1JW5A

Structure of maltose bound to open-form maltodextrin-binding protein in p1 crystal
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural evidence for a dominant role of nonpolar interactions in the binding of a transport/chemosensory receptor to its highly polar ligands.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords maltodextrin-binding protein
total genus 116
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw5A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1jw5A01
2GHAA 3DLNA 3RTFB 5AA2B 1UIVA 3MW0A 4ZEIA 2DSFA 4G4PA 2Q2CA 1B05A 3H6TA 3PPOA 4LA9A 4DXBA 5I2NA 3QSLA 3E9XA 3PMVA 2F78A 1ZBMA 1AH5A 4ZE9A 2REGA 3K6UA 4Q30B 1QKBA 3PMWA 1JNFA 4YB7A 1B9JA 3FVGA 3RUMA 4F18A 4JSOA 3I5OA 2R6GE 3S2VA 2F34A 2X7PA 1XVXA 4KR5A 5H8FB 3MPLA 4RPNA 3VVEA 4FEDA 3FATA 2XXVA 3T96B 1P1NA 5CRYA 5CBSA 4HTGA 4FATA 4MH5A 4QFKA 3TKDA 3CI8A 1B5JA 4POWA 3Q26A 5JEIA 1MQDA 3V5AA 1TFDA 5KDTA 3PUXE 2XD3A 2HFBA 3MP8A 1MY0A 2XXYA 2RCAA 2WKYA 5I59B 4ND9A 1LB8A 5DTBA 3LSWA 2A5TB 1O7TA 2OK2A 3QUFA 4NF6B 3PD8A 1UTHA 5JTYA 1RYXA 1BIYA 4EF2A 1H45A 2BJJX 2ZYNA 2V3TA 3CIJA 3RY3A 3G3JA 1VE4A 2UYEA 2A5SA 1IXGA 4MF3A 3L6GA 5H8NB 2ZYKA 2VOZA 3MP6A 3IX1A 1O64A 4IGRA 1MPCA 1FTOA 3CG3A 1FQFA 1LCFA 1S9TA 2Z8FA 2F7BA 1H43A 1B1HA 5KCJA 1DTGA 1B3EA 1PB7A 4F1YA 1JEUA 3FXQA 2XX8A 1A55A 5A5XB 3F11A 3K0VA 4R74A 1GGGA 1MXYA 1ZMGA 1VFEA 1P1UA 3TCFA 4GD5A 2QMXA 3MUQA 4IO5A 2RC7A 4OYVA 4GF8A 1N04A 4XKNA 4YU0A 1XHYA 4XKPA 3BFUA 5EHSA 5HM4B 1FCKA 4DZ1A 1Q1KA 4LZ7A 1M5CA 1SW5A 4KYEA 2XXIA 3RTWB 5K2XA 2F7CA 5AA1A 1FTKA 2H9BA 4PETA 3GXAA 4O3CA 3FVKA 3C31A 3SKPA 4KI0E 5CMMA 3Q29A 5I57A 3E4RA 2ZNSA 4AQ4A 4BDNA 4DXCA 3A3CA 2O7IA 3N6TA 4F3PA 3EPEA 4MBPA 3PD9A 1Y1MA 4UA8A 1JW1A 3FVNA 4E0WA 2XXTA 1B58A 1YPNA 2UVIA 5AA4A 4LONB 1J1NA 4ZEBA 3UA8A 2Q9TA 1P1WA 3T9VA 4O3BA 2F35A 3TTLA 4OFLA 1FTMA 2O68A 5ICQA 4EQBA 2VP1A 5H8QA 1M5EA 3U8QA 1P1OA 1UTBB 1MQJA 4YZZA 3PPPA 2IEEA 3TUSA 1NNTA 3K6VA 3UK4A 2RCBA 2H98A 5I58A 1MM7A 3VFJA 1ZU0A 2YJPA 1M5DA 2KLFA 3GBBA 4NWCA 4EDPA 2ESNA 4OMBA 4C1TA 3VLUA 3TODA 2Q8JA 3A3UA 2OWTA 3H03A 4G8HA 4RA1A 5I56B 3IOUA 4YKPA 3PPNA 2FNCA 4DCXA 4KCCA 5I2KB 3VE1B 4LZ8A 3RQTA 1MPDA 1IXCA 3VXCA 4NF5B 4OXVA 4H5FA 1Y3PA 4G68C 3H3GA 1B40A 2ANJA 1LB9A 1IXIA 3IB0A 4ZEFA 4F2OA 4DLDA 1O63A 3MVYA 2DWIA 1FTJA 3K1PA 4XKQA 1N3XA 2R71A 1N7XA 3LUYA 1GR2A 1MXWA 3TTNA 1PB8A 3H6VA 2GHBA 2F6GA 4IO3A 2XHDA 4IO4A 5BUUA 2LAOA 1I6AA 2P1SA 4WKMA 2Q88A 2H99A 1B0HA 2GH9A 3UGWA 3M3LA 1MY2A 2ONSA 4FAJA 3MVZA 2THIA 2Z22A 1BKAA 3MC2A 4PP0A 3KJTA 3TTMA 3MQ9A 1QW0A 1VSOA 1NNFA 3H4ZA 2B3FA 5H8HB 1URDA 2XXPA 4U1OA 1B4HA 3FXRA 3TCGA 4GXSB 5TP9B 1MXZA 5I84A 3T93B 1H76A 4F29A 4BDMA 3L6HA 2HZKA 3CSBA 2DQVA 4EXKA 3HHFA 4GLIA 4F39A 4IY6A 3OEKA 3G3IA 3MWBA 4F1UA 1MY1A 3RNNA 3N94A 3CVGA 2NWJA 4NF8B 2PMSA 4KPTA 1A7LA 1AMFA 4NF6A 3HHGA 1NL5A 4OENA 3K1NA 4OERA 4RNSA 3TPAA 5F7VA 5ITOA 4F1VA 4ZS9A 5ISUA 1MXVA 3IOVA 1B4ZA 4YMAA 3OO9A 1N76A 4GOTA 4LATA 4OFJA 4EXLA 2I49A 3V83A 3RGYA 2ZNTA 3K00A 1NKXA 1OMPA 3ODBA 4EUOA 3PUVE 1Y3QA 1IITA 1Y9UA 3HO7A 5H8NA 3RN8A 3Q25A 4KYSA 3ZSFA 4Q8RA 4WEPA 2RF1A 4JXIA 1YTVA 2B3BA 1B2HA 1SYIA 1CE2A 2REJA 3MJNA 2I4BA 3FD3A 3SEVA 4K3FA 2F8DA 2I4CA 3MAMA 2G93A 1B46A 1XOCA 5CMCA 3CFXA 4WXJA 2PX1A 4JSDA 2DWJA 1CB6A 4G8MA 2ZNUA 1FQBA 3R7XA 3K6XA 4ZDMA 4AB5A 2ALUA 2I3VA 4H0WA 2Y7RA 3PU5A 4U1ZA 1F9BA 1EZPA 1SW4A 1USYE 4N13A 2ZYOA 2DYXA 1I6QA 4NWDA 4DE8A 3LSLA 5M2VA 5BWJA 2VGQA 4G68B 4ELOA 4QFOA 1XT8A 1I6BA 3OO6A 3VDFA 2F36A 3HSTA 1B5IA 2OBGA 4BDLA 1QUKA 4I8CA 3D4CA 1A99A 1Y3NA 5AE4A 4FIMA 4ISUA 1DOTA 2H25A 2E1SA 1AL3A 1MDQA 2UYFA 2R9JA 1HSLA 2D5WA 1WDNA 5DVIA 4KCDA 3S9EA 1LFHA 4ZEDA 4F22A 3UORA 2DWHA 4ZEKA 3ONMA 4NF4A 3K4UA 3O66A 2YLNA 2VD2A 2XX7A 1SYHA 3UIFA 4POXA 4H6DA 1LAXA 3MPKA 1ATGA 3TEPA 2I6EA 1SW2A 1N0TA 2ONRA 3TQLA 2ZMBA 3KFMA 4MLVA 1LGBC 1B3GA 5L8DA 2RC8A 1GTKA 3ZKKA 2F6PA 3SETA 2RKMA 4HCWA 2D21A 2DE4A 4FJPA 2HQ0A 5FTHA 2QS1A 4YMBA 3H6UA 2I3WA 3H6WA 2H4IA 3PUYE 1FQCA 4QSEA 1MH4A 5CC2A 1B7ZA 3QK6A 1M5BA 4UACA 2DS9A 2W7YA 3RT8A 4L17A 4ELQA 4RJZA 4BDOA 3QUJA 3T9HB 1WVJA 4YAHX 2XD2A 1IUDA 2AL4A 3OO7A 1FTLA 1M5FA 3O29A 1MXUA 2O84X 2DWAA 2X7QA 4ESXA 2FYIA 2Y7PA 4QSCA 1R9LA 4TLLB 3OXNA 4THIA 4U4XA 1XVYA 2UVGA 3SEUA 4MLQA 3AXFA 4RYAA 5DEXA 4RK9A 1SI1A 3KJ7A 1Z7NE 3KG2A 3IAZA 5I2NB 1GV8A 3SEYA 2F7AA 3O6IA 4ELRA 4P11A 2UVHA 3PMXA 1IQ7A 2QJEA 1YCJA 1Y4TA 4P0IA 3U94A 2Y7KA 3W15C 2X26A 5TP9A 4GXAA 3O28A 4R75A 1II5A 1GVCA 4QRZA 3VV5A 1JVYA 4X48A 1D4NA 4WEDA 1B7HA 3C32A 3IJXB 1BLFA 2HCAA 1IXHA 1OQHA 4QFPA 3ZKLA 2OWSA 4RY1A 2YPNA 1R9QA 3R6UA 3TMGA 4X9TA 1VR5A 4NF8A 4OEVA 1N7WA 2OZZA 4R73A 5F1QA 1R6ZA 4GRKA 1ZLQA 5KDTB 1B6HA 4ECFA 1ELJA 3TQWA 2H5YA 4ZECA 4LQ2A 4YICA 3K01A 3TZAA 1UTHB 5JTYB 1D9VA 2DP8A 4KQPA 2XXWA 3C9HA 1BP5A 1H3DA 4QFNA 4HS7A 1LAFE 1P99A 1DSNA 3CRBA 1MG1A 4GFRA 2QMWA 3QYTA 3IO4A 4OEUA 4X1BA 3TTRA 2Y7WA 3C36A 1WODA 3G3FA 3KSXA 3WAFA 1S7YA 3O6GA 3LSFB 3HCQA 3BBRA 3P7IA 1B51A 3DM0A 2NVUB 3PUZE 1OVTA 3TYHA 3OELA 3TAJA 1OIBA 2DXYA 3PPQA 2O7UA 1B5HA 3FUZA 3SESA 5CM6A 1B32A 3IJOB 4OVJA 2VD3A 4LVQA 3ILUB 4JWYA 1OQGA 4ZZEA 2V3UA 1AIVA 3C35A 5AA2A 1XC1A 1RYOA 3ECRA 2OCUA 5TU0A 3FASA 5EYFA 2DXRA 4U2RA 5HBCA 3PV0E 3RPWA 4OTEA 4O3AA 1PBPA 5ICTA 4F19A 3FVOA 5J1DA 4F2QA 4YKJA 1LBCA 4GIZA 1IZ1A 4PFYA 3S9NC 3C4MA 1A8EA 3IL1B 1PC3A 2QRYA 5HPQA 4N07A 3CG1A 3OSQA 3VLWA 1ZJLA 2B65A 4OQOA 4JDFA 5H8FA 4OZ9A 4R9GA 2NUVA 1SBPA 4TQUQ 3V8XB 2AYSA 3B6QA 2Z8EA 4BDQA 3PGFA 1LCTA 5I57B 4DIGA 2Q2AA 4X1DA 4IO6A 2V3QA 1UQWA 4LP2B 3HV1A 2G29A 5I59A 3FXUA 2A5TA 5FHMA 2RC9A 3A09A 4C0RA 4ZE8A 1A40A 4YB5A 3N26A 3K1MA 3OENA 4PFUA 1BTJA 3HPIA 5TPAB 3RLFE 3O2AA 4ELPA 1D3KA 3OSRA 4DDDA 3T9UA 2Z23A 3K6WA 4IO7A 5H8QB 3S4UA 3GLBA 4IGTA 3MP1A 4NEDA 3EF7A 4R72A 3M3FA 5I58B 1TT1A 3JYRA 1I69A 1KWHA 4R2FA 2RINA 2QL3A 5H8SA 3KBRA 2GFEA 2FA7A 3SEXA 1YAEA 3DP8A 3KGCA 5CBRA 5CI5A 3RT6B 3KN3A 1JW4A 3OOAA 2V93A 1B7UA 4F3BA 4Z7EA 5B7DA 4R2BA 1L5TA 5A5XA 2V25A 5L9MA 3I6VA 1Y20A 1D9YA 4U22A 4DXUA 2QS3A 1SW1A 5DVJA 5ITPA 3KOTA 4F31B 1NNPA 4YB6A 2PVUA 3FZVA 2E0SA 3EHUA 2I0CA 5CMKA 4M4GA 1PBQA 2I58A 3G7WA 3THIA 3C33A 4H8IA 1NFTA 3LR1A 3IOWA 1QUJA 3MVWA 4QFLA 1A8FA 4EF1A 3EHTA 1ANFA 1LFIA 1LLSA 5B70A 2PBWA 1NNKA 3LC8A 3FJ7A 1MY4A 4G8NA 3OD7A 3BKIB 4ESWA 1HSJA 3U1OA 4C1UA 4PQJA 3H7MA 2D3IA 1B3HA 4XIGQ 3VLVA 3QAXA 3FJMA 5JK4A 1ZIUA 2O6AA 1EZ9A 3FJGA 4R6YA 3EQ1A 3B6WA 1RKMA 4XTCQ 4Z0IA 1USYH 1Q35A 3T22A 2O69A 4LZ5A 3GBAA 3TELA 2UXAA 3CFLA 3VVFA 2ABHA 3O9PA 3G3GA 4KYDA 5LOMA 3CSGA 2HAVA 1MQHA 5FHNA 1NH7A 1MRPA 1UTBA 5FHOA 3CFZA 4GQOA 3UN6A 2CZLA 3KSJA 4EQ9A 3PPRA 2DVCA 4JB7A 3HN0A 2DE3A 2V84A 1MXXA 5KZTA 3VXBA 4QHQA 4BDRA 2HAUA 3FIRA 2DOJA 3S9MC 1MPBA 2HXWA 1R1NA 5I56A 3KZGA 5FTIA 1P1QA 4G2ZA 5I2KA 4N6PA 1PEBA 3M8UA 4OWDA 1EZOA 4NF5A 4I62A 4M1VA 1MY3A 3ILTB 2P0SA 2QS4A 1HSEA 4ZZAA 3E13X 4NE4A 1PB9A 2QS2A 2XXXA 1TFAA 3S9LC 2Y7IA 3DP6A 2Y84A 3IO6A 2HZLA 1ZTYA 3KN7A 3FV2A 3QXMA 4PFWA 4LQ5A 4BLAA 4GWOA 3SEWA 3MZ9A 4R6HA 2F97A 4R6KA 1QVSA 4YKIA 1MQGA 1NH8A 3Q28A 4KFQA 4H5GA 4FE8A 1JVXA 3IK6B 3IOTA 4PE5B 4RPOA 1JQFA 1H44A 3B6TA 4Q5TA 2AL5A 4QF9A 3MBPA 3TFLA 3U72A 5H8HA 4GVOA 4TLMB 3MZ1A 4OETA 4H67A 3SERA 1SD3A 4F3SA 1EU8A 1TXFA 1SQYA 3B7DA 1MM6A 4FORA 4P0GA 4IO2A 1US5A 3G3KA 3H06B 1QKAA 2XXHA 4YKKA 3EHSA 4GL0A 4I1DA 2O1MA 1ZKBA 2PYYA 1DTZA 1LFGA 1QULA 5IKBA 5L9OA 4R9FA 1OLAA 4NF4B 1OLCA 1IEJA 4EQ7A 4G77A 4U4SA 4JWXA 5CMBA 5TPAA 4Q0CA 4MFIA 1AOVA 1B52A 4JWOA 1OVBA 2O51A 3LBSA 3SDFA 3TTKA 1MDP1 3I3VA 4FEBA 3EN3A 3IR1A 1US4A 1LAHE 1Y4CA 1DMBA 3E3KA 4GL8A 2GRVA 4JBZA 2QSXA 1PDAA 1QJMA 4OESA 4TOZA 2ONKE 3OO8A 1Y1ZA 5KCJB 1POTA 2VHAA 3K02A 2XXQA 5ELVA 5K2YA 1SVXB 3T9XB 4NMYA 1SDXA 4OHNA 2DVZA 3ZS6A 4IB2A 3G3HA 3FGSA 3QIMA 4I9DA 3OMBA 4DCYA 2ZYMA 4OFOA 3USDA 2NXOA 4KD5A 4U23A 3R26A 2M8CA 3FV1A 2O1LA 4G68A 3DELB 1VFDA 3V89B 2XXRA 1A54A 3IB2A 5L9SA 1XS5A 1LBBA 1QUIA 1MH3A 1SI0A 1FQDA 3K2DA 2UVJA 5DEXB 3KEIA 3UP9A 1LSTA 4XXUA 1JEVA 4H1XA 5AA3A 4KHZE 2XX9A 3IB1A 3MVXA 3OEMA 2ZXTA 5AA2D 2IA4A 3DP4A 3W9VA 3W9WA 4E0XA 3VVDA 5DYHA 3N5LA 3TCHA 1URSA 2OJTA 2XXUA 4ONYA 3O97A 1B3LA 3T66A 1B3FA 2CMOA 1B1XA 4H8JA 3WAEA 4XKRA 3TDJA 5EHMA 3M3KA 5AA4B 1EH3A 3Q27A 1URGA 4QSDA 1B0LA 3CR9A 3U92A 4HW8A 1UIUA 4H65A 1MQIA 1LAGE 3O6HA 3JV9A 1FW0A 3GZGA 3U93A 1MS7A 2Q89A 1N84A 4PFTA 5DVFA 5DT6A 3N6UA 3C34A 2F5XA 1T0KA 3D4GA 2I48A 2PT1A 4RK2A 5IAIA 3JZJA 3KOSA 4FECA 1FQEA 4U21A 1Z7ME 2DE2A 2Z8DA 4HCYA 2I0BA 1JETA 4RXLA 2AIXA 1IIWA 1N3WA 4AB6A 4IY5A 2HEUA 4LUBA 1FQAA 4F3GA 1JW5A 2P2AA 2OLBA 3IORA 3PUWE 2NOOA 3KN8A 3MZBA 3BFTA 1POY1 1TWYA 1DPEA 3LSXA 2QPQA 1NMUA 1S50A 1DPPA 4NTLA 2PT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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