1JVXA

Maltodextrin-binding protein variant d207c/a301gs/p316c cross-linked in crystal
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNACTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGGSVALKSYEEELAKDCRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystine: Fibrous Biomolecular Material from Protein Crystals Cross-linked in a Specific Geometry
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords maltodextrin-binding protein
total genus 116
structure length 371
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvxA01
1AL3A 1MY0A 1Y4TA 1PC3A 4KPTA 1OQGA 3IJOB 4LQ5A 4ZZAA 2DE4A 3KJ7A 5I56B 4GD5A 3TTNA 2X7PA 2I3VA 2M8CA 2O1MA 4OVJA 1O63A 2H5YA 3EQ1A 4O3BA 3VXCA 3TKDA 3C4MA 3C31A 3OD7A 5FHOA 4GRKA 5EHSA 3USDA 2I0BA 3JV9A 3SEYA 3Q28A 1P1WA 4QFOA 2FA7A 5AA1A 4NF4A 2REGA 4X9TA 4EDPA 3CG1A 3H6WA 4IB2A 3PD8A 1FW0A 1VE4A 2Y7KA 4GVOA 1SVXB 5TP9A 4BDRA 1YCJA 5I2KA 4G68B 3V5AA 1N84A 4G77A 3IOVA 2RCAA 5HBCA 4O3AA 3IOUA 4HCYA 1URDA 3IK6B 2XX9A 5ICTA 5TU0A 4QHQA 1LFHA 3MUQA 3GBAA 1SW1A 4HS7A 1L5TA 2Y7PA 3OSQA 4P11A 4LP2B 1LAFE 3TZAA 3I5OA 3UORA 1US5A 2XXYA 1IXIA 3SERA 2GH9A 3A09A 4F18A 4PFWA 2XXUA 2WKYA 3KSXA 1JW5A 5ISUA 4L17A 2B65A 1RYXA 3OO6A 2DYXA 2XXVA 2O69A 3HO7A 3A3UA 1LFIA 4R2BA 4YB7A 4NF5A 4OMBA 3HCQA 1OLCA 1A99A 4OHNA 2YLNA 5AA3A 1MDP1 2OK2A 4KQPA 1N04A 2F7AA 4U4SA 4MF3A 5HPQA 4H5GA 1TXFA 2PMSA 3ECRA 3D4GA 4GOTA 1B5IA 3SESA 1GR2A 2P0SA 1AMFA 1UIUA 1R9LA 5TPAB 4JXIA 5CC2A 2XXTA 2YPNA 3VE1B 2XXPA 3PPRA 3CIJA 1OIBA 4AQ4A 1I69A 3KOTA 1BLFA 3R6UA 3LSXA 2ZYNA 2A5TA 3QAXA 1N7XA 4FECA 1MS7A 1PBQA 4F31B 2PVUA 3HHFA 2ABHA 4U1OA 4FAJA 3MWBA 3QUJA 1LB8A 1QJMA 4C0RA 2GRVA 1ZIUA 1TFAA 2DVCA 4UACA 3MJNA 4ND9A 1DOTA 2Q9TA 4KHZE 1LBCA 4ZE8A 1XT8A 1SQYA 3G7WA 3T9VA 3MAMA 2Z8FA 2O6AA 4RK9A 5H8HB 2AL5A 2I0CA 4XXUA 4GL8A 4ELOA 3LUYA 1FTOA 1IZ1A 5I59B 2ANJA 2ONSA 3VXBA 4BDLA 3MVYA 1LFGA 1PB8A 2UVJA 1OVTA 4ESWA 4DXUA 1JNFA 2W7YA 4P0IA 3U72A 5JEIA 4F2OA 4E0XA 1OQHA 1QUKA 4GIZA 1XOCA 2O51A 4H65A 4OETA 5CMCA 1EZPA 3U94A 4GQOA 1JW1A 4H8IA 2I3WA 2ZYMA 2NVUB 5EYFA 3H4ZA 1B0HA 3FJGA 1FQBA 1YAEA 1NL5A 3LSLA 3DM0A 1B2HA 4PFTA 3G3GA 3JYRA 3PD9A 1DMBA 3FGSA 3T93B 4GFRA 3M3FA 2DWJA 4RY1A 4JSOA 4JB7A 2IA4A 1B3GA 5M2VA 5ELVA 3B6TA 2F78A 4HW8A 3T9HB 1B3HA 1XVXA 4NF4B 1US4A 4PETA 3V89B 3TAJA 4DZ1A 4MBPA 1B0LA 4G4PA 2Q8JA 2THIA 5BWJA 1RYOA 5TP9B 1LAGE 4KD5A 2DWAA 2R9JA 2ZXTA 3ILUB 1B40A 2O84X 5I2KB 3FVKA 1IXCA 4KYEA 4ESXA 2RC8A 3K00A 3BFUA 2F36A 3C9HA 3FD3A 1A40A 1HSJA 1LBBA 2OBGA 3K6VA 3K1PA 4PFUA 1F9BA 4AB5A 3LC8A 3T66A 3IB0A 4R74A 1QUIA 2VP1A 4R9GA 3VDFA 1SBPA 1JVYA 4U22A 2QS3A 4RPNA 1ATGA 3W9VA 5DVFA 4OXVA 2F34A 4F22A 1IIWA 3IL1B 4EF2A 2O1LA 5H8SA 5JTYA 3KBRA 4FEBA 3PUZE 3TMGA 2I4CA 3OMBA 3QUFA 5KDTA 5DVIA 4NF8A 5L9OA 2OWSA 3QYTA 4EQ7A 4NF5B 4WXJA 4G8NA 1NNPA 4U21A 4F2QA 3O6IA 4XKPA 2ZNUA 4C1TA 3B6WA 1PB7A 1I6BA 2P1SA 2I48A 1JW4A 2VGQA 1SYHA 4Q0CA 1TWYA 4IGTA 3FVGA 2GFEA 1B7HA 3AXFA 4I9DA 3IAZA 2QS1A 2HXWA 2F35A 3PUXE 3BBRA 4KFQA 3U8QA 1DTGA 4ZE9A 4MFIA 4G8MA 3SEWA 4LZ7A 2A5TB 5I84A 4PP0A 5I59A 1USYE 3S2VA 4ISUA 1P1OA 1QUJA 4H0WA 2XXRA 3KFMA 1KWHA 4DXCA 4ZEBA 3EPEA 2I49A 1SYIA 3KJTA 2XD2A 1R6ZA 4H6DA 3H06B 1B4ZA 2Q2CA 1GGGA 3QXMA 4QFPA 5I2NA 3N6TA 3DP8A 4BLAA 2QJEA 1CB6A 3MQ9A 3FV1A 3CSBA 3TODA 1JEUA 3G3HA 3MVWA 1QKAA 2H98A 3Q29A 4Z7EA 1A7LA 3HHGA 2QRYA 3KN8A 4YB5A 4R6KA 3CVGA 1EU8A 4OFOA 4YKKA 2F6GA 3WAEA 1AOVA 3MVZA 3S4UA 3E13X 4F3BA 4IO5A 4OEVA 3MPKA 3ONMA 1HSLA 3F11A 4XIGQ 5L8DA 3K6XA 2RCBA 1Z7ME 2XXXA 4AB6A 2NXOA 2XXHA 1ZU0A 1QKBA 1GV8A 3TPAA 5BUUA 4H67A 1S7YA 3THIA 5AA4A 1JQFA 1N76A 4ONYA 4XKRA 3HPIA 4U23A 3QSLA 5FHMA 5HM4B 5EHMA 2XD3A 4R6HA 1ZMGA 1SI0A 3EF7A 3O97A 2HAUA 3T9XB 2F8DA 4YU0A 3RGYA 1XVYA 2VD3A 4ZEIA 3ODBA 4R9FA 2IEEA 3OXNA 4QRZA 4HCWA 3DLNA 2UXAA 3A3CA 5KCJB 4Q30B 4DXBA 1Q1KA 2ZNTA 4KR5A 4LA9A 1POY1 5AA2D 1AH5A 1PDAA 4KCCA 1IQ7A 3U92A 2ZYKA 4OEUA 4ZEKA 3PUYE 2Z8DA 5AE4A 3RLFE 3TCFA 4X1BA 1TT1A 1OLAA 2ALUA 1Y1ZA 1B05A 3S9MC 2ESNA 3C34A 3M8UA 4U1ZA 1FTKA 1QULA 5CMBA 1MQHA 1B3LA 1SW2A 3KG2A 1MM6A 1NNFA 2Z8EA 3K1NA 3I6VA 3U1OA 4R72A 3C36A 4DCYA 1GTKA 3IOWA 1MXXA 1M5CA 3MP8A 5JTYB 1Y4CA 3V8XB 2PBWA 3RNNA 1MRPA 1DPEA 1P1QA 2H99A 1FQFA 1MM7A 5KDTB 4NF8B 1VFDA 2QMXA 2D21A 3T9UA 4TQUQ 1B5JA 2DQVA 3VFJA 1ZTYA 3KGCA 2KLFA 4F3SA 3MC2A 4IGRA 1S9TA 1R1NA 4MH5A 1Y20A 3I3VA 3H7MA 1DSNA 1VFEA 1MXYA 2DVZA 3K2DA 3PPOA 4R2FA 1B7UA 1M5BA 4RA1A 1NH8A 4WEPA 3IORA 1JETA 4QSDA 4PE5B 3TTRA 1VR5A 4JBZA 1N3XA 4EQ9A 3ZKLA 4R73A 3RTFB 3VVFA 2V3QA 3TCHA 2RC7A 1B1HA 1UTBA 2O7UA 1URSA 3ZSFA 3CR9A 5L9MA 2G29A 1J1NA 3UK4A 3OENA 1I6QA 3LBSA 3MZ1A 1NNTA 3FZVA 4IO4A 4PFYA 4Z0IA 5LOMA 1D9YA 5I2NB 3UIFA 3FVNA 4G2ZA 1Y3NA 4IO3A 3VLWA 4ECFA 3LSWA 2DOJA 3RT6B 3O6HA 3MPLA 1WVJA 1SW5A 4PQJA 5CI5A 4IY6A 4LONB 4RJZA 3E4RA 3IB2A 4LUBA 3CFZA 4IO6A 3MVXA 4TOZA 4ZDMA 2AL4A 1NMUA 2OZZA 3S9EA 3QIMA 3RPWA 4NF6A 4QSCA 4M4GA 4K3FA 1SW4A 1UTHB 2OJTA 2Y7RA 2CMOA 3IX1A 3CRBA 1BIYA 3IOTA 1DTZA 1LGBC 4F1VA 1D9VA 4NWDA 3K1MA 5KCJA 3TTMA 2D3IA 3UN6A 4NMYA 1B5HA 2LAOA 2O7IA 3K01A 3KN3A 1LB9A 1A55A 2V84A 4I1DA 1IEJA 4WEDA 5AA4B 1MQDA 1WODA 2P2AA 3H03A 4I8CA 4XKNA 3FVOA 2H25A 4U2RA 3VLVA 1HSEA 3OO9A 3B6QA 1ZJLA 4DIGA 3G3IA 1A8EA 2F7CA 2PX1A 4ZZEA 4IO2A 1GVCA 1I6AA 4F29A 1P99A 4MLVA 1B52A 4R6YA 5H8QA 2GHBA 5AA2A 1P1UA 3VVDA 2H9BA 4QSEA 3IO4A 3H6TA 2UVHA 4RNSA 1XS5A 2F5XA 4POWA 1B1XA 4OENA 3FATA 3VLUA 1B58A 3B7DA 1NFTA 3DELB 2OCUA 2ZYOA 1MH4A 3UA8A 5CRYA 4YMAA 1DPPA 4ZECA 4F39A 1H45A 2UYFA 2V3UA 4DLDA 2RINA 3EN3A 5H8NA 4TLMB 1D4NA 4M1VA 3G3KA 1Y9UA 4F3GA 2QMWA 4QFNA 4EXLA 3IJXB 3ZS6A 1TFDA 2DE3A 4FEDA 3FJ7A 3MZ9A 4YAHX 4P0GA 2ONKE 3PUVE 2V3TA 1MG1A 4ZEDA 4MLQA 1EH3A 1LAHE 4ZEFA 3FUZA 3OSRA 3TEPA 4DE8A 3S9LC 1QW0A 3MP6A 4DDDA 4XTCQ 2E0SA 4H8JA 1FTLA 1II5A 4C1UA 4JWOA 2BJJX 2R71A 1ELJA 3FIRA 1Y3QA 2V93A 1MPDA 2PT1A 4WKMA 4EXKA 4E0WA 2VD2A 3PU5A 3CI8A 1AIVA 3QK6A 2CZLA 5KZTA 1B9JA 4POXA 3W15C 4GXAA 1FQDA 3RQTA 1LAXA 4OZ9A 4U4XA 4XKQA 3SETA 4BDMA 2PT2A 4LQ2A 3E3KA 4QF9A 2DWHA 3JZJA 1IXGA 4ZS9A 2Q88A 2RF1A 3L6HA 1SD3A 3OELA 1UTBB 3BKIB 3TYHA 2X7QA 5J1DA 3KSJA 4GXSB 2XXIA 4OESA 1B4HA 3O6GA 1FTJA 1UTHA 2DSFA 4Q5TA 4JWYA 3UGWA 2NUVA 1MQGA 1M5DA 3V83A 3HSTA 4LZ8A 5B7DA 1YPNA 4Q8RA 3MBPA 2R6GE 1MY1A 3M3LA 4OQOA 4X1DA 1D3KA 1RKMA 1USYH 3FXQA 5ITOA 3N26A 4GWOA 1BKAA 4OYVA 4YKJA 3GBBA 1JVXA 2Y7IA 3R26A 1MPCA 5ICQA 3N6UA 2FYIA 3U93A 1H43A 3FV2A 4NF6B 4FE8A 1B3EA 4JWXA 4X48A 2AIXA 3ILTB 4NE4A 4KCDA 3TUSA 2OLBA 2QSXA 3C35A 5A5XA 3H3GA 1MY3A 3K6WA 3KEIA 2ZNSA 5F1QA 4F1YA 4YZZA 3TQWA 2VOZA 4IY5A 1CE2A 2HEUA 3MP1A 3N94A 2DXRA 1T0KA 2GHAA 1N0TA 1Q35A 2XXQA 2HFBA 3TELA 4YB6A 1MH3A 2UYEA 3TQLA 1MXVA 2XX8A 3C32A 2I4BA 5DT6A 1EZOA 1R9QA 4H5FA 3HV1A 1MXWA 2DS9A 4BDOA 4UA8A 5H8FA 3SEVA 4FORA 5H8QB 5AA2B 5FTIA 3PMWA 4G68C 3WAFA 3D4CA 3GXAA 1PBPA 3CSGA 1NNKA 1B6HA 2ONRA 1VSOA 3CFLA 2RC9A 3O66A 2DWIA 3S9NC 4IO7A 4EF1A 3RTWB 3BFTA 3O28A 3OEKA 4I62A 2RKMA 1H44A 1Y3PA 4R75A 3IR1A 5H8NB 4O3CA 3T22A 1MY4A 3TFLA 3IO6A 2V25A 3GLBA 1MXZA 1Z7NE 3VVEA 3K02A 1XHYA 1XC1A 3VV5A 5F7VA 1YTVA 1MY2A 2A5SA 3PMXA 4H1XA 1M5FA 5DYHA 4RK2A 1EZ9A 1UQWA 4F3PA 1PEBA 1LSTA 5DEXA 4RXLA 3PV0E 3O29A 2QS2A 4FATA 5I58A 2Q2AA 4F19A 3K4UA 4RYAA 3G3JA 4GLIA 3PPQA 4JSDA 1O64A 4LATA 3FXRA 3IB1A 3H6UA 1LCTA 1FCKA 3W9WA 5K2XA 3LR1A 4OWDA 2UVIA 1MQJA 5I56A 3O9PA 1B3FA 4OFJA 3PUWE 4F1UA 3HN0A 3MW0A 3N5LA 3T96B 4BDQA 1O7TA 2ZMBA 1B46A 5I57B 3GZGA 1ZLQA 1H3DA 2Y7WA 2HCAA 2XXWA 3PPPA 1FQEA 4NTLA 2YJPA 1M5EA 3CG3A 3E9XA 4N6PA 1WDNA 4G68A 3DP6A 3RUMA 2DE2A 3EHUA 1A54A 4NEDA 2Z23A 5CMKA 2B3FA 1OVBA 3OO7A 4HTGA 1Y1MA 1BTJA 2QS4A 3PPNA 4DCXA 3CFXA 2G93A 1BP5A 3PGFA 3EHTA 4LVQA 3RY3A 5ITPA 1NH7A 3DP4A 3H6VA 4LZ5A 5FTHA 2QPQA 1B32A 4OERA 2F6PA 5CBRA 2E1SA 4EUOA 4ELPA 1A8FA 5K2YA 3KN7A 2FNCA 3TTLA 1QVSA 1MXUA 1NKXA 3TCGA 2HAVA 3PMVA 3TDJA 3SEUA 4FJPA 2H4IA 3KZGA 3K6UA 2XHDA 5CMMA 3G3FA 4OTEA 1ZKBA 2HZKA 3MZBA 4THIA 5A5XB 4YMBA 4JDFA 3TTKA 1UIVA 1SDXA 1OMPA 1ANFA 1URGA 3KOSA 1IUDA 4TLLB 4KI0E 3OO8A 1LLSA 1MQIA 4NWCA 3RT8A 5DVJA 5IKBA 2UVGA 3UP9A 3Q25A 2REJA 1POTA 2NWJA 2NOOA 3LSFB 4KYDA 2I6EA 2F97A 4N07A 2F7BA 5TPAA 3RN8A 2Y84A 2QL3A 4ELQA 4FIMA 2DXYA 3O2AA 3SDFA 4YICA 1FQCA 5FHNA 2XX7A 3C33A 1H76A 4OFLA 4GF8A 2HQ0A 1B51A 1B7ZA 3R7XA 5H8FB 1IITA 1MDQA 3OOAA 1PB9A 3FJMA 1N7WA 4QFKA 1JEVA 3K0VA 4YKPA 3OEMA 3Q27A 4N13A 2DP8A 3ZKKA 4RPOA 3SEXA 2AYSA 2PYYA 2O68A 2HZLA 4YKIA 3FASA 2B3BA 2X26A 4KYSA 5CBSA 5JK4A 5H8HA 4QFLA 5CM6A 5L9SA 4GL0A 4BDNA 4ELRA 2VHAA 1IXHA 1MPBA 4G8HA 3SKPA 1SI1A 1P1NA 1LCFA 3Q26A 2I58A 4EQBA 1N3WA 3EHSA 3M3KA 5DTBA 5DEXB 1FTMA 3L6GA 3FXUA 5I57A 1S50A 2OWTA 2Z22A 5B70A 2Q89A 2D5WA 1ZBMA 5I58B 3P7IA 1FQAA 5IAIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NUWA 1AL3A 1G0HA 3B50A 1MY0A 4GWZA 1Y4TA 1PC3A 4N8YA 4KPTA 1OQGA 3IJOB 4LQ5A 4ZZAA 3B8BA 2DE4A 3KJ7A 5I56B 2ZZXA 1LBYA 4PE3A 4GD5A 3TTNA 2X7PA 2I3VA 2M8CA 3LV0A 2O1MA 4OVJA 1O63A 4AS5A 5ET6A 2H5YA 3EQ1A 4O3BA 3VXCA 3TKDA 3C4MA 3C31A 3OD7A 2B4LA 5FHOA 4GRKA 5EHSA 3USDA 2I0BA 3JV9A 3SEYA 3Q28A 1P1WA 4QFOA 2FA7A 5AA1A 4NF4A 2REGA 4X9TA 4EDPA 3CG1A 3H6WA 4IB2A 3PD8A 1FW0A 1DCUA 2PCRA 2XWIA 1VE4A 4JVIA 2Y7KA 4GVOA 1SVXB 5TP9A 4BDRA 1YCJA 5I2KA 4G68B 3V5AA 4HE1A 1N84A 4G77A 3IOVA 2RCAA 5HBCA 4O3AA 3IOUA 1FSAA 2HHMA 4HCYA 4P1EA 1URDA 3IK6B 2XX9A 5ICTA 5TU0A 4QHQA 5EQ8A 1LFHA 3MUQA 3GBAA 1SW1A 4HS7A 1L5TA 2Y7PA 3OSQA 3HFUA 4P11A 4NX1A 4LP2B 1LAFE 3QMFA 3TZAA 3I5OA 3UORA 1US5A 2XXYA 4N4UA 2CZHA 1IXIA 3SERA 2GH9A 3A09A 4F18A 4PFWA 2XXUA 2WKYA 3KSXA 1JW5A 5ISUA 4L17A 2B65A 1RYXA 3OO6A 2DYXA 4P3LA 2XXVA 2O69A 3HO7A 4MCOA 3A3UA 1LFIA 4R2BA 4YB7A 4X8RA 2HXRA 4NF5A 4OMBA 3HCQA 1OLCA 1A99A 4OHNA 2YLNA 5AA3A 1MDP1 2OK2A 4KQPA 1N04A 2F7AA 4U4SA 4MF3A 5HPQA 4H5GA 1TXFA 2PMSA 3E78A 2DDKA 3ECRA 3D4GA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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