1JVXA

Maltodextrin-binding protein variant d207c/a301gs/p316c cross-linked in crystal
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNACTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGGSVALKSYEEELAKDCRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords maltodextrin-binding protein
publication title Crystine: Fibrous Biomolecular Material from Protein Crystals Cross-linked in a Specific Geometry
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
total genus 116
structure length 371
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvxA01
5CBSA 1H44A 2ZYMA 4LVQA 1S7YA 4YKJA 4G2ZA 4YB5A 2RC7A 2V3QA 5A5XB 1QKBA 2Q2CA 5FHNA 3PUZE 3MVZA 3OEKA 5I58A 3CSGA 1JETA 3FD3A 1R1NA 5F1QA 2Z8EA 3D4CA 3PPRA 4DIGA 4BDOA 1SW4A 3VDFA 1H3DA 3TELA 2IEEA 2OLBA 1Q35A 4OQOA 3M3LA 5JEIA 1UIUA 2X7PA 3A3UA 2E0SA 2PX1A 3K02A 3FV1A 2P0SA 2AL4A 2I6EA 4UACA 1Y3QA 5EHSA 3MJNA 5CC2A 1S9TA 5ITOA 1B40A 2ZXTA 3TPAA 1FTJA 2B65A 4OERA 4OXVA 2PT1A 3T9UA 4EF1A 3PUYE 4EQ7A 4MH5A 5HM4B 2V93A 4POXA 3UA8A 2O1LA 1A7LA 3C35A 3RPWA 3RT8A 4XKNA 4LQ5A 1A54A 2GRVA 2IA4A 1OQGA 2G93A 4NF4A 4Q30B 2QPQA 4OFJA 3MZBA 3K1MA 1PEBA 3IL1B 2H98A 1B58A 4LP2B 3G3HA 2R9JA 4ESXA 4EXLA 4GL8A 1I6AA 3K1NA 2QS4A 1PBPA 2Y7IA 4ZEDA 4XXUA 4F3SA 1IXGA 3E9XA 4QHQA 5CM6A 3FVNA 1NMUA 1US5A 1Y4CA 4Z0IA 1RKMA 3QSLA 3H6WA 2ZNTA 3S9EA 1NNPA 4ELOA 3PPQA 4EF2A 2NVUB 1OLAA 4GQOA 3HV1A 4PP0A 1FTMA 1S50A 3Q27A 1QULA 3A3CA 1UTBA 1N04A 1M5CA 1DTZA 1ATGA 4QSEA 3U92A 1N3WA 1LAFE 1LCTA 3ILTB 1B6HA 3M3FA 2UYFA 5TPAB 2LAOA 4QFNA 3PGFA 1JEUA 4ND9A 1M5EA 1I69A 3UIFA 4U21A 3HO7A 3FV2A 4KQPA 1I6BA 3FJ7A 3ILUB 3FXQA 2M8CA 1FTLA 2OCUA 4TLMB 2XX9A 4FJPA 1AH5A 4HCWA 1LB8A 5KDTB 3KJ7A 2F34A 3VVFA 2HCAA 4G68C 3KSXA 4YKKA 1EH3A 1NNFA 1ZTYA 2O1MA 3G3KA 4MLQA 4ESWA 4IO4A 4RPNA 1GV8A 1ZLQA 3E13X 4F18A 3CVGA 4QSCA 2H99A 2DWJA 3M3KA 3TEPA 2YPNA 2NUVA 1SW1A 2I4CA 4NE4A 3BFUA 4EXKA 5KCJA 3Q25A 5L9SA 1AOVA 4H8IA 1NFTA 1T0KA 2RCBA 4GXAA 4NF8B 4R6KA 3SERA 3BFTA 3LR1A 4DZ1A 5H8FB 4BLAA 2HQ0A 4YMBA 2PYYA 3IAZA 3PV0E 3ZSFA 1B2HA 1US4A 4F29A 2Q2AA 3AXFA 3Q28A 4RY1A 4WEDA 3HHGA 3T9VA 1VSOA 5H8QB 3KGCA 3GLBA 4LZ7A 2G29A 4JWXA 2Q89A 2VOZA 4RK2A 2A5TB 3MZ9A 2HEUA 5CRYA 3K0VA 5I2KB 3KOSA 1Z7ME 1IZ1A 1POY1 2QS2A 3FASA 4I9DA 1FQEA 1ZBMA 2DQVA 1J1NA 4F22A 3QIMA 4N6PA 3Q26A 1QW0A 2AL5A 1MXVA 3B6TA 5HPQA 3P7IA 5L8DA 2ALUA 3OXNA 2V84A 5CMMA 2XD2A 1FQCA 1TWYA 4F2QA 2Q9TA 4I1DA 3KN3A 2DWHA 3TTKA 3OSRA 1P1UA 1NL5A 1PB9A 2XXYA 1JVYA 4P11A 1B3EA 4ZS9A 4H5GA 2V25A 5AA4A 3K6UA 5FHOA 1D4NA 2DVZA 2RINA 4PFTA 1URSA 1B32A 4ZEFA 2DE4A 1LFGA 3PPOA 3DP8A 4ZECA 3PMXA 1HSLA 2DYXA 3KJTA 5F7VA 3MPLA 3ECRA 4OETA 2Z22A 1LB9A 1MY1A 3KEIA 4QFPA 2Q88A 3O97A 4E0XA 3QAXA 2FYIA 1B46A 4AQ4A 1Y3NA 3TODA 3ZKLA 4TQUQ 3FJGA 4JXIA 1B5HA 5A5XA 4U2RA 3SEYA 3LSLA 5ICQA 2WKYA 1B4ZA 3PD8A 3THIA 3TTNA 3C36A 3M8UA 4R72A 2YLNA 4NEDA 3KSJA 5K2YA 2ANJA 1NH7A 4AB5A 3KG2A 2F35A 1OVTA 1BTJA 3I6VA 1H45A 1SYIA 4POWA 1UIVA 3O6HA 4KYSA 4ELRA 1SYHA 1JNFA 4XTCQ 4OFOA 3FXUA 3O28A 1IXCA 5BWJA 4FECA 3R7XA 2UVJA 1B5JA 1PB7A 2CZLA 3JZJA 2QRYA 4PFWA 3FIRA 1M5BA 4U4SA 3C33A 3HCQA 1FTKA 2D21A 3HPIA 1LBBA 1M5DA 4DCXA 4FAJA 1XOCA 3VVDA 4BDLA 4L17A 1MDP1 2DE3A 3FUZA 4YMAA 1OLCA 1Y20A 3LUYA 3TUSA 2R71A 5B70A 5I57B 3SEXA 4U22A 2VGQA 3VXBA 4BDNA 4KI0E 3VVEA 3UGWA 3OMBA 3VV5A 2THIA 4GOTA 2P1SA 3IOVA 1EZPA 4RK9A 1Y1MA 3DP6A 2XXTA 2Z8FA 3QK6A 3QUJA 5LOMA 4DXCA 1AL3A 4C1UA 4YAHX 3SEVA 5AE4A 3FVOA 3K6VA 2NXOA 4GD5A 1P1QA 3RLFE 2Z8DA 3D4GA 3IOWA 2VD2A 1NKXA 2DVCA 3EN3A 3G3JA 5H8SA 2YJPA 4LUBA 4NTLA 4GF8A 1QVSA 3OELA 3ODBA 3N6TA 3QUFA 2RC8A 1OIBA 4RYAA 3MP1A 4JB7A 3O2AA 1ZKBA 4AB6A 1TFDA 3SEUA 4KFQA 3PMVA 3O6IA 3L6HA 3TCHA 2DS9A 3EHSA 3KFMA 3OO6A 1H43A 1QUIA 4X1DA 5TPAA 3K01A 4NWCA 5FTIA 3IB0A 1D3KA 4GFRA 1FCKA 4OEVA 5H8HB 4DCYA 1DPPA 2O68A 1PBQA 1LAGE 4ZE8A 5AA2B 3IX1A 4YICA 3PUXE 2RF1A 1BLFA 5TU0A 1MM6A 4YKPA 5ELVA 1SBPA 1FQAA 1JW5A 3GBBA 4LONB 4YKIA 4G68A 2AIXA 4ONYA 2I3WA 4IY6A 5KDTA 3OD7A 4OYVA 4C0RA 3K6XA 1Y3PA 2XHDA 3SDFA 2XXIA 3MW0A 3WAFA 3T96B 3CFLA 2O84X 4O3CA 4QSDA 3L6GA 2Y7KA 5H8NB 3DP4A 3U8QA 2CMOA 4ZE9A 3EPEA 4FEBA 1FQFA 4NF8A 3MQ9A 4O3AA 3G3FA 1MRPA 1ZU0A 3G3IA 3MP6A 2UVHA 4IY5A 4Z7EA 5TP9A 1MQGA 4IO7A 1LGBC 1OVBA 3F11A 5H8QA 3DM0A 1YCJA 1MPDA 4IO3A 3CFXA 5L9MA 5K2XA 3CFZA 1POTA 1MXXA 2AYSA 2A5TA 2D3IA 2B3FA 3N5LA 2I58A 4R6HA 3FATA 4OENA 3T93B 5I2KA 1VFDA 4GVOA 4LA9A 3PUVE 4H67A 2Y84A 1LCFA 5BUUA 1JVXA 4QFLA 1LAXA 4QFOA 3S4UA 2V3TA 4I8CA 4HW8A 3FVGA 3C34A 5DT6A 2I48A 3FGSA 1B3FA 5IAIA 3EHTA 3ONMA 5IKBA 3TTRA 3BKIB 3H4ZA 5KZTA 4FORA 1Y1ZA 3TTLA 3PD9A 3FJMA 4F39A 3SESA 3PPPA 1URGA 3MP8A 3K1PA 3IR1A 3IOUA 1SI1A 1PC3A 5DVJA 2HZLA 2QL3A 1P1WA 3KN7A 5DTBA 1B51A 1WDNA 4PQJA 2P2AA 3O66A 4F1VA 3HSTA 4NF5B 3UORA 3LC8A 2FA7A 2Y7WA 4GIZA 4YZZA 1IIWA 2OWSA 4YB6A 2XXVA 2F7BA 4LZ8A 5ISUA 2E1SA 1ANFA 5I59B 2F6PA 2QMXA 2RCAA 4DE8A 1MQHA 1MM7A 1GVCA 3OENA 4U1OA 3O6GA 1IXIA 1H76A 3G7WA 3BBRA 3TDJA 4KCCA 3PUWE 2UVGA 1M5FA 4RA1A 4ZZEA 3S9LC 4IGRA 1UQWA 3C9HA 1USYH 4MFIA 2OWTA 4IGTA 2VHAA 2ZMBA 3KOTA 3GXAA 4BDRA 2HFBA 4K3FA 5JTYB 4HS7A 3TQLA 2OBGA 5DEXA 1MPCA 2QSXA 5CBRA 3I3VA 4H6DA 2GHAA 3SEWA 3MWBA 5I84A 4F2OA 2OZZA 1EU8A 4H1XA 2X26A 4XKQA 2KLFA 4MBPA 4KYDA 3T66A 3C32A 2HAUA 3VFJA 3MBPA 2QJEA 1SQYA 1XVYA 2XX8A 3W9WA 3S9MC 3TYHA 4OEUA 2H25A 2QS1A 4U23A 3K6WA 2XXXA 3OO7A 1SW5A 2PMSA 4GRKA 2DOJA 4WKMA 2ZNUA 3G3GA 2ESNA 1GTKA 2ZYKA 4YU0A 3A09A 1P1NA 2XX7A 4KHZE 1B3HA 4E0WA 1JEVA 4GWOA 3IK6B 4H0WA 4MF3A 1B1XA 3T22A 4FATA 3IJXB 3RTFB 4UA8A 1YAEA 2ZNSA 3UP9A 1FQDA 2I49A 3MPKA 2VP1A 1GR2A 1EZOA 1B3GA 1A40A 3ZKKA 3RGYA 1Y9UA 2REGA 2HXWA 3KN8A 2I4BA 5FTHA 1A8FA 1HSJA 1LBCA 2NWJA 1NNKA 4F1UA 3TMGA 4DXBA 1EZ9A 3TKDA 4RJZA 4H5FA 4MLVA 4ZDMA 1ZJLA 4PFUA 4R73A 3MAMA 1QKAA 5AA4B 3R6UA 1IITA 3I5OA 3S9NC 4F3BA 4IB2A 3HHFA 4NMYA 2DWAA 4GL0A 1XS5A 1BIYA 1D9VA 4H65A 2D5WA 3TTMA 4M4GA 2VD3A 4WEPA 4HCYA 3UN6A 5H8HA 1DOTA 3OSQA 4FIMA 3B6WA 4G4PA 3SKPA 4LATA 1DTGA 3N94A 1MY3A 4ZZAA 2ABHA 4EDPA 1D9YA 2ZYOA 3VLWA 4ZEKA 2RC9A 1B7ZA 4X48A 1AIVA 2OJTA 3R26A 2UYEA 3V8XB 2I0BA 1Z7NE 3IB1A 3H06B 3MVXA 1P1OA 1N3XA 4KCDA 2H4IA 1LFHA 4ELPA 2DXYA 1UTHB 5I2NB 4U1ZA 5H8NA 1R9QA 3TQWA 1VE4A 2ONRA 5M2VA 3T9XB 1LAHE 3K4UA 4Q0CA 4FEDA 1B0LA 1N84A 2UVIA 4PFYA 4F3GA 4R9GA 1I6QA 3DLNA 3C4MA 4EQBA 3HN0A 4OZ9A 4R2FA 3O29A 5I56B 4NF6B 1N7XA 2HZKA 1MG1A 5CMCA 2XXQA 4THIA 3VXCA 5L9OA 1B9JA 2RKMA 4OWDA 4R9FA 1HSEA 2ONSA 2FNCA 4XIGQ 2XD3A 2F36A 4EQ9A 3B6QA 3H7MA 1OQHA 2XXPA 2F6GA 4ZEIA 2A5SA 4JSOA 3O9PA 5I58B 4ISUA 1SW2A 1MS7A 3CI8A 3EQ1A 3W15C 2REJA 1YPNA 4R74A 1MPBA 1A8EA 1A55A 1SI0A 4XKPA 4GLIA 5CI5A 3KBRA 4DDDA 2ONKE 1CE2A 3OO8A 2F8DA 5AA3A 3CR9A 4DXUA 1KWHA 1MY4A 1MY0A 2F5XA 4WXJA 1MH4A 1MXYA 4OFLA 3DELB 3V89B 5ICTA 1QUJA 4OHNA 1NH8A 4G8NA 1O63A 5H8FA 1MQJA 1MQDA 1USYE 4R75A 1B4HA 3IB2A 3QXMA 4JDFA 1FTOA 1IEJA 1IUDA 1BKAA 4LQ2A 3CSBA 3H6VA 1MXUA 4DLDA 1MXZA 1FW0A 4NF5A 4ZEBA 2Z23A 5DYHA 1P99A 4KPTA 3SETA 2H9BA 1LSTA 4TOZA 4NF4B 1L5TA 3TCFA 3N6UA 5I59A 1VR5A 5EHMA 4Q5TA 3MUQA 2O69A 1DSNA 4XKRA 1LFIA 4TLLB 3V83A 1GGGA 2HAVA 4X1BA 4YB7A 2H5YA 1XT8A 3CG1A 4P0IA 4QRZA 2DSFA 1OMPA 1IXHA 3PU5A 3RNNA 2BJJX 4F31B 4G68B 3B7DA 2R6GE 3IJOB 3VLUA 4QF9A 3TAJA 3U94A 2F97A 2V3UA 3RTWB 3TCGA 2O7UA 4JSDA 1O64A 2UXAA 1XVXA 1WVJA 3EF7A 4F19A 3IO6A 2XXRA 4H8JA 2O7IA 1O7TA 4BDQA 1DPEA 3JV9A 1Y4TA 1B1HA 3LSWA 4PE5B 5DVIA 1PDAA 4OTEA 5JTYA 4JBZA 4G8MA 1F9BA 3FVKA 5AA2D 1ZMGA 1UTBB 3QYTA 4N13A 4KD5A 2B3BA 1B05A 3IO4A 1ELJA 1MDQA 3RY3A 1N0TA 4IO2A 1XC1A 3K00A 4R6YA 1LLSA 1TFAA 3IOTA 3EHUA 2GFEA 1CB6A 1RYXA 4G8HA 1BP5A 5CMBA 2W7YA 1TT1A 5TP9B 2GHBA 2X7QA 3W9VA 4G77A 2PT2A 4HTGA 3V5AA 4X9TA 1B7UA 5DVFA 1R6ZA 2Y7PA 2F7CA 1N76A 4EUOA 3LSFB 1MY2A 4QFKA 3PPNA 1SDXA 5EYFA 4O3BA 1Q1KA 3H3GA 3LBSA 1YTVA 1MXWA 2DP8A 2OK2A 5CMKA 3FXRA 5AA1A 4GXSB 1ZIUA 1XHYA 1B0HA 3TFLA 3LSXA 1RYOA 3ZS6A 2PVUA 3PMWA 1JW4A 5B7DA 2PBWA 3E3KA 3VLVA 4OVJA 3IORA 1B7HA 3MVWA 5KCJB 1R9LA 3S2VA 3TZAA 3MZ1A 2F7AA 3UK4A 1TXFA 1FQBA 4Q8RA 3MC2A 4RXLA 5JK4A 2DWIA 2ZYNA 4KYEA 4NWDA 4N07A 2DE2A 1URDA 3USDA 2XXWA 3MVYA 4RNSA 1WODA 4M1VA 4ELQA 3GBAA 3VE1B 2XXUA 4P0GA 3Q29A 4C1TA 5I57A 1AMFA 4LZ5A 1SD3A 1JQFA 3E4RA 4F3PA 4F1YA 4I62A 5HBCA 3OO9A 2QS3A 5J1DA 1N7WA 1MH3A 3RUMA 3RN8A 4KR5A 1PB8A 3T9HB 4ECFA 3JYRA 1MQIA 3K2DA 3OEMA 4JWYA 1JW1A 4IO5A 3U93A 4OESA 2I3VA 3OOAA 2Y7RA 2F78A 3FZVA 4U4XA 2DXRA 4R2BA 2XXHA 3RT6B 1II5A 4PETA 1UTHA 2I0CA 3WAEA 5ITPA 1VFEA 5I2NA 5DEXB 3GZGA 3N26A 4OMBA 3CG3A 1IQ7A 3U72A 1DMBA 3RQTA 3H6TA 3CRBA 1QUKA 3H03A 4BDMA 2Q8JA 1NNTA 4FE8A 1B52A 2NOOA 2O51A 4JWOA 3U1OA 1QJMA 1SVXB 5I56A 4NF6A 2O6AA 3C31A 3CIJA 1A99A 3KZGA 5AA2A 1B3LA 3H6UA 5FHMA 1B5IA 2GH9A 4RPOA 4IO6A 2QMWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDZA 4PTKA 5CBSA 1H44A 2ZYMA 4LVQA 3U65A 1S7YA 4YKJA 2CEXA 2WYKA 4G2ZA 2WEFA 4YB5A 2RC7A 2V3QA 5A5XB 1QKBA 2Q2CA 5FHNA 3PUZE 3MVZA 3OEKA 5I58A 3CSGA 1JETA 3FD3A 1R1NA 5F1QA 1DK4A 2Z8EA 3D4CA 3PPRA 4DIGA 4BDOA 1SW4A 3VDFA 1H3DA 3TELA 2IEEA 2OLBA 5EYHA 1Q35A 4OQOA 3M3LA 5JEIA 1FTAA 1UIUA 2X7PA 5I5PA 3A3UA 2E0SA 2PX1A 3K02A 3FV1A 4JVCA 2P0SA 4PF6A 2AL4A 1JP4A 2I6EA 4UACA 2VPNA 1Y3QA 4N8GA 5EHSA 3MJNA 5CC2A 1S9TA 5ITOA 1B40A 3MSTA 1BK4A 2ZXTA 3TPAA 1FTJA 2B65A 4OERA 4N6DA 4OXVA 2PT1A 3T9UA 4EF1A 3PUYE 4EQ7A 3IFAA 4MH5A 5HM4B 2VPOA 2V93A 1FPIA 1G0HA 4POXA 4N4UA 3UA8A 2O1LA 2B4MA 1FPDA 4N6KA 1A7LA 3C35A 3RPWA 3RT8A 4XKNA 4LQ5A 1A54A 2GRVA 2IA4A 1XI6A 1OQGA 2G93A 4NF4A 3CHGA 4Q30B 2OWZA 2QPQA 5FBPA 4OFJA 3MZBA 3K1MA 1PEBA 3IL1B 2H98A 1B58A 2PFZA 4LP2B 3G3HA 2F3DA 2R9JA 5EQAA 4GWSA 4ESXA 4P56A 4EXLA 4GL8A 4G61A 1I6AA 3K1NA 2QS4A 1PBPA 2Y7IA 4ZEDA 4XXUA 4F3SA 1IXGA 3E9XA 4QHQA 5CM6A 3FVNA 1NMUA 1US5A 1Y4CA 4Z0IA 1RKMA 1CNQA 3QSLA 3H6WA 2ZNTA 3S9EA 1NNPA 4ELOA 4O94A 3PPQA 4EF2A 2NVUB 1OLAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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