1JJ1A

Crystal structure of orthorhombic lysozyme grown at ph 4.6 in presence of 5% sorbitol
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title The effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving tetragonal lysozyme.
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jj1A00
1BB5A 3AGIA 4J1AA 2D91A 3WW6A 4Z46A 1OUBA 2BQAA 1YL0X 3N9AA 7LYZA 4NGYA 2YVBA 2I6ZA 4WG1A 5LVIA 5F9XA 1LJNA 4N5RA 3OJPA 2ZIJA 1OUGA 1OUDA 1LJEA 1GF6A 1LHJA 1LHMA 3W6FA 4ETBA 1B0DA 208LA 1QSAA 3WU9A 4IJ4A 5KXTA 1JKCA 2XTHA 2A7DA 1GDXA 1UIHA 4DYGA 1LSZA 4ET8A 4M6DA 1KXXA 3KAMA 1REZA 4DD2A 4NG8A 1HNLA 5L9JA 3TXHA 4MR1A 1LHHA 1IORA 1OUFA 3AZ7A 3ZVQB 1EQEA 1FLWA 1YAMA 2Q0MX 1IWTA 3P4ZA 4HV2A 1LZ6A 1WQRA 1GFGA 3TXIA 5APEA 1LZAA 5LINA 5FDJA 1B7PA 4YF2A 2PC2A 1LJ3A 5IHGA 2F4AA 4WLXA 5LYTA 1D9UA 1JSFA 1LZ4A 4B1AA 1AT6A 1LZGA 1BQLY 3TMUA 3WYHA 4I8SA 1HMLA 1B7RA 4NSGA 2HTXA 2BQIA 3IWRA 2DQEY 1WQQA 1JIYA 1B9OA 5A3EA 1GF4A 4XJDA 6LYTA 3E3DA 1FKQA 3CSZA 1V7SA 1UIFA 3BKHA 1WQMA 1AT5A 1YL1X 1C7PA 3CT5A 4P2EA 3VWOA 1HEMA 1IOQA 1LSFA 4UWVA 3LZTA 3A91A 1IX0A 1EQ4A 3ATNA 4GCBA 3W6EA 207LA 3WVYA 1GDWA 1I20A 1FLYA 5E9RA 1GFHA 3TXKA 4DWXA 1B5UA 3AW6A 2CDSA 2FBBA 1B7LA 2BPUA 1GEVA 4LYTA 3TMXA 5LVKA 4MSTA 4GCEA 5KXMA 4GCFA 1GF0A 1JPOA 4A7DA 1D6PA 4N0JA 5APFA 1GB5A 1TEWA 1AKIA 4H91A 3ZVQA 2GV0A 1GFTA 1LSYA 2HEFA 4RLNA 1GF8A 1LZCA 3AZ5A 3LHMA 4G49A 3K3TA 5FHWA 2WARA 5KXXA 1LZDA 4C3WA 1NBZC 5APDA 1DKKA 1WTMA 3ZEKA 1IWYA 1C43A 2LYZA 2DQHY 3N9EA 5KXSA 1ZV5L 3LYTA 4RLMA 1YIKA 1JKAA 3BKVA 2BQOA 4GLAA 1IWVA 1GBYA 1TBYA 4HPIA 4WM1A 4G4HA 5KXZA 1P2CC 1YKYX 3OK0A 4NGZA 4LT1A 1GFAA 5LA8A 1A4VA 4CGEA 5T3FA 4TSCA 135LA 4GN4A 1XEKA 4KT3A 2I25L 4NIJA 1JITA 2BQHA 4PJ2C 4DD9A 4H9HA 5FCPA 3B0KA 1VAUA 2IFFY 3W6AA 5B1GA 2HU3A 4OW1A 1IY3A 1GFRA 1WQPA 2C8PA 4LT0A 4B4JA 4ETAA 153LA 2BQDA 3WU8A 6LYZA 1GXXA 2ZWBA 2HU1A 1B5WA 1NKHA 2ZNXY 3WXUA 5KXNA 1LSAA 2Z2EA 1LYOA 1YKZX 4GLVA 4G4BA 4RW2A 4DD1A 1CKCA 1F0WA 1LYZA 3LN2A 5DN5A 3CSRA 4XJGA 1GBSA 1F6RA 2X0AA 1XEIA 1JTTL 4KPMA 1LZRA 4OWBA 1QDTA 4NGOA 1I1ZA 2H9KA 2VB1A 1OUAA 5HLLA 5KXWA 1MELL 1WVVA 1XFPL 2NWDX 4XJHA 1LYYA 1UUZC 3AB6A 5KXOA 4H94A 1YAPA 4LYCA 1ZMYL 5IELA 4KXIA 4ETEA 4LZTA 1IWUA 8LYZA 2HECA 2FYCA 5IDDA 1GFEA 1DI5A 4XYYA 5B07A 1JUGA 4YOPA 1HEPA 4TX7A 1UIDA 2HEEA 1INUA 4FJRA 5L3HA 1LZ8A 5HQ1A 1H87A 4ET9A 3P65A 4LYBA 5LXWA 1JEFA 5EBHA 1GF7A 1GB2A 5M1YA 3WW5A 1HEOA 2BLXA 2Z2FA 1NDMC 3D9AC 1IVMA 3T36A 4ANRA 5KKJA 4H92A 3GXKA 1MLCE 1D0KA 1IC5Y 2LZ2A 4PRQA 1LSMA 5HNCA 4H9CA 1IOTA 5LYZA 1HSWA 2BQJA 5B05A 1UIBA 4PHIA 1YAQA 3TXDA 1VEDA 1IC7Y 4NEBA 1LZ1A 1IWXA 1CJ7A 1GFJA 5LAFA 4EOFA 3A96A 4NGIA 3GXRA 1GPQC 4WM4A 4DDCA 4QY9A 4HTNA 4X3BA 4DD0A 5LVHA 1LSNA 3A95A 1JKDA 4GCCA 4ETCA 1CKGA 4DT3A 1OUJA 1JHLA 3W3EA 4UWUA 1HFXA 3TXGA 1UA6Y 5I4WA 3QY4A 1GBXA 1BB6A 1KIQC 1LSEA 1BB4A 3B72A 1FDLY 4IATA 5DM9A 2D4KA 1IP7A 1NQIA 4L41A 4NGVA 5DL9A 5LA5A 3CT1A 2XBSA 3TXEA 4Z41A 1NDGC 4B4EA 1WQNA 3J4GA 1GE1A 2LZTA 4YM8A 1JISA 2MEBA 2EPEA 4KL7A 5D5FA 1NHEA 1XGPC 5C6JA 1G7JC 3A3QA 1TDYA 3A67Y 4LFXA 4LYOA 4J1BA 132LA 4ML7A 2DKVA 2BLYA 4TSBA 1LJJA 1G7MC 5DN4A 5FSTA 1JJ1A 4NSIA 3G3BB 1XGQC 2F30A 2Y8PA 4NGKA 3TMWA 4GCDA 1HELA 3A90A 4NGJA 5J7CA 2EQLA 4WM3A 1J1OY 3AZ6A 1GB9A 1GFUA 2DQCY 1J1XY 2DQDY 1B5ZA 1RI8B 2Z19A 1LZTA 4NHIA 4WLTA 134LA 3P68A 1RFPA 3TXJA 3WH1A 3M18B 1DZBX 1OQMA 1TCYA 1EQ5A 4Z98A 4GN5C 1UIEA 1LKSA 2YBIA 4BAPA 2CJLA 5I4XA 1C10A 2XBRA 1GD6A 2W1YA 2IHLA 4N8ZA 4W96A 5KXLA 3B0IA 1G7IC 4Z3MA 2W1LA 3RW8A 4OOTA 1QUSA 2YBNA 3RT5X 1AZFA 4D9ZA 1OUIA 5F16A 4WM2A 4II8A 4J7VA 1B7QA 1FKVA 1GBOA 2MEFA 5KXRA 3FI7A 1BHZA 1YILA 3WXTA 4HJZA 1YQVY 2FBDA 2ZILA 1YANA 5KY1A 2D4IA 4FDYA 1CJ8A 3CSQA 3W6DA 1LZSA 4ZEEA 1UC0A 2W1MA 2BQLA 2MECA 3A8ZA 4WLYA 2MEDA 5DLAA 5I4YA 2CWIA 4AXTA 2HEAA 1IR8A 2Z12A 4XJIA 1T3PA 3WUNA 1IOCA 1DXJA 2YSSC 1VFBC 4QGZA 1LKRA 2Z18A 3TXBA 4HJYA 4YEOA 1YAOA 1YKXX 4NHSA 3RZ4A 1GAZA 2B5ZA 1BGIA 1LHLA 1VDTA 3HBHA 1LSCA 1ZVHL 4H8ZA 1GB0A 1GXV2 1SLYA 1NBYC 1JWRA 1LMOA 3WPKA 4WM5A 1IP5A 1NMMA 4WM6A 2LYOA 1REMA 2A7FA 1REYA 2C8OA 1QUTA 1GE2A 4N1CC 1LCNA 3WULA 1PZYA 4IASA 1UBZA 4OWAA 2ZIKA 3EBAB 4TWSA 4NFVA 5FELA 1FLQA 1Z55A 2ZQ3A 2YBHA 1IR7A 3WPLA 1LJKA 2YBLA 1QQYA 1BWHA 4NSJA 3WVXA 1UACY 2W1XA 1W08A 4HV1A 4NG1A 4WMGA 1IP3A 2RSCA 5HMVA 1LTMA 2G4PA 1HHLA 3EMSA 1HENA 4XN6A 2YBMA 5A3ZA 2N5ZA 3HFMY 1LHIA 4H93A 1B7MA 1KXYA 3A34A 2D4JA 5LIOA 133LA 1T6VL 1JSEA 1CKDA 3EO5A 5KXPA 2XJWA 3AYQA 4BS7A 3HBDA 4XJBA 3B6LA 5JENB 3M3UA 1OUCA 4LGKA 1LSPA 2BQKA 4QDNA 1RCMA 4DC4A 4PGJB 1RE2A 5B1FA 1W6ZA 1LMAA 3J6KA 1LMNA 5L3IA 1B5XA 1GE0A 1UCOA 1JJ0A 1UIAA 3G3AB 4DD7A 4OWEA 4DDBA 2LYMA 4XENA 4OWCA 1D0LA 4CFPA 5D5CA 1GB3A 3AGHA 4PPOA 1KXWA 1OUHA 1IP2A 1LSDA 1LZ9A 2YBJA 4NGWA 3WU7A 1IO5A 4OWHA 4AGAA 3B0OA 3W6BA 4C5FA 4WLDA 5F14A 1DKJA 1I56A 3P66A 4H9BA 4NGLA 3LYMA 2Z39A 1LZNA 1B7OA 1GF9A 1WTNA 1TAYA 4OOOA 5F9UA 4H9IA 1IOSA 1LHKA 2H9JA 4XJFA 3A6BY 1LJ4A 1IR9A 1HF4A 3A3RX 3LYOA 4J0LA 1GE3A 2ZQ4A 3ULRA 4B0DA 5II3A 1QTEA 4ETDA 1BVXA 3A6CY 1F6SA 1LOZA 2H5ZA 1XGUC 2BQEA 4HPEA 4PRUA 4WL6A 1JJ3A 1D6QA 1LSGA 1GFKA 2MEAA 4RW1A 1LZBA 1LZ5A 4H90A 2D6BA 1CNSA 3AW7A 1NWGA 5LVJA 1DI3A 1AM7A 1OP9B 1GB8A 5K7OA 4NHTA 4HP0A 1LMQA 2MEGA 4H9FA 4H8YA 4H8XA 4G4CA 4NY5A 3N9CA 4ZIXA 4LFPA 4O34A 3ATOA 1IIZA 2BQGA 3LZ2A 4DDAA 3CB7A 1CJ9A 2DQFC 9LYZA 4N9RA 1XGRC 4NWEA 4TTDA 1REXA 4WO9A 1WVUA 1CJ6A 1DPXA 1GBZA 1JKBA 1VDQA 2BQNA 1LPIA 3A93A 1IEEA 3IJUA 1DPWA 1B5VA 1LYSA 1LMPA 4H1PA 5FEKA 5LAGA 1UIGA 4B4IA 5APCA 1GF3A 1WQOA 4CFOA 1ALCA 1QIOA 1IY4A 2FYDA 1LSBA 2EKSC 4CHXA 1BB7A 1GF5A 5I54A 4R0FA 5KJ9A 4NSHA 3W6CA 3AGGG 1HEQA 5E4PA 4ZFPA 1XSFA 4H9AA 1PS5A 4U3XB 3SP3A 3CT0A 4XADA 2MEIA 3WL2A 4BAFA 3FE0A 1F10A 1FLUA 1NF5A 1QTKA 1GFVA 2DQAA 4LT3A 1ZVYB 2G4QA 3CQLA 4LYMA 5KXYA 3A94A 1QDRA 4WG7A 4EMNA 1B2KA 1B5YA 1QSWA 1HSXA 1XGTC 3IJVA 5KXKA 4WL7A 1HFYA 3RU5A 1O23A 3AZ4A 4HTKA 5HNLA 3RNXA 5B06A 5I53A 1N4FA 2Z37A 2EIZC 2YDGA 1CKHA 1HFZA 2ZYCA 5LVGA 4NHQA 3LYZA 2MEEA 1IWWA 5AMYA 1BVKC 1CKFA 2BQMA 1BWJA 2F4GA 154LA 1VATA 1BWIA 1LMCA 1LJFA 4NHPA 4HTQA 2ZNWY 1LAAA 2DBTA 3EXDA 4G9SA 5I5QA 5C6IA 4CJ2A 1GB6A 1H6MA 1LMTA 2G4NA 1JTPL 3P64A 2DQGY 4NWHA 1IP6A 4B49A 1HMKA 3TXFA 1VDPA 1VDSA 1EL1A 1XEJA 3QNGA 1GE4A 5KKIA 5LYMA 3AJNA 2HEDA 3T6UA 1HEWA 4HJVA 1BB3A 4E3UA 1G7LC 3QE8A 1OUEA 1C08C 4N1EI 1DI4A 1E8LA 1RJCB 5HMJA 4YEMA 4WOAA 1IWZA 4LYZA 2ZYPA 1GEZA 194LA 3WUAA 1SQ2L 1GHLA 1UICA 1HERA 1GBWA 1YROA 4TUNA 1A2YC 1B7NA 2BQCA 4W94A 1B7SA 2DQJY 2MEHA 4R6CA 1LJHA 5C6LA 4WO6A 5ILCA 1GAYA 5B59A 3D3DA 4LT2A 1C46A 3WPJA 3MGWA 2HUBA 4YENA 2LHMA 2CGIA 1LZEA 3HBEX 3WUMA 4H9EA 1LJIA 1DQJC 2DQIY 4BADA 1IP4A 3F6ZA 4RDSA 1IC4Y 1IP1A 1G7HC 4GN3A 193LA 4DD3A 1JTOL 1HC0A 2BAAA 1LJGA 1J1PY 4M4OA 1D0MA 1GB7A 2BQFA 4QEQA 1GWDA 1KIRC 1FN5A 4UWNA 1LZYA 2BQBA 1C45A 2AUBA 4HSFA 1FBIX 4MCKA 2HEBA 1V7TA 3TMVA 4I0CA 5F81A 2F2NA 1KIPC 3WMKA 2I26L 2Z38A 3A92A 5ILFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OU0X 2BQAA 243LA 2YVBA 1DYEA 4W54A 3DN1A 3D4SA 1QUDA 3OJPA 1LHMA 1B0DA 1L00A 5KXTA 4DYGA 1LSZA 1CU3A 107LA 1LHHA 1P56A 2RB0X 1OUFA 4ZPUA 1L03A 1IWTA 1C6GA 3TXIA 1B7PA 2PC2A 5IHGA 115LA 1D9UA 3TMUA 1PQKA 3IWRA 1JIYA 6LYTA 1UIFA 1AT5A 4UWVA 3A91A 3W6EA 2RAYX 3WVYA 4LDEA 3NY9A 1GFHA 2CDSA 1GEVA 4LYTA 5KXMA 4MSTA 1D2YA 4GCFA 4A7DA 163LA 1L95A 1QSQA 3HUAA 1QT5A 1GB5A 3ZVQA 3HTDA 3LHMA 1SX7A 4ARLA 1NBZC 1T8FA 2LYZA 118LA 1L74A 4PK0A 3FADA 237LA 4HPIA 3NYAA 142LA 5T3FA 3GUPA 175LA 152LA 2HU3A 1GFRA 1LW9A 4B4JA 1QTBA 6LYZA 2HU1A 1B5WA 1NKHA 3WXUA 1LSAA 4GLVA 1F0WA 5DN5A 4KPMA 2X0AA 1LZRA 3RZEA 1L15A 1OUAA 169LA 1WVVA 4XJHA 1ZMYL 4LZTA 2FYCA 3C7YA 1JQUA 5B07A 1UIDA 170LA 257LA 1LZ8A 3C83A 161LA 4GBRB 151LA 4I7KA 3WW5A 1L30A 109LA 1IVMA 144LA 4ANRA 3GXKA 1IC5Y 2LZ2A 222LA 1YAQA 3TXDA 1G0JA 4NGIA 3GXRA 1GPQC 4HTNA 4X3BA 262LA 1L51A 3CDRA 4GCCA 1CKGA 3W3EA 2RB1X 1HFXA 2B70A 1LSEA 5DM9A 2D4KA 4L41A 5LA5A 233LA 2RB2X 4I7NA 3J4GA 3CDOA 1GE1A 4K5YA 1DYCA 1LWGA 3L2XA 5C6JA 4LFXA 4J1BA 132LA 4ML7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BB5 A;  3AGI A;  4J1A A;  2D91 A;  3WW6 A;  4Z46 A;  1OUB A;  2BQA A;  1YL0 X;  3N9A A;  7LYZ A;  4NGY A;  2YVB A;  2I6Z A;  4WG1 A;  5LVI A;  5F9X A;  1LJN A;  4N5R A;  3OJP A;  2ZIJ A;  1OUG A;  1OUD A;  1LJE A;  1GF6 A;  1LHJ A;  1LHM A;  3W6F A;  4ETB A;  1B0D A;  208L A;  1QSA A;  3WU9 A;  4IJ4 A;  5KXT A;  1JKC A;  2XTH A;  2A7D A;  1GDX A;  1UIH A;  4DYG A;  1LSZ A;  4ET8 A;  4M6D A;  1KXX A;  3KAM A;  1REZ A;  4DD2 A;  4NG8 A;  1HNL A;  5L9J A;  3TXH A;  4MR1 A;  1LHH A;  1IOR A;  1OUF A;  3AZ7 A;  3ZVQ B;  1EQE A;  1FLW A;  1YAM A;  2Q0M X;  1IWT A;  3P4Z A;  4HV2 A;  1LZ6 A;  1WQR A;  1GFG A;  3TXI A;  5APE A;  1LZA A;  5LIN A;  5FDJ A;  1B7P A;  4YF2 A;  2PC2 A;  1LJ3 A;  5IHG A;  2F4A A;  4WLX A;  5LYT A;  1D9U A;  1JSF A;  1LZ4 A;  4B1A A;  1AT6 A;  1LZG A;  1BQL Y;  3TMU A;  3WYH A;  4I8S A;  1HML A;  1B7R A;  4NSG A;  2HTX A;  2BQI A;  3IWR A;  2DQE Y;  1WQQ A;  1JIY A;  1B9O A;  5A3E A;  1GF4 A;  4XJD A;  6LYT A;  3E3D A;  1FKQ A;  3CSZ A;  1V7S A;  1UIF A;  3BKH A;  1WQM A; 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 3LYZ A;  2MEE A;  1IWW A;  5AMY A;  1BVK C;  1CKF A;  2BQM A;  1BWJ A;  2F4G A;  154L A;  1VAT A;  1BWI A;  1LMC A;  1LJF A;  4NHP A;  4HTQ A;  2ZNW Y;  1LAA A;  2DBT A;  3EXD A;  4G9S A;  5I5Q A;  5C6I A;  4CJ2 A;  1GB6 A;  1H6M A;  1LMT A;  2G4N A;  1JTP L;  3P64 A;  2DQG Y;  4NWH A;  1IP6 A;  4B49 A;  1HMK A;  3TXF A;  1VDP A;  1VDS A;  1EL1 A;  1XEJ A;  3QNG A;  1GE4 A;  5KKI A;  5LYM A;  3AJN A;  2HED A;  3T6U A;  1HEW A;  4HJV A;  1BB3 A;  4E3U A;  1G7L C;  3QE8 A;  1OUE A;  1C08 C;  4N1E I;  1DI4 A;  1E8L A;  1RJC B;  5HMJ A;  4YEM A;  4WOA A;  1IWZ A;  4LYZ A;  2ZYP A;  1GEZ A;  194L A;  3WUA A;  1SQ2 L;  1GHL A;  1UIC A;  1HER A;  1GBW A;  1YRO A;  4TUN A;  1A2Y C;  1B7N A;  2BQC A;  4W94 A;  1B7S A;  2DQJ Y;  2MEH A;  4R6C A;  1LJH A;  5C6L A;  4WO6 A;  5ILC A;  1GAY A;  5B59 A;  3D3D A;  4LT2 A;  1C46 A;  3WPJ A;  3MGW A;  2HUB A;  4YEN A;  2LHM A;  2CGI A;  1LZE A;  3HBE X;  3WUM A;  4H9E A;  1LJI A;  1DQJ C;  2DQI Y;  4BAD A;  1IP4 A;  3F6Z A;  4RDS A;  1IC4 Y;  1IP1 A;  1G7H C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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