1JKAA

Human lysozyme mutant with glu 35 replaced by asp
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWDSGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Importance of van der Waals contact between Glu 35 and Trp 109 to the catalytic action of human lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jkaA00
1B5WA 1OUEA 1HEOA 1LHIA 2DBTA 1SLYA 4TX7A 5LA8A 1GBXA 1GB6A 1LKRA 4NHQA 4NWHA 3TMUA 4CJ2A 1FKQA 2MEGA 4PHIA 4HP0A 1GE4A 1DZBX 4NG8A 1KXYA 3AGIA 4NGVA 2PC2A 2CGIA 5IHGA 3ZEKA 1C7PA 4PJ2C 4TTDA 1DI4A 1DPWA 4DD3A 1NDMC 2XBRA 4OWEA 5C6LA 1JJ3A 4LT2A 3GXKA 3WU7A 1LZ1A 4QY9A 1UCOA 5DN5A 4N1EI 1DKJA 3J6KA 1CNSA 1DXJA 5KXRA 4OOOA 3EBAB 5E9RA 3W6BA 3QNGA 3RT5X 1MLCE 4WM1A 1GBYA 4GLAA 2Z38A 5A3ZA 2HEBA 4OWAA 1TEWA 4PRUA 2BLYA 5B06A 5DL9A 154LA 2HEDA 1LYSA 4WM5A 1LZNA 2LYZA 1J1XY 1OQMA 1CKCA 1JPOA 2BPUA 4MR1A 1REYA 1LZSA 4M6DA 1WQRA 1HHLA 1BB6A 1IY3A 5B59A 1LMNA 5DN4A 1HFXA 3A6BY 4RLNA 5LVKA 4DD0A 1JIYA 1LMAA 1LJ4A 2ZWBA 5KXPA 3WPKA 2XBSA 5LVIA 3WULA 5B07A 3OK0A 4RLMA 3IJUA 4Z46A 5C6JA 1REMA 1LHKA 1IP5A 1B7PA 2MEEA 1GDXA 1BB3A 4X3BA 4H9HA 1JISA 3CSZA 1HNLA 4PPOA 194LA 4NGIA 4M4OA 1T6VL 1LZ6A 5L3HA 4TUNA 2YSSC 1AKIA 1OP9B 2FYDA 4WM3A 4YOPA 1OUCA 1WQPA 3A93A 4J0LA 4ETDA 2LZTA 1B7SA 1XEIA 4ML7A 1LZ8A 1DQJC 1YIKA 1BHZA 134LA 2DQEY 2A7FA 4H8YA 2LYMA 5KXYA 8LYZA 5LVHA 4H94A 3CSQA 4NG1A 4XJHA 5KXSA 5A3EA 4ETEA 1IVMA 1G7JC 3TXKA 1GF7A 3E3DA 5KKIA 1GE3A 3CT0A 1YAPA 4XENA 1GF9A 3LHMA 1IWTA 1JKBA 4YENA 6LYTA 5KY1A 1NDGC 4C5FA 3WXTA 1LJHA 2ZQ3A 4NWEA 3MGWA 4NSJA 1CJ6A 2XTHA 5KXOA 1NWGA 3CQLA 1EL1A 6LYZA 2YBIA 1JJ1A 2ZNWY 4GCEA 3WPLA 1BWIA 1IR7A 1FDLY 1P2CC 4GLVA 5ILFA 1QTKA 4B1AA 4D9ZA 4P2EA 1H87A 1LSAA 4H92A 4CFPA 4L41A 4GN5C 3TXBA 2Z12A 4NHTA 4QGZA 1HELA 1IP7A 1GB9A 4LFPA 1RE2A 1LAAA 4LT1A 1D0MA 1UIEA 1HFYA 1LOZA 1LSGA 1TDYA 1GE2A 3A3QA 2HU3A 3IJVA 1GFRA 1CJ8A 4H90A 1JUGA 1GXXA 3AGGG 4WO6A 4XJDA 1LSMA 1GEZA 2N5ZA 1GF5A 4XYYA 5D5FA 4RDSA 1TCYA 2Z2EA 1VDSA 2MEHA 3TXHA 4XN6A 1LZGA 5LIOA 3FI7A 3W6EA 4CHXA 1VEDA 1IOQA 5HLLA 1Z55A 1LKSA 1IOSA 4NGLA 4WOAA 5HMVA 4NHSA 5LYMA 4H8XA 3EMSA 1BWHA 1WQOA 4ZIXA 1BB7A 1LJJA 1JHLA 1UACY 4OOTA 5HNLA 3WU8A 1OUHA 5F14A 4HV2A 4UWVA 3T36A 1RI8B 2WARA 4KL7A 4NGYA 4YF2A 3ZVQB 1QSWA 1LYYA 2DQGY 2D4JA 4LYBA 1DPXA 2MEIA 1LZEA 3GXRA 1HEQA 2FBBA 1LTMA 2DQCY 2XJWA 1UBZA 3QY4A 1JTOL 4OW1A 4WL7A 4G4BA 1GEVA 2ZYPA 1LZBA 2YDGA 4DD7A 2MEBA 1G7MC 1OUIA 1ZVHL 2ZQ4A 1IWUA 4NSIA 4WM6A 3WL2A 5KXXA 1BVKC 1IIZA 1IWYA 1YANA 1B7LA 5FSTA 3HBDA 2YVBA 4OWHA 5B05A 4HJYA 2DQFC 1INUA 1IO5A 2D4IA 1B2KA 2CJLA 133LA 1VFBC 1GPQC 4N0JA 4R0FA 3G3BB 4TSBA 3VWOA 1C10A 4GCBA 1FLWA 1XGUC 2FBDA 1KIRC 1B5VA 1ZV5L 3P4ZA 2G4NA 5KXKA 4Z98A 1IP2A 2BQKA 1HMLA 3TMWA 4LT3A 1OUFA 5M1YA 1JSFA 4PRQA 1B7QA 1IWZA 5F16A 5APFA 2F2NA 5KXLA 4B4IA 1QIOA 1I1ZA 1KXWA 5LA5A 2MECA 2BAAA 2EKSC 2DQAA 5KJ9A 1LHHA 4LYOA 1GF4A 3AW6A 4HV1A 1ALCA 4R6CA 4KT3A 1YKYX 4ZFPA 1LJGA 4NHIA 2D91A 1RCMA 2DQHY 1YL1X 3A6CY 1WQNA 3AYQA 1LHMA 2RSCA 3TMVA 4WL6A 1JWRA 4YEOA 2LYOA 5KXWA 1FLQA 5IELA 4WO9A 3WUAA 4Z41A 4H9AA 5HQ1A 4W96A 4DDBA 3WUNA 4H9CA 1QUTA 1GAYA 1NKHA 2CWIA 4FJRA 3N9CA 4PGJB 2YBJA 1BQLY 5K7OA 3FE0A 4XJFA 4BS7A 1NMMA 4H9FA 1B5UA 4DC4A 2ZIJA 1AT5A 1GFVA 1UIHA 1UIFA 1G7HC 3LYOA 4NGJA 5KXNA 3CT5A 1B5XA 4EMNA 2DQDY 3A8ZA 3A94A 4IATA 2AUBA 5D5CA 1E8LA 3T6UA 4WLYA 4YM8A 1XGRC 1V7TA 5AMYA 1NBZC 3HFMY 3SP3A 1GF6A 2BQNA 1NBYC 2HUBA 3A34A 4NIJA 4LT0A 2YBHA 2HU1A 4J7VA 4HTQA 1C46A 2I25L 1IWWA 3AZ6A 1LJNA 3K3TA 1IP6A 4QEQA 3A67Y 1LSCA 1D9UA 1LMPA 1N4FA 1XEKA 1FN5A 4CFOA 4FDYA 1LJEA 2I6ZA 4YEMA 4NY5A 4UWNA 1YL0X 1HEMA 3B0KA 1GD6A 4NEBA 1B7NA 2HEAA 4H91A 5B1GA 1IX0A 2BQBA 4RW2A 5FEKA 1UIBA 2LHMA 2MEAA 3RU5A 1UIGA 3ATOA 4TWSA 1HERA 1LZCA 3WMKA 1DI3A 3P66A 1GB8A 4GN4A 1LZRA 1BGIA 1QTEA 1LZAA 1QUSA 5LVJA 5KXTA 4ETAA 1WQMA 1JTPL 4G4CA 3WYHA 1F6SA 4EOFA 2BQJA 1GB7A 1CJ9A 135LA 3ATNA 4HJZA 5I5QA 1D0LA 5LINA 5LAGA 1IEEA 1GF3A 1F10A 1YQVY 2FYCA 1GB3A 4WM2A 5L9JA 1LZ5A 1QSAA 4GCFA 3TXIA 1WVVA 3AW7A 3TXEA 1IP3A 3CSRA 4DDAA 2W1MA 1GFTA 1W08A 4ANRA 5JENB 3ZVQA 2MEFA 1IC4Y 2CDSA 2ZYCA 1JKAA 4HSFA 4BADA 1GFEA 3TXGA 1JTTL 2Z19A 4B0DA 5APDA 1BB5A 1C43A 5HMJA 1GE1A 1EQ5A 1G7IC 2Z39A 4N9RA 2EQLA 1LZ9A 1AZFA 2ZILA 1QDTA 4J1AA 3LYMA 1UIDA 3W3EA 4IASA 2BQEA 4NGKA 5FDJA 1PS5A 2BLXA 1UA6Y 5L3IA 1HEWA 3WUMA 2B5ZA 3WPJA 1TAYA 4AGAA 2HTXA 4I0CA 1PZYA 1GE0A 1WTMA 3D9AC 2Y8PA 3B72A 3LN2A 5KXMA 1B5YA 4LYZA 1IC5Y 4GCDA 1IP4A 1XGTC 1WVUA 2LZ2A 3EO5A 1TBYA 2YBLA 4H93A 4CGEA 5LYTA 1QQYA 5II3A 1JITA 4OWBA 3BKVA 4N8ZA 1OUJA 3WU9A 1BB4A 1JKCA 1RFPA 2F4AA 1I20A 4NSGA 1CKHA 1LZDA 3P65A 2F30A 2DQIY 4LZTA 2F4GA 1J1OY 2HEEA 4KPMA 7LYZA 1GFHA 2BQHA 1GB0A 3A96A 3IWRA 3TXDA 5I54A 1LJ3A 3CB7A 3KAMA 5DM9A 3AZ4A 3G3AB 1LZTA 4HTKA 1LSBA 2H5ZA 3A91A 1CJ7A 4WG1A 2HEFA 4LGKA 1LZYA 1WTNA 1XSFA 3RW8A 3LYTA 1LHLA 1LSPA 1C08C 1F6RA 1OUGA 3WVXA 5FCPA 1GBOA 4WG7A 1LYZA 2Z18A 1HSXA 4BAFA 1LJFA 1HF4A 3P64A 1GFKA 1OUBA 1YILA 2BQGA 5I4WA 5E4PA 4XJGA 1VDPA 3N9AA 1GBZA 5I53A 2BQDA 4WM4A 4DD2A 1GFUA 1OUAA 3LZ2A 4E3UA 4WMGA 4KXIA 1HC0A 1NHEA 2Z37A 4DYGA 4DD9A 4ET8A 3WH1A 4B49A 1LMTA 1LCNA 5IDDA 5T3FA 1LSNA 1LSZA 2W1YA 3B6LA 3M18B 3W6FA 3D3DA 5I4YA 1GFJA 5HNCA 5FHWA 1GB2A 2Z2FA 4HJVA 4NHPA 2D4KA 132LA 4GCCA 3RNXA 1I56A 2YBMA 1UC0A 2IFFY 4H9IA 2VB1A 3M3UA 4NGWA 4RW1A 5EBHA 1G7LC 1LHJA 4QDNA 5LVGA 1GWDA 1LZ4A 1YROA 3W6DA 3AB6A 1GB5A 4ETCA 4WLXA 1UUZC 1GBSA 1B7RA 1SQ2L 1GHLA 1GXV2 1YAOA 1YAMA 1B7MA 1AM7A 1FLYA 4N1CC 4UWUA 3OJPA 3HBEX 1LJIA 1LPIA 4NGZA 1LSFA 4W94A 2I26L 3RZ4A 1T3PA 2DKVA 4DWXA 2BQAA 1DI5A 3A90A 1JEFA 3CT1A 3LZTA 4HPEA 4H1PA 1XEJA 3A92A 3TMXA 5LYZA 1LSYA 2C8OA 2H9JA 2MEDA 1OUDA 2G4PA 1REZA 1B5ZA 2YBNA 1RJCB 2DQJY 3WVYA 3LYZA 1GAZA 1IOCA 3AZ5A 4MCKA 4AXTA 4II8A 2G4QA 1QDRA 3AGHA 3ULRA 1IY4A 2W1XA 1D6PA 3EXDA 5DLAA 1VAUA 4OWCA 3B0OA 2C8PA 4MSTA 2BQFA 1FLUA 1YKXX 3AJNA 4C3WA 1XGQC 5J7CA 1MELL 1D6QA 3A3RX 1VATA 1WQQA 2X0AA 1CKGA 1FKVA 1LSDA 5KKJA 4WLTA 4Z3MA 2Q0MX 9LYZA 1HEPA 1LJKA 4HPIA 3P68A 4H9EA 4A7DA 1B7OA 2BQCA 2BQMA 5B1FA 5KXZA 3TXFA 1GFGA 5C6IA 4DT3A 4NSHA 1W6ZA 4G4HA 5LXWA 2ZNXY 1IP1A 4HTNA 1VDQA 4O34A 1NQIA 4H8ZA 1HENA 4NFVA 1V7SA 4DDCA 4N5RA 1HFZA 1XGPC 4H9BA 1VDTA 4XADA 1A4VA 1UICA 1LMQA 1A2YC 1AT6A 4B4JA 3BKHA 1HMKA 3A95A 207LA 3HBHA 1KIPC 5APEA 3N9EA 208LA 4G49A 4U3XB 4DD1A 1ZVYB 1IWXA 5APCA 1JKDA 1IR9A 4XJIA 5F9UA 1GF0A 1JJ0A 1IC7Y 2BQOA 153LA 4I8SA 1C45A 2A7DA 3B0IA 1KXXA 1EQ4A 4ET9A 4LFXA 1BVXA 3W6CA 1GF8A 2H9KA 1LMCA 1IWVA 2EPEA 4IJ4A 1KIQC 3WW6A 1YAQA 1JSEA 4XJBA 4B4EA 3QE8A 1HSWA 1XFPL 3WW5A 193LA 1B0DA 1LYOA 5FELA 2BQLA 3J4GA 4J1BA 1EQEA 3WXUA 5LAFA 1B9OA 1NF5A 1REXA 1LMOA 5I4XA 2EIZC 1F0WA 1CKDA 1D0KA 4GN3A 1UIAA 2W1LA 1FBIX 4ETBA 4ZEEA 1J1PY 1IR8A 1O23A 1CKFA 2D6BA 4LYMA 1GBWA 1BWJA 2HECA 4BAPA 3TXJA 4G9SA 4WLDA 1DKKA 2GV0A 4LYCA 2ZIKA 4TSCA 1ZMYL 3W6AA 5F9XA 2NWDX 5ILCA 1IOTA 1GDWA 1IORA 5F81A 1YKZX 4LYTA 1LSEA 2IHLA 3F6ZA 4NGOA 1GFAA 1H6MA 2BQIA 3AZ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B5WA 189LA 1OUEA 4NHQA 3DN0A 4PHIA 1DYBA 255LA 3AGIA 4NGVA 1C67A 4PJ2C 1P64A 1NDMC 2XBRA 4OWEA 4LT2A 2B73A 1LZ1A 3ODUA 137LA 3J6KA 1DXJA 3EBAB 3QNGA 4WM1A 151LA 4GLAA 2Z38A 1QUHA 4PRUA 2O79A 5DL9A 154LA 1CX6A 2HEDA 1LYSA 1T6HA 159LA 1OQMA 4E97A 1L41A 226LA 5B59A 5I14A 3SB9A 1LMAA 3WPKA 237LA 5LVIA 3WULA 3OK0A 4RLMA 1IP5A 3C8SA 258LA 1JISA 4NGIA 206LA 2YSSC 1P2RA 1OP9B 192LA 2FYDA 1WQPA 4J0LA 1L52A 1L99A 4ML7A 1LZ8A 3GUMA 1BHZA 134LA 1L63A 157LA 3NY8A 4H94A 4XJHA 4NG1A 4ETEA 3GUKA 7LZMA 1GF9A 1C6AA 1L67A 6LYTA 1C66A 1NDGC 4C5FA 2ZQ3A 1NWGA 3CQLA 6LYZA 2YBIA 3WPLA 1BWIA 1IR7A 1L86A 4B1AA 1L98A 1T97A 1ZURA 4CFPA 1IP7A 1GB9A 3SBAA 1RE2A 184LA 4LT1A 1HFYA 4LDOA 216LA 1L71A 3OE9A 1GEZA 1GF5A 3DMZA 4RDSA 1TCYA 4CHXA 3FI7A 1XJTA 2RBQA 4W57A 5HLLA 231LA 1L83A 1LKSA 1IOSA 1L36A 1OUHA 4UWVA 3T36A 1RI8B 4NGYA 4KL7A 4YF2A 1LYYA 1LZEA 1HEQA 1QT8A 4OW1A 260LA 4DD7A 104LA 3WL2A 1L16A 5KXXA 185LA 167LA 1B7LA 1D3NA 1DYFA 4OWHA 2DQFC 1IO5A 2D4IA 186LA 1GPQC 4N0JA 3G3BB 1KY0A 128LA 2FBDA 1ZV5L 5KXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B5W A;  1OUE A;  1HEO A;  1LHI A;  2DBT A;  1SLY A;  4TX7 A;  5LA8 A;  1GBX A;  1GB6 A;  1LKR A;  4NHQ A;  4NWH A;  3TMU A;  4CJ2 A;  1FKQ A;  2MEG A;  4PHI A;  4HP0 A;  1GE4 A;  1DZB X;  4NG8 A;  1KXY A;  3AGI A;  4NGV A;  2PC2 A;  2CGI A;  5IHG A;  3ZEK A;  1C7P A;  4PJ2 C;  4TTD A;  1DI4 A;  1DPW A;  4DD3 A;  1NDM C;  2XBR A;  4OWE A;  5C6L A;  1JJ3 A;  4LT2 A;  3GXK A;  3WU7 A;  1LZ1 A;  4QY9 A;  1UCO A;  5DN5 A;  4N1E I;  1DKJ A;  3J6K A;  1CNS A;  1DXJ A;  5KXR A;  4OOO A;  3EBA B;  5E9R A;  3W6B A;  3QNG A;  3RT5 X;  1MLC E;  4WM1 A;  1GBY A;  4GLA A;  2Z38 A;  5A3Z A;  2HEB A;  4OWA A;  1TEW A;  4PRU A;  2BLY A;  5B06 A;  5DL9 A;  154L A;  2HED A;  1LYS A;  4WM5 A;  1LZN A;  2LYZ A;  1J1X Y;  1OQM A;  1CKC A;  1JPO A;  2BPU A;  4MR1 A;  1REY A;  1LZS A;  4M6D A;  1WQR A;  1HHL A;  1BB6 A;  1IY3 A;  5B59 A;  1LMN A;  5DN4 A;  1HFX A;  3A6B Y;  4RLN A;  5LVK A;  4DD0 A;  1JIY A;  1LMA A;  1LJ4 A;  2ZWB A;  5KXP A;  3WPK A;  2XBS A;  5LVI A;  3WUL A;  5B07 A;  3OK0 A;  4RLM A;  3IJU A; 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 1B7O A;  2BQC A;  2BQM A;  5B1F A;  5KXZ A;  3TXF A;  1GFG A;  5C6I A;  4DT3 A;  4NSH A;  1W6Z A;  4G4H A;  5LXW A;  2ZNX Y;  1IP1 A;  4HTN A;  1VDQ A;  4O34 A;  1NQI A;  4H8Z A;  1HEN A;  4NFV A;  1V7S A;  4DDC A;  4N5R A;  1HFZ A;  1XGP C;  4H9B A;  1VDT A;  4XAD A;  1A4V A;  1UIC A;  1LMQ A;  1A2Y C;  1AT6 A;  4B4J A;  3BKH A;  1HMK A;  3A95 A;  207L A;  3HBH A;  1KIP C;  5APE A;  3N9E A;  208L A;  4G49 A;  4U3X B;  4DD1 A;  1ZVY B;  1IWX A;  5APC A;  1JKD A;  1IR9 A;  4XJI A;  5F9U A;  1GF0 A;  1JJ0 A;  1IC7 Y;  2BQO A;  153L A;  4I8S A;  1C45 A;  2A7D A;  3B0I A;  1KXX A;  1EQ4 A;  4ET9 A;  4LFX A;  1BVX A;  3W6C A;  1GF8 A;  2H9K A;  1LMC A;  1IWV A;  2EPE A;  4IJ4 A;  1KIQ C;  3WW6 A;  1YAQ A;  1JSE A;  4XJB A;  4B4E A;  3QE8 A;  1HSW A;  1XFP L;  3WW5 A;  193L A;  1B0D A;  1LYO A;  5FEL A;  2BQL A;  3J4G A;  4J1B A;  1EQE A;  3WXU A;  5LAF A;  1B9O A;  1NF5 A;  1REX A;  1LMO A;  5I4X A;  2EIZ C;  1F0W A;  1CKD A;  1D0K A;  4GN3 A;  1UIA A;  2W1L A;  1FBI X;  4ETB A;  4ZEE A;  1J1P Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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