The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
72
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structure length |
72
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Chain Sequence |
b'MHHHHHHGMEEVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEWTVDVVPKAYTLNIKFAG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Conversion of monomeric protein L to an obligate dimer by computational protein design.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein L
|
| source organism |
Finegoldia magna
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| molecule tags |
Protein binding
|
| total genus |
12
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| structure length |
72
|
| sequence length |
72
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-07-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OZB A; 2I38 A; 4HKZ E; 1HZ5 A; 3V3X A; 1MHH E; 2JSV X; 4KGS A; 4KGR A; 2RPV A; 1YMH E; 1FD6 A; 2LUM A; 1FCL A; 1HEZ E; 4IKG A; 1FCC C; 1XCQ L; 4MAC A; 2QMT A; 1QKZ A; 1F2R C; 1P7F A; 1EM7 A; 2N9K A; 1MI0 A; 4WH4 A; 2J53 A; 2K0P A; 1Q10 A; 1IGC A; 2KQ4 X; 2IGD A; 1ZXH A; 5BMG A; 2ZW1 A; 2JXT A; 1K50 A; 1D4B A; 2PTL A; 2ZW0 A; 2ONQ A; 2J52 A; 5HI1 A; 1HZ6 A; 3FIL B; 1GB1 A; 1MHX A; 2KAC A; 2LGI A; 2IGG A; 4IOI E; 2I2Y A; 1UWX A; 5BMH A; 1GB4 A; 2N9L A; 2KN4 A; 3GB1 A; 1KH0 A; 3FIL A; 1C9F A; 1PGX A; 2LHE A; 1IBX A; 1K51 A; 2KDM A; 1PGA A; 2GB1 A; 4OZA A; 3MP9 A; 5HFY A; 1IGD A; 2JWU A; 2LHD A; 2RMM A; 2NMQ A; 3UI3 A; 1YNT E; 1XCT L; 4HJG E; 1P7E A; 2EEL A; 5JXV A; 1IBX B; 2GI9 A; 2JU6 X; 4OZC A; 2PLP A; 5BMI A; 1XF5 L; 1PGB A; 4D2K A; 5HG2 A; 1K53 A; 2N7J A; 2ON8 A; 1F2R I; 4KGT A; 2OED A; 1JML A; 1K52 A; 4GLS C; 2JZP A; 5HHD G; 1MVK A; 2IGH A; 2PW9 A; 2KWD A; 2QSD A; 1MPE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WMH B; 2V9H A; 1Y8R C; 3V3X A; 1FXT B; 2G3Q B; 4BBN C; 1EO6 A; 1UH6 A; 4A55 A; 2KLC A; 2SAK A; 3RUI B; 3VR8 B; 1EWY C; 1ZKH A; 2D11 A; 1V81 A; 2HTH A; 2KX0 A; 4MAC A; 3WCQ A; 4DHJ B; 2NS5 A; 4HVB A; 3Q3O C; 2K8B A; 2KK8 A; 2W55 A; 3TIX A; 1MJD A; 2V4I B; 4NJC A; 3AU5 A; 4WWO A; 2KWU B; 1N5W A; 1KLV A; 2G4D B; 3N20 C; 2KQ4 X; 4YSX B; 4ZDV A; 1ISN A; 1QOG A; 4KSK C; 3T3O A; 4ITK A; 1HA5 A; 1TTN A; 2RDG A; 2ZW1 A; 4GXB A; 1WYG A; 1QZE A; 2WDQ B; 2ZPN A; 3H6N A; 2ONQ A; 2J52 A; 3ABV B; 5I4D A; 3IAS 1; 2WXK A; 2L0T A; 4K7S A; 2NBW B; 4FJV B; 5DCN A; 4XGA B; 3U52 E; 5G55 A; 4FHK A; 2KX3 A; 3HK0 A; 2WXI A; 5GMV A; 2KQ7 A; 1I4G A; 2VZK D; 2WXJ A; 2WDR B; 3KW5 B; 1L0V B; 2HJ1 A; 1UEL A; 1CMX B; 2DAJ A; 1P1A A; 1QF6 A; 1QQR A; 4A8X C; 2RR9 A; 1WSP A; 3BZD B; 3TUO A; 1YX5 B; 2LJI A; 1QOF A; 3AN1 A; 4NJ7 A; 4NNJ B; 3DPD A; 1YJ1 A; 3L16 A; 3R3M A; 3RNE C; 1D5X C; 2CKH B; 2J0J A; 4PK1 A; 4K7W A; 5TSS A; 1B9R A; 2AL3 A; 3P4S B; 4NQK E; 3BYY B; 4HDQ A; 4OZB A; 3LDZ E; 3AE5 B; 3EC8 A; 2QIL A; 4E3C A; 2DYB A; 3PVL A; 4GDL B; 3GE3 C; 2KAJ A; 4ZRI A; 2C9W B; 1C76 A; 2JXX A; 5J18 A; 1ESF A; 1L6V A; 2NPT A; 4ZHP A; 2MP2 A; 4RF1 A; 5IAA C; 3L10 B; 5MPO A; 2L1A A; 4IWP A; 1YQB A; 4JIO U; 4NPN A; 3WA0 A; 4LNF A; 1Q10 A; 3PPA A; 3QJZ A; 2KMM A; 3ZJU A; 3H7P A; 4JL9 A; 4BKT A; 1ZPS A; 2C7N B; 2ZEQ A; 3ZNG C; 3NHE B; 4AJW A; 2KWV B; 1JWS D; 3BYT B; 3U7D A; 2KMA A; 2WXQ A; 4M01 A; 4A6Q A; 1S3S G; 3OWE B; 4MJS B; 3UIN B; 4EZK A; 2FCS A; 1GPX A; 4B0M A; 4KSL C; 5JZE B; 2CU3 A; 1T6B X; 3P4P B; 3VRA B; 4W9J A; 1YJJ A; 4YWG G; 1XO3 A; 3PRE A; 2RD0 A; 3TCA A; 2QEJ C; 2OJW A; 2KOX A; 4EUT A; 1QOA A; 1OQR A; 2DAF A; 2MEK A; 4DHJ D; 3ALB A; 2RMM A; 4ANX A; 3PZ8 A; 3RFZ B; 1L4Z B; 2ASQ A; 4USA A; 3SD5 A; 3HRD D; 4GDK B; 5D7G A; 3P1M A; 1LGR A; 4ANW A; 2WWZ A; 3RT3 B; 1D3Z A; 1M4V A; 3VTV A; 2OHF A; 3GZN B; 1C79 A; 1V5O A; 2IY0 B; 2OED A; 1K8R B; 1MVK A; 1OEY A; 3P42 A; 1HTQ A; 3APC A; 3AEF B; 4KV2 A; 2KWD A; 1D6E C; 1GNU A; 2KC2 A; 1FNW A; 1SE3 A; 4KGS A; 2YVC A; 2LEK A; 2CHW A; 2W54 A; 1C4P A; 1CJE A; 3URY A; 2DZK A; 3Q3M C; 3U2S C; 2KLG A; 1S1Q B; 4G0N B; 3E56 A; 4JLC A; 4II2 B; 3I9V 1; 2CR5 A; 3EFC A; 4UDU C; 4DXF A; 1F2R C; 2KDF B; 2W3R A; 2PE6 B; 4YXD B; 2KMC A; 1E5W A; 2KFK A; 3Q69 A; 2N7D A; 3TSS A; 3WIM A; 2FCN A; 4F8C B; 2PTL A; 3ZW3 A; 4HWI B; 2IO2 B; 4KZ0 A; 4MSQ B; 2IJ0 A; 3C19 A; 1HQR D; 4GGQ A; 1FEH A; 2BPS A; 1UNS A; 2PVO D; 3N3K B; 5E6J A; 2MW5 A; 2CHZ A; 2LMC A; 2J4X A; 1SGH A; 3VUY A; 3DBR I; 1SEB D; 3NY5 A; 2AEH A; 3WAP A; 2K25 A; 2MQJ A; 2EKI A; 3X23 A; 2FIF A; 3QK0 A; 3PO0 A; 3ZGZ A; 2V4L A; 2JWU A; 5AUI A; 4BKS D; 2BVC A; 2YEP F; 3OJ3 A; 4US8 A; 2RGF A; 3AE4 B; 4IC7 B; 3B0A A; 3FKY A; 1LO5 D; 3ETR A; 2GI9 A; 1E7U A; 1V97 A; 4WWN A; 5BMI A; 1RYJ A; 2WLB A; 4XZ4 A; 3EUB 2; 4ARC A; 1WMH A; 4KZC A; 3AEE B; 2LVQ A; 4WIP A; 1XXG A; 3W5U B; 2BW2 A; 3L08 A; 3MJ5 A; 3V60 A; 4YTM B; 5FR6 A; 4GSW A; 1H8C A; 4A9A A; 1J7A A; 2Y5P A; 4N59 A; 1MHH E; 4I6N B; 1WM2 A; 1I4R A; 3NVV A; 4NY0 A; 4KKI A; 2EMT A; 1YN4 A; 2RPV A; 1FXA A; 3KQ4 A; 3TL5 A; 1UF0 A; 4K81 A; 4YL8 A; 5EE0 A; 4W9G A; 3PT2 B; 4BVU C; 2KDE B; 4W9C A; 4HRS A; 2N9K A; 2C5L C; 1TZO A; 5BYQ A; 4IDI A; 1FPY A; 3I3T B; 3SDL C; 4ASW C; 2IGD A; 2V3P A; 2M17 A; 4JE3 B; 3VUX A; 1WRD B; 2DEN B; 3APF A; 3L4P A; 2WHI A; 1NEK B; 4KVG B; 4FBJ B; 1P98 A; 4C7Y A; 4C7Z A; 1L5P A; 2JX5 A; 2O6V B; 1PUT A; 3KYD D; 2XEW A; 3WAM A; 1ZUD 2; 3QAQ A; 1SF0 A; 3VTU A; 2NTS A; 2KNB A; 2WNM A; 2XK5 B; 3MC9 A; 2JY6 A; 3R2T A; 4M8N A; 4MSM B; 2LHE A; 2DZI A; 5HFY A; 1ZGU B; 3OLM D; 5LNK 1; 3ZNZ B; 2EEL A; 2KAN A; 1JWA D; 2CJN A; 1TY2 A; 5HG2 A; 3BII D; 5IKC M; 4GDL A; 2PPH A; 5H92 C; 1WZ3 A; 3IT4 B; 3I63 C; 4WAA A; 2VRR B; 4XC2 A; 4PYU A; 1STE A; 2IBI B; 3ZTD A; 4NAM A; 4QAY A; 2IO0 B; 2KDI A; 2V3S A; 1YJI A; 3NVW A; 4W9L A; 5AZF A; 4GB9 A; 4M0W B; 1XEE A; 2KC1 A; 1ZOY B; 5HKH A; 4JPS A; 2LXC A; 2LUE A; 4ZRJ A; 1TY0 A; 4KKJ A; 3W5V B; 1WJN A; 1LFD A; 1A70 A; 1FMA D; 2XBB C; 2G45 B; 1TKG A; 2K0P A; 2ZNV B; 3RNC C; 2X8X X; 3CST A; 3HM3 A; 2G9H D; 1E10 A; 5JHB A; 4MJS A; 1R4M I; 1ZXI A; 2K8C A; 1TT5 B; 2MCN B; 5DPS A; 1JCK B; 3NS1 A; 3MFG A; 3RZF A; 4HK2 A; 2VH2 A; 3HHM A; 1TKE A; 2M56 B; 4P1B C; 1I7H A; 1YQ3 B; 4NAW B; 5TR5 A; 1LXD A; 1HZ6 A; 2ZZP B; 3FIL B; 1GB1 A; 3U30 A; 1JAL A; 1GG3 A; 3AH7 A; 4EZJ A; 4E71 A; 2L0F A; 3SFD B; 4GDK A; 3PS6 A; 2R2O A; 1T0Y A; 1I4Q A; 2INC C; 2PMV A; 1F9J A; 3QQ8 B; 3B2F A; 4ANV A; 1YNT E; 4RGN A; 4DXG A; 1VCB A; 1UGM A; 3W9C B; 4J6I A; 1IPG A; 2L32 A; 1F0Z A; 4AQ7 A; 1UUP A; 2MHJ A; 4WJQ A; 3BVG A; 1Z2M A; 4ZOH C; 5J2R A; 2BYT A; 2IYD B; 2K39 A; 3ZRF A; 4WQM A; 2V0G A; 1BML C; 3DBR B; 1MPE A; 5D2M B; 4TQ1 A; 4A3P A; 2ZVN A; 4FLH A; 3DVG Y; 2ZVO A; 1F52 A; 3PLU A; 4YTN B; 4DBG A; 2FUH B; 1T0R C; 3WAN A; 4B0E A; 1N62 A; 1YMH E; 4HXD A; 2R2Q A; 2DZM A; 3T8M A; 2LVO A; 3A9K B; 3AE9 B; 3MTN B; 2JQR B; 3GS2 A; 4J3O D; 2QMT A; 1KLG D; 2L83 A; 2WX1 A; 4MH8 A; 1V9J A; 2LFI A; 2WX0 A; 1C4C A; 1LQB A; 3DBL I; 1B1Z A; 1IP9 A; 3R2I A; 2AQ3 B; 1IGC A; 2LVP A; 4PS3 A; 3GP7 A; 3ZRC A; 4R3D A; 4ARI A; 1N6Z A; 3BWU D; 1KTK A; 2LXA A; 3A33 B; 3IAM 1; 1OGW A; 2BB6 A; 2Y5C A; 1C78 A; 1E90 A; 3ZYY X; 2KJ6 A; 3NG0 A; 1WJ6 A; 2AQ1 B; 1JRU A; 2Z8L A; 3K9O B; 2K6Q A; 2N4F A; 1J8C A; 1GB4 A; 1OFF A; 2H88 B; 5E6P A; 2BYF A; 3GB1 A; 2K5P A; 1M94 A; 1TKY A; 1FRR A; 3R66 C; 4K3B A; 4MEM A; 4KIK B; 2JRH A; 1P9D U; 1V1O A; 2VH1 A; 2MBO A; 4HDO A; 2AYO B; 1AW7 A; 2REX A; 1VZ7 A; 1WX8 A; 2LI5 A; 3DDC B; 1R7S A; 1WX9 A; 1FXI A; 2WDV B; 3C0R B; 2YLM A; 1X1M A; 3VH4 B; 1SIF A; 3BK1 A; 4L2Y A; 2KHW B; 3ZTC A; 4FJY A; 2K3U A; 1FIQ A; 2C60 A; 1YOV B; 4D2K A; 2N7J A; 1RFK A; 4NZL B; 4RF0 A; 1KM7 A; 2HTM E; 3RYT A; 1FRD A; 2WXL A; 3CIR B; 3TEY A; 2PW9 A; 3M3J A; 3BVM A; 4ZRQ A; 1ZDX A; 4RNA A; 4CQN A; 3SR6 A; 2KTF A; 3A4S C; 5G2N A; 3UIO B; 1R4N I; 4LTU A; 1C3T A; 5D3I B; 3ZLZ A; 2V3N A; 1ENF A; 3ZXR A; 3L0W B; 1L7Y A; 4GMV A; 2XNA C; 4OVU A; 1WJU A; 5AZG A; 2NCN A; 1WGY A; 5D3D A; 1IYF A; 4II3 B; 4IWO A; 3TBL D; 1HTO A; 3QWZ B; 3A4R A; 3RNA C; 2EMS A; 3V61 A; 1D5M C; 5FKA C; 5G5G A; 3VHT C; 2BQQ A; 2D3C A; 3PSE B; 2O6V A; 4FHJ A; 1CZP A; 3DVG X; 3MC0 B; 5IA7 A; 3N32 A; 5GXG B; 2UYZ B; 3OJ4 B; 5C1Z A; 1WXV A; 3B2G A; 4IG7 B; 1MHX A; 3JSV B; 2JPH A; 2QHO A; 3BY4 B; 1H4R A; 3R7Q A; 1VR9 A; 1KH0 A; 2PKO A; 2GBR A; 4W9I A; 5D6J B; 4MH0 E; 3LB8 C; 4BKG A; 4WQO B; 1AAR A; 3QX1 A; 1CK1 A; 2LAS A; 2WXN A; 4ICU A; 2Y5B B; 2ZCB A; 3L13 A; 1TBE A; 2M0A A; 1KJT A; 2BGF A; 1XCT L; 4ACF A; 2HDE A; 1YX6 B; 4GN1 A; 1SJE D; 1XF5 L; 1PGB A; 2RDB C; 2LGD A; 3B08 A; 4CYE A; 4N58 A; 3P2B A; 1WE7 A; 4P16 A; 4HRO A; 2K6D B; 4G50 A; 2IGH A; 2WXH A; 4M0W A; 2PEA A; 3AE1 B; 3VRB B; 2I1J A; 1MG4 A; 1HZ5 A; 2ZJD A; 3ZXV A; 3JVZ X; 4LK0 M; 2UU7 A; 3OG5 A; 4K7U A; 3VXW A; 3AU4 A; 5T8I A; 1WXA A; 2N9P C; 1P0R A; 1WXQ A; 3HUI A; 4FAD A; 2INN E; 1NYR A; 3DCG A; 2WU5 B; 1QKZ A; 3K9P B; 2BS2 B; 1L0Y B; 3H7S A; 3Q6B A; 2KTR B; 2Z59 B; 2BS4 B; 4KX6 B; 4BOS C; 5IN7 A; 4GU2 A; 1XD3 B; 4NAW A; 2DBY A; 1E0Z A; 3ZJT A; 3JW0 X; 1UWM A; 2BT6 A; 3VVW B; 3IXS A; 4FN2 A; 2WU2 B; 3HM6 X; 4LJP B; 3VQI A; 5HI1 A; 1C1Y B; 4DHZ B; 1JQ4 A; 2KAC A; 4ICV A; 3M62 B; 2KD0 A; 3NVY A; 3EHV A; 1SBB B; 2MWS B; 4EOY A; 1UBI A; 5CHF A; 4MT5 A; 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