1JVXA

Maltodextrin-binding protein variant d207c/a301gs/p316c cross-linked in crystal
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNACTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGGSVALKSYEEELAKDCRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystine: Fibrous Biomolecular Material from Protein Crystals Cross-linked in a Specific Geometry
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
molecule keywords maltodextrin-binding protein
total genus 116
structure length 371
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvxA01
4H0WA 3LUYA 4R73A 2QS4A 1MPCA 5JTYB 1LCFA 2LAOA 3T9HB 4X1DA 4ESXA 1MQGA 2Z8FA 3KFMA 3PU5A 3PUZE 4G77A 4IB2A 4F2OA 3OSQA 3SEXA 5A5XA 2G29A 4C0RA 4C1UA 1AMFA 1ZU0A 4IGRA 4WKMA 1B3EA 1FW0A 1MQIA 1NNPA 3QIMA 5FHMA 5B7DA 2QS3A 4O3BA 1MS7A 2XX8A 3LBSA 3VXBA 4F1YA 4JXIA 4F18A 3MP6A 4OTEA 4YU0A 1JEVA 1SI0A 4GQOA 3VVDA 1RYXA 3E9XA 4GXAA 1SBPA 3FJMA 4RYAA 4AB5A 2YLNA 1B1XA 3IO6A 3VDFA 4HW8A 1I69A 1VE4A 2B65A 2AIXA 2ESNA 3KN3A 3FATA 4QFOA 3EHTA 4U1ZA 1L5TA 1LAXA 4ZECA 2QMXA 4F39A 3G3HA 1WDNA 2UVGA 3G3FA 4OFOA 4F29A 5TU0A 4LONB 1QKBA 4F31B 1N0TA 4OEVA 3KZGA 4ZE8A 3THIA 3VLWA 3D4GA 1PBQA 2HXWA 2OLBA 5I56B 1KWHA 4I62A 1SYHA 5ELVA 4MBPA 3QUJA 3LR1A 3H7MA 4U4SA 1ELJA 1RKMA 1FQAA 1D4NA 4QF9A 1A54A 2X26A 3RY3A 5J1DA 1SD3A 3C4MA 3GZGA 4M4GA 1MH4A 4YB6A 1JW4A 2ZNUA 4I9DA 5TP9A 4DXCA 1JVXA 3OO9A 3CR9A 3T9VA 4YICA 3N94A 2VD3A 3KOSA 4LZ8A 1JW1A 1Z7ME 3TTKA 1B4ZA 4G4PA 1XVYA 3OD7A 3TQWA 3IJOB 4H8JA 1MXVA 4RK2A 3R26A 3UIFA 4DCYA 4KPTA 3A09A 1A7LA 1IITA 3PUYE 4JDFA 1OMPA 2XXYA 1R9LA 3C9HA 2Z22A 3PUVE 2I48A 5AA2D 3TUSA 3BFTA 4ELOA 2BJJX 2DWJA 4P0IA 2H25A 3KBRA 4YB5A 4XIGQ 3TCHA 1B51A 4WXJA 5H8FA 3Q27A 4F3GA 2PVUA 3O28A 1B7UA 1D9VA 4NF8B 2QS2A 1SW1A 4N6PA 4NF8A 4U21A 2F6PA 4FIMA 3O97A 3ZS6A 1UTHA 3ILUB 3OMBA 4IO5A 2PMSA 2XD3A 2F7AA 4JWYA 1B5HA 4NMYA 5H8HA 3G3IA 4Q8RA 5AE4A 1PC3A 1Y9UA 4U1OA 3SEYA 3MVWA 2XXWA 4F3SA 1B4HA 4R2FA 4F2QA 1GR2A 1GGGA 2V3TA 1EZ9A 2W7YA 4R72A 1IZ1A 1B1HA 2F5XA 4YKJA 1QUKA 5H8NB 3IORA 2Y7KA 5I57B 2H9BA 3MJNA 1FQCA 1LFGA 1MXZA 5I2KB 1DPPA 3IB0A 4ELQA 4QFPA 4XTCQ 4NF6B 3UGWA 1EU8A 1F9BA 4PFWA 4R6HA 1N3WA 2ZMBA 4DCXA 5CM6A 3K6VA 2XXPA 4RJZA 5I2NB 1IUDA 1URGA 4KR5A 2ANJA 2DE3A 1ZTYA 3OO8A 3H03A 1FTMA 2R6GE 4GRKA 1MG1A 1H43A 3TCFA 5CC2A 4JSDA 4OYVA 4WEPA 3RN8A 3HO7A 1B3GA 2B3FA 4JWXA 1B9JA 2PX1A 3WAEA 4R6YA 1LFHA 3MW0A 5I59B 1R6ZA 4TLLB 3PMVA 2UVIA 1JETA 4IY5A 4NF5A 1IXIA 2F36A 2I58A 3C34A 2UVHA 5EHMA 1A40A 3SETA 4IY6A 5KCJB 1O7TA 4QSEA 3FGSA 3IK6B 4JB7A 2HQ0A 2CZLA 3KN7A 2OBGA 1Y4TA 3DP8A 3OOAA 3TMGA 3U72A 2Z23A 4KCCA 2ZNSA 3U92A 4U2RA 3TFLA 3UK4A 1FQBA 4RA1A 1VSOA 1B5JA 3GXAA 5HPQA 3EHSA 1ATGA 2HAVA 1PB8A 4GVOA 1MXUA 1PEBA 2OCUA 2UYEA 1MXWA 2QRYA 4IGTA 4LQ5A 5AA1A 1XOCA 3T22A 4ECFA 5ITOA 4HTGA 2DWIA 3TKDA 3CI8A 4N13A 2ZYMA 1MY2A 3M3KA 1A55A 3MPLA 3RQTA 4BLAA 4ZEBA 1OVBA 2F34A 2A5SA 3MC2A 2PT2A 4ND9A 5H8HB 4FAJA 3S9NC 1BIYA 1B3FA 2FA7A 2V3QA 1S50A 4QSDA 2HEUA 3PUWE 3GBBA 2DXRA 1Y3NA 4H8IA 1H76A 4RXLA 3R7XA 1DTZA 3SDFA 3U8QA 3W9VA 4QFNA 3T93B 3IOUA 5AA4B 2DS9A 2HZKA 5KDTA 3OENA 2H99A 2ZXTA 3H4ZA 2VD2A 1LBCA 3G3KA 5BUUA 5K2YA 1ZKBA 4EQ9A 2QS1A 3I5OA 3K6UA 3USDA 2IEEA 1QUJA 5LOMA 5H8QA 1LB9A 4LA9A 5I56A 3D4CA 3G7WA 1II5A 2NUVA 4G8HA 4GL0A 2NXOA 4LUBA 4UACA 1M5CA 2P2AA 5L9SA 1ZMGA 3C33A 1XT8A 3O2AA 2CMOA 2HFBA 2ZYOA 1Q1KA 3DLNA 5AA3A 3T9XB 3K1NA 2I0CA 5TP9B 1XHYA 4DZ1A 4PE5B 4ZE9A 1NH7A 4UA8A 4LZ7A 4H6DA 3HCQA 3RTFB 1EH3A 3HPIA 3S9MC 3V89B 2F6GA 4BDQA 2XXUA 1UQWA 1FTJA 5TPAB 3TTMA 3KN8A 1RYOA 5KZTA 1GV8A 3CG1A 2DVZA 1Y4CA 3FXUA 3FXRA 1JNFA 4Q30B 3MQ9A 2XXQA 1S7YA 4GXSB 3CVGA 5F1QA 1TT1A 3FJGA 4ZEDA 1H3DA 3V5AA 1QVSA 4G8MA 5H8FB 4HS7A 4LZ5A 1ZIUA 2A5TB 5DVJA 2I4CA 2RINA 4RY1A 5FTHA 4DE8A 4IO6A 1S9TA 3OELA 1FCKA 1UTBA 1Y1ZA 2H4IA 2XD2A 2RC8A 5FHNA 4Z0IA 1I6QA 2RC7A 5CI5A 2ZYNA 4OENA 2PYYA 3O9PA 4EXLA 4GWOA 4EF1A 3QAXA 3IL1B 1VFDA 2RC9A 1B05A 1URSA 4BDNA 2XXTA 4ZZAA 4N07A 2YJPA 1DTGA 2O6AA 3RLFE 4F1VA 5ISUA 4EQBA 1MY4A 3FIRA 2VGQA 2DOJA 3I6VA 1JVYA 2F7BA 3IX1A 3MBPA 3MP1A 4RPOA 2H98A 1MPBA 3CFZA 4YB7A 3N5LA 2Q88A 3FVGA 3I3VA 1MY0A 3TTRA 1A99A 3TPAA 4R74A 3PUXE 1PBPA 3LSWA 1LB8A 1XS5A 1P1QA 1ZLQA 4NEDA 4X9TA 5DEXB 2Y84A 5EHSA 3GBAA 3PPQA 1Y20A 1MH3A 1MQDA 2H5YA 2Y7IA 4K3FA 5M2VA 3CFLA 1QJMA 4IO4A 2DQVA 4E0XA 1B6HA 2X7PA 3ODBA 4NF4B 1LCTA 1FTOA 3OO6A 4I1DA 4PQJA 4F3PA 1LSTA 2O1MA 2O1LA 1SQYA 1Y1MA 4YZZA 2E1SA 3HSTA 4KYEA 1QKAA 4OQOA 1BLFA 1UIUA 3FVOA 2RF1A 2NVUB 3ZSFA 4DLDA 1PB9A 4TQUQ 1FTLA 3N26A 3PGFA 3K1MA 3H6WA 3RT6B 5AA2B 3TYHA 5AA2A 1OLAA 1I6BA 2VHAA 3RUMA 4EQ7A 4U22A 1BKAA 4FE8A 2ZNTA 2THIA 3VXCA 2ALUA 2R9JA 2VOZA 3SERA 4QSCA 5I58A 2O68A 4OMBA 4R6KA 1LAGE 3ONMA 5A5XB 5ICQA 1SDXA 3L6HA 5CBSA 3TEPA 2P0SA 1UTBB 1QW0A 5FTIA 4GF8A 4KYSA 3MVZA 1OLCA 2AYSA 2OJTA 2F7CA 5IKBA 1DPEA 3E13X 2F78A 4NWDA 3Q29A 4ZEFA 3V8XB 3VFJA 5I58B 3M3FA 4BDMA 4BDLA 3VLUA 1B0LA 1P1WA 3FASA 2Y7WA 2ZYKA 2F97A 3VV5A 3O6HA 4OZ9A 3IR1A 4OERA 3PV0E 2Y7PA 5K2XA 3C31A 4YMBA 4OEUA 2QJEA 4G68A 4POXA 5H8SA 2XX9A 3TTLA 1JQFA 2V84A 2E0SA 2Q8JA 2KLFA 4MLQA 4ZEKA 4DIGA 4U4XA 1NNFA 1H44A 1O63A 1OIBA 3B6QA 2GFEA 3DP6A 3IJXB 3RT8A 3VVFA 1J1NA 1MQHA 1US5A 4RK9A 3LSFB 1LLSA 4HCYA 2D3IA 1HSEA 3OSRA 5H8QB 3RNNA 1IQ7A 4ZS9A 3U93A 3IAZA 5JTYA 3EN3A 1M5FA 3HHFA 3B7DA 3SEUA 1B58A 3S9EA 4H67A 1FQFA 1ANFA 1M5DA 2FNCA 2X7QA 4GL8A 1P1NA 4KHZE 3VVEA 3KGCA 2HAUA 3TQLA 1NFTA 3P7IA 1SI1A 3UP9A 3H6UA 2B3BA 3S9LC 2GHBA 3S2VA 3KEIA 3K6WA 3PPRA 2GHAA 1QULA 4R75A 4MH5A 2OWTA 2YPNA 2Q2AA 1T0KA 3EF7A 5CMMA 1CB6A 1MDQA 2O51A 3CSBA 4NWCA 3TZAA 5HM4B 3TAJA 1YTVA 4JSOA 4KD5A 5CMBA 2DWHA 2REGA 2RCAA 2DYXA 1MM7A 1DMBA 3F11A 3IOTA 4GFRA 4NE4A 4G68B 4OHNA 4Q0CA 2A5TA 4IO2A 1URDA 4XKNA 4ZDMA 4OETA 1H45A 4OFLA 1UTHB 4OVJA 1M5BA 1XVXA 3C36A 1EZPA 3B6TA 4ELRA 5CRYA 3MVXA 4R9GA 3W15C 3FV1A 4F22A 3KSJA 5HBCA 3DM0A 3O6GA 5I84A 3MPKA 3BBRA 2XXHA 4FEBA 3WAFA 1B3HA 4ELPA 4QHQA 3KOTA 4JBZA 4RNSA 1N7XA 2QPQA 4R2BA 1NNKA 2GH9A 4XKQA 4EF2A 1P99A 3JYRA 5CMCA 4F3BA 1USYE 4OWDA 3SKPA 1MRPA 2IA4A 4ISUA 4KCDA 1ZJLA 3U94A 2R71A 2ABHA 1WODA 3PD9A 2D5WA 2DXYA 4LVQA 3UN6A 1MXXA 4G2ZA 3FZVA 4F19A 1TFAA 3N6UA 1O64A 5I2NA 3SEVA 1D9YA 1A8EA 2UXAA 1MY1A 2I6EA 3KJTA 3S4UA 3CFXA 5I57A 3K02A 4YKPA 3E3KA 5DVIA 2F8DA 3OEKA 1WVJA 1TXFA 3K00A 3PPOA 2Q2CA 2Z8EA 3IO4A 1P1UA 1NMUA 1N04A 3CRBA 3IB1A 1B40A 2XXRA 2QSXA 1JW5A 2HZLA 2I4BA 3Q26A 1AH5A 3K6XA 3TDJA 4O3AA 4AQ4A 2ONRA 3DELB 4NF5B 2DP8A 1MY3A 2D21A 3PD8A 3B6WA 1Y3PA 3V83A 1IEJA 1SW4A 2XXIA 3EHUA 4M1VA 1Z7NE 4WEDA 4YKIA 4KFQA 5TPAA 2G93A 3BFUA 4YKKA 1FQEA 4MLVA 3QK6A 2NWJA 1BP5A 2Q89A 1QUIA 2V93A 4GOTA 2F35A 2OK2A 5DVFA 1US4A 2VP1A 3H6TA 2O69A 3E4RA 3LSXA 3N6TA 4G8NA 4O3CA 3K01A 1LAHE 5DT6A 3VE1B 1GVCA 1MQJA 3H06B 4QRZA 2FYIA 2DE4A 1BTJA 1NL5A 3UORA 4EXKA 4TOZA 3C32A 3SESA 1AOVA 4AB6A 2ONSA 4P11A 4F1UA 4MF3A 1N3XA 4Z7EA 4ESWA 3RPWA 2Q9TA 3ECRA 1IIWA 2P1SA 4P0GA 2XHDA 3M3LA 3G3GA 4FEDA 4DXUA 2I3VA 3MZBA 2DVCA 1AL3A 1NKXA 1SW2A 4R9FA 4RPNA 5JEIA 1POTA 2GRVA 2M8CA 3ZKLA 5CMKA 2XX7A 2QMWA 3H6VA 1I6AA 2OZZA 5L9OA 1B0HA 1IXCA 4H1XA 4KQPA 1JEUA 3R6UA 5KDTB 4IO7A 5IAIA 1FTKA 3OEMA 4U23A 4YAHX 4XXUA 3KG2A 4GIZA 2PBWA 3HV1A 3A3CA 1HSLA 2PT1A 2XXVA 3K2DA 4PP0A 5DEXA 1UIVA 3O66A 2V25A 2O84X 3FXQA 1PB7A 3IOVA 3SEWA 3FVKA 3QUFA 5DYHA 1LFIA 1B7HA 2DSFA 1NH8A 2I0BA 2AL5A 4H5GA 1HSJA 4X48A 3PMWA 1XC1A 3T9UA 5BWJA 4H65A 4KI0E 5F7VA 3LSLA 1MDP1 1YAEA 1GTKA 3PPNA 4FECA 4L17A 4LQ2A 2O7IA 3O6IA 1OVTA 1VR5A 3GLBA 1B2HA 1IXGA 1B5IA 1LAFE 3L6GA 4ZZEA 5JK4A 1ZBMA 3MZ1A 1IXHA 4LATA 4GLIA 1AIVA 2XXXA 3MWBA 1OQGA 1PDAA 1A8FA 1USYH 4MFIA 1R1NA 3AXFA 2HCAA 3O29A 4GD5A 3G3JA 3IOWA 4BDOA 3MUQA 3MVYA 2AL4A 3RGYA 1DSNA 4OFJA 5KCJA 1MXYA 4PFYA 3DP4A 4POWA 4THIA 4PFUA 3TODA 1MPDA 3C35A 3VLVA 5CBRA 2I49A 1N7WA 1YCJA 2RKMA 3H3GA 3OO7A 4FJPA 3K4UA 4G68C 4PFTA 1P1OA 3T96B 2UVJA 1SVXB 2Z8DA 1MM6A 1D3KA 3OXNA 4DDDA 4OXVA 5L8DA 3KSXA 3PMXA 4I8CA 4NTLA 1OQHA 3UA8A 1Y3QA 2NOOA 3QXMA 4Q5TA 3TTNA 4C1TA 4DXBA 4EUOA 3FV2A 1POY1 1CE2A 3M8UA 4JWOA 3BKIB 4ONYA 3CG3A 3MP8A 4NF6A 4ZEIA 5AA4A 1EZOA 1SYIA 3CIJA 3FD3A 3HHGA 3Q28A 4BDRA 2REJA 3LC8A 1TWYA 2UYFA 3W9WA 2O7UA 3EQ1A 2QL3A 5H8NA 5L9MA 3JZJA 3PPPA 5DTBA 3FVNA 5ICTA 5EYFA 1B3LA 3K0VA 1N84A 3TCGA 2ONKE 3MAMA 4HCWA 4X1BA 4EDPA 5B70A 4QFKA 3T66A 3EPEA 4IO3A 1DOTA 4FATA 1B32A 1B46A 2OWSA 3FUZA 1YPNA 3QYTA 4QFLA 1LBBA 1TFDA 1Q35A 1R9QA 4H5FA 4XKPA 5FHOA 3IB2A 2RCBA 3CSGA 1B7ZA 1NNTA 2V3UA 3JV9A 3K1PA 3FJ7A 1N76A 5I2KA 3U1OA 4NF4A 4KYDA 1FQDA 1M5EA 2DWAA 3KJ7A 5I59A 3RTWB 3MZ9A 4FORA 4YMAA 1VFEA 4PETA 3HN0A 4XKRA 3QSLA 3TELA 1LGBC 5ITPA 2WKYA 3ILTB 1B52A 2DE2A 2I3WA 3A3UA 3Q25A 2Y7RA 4OESA 1SW5A 4E0WA 4TLMB 3ZKKA 4LP2B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XWIA 4PGNA 4ESXA 3PUZE 4G77A 4IB2A 3SEXA 5A5XA 2G29A 2XA5A 1AMFA 3QIMA 5B7DA 2WYPA 4GQOA 4HE0A 4AB5A 2YLNA 3IO6A 3VDFA 1I69A 3FATA 1LAXA 1FJ9A 2QMXA 1NV2A 4OFOA 3G3FA 5EQAA 1QKBA 2OLBA 4MBPA 4N8GA 3RY3A 1SD3A 1FPLA 3KOSA 3TQWA 3IJOB 4RK2A 4KPTA 2XXYA 4ELOA 2H25A 3TCHA 1B7UA 1D9VA 4U21A 4NF8A 3EKIA 3O97A 4IO5A 4PF6A 3G3IA 1PC3A 3MVWA 2B4MA 4R2FA 4GX4A 4R72A 1IZ1A 5H8NB 5I57B 2Y7KA 1LFGA 4ELQA 4XTCQ 1FPJA 1F9BA 1N3WA 2XXPA 4RJZA 1URGA 2R6GE 4GRKA 1MG1A 1H43A 1K9ZA 4R6YA 3T1BA 3MW0A 5I59B 4TLLB 4MNPA 1JETA 4IY5A 1FPFA 4NF5A 2KR0A 3C34A 5KCJB 1O7TA 4JB7A 2HQ0A 3U72A 3DP8A 2ZNSA 4GWSA 4RA1A 1NV7A 2XXKA 3EHSA 1ATGA 2HAVA 4XEQA 4LQ5A 2UYEA 4IGTA 2QRYA 5ITOA 4HTGA 1MY2A 3M3KA 4BLAA 1IMBA 2F34A 5H8HB 1NUZA 3S9NC 4MNIA 4YB6A 3R7XA 4QSDA 3PUWE 4NGUA 3U8QA 2H99A 2VD2A 3G3KA 1SPIA 2QS1A 2IEEA 4JVIA 1QUJA 5LOMA 5H8QA 4LUBA 2P2AA 3C33A 1XT8A 2CMOA 5AA3A 2I0CA 1XHYA 4UA8A 1EH3A 3HPIA 3V89B 2F6GA 4BDQA 3TTMA 4XF5A 1RYOA 1Y4CA 1JNFA 2XXQA 4GXSB 3CVGA 4GWUA 4HS7A 1ZIUA 2RINA 4O8MA 1FCKA 5FHNA 2RC7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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