1JKCA

Human lysozyme mutant with trp 109 replaced by phe
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAFVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lysozyme
molecule keywords LYSOZYME
publication title Importance of van der Waals contact between Glu 35 and Trp 109 to the catalytic action of human lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jkcA00
133LA 1XSFA 1JJ3A 4GCCA 2W1MA 1NQIA 2Z19A 1HEMA 3B0IA 4CFOA 1WQQA 4DD1A 2CDSA 1GF8A 5KXWA 3WW5A 4WLTA 3EXDA 1LHMA 2G4NA 1REYA 1G7JC 4NGWA 1SLYA 1REZA 1CKHA 1YANA 1LJ3A 2ZWBA 3IWRA 4ZFPA 1BB5A 1GE1A 4TWSA 4WM1A 1LZTA 5LYZA 4WG1A 4KPMA 1EL1A 3HBHA 1YKZX 1F6RA 2ZYPA 4NGJA 3W6FA 1LYZA 153LA 2HU3A 1Z55A 5KXYA 1GF5A 1IY4A 1LJNA 3P66A 1IOSA 4H93A 1WQPA 5KXTA 1JSEA 1HFZA 3K3TA 2Z38A 1IWWA 1LZCA 4NGKA 1I20A 5FEKA 4E3UA 4LT1A 1ZVHL 2XJWA 1GF7A 1HSWA 4NHTA 1LZRA 1IOCA 1FKQA 3ZVQB 1AKIA 3ATNA 1QTKA 1IWVA 1GXV2 1HF4A 1OUDA 3LYMA 3LZ2A 4HJYA 3WMKA 4D9ZA 4ET9A 4M4OA 1QQYA 4H9EA 1GDWA 1LMQA 1DI5A 3G3BB 4IASA 4NGZA 4XJGA 3ZVQA 1UIAA 3W6EA 1GB0A 2G4PA 2VB1A 4RDSA 3WXTA 3HBEX 3TMWA 1UACY 3TMXA 3ZEKA 1B9OA 1DI3A 2I25L 1HEWA 1C08C 3CSRA 1LZDA 1RI8B 1NF5A 3WPLA 1LZNA 1YQVY 1BVXA 1YAQA 2IHLA 1G7LC 3WW6A 1GFJA 4WLXA 4H91A 5J7CA 2HECA 5LIOA 2FBDA 1GE3A 4NHSA 4WM3A 4YF2A 1LZEA 5KXNA 2DQCY 4YEMA 5HLLA 1UA6Y 4LYBA 1UICA 4R0FA 4I8SA 4RLMA 3WVYA 2XBSA 5JENB 2HEEA 4GCDA 4BAPA 1T3PA 1J1OY 1LCNA 1RCMA 5B1FA 2BLYA 3WPJA 1HEPA 1LSNA 5A3EA 5APCA 1KXXA 1GEVA 5LVKA 4OWEA 5LAGA 1IIZA 1GFRA 1HERA 1LAAA 1LMNA 4G4HA 4TTDA 5B05A 2LHMA 1J1XY 3WU8A 1LZYA 4WMGA 1IEEA 2DQHY 1AT5A 2BQLA 2DQAA 1LSDA 4XYYA 1OUHA 1LJ4A 1WVVA 1JJ1A 1XGRC 2EPEA 4B4IA 3AYQA 4G9SA 1UIEA 1VDTA 3A6BY 3CT0A 2A7DA 2BAAA 1UIBA 2BQCA 5DN4A 2FYDA 5HNLA 2DQIY 3WL2A 1XGTC 1GFTA 3B0OA 1HEOA 1G7HC 2DKVA 3CSZA 1IWTA 1JKDA 5T3FA 3A67Y 4NGYA 1E8LA 2BQFA 1JKAA 1IWXA 5D5FA 1JTPL 194LA 4B0DA 1HMKA 4ET8A 3QE8A 4FJRA 3TXDA 4ZEEA 3TXKA 1DXJA 5IDDA 3WU7A 4LYOA 1LKSA 1JWRA 5ILCA 134LA 1A2YC 4UWNA 2BQKA 4H9IA 1YAPA 1D9UA 2LZ2A 3B6LA 4NSJA 1D0KA 5LVGA 3ULRA 2BQBA 1QTEA 1YAMA 1GAYA 2D4JA 3RT5X 1LMTA 1YROA 1XGQC 3AJNA 4XENA 5C6LA 5IHGA 3AGIA 4FDYA 4LFXA 4I0CA 3A92A 3ATOA 2Z39A 4H9AA 1LYSA 5L3IA 1GFEA 1XEIA 1LJJA 5F9XA 8LYZA 3B72A 1DZBX 1JHLA 4MCKA 1IO5A 1LHHA 1D6QA 1IR8A 3N9AA 2CWIA 5B06A 3W6AA 4ANRA 1LJEA 3A34A 5KXMA 1CKFA 1OUBA 5KJ9A 4BAFA 4N0JA 4NG1A 3WVXA 4AXTA 1DQJC 1LMOA 5KXSA 1GPQC 2MEIA 3A91A 4Z41A 1VATA 5LVIA 4NY5A 5KXRA 154LA 1VDPA 2Z2EA 5KXLA 2FYCA 4CJ2A 4NIJA 4ML7A 1GHLA 4PHIA 4YM8A 1HSXA 1HHLA 3OJPA 4Z3MA 1UIGA 4HV1A 3TMVA 1C43A 1IP3A 1FLQA 3W3EA 1WQMA 4J1BA 1RFPA 3TXJA 2HTXA 1OP9B 1WTNA 3A94A 2PC2A 3CT1A 1LZ5A 1BB3A 4EMNA 1XEKA 1UCOA 1XEJA 3AW6A 3CQLA 1IP4A 1GB5A 3A3QA 4XN6A 1LHJA 1DPXA 4PGJB 2YBMA 4OW1A 1KXWA 2Y8PA 4B49A 1B7LA 1BWHA 1F10A 4NSHA 4OOOA 208LA 1LZ1A 4XJBA 1LTMA 1LJHA 1LZ4A 1FN5A 2EQLA 3CSQA 2BQJA 2BQAA 4GCFA 2B5ZA 3FI7A 5FHWA 4RLNA 4LT3A 1I56A 5B59A 3TXGA 1CJ8A 4XJIA 1LZ6A 1LHLA 4YOPA 5AMYA 1D0LA 5EBHA 3HFMY 2ZNXY 5C6IA 1A4VA 1NWGA 1ZMYL 4HTKA 1F0WA 4NHIA 2HUBA 5F9UA 4DDBA 1GB6A 4LFPA 5HMVA 3LZTA 5LAFA 1IP7A 1B5YA 4GCEA 2Z12A 1UIHA 4B4EA 2MEHA 4WOAA 2ZNWY 1GB2A 1LYOA 1GAZA 1LZ9A 207LA 1B7PA 6LYZA 3WPKA 3RU5A 4J0LA 4TX7A 1C46A 3RNXA 4NHPA 1B7RA 3RW8A 1TBYA 5B07A 3W6CA 1GFVA 4ETEA 4ETBA 4DWXA 2RSCA 4A7DA 5KKIA 1QSAA 6LYTA 4R6CA 1NHEA 2F4GA 1HFYA 5FSTA 1GFAA 1JSFA 1DKKA 2BQDA 2F30A 2H9JA 4EOFA 1JUGA 1OUAA 2BQOA 4XJFA 4NWEA 1LSCA 4DDAA 1VDSA 3AZ4A 4N9RA 1B7MA 4DD2A 4W96A 3F6ZA 4PJ2C 4DD7A 4QDNA 1WQNA 3P65A 5KY1A 4BS7A 1BGIA 1LKRA 4H8XA 5KXPA 1UBZA 1XFPL 5B1GA 5I5QA 3IJVA 2C8PA 1IC5Y 4DD3A 1FLWA 5LVHA 1GDXA 4LYMA 1LZSA 4TSBA 1QDRA 4J7VA 4TSCA 5F81A 1W6ZA 3BKHA 1GF9A 1QDTA 3N9EA 4OWCA 5K7OA 3LYOA 3GXKA 2HEBA 4XJHA 1AM7A 3AGHA 3AGGG 1KIRC 3A96A 1INUA 1CKGA 1W08A 1WVUA 3TXBA 3TXEA 4QY9A 3CB7A 4UWVA 4H8YA 5DN5A 1DKJA 2MEFA 2BQHA 5F14A 4CGEA 1J1PY 2I26L 3A6CY 4UWUA 1LMAA 1NDGC 1PZYA 2DQDY 1GB9A 1LZGA 2MEGA 1OUJA 1GD6A 1LSEA 3T36A 3VWOA 4WM4A 2LYZA 1UIDA 1BVKC 1IC4Y 2CGIA 3N9CA 4H9HA 4DDCA 4NG8A 1HEQA 1B7NA 3P64A 1UUZC 3D3DA 1JIYA 1JJ0A 1TEWA 4GN5C 2BLXA 1KXYA 1GEZA 2H5ZA 5LA8A 2D91A 1GFHA 1GB7A 1IOQA 1BHZA 3LYTA 5LINA 4TUNA 3B0KA 1N4FA 2MEDA 2BQIA 1JISA 2BQMA 1KIQC 9LYZA 4OWHA 3LN2A 5I54A 2MEAA 3KAMA 1GBZA 1CJ7A 4WO6A 5KXKA 4OOTA 5LXWA 2ZQ3A 1REMA 2H9KA 1BB4A 1IVMA 3A93A 4WO9A 4DD9A 4J1AA 1GFKA 1OUGA 5HMJA 4B1AA 1CKCA 4H94A 4HV2A 2LYMA 1B0DA 4H92A 1H6MA 1BB6A 1LSYA 1REXA 3RZ4A 5HQ1A 3A3RX 4M6DA 193LA 1D6PA 2EIZC 1JITA 1CNSA 1QIOA 3M18B 4GLVA 1TAYA 1OUEA 4DD0A 3J6KA 1GFGA 135LA 4GLAA 1GBOA 3LHMA 4LT0A 1B7SA 5LYTA 1C10A 5I53A 1JTTL 1VDQA 1GB3A 5F16A 1YKXX 5E4PA 1IP5A 1LSZA 1JKCA 4H9FA 1XGUC 4NWHA 1H87A 4QEQA 2Z18A 2ZQ4A 4N8ZA 1EQEA 4NSIA 5DM9A 1YIKA 4LYCA 1IP2A 1YAOA 4NFVA 4L41A 4YEOA 1O23A 2G4QA 2DQEY 4G49A 1GF4A 1VEDA 4CHXA 1LHIA 2XBRA 4Z98A 2MEEA 3A90A 4C3WA 5APDA 1PS5A 4WLDA 3OK0A 4HJZA 2ZILA 1IR9A 2WARA 1GBSA 3AZ6A 4HP0A 4MSTA 1GF3A 1LJKA 2F2NA 3AZ7A 1HNLA 1B2KA 1FDLY 4HTNA 3TMUA 1IR7A 1JKBA 3QY4A 4NGOA 1EQ4A 4WM6A 5APFA 1IX0A 3TXIA 4PRQA 1LSFA 4HPIA 4MR1A 1BWJA 1JEFA 5C6JA 4XJDA 2BQGA 2F4AA 3QNGA 3WH1A 4U3XB 3WUAA 1IC7Y 4CFPA 2YBIA 1WTMA 2YBJA 1ALCA 1ZV5L 1OUFA 2GV0A 1FLUA 2LZTA 1GF0A 1FBIX 1G7IC 1D0MA 1LMPA 5IELA 1IP1A 1GXXA 3BKVA 5LYMA 4IATA 1QUTA 1FKVA 3EO5A 2YVBA 5A3ZA 2ZIJA 1KIPC 1HFXA 4N5RA 1LJIA 1B5VA 2W1YA 2ZIKA 5LVJA 2HEDA 1JTOL 3EMSA 4G4BA 2IFFY 4H9BA 2ZYCA 4NGVA 5L3HA 1BQLY 1LSBA 1B5ZA 1B7QA 2LYOA 4ETCA 3G3AB 4Z46A 1NKHA 1BWIA 4WM2A 1DPWA 1GE2A 5I4WA 1HMLA 1B5UA 1VAUA 2DQFC 2N5ZA 2Z2FA 4GN3A 4PRUA 5II3A 1TCYA 5DL9A 1EQ5A 3W6BA 4WG7A 4RW2A 2CJLA 1GE4A 1IWZA 4BADA 1IY3A 3M3UA 2C8OA 3FE0A 1YKYX 4YENA 3WULA 3WU9A 4WL7A 1MELL 4LYTA 1LOZA 1GBYA 1HENA 3D9AC 1RJCB 4NHQA 1SQ2L 4OWAA 1GB8A 1GF6A 1TDYA 4AGAA 2YBNA 4LYZA 4DC4A 1LYYA 4NGIA 3IJUA 5KXZA 5KKJA 4DT3A 3AB6A 2BPUA 2BQNA 3SP3A 1MLCE 3J4GA 4KXIA 2Q0MX 1IP6A 1QSWA 4X3BA 3TXFA 4P2EA 1LZAA 5DLAA 5FDJA 1LMCA 2YBHA 5KXOA 4H8ZA 1NMMA 1CJ9A 4QGZA 2A7FA 3WXUA 1AZFA 2W1XA 1WQRA 3LYZA 4WM5A 5L9JA 4II8A 1YL0X 4RW1A 1QUSA 2MECA 4HJVA 1B5XA 1IWYA 2MEBA 1LJFA 3WYHA 1LZ8A 1BB7A 1LHKA 1CJ6A 1GFUA 1LJGA 1OQMA 1P2CC 1I1ZA 1LSGA 1YILA 2HU1A 3P68A 4LZTA 4NSGA 2Z37A 4GN4A 3P4ZA 5D5CA 3A8ZA 7LYZA 1V7TA 3EBAB 1AT6A 2AUBA 1T6VL 2BQEA 2D4IA 3MGWA 4ETDA 1IWUA 1XGPC 4IJ4A 4NGLA 4ZIXA 5FCPA 4LGKA 5I4YA 3WUMA 1DI4A 1OUIA 2HEAA 3AZ5A 1UIFA 2YBLA 4H1PA 4N1CC 4O34A 4LT2A 4WL6A 4DYGA 2EKSC 1GBWA 2D6BA 4WLYA 1IOTA 4HTQA 3T6UA 5ILFA 1B7OA 1GBXA 4XADA 5I4XA 1VFBC 3A95A 132LA 1V7SA 4W94A 1WQOA 1LSPA 3E3DA 4NEBA 1LSAA 5FELA 1OUCA 3WUNA 5APEA 4ETAA 4N1EI 1F6SA 4OWBA 5E9RA 1NDMC 1LPIA 1C45A 1NBYC 3TXHA 4GCBA 2XTHA 5LA5A 2YDGA 1HELA 4G4CA 2D4KA 2DQGY 1CKDA 3W6DA 2DBTA 4HPEA 4C5FA 1LZBA 1C7PA 1JPOA 2HEFA 3CT5A 1HC0A 1LSMA 1RE2A 2X0AA 3AW7A 4H90A 4B4JA 1GE0A 5M1YA 2I6ZA 1ZVYB 1GWDA 1FLYA 1UC0A 2YSSC 4H9CA 4KL7A 4KT3A 4PPOA 2NWDX 1B5WA 3HBDA 2W1LA 1IORA 1NBZC 4HSFA 5HNCA 1YL1X 5KXXA 2DQJY 3GXRA 2FBBA 1G7MC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XSFA 1L34A 2Z19A 1P3NA 3WW5A 1CVKA 2G4NA 1REYA 1SLYA 1REZA 2ZWBA 4GBRB 1L84A 1L85A 5LYZA 1LZTA 176LA 1L04A 1C63A 178LA 4NGJA 1LYZA 1IY4A 1JSEA 3K3TA 4NGKA 4NHTA 1LZRA 2B6TA 1CV0A 1AKIA 1OUDA 4HJYA 1HF4A 3LYMA 4ET9A 162LA 4H9EA 1UIAA 3W6EA 1L18A 4RDSA 1L10A 3TMWA 1UACY 1B9OA 143LA 1C08C 1RI8B 3D4SA 1C6FA 2HULA 2IHLA 1G7LC 3F9LA 3DMXA 3WW6A 4H91A 5J7CA 1JTNA 4YF2A 158LA 241LA 1L59A 5B1FA 1RCMA 1KXXA 206LA 1LAAA 1LMNA 3SB6A 1AT5A 3SBAA 151LA 1LGUA 1JJ1A 1UIEA 1LI2A 2A7DA 5DN4A 1QUGA 1XGTC 1HEOA 2HUKA 2DKVA 1L62A 5T3FA 3A67Y 4NGYA 1CV4A 2BQFA 1E8LA 1JKAA 257LA 5D5FA 194LA 4ZEEA 1KNIA 3TXKA 1DXJA 2QB0B 1L24A 5ILCA 2BQKA 2LZ2A 4NSJA 5LVGA 1QTEA 1C6JA 120LA 1LMTA 1YROA 3AJNA 3NYAA 1QT5A 1C6HA 5IHGA 171LA 5L3IA 256LA 1LJJA 109LA 180LA 189LA 1DZBX 250LA 1JHLA 1LHHA 1D6QA 1IR8A 1L94A 1CKFA 5KJ9A 4N0JA 4AXTA 3HDEA 1LMOA 5KXSA 1GPQC 5LVIA 1QS9A 1VDPA 3NY9A 1QT4A 4YM8A 3OJPA 103LA 1RFPA 1L80A 3TXJA 3NY8A 1LZ5A 1L90A 1I6SA 168LA 4OW1A 1OVKA 3G3WA 1F10A 1LZ1A 1LZ4A 4PJZA 1C6AA 3CSQA 1SSYA 4S0WA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 133L A;  1XSF A;  1JJ3 A;  4GCC A;  2W1M A;  1NQI A;  2Z19 A;  1HEM A;  3B0I A;  4CFO A;  1WQQ A;  4DD1 A;  2CDS A;  1GF8 A;  5KXW A;  3WW5 A;  4WLT A;  3EXD A;  1LHM A;  2G4N A;  1REY A;  1G7J C;  4NGW A;  1SLY A;  1REZ A;  1CKH A;  1YAN A;  1LJ3 A;  2ZWB A;  3IWR A;  4ZFP A;  1BB5 A;  1GE1 A;  4TWS A;  4WM1 A;  1LZT A;  5LYZ A;  4WG1 A;  4KPM A;  1EL1 A;  3HBH A;  1YKZ X;  1F6R A;  2ZYP A;  4NGJ A;  3W6F A;  1LYZ A;  153L A;  2HU3 A;  1Z55 A;  5KXY A;  1GF5 A;  1IY4 A;  1LJN A;  3P66 A;  1IOS A;  4H93 A;  1WQP A;  5KXT A;  1JSE A;  1HFZ A;  3K3T A;  2Z38 A;  1IWW A;  1LZC A;  4NGK A;  1I20 A;  5FEK A;  4E3U A;  4LT1 A;  1ZVH L;  2XJW A;  1GF7 A;  1HSW A;  4NHT A;  1LZR A;  1IOC A;  1FKQ A;  3ZVQ B;  1AKI A;  3ATN A;  1QTK A;  1IWV A;  1GXV 2;  1HF4 A;  1OUD A;  3LYM A;  3LZ2 A;  4HJY A;  3WMK A;  4D9Z A;  4ET9 A;  4M4O A;  1QQY A;  4H9E A;  1GDW A;  1LMQ A;  1DI5 A;  3G3B B;  4IAS A;  4NGZ A;  4XJG A;  3ZVQ A;  1UIA A;  3W6E A;  1GB0 A;  2G4P A;  2VB1 A;  4RDS A;  3WXT A;  3HBE X;  3TMW A; 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 1YL0 X;  4RW1 A;  1QUS A;  2MEC A;  4HJV A;  1B5X A;  1IWY A;  2MEB A;  1LJF A;  3WYH A;  1LZ8 A;  1BB7 A;  1LHK A;  1CJ6 A;  1GFU A;  1LJG A;  1OQM A;  1P2C C;  1I1Z A;  1LSG A;  1YIL A;  2HU1 A;  3P68 A;  4LZT A;  4NSG A;  2Z37 A;  4GN4 A;  3P4Z A;  5D5C A;  3A8Z A;  7LYZ A;  1V7T A;  3EBA B;  1AT6 A;  2AUB A;  1T6V L;  2BQE A;  2D4I A;  3MGW A;  4ETD A;  1IWU A;  1XGP C;  4IJ4 A;  4NGL A;  4ZIX A;  5FCP A;  4LGK A;  5I4Y A;  3WUM A;  1DI4 A;  1OUI A;  2HEA A;  3AZ5 A;  1UIF A;  2YBL A;  4H1P A;  4N1C C;  4O34 A;  4LT2 A;  4WL6 A;  4DYG A;  2EKS C;  1GBW A;  2D6B A;  4WLY A;  1IOT A;  4HTQ A;  3T6U A;  5ILF A;  1B7O A;  1GBX A;  4XAD A;  5I4X A;  1VFB C;  3A95 A;  132L A;  1V7S A;  4W94 A;  1WQO A;  1LSP A;  3E3D A;  4NEB A;  1LSA A;  5FEL A;  1OUC A;  3WUN A;  5APE A;  4ETA A;  4N1E I;  1F6S A;  4OWB A;  5E9R A;  1NDM C;  1LPI A;  1C45 A;  1NBY C;  3TXH A;  4GCB A;  2XTH A;  5LA5 A;  2YDG A;  1HEL A;  4G4C A;  2D4K A;  2DQG Y;  1CKD A;  3W6D A;  2DBT A;  4HPE A;  4C5F A;  1LZB A;  1C7P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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