1JW4A

Structure of ligand-free maltodextrin-binding protein
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural evidence for a dominant role of nonpolar interactions in the binding of a transport/chemosensory receptor to its highly polar ligands.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords maltodextrin-binding protein
total genus 123
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw4A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw4A01
1B32A 2UVJA 1T0KA 3HPIA 4G77A 4ZEKA 1QUIA 5F1QA 4ESWA 4NMYA 2I0BA 3MP8A 3TCFA 1PB7A 1N7WA 1I6AA 1H45A 3U92A 1B3HA 3T66A 3O29A 5K2YA 5EHMA 3V5AA 3CG1A 2ZXTA 3U1OA 3H06B 1B52A 3H7MA 2OCUA 4NF8A 4TOZA 4F29A 2F8DA 4WEDA 1B58A 1I6QA 1PDAA 5JEIA 1B1HA 2ZNSA 4PQJA 1JEVA 4OYVA 1PC3A 2GRVA 2FYIA 3C33A 3VLVA 4ZE9A 1TFAA 5TPAA 2ZYKA 3TQWA 1EZPA 2QMWA 3BKIB 3CRBA 3KEIA 4F19A 1OLCA 4HW8A 2F34A 4RA1A 1BTJA 1NKXA 2DOJA 2QS1A 2F35A 2NWJA 3USDA 3O2AA 4I62A 4E0WA 3GLBA 1IIWA 1SI1A 3KN7A 1MH4A 3VLUA 4DXBA 4DXCA 2E0SA 4FAJA 1H44A 1UIVA 2BJJX 2H9BA 1JVXA 4KQPA 3OELA 3LSWA 3G3GA 3M3KA 3CFLA 3K6WA 5ITPA 1UTBB 5H8QB 1DSNA 5L9OA 3TODA 3Q27A 4OENA 2REGA 3HCQA 4FEDA 4F3PA 3SKPA 2V3TA 4NF6B 2B65A 1M5BA 5I58B 2QL3A 1P1QA 3O6GA 5H8FA 4QFLA 4G8NA 4OEUA 2DXYA 2Y7RA 2F36A 1B0LA 2VGQA 3V8XB 2V3UA 1FTKA 1VFDA 1O63A 4OERA 3H6TA 1JVYA 1Y3NA 1B3EA 4NF5A 3FVNA 2NXOA 3N26A 1A99A 4OQOA 4Q30B 5AA2B 4NE4A 4G4PA 2CMOA 2ONSA 1MY0A 3KN3A 4KD5A 5DT6A 1YTVA 3SEYA 3EHTA 1YCJA 4QFNA 1Y1MA 3LC8A 2THIA 4YKPA 1P1NA 4OETA 1FTJA 1KWHA 3HN0A 1MPDA 5KCJB 2UYFA 4NF8B 2ANJA 4KHZE 1B40A 3MJNA 4LUBA 3FVKA 1URDA 1AIVA 1NNKA 3RNNA 1EU8A 3PPQA 4AQ4A 4F3BA 1PBQA 2RC9A 4N07A 1IXIA 1HSEA 4ELRA 5TPAB 2I4CA 1GGGA 3VVFA 1SVXB 3SDFA 2GFEA 2OJTA 3LUYA 2ZMBA 3EHUA 4JXIA 1N3WA 1ZBMA 3I6VA 5I2KB 3MVZA 3H4ZA 3FV1A 4LA9A 3E3KA 1MH3A 2O68A 2I3WA 5EYFA 4R9GA 3IJXB 3MUQA 3PPPA 1M5DA 3Q26A 3TZAA 2Y7PA 2DQVA 1QUJA 3PU5A 1MY4A 3QSLA 3EQ1A 4R74A 3V83A 4KI0E 4LQ5A 1Y3QA 3PPNA 3TTRA 3R26A 1ZKBA 3IOWA 3B6WA 4LP2B 4DLDA 4F1YA 1OQGA 5H8FB 3W15C 2E1SA 5FHMA 1B4ZA 1ZU0A 5CBSA 3RPWA 1RYOA 4X1DA 4R9FA 2X7QA 5AA3A 4G8MA 3RLFE 3D4CA 1GR2A 3SERA 3U93A 2ESNA 4TQUQ 3IO6A 2H4IA 4EDPA 1O64A 4YKIA 4MLVA 4UA8A 5DEXA 4TLLB 3MVXA 4EQBA 3DLNA 3MBPA 2P1SA 4NF5B 4GL0A 1R9LA 4GOTA 4LATA 3SETA 4RY1A 3TKDA 3K00A 3PMXA 4GWOA 2DWJA 3OMBA 1UQWA 3H6VA 1FQDA 4P11A 2XXYA 3C9HA 3DM0A 3N6TA 2HEUA 1XS5A 4BDMA 3KSXA 2HZLA 2B3FA 3T9XB 5KZTA 1LSTA 2H25A 1AL3A 2REJA 2XXIA 2O7UA 4OXVA 3K0VA 4L17A 2XD3A 2Y7IA 1ATGA 3F11A 3O9PA 2VOZA 3OO7A 4BDNA 1NL5A 3OEKA 1POY1 3UP9A 1OVTA 2HAUA 5M2VA 3E4RA 3IOVA 3GZGA 4BDQA 1QUKA 4R6YA 4FIMA 2QMXA 3FD3A 2ONKE 3Q29A 1B7UA 1I6BA 1AMFA 5DYHA 1FQCA 4F2OA 3IOTA 3QK6A 3ILUB 1LBBA 5LOMA 3GBAA 4GLIA 3EF7A 3IAZA 3IOUA 3TPAA 1MG1A 5FTHA 3FVGA 4ZZAA 4GQOA 1XHYA 3K1MA 2XXRA 4ONYA 3N94A 4U1ZA 4EXLA 1MY3A 2I48A 4H65A 3TTNA 3SEVA 1DOTA 3TUSA 3Q25A 2Y7WA 5CMKA 4AB6A 2GH9A 5HPQA 3IORA 1B5HA 2AYSA 4OESA 4U4XA 1ZIUA 3W9WA 1UTBA 4JBZA 3MAMA 1Y20A 1BKAA 3RTFB 3VVEA 2Y84A 3PUZE 3CR9A 1YPNA 1OIBA 4NF6A 2OLBA 1Z7NE 5I58A 2G93A 3WAFA 4OWDA 3SESA 4Q5TA 1B5IA 5ICTA 4M1VA 1MQGA 4PE5B 4EUOA 2DVCA 2ZNTA 1ANFA 3UORA 3RT8A 5KDTB 3GBBA 1BLFA 4XKRA 3QAXA 1D3KA 3TELA 5AA1A 5CM6A 4MLQA 3AXFA 4U22A 4TLMB 1LB8A 1OVBA 1TWYA 4NWDA 5AA2A 2PMSA 3A3UA 5H8HB 1RKMA 3CVGA 1B05A 3JV9A 5DTBA 2YJPA 2R9JA 2XX7A 4GFRA 3RQTA 2X26A 5BUUA 2Q2AA 4KCDA 4IB2A 4QSDA 4ZDMA 5KCJA 1BP5A 3K6XA 4F31B 4OEVA 3ODBA 1BIYA 4OZ9A 3THIA 2XXPA 1MPBA 3UN6A 1SW2A 2WKYA 2HCAA 1NNPA 1EH3A 2UVHA 1P99A 2Y7KA 5CRYA 3CG3A 4QRZA 2DE4A 2PT2A 2ABHA 5CBRA 4XKQA 4HS7A 1JW5A 4C1UA 4F3GA 4JDFA 4KFQA 4H1XA 5HM4B 5I2KA 3M3FA 2D3IA 1LLSA 1CB6A 4U2RA 1H3DA 4HTGA 4PFWA 5I59A 4XKPA 3D4GA 4LONB 2P2AA 3TCHA 1I69A 3K01A 3PUVE 4YB5A 2IA4A 1S9TA 5F7VA 4XKNA 1A8EA 2OZZA 1MM7A 3MC2A 1Y4CA 3U94A 4LVQA 2XXQA 4OTEA 1P1UA 3LBSA 1WVJA 1B4HA 3T9HB 3DP8A 4THIA 3IX1A 4R73A 4JWYA 2I3VA 4JWXA 1B7HA 3IB2A 1B6HA 1XC1A 5TP9A 3K6VA 1MRPA 1XVYA 1A7LA 4G68C 3ZS6A 3OEMA 1B9JA 4P0GA 3O6HA 3K2DA 1HSLA 4U4SA 1JW4A 1B3LA 3VLWA 5H8NB 4RK9A 3A09A 3EPEA 2UXAA 4R2BA 4WEPA 1FW0A 4F2QA 3MW0A 2O69A 3UIFA 5DVIA 3LSFB 3ZSFA 2H5YA 1VSOA 4NWCA 5H8SA 4QFKA 4ZECA 3E13X 4FORA 1IXCA 2VD3A 1Q1KA 1USYH 4GF8A 4FE8A 3B6TA 1SBPA 1AH5A 1MY2A 2RF1A 3C34A 4ESXA 4RK2A 1MXUA 4KYDA 5I57B 5L8DA 2Q9TA 4G68B 4LQ2A 1PBPA 1WDNA 2I0CA 5A5XA 1Y4TA 4H5GA 4Z0IA 1N7XA 1ELJA 1USYE 4ELQA 4F22A 1JW1A 1B3FA 4GXSB 5TU0A 5CMCA 3T93B 3PUWE 1OMPA 1VFEA 2KLFA 4WXJA 3M8UA 2O1MA 3SEXA 1URGA 3KGCA 2X7PA 3C4MA 5I59B 3KJ7A 3CSGA 2QS4A 2Z8DA 2RCAA 1DTZA 4OMBA 4POWA 2ZYMA 2VD2A 3O97A 3SEUA 2F78A 4YZZA 1D4NA 1MQJA 4EF2A 2Z8EA 4KPTA 5ELVA 1FQFA 3BFUA 1UTHA 4MBPA 5DVFA 1SI0A 1XVXA 3IB1A 5IAIA 2Q8JA 1Y9UA 3UGWA 1S7YA 3KJTA 3FXUA 3K1NA 4RJZA 5AA2D 3MP6A 3T22A 5TP9B 1IUDA 4DDDA 4KYSA 4FEBA 4X9TA 3RUMA 2HQ0A 4IO2A 3ZKKA 3G3KA 2G29A 1R6ZA 2F7BA 3I3VA 4BDRA 2HFBA 2DE3A 3VV5A 1CE2A 2FA7A 2RKMA 3OENA 4MH5A 1UIUA 4F39A 4GVOA 3MZ1A 4C1TA 2V93A 3CFXA 4C0RA 1B2HA 1A54A 4PFUA 4X1BA 5KDTA 3PD8A 3S4UA 2OWSA 1B46A 3TMGA 4H0WA 2V25A 2ALUA 4GD5A 3R7XA 1IEJA 3QUJA 5HBCA 2Z22A 4QHQA 2YLNA 2O1LA 1A55A 4RPOA 1MS7A 1EZ9A 5H8HA 4ECFA 4AB5A 4YU0A 1NFTA 3FJ7A 2PVUA 1SYHA 4OFJA 4KR5A 1MXVA 3BBRA 4GRKA 2XXWA 2Q88A 4YAHX 3S9LC 1N84A 5A5XB 3ONMA 4JWOA 5IKBA 3UK4A 4NF4B 3S9EA 1D9YA 4H8JA 3OD7A 4EXKA 3K4UA 4IO6A 3FGSA 1Y3PA 1A40A 1FTLA 2XX8A 4FECA 4R6KA 4Q8RA 4JB7A 3FVOA 4EQ7A 4IGTA 2LAOA 2RCBA 1F9BA 3VFJA 1MXYA 3C35A 1QKBA 2F6GA 5I84A 3TYHA 3KOTA 4OFOA 2H99A 1UTHB 4F3SA 1GV8A 3TQLA 1FTOA 1SW5A 3G3JA 1MXZA 4ZEIA 1JEUA 1LCFA 2DWHA 3FATA 3I5OA 4IY5A 1B51A 4EQ9A 3PGFA 2XXVA 3RN8A 2O6AA 2XXUA 3QUFA 4ZEDA 1J1NA 1MXXA 1VR5A 3Q28A 3MZBA 3M3LA 1MM6A 4NTLA 4F1UA 3JYRA 3S2VA 4ND9A 4I8CA 2F97A 1A8FA 5FHOA 4YICA 3ILTB 3H03A 2NUVA 3OO9A 2V84A 2UYEA 4G2ZA 3E9XA 1H43A 3HHGA 1Y1ZA 4Z7EA 5FTIA 3U72A 2CZLA 3C32A 3KN8A 2QJEA 2YPNA 1MPCA 3H3GA 1IXGA 5H8NA 4MFIA 4QSCA 4HCWA 1FQEA 2UVIA 4DZ1A 1QKAA 4JSOA 3EN3A 1IITA 3G3HA 3HSTA 1LFGA 1MQHA 2A5SA 2ZYOA 3MVYA 4H6DA 2P0SA 5I56B 5FHNA 5CMBA 2DSFA 3FJGA 1ZTYA 5AA4B 4RYAA 2R6GE 1M5EA 4PFTA 3MPKA 5I2NA 5AE4A 3R6UA 1LAXA 1P1OA 3TCGA 2B3BA 4QSEA 1P1WA 4WKMA 1LFIA 2O51A 3FXQA 5I57A 2O7IA 4G68A 3TAJA 4I1DA 4R6HA 1MDQA 3VVDA 3MP1A 4XIGQ 3N6UA 2A5TB 5CMMA 3PV0E 4MF3A 3ZKLA 2HAVA 5JK4A 1LFHA 3QYTA 3K02A 2NOOA 1OQHA 3TDJA 2M8CA 3QIMA 4ZEFA 4R75A 1Q35A 1N0TA 1B7ZA 4H5FA 4POXA 2F7AA 3KZGA 5ITOA 4YB6A 1LGBC 3PMVA 4OVJA 4FJPA 3MQ9A 1PEBA 3U8QA 3ECRA 5JTYB 4O3BA 3RY3A 3VXBA 3O6IA 2F7CA 2GHBA 3FIRA 4F18A 3V89B 1PB8A 3C31A 4LZ5A 1NH8A 4YMAA 2W7YA 3TTLA 5ISUA 4GIZA 1M5FA 1S50A 5CC2A 3PMWA 4K3FA 3G7WA 1GTKA 4IO7A 5CI5A 3DELB 2OWTA 4IO4A 3IK6B 3SEWA 1NH7A 5L9MA 3K6UA 3KOSA 2I4BA 2D5WA 1M5CA 1MY1A 3MPLA 3IJOB 4U21A 4DE8A 2DWAA 2QPQA 2D21A 3KBRA 1MQIA 1SQYA 3CI8A 2QS2A 2AL4A 1LCTA 4KYEA 4HCYA 5EHSA 1L5TA 4YKKA 3IL1B 1LAHE 3DP6A 4PFYA 5I2NB 2DS9A 1AOVA 3G3IA 4XXUA 4ISUA 3IR1A 1FQAA 1D9VA 4DCXA 2F6PA 2I58A 1LB9A 4YMBA 4PP0A 3B7DA 1QULA 3T9UA 2ONRA 1R1NA 2DWIA 2O84X 1QVSA 5BWJA 4NEDA 4NF4A 3H6WA 1B1XA 2XD2A 2QRYA 2I6EA 3CSBA 1NNFA 3QXMA 2OBGA 3MWBA 1RYXA 1WODA 3FXRA 4GXAA 2DXRA 3TFLA 3JZJA 3OXNA 1R9QA 2Q89A 2DYXA 4DXUA 4P0IA 1OLAA 1SD3A 2XX9A 2ZNUA 3RTWB 3B6QA 4EF1A 3T96B 1NNTA 4R72A 3GXAA 4H8IA 1US5A 1ZLQA 4GL8A 4I9DA 4N13A 2XXTA 3H6UA 2Q2CA 5K2XA 4F1VA 1SYIA 3RGYA 2HZKA 3CFZA 4DIGA 2XHDA 4PETA 1B5JA 1MDP1 1ZMGA 4E0XA 1Z7ME 4ZEBA 1N04A 3L6GA 2VP1A 3S9NC 1EZOA 3C36A 1JNFA 2UVGA 4YKJA 1LBCA 4N6PA 3G3FA 1B3GA 1B0HA 4O3CA 4RPNA 2DP8A 2HXWA 1QW0A 1FCKA 1YAEA 3KSJA 3PPOA 3OO8A 1IZ1A 3A3CA 2PX1A 2OK2A 1TT1A 4FATA 3BFTA 1GVCA 3IB0A 4QFOA 3TTKA 4KCCA 3VXCA 3LSXA 3OSRA 3KFMA 2GHAA 2PT1A 2NVUB 1IQ7A 3FASA 3MZ9A 1NMUA 4BLAA 3T9VA 1PB9A 1LAGE 2H98A 5B70A 2F5XA 2XXHA 1H76A 5ICQA 4R2FA 3HHFA 4IO5A 1TFDA 1VE4A 3N5LA 3CIJA 1DPPA 3HO7A 3TTMA 5I56A 5AA4A 1LAFE 1JETA 3P7IA 2QSXA 3PD9A 4LZ8A 2AIXA 2XXXA 4H67A 2RC8A 2ZYNA 4IGRA 2DE2A 4IO3A 2IEEA 4O3AA 3K1PA 1FTMA 4M4GA 3W9VA 1TXFA 3MVWA 2RINA 3IO4A 3DP4A 4BDOA 4QFPA 3OO6A 1DMBA 4JSDA 3PUYE 5DVJA 4DCYA 2DVZA 1SW4A 2A5TA 1HSJA 2Z23A 4U1OA 2FNCA 4UACA 1DTGA 5J1DA 2VHAA 4RNSA 3TEPA 3EHSA 3S9MC 1US4A 3OSQA 3VE1B 3KG2A 4YB7A 1N76A 2I49A 3O28A 3FZVA 3UA8A 1JQFA 1XOCA 4BDLA 2RC7A 1FQBA 3LR1A 4QF9A 1MQDA 3OOAA 1DPEA 1ZJLA 4U23A 4ZE8A 4LZ7A 5JTYA 1XT8A 4ELOA 2PBWA 2Z8FA 3FJMA 5H8QA 1POTA 4Q0CA 1QJMA 5B7DA 5L9SA 3WAEA 1URSA 2PYYA 3FUZA 2QS3A 3RT6B 1IXHA 1SDXA 4RXLA 3PPRA 4OHNA 3VDFA 1O7TA 5DEXB 4ELPA 1MXWA 2R71A 4IY6A 2AL5A 3L6HA 2V3QA 3PUXE 4ZZEA 4ZS9A 3HV1A 4X48A 1II5A 3FV2A 1SW1A 4G8HA 4OFLA 3O66A 1N3XA 4XTCQ 3LSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LUZA 1B32A 2UVJA 3KC0A 1T0KA 3HPIA 4G77A 4ZEKA 1QUIA 5F1QA 4ESWA 4NMYA 2I0BA 3MP8A 3TCFA 3LV0A 1PB7A 1N7WA 1I6AA 1H45A 3U92A 1B3HA 3T66A 5EYHA 3O29A 5K2YA 5EHMA 3V5AA 3CG1A 2ZXTA 3U1OA 3H06B 1B52A 3H7MA 1FPKA 2OCUA 4GWZA 4NF8A 4TOZA 4F29A 2F8DA 5ESYA 4PGPA 4WEDA 1B58A 1I6QA 1PDAA 3FBPA 5JEIA 1B1HA 2ZNSA 3KC1A 4PQJA 1JEVA 4OYVA 1PC3A 3PTYA 2GRVA 2FYIA 3C33A 2KQZA 3VLVA 4ZE9A 1TFAA 2XXKA 1FPGA 5TPAA 2ZYKA 3TQWA 1EZPA 2QMWA 3BKIB 3CRBA 3KEIA 4F19A 1OLCA 4HW8A 2F34A 4RA1A 1BTJA 1NKXA 2DOJA 2QS1A 2F35A 1FBHA 2NWJA 3USDA 3O2AA 4MCOA 4HE2A 4I62A 4E0WA 3GLBA 1IIWA 1SI1A 3KN7A 1MH4A 3VLUA 4DXBA 4DXCA 2E0SA 4FAJA 1H44A 1UIVA 2BJJX 2H9BA 3KBZA 2CZHA 1JVXA 4KQPA 3OELA 3LSWA 1KA0A 3G3GA 3M3KA 3CFLA 3K6WA 5ITPA 1UTBB 5H8QB 1DSNA 5L9OA 3TODA 3Q27A 4JVDA 4OENA 2REGA 3HCQA 4FEDA 4F3PA 3SKPA 2V3TA 4NF6B 2B65A 4PAIA 1M5BA 5I58B 2QL3A 1P1QA 3O6GA 5H8FA 4QFLA 4G8NA 4OEUA 2DXYA 2Y7RA 2F36A 1B0LA 4N17A 1RDYA 4OA4A 2VGQA 3SZPA 2FVZA 3V8XB 2V3UA 1FTKA 1VFDA 1O63A 2PFYA 4OERA 4IR8A 3QMFA 3H6TA 1JVYA 1Y3NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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