1JKBA

Human lysozyme mutant with glu 35 replaced by ala
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWASGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lysozyme
molecule keywords LYSOZYME
publication title Importance of van der Waals contact between Glu 35 and Trp 109 to the catalytic action of human lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jkbA00
2I25L 2AUBA 2ZIKA 3F6ZA 1YL0X 2XJWA 1DI5A 4H1PA 5F16A 1GXXA 1CJ8A 2G4PA 3OJPA 1GEVA 3AZ7A 3N9EA 1CJ9A 4HJYA 1WVUA 1RJCB 1LJIA 5FHWA 1HERA 4GCEA 4XJGA 4ZEEA 1IP3A 2DBTA 2HEAA 4GCDA 2XBRA 1LHJA 153LA 5LVIA 4UWVA 2HECA 1LHLA 3EXDA 1F10A 5LA5A 3ATNA 1GB0A 4HPEA 2NWDX 4WL6A 1GB5A 1NBZC 1LSDA 4KL7A 2EQLA 4OOTA 1XGQC 5KXPA 5DN4A 3TXFA 4LZTA 1EQ4A 5JENB 1JITA 4BAPA 1WQMA 1IY4A 3TXEA 5LAFA 1WTNA 3A34A 1LYOA 4XN6A 4LT1A 4N5RA 1XGPC 4M6DA 5KXWA 1FKVA 4WG7A 4XJFA 1J1XY 1QQYA 1B7LA 1C10A 1GFAA 1D0KA 1YL1X 1HEQA 3HFMY 3LYZA 4N1CC 1LOZA 3WW5A 1LTMA 4WM2A 5APFA 1T6VL 1C7PA 1G7MC 4WOAA 1UC0A 2HEEA 1B7SA 1GEZA 5KKIA 3HBEX 4B49A 1GF4A 2Z2FA 4GCBA 1UICA 1LZEA 1LZTA 4LYCA 2H9KA 3WU7A 2ZQ4A 3KAMA 4KXIA 1LJFA 5I53A 4MR1A 3AZ4A 5L3HA 5DN5A 1HMLA 4ETDA 4C3WA 1OUJA 2HU3A 1I20A 1UIAA 1VDSA 2RSCA 5KXNA 5DL9A 1IWUA 3G3BB 4WG1A 4XADA 4LYTA 1FKQA 1H6MA 1JTOL 4ETBA 3G3AB 4LYZA 1IR9A 1XGRC 1GFRA 154LA 3A95A 1CKCA 3WPKA 1CKHA 1D0LA 2BLYA 3P4ZA 1LYZA 4X3BA 1UIHA 3A94A 3P68A 4WLXA 5C6IA 3A91A 1LZRA 2ZNWY 1IY3A 1GB6A 4J0LA 4QEQA 4DT3A 1GF8A 1H87A 1NDGC 3LZ2A 4GCCA 3ZVQB 2LZTA 1IWYA 2DQCY 3HBHA 5F81A 4WO9A 1B5XA 1JUGA 4C5FA 2F2NA 1GF9A 1WQQA 4N9RA 3A90A 2YBHA 2LZ2A 4NIJA 4DYGA 1CJ6A 1LKRA 4W96A 135LA 3WULA 2D4JA 2I6ZA 1BWJA 4UWUA 4CFOA 1GFKA 1YANA 1YAMA 1IR8A 1OUHA 4RW2A 1DXJA 1JISA 1XEKA 3M3UA 5KXMA 1BHZA 3WW6A 5KXXA 1W08A 5LVKA 4LYMA 1VDTA 2F30A 1IWVA 4EOFA 4ET9A 3OK0A 1IP4A 5EBHA 4DC4A 1LSMA 1B5ZA 1A4VA 1PS5A 2EKSC 3CT5A 3B0OA 3FI7A 4U3XB 1D6QA 1DI3A 1RE2A 1UIFA 1OQMA 2B5ZA 4I8SA 2WARA 3WVYA 1IP7A 1NKHA 4ETCA 1YILA 4B4JA 1VDPA 3SP3A 1GD6A 2GV0A 2BQAA 1UIEA 3TXDA 1JTTL 1OUIA 4NSHA 1QSAA 1IWXA 2BAAA 3A3QA 3W6DA 5I54A 1AT5A 3D3DA 1LSFA 1LZDA 1GB9A 4DDCA 4KPMA 3W6AA 3LYMA 5LXWA 5A3ZA 4RLNA 2MEAA 1LZYA 5APEA 1KIPC 1B2KA 1GBOA 4OWAA 1ZMYL 1BVKC 1GF6A 1HNLA 1LMNA 1HSWA 3AW6A 3B0IA 3A93A 1TDYA 1SLYA 2A7FA 4H9EA 4HJZA 5I4XA 2F4AA 5KXYA 4GN4A 2BQFA 1B7OA 1G7LC 4DD7A 3HBDA 4TTDA 2BQMA 2F4GA 8LYZA 3LN2A 1YKXX 2BQBA 2YBLA 1NDMC 5II3A 5I5QA 1SQ2L 3A8ZA 3CQLA 1XSFA 5KXLA 5B07A 1UUZC 1HENA 3BKHA 3A92A 4NHTA 3WYHA 1IC7Y 1JHLA 2Z38A 3QY4A 4GLAA 4OW1A 1T3PA 2D4IA 4WLDA 1J1PY 3EMSA 3K3TA 4NSJA 2DQFC 4N8ZA 1EL1A 5KY1A 4H9AA 3TXHA 1KIQC 1GB7A 1GFTA 4PPOA 1B0DA 3EO5A 4XYYA 5F9XA 4R6CA 1XFPL 1REXA 4QDNA 5DLAA 4ANRA 1JJ3A 5F9UA 2CWIA 3W6BA 2I26L 5FSTA 1OUEA 2G4NA 4HP0A 4J1AA 3W6CA 4OWCA 4YF2A 3VWOA 3B6LA 1IVMA 4WM4A 2D4KA 1LZ6A 3IWRA 1IP5A 1OUFA 1LZNA 1LSGA 1BWIA 5LVGA 1HSXA 1YKZX 4OWEA 4HSFA 3P66A 3W3EA 5LVJA 1AKIA 2ZQ3A 2LYZA 1YAQA 1VATA 5HMJA 4B1AA 1LSPA 2W1LA 4NHIA 4P2EA 1QTKA 2YBNA 5LVHA 1UCOA 3A67Y 3E3DA 2Z12A 4YENA 5LIOA 4FJRA 5A3EA 1LSEA 4B0DA 3P65A 2W1YA 4BS7A 1GPQC 1HFXA 2MEEA 1BB5A 1QDTA 1GE2A 3WU9A 3TMVA 5B05A 1B9OA 1GFJA 1TBYA 2YBIA 1WQPA 4HTQA 1F6RA 4NG8A 1LYSA 3AJNA 1CKDA 1GDXA 3WVXA 4H8ZA 4ZIXA 2ZWBA 1QUSA 1FLWA 4GCFA 4LYBA 4Z98A 1IIZA 3TXJA 1LAAA 1REYA 2DQGY 5B06A 2MEIA 4DD2A 4XJDA 2YBMA 3AZ6A 4IJ4A 1RI8B 4RDSA 1GBZA 1ZVYB 1IP1A 1C08C 1MELL 4XENA 3TXBA 3W6EA 4Z3MA 2BQCA 2BQKA 1LMCA 1YROA 4XJHA 2LHMA 1LZ1A 1LZ4A 1KXXA 1YIKA 4LYOA 4WM3A 3QNGA 3WPJA 5HLLA 1V7TA 4CHXA 1KXWA 2CDSA 2MEDA 2BQJA 3WXTA 2BLXA 2EPEA 1TAYA 4IATA 1N4FA 4PRUA 4N1EI 3ZEKA 2H5ZA 2W1XA 3CSQA 1WQRA 1DQJC 5HNCA 1HELA 4BADA 5KXRA 3D9AC 4DD3A 3GXRA 4PJ2C 2DKVA 2Y8PA 2BQHA 1LHIA 1TEWA 4ZFPA 1B7QA 1OP9B 5IDDA 1QUTA 1BVXA 1PZYA 1RFPA 2X0AA 3WU8A 3ZVQA 1E8LA 4H9FA 4J1BA 4HV2A 4NGYA 4H90A 2VB1A 4H92A 4TSBA 1IWZA 1UACY 4XJBA 4H9IA 2MECA 2Z19A 4NHPA 4PHIA 3N9AA 4E3UA 1LHMA 1LZ8A 1LPIA 2BPUA 2LYOA 3IJUA 2BQEA 4NGWA 4DWXA 3A6BY 3RT5X 4PRQA 3CB7A 1GHLA 4WM6A 3TXIA 4KT3A 1KIRC 2FYDA 1JJ0A 4NWEA 1GB2A 1IO5A 4NGVA 1LMPA 3AGHA 1NBYC 5KXSA 5LYZA 5KKJA 4Z41A 5F14A 1LJHA 1WQOA 4G4CA 5K7OA 1GF5A 5AMYA 1BWHA 1LJJA 2HEFA 4CGEA 3AGIA 3CSZA 2XTHA 3TXGA 1GDWA 1HEOA 2C8OA 2LYMA 1GXV2 1LYYA 1MLCE 1B7NA 5M1YA 2A7DA 2FYCA 1IOTA 1RCMA 1GBSA 4GN5C 1C45A 1EQEA 4NFVA 3WH1A 4DDAA 4Z46A 208LA 3LYTA 1B5VA 1IOSA 1QDRA 1LZ5A 7LYZA 1XGUC 4NSIA 1JJ1A 4LGKA 2ZYPA 5FELA 5DM9A 1REMA 4NGKA 3T36A 1JEFA 4B4IA 2CGIA 5KJ9A 3BKVA 3A96A 1V7SA 4WMGA 3RW8A 1HFYA 2YSSC 1LMQA 4CJ2A 1DZBX 2W1MA 2N5ZA 3EBAB 1B7RA 1QSWA 3RU5A 1WVVA 1JSEA 5LYTA 1B7PA 3CT0A 2DQHY 5T3FA 4ETEA 4WM1A 1GF7A 1GBYA 3WL2A 4NY5A 1LSCA 4GLVA 3WUAA 4D9ZA 5D5FA 2BQDA 5ILCA 1EQ5A 1GB8A 1AT6A 3M18B 1ZVHL 1DPWA 3AZ5A 1P2CC 5APCA 3RNXA 4BAFA 4NGZA 1F6SA 1LJ3A 2FBDA 1LSYA 4WM5A 3LYOA 1IWWA 1NQIA 2BQGA 4N0JA 5L3IA 1NMMA 4LT3A 4H93A 1KXYA 3J6KA 1BQLY 2CJLA 1HEMA 5E9RA 5D5CA 3IJVA 4WLTA 4B4EA 4YOPA 4HTKA 4OWHA 1FLQA 3QE8A 5APDA 6LYZA 1W6ZA 2XBSA 3B72A 2DQEY 1AM7A 1NHEA 5KXZA 1VFBC 4NGIA 2D6BA 4MSTA 1LZBA 1AZFA 1GE4A 1LCNA 3WUMA 4XJIA 2HEDA 1LMAA 1A2YC 4GN3A 4QY9A 4L41A 5FCPA 1YAOA 133LA 1OUBA 4H8YA 1CKGA 1B5WA 1CKFA 2ZILA 4RW1A 1LSZA 207LA 1G7JC 1GBWA 5C6LA 1B7MA 1FLYA 1JPOA 2ZNXY 4II8A 2DQDY 1GBXA 1IORA 1XEIA 3ULRA 5HQ1A 4NG1A 2D91A 3CT1A 1XEJA 1NWGA 4WLYA 1LSBA 3W6FA 4FDYA 4NHQA 4TUNA 1BB4A 1GF3A 1LZGA 4RLMA 1TCYA 4H9BA 4G9SA 1GE1A 4TSCA 1VDQA 2MEHA 4NSGA 2YVBA 4HPIA 4A7DA 4ETAA 3MGWA 5E4PA 5LA8A 1G7HC 2BQIA 4HJVA 1LZSA 1IWTA 2Z18A 1REZA 4CFPA 1INUA 4LT2A 2ZIJA 1IEEA 1OUAA 1QIOA 4ET8A 1LHKA 2HEBA 4H8XA 6LYTA 4DD9A 5IELA 2BQNA 4NHSA 4H9HA 1HF4A 1DPXA 1LJ4A 1UA6Y 1LZ9A 2MEFA 4R0FA 1F0WA 4EMNA 1Z55A 3CSRA 2IFFY 4LT0A 2YBJA 5HNLA 2Q0MX 5J7CA 4O34A 4YEMA 1GWDA 1WTMA 1YAPA 3P64A 4QGZA 4WL7A 4YEOA 3LZTA 5KXTA 4PGJB 1GFUA 5IHGA 1FN5A 1IP6A 1LMOA 2PC2A 4W94A 5B1GA 5LYMA 2DQJY 1LHHA 3N9CA 5FEKA 3J4GA 1LJKA 134LA 1IP2A 3TMXA 1C43A 3TMUA 1CJ7A 1GFHA 4HTNA 4H94A 2HUBA 3T6UA 1IC5Y 1BB3A 5C6JA 4YM8A 4NGOA 2FBBA 3WXUA 4M4OA 2DQAA 2ZYCA 4I0CA 5LINA 1GE3A 2Z39A 3AGGG 9LYZA 1LZCA 4H9CA 1HMKA 3TMWA 1IOQA 1GF0A 1HEPA 1UIGA 1DKKA 1UIDA 4LFXA 1GAZA 2Z37A 3WMKA 1JSFA 3RZ4A 3B0KA 3FE0A 132LA 1B5UA 1JKAA 5KXOA 1GAYA 5LAGA 5L9JA 5B59A 4NGLA 1JWRA 4IASA 1IC4Y 4G4HA 1BB6A 1GFEA 1HFZA 3A6CY 1HEWA 2BQLA 2DQIY 3A3RX 1B5YA 3WPLA 1C46A 1VEDA 1I56A 4WO6A 5I4YA 5ILFA 5FDJA 1I1ZA 1GFGA 2HU1A 1O23A 4NWHA 3AW7A 1FDLY 1OUCA 4HV1A 4ML7A 1WQNA 1DI4A 4TX7A 4UWNA 1NF5A 3ATOA 4MCKA 1ALCA 4OOOA 2IHLA 1D9UA 2H9JA 1HC0A 1XGTC 1IR7A 3GXKA 1D6PA 1YQVY 1JIYA 4NGJA 1LMTA 193LA 1JKBA 1IOCA 1GB3A 1BB7A 4DD0A 194LA 1G7IC 1LJGA 1D0MA 3WUNA 2Z2EA 2MEBA 1OUDA 1JTPL 4AXTA 4AGAA 1GE0A 1UIBA 2YDGA 3AB6A 1LZAA 1UBZA 2MEGA 4G49A 1LKSA 1IX0A 1LJEA 4G4BA 4DDBA 1JKCA 2G4QA 2HTXA 1FLUA 1QTEA 4OWBA 4LFPA 2C8PA 1LSAA 2EIZC 5KXKA 1BGIA 1LJNA 1LSNA 2BQOA 5I4WA 4DD1A 4NEBA 1FBIX 1J1OY 5B1FA 1DKJA 1YKYX 5HMVA 1GFVA 1VAUA 1HHLA 3AYQA 4J7VA 3TXKA 3LHMA 1OUGA 4TWSA 4H91A 1JKDA 1CNSA 1ZV5L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AUBA 1LYJA 1DI5A 3OJPA 4HJYA 1RJCB 4XJGA 4ZEEA 1IP3A 2HEAA 2XBRA 5LVIA 6LZMA 4UWVA 2HECA 1F10A 5LA5A 1GB0A 1OV5A 1XGQC 5JENB 1EQ4A 1WQMA 3TXEA 5LAFA 1WTNA 146LA 4LT1A 4M6DA 1J1XY 1C10A 1GFAA 1D0KA 1B6IA 1SX2A 1HEQA 4N1CC 247LA 3WW5A 3HBEX 1LW9A 1LWKA 3KAMA 4KXIA 4MR1A 1HMLA 3HU9A 2HU3A 1I20A 1UIAA 1VDSA 2RSCA 3OE9A 5KXNA 5DL9A 1G0PA 4WG1A 4XADA 1H6MA 4LYZA 154LA 3HH5A 3WPKA 3P4ZA 4X3BA 3P68A 4WLXA 2RH1A 1LZRA 2ZNWY 1GB6A 259LA 3LZ2A 1IWYA 3HBHA 4C5FA 4N9RA 2LZ2A 1LKRA 3WULA 1OVHA 2D4JA 2I6ZA 4UWUA 1YANA 2F2QA 4I7KA 4RW2A 3M3UA 1XEKA 5KXMA 1L49A 1L14A 2F30A 1IWVA 2RBSA 3OK0A 3GUMA 1LPYA 1B5ZA 1D3NA 2OE7X 3B0OA 228LA 4U3XB 1D6QA 3FA0A 209LA 1RE2A 1UIFA 110LA 4B4JA 1LGWA 190LA 3HH3A 1L74A 4NSHA 1IWXA 3W6DA 1K28A 1AT5A 3D3DA 4DDCA 1GB9A 4KPMA 3LYMA 1C6AA 4OWAA 4LDOA 4ETCA 1HSWA 5I4XA 5KXYA 2BQFA 4DD7A 115LA 2F4GA 8LYZA 1LLHA 5II3A 5I5QA 1XSFA 1UUZC 3A92A 3DN6A 1IC7Y 1L89A 1QT5A 4WLDA 1EL1A 1CU0A 1B0DA 1L26A 5F9XA 1XFPL 1L44A 2I26L 4OWCA 3VWOA 1L02A 3DMZA 1LSGA 1HSXA 3P66A 1P37A 5LVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I25 L;  2AUB A;  2ZIK A;  3F6Z A;  1YL0 X;  2XJW A;  1DI5 A;  4H1P A;  5F16 A;  1GXX A;  1CJ8 A;  2G4P A;  3OJP A;  1GEV A;  3AZ7 A;  3N9E A;  1CJ9 A;  4HJY A;  1WVU A;  1RJC B;  1LJI A;  5FHW A;  1HER A;  4GCE A;  4XJG A;  4ZEE A;  1IP3 A;  2DBT A;  2HEA A;  4GCD A;  2XBR A;  1LHJ A;  153L A;  5LVI A;  4UWV A;  2HEC A;  1LHL A;  3EXD A;  1F10 A;  5LA5 A;  3ATN A;  1GB0 A;  4HPE A;  2NWD X;  4WL6 A;  1GB5 A;  1NBZ C;  1LSD A;  4KL7 A;  2EQL A;  4OOT A;  1XGQ C;  5KXP A;  5DN4 A;  3TXF A;  4LZT A;  1EQ4 A;  5JEN B;  1JIT A;  4BAP A;  1WQM A;  1IY4 A;  3TXE A;  5LAF A;  1WTN A;  3A34 A;  1LYO A;  4XN6 A;  4LT1 A;  4N5R A;  1XGP C;  4M6D A;  5KXW A;  1FKV A;  4WG7 A;  4XJF A;  1J1X Y;  1QQY A;  1B7L A;  1C10 A;  1GFA A;  1D0K A;  1YL1 X;  1HEQ A;  3HFM Y;  3LYZ A;  4N1C C;  1LOZ A;  3WW5 A;  1LTM A;  4WM2 A;  5APF A;  1T6V L;  1C7P A;  1G7M C;  4WOA A;  1UC0 A;  2HEE A;  1B7S A;  1GEZ A;  5KKI A;  3HBE X;  4B49 A;  1GF4 A;  2Z2F A;  4GCB A;  1UIC A;  1LZE A;  1LZT A;  4LYC A;  2H9K A;  3WU7 A; 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 3AGG G;  9LYZ A;  1LZC A;  4H9C A;  1HMK A;  3TMW A;  1IOQ A;  1GF0 A;  1HEP A;  1UIG A;  1DKK A;  1UID A;  4LFX A;  1GAZ A;  2Z37 A;  3WMK A;  1JSF A;  3RZ4 A;  3B0K A;  3FE0 A;  132L A;  1B5U A;  1JKA A;  5KXO A;  1GAY A;  5LAG A;  5L9J A;  5B59 A;  4NGL A;  1JWR A;  4IAS A;  1IC4 Y;  4G4H A;  1BB6 A;  1GFE A;  1HFZ A;  3A6C Y;  1HEW A;  2BQL A;  2DQI Y;  3A3R X;  1B5Y A;  3WPL A;  1C46 A;  1VED A;  1I56 A;  4WO6 A;  5I4Y A;  5ILF A;  5FDJ A;  1I1Z A;  1GFG A;  2HU1 A;  1O23 A;  4NWH A;  3AW7 A;  1FDL Y;  1OUC A;  4HV1 A;  4ML7 A;  1WQN A;  1DI4 A;  4TX7 A;  4UWN A;  1NF5 A;  3ATO A;  4MCK A;  1ALC A;  4OOO A;  2IHL A;  1D9U A;  2H9J A;  1HC0 A;  1XGT C;  1IR7 A;  3GXK A;  1D6P A;  1YQV Y;  1JIY A;  4NGJ A;  1LMT A;  193L A;  1JKB A;  1IOC A;  1GB3 A;  1BB7 A;  4DD0 A;  194L A;  1G7I C;  1LJG A;  1D0M A;  3WUN A;  2Z2E A;  2MEB A;  1OUD A;  1JTP L;  4AXT A;  4AGA A;  1GE0 A;  1UIB A;  2YDG A;  3AB6 A;  1LZA A;  1UBZ A;  2MEG A;  4G49 A;  1LKS A;  1IX0 A;  1LJE A;  4G4B A;  4DDB A;  1JKC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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