The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
100
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sequence length |
438
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structure length |
348
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Chain Sequence |
DTPANCTYPDLLGTWVFQVGPRHPRSHINCSVMEPTEEKVVIHLKKLDTAYDEVGNSGYFTLIYNQGFEIVLNDYKWFAFFKYEVKGSRAISYCHETMTGWVHDVLGRNWACFVGKKMLSLPESWDWRNVRGINFVSPVRNQESCGSCYSFASLGMLEARIRILTNNSQTPILSPQEVVSCSPYAQGCDGGFPYLIAGKYAQDFGVVEENCFPYTATDAPCKPKENCLRYYSSEYYYVGGFYGGCNEALMKLELVKHGPMAVAFEVHDDFLHYHSGIYHHPFNPFELTNHAVLLVGYGKDPVTGLDYWIVKNSWGSQWGESGYFRIRRGTDECAIESIAMAAIPIPKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Tetrameric dipeptidyl peptidase I directs substrate specificity by use of the residual pro-part domain
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
dipeptidyl peptidase I
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| source organism |
Rattus norvegicus
|
| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
100
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| structure length |
348
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| sequence length |
438
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| ec nomenclature |
ec
3.4.14.1: Dipeptidyl-peptidase I. |
| pdb deposition date | 2001-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00112 | Peptidase_C1 | Papain family cysteine protease |
| A | PF08773 | CathepsinC_exc | Cathepsin C exclusion domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Cathepsin C, exclusion domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AYO A; 1BY8 A; 1PXV A; 3BWK A; 5JH3 A; 1NQC A; 1CS8 A; 1M6D A; 1VJV A; 2DCC A; 3C9E A; 1F2C A; 3KSE A; 1MEG A; 3CH3 X; 7PCK A; 3IUT A; 3LXS A; 1ICF A; 4QRX A; 3BC3 A; 1FH0 A; 1YVB A; 1CVZ A; 2VHF A; 4CDD A; 1PPD A; 1AU3 A; 1A6R A; 2IBI A; 1VSN A; 4YYR A; 2YJC A; 1EWP A; 2CIO A; 3N3G A; 4AXL A; 4CZW A; 3IOQ A; 4MZS A; 3WXG A; 1U9W A; 2R9C A; 4CDC B; 4YYQ A; 4CDF B; 4CDE B; 2BDL A; 2HH5 A; 3H8C A; 2YJ2 A; 3H7D A; 2FRA A; 3KW9 A; 5PAD A; 5CVO B; 1AEC A; 3LFY A; 4XR7 A; 3KKU A; 1AU2 A; 4QBB A; 1MHW A; 2YJ8 A; 2FRQ A; 1SNK A; 4FJC A; 5A24 A; 2O6X A; 2OP3 A; 3H8B A; 1EWO A; 1NPZ A; 4CDD B; 2P7U A; 1K3B A; 1STF E; 2ATO A; 5CHV A; 1EF7 A; 5J94 A; 2GHU A; 1QXP A; 3S3Q A; 5FPW A; 2FTD A; 4MSX A; 4N8W A; 2HXZ A; 1NLJ A; 3KWB X; 4X6H A; 5K16 A; 2IPP B; 1GCB A; 1AU0 A; 2G6D A; 3E1Z B; 1PAD A; 3F5V A; 4CDC A; 5EF4 A; 1KHQ A; 1MS6 A; 4Q8H A; 4X6I A; 2JQF R; 4YYV A; 3CBK A; 2DZZ A; 1CB5 A; 3AI8 A; 2NQI A; 2DJG B; 1CJL A; 2NQG A; 1GLO A; 2DCD A; 1POP A; 2FO5 A; 2G8J A; 1SP4 B; 3IV2 A; 2FUD A; 3F75 A; 3O1G A; 3ERV A; 3KX1 A; 2XU5 A; 1MDW A; 3NHE A; 2C0Y A; 1KHP A; 1K3B B; 1DEU A; 3USV A; 3HHA A; 3IMA A; 4BS5 A; 4QRG A; 1AU4 A; 4W5B A; 4KLB A; 4I04 A; 3OIS A; 4OEM A; 4DMY A; 3RVW A; 3H6S A; 2DC6 A; 1AIM A; 1QOL A; 1U9Q X; 1NB3 A; 3N4C A; 2E02 A; 3MHS A; 4YYW A; 3B79 A; 2HD5 A; 2XU1 A; 4BPV A; 1MIR A; 1NB5 A; 4X6J A; 3N3K A; 3CBJ A; 3V6C A; 1Q6K A; 1HUC B; 5JA7 A; 1AYV A; 1F2B A; 4PP2 E; 1YK8 A; 3MOR A; 1KFX L; 1CQD A; 2NQD B; 1PE6 A; 2DJF A; 2DJG A; 3MTN A; 4RY2 A; 1CTE A; 2BDZ A; 3WXE A; 3DF0 A; 3IHP A; 4XUI A; 3RVX A; 2B1M A; 1CV8 A; 3KWZ A; 3U8E A; 1F29 A; 4BQV A; 1KFU L; 5CVM A; 4YV8 A; 5F02 A; 1PPP A; 2Y5B A; 1BQI A; 1ME4 A; 1GEC E; 2VHS A; 3OVZ A; 3M99 A; 1YT7 A; 1TU6 A; 3BPF A; 1AYU A; 1Y4H A; 3WXF A; 4FIP A; 5EGW A; 4G54 A; 4W5C A; 4DMX A; 2YJB A; 3K24 A; 3I3T A; 2OZ2 A; 2XU4 A; 1AYW A; 2G8E A; 3O0U A; 4W4U A; 1THE A; 8PCH A; 3H89 A; 2DJF B; 2AS8 A; 1U9V A; 4AXM A; 3MHH A; 4K7C A; 2DZY A; 2DCB A; 4FK5 A; 5CHT A; 2P86 A; 1PCI A; 4OEL A; 1EWL A; 4BSQ A; 2XU3 A; 2H7J A; 3QT4 A; 1MEM A; 3P5X A; 2AYN A; 2F1G A; 4QH6 A; 4N4Z A; 1S4V A; 3I06 A; 2JQG R; 5CVN B; 1ZCM A; 1BGO A; 2AUZ A; 4BS6 A; 3D6S A; 4PI3 A; 1PPO A; 1U9X A; 2HHN A; 2G7Y A; 2NQA A; 2OUL A; 2E00 A; 2R9O A; 2PNS A; 1ATK A; 1CPJ A; 3IEJ A; 1ME3 A; 3OVX A; 1XKG A; 1ZIV A; 9PAP A; 1YK7 A; 3BOW A; 4YYS A; 3OF8 A; 1DF0 A; 2PRE A; 3PNR A; 2F7D A; 2YJ9 A; 3OF9 A; 1BP4 A; 4YYU A; 4WA6 A; 1IWD A; 3KFQ A; 3PW3 A; 2WBF X; 1F2A A; 1ITO A; 1KXR A; 3S3R A; 1QDQ A; 2P0R A; 4P6G A; 2E03 A; 1TLO A; 1JQP A; 4YVA A; 1PPN A; 1TL9 A; 3HD3 A; 3TNX A; 1U5I A; 4N79 A; 4I07 A; 3HWN A; 4I05 A; 2FYE A; 2AU1 A; 2FQ9 A; 3RVV A; 1PBH A; 4P6E A; 6PAD A; 2AVW A; 3QJ3 A; 3K8U A; 2PAD A; 4HWY A; 3BCN A; 4ZUX U; 3PBH A; 3QSD A; 2DC9 A; 1CSB B; 3HHI A; 2DC7 A; 2B1N A; 3V6E A; 1NL6 A; 1EWM A; 2ARY A; 2R9M A; 1X9Y A; 3K9M A; 2R9F A; 1YAL A; 3CH2 X; 1Y08 A; 3PDF A; 1QMY A; 2AIM A; 2R6N A; 4MZO A; 2ACT A; 2R9N A; 1GMY A; 2FT2 A; 2Y6E A; 2E01 A; 3BPM A; 1O0E A; 4Q8G A; 1PIP A; 4PAD A; 2DCA A; 2AUX A; 3P5U A; 3P5V A; 3GCB A; 4CDF A; 2DC8 A; 4CDE A; 2GFO A; 4PP1 A; 2CB5 A; 2PBH A; 3P5W A; 4QRV A; 3ZUA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VHH A; 2AYO A; 5EZ2 A; 1PXV A; 5JH3 A; 3HWD A; 1KT7 A; 3FEP A; 4IAX A; 2DCC A; 3C9E A; 1F2C A; 4I95 A; 2JGS A; 1MEG A; 3CH3 X; 4MI7 A; 3OJY C; 1YP6 A; 5F1E A; 1X71 A; 4Z27 A; 4BX7 A; 1ICF A; 1OPA A; 3D97 A; 1LFO A; 5JD2 A; 2GTL M; 2GTL O; 3WJB A; 2VHF A; 4IB6 A; 4CDD A; 1A6R A; 2L67 A; 3P6D A; 2X46 A; 2PI3 O; 3D9W A; 4Z2V A; 3WXG A; 5FEN A; 1U9W A; 1AQB A; 4U3Q A; 3ZQ3 A; 2A2U A; 4ZHD A; 2LBA A; 4I3C A; 2BDL A; 2LFO A; 1SWL A; 2DM5 A; 3OD9 A; 4ZHF A; 3ZNH A; 3K3L A; 3KW9 A; 2FKG A; 4AZQ A; 4DQ4 A; 2QCB A; 1SRF A; 1JV4 A; 4ORY A; 2FRQ A; 3STM X; 3KFI A; 4FJC A; 1EI5 A; 2OP3 A; 4Y0P A; 3U0D A; 1NPZ A; 4D6B A; 2FHN X; 3MBT A; 5BYP A; 3NAD A; 3FA6 A; 1VWI B; 5D8J A; 1BRP A; 3RE6 A; 2OY5 O; 2ATO A; 2IZH B; 4LZV A; 3C77 X; 1QXP A; 4GE1 A; 4IB9 A; 3P24 A; 3FEN A; 4MSX A; 1BJ7 A; 1XCA A; 4N8W A; 4ES7 A; 3KWB X; 4ALB A; 3FEL A; 4IB8 A; 1JMZ A; 2IZC B; 1AU0 A; 3FA9 A; 2G6D A; 4WUR A; 5IRU A; 1MOY A; 4BOP A; 1MS6 A; 4HPD A; 4U8U O; 4X6I A; 2JQF R; 4YYV A; 4YDB A; 2F01 A; 1G74 A; 4I9S A; 1KFF A; 3ZW0 A; 3CBK A; 3UEW A; 1LIE A; 2DJG B; 1T68 X; 1GLO A; 1POP A; 2K23 A; 2FUD A; 3F75 A; 2FKJ A; 1STR B; 3KX1 A; 3NHE A; 2C0Y A; 1DEU A; 2Y32 A; 1ZNG A; 3PH5 A; 4QRG A; 1I04 A; 4HFO A; 1D2U A; 5H9N A; 1AU4 A; 1LCW A; 5D48 A; 1BRQ A; 4I04 A; 4YKM A; 4GK9 A; 3WXQ A; 3OIS A; 1NDJ A; 2JTC A; 5CSE A; 1TOU A; 3STK A; 1DKI A; 1OSP O; 2HNX A; 3MM0 A; 1LKE A; 3KFF A; 3HOE A; 2RQ0 A; 2MJI A; 1FEN A; 1G7N A; 3O2Y A; 1MIR A; 2AT0 X; 1Q6K A; 5EDB A; 1BEB A; 5B11 O; 5H9L A; 1XKI A; 5KO3 A; 4U8U N; 5F2B A; 4GUZ A; 4BQU A; 1Y55 X; 1QY1 A; 5DG4 A; 4JNJ A; 4ORR A; 3QKG A; 1FEM A; 3S5V A; 1LIF A; 3MTN A; 4JGL A; 4N7D A; 3WXE A; 4O4S A; 2BDZ A; 2BS6 A; 3EW1 A; 2F09 A; 5HZQ A; 2IZJ A; 2IZL B; 1CV8 A; 1VWC B; 2OFA A; 1TXL A; 3AEH A; 3RSW A; 3U03 A; 5CVM A; 2Q4N A; 2JU7 A; 3AUM O; 5F02 A; 1PPP A; 2Y5B A; 1LNM A; 4EDE A; 1BQI A; 2YG2 A; 3ZWE A; 4YGZ A; 1SLF B; 3P6G A; 2VHS A; 3OVZ A; 4GGR A; 1AEL A; 4YBP A; 3M99 A; 4CV7 A; 4D8B A; 4A5U A; 1YT7 A; 1TU6 A; 1IW2 A; 4GJS A; 1LPJ A; 5EGW A; 3ELZ A; 4W5C A; 4EXZ A; 1KT3 A; 4NV8 A; 1NGL A; 3I3T A; 3O0U A; 4AZM A; 2ACP X; 8PCH A; 5L8I A; 4YKO A; 3VG2 A; 1TOW A; 4CSB A; 1LUQ A; 2OFB A; 1HY2 A; 1JYJ A; 4I6S A; 2DCB A; 5CHT A; 1SWT A; 4OEL A; 3PPT A; 2Q2M A; 4BSQ A; 4EFG A; 4O3X B; 2X32 A; 3I0A A; 4KII A; 1MEM A; 5LJD A; 4QH6 A; 1O1V A; 2Z4I A; 1VWG B; 4ZHG A; 2FR2 A; 5CVN B; 1U0X A; 2RTE B; 5IXG A; 1BBP A; 3CKF A; 5K06 A; 3JQO A; 4FBV A; 4PI3 A; 1RLB E; 2OVD A; 1PTS A; 2G7Y A; 2W2A A; 1KZX A; 3VE1 A; 1CPJ A; 4XMG A; 3IEJ A; 2WWP A; 1OBQ A; 1OEJ A; 3EBK A; 1EIO A; 4AZR A; 9PAP A; 3BOW A; 1LDQ A; 4M6S A; 2G79 A; 3TGB A; 2PRE A; 4BOE A; 3PNR A; 2G78 A; 2QM9 A; 3FR2 A; 2IZE B; 3HWG A; 3MVF A; 3FW4 A; 5HAE A; 1BP4 A; 1SWR A; 2ACO A; 3KFQ A; 1VWO B; 2RTK A; 2AMM X; 1Y9T A; 2WEW A; 1ITO A; 4ORW A; 2KD2 A; 4EQA C; 4P6G A; 2MM3 A; 3VU1 A; 1GT5 A; 2X8T A; 4K19 A; 1VYO A; 4IB7 A; 4XMH A; 3SAO A; 1GX8 A; 3SZI A; 1BWY A; 1U5I A; 1KT6 A; 1AVE A; 2X8S A; 1I05 A; 5B5F A; 2AU1 A; 2FQ9 A; 1LDO A; 3T2X A; 2WPU A; 4O4U A; 5FAZ A; 4ZH9 A; 4TQ2 A; 3TZS A; 6PAD A; 2AVW A; 4EEJ A; 4ZUX U; 3U9P C; 4OVZ A; 5H8T A; 2L68 A; 4ORU A; 5LJK A; 3HHI A; 2W2F A; 2IZB A; 1VWP B; 3HOL A; 3WYP A; 4TKH A; 2ARY A; 1IIU A; 3WJG A; 1YAL A; 3CH2 X; 4BX6 A; 1QMY A; 4PT5 A; 3FMZ A; 2ACT A; 2FR3 A; 4ML7 B; 2Y6E A; 2E01 A; 3BPM A; 1QAB E; 2RA6 A; 4FBO A; 2IZK A; 4GUA A; 3CR6 A; 1PIP A; 4OKA A; 2DCA A; 3P5U A; 5CHK A; 3GCB A; 2AT3 X; 3BY4 A; 2GFO A; 4CDE A; 2FS6 A; 3HTY A; 3L4R A; 3P5W A; 3NBX X; 5H9A A; 3ZUA A; 4XMD A; 1HXZ A; 5EDC A; 2Y3F A; 2BTW B; 1A57 A; 1MEP A; 2MO5 A; 5IO5 A; 2FTB A; 3KSE A; 1EPB A; 2WR6 A; 4A60 A; 3DSZ A; 3T6F A; 4LQZ A; 3UEV A; 4XMF A; 2X56 A; 7PCK A; 3BC3 A; 1CVZ A; 4CK4 A; 2X4M A; 2WEX A; 2IBI A; 4QRL A; 2CIO A; 3N3G A; 3VE2 A; 2UZ2 A; 3B2I A; 2N93 A; 3VG7 A; 2R9C A; 4IMO A; 1S7D A; 4HPA A; 3MJ5 A; 3PQU A; 3ZW0 B; 3PSE A; 2HH5 A; 3CWK A; 2GC9 A; 3H7D A; 2FRA A; 1GXA A; 3VG3 A; 1DZM A; 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