTHA 3A96A 4LYBA 1GBSA 1N4FA 1VDQA 3A3QA 4UWUA 1GB7A 5B1FA 3RT5X 4DD7A 1EQEA 4N0JA 1YAMA 4RW1A 4TUNA 4XJHA 3WU9A 4XJFA 5HMJA 4DD3A 3TXJA 5DN4A 4NHPA 1DKJA 2Z2FA 5I4YA 7LYZA 4TSBA 5F9UA 1BB6A 2BQBA 3LZTA 1QDTA 1GF4A 1LSNA 1XGUC 1JJ0A 4LT3A 1AZFA 1LZTA 1LZ8A 5M1YA 4XJIA 4G9SA 4CJ2A 1UIDA 3B0OA 3ZVQB 3P66A 2HEAA 1OQMA 1AT6A 5LA8A 2DQGY 3B6LA 1JISA 5C6IA 2N5ZA 2HECA 3WULA 2DKVA 4MSTA 4X3BA 2BLXA 1HERA 4L41A 4B0DA 5KJ9A 1IOSA 1DQJC 1QSAA 4RW2A 1LSPA 4XENA 2BAAA 1FBIX 4WOAA 1VDSA 4XADA 2DBTA 3TMUA 4DWXA 3ZVQA 4HSFA 3QNGA 3TXFA 1LZ6A 2FBBA 1NF5A 5LAGA 1LZNA 5IDDA 153LA 3QY4A 4N8ZA 4NY5A 4XYYA 5APCA 1CJ8A 1GPQC 2YBNA 5DLAA 5KXPA 3J6KA 4LZTA 2MEFA 1XSFA 2YBIA 1IWXA 3AGIA 5D5CA 1LZCA 1LSZA 1JJ1A 1HMLA 2HEFA 4DD2A 1HFYA 1PS5A 5J7CA 1I1ZA 1VAUA 3A67Y 1W08A 3TMWA 4WM3A 1GXV2 4W96A 1IWTA 1UIAA 3W6BA 1LSDA 3LYTA 1GD6A 1YL1X 1GB0A 1ZVHL 5B06A 2Z12A 2BQNA 1LJ3A 4H9FA 1G7JC 1BWHA 4C5FA 5AMYA 4LFPA 4E3UA 1B7MA 4TSCA 3WUNA 2Z37A 4ET8A 2D4KA 2RSCA 1AM7A 4PRUA 2MEEA 3TXEA 1IR7A 2ZQ3A 5KKJA 4DT3A 1JITA 1JPOA 4WM5A 1LJ4A 4DD1A 4GCCA 2LYZA 5LXWA 1T6VL 3BKVA 5C6LA 1UIBA 2F30A 5FELA 4RDSA 5F14A 3A6BY 1QTEA 1BQLY 4LT2A 3A91A 3WVXA 9LYZA 5FCPA 1LZ1A 3CT5A 2F4AA 1NHEA 5IHGA 2LZ2A 1BGIA 1WVVA 3HFMY 1BWIA 4ET9A 1KIPC 1BB7A 1LJGA 4Z41A 4XN6A 2F4GA 4M6DA 1LMCA 1LMAA 1UIFA 2F2NA 4GCDA 4IATA 3AZ6A 1GE4A 1G7LC 2DQHY 1CNSA 3OK0A 1GE0A 1D9UA 4CGEA 1MLCE 3LHMA 4NIJA 3AGHA 3RU5A 1IWYA 4H9HA 3HBEX 3N9EA 4UWVA 4HTQA 3WPJA 1IOCA 1LYOA 2LHMA 1HFZA 4P2EA 1HSWA 5KXYA 5KKIA 8LYZA 2G4NA 4AXTA 1B9OA 5L3HA 1GE2A 1JUGA 2DQJY 1IP5A 1YQVY 5E4PA 1B5YA 4UWNA 1NQIA 1RE2A 1UC0A 3P4ZA 1P2CC 1GF8A 1GBWA 4GN5C 4NWEA 1IO5A 4AGAA 1PZYA 2HEDA 3GXKA 1HMKA 2D4JA 1LHHA 3WYHA 2Z19A 2LYMA 1IR9A 194LA 5KY1A 4N5RA 2I6ZA 2FBDA 4J7VA 2HU1A 1LZAA 1QIOA 4NWHA 4WO6A 4WMGA 1LSMA 1F0WA 1HHLA 1IIZA 4YM8A 1AKIA 4QY9A 4N9RA 4B4JA 1CKHA 2B5ZA 4FDYA 1JSFA 3WU7A 1LZDA 1LHMA 2W1MA 2W1YA 1VFBC 5KXZA 1IC4Y 2MEAA 3TXIA 4XJGA 2ZNWY 1TEWA 1NDGC 1OUEA 1LJKA 1GFKA 4R6CA 4NSHA 1AT5A 5LVJA 1ALCA 1IC5Y 2D91A 2DQFC 4ETAA 4NGIA 4WO9A 2I26L 1LJNA 3MGWA 1CKDA 1DI5A 2Z38A 2MEHA 4WLDA 1UCOA 1GBXA 4ZFPA 3CQLA 4NGYA 1WTNA 3AGGG 4HJVA 1QTKA 2HEEA 3TXDA 2Z39A 1WQPA 4B49A 1LSCA 2IFFY 3W6FA 3TMXA 1GFGA 2ZYCA 1OUIA 1WQQA 5F9XA 5KXTA 4YEMA 5HLLA 1B0DA 1IP6A 1I56A 1INUA 3TXKA 1YANA 1BVXA 1GB2A 4KT3A 4XJBA 1H6MA 1BHZA 1GFVA 1B5XA 1QDRA 1HENA 1C43A 5F81A 3W6EA 1IP1A 3A6CY 4OWAA 2W1LA 4YEOA 1IVMA 4H9BA 3TXGA 1TBYA 3B0IA 3P64A 1FLWA 2BQDA 4DDBA 1QSWA 3WPLA 3A3RX 1RFPA 4LYCA 3WU8A 4M4OA 2H9JA 2HUBA 3IJVA 1KIRC 2HEBA 2DQEY 1JEFA 5LVGA 3W3EA 3GXRA 5KXRA 4GLAA 1B2KA 1GAZA 5HQ1A 1IOQA 1FDLY 4LYZA 1GEZA 1CKCA 1LZ9A 1GE3A 3WVYA 5B59A 4ML7A 5LYMA 1LCNA 1MELL 3QE8A 4OW1A 1TAYA 1XFPL 2LZTA 1B5VA 1GAYA 1GFHA 1KXXA 4N1CC 1HNLA 1WTMA 1FKQA 154LA 1JIYA 4ETEA 1CKGA 1QUSA 4CFPA 1REYA 4H9EA 1FLQA 2EIZC 2BQJA 4YENA 3WUMA 4C3WA 1KXWA 4PGJB 1IWZA 1BWJA 1OUFA 5APEA 4NHQA 2H9KA 1XGTC 3P68A 4G4HA 4NHTA 1C10A 4IJ4A 1JTPL 2FYCA 3AZ4A 1GB8A 4XJDA 1JJ3A 3OJPA 4ZEEA 1GF5A 4KXIA 1LSEA 1LAAA 5D5FA 4EOFA 5JENB 4NGLA 1JKAA 2YSSC 1LSYA 4H92A 1LJJA 1LMTA 2VB1A 5APFA 3WUAA 5LVIA 2BLYA 2W1XA 2BQCA 3G3BB 1LPIA 3IWRA 1OUGA 2H5ZA 4WLXA 1LZGA 1WVUA 2AUBA 1IC7Y 3AW7A 4MCKA 4DD9A 3CT0A 1IWUA 1GB5A 2G4QA 1UBZA 1LYYA 3RW8A 4D9ZA 2X0AA 4WM1A 3A8ZA 1XEIA 1DXJA 1HF4A 1NWGA 3WXTA 1IP2A 3IJUA 2DQAA 4G4BA 1GF0A 1WQMA 4RLMA 4H9IA 1LMNA 5II3A 1LJEA 1OUAA 1IORA 4R0FA 4NGWA 5LAFA 1B7PA 193LA 4N1EI 4B4IA 4DC4A 4GCFA 1GF6A 5FHWA 1J1PY 1NBYC 1GB3A 2BQIA 2ZIKA 3A93A 4LGKA 1OUHA 4HTNA 1VDTA 5DL9A 4QEQA 4LT1A 5KXNA 4BS7A 5LVHA 1CJ9A 1LMQA 2YVBA 4G49A 1QUTA 4NHSA 4TTDA 1GFRA 5EBHA 2ZIJA 1UICA 5L3IA 2WARA 4DDAA 1LZSA 1DPWA 1LHJA 4NG8A 4DD0A 1QQYA 4WM6A 1UIHA 2XBSA 4I8SA 1IX0A 4CFOA 1LSAA 1OP9B 2A7DA 4TX7A 1F10A 1IP7A 1NKHA 2BQGA 1RI8B 1GFUA 3F6ZA 1TCYA 1WQRA 1B5UA 1IY3A 1OUDA 5I53A 3W6DA 1A4VA 1YAOA 4OOTA 1JTOL 1JHLA 3FE0A 3AZ5A 3HBHA 2D4IA 1XEKA 5LVKA 1E8LA 3AB6A 4J0LA 1YKXX 4GN4A 3RZ4A 4HV2A 1C08C 4LYTA 4ETBA 1DKKA 1F6SA 5B1GA 1C46A 1IEEA 1LZ5A 1W6ZA 4OWEA 1LJHA 4GN3A 4WM4A 4WG1A 2I25L 3WPKA 3EO5A 1B5ZA 1LMOA 1LZ4A 2MEGA 2ZYPA 1EL1A 1LSBA 1IWWA 2DQCY 1LSFA 1OUJA 4CHXA 5E9RA 1B7RA 1GFAA 5B05A 2YBHA 1UA6Y 1GB6A 3LN2A 3TXHA 4H9AA 1WQOA 3AJNA 1EQ5A 1IP4A 3FI7A 2BQOA 2MEDA 1LYSA 1LHIA 5LYTA 2IHLA 3ULRA 4TWSA 1JKBA 4FJRA 1NBZC 1VATA 2ZQ4A 4A7DA 3AW6A 4ANRA 1V7TA 5C6JA 2HTXA 3TXBA 134LA 3N9AA 3D9AC 4GCBA 3CT1A 1XGRC 2FYDA 4LT0A 3A94A 4NSJA 4OWBA 4DDCA 5A3ZA 1GF9A 1OUBA 5I54A 1BB3A 4LYMA 4PJ2C 1LZYA 1IWVA 1IOTA 1UACY 3A34A 2XBRA 5DN5A 4BAFA 1D6PA 4B4EA 4Z46A 3M18B 3CSZA 2ZNXY 3CB7A 1GXXA 1UIEA 1ZV5L 1BB5A 5A3EA 3N9CA 2YBJA 1JKCA 1FLYA 4I0CA 2CDSA 4H8YA 3VWOA 5I4XA 1GDXA 3CSRA 3A92A 6LYZA 3ATNA 4HV1A 5ILCA 4II8A 3B0KA 3A95A 5HNLA 1GFEA 1KXYA 1O23A 3D3DA 4BADA 1D0LA 1UIGA 2EKSC 4H8XA 1I20A 1REZA 4NGKA 5KXKA 3LYZA 1VDPA 4H8ZA 4NSIA 4Z3MA 5K7OA 1CKFA 1FKVA 1KIQC 1TDYA 1Z55A 2BQEA 2EPEA 3LZ2A 1GB9A 4HJYA 1HELA 4HPEA 4OWCA 4Z98A 1DI4A 1JTTL 1GBOA 3LYOA 1GFTA 207LA 1DPXA 4EMNA 1CJ7A 1WQNA 133LA 2C8PA 1ZVYB 1HEMA 2CJLA 5APDA 3J4GA 5KXSA 5KXMA 1YIKA 4MR1A 208LA 3WH1A 1HSXA 1LKSA 1GF7A 2A7FA 3WL2A 5FEKA 1NDMC 1UUZC 1FLUA 5KXWA 4NHIA 4ETCA 3EBAB 4GCEA 1IP3A 1LYZA 3EMSA 4ETDA 5KXOA 1RJCB 2PC2A 4WL7A 3SP3A 4HPIA 1XGPC 3A90A 4H94A 4IASA 5FSTA 3CSQA 5DM9A 3G3AB 3LYMA 2Q0MX 5I4WA 2NWDX 4OWHA 4WLYA 3WW5A 2BQAA 4PPOA 4NEBA 4NGJA 4WM2A 4KL7A 3ZEKA 4YOPA 1REMA 1SQ2L 5LIOA 4ZIXA 1HC0A 4OOOA 1DZBX 1GFJA 1LKRA 2YDGA 5KXLA 5IELA 4QGZA 2XJWA 4J1BA 4NGZA 4H93A 1YAQA 2LYOA 2MECA 4PRQA 5LA5A 4W94A 1LZRA 1LZEA 2BQMA 3B72A 4WLTA 1J1XY 4U3XB 1RCMA 1HEWA 1A2YC 1JKDA 1F6RA 1HEOA 1V7SA 1LHKA 1YILA 2BQKA 3EXDA 5T3FA 5HNCA 5ILFA 5FDJA 1GDWA 3ATOA 1B7QA 4DYGA 1NMMA 132LA 3BKHA 4J1AA 1LOZA 5B07A 1GHLA 3P65A 3M3UA 2BPUA 3TMVA 4LFXA 5LYZA 4HJZA 4YF2A 4H91A 4QDNA 5F16A 1BVKC 3RNXA 3WW6A 2BQFA 2ZWBA 2MEBA 5KXXA 1VEDA 1XGQC 1DI3A 1REXA 4PHIA 1LTMA 6LYTA 4HTKA 4O34A 5HMVA 2D6BA 3K3TA 4WG7A 2EQLA 2DQIY 1GBYA 1D6QA 1LMPA 2HU3A 4WL6A 1YL0X 3HBDA 1FN5A 4LYOA 1YROA 4H9CA 135LA 1ZMYL 2Y8PA 2G4PA 1B5WA 1C7PA 1YKZX 2C8OA 1G7HC 2Z18A 4GLVA 4NGVA 4NGOA 1CJ6A 1LZBA 1LJFA 3AYQA 1B7SA 1D0MA 1LSGA 1OUCA 1SLYA 3WXUA 1GF3A 4HP0A 1JWRA 1J1OY 2YBMA 2ZILA 1D0KA 1BB4A 1G7MC 1GBZA 1T3PA 3W6CA 3WMKA 1GEVA 1YKYX 1G7IC 1XEJA 1HFXA 4KPMA 3T36A 1EQ4A 1H87A 4RLNA 1LHLA 1JSEA 1B7OA 2Z2EA 4G4CA 5LINA 1LJIA 1IR8A 1B7NA 3T6UA 1C45A 5L9JA 4NG1A 1IY4A 2CGIA 4BAPA 3W6AA 2YBLA 3AZ7A 5I5QA 2MEIA 1GWDA 1HEPA 1YAPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CWIA 2OTYX 1LPYA 1C6DA 138LA 3E3DA 113LA 1L98A 239LA 4LYBA 1GBSA 1VDQA 3A3QA 5B1FA 3CDQA 3HT6A 1EQEA 1C6AA 3TXJA 1DKJA 5I4YA 1BB6A 1OV5A 3ZVQB 3P66A 1AT6A 129LA 1L73A 3B6LA 2N5ZA 2HECA 4W57A 102LA 1C6PA 4B0DA 1DQJC 2BAAA 4WOAA 4HSFA 1C66A 2FBBA 1CTWA 5LAGA 153LA 4N8ZA 4XYYA 2YBNA 4LZTA 2MEFA 1L85A 1XSFA 1IWXA 5D5CA 1HMLA 5J7CA 1G1WA 1W08A 3TMWA 1GXV2 3W6BA 1GD6A 1YL1X 3SB7A 5B06A 1LYGA 1DYDA 2RBQA 1P5CA 5AMYA 3WUNA 4PRUA 4DT3A 1L52A 1L80A 5LXWA 2F30A 3HTDA 3A6BY 5F14A 1LI3A 4ARQA 1LWGA 205LA 5IHGA 1LYHA 1WVVA 167LA 1LJGA 2F4GA 1LMCA 4LDEA 1C6KA 3OE8A 1D9UA 4EKSA 209LA 2IGCA 3N9EA 1L89A 1HFZA 1L82A 1QT3A 1B9OA 1GE2A 1B5YA 1GF8A 2HEDA 1HMKA 1L20A 3WYHA 2LYMA 1IR9A 1L16A 4NWHA 4WMGA 1F0WA 1HHLA 4YM8A 1AKIA 4N9RA 2B5ZA 1LZDA 191LA 5KXZA 235LA 3TXIA 1PQDA 4EKPA 1LJKA 1GFKA 4R6CA 5LVJA 3VW7A 1IC5Y 2DQFC 4ETAA 1T8GA 1PQIA 3L64A 1UCOA 4NGYA 1WTNA 3AGGG 4HJVA 1QTKA 3C8RA 3TXDA 1WQPA 3CDOA 3TMXA 224LA 1XJTA 5KXTA 1C69A 233LA 1B0DA 1IP6A 1YANA 4XJBA 4KT3A 2F47A 1BHZA 1GFVA 1C43A 1L58A 4DJHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GE1 A;  1B7L A;  2CWI A;  4H1P A;  3KAM A;  2BQL A;  4B1A A;  4NSG A;  4NFV A;  2DQD Y;  2BQH A;  3E3D A;  2GV0 A;  1HEQ A;  4H90 A;  2XTH A;  3A96 A;  4LYB A;  1GBS A;  1N4F A;  1VDQ A;  3A3Q A;  4UWU A;  1GB7 A;  5B1F A;  3RT5 X;  4DD7 A;  1EQE A;  4N0J A;  1YAM A;  4RW1 A;  4TUN A;  4XJH A;  3WU9 A;  4XJF A;  5HMJ A;  4DD3 A;  3TXJ A;  5DN4 A;  4NHP A;  1DKJ A;  2Z2F A;  5I4Y A;  7LYZ A;  4TSB A;  5F9U A;  1BB6 A;  2BQB A;  3LZT A;  1QDT A;  1GF4 A;  1LSN A;  1XGU C;  1JJ0 A;  4LT3 A;  1AZF A;  1LZT A;  1LZ8 A;  5M1Y A;  4XJI A;  4G9S A;  4CJ2 A;  1UID A;  3B0O A;  3ZVQ B;  3P66 A;  2HEA A;  1OQM A;  1AT6 A;  5LA8 A;  2DQG Y;  3B6L A;  1JIS A;  5C6I A;  2N5Z A;  2HEC A;  3WUL A;  2DKV A;  4MST A;  4X3B A;  2BLX A;  1HER A;  4L41 A;  4B0D A;  5KJ9 A;  1IOS A;  1DQJ C;  1QSA A;  4RW2 A;  1LSP A;  4XEN A;  2BAA A;  1FBI X;  4WOA A;  1VDS A;  4XAD A;  2DBT A;  3TMU A;  4DWX A;  3ZVQ A;  4HSF A;  3QNG A;  3TXF A;  1LZ6 A;  2FBB A;  1NF5 A;  5LAG A;  1LZN A;  5IDD A;  153L A;  3QY4 A;  4N8Z A; 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 4W94 A;  1LZR A;  1LZE A;  2BQM A;  3B72 A;  4WLT A;  1J1X Y;  4U3X B;  1RCM A;  1HEW A;  1A2Y C;  1JKD A;  1F6R A;  1HEO A;  1V7S A;  1LHK A;  1YIL A;  2BQK A;  3EXD A;  5T3F A;  5HNC A;  5ILF A;  5FDJ A;  1GDW A;  3ATO A;  1B7Q A;  4DYG A;  1NMM A;  132L A;  3BKH A;  4J1A A;  1LOZ A;  5B07 A;  1GHL A;  3P65 A;  3M3U A;  2BPU A;  3TMV A;  4LFX A;  5LYZ A;  4HJZ A;  4YF2 A;  4H91 A;  4QDN A;  5F16 A;  1BVK C;  3RNX A;  3WW6 A;  2BQF A;  2ZWB A;  2MEB A;  5KXX A;  1VED A;  1XGQ C;  1DI3 A;  1REX A;  4PHI A;  1LTM A;  6LYT A;  4HTK A;  4O34 A;  5HMV A;  2D6B A;  3K3T A;  4WG7 A;  2EQL A;  2DQI Y;  1GBY A;  1D6Q A;  1LMP A;  2HU3 A;  4WL6 A;  1YL0 X;  3HBD A;  1FN5 A;  4LYO A;  1YRO A;  4H9C A;  135L A;  1ZMY L;  2Y8P A;  2G4P A;  1B5W A;  1C7P A;  1YKZ X;  2C8O A;  1G7H C;  2Z18 A;  4GLV A;  4NGV A;  4NGO A;  1CJ6 A;  1LZB A;  1LJF A;  3AYQ A;  1B7S A;  1D0M A;  1LSG A;  1OUC A;  1SLY A;  3WXU A;  1GF3 A;  4HP0 A;  1JWR A;  1J1O Y;  2YBM A;  2ZIL A;  1D0K A;  1BB4 A;  1G7M C;  1GBZ A;  1T3P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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