1JW5A

Structure of maltose bound to open-form maltodextrin-binding protein in p1 crystal
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural evidence for a dominant role of nonpolar interactions in the binding of a transport/chemosensory receptor to its highly polar ligands.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords maltodextrin-binding protein
total genus 116
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw5A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw5A01
3KOTA 4GL8A 4GFRA 5EYFA 1H45A 1RYOA 4NF6A 4QFOA 2UVJA 2OWSA 4F19A 3VDFA 3TUSA 1B58A 1S50A 2DWJA 1PB7A 3K4UA 4BDOA 4TQUQ 4ZE9A 2GHAA 5H8SA 1DPEA 1NNTA 4YAHX 3TDJA 2O7IA 4ECFA 3T22A 5F7VA 1F9BA 1R9QA 2I3WA 3LBSA 1P1UA 2F7BA 4JB7A 4PFTA 1SW4A 3FATA 3EHUA 3ZSFA 1B7UA 1QW0A 2H25A 1FTLA 1SD3A 3C32A 3O28A 3O6HA 3PGFA 4ND9A 4NE4A 2OK2A 2NOOA 2YLNA 3DM0A 2WKYA 3C9HA 1FCKA 1POY1 1H76A 4IGRA 4JSOA 4MH5A 4NF5A 1MXZA 5FTIA 2RC9A 3RTFB 1EZPA 1KWHA 2AL4A 1B5JA 1NMUA 3R7XA 5KDTA 4OFOA 1H3DA 1B05A 4DCXA 3CIJA 1LAXA 1WVJA 1ELJA 2GH9A 2XX8A 4DZ1A 1DOTA 2H5YA 3PMXA 3S9EA 4QHQA 4G8HA 3CVGA 3TCFA 3N6TA 3OO6A 4ELOA 3A3CA 4IB2A 1VSOA 3KFMA 4ZZAA 4F22A 3G3KA 4MLVA 3BFTA 1HSLA 3LSWA 2HQ0A 4NF8A 1LFHA 2AYSA 4H65A 2KLFA 3PPRA 2F7AA 1IXHA 4KCDA 4PFYA 3IJOB 4LUBA 2XXPA 3DP8A 1MPBA 5ITPA 1IZ1A 3K2DA 4ESWA 5DTBA 5CMKA 5CBRA 3TQLA 4LQ2A 3CG3A 4ISUA 3TKDA 3RY3A 4GWOA 2B65A 1SI0A 4KYEA 1MDQA 1NNKA 1QVSA 1SDXA 2NWJA 4XKPA 4DCYA 2RF1A 3PU5A 1MM7A 4UA8A 2H4IA 5DVJA 4OTEA 4X1BA 3SEWA 5FHMA 3TCGA 4GF8A 1FTOA 1RKMA 4PETA 3RGYA 4H67A 4NWDA 3S9MC 1B3EA 1BTJA 4YKKA 5K2XA 5AA4A 3OMBA 5I2KB 4BDMA 2OJTA 4EDPA 1Y3QA 2F78A 2RINA 1B46A 1JVXA 1OLCA 1XS5A 2HFBA 2O1MA 2NUVA 2V25A 1LB8A 2QMXA 3ECRA 3EN3A 4LONB 2QS2A 3EHTA 3H4ZA 4GXSB 4R74A 4ZE8A 1SI1A 1D3KA 4QSCA 4FORA 1R9LA 5KZTA 2I0CA 3VVDA 3H6UA 3FVGA 4EQ9A 1M5FA 2VP1A 3C31A 2XXXA 1SW5A 3MJNA 5CBSA 2W7YA 3ZKKA 3CFZA 4R9GA 4F39A 1WDNA 3OENA 5JK4A 2XXWA 1YAEA 2DWAA 4RPOA 4NF8B 2DP8A 2REJA 3DP6A 3H7MA 4OHNA 4QSEA 1N3XA 4HS7A 4ZS9A 3MW0A 4XKQA 4ELPA 1TT1A 2Y7IA 4KHZE 4GIZA 4DDDA 4DE8A 4RXLA 2ABHA 4UACA 3P7IA 2DSFA 2VOZA 2XXVA 4QFLA 3VVFA 3TAJA 4WEDA 3G7WA 1JNFA 4I62A 1CB6A 3TODA 3H03A 2I49A 1GV8A 5IKBA 3MP1A 3FV1A 4NF5B 4U4XA 3VVEA 1S7YA 4TOZA 3IX1A 4IO2A 3LSXA 2UVHA 5L8DA 3V5AA 3KSJA 3MVWA 1I69A 1B4ZA 3KEIA 4OZ9A 4TLMB 2PT2A 1MRPA 1JW5A 4LZ5A 1ZMGA 1B9JA 2ZNUA 4NWCA 4Q0CA 1O64A 1QULA 3CI8A 3RQTA 2Q2CA 2HEUA 1N7WA 3O29A 4Z0IA 3PUVE 4R75A 5HPQA 3W9VA 1MM6A 1N3WA 3B6QA 1PEBA 4IY6A 3C34A 3KJ7A 3PPQA 4U1ZA 1MQGA 2THIA 1OQHA 2RC7A 2NVUB 4FAJA 1MY4A 4GVOA 4RJZA 3IAZA 5CC2A 1OQGA 2O1LA 1I6BA 4R6KA 2Y84A 4WXJA 3VLWA 1B7ZA 4I1DA 1BLFA 1USYH 2Z22A 3CG1A 3QUJA 2XHDA 3LC8A 3PPOA 3R6UA 4H6DA 4QFPA 4BDNA 4ELQA 4EXKA 2O7UA 4G4PA 4IO5A 3SEVA 4M1VA 1MQHA 2ONKE 3Q25A 2M8CA 3FJGA 3KJTA 2UVGA 3H6WA 2ONRA 5TP9B 5I2NB 4OESA 2XX9A 3KZGA 5LOMA 4Q8RA 3VFJA 4HTGA 4RPNA 1NNFA 3IO4A 1FQBA 3B6TA 4KYSA 3T93B 5CMCA 1M5BA 5AA3A 3CR9A 1N04A 1B0LA 1ZLQA 2DXYA 4OQOA 1FQEA 5F1QA 3SETA 1H43A 1LBBA 2RCAA 4OMBA 5H8FB 3B6WA 2F6GA 1JW1A 5B70A 4ZEIA 1LBCA 4NF4A 3PD9A 2CZLA 3FVKA 2HCAA 3TZAA 4XIGQ 1DTZA 2Z8EA 3UK4A 3U93A 1LCFA 3MPKA 1ANFA 1BP5A 2HAUA 4IO7A 4FECA 4Z7EA 2F7CA 1OLAA 1DPPA 5H8HB 2A5TA 1XT8A 5I57B 5ELVA 4RY1A 1SYIA 3VXBA 3A3UA 2OWTA 3ILUB 4NMYA 3EF7A 4U1OA 3TPAA 2Z8FA 4PFUA 3E9XA 3C35A 3MUQA 5CMBA 3KBRA 3QYTA 1FTKA 2VHAA 1SW2A 3K0VA 4H5FA 4RNSA 2F34A 1IIWA 3O9PA 3RT8A 2RCBA 1MY3A 1JEVA 2F5XA 2V93A 2ZYMA 3E4RA 3PUWE 1MG1A 2I3VA 5I84A 2FYIA 4R73A 4F1UA 4FIMA 1FQAA 2DWHA 1N84A 1O7TA 3HV1A 5KCJA 1UIVA 4YB6A 2F8DA 2OCUA 4OYVA 4YKIA 3PV0E 4F2OA 1GVCA 1TWYA 2I0BA 4PP0A 3MVZA 4POXA 4DLDA 3K1MA 1ZTYA 3JYRA 3Q26A 4BDRA 1B4HA 1MY2A 2D3IA 4NTLA 4AB5A 3EHSA 4FJPA 3UIFA 1IXIA 5HM4B 3OXNA 1OMPA 1ZJLA 2RKMA 4ONYA 3RT6B 4IGTA 1T0KA 5FHOA 5BWJA 5DEXA 3L6HA 1AMFA 4JWXA 3RNNA 3H6TA 1LFGA 3QXMA 3VV5A 5KDTB 3EPEA 2IA4A 4OFJA 3CRBA 2QRYA 3GBAA 3TTRA 5KCJB 3F11A 2DE2A 3IR1A 4N07A 3TTMA 1Y1ZA 4N6PA 4XXUA 3S9LC 3U72A 4YU0A 4PE5B 2P2AA 4KYDA 2X7PA 3KN7A 1A8EA 1MQJA 4ZEBA 3IOVA 4U23A 4TLLB 5FHNA 3WAEA 1TFDA 3IB2A 4P0GA 4R6YA 1P1QA 1R6ZA 4O3AA 1MXYA 4QRZA 3TMGA 5L9SA 1AIVA 1B5HA 1POTA 2QMWA 3O6GA 2G93A 5AA2A 2IEEA 2FNCA 1XHYA 2DE4A 5DT6A 1B2HA 3K01A 1B52A 2DWIA 2F97A 2ZYOA 3PPNA 4U22A 4O3CA 1MH3A 5H8FA 1CE2A 1PC3A 3LSLA 3E3KA 4EF1A 3MP6A 1IITA 4WEPA 4G68A 2X7QA 4LATA 1N0TA 5H8QA 3N5LA 3MC2A 3OSQA 1SYHA 2R9JA 3FXUA 1MPCA 1ZIUA 3V8XB 4PQJA 4G68C 3O2AA 1QJMA 3M3LA 1P1NA 2O68A 1B3HA 4FE8A 4BLAA 5DEXB 3MAMA 3IK6B 1URDA 2I48A 3K1PA 4JWOA 4F1VA 5TPAA 2P1SA 1FQDA 3V89B 3MZBA 1EU8A 4ZZEA 1TXFA 3U92A 4EQ7A 3FXRA 1LLSA 4P0IA 3MBPA 3Q28A 4ZECA 5JEIA 1Z7ME 4HCWA 2V84A 4AB6A 2VGQA 2Q88A 1Y4TA 2PVUA 1XC1A 2AIXA 4BDQA 1YPNA 1B1HA 5A5XA 1LSTA 5B7DA 5ITOA 1AL3A 3TQWA 3L6GA 3H3GA 5AA1A 2B3FA 3PPPA 4QF9A 1II5A 5BUUA 2DVCA 1MXVA 2NXOA 2O6AA 4YB7A 1WODA 1EH3A 1MQDA 2ALUA 4U2RA 1OVTA 2XXRA 4NF6B 3UGWA 1Y3PA 3IOTA 4MF3A 3MQ9A 4MFIA 2UYFA 3FASA 4JSDA 4KR5A 2DS9A 3T9UA 1SQYA 3BBRA 3OD7A 1VE4A 3HHGA 1UQWA 4XTCQ 2VD3A 4IO3A 4JDFA 4LZ8A 1US4A 1USYE 4O3BA 4R6HA 4DIGA 4THIA 2A5SA 3GZGA 1UTBB 3QSLA 4LQ5A 4Q30B 2UXAA 3CSGA 5EHMA 1B0HA 4H8JA 1XVXA 5AE4A 1B32A 1S9TA 1URGA 3UORA 4G8NA 4XKNA 4F1YA 1IQ7A 1IXCA 3QIMA 3USDA 1HSJA 3ODBA 3T9HB 4DXCA 5AA2B 2ZYNA 1TFAA 3OEKA 5I2NA 4YICA 3FGSA 2XXTA 2V3UA 3MVXA 3OO7A 4GLIA 3CFLA 5DYHA 2XX7A 5TU0A 4G68B 3QAXA 3LR1A 3QK6A 2I6EA 4ZEDA 4NF4B 3AXFA 2HZKA 2ESNA 3KN3A 4E0XA 1EZ9A 3A09A 3LSFB 3MP8A 4LVQA 5I2KA 4RA1A 1FTJA 3N26A 3LUYA 2Q8JA 2A5TB 4YKPA 2H98A 1QKBA 2I58A 3WAFA 2XXIA 4ZEFA 4F18A 1J1NA 4U4SA 1LB9A 2OZZA 4GQOA 5I59B 5CI5A 4QFKA 1BKAA 3CSBA 2Q89A 1A8FA 3TELA 4H0WA 4YZZA 3VXCA 3SDFA 3VLVA 1PBQA 3I5OA 1QKAA 1H44A 1FW0A 2BJJX 1NH8A 2ONSA 1YCJA 3OOAA 4H8IA 1M5CA 4G77A 2HZLA 4G8MA 3OO8A 3UP9A 3IL1B 3V83A 3MPLA 1MDP1 2DVZA 3OEMA 1B3LA 1NNPA 4F31B 5CMMA 1N7XA 3PD8A 4JWYA 2LAOA 4MLQA 3SEUA 3G3FA 4FEBA 1B7HA 2Z8DA 3FVNA 4H1XA 4OETA 2QPQA 3N94A 1UTHB 5H8NB 3T9XB 2QSXA 3RUMA 4F3BA 2QS3A 4F3PA 1Q35A 3ILTB 2F6PA 2D21A 4GOTA 1JEUA 3C4MA 4OFLA 4YKJA 3K1NA 1P1WA 1MXWA 1NL5A 1SVXB 1M5EA 2E1SA 3SEXA 4C1UA 4F3GA 4QFNA 2F36A 3HHFA 1Y9UA 3RLFE 4LA9A 3U8QA 2UVIA 3K6VA 4GD5A 4WKMA 3TTNA 3E13X 3FD3A 3O6IA 4OVJA 5TP9A 1B5IA 1QUKA 4OERA 1DSNA 1D9VA 1I6QA 1IXGA 4IO4A 5CM6A 1PDAA 1AH5A 4POWA 2DYXA 3FVOA 1A55A 4OEUA 4F3SA 3TTKA 5ICQA 2XD2A 3B7DA 3H06B 3MZ1A 3RTWB 4GXAA 3T96B 1AOVA 3G3JA 3HPIA 3G3IA 1Z7NE 3TYHA 1Y20A 3KN8A 3PUYE 5I56A 1OVBA 3H6VA 1JQFA 1LFIA 4C1TA 2E0SA 1DMBA 1P99A 3PMWA 2V3QA 1FQCA 2D5WA 2O51A 2QS1A 2PYYA 1JW4A 3K6WA 4JBZA 3N6UA 4KD5A 4RK9A 4EXLA 2H9BA 3M3KA 1MXXA 2Z23A 2DOJA 3G3GA 3FV2A 3HSTA 3IB1A 1R1NA 2RC8A 1A99A 1GR2A 1NFTA 4KQPA 2YJPA 4LZ7A 2PBWA 4M4GA 1MY1A 4PFWA 4R2BA 3U1OA 3D4GA 3DP4A 3W9WA 4MBPA 1SW1A 5EHSA 2REGA 2X26A 1ZBMA 4OXVA 2DXRA 3FZVA 1N76A 2ZNSA 3U94A 3BFUA 1JETA 5I57A 2ZNTA 2R6GE 1A40A 2P0SA 4I9DA 2ANJA 3DELB 5TPAB 4EF2A 2O84X 5H8QB 1MH4A 4KI0E 3KG2A 4DXUA 3BKIB 3OSRA 4XKRA 4ELRA 3IO6A 1LGBC 2YPNA 4BDLA 3K6XA 4X1DA 1A54A 1HSEA 3M3FA 3FXQA 1IUDA 4JXIA 1VR5A 2XXQA 3K6UA 2ZYKA 2B3BA 4QSDA 1PB8A 2PX1A 1FTMA 3T9VA 5I58B 5DVFA 1UTBA 3OELA 4HCYA 1FQFA 4ZEKA 4OEVA 1B3GA 3IOUA 5AA4B 1VFEA 3C33A 3FJ7A 3TEPA 4YB5A 2Y7WA 4YMBA 3CFXA 4RK2A 3S9NC 4IY5A 2GRVA 2I4CA 2VD2A 1MQIA 3PUXE 2OBGA 3IORA 4R9FA 5DVIA 1US5A 5HBCA 5H8NA 1O63A 3K02A 5ISUA 4L17A 3ZKLA 3ZS6A 5CRYA 4E0WA 3FJMA 3TCHA 2XXYA 1Q1KA 4K3FA 3I3VA 1MPDA 1NKXA 3O97A 5ICTA 1EZOA 5AA2D 1D9YA 2FA7A 2Q2AA 3TTLA 4HW8A 3IJXB 1L5TA 3FIRA 3VE1B 1P1OA 2CMOA 1DTGA 3RN8A 4Q5TA 3S4UA 3GBBA 3SEYA 1YTVA 5I56B 3SESA 1XVYA 4RYAA 4U21A 1M5DA 3JV9A 5L9MA 3MWBA 1I6AA 2G29A 3RPWA 1B40A 3ONMA 3PUZE 4H5GA 3FUZA 5M2VA 3C36A 3MVYA 1ATGA 3PMVA 4LP2B 4F29A 2Y7RA 4KFQA 4I8CA 4KCCA 3IB0A 5L9OA 1MY0A 3HO7A 5J1DA 1B6HA 2QS4A 1NH7A 1ZU0A 1UIUA 3KGCA 3DLNA 2QJEA 2QL3A 5JTYB 1Y3NA 1D4NA 1QUJA 1ZKBA 2I4BA 2PMSA 2HXWA 3M8UA 4EUOA 1PB9A 3TFLA 4AQ4A 5A5XB 3R26A 2ZMBA 2PT1A 4YMAA 2Y7KA 3G3HA 4KPTA 2AL5A 4DXBA 3GLBA 1PBPA 3HCQA 2DE3A 2GHBA 4IO6A 2HAVA 1VFDA 3KSXA 4ZDMA 3HN0A 1B51A 3OO9A 3EQ1A 3SERA 1LAFE 1LCTA 1GGGA 4X9TA 2Q9TA 1IEJA 3K00A 5FTHA 2O69A 1SBPA 4GRKA 4FATA 3JZJA 3IOWA 1RYXA 2R71A 2ZXTA 4P11A 3D4CA 3UN6A 4EQBA 4X48A 1MS7A 3Q29A 3S2VA 5I58A 3MZ9A 1BIYA 1QUIA 4NEDA 4OWDA 4R72A 1XOCA 3Q27A 1LAGE 1JVYA 1URSA 3GXAA 4OENA 1Y1MA 5K2YA 2GFEA 4G2ZA 3QUFA 5H8HA 4ESXA 2F35A 1LAHE 1UTHA 2UYEA 5I59A 3VLUA 3KOSA 2DQVA 4F2QA 4GL0A 2XXHA 3UA8A 2H99A 3W15C 1GTKA 1Y4CA 2XD3A 3I6VA 4R2FA 5IAIA 2Y7PA 1B3FA 1OIBA 4N13A 3T66A 3THIA 2OLBA 4FEDA 1A7LA 4C0RA 3O66A 2XXUA 1B1XA 5JTYA 2V3TA 1MXUA 3SKPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GL8A 4NF6A 1NV6A 2DWJA 3K4UA 1PB7A 4TQUQ 2GHAA 1NUWA 1DPEA 1NNTA 5F7VA 1F9BA 1R9QA 1SW4A 3ZSFA 3EHUA 1SD3A 4NE4A 4ELRA 2YLNA 2WKYA 3RTFB 5FTIA 2RC9A 1B5JA 5KDTA 4OFOA 1LAXA 1WVJA 4I3EA 4DI4B 4OANA 3N6TA 4ELOA 4P1LA 2HQ0A 3LSWA 4N4UA 2AYSA 4NF8A 2KLFA 3PPRA 1IXHA 3IJOB 4LQ2A 3TKDA 2B65A 1SI0A 1MDQA 3PU5A 3TCGA 4PETA 3S9MC 4BDMA 1Y3QA 3D1RA 1B46A 1OLCA 2V25A 4LONB 3ECRA 2QS2A 3EHTA 1K9YA 3VVDA 3H6UA 2XXXA 1LEVA 3MYUA 4OHNA 4ZS9A 3MW0A 1TT1A 4KHZE 4GIZA 4DE8A 4RXLA 2XXVA 4WEDA 1CB6A 4PF8A 1S7YA 4AS4A 4IO2A 5IGAA 3MVWA 4OZ9A 1B4ZA 4TLMB 4Q0CA 1JW5A 1ZMGA 4NWCA 1N7WA 3PUVE 3W9VA 3B6QA 4IY6A 3KJ7A 1OQHA 1MY4A 2XWOA 4RJZA 3IAZA 1OQGA 4GWYA 4WXJA 4EDPA 3VLWA 1BLFA 1USYH 4ELQA 1MQHA 2ONKE 2M8CA 3KJTA 5I2NB 3KZGA 4Q8RA 3VFJA 4RPNA 3T93B 5CMCA 4GBWA 3IFAA 5AA3A 5F1QA 1N04A 1B0LA 1ZLQA 4OQOA 3SETA 1FQEA 1H43A 4OMBA 4IR8A 3PD9A 1DTZA 1ANFA 2F7CA 1DPPA 5ELVA 4RY1A 3ILUB 4U1OA 3TPAA 2Z8FA 4PFUA 4I3YA 2Q8MA 1FTKA 2F34A 1DBZA 3RT8A 2VPNA 3E4RA 1FQAA 1N84A 1O7TA 3E78A 2OCUA 4OYVA 3PV0E 2XWKA 2I0BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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