1JKBA

Human lysozyme mutant with glu 35 replaced by ala
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWASGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lysozyme
source organism Homo sapiens
publication title Importance of van der Waals contact between Glu 35 and Trp 109 to the catalytic action of human lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jkbA00
2FBBA 3B0KA 3LYTA 1WTMA 4TSBA 1IR9A 2FYDA 5KXLA 2Z37A 5DN4A 4WLXA 4WL6A 1NBYC 2LZ2A 1UC0A 1JISA 1DI3A 4NY5A 3BKHA 1BGIA 1LJNA 1NQIA 1EQEA 1NBZC 1JEFA 1VFBC 2D4JA 4II8A 1CJ8A 1B7NA 1GB7A 2Z2EA 3A8ZA 4RDSA 3A67Y 135LA 5HMJA 3N9CA 1WVVA 1OUFA 1IP7A 1IOQA 1LYSA 1BVXA 2BQAA 1EQ4A 2AUBA 4IASA 2F2NA 4WM2A 3J6KA 4GLAA 3WU9A 3WPLA 1CKGA 1DKJA 1SQ2L 3W6CA 1HFYA 3WW6A 1BWJA 4QDNA 2PC2A 1GHLA 1B7PA 2EIZC 4CGEA 2DQHY 4E3UA 3EO5A 4G4BA 4PRQA 5HNLA 2RSCA 2W1YA 2CGIA 4H9BA 2DQEY 4H9AA 1GB8A 1HF4A 1UICA 1GDXA 3W3EA 1LZSA 4BADA 4DD0A 1GD6A 4WG7A 3A92A 5FELA 1GXV2 1UA6Y 4B0DA 1C45A 4XADA 2EPEA 2HEEA 1B7OA 1IWXA 3TXGA 2XJWA 1GAYA 4LYMA 4HPEA 1XGPC 3A94A 4HJZA 4PRUA 1GDWA 1OUAA 2HU3A 1GE4A 4OOOA 4QEQA 4NEBA 4LYZA 4M4OA 3SP3A 4EMNA 1BQLY 2BAAA 1GFTA 5KXNA 1OUIA 5I4WA 1D6QA 3TMVA 5ILCA 2MEDA 1AT6A 1DKKA 3TXHA 2HTXA 4Z46A 2DQJY 3TXIA 1IOTA 2ZIKA 1LSYA 5D5FA 1LZBA 1IP6A 4PPOA 1B5XA 1IY4A 1IP2A 4ANRA 1LSPA 5LVGA 4ML7A 1HENA 3OK0A 4PJ2C 1IP3A 1LHLA 1G7HC 1GBYA 1BB3A 1B2KA 4NGZA 4GN3A 4HJVA 2BQDA 4G4HA 1CJ7A 3WYHA 4OWCA 1CJ9A 1DXJA 5I53A 1NF5A 1LZ6A 4G9SA 1LJ4A 1JKAA 1GBWA 5LVKA 1LJIA 2BQCA 1JKCA 5LAGA 1JUGA 4YM8A 3ATNA 1HSWA 1UCOA 4XYYA 4YF2A 4B1AA 3P4ZA 2ZQ4A 1F6RA 3P65A 4IATA 4XN6A 4KL7A 1REMA 1LMTA 3WUMA 1RCMA 1LPIA 4GN4A 1IWTA 1YKXX 3AGHA 1ZMYL 133LA 1B5VA 6LYZA 1GF6A 3T36A 1LZTA 1ZVYB 1VDTA 1FLQA 1NKHA 3E3DA 1GB0A 3TMXA 1EL1A 4Z41A 1B7LA 1LHKA 1A2YC 2DQFC 3FE0A 4TSCA 3WUAA 1YIKA 4N0JA 2BLYA 5IHGA 3A6BY 3W6BA 208LA 1Z55A 4WM6A 1DI4A 5I4YA 1QQYA 4NSIA 3W6EA 1GAZA 4N1EI 1B7RA 1WQOA 3K3TA 5FEKA 3ATOA 1AKIA 1IVMA 3D9AC 1HFXA 1LZ4A 4WG1A 1GBZA 5F9UA 3CT0A 1UACY 3WL2A 3LZ2A 5DLAA 4IJ4A 2ZWBA 1D0MA 1LZEA 4LT3A 4OWAA 4C3WA 4DD2A 5KXZA 2A7FA 1LSBA 4RW1A 1GF3A 1LJJA 1LKSA 4H9IA 1RE2A 4LYTA 1FKVA 4C5FA 2BQJA 2Q0MX 4WLYA 4XJIA 4AXTA 5LAFA 1IWYA 1YROA 5KXXA 1VDPA 4OOTA 4H9FA 1IWVA 4NGKA 2W1LA 5FCPA 4WO9A 5J7CA 4NGIA 4DD7A 3LYMA 1B7QA 4YENA 1NHEA 4L41A 2FBDA 5E9RA 4WMGA 3RZ4A 3CQLA 2C8OA 4RLMA 1DPXA 1KIRC 1XGRC 4H1PA 4ZFPA 1IC5Y 2H5ZA 4Z3MA 4UWNA 3A34A 5A3EA 1J1XY 1LSDA 1LTMA 4N9RA 4MR1A 1GEVA 1XEKA 4XJBA 1UIBA 1YAMA 3CSRA 1LSAA 1O23A 1CNSA 1C7PA 1IOCA 1GBOA 4YOPA 4LFXA 4WLTA 4I0CA 153LA 3CSZA 1QSAA 4AGAA 4NSHA 2BQNA 3AZ7A 3A3QA 4BAPA 2D91A 1JTTL 1OUHA 3TXDA 2DBTA 2F4GA 3ZVQA 2HEBA 1OUDA 1F10A 1LZCA 2DQAA 2MEHA 3AGIA 1QDTA 2YBIA 4NG1A 5KY1A 1LYOA 3WW5A 5DN5A 1IORA 1LMPA 5KXOA 1ZV5L 1IR7A 1F0WA 1HNLA 5B05A 5M1YA 4M6DA 3WH1A 2A7DA 1BWHA 1HC0A 4ET9A 2D6BA 3A95A 2YBHA 1ALCA 4KPMA 1CKDA 4NGLA 5LYZA 1YL1X 1HHLA 5K7OA 4CFOA 2BLXA 2MECA 4OWHA 4NGJA 4DYGA 1B7SA 4W94A 2BQBA 4OWBA 2CJLA 2HEDA 5F81A 3A93A 1VEDA 4TWSA 8LYZA 5LINA 1GFJA 1JTPL 4NFVA 3A91A 2Z39A 1GE1A 1GEZA 1HEPA 4LYOA 1IOSA 5I5QA 1UIFA 1DPWA 1H87A 2YBLA 4RLNA 5DL9A 4ETDA 1HEQA 4DDAA 5HNCA 1JKDA 5JENB 4H9CA 2ZNXY 1OP9B 1CKCA 4ZEEA 2I6ZA 5I54A 1V7TA 4NGOA 5LA5A 3EBAB 3QY4A 1B5WA 3HBHA 1GFKA 1GBSA 5LA8A 1QSWA 2BQOA 4YEMA 4ZIXA 1GF0A 2BQMA 3AW6A 1AT5A 5FSTA 1GBXA 1OUJA 1E8LA 1QIOA 1UIHA 4ETCA 2F30A 1I20A 3A6CY 1LJHA 4H8YA 3J4GA 3WULA 4CFPA 1AM7A 4XJGA 2MEAA 193LA 1XGQC 2Z19A 2LZTA 4HTQA 1GB2A 4LFPA 1KXYA 1B0DA 1LSGA 3ZVQB 4XJDA 1LZDA 5LXWA 4XJFA 4DWXA 5C6LA 1NDMC 1XSFA 1GB6A 5KXYA 4B4JA 1JKBA 4LT2A 4H91A 1HMKA 154LA 1TEWA 2HU1A 3KAMA 4DD3A 2ZYPA 4MCKA 4LGKA 3WUNA 5EBHA 1HEOA 1LZNA 4NWHA 4OW1A 4WM1A 1IP4A 1KXXA 1QTKA 1T6VL 1FDLY 1LMAA 2HECA 1WVUA 4NIJA 1LSZA 1JJ3A 2WARA 5B07A 2XBRA 3W6AA 1GFVA 1TDYA 5HQ1A 2GV0A 1G7LC 3RNXA 3AZ4A 1BVKC 1DI5A 2DQGY 2Z2FA 4HTKA 4NHSA 1JIYA 1C10A 4BAFA 3G3AB 2B5ZA 1JJ0A 1JTOL 3A96A 2LHMA 1RI8B 1UIAA 3LYOA 4WL7A 4PHIA 5F14A 2EQLA 1ZVHL 3IJVA 1D9UA 4DD1A 2BQFA 2HUBA 1LCNA 207LA 2ZIJA 3WU7A 5KXTA 2Z12A 4J7VA 3MGWA 1WQRA 2MEFA 3AGGG 4NG8A 5FDJA 1UBZA 3N9EA 4YEOA 3AZ5A 1GF7A 3WPJA 4XENA 4HTNA 1H6MA 3TXFA 1OUBA 3WMKA 2W1MA 4J1BA 1GB3A 1GF5A 4WM4A 4UWVA 1IP5A 3OJPA 4OWEA 1XFPL 1OUEA 3HBDA 4LYCA 1GFAA 4WLDA 5LIOA 7LYZA 5LYTA 3CT5A 1LYZA 4G4CA 1QUSA 5FHWA 5ILFA 1B5ZA 1BB4A 1HELA 4U3XB 4WM3A 2W1XA 1LAAA 1LYYA 1CKFA 1DZBX 1VDQA 3LYZA 4H94A 1GF9A 4G49A 5B59A 3WXTA 1AZFA 5B06A 3WVXA 4N8ZA 2BQLA 3LHMA 4J0LA 5LVJA 1EQ5A 1NMMA 5KXMA 4LT0A 1CKHA 1VAUA 4X3BA 1LHJA 1HMLA 5KXKA 134LA 2YBNA 1WTNA 1WQNA 4WM5A 1NWGA 1RFPA 4GLVA 4HPIA 194LA 1UIGA 3EXDA 1GFEA 3WXUA 3LZTA 4MSTA 3N9AA 2CDSA 5A3ZA 1C08C 2IHLA 2ZILA 1GFHA 3A90A 5HLLA 5APCA 3QE8A 5LYMA 1IIZA 5DM9A 4H93A 3TXEA 1GWDA 2ZYCA 4FJRA 2BQHA 1IC4Y 2FYCA 3IWRA 1C43A 1LZ8A 4I8SA 1HSXA 4R6CA 1LMNA 3FI7A 2D4KA 2EKSC 4TTDA 1C46A 1IP1A 1LMOA 4HP0A 1A4VA 1GE3A 3B72A 1JPOA 1BB5A 2HEAA 4CJ2A 4R0FA 3BKVA 1GB5A 6LYTA 4NSJA 1GF4A 4B49A 1JJ1A 1LZGA 5APDA 5KXSA 3WPKA 1YANA 1BHZA 1BB7A 2G4PA 1JSEA 1QDRA 4D9ZA 5APEA 2YBJA 1LHMA 1G7IC 2NWDX 3F6ZA 5I4XA 1YAQA 3P64A 5L3HA 1YILA 1YQVY 4O34A 1FN5A 4DD9A 2N5ZA 2DQDY 1LSNA 3TXBA 1OUCA 1LMCA 2MEGA 1FLYA 1OUGA 1XEJA 5KXPA 1B9OA 2LYZA 5KXRA 2Z38A 2Y8PA 1LKRA 3WVYA 1QTEA 1D0LA 1GXXA 1UIDA 1WQMA 2I26L 1REZA 1XEIA 2Z18A 1J1PY 1LJKA 3HFMY 3TMUA 4BS7A 4DDBA 4DDCA 1BB6A 1GF8A 5HMVA 2ZNWY 5LVHA 1G7JC 2CWIA 1GE0A 3AYQA 3EMSA 1VATA 5F9XA 1OQMA 5APFA 3CB7A 3WU8A 5IELA 1N4FA 1NDGC 1PZYA 1FBIX 1J1OY 1W08A 4GCFA 1FKQA 2H9JA 4W96A 1HERA 4QGZA 3B0IA 1IC7Y 5LVIA 1UIEA 1JSFA 1LZ5A 1JHLA 2DQIY 5C6IA 4NHQA 4QY9A 4HV1A 1TAYA 1GPQC 2I25L 1IO5A 1RJCB 4ETAA 1LOZA 4GN5C 1LZ1A 1GFUA 2H9KA 2ZQ3A 5F16A 2XTHA 3HBEX 3W6DA 1I56A 2VB1A 4H9HA 1XGUC 2LYMA 1QUTA 1HFZA 2G4NA 3G3BB 1SLYA 4UWUA 2BQGA 2F4AA 2LYOA 4XJHA 3VWOA 1IY3A 2XBSA 3P68A 4B4EA 5L9JA 4J1AA 4FDYA 1GE2A 1I1ZA 1LZYA 1V7SA 1HEMA 3AB6A 3GXKA 4GCBA 4P2EA 4EOFA 4LYBA 4ETEA 4LZTA 1LZRA 3RT5X 3TMWA 4DT3A 4LT1A 5KKJA 2BPUA 1PS5A 3A3RX 4NHPA 1UUZC 1IR8A 5KJ9A 1F6SA 1D0KA 4Z98A 5IDDA 1B7MA 3AW7A 1YAPA 3CSQA 2BQKA 1WQPA 3P66A 1P2CC 1LJFA 3GXRA 1LHIA 4PGJB 4GCDA 4H9EA 1INUA 1JWRA 4KT3A 1LZ9A 1DQJC 1GFGA 1LZAA 2DQCY 3IJUA 1KIQC 2YVBA 3B6LA 2YSSC 3RU5A 4CHXA 2YDGA 2YBMA 1HEWA 4HSFA 4WOAA 1B5UA 2D4IA 4NHTA 132LA 1IEEA 1MLCE 4DC4A 5II3A 1BWIA 1GB9A 1TBYA 3B0OA 1IWWA 5AMYA 5T3FA 1REXA 2C8PA 4TUNA 4ET8A 3LN2A 5B1GA 1LHHA 5KXWA 4H8ZA 4NHIA 1B5YA 3TXJA 1YKYX 1W6ZA 3TXKA 3W6FA 1LJEA 4HV2A 1KXWA 2DKVA 4WO6A 1KIPC 3ZEKA 1GFRA 3ULRA 3AJNA 1VDSA 4H92A 4KXIA 4NGWA 4N5RA 2MEIA 4GCEA 1FLWA 1CJ6A 1XGTC 1IWUA 4B4IA 1MELL 1D6PA 1LJ3A 2HEFA 4ETBA 4N1CC 1LMQA 3CT1A 2BQEA 3RW8A 1IWZA 1IX0A 2MEEA 3M3UA 1FLUA 1LJGA 1TCYA 4GCCA 3M18B 5B1FA 3QNGA 1T3PA 2G4QA 3T6UA 2IFFY 1LSEA 5KKIA 1REYA 1YAOA 1JITA 1LSFA 4NWEA 4NGVA 3AZ6A 4H90A 4NSGA 4NGYA 3D3DA 1G7MC 4A7DA 1LSMA 5C6JA 1YKZX 5L3IA 4RW2A 1YL0X 4H8XA 4HJYA 2BQIA 1LSCA 2MEBA 9LYZA 4TX7A 5E4PA 5D5CA 1WQQA 2X0AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBBA 4TSBA 1TLAA 1CU6A 5DN4A 4WLXA 4WL6A 1KW5A 1BGIA 1QT6A 3GULA 1JEFA 2D4JA 2L78A 1CJ8A 1CU0A 1GB7A 4RDSA 152LA 3A67Y 3GUNA 5HMJA 1L43A 1BVXA 1C6PA 2AUBA 4IASA 3NYAA 5FCPA 1CKGA 1DKJA 2PC2A 1L27A 4CGEA 3EO5A 1L17A 3HUKA 1GB8A 4DQJA 3F9LA 4DD0A 1L15A 1GXV2 1L45A 1B7OA 120LA 3A94A 4PRUA 1GDWA 1OUAA 143LA 4LYZA 1BQLY 5I4WA 103LA 3TMVA 1AT6A 3TXHA 1L03A 3SN6R 1LSYA 1LSPA 190LA 4PJ2C 1D9WA 1OYUA 1QTHA 1B2KA 1KW7A 1LW9A 257LA 4G4HA 1QTBA 1CJ7A 3WYHA 1G0KA 1LJ4A 1L68A 5LVKA 1PQOA 1UCOA 4IATA 1L14A 4XN6A 4KL7A 108LA 1LI6A 3C82A 4YXAC 3WUMA 1QUOA 1LPIA 1IWTA 133LA 1GF6A 1LZTA 1ZVYB 1VDTA 1D3FA 1LGUA 1L75A 112LA 2O4WA 3WUAA 1YIKA 4WM6A 1QQYA 187LA 3HWLA 5FEKA 1WTHA 3SB6A 4WG1A 1GBZA 1L50A 5DLAA 1D0MA 1L19A 151LA 1GF3A 1LJJA 1QT8A 205LA 2Q0MX 126LA 3HH4A 4XJIA 3V2WA 3SB8A 220LA 3LYMA 161LA 171LA 1DPXA 2H5ZA 4Z3MA 1C6HA 3GUIA 157LA 1I6SA 3EMLA 1O23A 1C7PA 4W57A 4AGAA 4NSHA 4ZPUA 2D91A 1L70A 1C6QA 2DBTA 2F4GA 2MEHA 3AGIA 1L42A 1L99A 3WW5A 2QARC 1IORA 1L93A 1HNLA 4M6DA 3V2YA 2RB2X 1HC0A 163LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FBB A;  3B0K A;  3LYT A;  1WTM A;  4TSB A;  1IR9 A;  2FYD A;  5KXL A;  2Z37 A;  5DN4 A;  4WLX A;  4WL6 A;  1NBY C;  2LZ2 A;  1UC0 A;  1JIS A;  1DI3 A;  4NY5 A;  3BKH A;  1BGI A;  1LJN A;  1NQI A;  1EQE A;  1NBZ C;  1JEF A;  1VFB C;  2D4J A;  4II8 A;  1CJ8 A;  1B7N A;  1GB7 A;  2Z2E A;  3A8Z A;  4RDS A;  3A67 Y;  135L A;  5HMJ A;  3N9C A;  1WVV A;  1OUF A;  1IP7 A;  1IOQ A;  1LYS A;  1BVX A;  2BQA A;  1EQ4 A;  2AUB A;  4IAS A;  2F2N A;  4WM2 A;  3J6K A;  4GLA A;  3WU9 A;  3WPL A;  1CKG A;  1DKJ A;  1SQ2 L;  3W6C A;  1HFY A;  3WW6 A;  1BWJ A;  4QDN A;  2PC2 A;  1GHL A;  1B7P A;  2EIZ C;  4CGE A;  2DQH Y;  4E3U A;  3EO5 A;  4G4B A;  4PRQ A;  5HNL A;  2RSC A;  2W1Y A;  2CGI A;  4H9B A;  2DQE Y;  4H9A A;  1GB8 A;  1HF4 A;  1UIC A;  1GDX A;  3W3E A;  1LZS A;  4BAD A;  4DD0 A;  1GD6 A;  4WG7 A;  3A92 A;  5FEL A;  1GXV 2;  1UA6 Y;  4B0D A;  1C45 A;  4XAD A;  2EPE A;  2HEE A;  1B7O A;  1IWX A;  3TXG A;  2XJW A;  1GAY A;  4LYM A;  4HPE A;  1XGP C;  3A94 A;  4HJZ A;  4PRU A;  1GDW A;  1OUA A;  2HU3 A; 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 1F6S A;  1D0K A;  4Z98 A;  5IDD A;  1B7M A;  3AW7 A;  1YAP A;  3CSQ A;  2BQK A;  1WQP A;  3P66 A;  1P2C C;  1LJF A;  3GXR A;  1LHI A;  4PGJ B;  4GCD A;  4H9E A;  1INU A;  1JWR A;  4KT3 A;  1LZ9 A;  1DQJ C;  1GFG A;  1LZA A;  2DQC Y;  3IJU A;  1KIQ C;  2YVB A;  3B6L A;  2YSS C;  3RU5 A;  4CHX A;  2YDG A;  2YBM A;  1HEW A;  4HSF A;  4WOA A;  1B5U A;  2D4I A;  4NHT A;  132L A;  1IEE A;  1MLC E;  4DC4 A;  5II3 A;  1BWI A;  1GB9 A;  1TBY A;  3B0O A;  1IWW A;  5AMY A;  5T3F A;  1REX A;  2C8P A;  4TUN A;  4ET8 A;  3LN2 A;  5B1G A;  1LHH A;  5KXW A;  4H8Z A;  4NHI A;  1B5Y A;  3TXJ A;  1YKY X;  1W6Z A;  3TXK A;  3W6F A;  1LJE A;  4HV2 A;  1KXW A;  2DKV A;  4WO6 A;  1KIP C;  3ZEK A;  1GFR A;  3ULR A;  3AJN A;  1VDS A;  4H92 A;  4KXI A;  4NGW A;  4N5R A;  2MEI A;  4GCE A;  1FLW A;  1CJ6 A;  1XGT C;  1IWU A;  4B4I A;  1MEL L;  1D6P A;  1LJ3 A;  2HEF A;  4ETB A;  4N1C C;  1LMQ A;  3CT1 A;  2BQE A;  3RW8 A;  1IWZ A;  1IX0 A;  2MEE A;  3M3U A;  1FLU A;  1LJG A;  1TCY A;  4GCC A;  3M18 B;  5B1F A;  3QNG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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