1JTNA

Alternative structures of a sequence extended t4 lysozyme show that the highly conserved beta-sheet region has weak intrinsic folding propensity
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
177
structure length
177
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLETYYTIGIGHLLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Crystal Structures of a T4-lysozyme Duplication-extension Mutant Demonstrate that the Highly Conserved beta-Sheet Region has Low Intrinsic Folding Propensity
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 177
sequence length 177
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jtnA00
217LA 113LA 1ZYTA 1QTZA 125LA 188LA 1OWYA 1QT6A 1G06A 1L82A 1C6KA 3OE9A 183LA 3D4SA 171LA 4I7SA 2OU8A 3HT7A 1QUGA 1QSBA 189LA 2F47A 1KNIA 4W51A 1LGXA 7LZMA 1G0JA 1L93A 1ZURA 1OV5A 104LA 238LA 1G1WA 259LA 3HUAA 1L29A 2LZMA 231LA 3C83A 221LA 3PDSA 2RB1X 167LA 1C66A 4LDOA 151LA 4W59A 2NTHA 2OU0X 256LA 3GUJA 3DKEX 1CVKA 2OEAX 1QUOA 2RBOA 226LA 187LA 137LA 166LA 1L24A 1B6IA 4DAJA 1LI3A 1DYGA 146LA 228LA 2RAYX 196LA 4W52A 198LA 1L11A 1C6IA 1P56A 2RBSA 1L0KA 1CU5A 251LA 3C7ZA 3DN2A 4K5YA 1DYCA 243LA 1T8FA 223LA 155LA 3DN0A 1D3NA 199LA 3DNAA 3SB6A 139LA 3OE0A 1L20A 2LC9A 1L56A 3HUQA 1L96A 4ARQB 1DYEA 3UONA 3HTDA 4W55A 1C68A 1DYBA 2RBQA 4LZMA 4YX7C 4IAPA 185LA 1EPYA 1G0GA 1LWKA 160LA 3OE8A 1L37A 1L32A 1L92A 1XEPA 1P36A 1QT7A 3CDTA 6LZMA 3DN4A 3F8VA 161LA 1L85A 1L55A 147LA 1L61A 1LGWA 1T97A 1L13A 4I7TA 1LYFA 3GUIA 1G1VA 1JQUA 3F9LA 3QAKA 1PQOA 1L83A 3SB8A 2F32A 4W54A 126LA 1QSQA 1KW5A 1L22A 118LA 1OV7A 1G0PA 1C64A 4DKLA 3C7WA 184LA 241LA 1L31A 1L86A 197LA 1CTWA 4OO9A 5LZMA 1L42A 4PK0A 1LWGA 252LA 195LA 2QARC 1G0MA 3C81A 4GRVA 1L77A 3C8QA 3FADA 1L0JA 1C6MA 2RH1A 1D3FA 1CU6A 3SB9A 1C6DA 215LA 1C6CA 1DYDA 1L73A 4W53A 1L65A 1CUQA 1SSYA 1L89A 3RZEA 4EXMA 1TLAA 3C80A 1L33A 4AQNA 201LA 260LA 2ANVA 1L10A 1KY0A 1L40A 2RB2X 2IGCA 3FA0A 1C69A 1QT3A 2F2QA 3GUNA 235LA 1L35A 4E97A 1ZWNA 1OVJA 1OYUA 1CX6A 149LA 4I7JA 3SB5A 255LA 2OE4X 1OWZA 120LA 3C8SA 257LA 1L74A 1L01A 1K28A 1L52A 1L47A 212LA 1L23A 1SWZA 1QTDA 219LA 130LA 3OE6A 3HH4A 3JR6A 3SBAA 1L70A 1QTHA 4ARPA 2RAZX 1L99A 145LA 2ANXA 2HUKA 1CV1A 1LYDA 4I7KA 3DN3A 1C6QA 1C6JA 1KY1A 3ODUA 163LA 3G3XA 4LDLA 3GUMA 178LA 2A4TA 1L03A 3DN8A 157LA 1LI6A 1G0KA 1L45A 1C6PA 250LA 1L36A 2Z6BA 1L84A 2RBNA 3V2YA 2RB0X 1L58A 1L57A 1C65A 3K2RA 227LA 1L80A 1CU2A 152LA 218LA 2Q9EA 4I7NA 245LA 1L95A 258LA 248LA 1C6FA 3NYAA 150LA 239LA 1D3JA 225LA 4LDEA 3HT9A 1G0LA 127LA 3DMXA 110LA 229LA 1L87A 1C6LA 2O4WA 181LA 1PQKA 128LA 176LA 2RBPA 3C82A 209LA 1C61A 3CDOA 114LA 4YXCA 1C60A 102LA 4PJZA 1C6GA 4I7QA 1L05A 1L51A 247LA 3EMLA 1L04A 1L21A 186LA 141LA 3CDVA 3GUKA 3GUPA 1C6HA 4EPFA 214LA 1L34A 1L81A 192LA 2OTYX 1WTHA 3SN6R 1L97A 1L38A 4ARMB 1L02A 211LA 1LI2A 224LA 253LA 173LA 1DYAA 1P3NA 142LA 2LCBA 1SX7A 2O7AA 3DN6A 2OTZX 4W56A 140LA 242LA 3HU9A 1P7SA 237LA 138LA 244LA 3RUNA 2Q9DA 205LA 3DMVA 1DYFA 1JTNA 1C63A 1L28A 4YXAC 1L60A 115LA 1QTCA 3C8RA 1L63A 123LA 143LA 162LA 3HTGA 1SWYA 158LA 1LGUA 1PQJA 2B72A 3DMZA 165LA 1L72A 1C6EA 233LA 1C67A 2O79A 1P37A 1CV5A 4ARMA 1L88A 1L15A 2B73A 4EKPA 172LA 1L69A 3SB7A 3PBLA 1D2YA 3V2WA 1QT8A 148LE 4W58A 232LA 1T8AA 159LA 222LA 3CDQA 1L91A 1XJUA 5I14A 1JTMA 1CUPA 1L90A 1T8GA 1QT5A 1LLHA 216LA 1L06A 1L64A 1L07A 4EKRA 122LA 2B6TA 262LA 3HDFA 4EPIA 213LA 1CV3A 1L17A 1P2LA 1C6AA 111LA 3DN1A 1LYEA 234LA 156LA 1CU0A 1CV4A 1LYHA 1P64A 2NTGA 3FI5A 1D9WA 3G3VA 1L25A 1L75A 175LA 1OVKA 1LPYA 254LA 3G3WA 1PQMA 1OVHA 3C7YA 1PQIA 3SBBC 1T6HA 2B6ZA 3LZMA 1C6NA 1L19A 3HUKA 3NY8A 1QS5A 240LA 4DJHA 4I7PA 1NHBA 112LA 4EJ4A 3CDRA 236LA 1QT4A 2B6XA 1L50A 190LA 1PQDA 1QTVA 3GULA 129LA 1L49A 3L64A 164LA 1L43A 1L44A 1LYIA 1CU3A 2OU9A 2OE9X 177LA 3HT6A 1QS9A 1L16A 1L46A 1P46A 103LA 1L48A 2B70A 4W57A 4EKQA 1C62A 246LA 168LA 2HUMA 1XJTA 1QUDA 2B74A 1L71A 1SSWA 2B6YA 4ZPUA 4ARJA 1L12A 2QB0B 3HTFA 1CX7A 1L76A 144LA 1L08A 210LA 2CUUA 108LA 1KW7A 1QTBA 1L53A 4I7MA 191LA 2B7XA 1D2WA 3NY9A 1L54A 3HT8A 3HWLA 1I6SA 3HH3A 180LA 4I7LA 4I7OA 230LA 261LA 1SX2A 3HU8A 1C6TA 200LA 3GUOA 1P2RA 1L79A 4S0WA 1CV6A 182LA 1D3MA 3L2XA 1QUHA 2OE7X 1L14A 1L26A 1L00A 1L67A 1P6YA 1L41A 1LW9A 131LA 4GBRB 1L68A 206LA 1L39A 1G0QA 1L66A 4ARQA 119LA 107LA 2RBRA 1LYJA 170LA 1L18A 1L30A 1L98A 1C6BA 1P5CA 220LA 2HULA 4I7RA 2B6WA 1LYGA 1L62A 1G07A 4EKSA 2L78A 3HTBA 249LA 2B75A 1L27A 3HDEA 3HH5A 3VW7A 1L94A 109LA 1L09A 4ARLA 1CV0A 174LA 1KS3A 169LA 3HH6A 1L59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BVKC 3A92A 1ZYTA 3MGWA 1G06A 1D0LA 4W94A 1C6KA 4OOTA 1YAQA 4PJ2C 3TXJA 2OU8A 4NG8A 1QSBA 189LA 2BQJA 4GCDA 5KXWA 4QDNA 1L93A 5DN5A 1GF4A 1OV5A 238LA 5LVGA 259LA 1HSWA 1B7NA 221LA 4IASA 4W59A 1FN5A 1LSDA 3GUJA 1CVKA 3AZ5A 1WQOA 2CDSA 2XBSA 1LI3A 146LA 4W52A 4ET8A 1L11A 1C6IA 2RBSA 1CU5A 3DN2A 1DYCA 1IWUA 4RLMA 1EQ5A 1T8FA 4NHIA 1LZ6A 3T6UA 3DNAA 5F9XA 4CFPA 1IWVA 1AZFA 1XEJA 3OE0A 4YF2A 1L56A 2H5ZA 1GFEA 1L96A 3HUQA 1DYEA 4HV1A 3A91A 4IAPA 1F0WA 1IOTA 1G0GA 1GFAA 5LVHA 1LWKA 2CJLA 3OE8A 1L32A 4NSGA 1LZEA 3CDTA 6LZMA 1REXA 161LA 2ZYCA 4CHXA 1BWIA 2RSCA 5B06A 1KXWA 3WUNA 1UIGA 4H9CA 1LYFA 3GUIA 1LSGA 1IWWA 4BAPA 1L83A 1QSQA 1BWJA 1KW5A 184LA 5LVKA 5JENB 1CTWA 4OO9A 5F9UA 4AXTA 2BLYA 1L42A 5D5CA 1G0MA 1IY4A 3C81A 4GRVA 1OUIA 5KXPA 5T3FA 1LZNA 2RH1A 1D3FA 2D4JA 2BQEA 215LA 3CT5A 1C6CA 1DYDA 4W53A 1L65A 134LA 4EXMA 3G3BB 1UIHA 2ANVA 1GB8A 1KY0A 1L40A 2RB2X 2IGCA 1YKXX 1IVMA 2F2QA 2Z2FA 3P66A 1L35A 1ZWNA 1GBZA 2G4NA 120LA 4OWCA 1GB3A 4YM8A 1UA6Y 219LA 3HH4A 2I26L 1LJGA 3WXTA 2BLXA 4ARPA 4BS7A 4EOFA 3LYOA 1B5WA 2Z39A 1C6JA 4DD7A 5K7OA 1RE2A 3G3XA 1IWZA 1LI6A 1G0KA 4B0DA 4NFVA 1GF7A 4DD2A 2Z6BA 2RB0X 5FDJA 4DQJA 1RI8B 4XJBA 1LZ1A 1KIRC 3B6LA 3W3EA 5LIOA 152LA 1W08A 5L3HA 1XSFA 245LA 4H9FA 1C6FA 1RCMA 2XTHA 2NWDX 1NMMA 1FKQA 4H9EA 5LAGA 1KIQC 4R6CA 4ETAA 110LA 229LA 1LZSA 4LFPA 4B4JA 5IHGA 3C82A 3CDOA 5IDDA 3CT0A 1LZDA 5DL9A 2AUBA 1C60A 1LJ3A 102LA 1C6GA 1FDLY 3RT5X 2YVBA 1LSMA 4GCCA 3J4GA 1L04A 141LA 1AT5A 5KXKA 5HMJA 1C6HA 214LA 1L34A 2ZWBA 2N5ZA 1QDRA 2MEBA 4ARMB 1GDXA 5I5QA 193LA 5C6IA 224LA 253LA 3WW5A 3E3DA 5KJ9A 4HJVA 2ZNXY 1LZ4A 2Z18A 3W6DA 1NHEA 1P7SA 237LA 1QSWA 1GBOA 3DMVA 1CJ8A 3OJPA 4H92A 1L28A 4YXAC 1QTCA 1L63A 4BAFA 158LA 1LGUA 3ZEKA 1SLYA 2B72A 165LA 5KXSA 1TDYA 4WLDA 1DI5A 1JHLA 1GXV2 1CV5A 4EMNA 1AM7A 1L69A 3PBLA 1QT8A 148LE 4NEBA 4W58A 3CDQA 1XJUA 4GCBA 2F4GA 1L90A 1GD6A 4LZTA 2B6TA 3HDFA 1YKZX 1P2LA 1C6AA 6LYTA 3DN1A 1LYEA 1BWHA 156LA 4DDAA 3FI5A 1YL1X 1HEMA 4ZEEA 1JKBA 5APDA 4XN6A 1GDWA 3LZMA 1C6NA 4J0LA 1HFZA 3HUKA 3NY8A 1GB5A 4I7PA 3CDRA 3B72A 4L41A 1L50A 3EMSA 5M1YA 3W6EA 1LSCA 1QTVA 1L49A 2EQLA 164LA 4PRUA 2OU9A 2CWIA 1L16A 3LHMA 3A6CY 4NGOA 3CSQA 246LA 4W96A 1D0KA 3RZ4A 1IOSA 2B74A 1LZRA 3AGIA 1SSWA 4ZPUA 3B0OA 4OOOA 1FLYA 1CX7A 1L76A 144LA 1L08A 210LA 1J1XY 4LGKA 1KW7A 3WU9A 2B7XA 4HPIA 4M4OA 4DC4A 1YAOA 1IP3A 3HWLA 1CJ7A 1UIDA 3EXDA 3WVYA 3HU8A 1C6TA 200LA 3GUOA 1NQIA 1L79A 1LHKA 2MEGA 1VEDA 1CV6A 1VAUA 182LA 1D3MA 4YEMA 1HC0A 4NGVA 1L26A 1LW9A 4NG1A 1IP6A 1A2YC 1G0QA 1L66A 2H9KA 3CQLA 170LA 1L18A 1L30A 1P5CA 4LT0A 4OWAA 2BQCA 1LSPA 1L62A 1WQQA 1L27A 1LHLA 3AYQA 3HH5A 109LA 1L09A 1CV0A 1JPOA 3TMWA 4TX7A 1KIPC 217LA 1JTOL 113LA 1GHLA 4WM2A 4XENA 4CFOA 2YBMA 1OWYA 1LMPA 4G49A 1L82A 1B0DA 1A4VA 1QUGA 4DQ5A 2F47A 4W51A 1G0JA 4AGAA 2XBRA 1LYYA 2ZYPA 3A34A 1DPWA 1G1WA 1B5ZA 3WVXA 3A94A 5FCPA 1LJ4A 3C83A 3PDSA 2RB1X 167LA 4LDOA 3AB6A 1UICA 2OU0X 2HEBA 3M18B 5LA8A 2OEAX 1QUOA 4HTQA 4NGZA 3A93A 1BHZA 1QUTA 3RNXA 1HFXA 1DYGA 2LHMA 1NDMC 3HBEX 2RAYX 1L0KA 3C7ZA 4ETDA 1LZCA 3A6BY 1LSYA 1OUAA 4NWHA 153LA 1IOQA 155LA 1D3NA 1IP2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BVK C;  3A92 A;  1ZYT A;  3MGW A;  1G06 A;  1D0L A;  4W94 A;  1C6K A;  4OOT A;  1YAQ A;  4PJ2 C;  3TXJ A;  2OU8 A;  4NG8 A;  1QSB A;  189L A;  2BQJ A;  4GCD A;  5KXW A;  4QDN A;  1L93 A;  5DN5 A;  1GF4 A;  1OV5 A;  238L A;  5LVG A;  259L A;  1HSW A;  1B7N A;  221L A;  4IAS A;  4W59 A;  1FN5 A;  1LSD A;  3GUJ A;  1CVK A;  3AZ5 A;  1WQO A;  2CDS A;  2XBS A;  1LI3 A;  146L A;  4W52 A;  4ET8 A;  1L11 A;  1C6I A;  2RBS A;  1CU5 A;  3DN2 A;  1DYC A;  1IWU A;  4RLM A;  1EQ5 A;  1T8F A;  4NHI A;  1LZ6 A;  3T6U A;  3DNA A;  5F9X A;  4CFP A;  1IWV A;  1AZF A;  1XEJ A;  3OE0 A;  4YF2 A;  1L56 A;  2H5Z A;  1GFE A;  1L96 A;  3HUQ A;  1DYE A;  4HV1 A;  3A91 A;  4IAP A;  1F0W A;  1IOT A;  1G0G A;  1GFA A;  5LVH A;  1LWK A;  2CJL A;  3OE8 A;  1L32 A;  4NSG A;  1LZE A;  3CDT A;  6LZM A;  1REX A;  161L A;  2ZYC A;  4CHX A;  1BWI A;  2RSC A;  5B06 A;  1KXW A;  3WUN A;  1UIG A;  4H9C A;  1LYF A;  3GUI A;  1LSG A;  1IWW A;  4BAP A;  1L83 A;  1QSQ A;  1BWJ A;  1KW5 A;  184L A;  5LVK A;  5JEN B;  1CTW A;  4OO9 A; 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