1JW5A

Structure of maltose bound to open-form maltodextrin-binding protein in p1 crystal
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
source organism Escherichia coli
publication title Structural evidence for a dominant role of nonpolar interactions in the binding of a transport/chemosensory receptor to its highly polar ligands.
pubmed doi rcsb
molecule keywords maltodextrin-binding protein
total genus 116
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw5A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw5A01
1B3HA 4JWXA 4H6DA 4OETA 1FW0A 5AA2B 1JEUA 1KWHA 3S9MC 1QKAA 2D21A 3T9VA 1LBCA 3Q25A 1B4ZA 3Q27A 2UVHA 3UN6A 3IOUA 1ZIUA 1MXWA 3FVOA 4G68A 4F2OA 3VFJA 2O1LA 1NH7A 4XKRA 1EZPA 4BDRA 4IO4A 2Z8FA 1PC3A 4R2BA 2GFEA 1CE2A 3VLVA 3L6HA 3S9LC 5CRYA 5TPAB 3EHSA 3RTFB 3AXFA 1ZJLA 3H4ZA 2DXRA 4U21A 1MDP1 1D9VA 4DIGA 4FORA 3VLUA 1I6BA 1JQFA 1SW2A 2QS1A 2E0SA 2DWAA 4LUBA 3MVZA 3H7MA 1SBPA 1XHYA 2HZKA 5KDTA 4HS7A 3O6IA 5ICTA 4PETA 1LLSA 2Y7IA 2GH9A 2YPNA 4NF5A 4ESWA 3O2AA 1B3EA 4GVOA 3K6XA 1MY4A 3IX1A 4PE5B 2E1SA 1RKMA 2ONSA 2QRYA 2ZNUA 3HV1A 3N5LA 4BLAA 4ZEDA 4FE8A 4JSOA 1NH8A 3GBBA 4BDOA 2AYSA 4GL0A 4R72A 2IEEA 3MW0A 1PB9A 1S50A 4Z7EA 4KR5A 4DE8A 3KZGA 3GLBA 2CZLA 1II5A 5I2KA 4LZ5A 5AA1A 1B1XA 3DLNA 2QSXA 3SEUA 4NF8A 1EZOA 4POXA 4C1UA 3K6WA 3MZBA 3V5AA 4U4XA 3N6UA 5JK4A 4HCYA 4FAJA 4X1BA 3K1PA 3PUVE 1XC1A 1RYOA 2I6EA 5IKBA 1B0HA 4Q5TA 4KI0E 5CM6A 2DE3A 1R9LA 1M5FA 4L17A 4I62A 4MFIA 1AL3A 2QS2A 3ECRA 4G77A 4EF1A 5J1DA 4ZE9A 4QFNA 1B2HA 1A55A 5F7VA 5HM4B 4QSCA 2NVUB 1LAHE 3PMVA 2CMOA 4X1DA 2XXVA 3VXBA 4RK9A 5K2YA 1EZ9A 3MC2A 1DPEA 1UIUA 2I58A 3C35A 1LBBA 1WODA 3EHTA 5KZTA 3QUFA 1JW1A 2ONRA 3HCQA 2F34A 3QSLA 1MQDA 3VLWA 3EHUA 3K2DA 2XD3A 2XXPA 4NWCA 3G3GA 4NF6A 1OQGA 3IJXB 3O97A 5TU0A 3HSTA 1LFGA 4F1VA 5L9OA 3PUYE 3PU5A 1A8EA 2QJEA 1Y20A 2FYIA 4NF8B 4YB6A 5BWJA 1B5HA 3G3JA 3GBAA 2FA7A 4XIGQ 4EQ9A 2F6GA 3OSQA 3VVFA 4JDFA 3TQWA 1I6AA 3W9VA 2P1SA 4DDDA 5M2VA 4GXAA 4OTEA 4R75A 4GLIA 5FHNA 2VHAA 2UYEA 2OWSA 1A7LA 1UIVA 4QRZA 3JV9A 3C34A 3CG1A 4F2QA 1IZ1A 2O7UA 1OVBA 1Q1KA 5H8QA 2DWJA 2O51A 4RPOA 1P1QA 3FV1A 1H45A 1MXXA 3T9XB 2HFBA 5IAIA 3UGWA 1H44A 2UYFA 3S9EA 1QW0A 4DXCA 2DYXA 4XKQA 3E9XA 4OFOA 2R6GE 4H5GA 4QFPA 2QPQA 2P2AA 3MZ9A 3RUMA 5EHMA 4KQPA 1USYH 5B70A 2F7AA 4BDMA 1M5DA 2ALUA 4R9FA 4YZZA 5I56A 2BJJX 3O29A 4AB5A 3UP9A 1H3DA 3T96B 1A99A 5B7DA 4U22A 2Z23A 3EF7A 1SW1A 3RNNA 2VD3A 3MVYA 2F97A 3WAFA 4PP0A 1PB8A 3H06B 2V25A 3VVEA 2UVIA 3S4UA 3KSJA 4GRKA 3IOVA 5DEXA 2NWJA 2V3QA 4GIZA 4WXJA 1TT1A 3K1NA 3H6WA 4FJPA 5H8QB 4YB7A 4GWOA 1S9TA 3PUXE 5CMBA 5ITOA 2VGQA 1Z7ME 4NE4A 4R2FA 1OLAA 3FJGA 3U93A 3K02A 2VD2A 3CFZA 3PD9A 1MPBA 1Y1MA 2DVCA 4OESA 3G3FA 2DSFA 3Q29A 1Y3NA 1N04A 2O1MA 3U72A 1JW5A 2M8CA 2H99A 5JTYB 1LAFE 5TP9A 3FZVA 3VE1B 3THIA 5FHMA 4ELPA 1N0TA 1MY1A 2DOJA 2I3VA 1B3LA 4XKNA 1P1WA 3K6VA 3KOTA 1J1NA 3FJMA 4ZDMA 2Q8JA 1MG1A 1LFIA 3LC8A 2Q9TA 2NOOA 2F8DA 2ZNTA 4Q8RA 4QFOA 1B7ZA 3HPIA 1MXYA 2Q2AA 4I8CA 5I57A 3D4GA 1NFTA 3ONMA 3KSXA 2HAVA 2RINA 2GRVA 4LZ7A 1D4NA 2Z22A 3QAXA 4XKPA 2ZYMA 1QKBA 3R6UA 5I2NA 2RC9A 2ZMBA 3VDFA 3P7IA 1N76A 4JBZA 4KYEA 1UTBA 3GXAA 4Q30B 3SEXA 3CG3A 1ZMGA 3I3VA 1UTHB 5DYHA 1H43A 1A40A 3C33A 4DCYA 1P1NA 2GHAA 1R9QA 2HXWA 1TXFA 4IO6A 3V83A 2QMWA 4E0XA 2AIXA 2PT1A 1VR5A 3QXMA 3RT6B 3ZSFA 3KBRA 1MXZA 3BFUA 3SDFA 1MS7A 3IL1B 3N94A 3TUSA 1USYE 3OMBA 2OK2A 3PPPA 1D9YA 1AH5A 3G3HA 1B32A 5KCJA 4BDNA 3MJNA 4MLVA 1IXHA 3G3IA 4KPTA 4RA1A 1BKAA 5I57B 4R6YA 2AL4A 2I49A 3CR9A 3OEKA 2RF1A 4NWDA 2HEUA 1CB6A 1A8FA 3KN7A 4NEDA 4IGRA 2VP1A 5CBRA 3RN8A 4HCWA 2AL5A 5ITPA 3T66A 1B7UA 2F35A 3TKDA 2Y7WA 2XX9A 5H8NA 1POY1 3FJ7A 4ISUA 1VE4A 1Z7NE 1US5A 3MAMA 1B52A 3D4CA 2PMSA 1YCJA 2P0SA 2O68A 4P0GA 4KYSA 2V84A 3OOAA 2VOZA 1OVTA 3IB0A 4U1OA 4G8HA 1QULA 1GV8A 4OFLA 4G68B 1FTOA 4KCDA 1Y4TA 2V93A 2DXYA 2X7QA 3WAEA 2V3UA 2RCBA 3TTKA 3JZJA 4H0WA 3TEPA 2DQVA 3IB1A 4LONB 2OLBA 4F1YA 4YMBA 1AIVA 3LR1A 5KCJB 4ZECA 2PYYA 1FTLA 4ELOA 3IOWA 1LB9A 4TQUQ 3A09A 4F22A 3TTRA 4YB5A 3UA8A 5CMMA 2XXQA 1MQHA 3F11A 1LAXA 5ELVA 4MH5A 3TTNA 1DMBA 4IO3A 1BLFA 4JSDA 2UVJA 5KDTB 3C9HA 3BFTA 3C4MA 4YICA 3IO4A 3E4RA 2Q89A 4U23A 1T0KA 3MP6A 1VFEA 4OXVA 4NF5B 3JYRA 1IITA 3SERA 1LFHA 1L5TA 2NUVA 1NMUA 5EHSA 3H6VA 2ANJA 4JWOA 4YAHX 2XXHA 5A5XA 5I58A 4FEDA 3O6HA 2ZXTA 3MPKA 3FXQA 3OO6A 1GR2A 1ZU0A 4GOTA 3QUJA 1I6QA 4F39A 3U94A 5I84A 1TFAA 2UXAA 3KEIA 3IORA 5I2KB 1MXUA 3H3GA 3T22A 3E3KA 4Z0IA 4TLLB 3TMGA 4LP2B 3TPAA 4O3BA 3FUZA 1B05A 3CFXA 3CFLA 4KYDA 4F31B 1DOTA 2DWHA 1SI1A 3DELB 4RY1A 2QL3A 3V89B 4DXBA 1VFDA 2I4CA 3O28A 3MP1A 3K00A 1A54A 1QVSA 1S7YA 3S9NC 5CMKA 5HBCA 3CSGA 3OO7A 2HZLA 2Z8DA 3ZKKA 1FQAA 3PPOA 3FVNA 1IIWA 4XTCQ 4GD5A 2RKMA 1ANFA 3K6UA 4OYVA 4OVJA 1JVXA 2V3TA 2Z8EA 3MVWA 4LQ5A 1Q35A 3MUQA 1WVJA 5DT6A 1P1OA 3G7WA 3MZ1A 1Y4CA 3MBPA 2I0CA 3FVGA 3MVXA 1OMPA 4PFUA 1MM6A 3K0VA 4BDQA 4NF6B 3Q26A 4R6KA 2H5YA 2YJPA 5F1QA 2UVGA 4Q0CA 3R7XA 1IQ7A 4JB7A 3TFLA 5H8SA 4H67A 2F6PA 3B7DA 3OELA 2IA4A 4O3AA 4KHZE 4QF9A 4ELRA 1FQCA 4JXIA 4WEDA 2HCAA 3H6TA 3U8QA 1B1HA 3TYHA 3UIFA 3ILTB 4YMAA 3SEWA 1I69A 2ZYOA 1M5CA 1IUDA 3TZAA 5H8HA 1TWYA 3DP6A 2A5TA 4OEUA 3EQ1A 2OBGA 4GFRA 4AB6A 1B58A 3LSWA 1AOVA 4NF4A 2OCUA 4QFKA 5K2XA 4R74A 5DVJA 1YPNA 4QHQA 1PEBA 4QSDA 4YKKA 4E0WA 3IR1A 1EU8A 1N7WA 3M3FA 1LSTA 4OQOA 4EXKA 2DE2A 1XOCA 1MQJA 2XHDA 4EDPA 2XD2A 1R1NA 2DE4A 3IK6B 3I5OA 3T93B 4BDLA 2FNCA 1MQGA 1SDXA 3QK6A 5ISUA 1QJMA 1N84A 4EQBA 3ILUB 4F19A 3LBSA 2ONKE 1MY2A 2DP8A 5CC2A 4HW8A 4OENA 5AA2A 1DTZA 1GVCA 3PGFA 5I56B 3RTWB 2XXYA 1RYXA 1MH3A 3KFMA 2QS3A 1ZKBA 2R71A 3IO6A 1MPCA 1PBQA 3IJOB 3KN3A 4H5FA 3KN8A 3OXNA 1Y3PA 2XXIA 4RJZA 4ONYA 3E13X 1Y9UA 3IAZA 3PUZE 4OERA 2I0BA 2Y84A 3PV0E 4WEPA 4U2RA 1O63A 4RXLA 1PBPA 3B6QA 5DEXB 5ICQA 4DLDA 1IXGA 4MBPA 3H03A 3CSBA 4ECFA 2OJTA 4FECA 3LSXA 4K3FA 3TTMA 2W7YA 1MXVA 1MY3A 1H76A 5TPAA 1B5JA 2Y7KA 2RC7A 1FTKA 1IXCA 2I3WA 4G68C 1NKXA 2LAOA 1BIYA 1HSEA 4I1DA 1B5IA 5AE4A 1P1UA 2RC8A 1B9JA 1UQWA 2O69A 1B40A 4G8NA 2HAUA 1M5BA 1XS5A 4IO2A 1DPPA 1POTA 4MF3A 2REJA 3PUWE 2YLNA 4X48A 3TQLA 2A5SA 3TCHA 2ZYKA 1MM7A 3UORA 2QMXA 5L8DA 2Y7RA 4ZE8A 1B6HA 5AA3A 3PPRA 5FHOA 5TP9B 3EN3A 2KLFA 4R9GA 4XXUA 3EPEA 3DP8A 3T9HB 1IXIA 2XX8A 5H8FA 1O7TA 1Y3QA 4GF8A 1YTVA 4C0RA 4N13A 4ND9A 3FIRA 4IB2A 1R6ZA 3FGSA 1QUJA 4F3PA 3FV2A 4EUOA 4RYAA 1SYIA 1YAEA 3C32A 3FXUA 2PVUA 1TFDA 1LB8A 5I2NB 3MWBA 3N26A 1NNFA 4EQ7A 3OO9A 1ZTYA 3PMXA 3W9WA 3C36A 1BP5A 3FASA 3KG2A 4DXUA 1UTBB 3TODA 1OLCA 3M8UA 1FQFA 4ZZEA 3K1MA 1JW4A 4OMBA 3PD8A 3ODBA 3QYTA 1ZBMA 2H4IA 1MQIA 4FIMA 1P99A 5FTIA 3HN0A 4OWDA 4ZZAA 2XXTA 3TAJA 3KJTA 4KFQA 2XXRA 4YKJA 4DZ1A 1ELJA 5HPQA 4IY5A 3LSFB 5AA4A 3CRBA 5BUUA 4G8MA 4O3CA 3VVDA 1GGGA 3B6WA 4QSEA 3TELA 3DM0A 4AQ4A 2G29A 3OEMA 2OZZA 1GTKA 5H8FB 1B3FA 2XX7A 3LUYA 1BTJA 5DVIA 3RLFE 1FQEA 3RQTA 4WKMA 2Y7PA 4F3SA 4LA9A 4F29A 3MQ9A 2DS9A 4H65A 4G2ZA 4OEVA 1URSA 4N6PA 1MRPA 4LVQA 1MPDA 4PQJA 2F36A 3RGYA 4U1ZA 3O66A 5H8NB 1ZLQA 4KD5A 3OENA 3C31A 2XXXA 4FEBA 4PFYA 1VSOA 3RY3A 3CIJA 4GQOA 3OD7A 1B3GA 4KCCA 1M5EA 4NMYA 4JWYA 4X9TA 1JNFA 2PT2A 2X7PA 4OZ9A 3OO8A 4ZEBA 3QIMA 4OHNA 4YU0A 4IO5A 1LGBC 1FCKA 2H98A 3O9PA 3PPNA 2O6AA 2ZNSA 3BKIB 3ZS6A 2PX1A 4G4PA 4H1XA 3TCFA 2D3IA 1DTGA 4H8IA 2ZYNA 5AA4B 3CI8A 1OQHA 3TDJA 4EF2A 3IOTA 4QFLA 3N6TA 4F18A 3KJ7A 2XXWA 2WKYA 3FXRA 4F3BA 4ELQA 2D5WA 3K01A 3VV5A 4P11A 3MP8A 2REGA 2G93A 4YKPA 2F5XA 4M1VA 3BBRA 4FATA 1DSNA 4IGTA 2DVZA 1NL5A 3SESA 4TOZA 5FTHA 3RPWA 3GZGA 4UACA 4OFJA 3SETA 5CMCA 2I48A 3HHFA 1SQYA 2RCAA 4IO7A 3FD3A 3UK4A 1LAGE 1FTJA 4LZ8A 5CBSA 5L9MA 1B46A 2Q88A 3U1OA 3MPLA 1MY0A 1US4A 2I4BA 5CI5A 5A5XB 5I58B 2THIA 3T9UA 2QS4A 1SD3A 4ZEFA 3S2VA 2F78A 4LQ2A 2H9BA 3V8XB 4PFWA 1NNTA 5I59A 2B3BA 2X26A 4RNSA 3TTLA 3USDA 1Y1ZA 3KGCA 2XXUA 4LATA 1XVYA 4DCXA 3W15C 3HHGA 4P0IA 1IEJA 1NNPA 1URDA 5AA2D 3B6TA 3A3CA 4I9DA 1EH3A 2F7BA 1SYHA 5JTYA 4IY6A 4YKIA 4ZEKA 4RK2A 4R6HA 2DWIA 1N7XA 3RT8A 2R9JA 3O6GA 1PDAA 1HSJA 1O64A 1MH4A 1QUKA 4ZS9A 4THIA 1JETA 1FQBA 2H25A 4EXLA 3SEYA 4H8JA 2Q2CA 1SI0A 4UA8A 4ZEIA 3R26A 1LCTA 1AMFA 1XVXA 3PMWA 4TLMB 1OIBA 3OSRA 3U92A 1XT8A 1B4HA 3Q28A 1FQDA 4RPNA 4C1TA 1B7HA 1JVYA 2B65A 5EYFA 5I59B 3SEVA 3K4UA 3IB2A 3FATA 2OWTA 5L9SA 1N3WA 2B3FA 3CVGA 4U4SA 1UTHA 3TCGA 4N07A 4F1UA 2HQ0A 2O84X 4PFTA 3LSLA 1LCFA 2ABHA 1HSLA 1B51A 3I6VA 1FTMA 1PB7A 3PPQA 2O7IA 1URGA 5H8HB 1SVXB 3DP4A 2PBWA 4R73A 2A5TB 4HTGA 2ESNA 4NTLA 1MDQA 3A3UA 4NF4B 3FVKA 1B0LA 4POWA 3H6UA 3SKPA 4GXSB 1ATGA 3KOSA 1D3KA 3L6GA 3VXCA 4MLQA 2F7CA 3M3KA 4GL8A 1QUIA 3G3KA 1WDNA 3HO7A 5JEIA 5DVFA 1N3XA 3M3LA 1SW4A 4M4GA 2GHBA 4ESXA 2NXOA 3ZKLA 5LOMA 1NNKA 5DTBA 1F9BA 1SW5A 4F3GA 1JEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B3HA 2QVUA 4JWXA 4H6DA 4DI3D 4OETA 1FW0A 5AA2B 1JEUA 1KWHA 3S9MC 1QKAA 2D21A 3T9VA 1LBCA 3Q25A 1B4ZA 3Q27A 2UVHA 3UN6A 3IOUA 1IMCA 1ZIUA 1MXWA 3FVOA 4G68A 5EYGA 4F2OA 2FBPA 3VFJA 1FPFA 2O1LA 1NH7A 4XKRA 1EZPA 4BDRA 4IO4A 1NV0A 2Z8FA 1PC3A 4R2BA 2GFEA 1CE2A 3VLVA 5IZZA 2WX9A 3L6HA 3S9LC 5CRYA 5TPAB 3EHSA 3RTFB 4N6KA 3AXFA 1ZJLA 3H4ZA 2DXRA 4U21A 1MDP1 1D9VA 4DIGA 4FORA 3VLUA 1I6BA 1JQFA 1SW2A 2QS1A 2E0SA 2DWAA 4LUBA 4MIJA 3MVZA 3H7MA 1SBPA 1XHYA 4JVCA 2HZKA 5KDTA 4HS7A 3O6IA 5ICTA 4N91A 4N8YA 4PETA 2FIEA 1LLSA 2Y7IA 2GH9A 2YPNA 4NF5A 4ESWA 3O2AA 1B3EA 4GVOA 3K6XA 4H45A 1MY4A 3IX1A 2PCRA 4PE5B 2E1SA 1RKMA 2ONSA 2QRYA 2ZNUA 3HV1A 3N5LA 4BLAA 4ZEDA 4H46A 4FE8A 4JSOA 1LBVA 1NH8A 3GBBA 4BDOA 2AYSA 4GL0A 4R72A 2IEEA 3MW0A 1PB9A 1S50A 4Z7EA 4KR5A 4DE8A 3KZGA 3GLBA 2CZLA 1II5A 5I2KA 4LZ5A 5AA1A 1B1XA 3DLNA 2QSXA 3FBPA 3SEUA 4NF8A 1EZOA 4POXA 4C1UA 5I3SA 3K6WA 3MZBA 3V5AA 4U4XA 3N6UA 5JK4A 4HCYA 4FAJA 4X1BA 3LUZA 3K1PA 3PUVE 1XC1A 1IMAA 1RYOA 2I6EA 5IKBA 1B0HA 4P1EA 4Q5TA 4KI0E 1KZ8A 5CM6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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