1JL1A

D10a e. coli ribonuclease hi
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
b'KQVEIFTAGSALGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHAEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERADELARAAAMNPTLEDTGYQVE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Native-state energetics of a thermostabilized variant of ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HI
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1jl1A00
1BISA 2Y1IA 3ZT2A 1BCOA 5J2PA 4CJLA 1LAWA 3QETA 1IO2A 3RRGA 1CZ9A 1RT3A 3CM6A 1S6QA 3D0PA 3SPYA 3O4QA 2Z1GA 4NCGA 3TABA 2YKNA 2OPRA 2PY5A 3F9KA 4B9UA 1YT3A 5E41A 3MECA 2HHWA 2B6AA 3OYJA 2KQ2A 2XY7A 3AV9A 3P83D 4H8KA 2RPIA 4Y1DA 3KLGA 3VQ9A 3LP2A 4E19A 3AVNA 4B8AB 3NGZA 2HHXA 4O5BA 4O0JA 3VA0A 4Z4EA 4AHUA 3KKRA 3LALA 4CGHA 4CJVA 4FJMA 4B9TA 3OS2A 4NCAA 2HHTA 1GOAA 4KI4A 1BIZA 2VWKA 1C1AA 3K5NA 1K6YA 2OPQA 1S6PA 2IGIA 1RTHA 5C24A 3RTVA 3HP9A 1TK8A 1U47A 3VN5A 3ZT1A 1NJXA 2PYJA 1XWLA 1VRUA 1EXQA 3NE6A 4RW8A 2ITGA 4ZHRA 1SKRA 2VG6A 3JYTA 1BGXT 3B6PA 1XC9A 5D3GA 3L3VA 3V1QA 4DQQA 4B9SA 2IDOA 2DY4A 4I2QA 4FK4A 1JL2A 4OPJA 1Z25A 3KJVA 4DTNA 4CJRA 3ZT4A 4CJFA 4YFUA 1WNSA 1EKEA 3AO4A 3FFIA 3NF8A 5FDLA 4W5OA 4O4GA 1SL1A 4AHTA 1WSHA 1BHLA 4M3RA 3CFRA 3MEDA 1LW0A 3QNOA 4KFBA 1RNHA 3T1AA 3RWUA 2X74A 2YKMA 3VQAA 1C0TA 2XY6A 4CGGA 3P5JA 2JGUA 2PYLA 1RT5A 4I9QA 1S1TA 4PUOA 4CESA 5J2NA 5DK5A 1RILA 1KRPA 4NYNA 3AVLA 2FC0A 4KHUA 4LH4A 2E4LA 1QSYA 1JLEA 3OYDA 4HCBA 1TGOA 2OYQA 4OJRA 2EX3A 3A2FA 4CF0A 4FLUA 1NK7A 3TAGA 4B9NA 3AVGA 4CGJA 4E7KA 1RDAA 3OYIA 3SQ4A 4R5PA 3IG1A 4DFPA 4Y1CA 3AO3A 1UWBA 3DLGA 3K5MA 5HRSA 3QESA 1J53A 4KI6A 2O4IA 2OPPA 1SKSA 4LSNA 3G10A 3KIOA 1NK8A 1RT4A 1SL0A 1L3TA 4MQ3A 4AH9A 4CEOA 3I8DA 4JRPA 4DSEA 3DRSA 4IG0A 1ZBLA 1X9MA 1NK9A 3NGYA 4KHYA 2IC3A 4OGCA 1T8EA 1RDCA 1X9SA 1KSPA 3IAYA 1HQUA 2P1JA 1KVBA 4CEQA 3NHGA 1EX4A 4F3OA 3L3UA 3DOLA 4FZZA 3V9ZA 4KKOA 2D0AA 2G8WA 3PX4A 4CCHA 1NK0A 2XO7A 3NDKA 4BACA 3SJJA 1HRHA 1BI4A 2ZQBA 2G8KA 1TAQA 3TWHA 1J9AA 1IH7A 1WAFA 4FM0A 4DSLA 3ZT3A 4CGIA 3VQ5A 4CJKA 4FW1A 1L3SA 3SCXA 4DTUA 4RW9A 1RTIA 1D5AA 1VSMA 4UQGA 5HBMA 3PO4A 3HSTB 3VQDA 1HNVA 1U48A 2KW4A 1U45A 4JS4A 3HT3A 3HK2A 1NOZA 4O44A 3UIQA 1ITGA 4HUFA 4Z4FA 4E1NA 4DU4A 3HXMA 4OGEA 3VA3A 3NF7A 2YHBA 1WLJA 4RW7A 4EP5A 1RBUA 2LSNA 4HUEA 3AO1A 3LPUA 1KLMA 2WOMA 4K8ZA 4CJEA 3ZSWA 4NYFA 2Z1JA 3MXJA 2JLEA 3OYFA 3SQ1A 3T19A 4FZXC 2KTQA 1BQNA 4ELVA 1XHXA 4CGFA 4FJ8A 3P1GA 3TAMA 4RG8A 3KLHA 3KD5E 1DTQA 2G8IA 3HJFA 5T7BA 4OVLA 3DLKA 4DS4A 1TK0A 4FJ9A 2HW3A 1VK0A 4Z0UA 1CXUA 1IKWA 1Z26A 2D5RA 3AO2A 3OVNA 2R7YA 1T05A 4DSJA 2VG7A 3IS9A 5CYMA 3CQ8A 4IFYA 4E3SA 1HYVA 3KKSA 5SZTA 3VQ8A 4CEAA 4HCCA 4KPYA 2OA8A 1S1XA 4HUGA 3OYAA 2DFFA 1R0AA 3L2UA 3CM5A 4E7JA 1NKBA 1WSFA 3NFAA 1HNIA 3VQ4A 4IFVA 3G0ZA 1ASUA 3LDSA 3U3GA 1C1BA 4E7IA 4DTPA 1EP4A 3TAPA 3ZSRA 4LD0A 3PO5A 1IKXA 4CEZA 4KV8A 4B3OA 5KI6A 4M3UA 1BI4B 4EP4A 1VSDA 5CY4A 2XRIA 3RR7A 4OLBA 4DU3A 1WSEA 3D45A 1S1VA 2G8VA 1T7PA 5J1EA 3KD1E 1ASVA 2FBYA 1KCFA 3DM2A 4G1QA 4FLYA 4CFCA 3LP0A 3ISNC 4CEBA 3MAQA 4DTMA 4WE1A 1XI1A 4RW6A 3PX0A 1TAUA 4CJPA 4DS5A 1S9EA 2DFHA 2WONA 4ID5A 3M8SA 3PY8A 4M3TA 4KHQA 2RF2A 4GW6A 4CF9A 4CECA 3S3OA 4BE0A 5KRTA 4CHPA 2BANA 4CF8A 1HMVA 1JLBA 3SPZA 3TI0A 4L8RB 1CLQA 3K2PA 4Q5VA 2P5OA 4DLEA 3HYFA 2HMIA 4B9VA 1LWCA 2RN2A 4CJSA 3AA2A 4Z4IA 1IKVA 2EHGA 4DTSA 4N56A 1N6QA 2ZE2A 1RBVA 4BE2A 2HNYA 3SQ2A 4QCLA 4CJWA 1BL3A 1TVRA 3SZ2A 4RW4A 3ZSQA 4DQSA 2XY8A 2BE2A 1HQEA 4IDKA 3EYZA 3QEIA 3S3NA 1REVA 4M41A 3TAQA 3HO1A 3OYKA 2NUBA 4CJQA 4OPKA 4DTJA 4DFJA 1QSLA 4FW2A 4CIFA 2YV0X 1NJZA 4IKFA 1FK9A 1LWFA 3OS1A 4FM1A 3K5LA 4AHCA 3QEXA 4KAZA 3QEWA 1BCMA 1ASWA 3L8BA 4LSLA 5I3UA 2BDPA 1NKEA 2F8TA 3M8RA 3LZJA 3LZIA 1IG9A 1A5XA 4FK0A 3SV4A 4N76A 3AVMA 1JXEA 3V1RA 2E6MA 4CJUA 3DLHA 4B08A 3LP3A 2QKKA 3AA5X 2HHQA 3TAEA 1FXXA 1SKWA 5KGWA 3S9HA 3PUFA 4JRQA 3DI6A 3AVKA 4N5SA 1UA1A 1JXBA 4J2AA 1A5WA 3V9WA 3CG7A 1RBRA 5HRPA 4PQUA 3KTQA 3ULDA 3AVCA 1QTMA 3ZSVA 1YTUA 2G8HA 4M3XA 1KFSA 2ZD1A 4ELUA 3TAFA 3RMCA 3LPTA 4I7FA 1ZYQA 3DLEA 1WSGA 2Z1IA 1D9FA 5FRMA 4FM2A 1VSLA 4C8OA 3B6OA 3L2QA 4E7LA 4B9LA 4N41A 4C8LA 3BGRA 5CZ2A 4FLXA 3SV3A 3KK1A 4FLTA 4FJLA 1B9DA 1C0UA 4CK3A 4CHYA 3OJSA 2OZMA 1SUQA 1Q8IA 1TV6A 4DWIA 3CFPA 1HPZA 1VSFA 4KTWA 3MXMA 2GBZA 4FLZA 2QXFA 4CFDA 3JSMA 4CK1A 4DF4A 1NK6A 3H08A 5DMRA 2QK9A 1C0MA 1UOCA 3EY1A 4FJIA 2D0CA 2FBXA 3NH2A 4AHRA 3EZ5A 4KHSA 2FBVA 3DMJA 2YNIA 3DOKA 4F4KA 4DTOA 3RRHA 4FLVA 5I42A 3HP6A 4OKKA 1LW2A 2AJQA 4CJ5A 3NGIA 2HNDA 2D0BA 4W5RA 3I0RA 4OLAA 1J54A 3DLRA 4HTUA 1S5JA 1J5OA 4KRFA 4FJGA 3OJUA 3RMBA 3K5OA 1A5VA 4BDZA 4Z4HA 1O1WA 4BWMA 3O3HA 3OS0A 1RTDA 4FJJA 3QERA 1G15A 2X78A 4CHQA 3QINA 4ID1A 1T03A 4NCBA 4M3WA 3OYGA 3HL8A 3V4IA 1JLAA 1UAXA 4LY7A 3OYEA 4CEEA 2I5JA 2E6LA 3ASMA 3KK2A 4CERA 4CEFA 4DSKA 3VQEA 3HPHA 5KGXA 1B9FA 2X6NA 4DFKA 2KZZA 5C25A 1WN7A 2A1SA 5HP1A 1NK4A 4FJHA 2KZMA 4DQIA 4KTQA 3OYCA 1N5YA 4M3ZA 3V9UA 4J2DA 4FJNA 3SNNA 3TR8A 5KRSA 3MXIA 1SV5A 1NJYA 1X9WA 3ZCMA 4DSIA 2YNHA 1WSIA 1QSSA 1HYZA 3AVIA 4B9MA 4IBNA 4XIUA 5CZ1A 1L5UA 3KLFA 4KREA 3KK3A 2KFNA 3QNNA 1RCHA 4Z4CA 3LP1A 1BIUA 5HLFA 4ZTJA 2Z1HA 2YNGA 4KO0A 4AHSA 1VSIA 3AA3A 3HPGA 5KTQA 4I2PA 3ZSZA 3OYLA 2W42A 1TKTA 3E01A 1L3UA 1DLOA 1RT6A 2B4JA 3CYMA 4TSXA 1I39A 3C6UA 4O55A 1CZBA 3V81A 1TL1A 3MEEA 3BDPA 5EU7A 2Q3SA 3DRRA 3WNGA 3RMDA 4MFBA 4C8MA 4FXDA 4KB1A 4KHNA 3K57A 1Y97A 4CE9A 1HJRA 3RR8A 1FKOA 2VG5A 3V6DA 3AO5A 1ZBUA 1ZBHA 3S3MA 3V9SA 1JLFA 1NK5A 3O3FA 1Q9YA 3SUNA 2YNFA 3C94A 3AVBA 1L3VA 4Q0BA 5FRNA 3V1OA 4M42A 4BDYA 4PY5A 3NF9A 3O4NA 4BDPA 3U3YA 2IAJA 3M8PA 2PZSA 4I9LA 3K59A 3HVRA 4FCYA 1YTAA 4JS5A 4J2EA 1VSJA 2GUIA 1JKHA 3NBPA 3SQ0A 5C42A 3DYAA 2A1RA 4F8RA 1TL3A 3ZSXA 3L2VA 4DSFA 4FJ5A 1ZBFA 2F96A 1KVCA 2X6SA 3I0SA 1F21A 4DTXA 1X1PA 4YNQA 1LV5A 2P5GA 3KLEA 4H4OA 1KFDA 1VRTA 3NAEA 4DLGA 5K14A 1C6VA 4FJ7A 2OPSA 3F73A 4CHZA 4PWDA 2IS3A 4ELTA 1CXQA 4KTZA 4EZ6A 1TKDA 5JS2A 3LANA 3ZSOA 1RT7A 1TKXA 4ICLA 3T3FA 3NCIA 2HVIA 3ZT0A 3ZSYA 1VSHA 3HPOA 3NH1A 1NJWA 4EZ9A 3NH0A 4C8NA 2XHBA 5JS1A 1FKPA 4HVJA 1S9GA 1SL2A 1LWEA 3AVAA 3OY9A 4CGDA 4FYDA 3QIPA 4CF1A 4W5QA 4DF8A 1GOCA 3AA4A 3LWMA 1GOBA 1RT1A 1NKCA 4CFAA 3HVTA 3VQCA 2YHAA 1D8YA 4GMJB 4Z4GA 3OYNA 2HVHA 4DFMA 3M8QA 4JLHA 4N47A 3SUQA 3TARA 4ZTFA 1EETA 3MEGA 4CF2A 2G8FA 5HRNA 1JLCA 3L2WA 4QOZB 4BE1A 4O0IA 5J2QA 3QEPA 1S1WA 3NF6A 1TK5A 4KB0A 3C95A 5CYQA 4CK2A 1RBSA 2DFEA 2HB5A 4FLWA 2O4GA 3WNFA 4CHOA 3HM9A 2GV9A 1JLQA 2B5JA 3WNHA 3U6FA 4H4MA 3VQPA 4M3YA 2HHSA 1U04A 1UA0A 1LAVA 3OYBA 3RMAA 1D9DA 3PX6A 4DQRA 4QAGA 3LAKA 4CJ3A 1QS4A 1RBTA 4K8XA 1ZBIA 2KFZA 1MU2A 1HYSA 4F2RA 3AVHA 4F2SA 4HHTA 4FZYA 1KTQA 4OKEA 1WSJA 2RKIA 4CEDA 4E89A 3QEVA 2Y1JA 4DQPA 4F3TA 1S1UA 4E0DA 3VQ7A 3K58A 3AVJA 2FBTA 4OKJA 1RDBA 2XY5A 4B8CA 1BQMA 1VSKA 1KVAA 4LH5A 4BWJA 4CIGA 3PV8A 1RDDA 1W9HA 1U49A 1WAJA 4PA1A 4CJ4A 5J2MA 3QO9A 3SUPA 5HROA 3LAMA 4CIEA 3QLHA 1B92A 2VWJA 4DTRA 2HHVA 4DMNA 1QHTA 3VQ6A 4E7HA 1U4BA 1I3AA 2P51A 3VQQA 2ETJA 2IOCA 3OYMA 1TKZA 3SYZA 4FJXA 2BGGA 4M45A 4W5NA 5HRRA 1RT2A 1DTTA 2DTUA 5SWMA 3SUOA 4C8KA 1W0HA 4J2BA 4DU1A 1IKYA 1NOYA 3WNEA 2HNZA 1QE1A 1XHZA 3VQBA 1YVUA 3ALYA 2HHUA 4CHNA 4FJKA 3V9XA 3LWLA 3L2RA 2G8UA 2ATQA 3THVA 3KLIA 3TANA 1KLNA 3SI6A 4CFBA 1QQCA 5FROA 1Q9XA 4GVMA 2OZSA 4DG1A 4E1MA 1RTJA 3OYHA 3IRXA 4W5TA 4AHVA 3CFOA 3O3GA 1JL1A 4KHWA 2F8SA 3ITHA 4FVMA 4AILC 4IG3A 4FK2A 3AVFA 3DLBA 4CJTA 1C1CA 3DRPA 1VSEA 1JLGA 3QIOA 3C6TA 2QKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y1IA 5TKYA 3SMSA 4CD3A 3QETA 4UY8O 1CZAN 1S6QA 3WEEB 3O4QA 2PY5A 2YKNA 2OPRA 3LL3A 5KPTA 3MECA 2B6AA 3OYJA 1OH7A 1XMOK 2ZGZA 2QTDA 2RPIA 2A3ZA 4I6MB 3AVNA 2O8BB 4JHDB 2UU9K 4CGHA 2HOEA 4B9TA 1GOAA 2VWKA 3UB5A 4PKGA 2O8EA 5BRHA 3K5NA 3RTVA 1TK8A 3H46O 1XWLA 1BG3A 2ITGA 2QWOA 3J81O 5TKWA 3JYTA 1Z05A 1OVYA 2E5LK 4CVNE 4B1VA 2IDOA 2DY4A 4I2QA 1JL2A 4OPJA 4CJFA 4BRAA 1EKEA 2E2PA 4JKGA 4W5OA 1SL1A 1BHLA 3CFRA 3QNOA 1N34K 1LW0A 2YKMA 5H1SQ 4DR6K 3LM2A 4I9QA 4CESA 5DK5A 1NGFA 3CJAA 1KAYA 4HCBA 3LM9A 4OJRA 4CF0A 4DCHA 3TAGA 3KWGA 4CGJA 5LY3A 3SQ4A 4DFPA 4H5NA 3E9PA 4Y1CA 4OX9K 1HKGA 3A5MC 1NGHA 3DLGA 3QESA 2QM1A 2OPPA 3CCRN 4LSNA 1SKSA 1NK8A 1RT4A 4X62K 4KHYA 4IG0A 4X65K 1RDCA 1K73O 5AQIA 4JI8K 2UXCK 2E1YA 1N33K 1KVBA 3NHGA 2W40A 2O8EB 4FVUA 3MX2A 4KKOA 2D0AA 4CZKA 5C12A 2G8WA 3F2KA 4BACA 3SJJA 1HRHA 4JYAK 3AGRA 4FM0A 1WAFA 1OVQA 3VQ5A 4CJKA 3FZHA 1L3SA 2YHWA 4RW9A 3S41A 3HSTB 1U48A 2KW4A 4WQ4A 4BRHA 4O5FA 3T7ZA 4JS4A 4JKGB 4KH4A 2A41A 4EIAA 4DU4A 3T69A 4BGAA 1XC3A 3VA3A 2YHBA 4RW7A 2LSNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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