1JVXA

Maltodextrin-binding protein variant d207c/a301gs/p316c cross-linked in crystal
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNACTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGGSVALKSYEEELAKDCRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
publication title Crystine: Fibrous Biomolecular Material from Protein Crystals Cross-linked in a Specific Geometry
pubmed doi rcsb
molecule keywords maltodextrin-binding protein
total genus 116
structure length 371
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvxA01
3OMBA 2ONKE 3UIFA 1B3FA 4HCWA 4IO6A 2Q2AA 5I56A 5FHMA 1Y4CA 3PUYE 1MS7A 1B2HA 4LATA 3KFMA 3W15C 1XVYA 1OLCA 1WODA 2H4IA 2ZXTA 3TEPA 4F39A 3MW0A 5ELVA 5HPQA 2Z22A 3K2DA 3W9WA 4MH5A 2QS4A 1Q1KA 3FUZA 3T9UA 1AL3A 2FA7A 3SERA 2F97A 4LZ5A 4PQJA 3SKPA 1SI0A 2F5XA 1IQ7A 4GD5A 1QUJA 1LFIA 3ONMA 4I1DA 1A8FA 1NNFA 3VXCA 1KWHA 5F1QA 1P1OA 4Q30B 4RXLA 3B6QA 1R6ZA 3G3HA 2XD3A 4F19A 1I6QA 5I2KA 3SESA 4EQ7A 2O6AA 2DWIA 1ZTYA 1EZPA 2V3TA 2X26A 4YICA 3U8QA 5L9OA 3A09A 1R9LA 3PMWA 3PPPA 1AIVA 1LBCA 4P0GA 4WEPA 2O1LA 3MVZA 2Q89A 5KZTA 4F3BA 3N6UA 3FATA 5KCJB 1QKBA 4H0WA 1BIYA 1IXGA 4KD5A 1RYOA 5CMKA 3RTFB 1Z7ME 3W9VA 1JW1A 4U22A 2HZKA 4R75A 3IX1A 2Y84A 5ITPA 3PPQA 2H5YA 4HS7A 2DXYA 2IA4A 2I6EA 1YPNA 2Q2CA 1AOVA 3H4ZA 4ELPA 4DXCA 4BDMA 1B52A 4XKRA 5KDTB 4H5GA 2GFEA 1SW4A 1ZU0A 1Y1ZA 3H6VA 4OVJA 3LSWA 2V3UA 4EXKA 2DE2A 1SQYA 3KSJA 4M4GA 1O64A 1TFDA 4WEDA 1LB9A 1ZKBA 1P99A 1TT1A 1JVXA 2XXHA 4Z0IA 3O6GA 1D9VA 4MLVA 4IY5A 4YB6A 1YTVA 3VLVA 1IZ1A 3FV1A 3O28A 4FJPA 5DEXB 3K6XA 1MXZA 4HCYA 3C4MA 2V3QA 3UK4A 4KYSA 3LSLA 2NVUB 4EF1A 4ESWA 4ZZAA 4ZEIA 1NL5A 2NOOA 4GVOA 5DTBA 2VD2A 2XXTA 4U4SA 2E0SA 4R9FA 1B46A 1B32A 5I59A 3HN0A 1I69A 5TP9A 3UGWA 1DTZA 4RA1A 3EQ1A 1QUIA 4H8JA 3AXFA 4YKKA 2F7AA 1FQEA 2Y7IA 2RCBA 1OQGA 4XKPA 2D21A 1CE2A 3T93B 3IOUA 1MY1A 2RC9A 4RK9A 3OSQA 1URSA 5CMBA 1UTBB 3SDFA 2DVCA 2Q88A 1GGGA 2A5TB 4ZEBA 3H6TA 1MDQA 3N94A 2B3FA 3FGSA 4GIZA 4H1XA 3IB0A 4RK2A 2UVIA 4FE8A 1UIUA 2Z8DA 4RNSA 3JV9A 2OZZA 3CVGA 5H8FB 5K2XA 1HSJA 4X1BA 3SEUA 4O3BA 3MPLA 1OQHA 4JDFA 2I4CA 4YMBA 3PUWE 3LUYA 1M5CA 1M5BA 2PX1A 3E13X 5I57B 2REGA 4FATA 4NWDA 4GQOA 4PFUA 5DYHA 5HBCA 2XXRA 2QS2A 5CC2A 2V25A 1ANFA 1B51A 5JTYA 5K2YA 3E4RA 2V93A 2ZNTA 3PPRA 5IAIA 4G8HA 1N7WA 2CZLA 2YLNA 1VSOA 4PETA 1NMUA 4U2RA 4K3FA 3VE1B 1ZBMA 3EHTA 1PB9A 4F31B 1BLFA 3FVGA 3EF7A 3MVYA 1YCJA 1MH3A 1URDA 3VVFA 4UA8A 3C9HA 3FJ7A 1LBBA 2PBWA 4X9TA 1FTMA 2RC8A 2HAUA 2ZMBA 1USYE 2HFBA 4JSDA 3SEYA 4EXLA 4GWOA 3TFLA 3HHFA 4Q5TA 3H7MA 3ZKLA 3QAXA 4X48A 5CI5A 1MQJA 3K00A 4OESA 2FYIA 3IL1B 1XT8A 4HTGA 4QF9A 2XHDA 2I0BA 4QSCA 5ICTA 1N04A 2THIA 2DP8A 4R2BA 1PB7A 4BDNA 1H45A 3HO7A 1Q35A 2FNCA 3R7XA 4OXVA 3L6GA 2NUVA 2R6GE 1DSNA 3G3JA 1FTJA 2XX9A 3MWBA 3TTNA 5AE4A 1JETA 2HCAA 4NF5B 1WDNA 4QFKA 3CIJA 1JVYA 4OERA 3U1OA 1ELJA 2ZYNA 1MPDA 3DP6A 1JW4A 4XXUA 5J1DA 3TTKA 3MP6A 1P1WA 1DTGA 3KJTA 3OO7A 1B7HA 3GBBA 3HCQA 4TOZA 1S9TA 2I48A 3K6VA 4LA9A 4MFIA 4N6PA 4NF6A 4G68A 3DM0A 3ILTB 4I8CA 4R2FA 3WAEA 4C0RA 5JEIA 3VLUA 3CI8A 4LUBA 1MXWA 1NNTA 1MM6A 5H8HB 4DDDA 1D9YA 1B5JA 1P1UA 2Y7WA 2Z23A 4UACA 1SD3A 1SVXB 1MH4A 2I4BA 4FAJA 5CM6A 5H8FA 3TTLA 2ZYMA 4NF4A 5AA2A 5H8NB 3MBPA 4KI0E 2F78A 1NFTA 4GL8A 1GR2A 4QHQA 2P0SA 2DSFA 3K0VA 2PVUA 2VHAA 3VXBA 1D4NA 4G8MA 3KBRA 4ELQA 2M8CA 1FTLA 4OWDA 3S9EA 4BDRA 4R74A 2H99A 3GZGA 4EDPA 4KQPA 5A5XB 3O6IA 3I6VA 1LGBC 4F1VA 1T0KA 1S50A 2F35A 4IGRA 4F22A 4DXBA 1RKMA 3K1PA 5HM4B 1JEVA 3FXQA 3OO9A 2Z8FA 1H43A 4THIA 2PT2A 1POY1 5FHOA 3M3KA 3D4CA 1PC3A 2HZLA 1IXCA 4H8IA 3M3LA 4DCXA 4ZE8A 3PMXA 3IOWA 4ZZEA 3QYTA 5H8QA 2G93A 1B3LA 4G2ZA 1FQFA 4OENA 4I62A 2DVZA 4YKPA 1EZ9A 1QUKA 1IUDA 3OSRA 1B4ZA 1FTKA 4TLMB 3KOTA 4QFNA 4WKMA 3T9XB 4R72A 4IY6A 2E1SA 5EYFA 3IO4A 5FHNA 3LSFB 3ZSFA 2ZYKA 2B65A 4OEVA 5DVFA 1D3KA 3VDFA 1Y3PA 1US4A 3GLBA 2DS9A 3OO6A 5AA4B 2QSXA 3K4UA 4P11A 2QMXA 3CFZA 4IO7A 5CBSA 4YZZA 3EHSA 3CFLA 5ITOA 1TXFA 3I3VA 5CMMA 3RUMA 2I3VA 4BDOA 3ECRA 3PUZE 4ZEFA 4U1OA 3E3KA 3IB2A 4NF8B 3VFJA 5CRYA 3RY3A 1SW5A 1MG1A 3PD9A 1OLAA 4GL0A 3LR1A 4YKJA 4GXSB 1A7LA 4QFOA 4DIGA 3DP8A 5I2NA 2AYSA 3Q26A 4O3AA 2B3BA 2DWAA 3H6WA 4BDLA 2O84X 4KCCA 5I58A 1M5DA 4ZDMA 1A40A 4R73A 2OK2A 1FQAA 5L9SA 4OMBA 4E0XA 3IORA 3M8UA 4PFYA 2F7CA 3KGCA 3A3CA 2I3WA 3MZ9A 2BJJX 3FVNA 3IB1A 3DELB 3F11A 1I6AA 2ESNA 1B05A 2QS1A 4EUOA 2VP1A 2Y7RA 3UN6A 2UXAA 3PV0E 2GH9A 3V83A 3BKIB 1QKAA 2ABHA 3MP8A 1MY0A 1YAEA 2HXWA 4QFLA 4EQBA 5M2VA 3ILUB 2H98A 3O29A 2O7IA 2XX8A 4BLAA 1JNFA 4GRKA 3PUVE 3M3FA 5BUUA 1PB8A 3G7WA 3TQLA 3VLWA 1FTOA 3E9XA 3KZGA 3OO8A 3S4UA 3Q27A 3Q29A 2O7UA 2OBGA 1NNPA 3TAJA 3CSBA 4RY1A 3FD3A 1LAFE 1B40A 4IO4A 1SW2A 4OYVA 3C32A 1B5HA 4G8NA 4OFLA 1US5A 4JWOA 4POWA 4N07A 1M5EA 2ANJA 1VR5A 3KN7A 3G3KA 3H06B 5TPAB 3VV5A 2OWSA 1P1NA 3K02A 4POXA 2UVHA 1SDXA 2REJA 5AA4A 1TFAA 5KCJA 4DE8A 3N26A 3SEXA 4YB7A 4WXJA 1IIWA 3QUFA 4LQ2A 2H9BA 4MF3A 4G68C 2QMWA 5IKBA 2UVGA 1R9QA 2CMOA 1FQCA 1Y3QA 3RPWA 3PGFA 2DE4A 4H6DA 1PBQA 3MZ1A 2WKYA 4IGTA 4R6YA 4GLIA 2LAOA 2OJTA 1Y20A 3THIA 1B58A 5I84A 1LCTA 1LFGA 4JBZA 5KDTA 3O9PA 3FASA 2HQ0A 3MZBA 2DOJA 3FVOA 4YB5A 2Z8EA 3BFTA 4U21A 2X7PA 1MDP1 3LSXA 1IXIA 3ODBA 3V89B 1FCKA 1Y9UA 1GVCA 2VOZA 4FEBA 3FXRA 5FTIA 2H25A 2A5SA 1JW5A 5DEXA 3U72A 4XKNA 4I9DA 2AL5A 4ZS9A 1B6HA 2GRVA 2D5WA 3G3IA 3MVXA 3TCFA 1Y1MA 1P1QA 4OFJA 2XXIA 3KSXA 3K6WA 4ELOA 1XS5A 3OOAA 1EH3A 2OWTA 4Q0CA 3RTWB 4OZ9A 1NKXA 1B1XA 3RT8A 3KG2A 3TODA 4Z7EA 1QJMA 1MXUA 4PFTA 5TU0A 2QRYA 4F2OA 1MRPA 4OTEA 3LBSA 2RF1A 3U92A 1B3EA 4DXUA 3B6TA 4QRZA 1XC1A 1UTBA 1URGA 2XXQA 4DZ1A 1B9JA 1NH7A 2A5TA 3C36A 4O3CA 1A99A 3TQWA 2F6GA 4NE4A 3PMVA 4G4PA 4JWYA 3MP1A 3GBAA 5BWJA 1SW1A 1B7UA 4FIMA 3Q28A 1MQGA 4H5FA 4MBPA 3RQTA 3CR9A 3IK6B 1M5FA 2GHBA 3MPKA 2IEEA 5CBRA 2Q8JA 1VE4A 1MXYA 3VVDA 3MUQA 3O97A 3IJXB 5I57A 1B5IA 2X7QA 3MQ9A 3IR1A 2R71A 3B7DA 4NTLA 3EPEA 3C31A 2DE3A 2Q9TA 3OXNA 3PU5A 1R1NA 2KLFA 3RN8A 4EQ9A 3VVEA 3CG3A 4GFRA 1A54A 3C33A 1MXVA 3I5OA 4L17A 1O7TA 3L6HA 5I59B 2HEUA 1O63A 2DXRA 3PPNA 2XXYA 1GTKA 5TP9B 3TPAA 2Y7KA 1AMFA 5B70A 1UQWA 4NMYA 3EHUA 1MQDA 1WVJA 4LONB 2AIXA 2XXUA 4LZ8A 4HW8A 1GV8A 4YAHX 4XIGQ 3FZVA 1NNKA 2VGQA 4YKIA 4G77A 4OHNA 4AQ4A 3ZKKA 2QPQA 2YPNA 2RC7A 2RKMA 3MC2A 3QK6A 1B3GA 4C1UA 2DYXA 3OENA 4U1ZA 3C34A 3U94A 4LP2B 4ONYA 4ESXA 4LQ5A 4F29A 4QSDA 2O69A 3V8XB 4F3PA 3FJMA 4ZEDA 3KN3A 3H3GA 5EHSA 1MQIA 1OVBA 1N76A 5FTHA 3T9VA 1N3WA 2ZYOA 4IO5A 4RYAA 4ZECA 1XOCA 4NF5A 3WAFA 3TCHA 4M1VA 5DVIA 1LCFA 2F34A 1MQHA 4KHZE 1B4HA 2F8DA 1MY2A 4LZ7A 3O66A 3RNNA 3KN8A 4NEDA 3HSTA 4KPTA 3RT6B 5JTYB 2QS3A 3FIRA 5DT6A 4U23A 1S7YA 4DCYA 1H44A 5AA2D 2ZNSA 1LFHA 4OQOA 4KYEA 3G3FA 4ECFA 2P1SA 2RINA 2DQVA 4ZE9A 4F2QA 2HAVA 2PYYA 5L9MA 3G3GA 5H8HA 4KCDA 3QUJA 3S2VA 3R6UA 4JSOA 1VFDA 1LB8A 4KYDA 3USDA 1ATGA 2O68A 4ND9A 1PBPA 4GOTA 1EZOA 4IB2A 1AH5A 1RYXA 4PFWA 3KEIA 4GF8A 4U4XA 1QVSA 5H8NA 3PPOA 4H65A 1ZIUA 1OVTA 2VD3A 4DLDA 4JXIA 4C1TA 3H6UA 3S9LC 4E0WA 3TZAA 3ZS6A 1DPPA 4OETA 4PE5B 4IO3A 2V84A 3K1MA 2DWJA 3JYRA 1A55A 1OMPA 3QIMA 3K1NA 2P2AA 3KOSA 1EU8A 2F6PA 1SYHA 1HSEA 4N13A 4RPNA 5A5XA 1UTHB 3T66A 3TTRA 1LAHE 2NWJA 4QFPA 1LSTA 2PT1A 3CSGA 1JEUA 4JB7A 2ALUA 3OD7A 1ZMGA 4QSEA 3KJ7A 3K6UA 2AL4A 3CRBA 5JK4A 4YU0A 1LAGE 3A3UA 3JZJA 3CFXA 5H8SA 3LC8A 4F1UA 3TELA 1IEJA 2UYEA 3UA8A 1BTJA 2OLBA 4FECA 1B1HA 3RGYA 2RCAA 3BFUA 2ZNUA 5DVJA 3IOVA 4R9GA 1TWYA 5EHMA 3R26A 1N3XA 4NF6B 4ZEKA 4G68B 3HHGA 4EF2A 4F3SA 2O1MA 2XXWA 4FEDA 3QXMA 3FV2A 2I0CA 3PUXE 3N5LA 1JQFA 1QW0A 3C35A 1MXXA 4P0IA 1ZLQA 3O2AA 1MPCA 1N0TA 1B0HA 3TDJA 1DMBA 1Z7NE 1B0LA 1NH8A 4NF4B 5AA2B 1POTA 2PMSA 3IJOB 4R6HA 2UYFA 4ELRA 2NXOA 4YMAA 4RJZA 3FXUA 1SBPA 2XD2A 5I56B 2O51A 3IOTA 1USYH 2ONSA 4Q8RA 1FQBA 1II5A 3MAMA 4TQUQ 4NF8A 4XTCQ 1LLSA 4KFQA 2D3IA 3BBRA 3TKDA 3K01A 2XX7A 1B7ZA 3FJGA 3TUSA 1PEBA 1VFEA 5LOMA 4R6KA 2QJEA 1OIBA 1Y3NA 1A8EA 2R9JA 1J1NA 3HV1A 4KR5A 1MY4A 3HPIA 3T22A 3V5AA 5L8DA 2Y7PA 3TYHA 1UIVA 1F9BA 3IO6A 3D4GA 1BKAA 5H8QB 3UORA 4AB5A 4F3GA 3MVWA 1SYIA 2QL3A 2W7YA 1QULA 5I2KB 1PDAA 3B6WA 5ICQA 4TLLB 2XXPA 1N84A 1SI1A 2GHAA 1IITA 3RLFE 4MLQA 2ONRA 3SETA 3SEWA 3H03A 1XVXA 3TCGA 4OFOA 3TMGA 1BP5A 3PD8A 1H3DA 1UTHA 5AA3A 3Q25A 4BDQA 5CMCA 3DP4A 1I6BA 4LVQA 5F7VA 1HSLA 3P7IA 3IAZA 3EN3A 1H76A 3FVKA 4H67A 3T9HB 1FW0A 2OCUA 3OELA 3S9MC 2I58A 1CB6A 1DOTA 1B3HA 2G29A 3UP9A 2YJPA 5B7DA 4AB6A 2I49A 3DLNA 1MY3A 2UVJA 3U93A 1LAXA 2XXXA 5AA1A 2F36A 5ISUA 4RPOA 4FORA 4OEUA 1ZJLA 1MPBA 1Y4TA 2F7BA 1L5TA 4F18A 5I2NB 3MJNA 3OEKA 3T96B 1N7XA 4IO2A 4X1DA 4XKQA 4PP0A 3TTMA 5I58B 1XHYA 4F1YA 4ISUA 3SEVA 3CG1A 3OEMA 1FQDA 2XXVA 2DWHA 3O6HA 1IXHA 3N6TA 4JWXA 3S9NC 5TPAA 1DPEA 4GXAA 3QSLA 3GXAA 1MM7A 4NWCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OMBA 2ONKE 3UIFA 1B3FA 4HCWA 4IO6A 2Q2AA 1FPDA 5I56A 5FHMA 1Y4CA 3PUYE 1MS7A 1B2HA 4MCOA 4LATA 2L5VA 3KFMA 3W15C 1XVYA 4LN5A 1OLCA 1WODA 2H4IA 2ZXTA 3TEPA 4JVCA 4AS5A 4F39A 2FIEA 3MW0A 4OA4A 4NHBA 1KA0A 5ELVA 5HPQA 2Z22A 3K2DA 4X04A 5ET5A 2Y5KA 3W9WA 4MH5A 2QS4A 3NOHA 1Q1KA 3FUZA 3T9UA 3IFCA 1AL3A 1RDYA 2FA7A 3SERA 2F97A 4LZ5A 4PQJA 3SKPA 1FBEA 1SI0A 2F5XA 1IQ7A 4GD5A 4PFRA 1QUJA 1LFIA 3ONMA 4I1DA 1A8FA 1NNFA 2OWZA 3VXCA 1KWHA 5F1QA 1P1OA 4Q30B 4RXLA 3B6QA 1R6ZA 3G3HA 1RDXA 2XD3A 4F19A 1I6QA 5I2KA 3FBPA 3SESA 4EQ7A 2O6AA 2DWIA 4N4UA 1ZTYA 1EZPA 2V3TA 1NV1A 2X26A 4YICA 3U8QA 5L9OA 3A09A 1R9LA 3PMWA 3PPPA 1AIVA 1LBCA 4P0GA 4WEPA 2O1LA 3MVZA 2Q89A 3HFUA 5KZTA 4F3BA 3N6UA 3FATA 5KCJB 1QKBA 1LBYA 4H0WA 2VT5A 1BIYA 1IXGA 4KD5A 1RYOA 5CMKA 3LUZA 3RTFB 1Z7ME 3W9VA 1JW1A 4U22A 2HZKA 4R75A 3IX1A 2Y84A 5ITPA 2CEXA 3PPQA 2H5YA 4HS7A 2DXYA 1FPBA 2IA4A 2I6EA 1LBVA 1YPNA 2Q2CA 1AOVA 3H4ZA 4ELPA 4DXCA 4BDMA 1B52A 4XKRA 5KDTB 4H5GA 4MX6A 2GFEA 1SW4A 1ZU0A 2FHYA 4QXDA 1Y1ZA 3H6VA 4OVJA 3LSWA 2V3UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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