1JTTL

Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Immune system, lysozyme
molecule keywords Vh Single-Domain Antibody
publication title Degenerate interfaces in antigen-antibody complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Camelus dromedarius
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jttL00
2GV0A 2W1YA 1ZMYL 3WVYA 1GBYA 1LSYA 1IWYA 1IWTA 1QDTA 4YOPA 1IO5A 4H91A 2I6ZA 3AZ7A 5LIOA 5APDA 5KXMA 2Z12A 1GDWA 2D6BA 4OW1A 1B7OA 3EO5A 2BQKA 1B7SA 4BADA 1JJ1A 1BB3A 4B49A 1CJ6A 1UACY 4J7VA 4ETEA 4H8YA 4DYGA 5KKJA 1BQLY 3WXTA 3EMSA 3EXDA 5LAFA 2CJLA 3J4GA 4II8A 4OWHA 2MEGA 5KXWA 1UIFA 3D3DA 1IOCA 1GE4A 1GFAA 1LZTA 4HP0A 4ML7A 1HFXA 4WM3A 1VFBC 2C8PA 2HEBA 5IHGA 1LSGA 1BB6A 1LMPA 1LHKA 1LCNA 4B0DA 1RFPA 4NGOA 3WUMA 4XN6A 1IOSA 4WM6A 4PRQA 3RU5A 2HEFA 1UICA 2I25L 5ILFA 1Z55A 1LZ9A 4NGLA 3LZ2A 4GN5C 4LYMA 4XADA 2Z37A 4NFVA 4HJYA 3F6ZA 2D4KA 3CB7A 1YROA 4DD9A 1UIEA 1LSZA 132LA 1GB0A 4ETAA 1CJ7A 3A91A 2X0AA 4GCFA 3WMKA 1IP2A 1WQQA 1B5ZA 3BKVA 2Z18A 4NHPA 4TTDA 3RNXA 3W6BA 4NSGA 2B5ZA 2YBNA 2ZIJA 4J1AA 4M4OA 1EQ5A 1LSPA 1IP7A 3QY4A 2BQNA 1FLYA 2Z38A 1DKKA 4QY9A 4OWAA 1BVKC 2BQDA 5KKIA 5E4PA 1B7RA 4RLNA 1IIZA 4HTQA 1OUGA 4WLTA 4C3WA 1LTMA 2BQJA 3OK0A 1CJ9A 1GEVA 4G4HA 4NGVA 1LJ4A 4C5FA 4H9IA 1GFVA 4G49A 4NGKA 1AZFA 5DN5A 4WLXA 4Z41A 1GFGA 3AW6A 1B5WA 1T6VL 1G7IC 1IR7A 1WTNA 3TMWA 5FHWA 2Y8PA 1C10A 1D0MA 1T3PA 5I5QA 1E8LA 3IWRA 3WPKA 1B9OA 2LZTA 4EMNA 4W96A 4XENA 5A3EA 1FKQA 1H87A 4NHTA 5LYZA 1TEWA 3LYTA 4LZTA 1GBWA 2FBBA 3LYMA 1INUA 2XBRA 4B4EA 1QSWA 4CJ2A 3CSRA 1GB5A 4N9RA 2HEEA 1HEQA 4PGJB 3VWOA 3P68A 5HMVA 2BQAA 1LZNA 2HECA 1LSBA 3J6KA 1NDMC 1YIKA 2XTHA 5LA8A 4CFOA 3W3EA 2LZ2A 4NHQA 1I56A 2W1XA 1OUEA 1GBOA 1GD6A 1LZGA 4HJZA 3BKHA 1F10A 2BQFA 1WTMA 5E9RA 1IP1A 3E3DA 1GB6A 1GF0A 4EOFA 3AZ4A 4NGYA 3ZEKA 1NDGC 1GF7A 1REMA 4ETBA 1D6PA 5FDJA 4GCBA 3WL2A 5KXXA 5L9JA 3WYHA 4WLYA 3ATNA 4WMGA 3CSZA 1XFPL 3RW8A 4LT3A 4PPOA 1RJCB 1I1ZA 5HMJA 1CKGA 1NHEA 3AZ5A 1QTEA 2BQCA 1LMOA 3B72A 1REXA 1QDRA 1XGQC 2CDSA 3TMXA 5APFA 1GFRA 4HPEA 1BGIA 4DT3A 5K7OA 1EQ4A 4WM2A 4LT0A 1LMTA 5LVKA 1WQPA 1BWIA 1LSMA 4TSCA 2F30A 3TXDA 4WOAA 1LHJA 2C8OA 1XGPC 1IWUA 1LSNA 1CKDA 2DQGY 4YEMA 1IWWA 1EQEA 1XGUC 3WXUA 2MECA 4NWEA 4NGIA 1VDTA 1W6ZA 5L3IA 1JKBA 1GFJA 1IC5Y 1JTTL 4H93A 4XYYA 1J1XY 3WU7A 2LYMA 1OQMA 4RW1A 208LA 2HU3A 1I20A 1JEFA 1OUJA 3WPJA 4D9ZA 1JJ3A 1LYYA 3A95A 2H9KA 5DN4A 5LVJA 1GDXA 194LA 2EIZC 4LT2A 1A4VA 1BHZA 4HPIA 4CHXA 1C46A 2MEAA 1J1PY 1LYOA 3D9AC 1QIOA 3IJVA 5AMYA 1CJ8A 1VEDA 4M6DA 5DM9A 4NWHA 1UIHA 1LAAA 4CGEA 5LYTA 4YF2A 1GFHA 1B7PA 3G3BB 4HTNA 1GPQC 1IOTA 1LJFA 4J0LA 4PHIA 1P2CC 4G9SA 1B2KA 1LPIA 3P4ZA 4HV2A 1JWRA 1W08A 1FLQA 3WVXA 1CKCA 1J1OY 1LZ4A 1QSAA 3AB6A 5EBHA 1MELL 3B0KA 1PZYA 3FE0A 4H9HA 1DKJA 1WQOA 4TWSA 3SP3A 4L41A 3TMVA 3WU9A 2ZYPA 6LYZA 1RCMA 5DLAA 1B5XA 3AGIA 1LHIA 1FDLY 3P65A 4N8ZA 1GHLA 3RT5X 1YAQA 1IC4Y 1RE2A 1GB8A 1LMNA 1OUHA 1OUFA 2H5ZA 1UA6Y 2BQMA 2DQJY 1AKIA 4H94A 5KXSA 1HHLA 2DQAA 5J7CA 1IWXA 4GN4A 1GE1A 2CWIA 2WARA 4DDBA 5KXLA 2DQCY 3T36A 2MEIA 1GF6A 4NSHA 3QNGA 4LYZA 1JISA 4WLDA 1KXXA 3W6DA 2MEEA 4WL6A 1D6QA 2FBDA 1ALCA 2BQHA 2DQIY 3W6EA 4B1AA 1IR8A 1UIDA 2NWDX 3AZ6A 1FN5A 1LJEA 2YBHA 2BLXA 1JIYA 5F16A 2DBTA 4WM4A 5APEA 1REZA 4XJDA 4NGJA 1IY4A 4BS7A 4ET8A 1WVUA 2LYZA 5LXWA 5FCPA 5KY1A 1GE2A 1GF8A 4LYOA 1AT6A 1YL1X 2F2NA 1REYA 3P64A 3FI7A 1DPWA 1LZCA 2G4QA 3CT5A 4NIJA 4H8ZA 3ATOA 1TBYA 4U3XB 3ZVQB 1LSFA 4LYTA 3N9EA 1XGTC 2YDGA 3P66A 4UWVA 1FLUA 3A93A 1BWJA 1ZV5L 3EBAB 3LYZA 4G4CA 4WG1A 3W6FA 2H9JA 2ZNXY 4N1CC 2Q0MX 1B7QA 1GB9A 4WM1A 4ETDA 1JUGA 5T3FA 1LZ8A 1JTPL 3WU8A 1HENA 3HBHA 3LZTA 1YKYX 3GXKA 4GCDA 4DWXA 4MSTA 4H9AA 4XJBA 1JSEA 1V7SA 5FSTA 1HF4A 2XBSA 1BB4A 2Z19A 1O23A 2EKSC 3W6AA 1JKDA 3RZ4A 1YKZX 2IFFY 1UIBA 3A6BY 1LMCA 3A8ZA 1QQYA 5KXKA 5KXNA 4QGZA 5B59A 5KXRA 5ILCA 3TXIA 2BPUA 2PC2A 4NHIA 1HMLA 3WW6A 5M1YA 1LJIA 5APCA 1B0DA 1RI8B 1ZVYB 2LHMA 1MLCE 1WVVA 3CSQA 1IWZA 4FDYA 2BQLA 4QEQA 2D91A 4NSIA 4R6CA 4ANRA 207LA 4ZEEA 1OUDA 1YANA 1GEZA 3MGWA 4OWCA 1LZ5A 2F4AA 3TXBA 1YAOA 3OJPA 3HBEX 1C08C 1C45A 1YAMA 3KAMA 4GN3A 4H9FA 5F81A 1HC0A 3GXRA 1LHHA 1FKVA 1YL0X 2A7DA 3TXJA 5I4WA 4WL7A 4GCEA 1HELA 193LA 3LHMA 1TAYA 1VDQA 1XEJA 2EPEA 3M3UA 2W1MA 1DI3A 4G4BA 1IP3A 1LZBA 3T6UA 1NBYC 5HNLA 4DDAA 1LJNA 1B5UA 1SLYA 1A2YC 3WUNA 1BB7A 1LMAA 3ZVQA 1QUSA 1HSWA 5F9UA 4YEOA 3WULA 1HEWA 3M18B 4O34A 4R0FA 2IHLA 1GF3A 4OWBA 4TX7A 4YENA 1B5VA 3W6CA 1LOZA 2HU1A 3A34A 4NHSA 4Z98A 5C6IA 2G4PA 1NQIA 1IOQA 5B1FA 2VB1A 3A3RX 1LZAA 1JKCA 4DD3A 1HERA 1JITA 1WQRA 4Z46A 1NWGA 4WG7A 5II3A 5D5CA 1LJJA 3WW5A 9LYZA 5KXZA 1DI5A 5KXYA 1G7JC 4AXTA 1CKFA 1BB5A 4XJFA 4FJRA 2ZWBA 1B7NA 3TXHA 2HEDA 5LINA 2BQGA 1UIAA 6LYTA 4ET9A 1BWHA 1UCOA 1BVXA 1GB7A 1YQVY 4NG1A 2DQEY 4H9BA 1QTKA 1JHLA 1GFEA 1NKHA 1AT5A 1OUCA 1YILA 5B07A 4QDNA 1HMKA 1IC7Y 4DD2A 1GF5A 1LZSA 2BQBA 1H6MA 2EQLA 4XJIA 4N5RA 1LSCA 4OOTA 4LGKA 1EL1A 3WH1A 2I26L 1LHLA 1HEPA 2D4IA 1GAYA 1G7HC 3LYOA 1V7TA 4H8XA 1LSDA 2ZQ3A 3HFMY 3K3TA 3N9CA 1HEOA 1D0KA 4OOOA 1SQ2L 1B7MA 1B7LA 1VATA 1LSEA 1HFZA 3A92A 2YBIA 4H1PA 3B6LA 3A94A 1XGRC 4WM5A 8LYZA 4BAFA 1UUZC 5FEKA 2BQEA 5LVIA 5IELA 3N9AA 4DD0A 2LYOA 1XSFA 5HLLA 3TXKA 1JJ0A 1LYSA 4GCCA 1OUAA 4I8SA 1XEIA 5I4YA 2F4GA 153LA 3A67Y 1IVMA 2BLYA 3B0OA 4IJ4A 1HFYA 4KT3A 1LJKA 4H92A 4WO9A 4DD1A 4N1EI 2XJWA 4KL7A 4P2EA 2Z39A 4DC4A 2DQHY 4I0CA 1OP9B 1LHMA 1TCYA 1AM7A 1GBXA 1LJ3A 1LYZA 1NF5A 2CGIA 2MEDA 5F9XA 4E3UA 1HEMA 2HEAA 1KIPC 4ZIXA 1JTOL 1GE0A 5B06A 1IP5A 1IR9A 4HTKA 4PRUA 1GE3A 1IY3A 2ZNWY 1IORA 1LSAA 5HNCA 1B5YA 5LYMA 1IP4A 4NG8A 1UBZA 4ETCA 1F6SA 1OUIA 2YSSC 5I54A 5LVGA 1F0WA 5F14A 2BQIA 154LA 2G4NA 4RW2A 1IP6A 3TXGA 4GLVA 4LYBA 5DL9A 4KPMA 1DI4A 2YBJA 4Z3MA 2Z2EA 3CT1A 3ULRA 3WPLA 4XJGA 5LA5A 1C43A 2DQFC 1VAUA 4PJ2C 5IDDA 1LZRA 1FBIX 1GF4A 1GB3A 2HUBA 1LZDA 4NSJA 1YKXX 4H9CA 3IJUA 1LKSA 4B4JA 1LKRA 4A7DA 4NGZA 4ZFPA 3A3QA 3TMUA 1DPXA 134LA 4RDSA 1UC0A 1LJHA 1HNLA 3A90A 1CNSA 1UIGA 1GFKA 4LT1A 1DZBX 1GF9A 2Z2FA 1N4FA 1DQJC 5A3ZA 3AYQA 5C6LA 3CT0A 4H9EA 1D9UA 4IASA 4NY5A 2YBLA 3AGHA 1D0LA 2ZILA 4CFPA 1LZ1A 1DXJA 4NGWA 2D4JA 1GAZA 2ZQ4A 133LA 2A7FA 2W1LA 4IATA 4XJHA 1TDYA 4YM8A 5I4XA 4X3BA 5LVHA 5JENB 1YAPA 1GWDA 2MEFA 4AGAA 4GLAA 4LYCA 4NEBA 5I53A 3LN2A 4HJVA 2BAAA 3CQLA 4BAPA 2BQOA 2N5ZA 5KXPA 4H90A 4UWUA 2MEBA 3AGGG 2YVBA 1GXV2 3A96A 4W94A 4DD7A 1OUBA 4UWNA 2ZYCA 7LYZA 5B1GA 1JKAA 1KXYA 4LFPA 1WQMA 2DQDY 1KIRC 1KXWA 1NBZC 1HSXA 2FYDA 4J1BA 1CKHA 1PS5A 135LA 4HV1A 4N0JA 3TXFA 5KXOA 3HBDA 4DDCA 1FLWA 5B05A 1G7LC 2MEHA 1LZEA 1ZVHL 4TSBA 5C6JA 1C7PA 3WUAA 1GFUA 1VDPA 2RSCA 1JSFA 1GXXA 3AW7A 5LAGA 4MR1A 1JPOA 3AJNA 3B0IA 1QUTA 5KJ9A 1IX0A 1IEEA 1LMQA 5FELA 2ZIKA 1IWVA 3TXEA 4TUNA 5KXTA 2HTXA 4RLMA 1F6RA 1GFTA 2DKVA 1GBSA 1G7MC 1GBZA 2AUBA 4HSFA 4WO6A 3G3AB 3QE8A 5D5FA 4B4IA 2FYCA 4KXIA 1NMMA 1LZYA 4OWEA 5HQ1A 4LFXA 1KIQC 1XEKA 2YBMA 4MCKA 1VDSA 5L3HA 3A6CY 1LZ6A 1LJGA 1GB2A 1WQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GV0A 3WVYA 1GBYA 1QDTA 3AZ7A 3DN2A 1JJ1A 1BB3A 4B49A 1CJ6A 4ETEA 4II8A 1UIFA 4HP0A 1GFAA 1HFXA 4PRQA 3DN1A 3RUNA 138LA 1LZ9A 1L58A 2RBPA 3CB7A 1YROA 132LA 1LSZA 2X0AA 2O4WA 3BKVA 1SSYA 2YBNA 225LA 3QY4A 216LA 4QY9A 4RLNA 1IIZA 2RBOA 1OUGA 1QTCA 1LTMA 240LA 3OK0A 1CJ9A 1GEVA 1OVHA 1GFVA 2B6XA 5DN5A 1AZFA 4WLXA 192LA 1G7IC 3DN8A 5I5QA 122LA 3IWRA 2LZTA 4NHTA 246LA 1L66A 3LYTA 1DYCA 4LDLA 219LA 113LA 141LA 3P68A 1D3JA 1LZNA 1OVKA 1LSBA 2HECA 3J6KA 3NY8A 5LA8A 4NHQA 251LA 2W1XA 176LA 2BQFA 5E9RA 3AZ4A 3ZEKA 233LA 1REMA 1L48A 5FDJA 2OU9A 4WLYA 4WMGA 1XFPL 4PPOA 1RJCB 129LA 1I1ZA 1QTDA 1NHEA 4PJZA 1QTEA 2BQCA 1LMOA 1REXA 1L91A 1LYGA 119LA 5APFA 1L16A 1EQ4A 1DYDA 1L69A 3G3VA 2F30A 2C8OA 1EQEA 1WTHA 118LA 2MECA 5L3IA 137LA 1P64A 4RW1A 201LA 2HU3A 1OUJA 3ODUA 5LVJA 1GDXA 2B7XA 1C46A 2MEAA 213LA 3D9AC 1QIOA 5AMYA 1QUHA 1LAAA 1GFHA 1IOTA 140LA 4PHIA 1JWRA 2RBQA 1CKCA 224LA 1LZ4A 244LA 5EBHA 3FE0A 3SP3A 1PZYA 4TWSA 1LGWA 1NHBA 3G3XA 3P65A 1LMNA 1OUHA 1OUFA 4ARQB 157LA 1L50A 1UA6Y 2BQMA 1AKIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2GV0 A;  2W1Y A;  1ZMY L;  3WVY A;  1GBY A;  1LSY A;  1IWY A;  1IWT A;  1QDT A;  4YOP A;  1IO5 A;  4H91 A;  2I6Z A;  3AZ7 A;  5LIO A;  5APD A;  5KXM A;  2Z12 A;  1GDW A;  2D6B A;  4OW1 A;  1B7O A;  3EO5 A;  2BQK A;  1B7S A;  4BAD A;  1JJ1 A;  1BB3 A;  4B49 A;  1CJ6 A;  1UAC Y;  4J7V A;  4ETE A;  4H8Y A;  4DYG A;  5KKJ A;  1BQL Y;  3WXT A;  3EMS A;  3EXD A;  5LAF A;  2CJL A;  3J4G A;  4II8 A;  4OWH A;  2MEG A;  5KXW A;  1UIF A;  3D3D A;  1IOC A;  1GE4 A;  1GFA A;  1LZT A;  4HP0 A;  4ML7 A;  1HFX A;  4WM3 A;  1VFB C;  2C8P A;  2HEB A;  5IHG A;  1LSG A;  1BB6 A;  1LMP A;  1LHK A;  1LCN A;  4B0D A;  1RFP A;  4NGO A;  3WUM A;  4XN6 A;  1IOS A;  4WM6 A;  4PRQ A;  3RU5 A;  2HEF A;  1UIC A;  2I25 L;  5ILF A;  1Z55 A;  1LZ9 A;  4NGL A;  3LZ2 A;  4GN5 C;  4LYM A;  4XAD A;  2Z37 A;  4NFV A;  4HJY A;  3F6Z A;  2D4K A;  3CB7 A;  1YRO A;  4DD9 A;  1UIE A;  1LSZ A;  132L A;  1GB0 A;  4ETA A;  1CJ7 A;  3A91 A;  2X0A A;  4GCF A;  3WMK A;  1IP2 A;  1WQQ A;  1B5Z A;  3BKV A;  2Z18 A;  4NHP A;  4TTD A;  3RNX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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