1JVXA

Maltodextrin-binding protein variant d207c/a301gs/p316c cross-linked in crystal
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNACTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGGSVALKSYEEELAKDCRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystine: Fibrous Biomolecular Material from Protein Crystals Cross-linked in a Specific Geometry
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
molecule keywords maltodextrin-binding protein
total genus 116
structure length 371
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvxA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jvxA01
1MY4A 2UYFA 3N6TA 3RNNA 2O7UA 3K1MA 1MXXA 1N0TA 2F6GA 2BJJX 2VP1A 4KI0E 4PFTA 3S9EA 4F3GA 3UN6A 2O69A 4F2OA 1B1XA 2UXAA 4LZ8A 3N94A 4F22A 3EPEA 3ZKKA 4JSDA 4YZZA 4IO7A 2VD3A 2O68A 4NMYA 3IO4A 2PT2A 1B7HA 2HAUA 1JW4A 1S7YA 4R74A 3AXFA 1GV8A 3T22A 5I2KA 3K2DA 3OD7A 4HW8A 4GRKA 5B70A 3FV1A 2THIA 3D4CA 2XXHA 4NF8B 2O1MA 4EXKA 3FVGA 1IXCA 1LFGA 4H0WA 1MQDA 1NH8A 3PGFA 4H5GA 1DPPA 3TTNA 5DT6A 3EN3A 3LC8A 2ZYNA 3D4GA 3TTLA 4XKPA 3T9VA 3TYHA 4BDOA 4BDMA 3KBRA 5DVFA 3Q26A 2XD3A 3U8QA 4QFLA 4KPTA 4DCYA 4ZECA 2ZYMA 5KZTA 3S9MC 4F3PA 3QAXA 2I3VA 1MH4A 4HCYA 1Y3PA 4MLQA 3DLNA 1M5CA 2DSFA 2I0BA 4ELQA 4YB5A 4YMAA 1TWYA 5KDTA 4JWXA 2ESNA 2VGQA 2D3IA 3IR1A 1AL3A 1MXUA 1D9YA 1MXYA 5I57B 4IGRA 3VLUA 1PB9A 4M1VA 1MQHA 3N26A 1Y3QA 4N07A 3FJMA 4IGTA 5ELVA 3U1OA 2QS3A 1UTBA 1YCJA 2DOJA 3QUJA 4YKIA 1P1OA 1MM7A 2V93A 2CZLA 2RCBA 4H5FA 4LQ2A 4QFNA 4IO5A 1UIVA 2FNCA 3FASA 1FW0A 1MRPA 1D9VA 1Z7ME 1ZJLA 2UVGA 3FATA 3K01A 3LR1A 4OVJA 5EHMA 4ESWA 3Q29A 2DQVA 2KLFA 1LFHA 2Q2CA 2H5YA 3C34A 2OLBA 4KYEA 5ICTA 2XXWA 5I59A 2ZYOA 1XVYA 3W9WA 4IO2A 1GVCA 2YJPA 3MP6A 4QFOA 1MH3A 3CSBA 3VDFA 1B3HA 1AOVA 4RXLA 3PPOA 4H1XA 3ZSFA 4DDDA 2OZZA 4QF9A 3W15C 5CM6A 1ZLQA 3RY3A 4QHQA 1HSJA 3LSWA 2PBWA 3T93B 3CSGA 5KCJA 4O3AA 3CI8A 1A40A 1FQBA 1MY2A 3LBSA 1OIBA 1MPBA 1Y1ZA 2GHBA 3G3JA 4L17A 4PE5B 4X48A 3TQLA 1VFDA 4DIGA 3ZS6A 4R2BA 1P99A 3USDA 2I4CA 3MVWA 1YPNA 3FXUA 3RPWA 1NKXA 5H8HA 2DWJA 3G7WA 3A09A 1ELJA 2AYSA 3H6UA 4GWOA 2F35A 2XXVA 3DM0A 3TKDA 1JVXA 3PUXE 4X9TA 4OMBA 3RTFB 4WEPA 3UGWA 2X7QA 3S9LC 2GH9A 1UQWA 3RUMA 4LATA 4GXSB 4GQOA 1A8EA 4GXAA 4NF6A 3K6VA 4YB6A 1RYOA 4TLMB 5TP9A 4R73A 2RINA 2NUVA 3LSXA 5KDTB 2UVIA 1B5HA 1JEUA 1OVBA 1XHYA 2QMWA 3KJ7A 3MVZA 4R9FA 4RK2A 5H8FA 4OYVA 1FTMA 1QUIA 2O7IA 3C9HA 3PD9A 3SEWA 3MVXA 2QL3A 4QFPA 4PP0A 4YU0A 1WDNA 2LAOA 4FORA 3IOUA 3RN8A 1JEVA 3VVFA 4F39A 3VE1B 1B1HA 3EF7A 3FVNA 1B5JA 2XX7A 3KSJA 1A7LA 1UTHA 5J1DA 1N3XA 3L6GA 1SW1A 1IITA 5FHMA 3SKPA 5CMKA 3MPKA 4ZS9A 4YKKA 5H8NA 1US5A 3EQ1A 2I6EA 1P1UA 2Q2AA 1B05A 1TT1A 4U23A 5H8HB 1H76A 1PEBA 3FV2A 4IB2A 4Q5TA 4BDLA 5KCJB 1A8FA 3SDFA 4KFQA 4XTCQ 4OFJA 4OENA 4ZZAA 4LONB 1PBPA 1PB8A 2QMXA 4OFOA 3OEKA 3IO6A 2F34A 3EHTA 1MQIA 3TTRA 3PPNA 3MP1A 2ZNTA 3U94A 3MUQA 1I69A 1B7UA 1ANFA 2ABHA 3HN0A 1DPEA 3PUZE 1SI0A 4QSDA 3SESA 1BP5A 1DOTA 1Y4TA 1WODA 2REJA 4OXVA 4RY1A 2XXYA 3TZAA 5EYFA 2F78A 3B6QA 4XKQA 1O7TA 2P2AA 4UA8A 1OQGA 4Z7EA 2YLNA 1N7WA 4ISUA 4R6YA 1II5A 1A54A 4H6DA 1MPCA 5L9OA 1JQFA 2HQ0A 5H8FB 4QRZA 5JTYA 4THIA 3PMXA 3LSFB 1SI1A 3EHUA 3PPRA 2DVZA 2A5TB 4LP2B 4NF6B 4UACA 5I2NA 4NEDA 4FE8A 2P0SA 5L8DA 3E9XA 1LAGE 3PPPA 3M3LA 4DXCA 1B51A 3MW0A 1YTVA 5JEIA 3I5OA 5TU0A 1B0LA 5DYHA 1QKAA 1IIWA 1URSA 1XOCA 2XXPA 3OENA 2XX9A 4OETA 3IB0A 3TQWA 3VXCA 1JETA 4DLDA 5ITPA 3MQ9A 2WKYA 4NWCA 3H06B 4GD5A 4ZE9A 2OCUA 4POWA 4R75A 5AA1A 5DTBA 2D5WA 5F7VA 5HBCA 5CMBA 4F31B 1GR2A 2H25A 1JNFA 3OELA 1NNPA 1GGGA 1QUJA 1ZTYA 2QS2A 3S9NC 1MDP1 1MQGA 5EHSA 5IAIA 3G3HA 3M8UA 4I8CA 1IXHA 5DVIA 1B3LA 3H6WA 3V83A 1PBQA 4TLLB 5IKBA 3PU5A 2R71A 4ND9A 5TP9B 2Z8FA 2HZLA 5TPAA 2GFEA 3OSQA 2RC7A 4F3SA 4I9DA 1B52A 5H8QA 5LOMA 1ZBMA 1D3KA 1XC1A 3W9VA 3ILUB 2HEUA 2F97A 4ZDMA 4HTGA 3MPLA 3R26A 4IY6A 4OEVA 2CMOA 5DVJA 5FHNA 4JB7A 4QSEA 3JZJA 4HS7A 4AB6A 3FGSA 2QS4A 2O84X 3ILTB 3QYTA 4KQPA 5K2YA 1UTBB 3CIJA 2UYEA 3RTWB 3OO6A 4LQ5A 3MJNA 4GFRA 1POY1 4M4GA 3V5AA 3VVEA 1Q35A 5BWJA 5M2VA 4NF4A 4BLAA 1ZKBA 4KYSA 3R7XA 3UIFA 2NXOA 1VR5A 1EZOA 2Y7KA 3O6IA 4ZEBA 5BUUA 2PX1A 3PUVE 1USYH 3B7DA 1N7XA 3K1PA 3RLFE 4PFYA 2NOOA 1TXFA 3HHFA 2V84A 3FIRA 3HV1A 1PDAA 2I0CA 1SYHA 3MVYA 4Q0CA 5I58A 3MAMA 2ALUA 1Y1MA 2UVJA 5JK4A 1LBBA 2G93A 3PV0E 3VLWA 1R9QA 3IJXB 1URDA 1BLFA 1AMFA 3G3GA 2I58A 1OMPA 3O29A 4RK9A 4YKJA 1BKAA 3CG1A 3FVKA 3KN8A 1SW5A 1NNKA 4FATA 4Q8RA 2H99A 4OTEA 1Z7NE 3E3KA 2OWSA 3FD3A 1ZU0A 3I6VA 2W7YA 3C36A 3OO7A 1JVYA 4IO6A 3HHGA 2DYXA 1NMUA 1Y9UA 3WAEA 2G29A 4AQ4A 2Q88A 3FVOA 3H4ZA 3GLBA 4KYDA 3E13X 3GBBA 3FXRA 2QPQA 4U4SA 4KHZE 2DWHA 2VD2A 3QXMA 3IK6B 4IY5A 4R2FA 4E0WA 4EUOA 3IX1A 1DMBA 4IO4A 2PYYA 4KR5A 5FTIA 4G8HA 1P1NA 1B40A 1SVXB 3TCFA 2E1SA 2F5XA 3KOSA 2RC8A 4OFLA 4R6KA 4YB7A 1IZ1A 4O3BA 1EZ9A 1LFIA 2ZNUA 5FHOA 4DXBA 4R72A 2HCAA 3T9XB 1LSTA 1NNFA 3KN3A 1LGBC 1MY3A 2R9JA 4GIZA 1URGA 3IOWA 1DTZA 4ZZEA 3SEUA 4WKMA 4Q30B 3TFLA 4H65A 4JBZA 5I84A 1FQCA 1RYXA 4BDRA 3K02A 4ONYA 1XS5A 5AE4A 4DZ1A 1POTA 5I56A 5H8SA 4ELOA 1FTLA 2XXXA 3TUSA 2DP8A 1FQDA 3C32A 1RKMA 5ISUA 4G2ZA 3FJ7A 3T96B 4LVQA 1N3WA 1O63A 3TODA 4C1UA 3SERA 3B6TA 3IAZA 4OERA 2Q9TA 1O64A 1Q1KA 2Q89A 3K6UA 4I1DA 3TTMA 1LB8A 4OEUA 2OBGA 4ZEIA 3TPAA 4EF1A 1L5TA 5L9MA 1SW4A 1MS7A 4OESA 4LA9A 5JTYB 3MZ1A 4U2RA 1R9LA 1XT8A 2AIXA 4ELPA 4F3BA 1A55A 1M5EA 3BKIB 3MWBA 2DE3A 1B3EA 5B7DA 3K6XA 2REGA 5CBSA 3IL1B 4HCWA 4C1TA 1QKBA 2E0SA 3GBAA 3KGCA 2O1LA 2YPNA 1B58A 3ECRA 3HO7A 3N5LA 4NF5A 5HPQA 5I57A 2AL4A 3O28A 1LLSA 2ZMBA 3A3CA 1IXIA 2XXRA 1B4HA 2XXTA 4XXUA 1OLAA 4XIGQ 1H45A 3O97A 1IUDA 2I48A 3H7MA 2OJTA 4F1UA 4F2QA 5AA4A 3FUZA 3P7IA 4AB5A 5I59B 5AA3A 4BDQA 3BBRA 4G68C 1P1QA 3TELA 1WVJA 1CB6A 1B3GA 3H3GA 5FTHA 3TTKA 4QFKA 3B6WA 4ZEDA 2H98A 3CFZA 4FJPA 2QSXA 2XHDA 2XXQA 1MXWA 1Y3NA 2V3UA 1SBPA 2F7BA 4F29A 3TCGA 3IB2A 5CC2A 3ONMA 2IA4A 2DS9A 1MY1A 1IXGA 3DELB 3K6WA 2I3WA 3WAFA 1DSNA 1IEJA 4QSCA 3OO8A 4FEBA 3VFJA 2QS1A 2DWIA 1T0KA 2DXYA 3BFUA 5ICQA 4YMBA 3R6UA 1ATGA 3CR9A 1JW5A 3F11A 4PFUA 3V89B 3OOAA 2NVUB 1FTJA 3KJTA 4RA1A 3PMVA 1S50A 1AIVA 1BTJA 4DXUA 1MPDA 3VLVA 2GHAA 3IJOB 1M5BA 2Y7IA 3JYRA 1N84A 4GOTA 4H8JA 4XKNA 4EQ9A 2DWAA 2RF1A 2VHAA 2Y7WA 1QVSA 2ANJA 5AA4B 1EZPA 4G68B 1MXZA 3KN7A 1SD3A 3PMWA 2X26A 2UVHA 2A5TA 4LUBA 5ITOA 2Z8EA 2OWTA 3G3IA 1LB9A 1P1WA 2GRVA 2VOZA 1J1NA 3GZGA 1B32A 4JXIA 3O6GA 4NF4B 1NH7A 4NF5B 3UP9A 4GF8A 5TPAB 5AA2A 1FTKA 4U22A 2DVCA 2V3QA 3C31A 4MLVA 3RT8A 4GVOA 4R9GA 1B7ZA 1CE2A 4GLIA 4JSOA 1FTOA 1SQYA 1VSOA 3TAJA 3TDJA 1D4NA 3U92A 4U4XA 2F36A 1FQFA 4TOZA 4FEDA 2Y84A 3C4MA 3CFLA 3KOTA 3M3FA 5CMCA 2H9BA 1LAXA 2PT1A 3OO9A 4YKPA 4G4PA 4OQOA 3PUWE 4KCCA 4U1ZA 4K3FA 1HSEA 1MXVA 3HSTA 3MC2A 4NWDA 4OWDA 4RJZA 4EQ7A 4NE4A 2XXUA 1HSLA 3JV9A 1KWHA 1Y20A 2ZYKA 3G3KA 5CI5A 4YICA 2P1SA 4H8IA 1SW2A 4EXLA 4JWYA 1MQJA 1QUKA 1UTHB 2FYIA 1S9TA 1PC3A 3CFXA 3ODBA 4NF8A 3T9UA 5I58B 1AH5A 3A3UA 3TEPA 1I6AA 1VFEA 1US4A 2B3FA 2PMSA 3PPQA 3MZBA 2F7CA 5H8NB 1LAFE 4GL0A 2Z23A 4H67A 4KD5A 4P0GA 3LSLA 1VE4A 4R6HA 3C35A 3SETA 4G8NA 1B46A 1YAEA 4P11A 3RT6B 1LBCA 2ONRA 1B4ZA 2HFBA 2R6GE 3PUYE 3FXQA 5I2NB 3MZ9A 3K4UA 4G68A 1OQHA 2Y7PA 2ZXTA 3BFTA 3Q25A 1H43A 1ZIUA 3H6VA 4GL8A 1OLCA 5F1QA 5K2XA 5CBRA 2V25A 3MP8A 1FQAA 3CVGA 1B9JA 1N04A 4Z0IA 4RYAA 1QULA 3O2AA 1USYE 3UK4A 5I56B 4MF3A 5AA2B 4ZEKA 3M3KA 3HPIA 1R6ZA 1SDXA 3U93A 4EF2A 1MG1A 1XVXA 3QK6A 4PETA 3Q28A 3GXAA 4JDFA 3T9HB 1SYIA 1I6BA 2B3BA 2FA7A 3UORA 4FAJA 1A99A 1B3FA 2Z8DA 4DCXA 2I4BA 3KFMA 3DP4A 4MFIA 4O3CA 4LZ7A 2X7PA 1M5DA 3MBPA 4P0IA 2DE2A 1NL5A 2I49A 2QRYA 2NWJA 4ZE8A 3S2VA 2XXIA 3QSLA 2B65A 2V3TA 1B2HA 4OZ9A 4X1BA 4ECFA 4E0XA 4WXJA 3C33A 3KSXA 1LCFA 3SEVA 4XKRA 3THIA 3TCHA 4U21A 2Z22A 3U72A 4U1OA 3K1NA 5L9SA 4POXA 4F19A 2F6PA 1PB7A 4WEDA 4EDPA 1M5FA 4N13A 2HAVA 3E4RA 3V8XB 3OSRA 4RNSA 4MH5A 5I2KB 4ZEFA 3IOVA 3VV5A 2OK2A 2ONSA 4G77A 1EU8A 4EQBA 2AL5A 3RQTA 4C0RA 3OXNA 1GTKA 3I3VA 3TMGA 1TFAA 2M8CA 1TFDA 4LZ5A 3RGYA 3O9PA 3SEYA 2Q8JA 5HM4B 4NTLA 1UIUA 4N6PA 3SEXA 3G3FA 3VVDA 4YAHX 5A5XA 3UA8A 4TQUQ 2RKMA 2ZNSA 3PD8A 2O6AA 4X1DA 3CRBA 1FCKA 3H03A 3KG2A 2DXRA 3N6UA 1F9BA 5H8QB 3EHSA 3KZGA 4F1YA 3IOTA 1I6QA 3O6HA 1NNTA 4PFWA 4FECA 1NFTA 1QJMA 3QUFA 4I62A 4BDNA 4KCDA 1LCTA 2F8DA 3T66A 2XX8A 2XD2A 1OVTA 3H6TA 1JW1A 3IB1A 3DP8A 3IORA 3LUYA 5CRYA 3L6HA 2HZKA 1EH3A 1Y4CA 4F18A 2RC9A 3OMBA 3HCQA 3O66A 5DEXA 3VXBA 3CG3A 2H4IA 3DP6A 4FIMA 4MBPA 4PQJA 1FQEA 2DE4A 3K00A 3OEMA 3ZKLA 4ELRA 1MDQA 1MY0A 4ESXA 1B0HA 4OHNA 2RCAA 4G8MA 5DEXB 1LAHE 4RPOA 3QIMA 3KEIA 4RPNA 1R1NA 2F7AA 2IEEA 1H44A 1B5IA 1N76A 1MM6A 2PVUA 3FZVA 3FJGA 3S4UA 1ZMGA 5AA2D 5A5XB 1B6HA 5CMMA 2HXWA 1IQ7A 1DTGA 2QJEA 4DE8A 1QW0A 2D21A 2Y7RA 2ONKE 1H3DA 3K0VA 4IO3A 1BIYA 2O51A 3Q27A 4JWOA 2A5SA 4F1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UYFA 3N6TA 3RNNA 2F6GA 3EPEA 2VD3A 2O68A 1B7HA 1JW4A 4GRKA 3LUZA 4NF8B 4MJOA 5DT6A 3TYHA 4BDMA 4XKPA 3T9VA 4ZECA 5DVFA 2XD3A 3S9MC 3QAXA 1M5CA 2Y5LA 5KDTA 4JWXA 5I7IA 4IGRA 1MQHA 1Y3QA 5ELVA 5I56B 1YCJA 2DOJA 1P1OA 1LBZA 4N6KA 1Z7ME 2UVGA 3K01A 4OVJA 3LR1A 3W9WA 2YJPA 3MP6A 4KXPA 4QF9A 3U65A 1ZLQA 3T93B 5KCJA 5I3SA 1A40A 1Y1ZA 2GHBA 4DIGA 1IMBA 3USDA 3FXUA 2XXVA 3DM0A 4N4UA 3UGWA 2GH9A 4GXSB 1FJ9A 4GQOA 3K6VA 4TLMB 2RINA 2NUVA 3LSXA 3C9HA 1QUIA 3SEWA 4PP0A 4YU0A 1WDNA 3RN8A 3VE1B 1B5JA 2XX7A 1A7LA 4PFBA 3SKPA 1FBPA 2I6EA 1P1UA 2Q2AA 1B05A 5KCJB 1PEBA 3KC1A 1PB8A 3EHTA 3PPNA 3MP1A 2ABHA 1DPEA 1KZ8A 4OXVA 1WODA 2REJA 2XXYA 3B6QA 2P2AA 1N7WA 4N17A 1KA0A 1II5A 4H6DA 1MPCA 5L9OA 2HQ0A 5H8FB 3PMXA 1SI1A 4NF6B 4UACA 1B51A 3E78A 3I5OA 1QKAA 1IIWA 3VXCA 4GWWA 2WKYA 4NWCA 4GD5A 5DTBA 5F7VA 1JNFA 1ZTYA 1NV3A 3M8UA 3V83A 5ET6A 3PU5A 5TP9B 3IFCA 2GFEA 3OSQA 2RC7A 4I9DA 1G0IA 1ZBMA 5FHNA 3FGSA 2O84X 2UYEA 3RTWB 3OO6A 5BWJA 1FPGA 5BUUA 5A5LA 3RPLA 3KBZA 2V84A 1FPKA 3MVYA 2WEFA 3MAMA 5ET5A 1LBBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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