1JWRA

Crystal structure of human lysozyme at 100 k
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Hydration structure of human lysozyme investigated by molecular dynamics simulation and cryogenic X-ray crystal structure analyses: on the correlation between crystal water sites, solvent density, and solvent dipole
pubmed doi rcsb
molecule keywords lysozyme
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jwrA00
3A91A 4H9EA 4H8ZA 1V7TA 5A3ZA 4MCKA 3P64A 4DD0A 4B0DA 1PZYA 4J0LA 2YBIA 5ILCA 4NGVA 1LSGA 3B0KA 4LT2A 1UUZC 2XTHA 2BQMA 1LSEA 3G3BB 2YBLA 1LZ6A 1BB5A 4EOFA 4G4CA 4U3XB 2FYCA 1GF3A 5C6LA 1C43A 1VDPA 1G7HC 4QGZA 3LN2A 1F10A 4D9ZA 1VDSA 4YF2A 5LAGA 1GAYA 2IFFY 1LSCA 2Z19A 4LYOA 2LZ2A 1WTNA 3CSZA 1UIGA 2F4AA 1GFUA 4RLMA 3TXBA 5F9UA 5IHGA 2W1YA 5C6JA 5DN4A 1IP5A 4PPOA 1B9OA 1CJ7A 3B0OA 4A7DA 4N1EI 5A3EA 5FEKA 4RLNA 4XJIA 1A2YC 5IDDA 4Z3MA 4GN4A 3LYMA 1OUDA 1LSZA 4H91A 1JUGA 4YEMA 3WL2A 1GDXA 5D5CA 2H9KA 5J7CA 2D4JA 1BWIA 4YOPA 1WVUA 1YAQA 4OWCA 3OK0A 4BADA 4CJ2A 1HNLA 1XFPL 5B59A 1LHLA 2W1MA 4NSIA 5L9JA 1GB8A 1MELL 8LYZA 1G7IC 5KXSA 3A3RX 1GDWA 4GCFA 1TDYA 1LMPA 1RFPA 5D5FA 1LJIA 1VATA 1OUFA 4NHSA 4II8A 5KXWA 1D6QA 3HBHA 4DC4A 5IELA 1EL1A 1AZFA 3P4ZA 4HTNA 1IC4Y 5LVHA 1LHMA 1RE2A 2Z12A 4R0FA 4H9BA 1HF4A 4H90A 194LA 2N5ZA 4WLTA 1IP6A 1XGQC 2EIZC 2HU3A 3A94A 1GBWA 5T3FA 2F30A 5B06A 1GBOA 1FLYA 4HTKA 1FLUA 5APCA 2C8OA 3WW6A 4WLXA 4LT1A 135LA 4CFOA 4WM4A 1OQMA 1C46A 2YBJA 2D91A 2D4KA 153LA 1B5VA 1LPIA 1LYSA 2LYMA 4GCBA 2BQEA 2Y8PA 4PHIA 4WO6A 1UC0A 1JSFA 4B4IA 1LJ4A 1Z55A 2DQDY 1I20A 1LMCA 1QDRA 4J1BA 4XJBA 4WM6A 4ET9A 1WQOA 3TXEA 2FYDA 1GFTA 1IWXA 4WLDA 1LMNA 3A67Y 4J7VA 5FDJA 5HMJA 3AZ6A 4WM2A 4WMGA 5E9RA 1HEOA 1JWRA 4CGEA 4NGYA 4DDBA 2DQGY 1GB3A 4LT3A 5KKIA 1RI8B 4XJGA 1B7PA 1GE1A 3WW5A 2FBBA 1CKHA 2MECA 4DYGA 1ZV5L 1LHKA 1HEWA 4YEOA 1TBYA 4N5RA 4OOTA 1FKVA 1ALCA 2XBRA 3W6FA 4MSTA 1B7NA 2BPUA 4DWXA 1QTEA 2W1LA 5LVIA 1LCNA 4NEBA 1DPWA 1LYOA 1RCMA 4LYMA 1GE4A 1HELA 1NBYC 4H9AA 4Z41A 1EQ5A 4HJZA 1HC0A 3IJVA 3LZTA 1IWVA 4W94A 3VWOA 1CNSA 1D9UA 1LJFA 1WQPA 3HFMY 4J1AA 3WVXA 1WQNA 2H9JA 4FJRA 1HEPA 4N0JA 3AJNA 4WM5A 1IR7A 5APDA 4OWAA 5I53A 3WVYA 4ZIXA 1FDLY 1GF8A 1WTMA 4GCCA 5APFA 3P66A 1JPOA 1LZYA 1GEZA 3J6KA 3TXHA 4ZFPA 2MEDA 4KPMA 3ATOA 4ML7A 4NGKA 4I0CA 5KJ9A 1JITA 1CJ8A 2LZTA 3GXKA 4PGJB 132LA 1LZAA 1JISA 2MEHA 1JSEA 1LKRA 1C7PA 4XJDA 5E4PA 3WH1A 3WU8A 3RU5A 1FLWA 7LYZA 1SLYA 1B5YA 3HBDA 4XENA 3T6UA 2HEBA 3AYQA 1IOCA 4WL7A 5LVKA 1LSPA 4LT0A 1GF7A 133LA 1IP4A 1B7QA 1LZ4A 1WQMA 1YL1X 2DQEY 3M18B 4DDCA 2ZYCA 4GLVA 4B4EA 1YKYX 154LA 1D0LA 1HFYA 4OWBA 4WG7A 1LZRA 1YQVY 1IX0A 5F14A 1W08A 1JTPL 4IATA 1TCYA 3A96A 2AUBA 2HU1A 2FBDA 1BVKC 4ETEA 1LMOA 3B0IA 6LYZA 1KIPC 4LYTA 2F2NA 2HUBA 3LYOA 1JJ0A 3AZ7A 4HPIA 3TXKA 1V7SA 1IWTA 5FELA 3OJPA 3W6AA 4UWVA 4Z98A 4BS7A 1O23A 2Z2EA 3LHMA 1LJ3A 4KXIA 5B05A 1LHJA 1LZTA 1XGUC 2DQCY 4NSJA 4OWEA 3WULA 4H9CA 1HMLA 1NMMA 1IR8A 1BVXA 1ZVHL 3A34A 1VEDA 1IP2A 4E3UA 3EMSA 1CKDA 1SQ2L 2DBTA 2BQGA 2YBHA 4AGAA 1IEEA 1OUHA 5LYZA 4PRQA 3IWRA 1QSAA 207LA 5LXWA 5DL9A 1JKAA 2XJWA 1IO5A 1IOSA 1GE0A 3TMVA 2BQCA 3J4GA 1GF9A 1JTTL 1JIYA 1CKCA 1I56A 2VB1A 3LYTA 3A93A 4NG8A 4NGOA 4NHTA 2GV0A 1JHLA 1GWDA 4KT3A 5B07A 4LYZA 1LJNA 4TTDA 3TXFA 5KXKA 1HFZA 4KL7A 3A90A 3CT0A 1CJ6A 2B5ZA 3QE8A 4HPEA 3ZVQA 4N1CC 5II3A 1IOQA 1DZBX 5DM9A 1OUJA 2BQLA 5HMVA 1B7RA 2HECA 1LYZA 3KAMA 1GHLA 1LHIA 5FSTA 3CB7A 3A3QA 3BKHA 1OP9B 3RT5X 5F9XA 4DDAA 4ET8A 3BKVA 1AM7A 4CFPA 1LZNA 1CKGA 1UBZA 1GAZA 3EXDA 4QY9A 1GEVA 1JJ1A 2CJLA 2YDGA 5LVJA 4H9HA 2DQAA 3WUAA 3CT5A 1HERA 5ILFA 4BAPA 1LSFA 5K7OA 4UWNA 4ETBA 4TWSA 1KIQC 3WMKA 5LYMA 3WUMA 4WL6A 1QSWA 2ZQ3A 4RW2A 4WM3A 1LJHA 1YAPA 3W6CA 4G49A 1IP3A 3WUNA 4GCEA 1C10A 1LZBA 1XSFA 3QY4A 4N9RA 3TXGA 3WPLA 1KXXA 4ETCA 4HTQA 1W6ZA 1NBZC 5HLLA 1LMTA 2DQJY 4H8XA 1LZDA 1UIAA 3AGGG 4WG1A 4H1PA 4DD3A 1GB7A 4UWUA 3D3DA 4TUNA 1IP7A 2CWIA 1AT5A 2G4PA 1BB6A 5B1FA 1AKIA 4QEQA 2Q0MX 1DKJA 1GF0A 1HENA 1NQIA 4G4BA 3N9EA 1LZ1A 2YBMA 1BGIA 2LHMA 2ZNXY 1NDMC 2EKSC 3AW6A 3QNGA 2BLYA 4NGJA 1GFJA 1B2KA 2CDSA 1LOZA 2DKVA 3AGHA 1HSWA 1REMA 4ETDA 4NGLA 2DQHY 5KXZA 3WXTA 5JENB 4ANRA 2NWDX 2ZNWY 4HV1A 3WYHA 5L3IA 1BB7A 3SP3A 5LA5A 2PC2A 2Z39A 1FKQA 1GFVA 3B72A 5F81A 5AMYA 2WARA 1XGPC 3CSQA 1IWWA 1VFBC 1IWZA 1B5XA 1LMQA 4PJ2C 5LYTA 1LTMA 1IOTA 1QUTA 4XYYA 1OUAA 4WLYA 4WM1A 3TMXA 1KXWA 1QIOA 4TSBA 1OUEA 2ZIKA 3W6BA 4DD9A 4DD1A 1VAUA 1JKCA 4OOOA 1QQYA 4NHQA 2ZQ4A 2I25L 5HQ1A 2I26L 5KXXA 5KY1A 1LSMA 1EQ4A 1D0MA 5EBHA 1CKFA 1B0DA 1GF4A 1KXYA 1IORA 1YKXX 2BQKA 1F0WA 1FN5A 3EBAB 1IWYA 4HJYA 1GB9A 3IJUA 1GB2A 2D6BA 2ZIJA 4NFVA 3FI7A 5KXYA 1GXV2 4NGIA 2HEFA 4NSHA 1E8LA 4G4HA 4M6DA 4H8YA 4LYCA 1LZCA 2MEFA 2BQFA 4XJHA 1P2CC 2BQHA 1LZEA 1GBSA 5KXPA 1UICA 1LSYA 2HEDA 5LVGA 1HEQA 4HJVA 6LYTA 3WU9A 1DQJC 2W1XA 3B6LA 4GLAA 5M1YA 1TAYA 4HSFA 1XGRC 1GFKA 1LHHA 4NHPA 2HEEA 3LYZA 1G7LC 1IC5Y 5APEA 2YSSC 1HHLA 1GFEA 1UIDA 4OWHA 1WQQA 1XEIA 1LYYA 1ZMYL 3AZ4A 3D9AC 4IJ4A 5KXRA 2ZYPA 1YIKA 1VDQA 1NDGC 1J1XY 1YANA 5FCPA 3P65A 4B4JA 4DT3A 3LZ2A 1DXJA 1GFHA 2YBNA 1RJCB 1LJJA 3E3DA 1CJ9A 1IVMA 1GPQC 193LA 1HMKA 1LJGA 1QTKA 1QDTA 5LINA 3N9CA 4ETAA 3A6BY 4I8SA 1DI3A 1OUGA 1WVVA 3P68A 3M3UA 3GXRA 5C6IA 3W3EA 3MGWA 2MEIA 1HFXA 4BAFA 2G4QA 2MEGA 3EO5A 3TXIA 1IR9A 1UIEA 3F6ZA 1B7SA 1B7LA 4LFPA 1GFAA 2CGIA 4CHXA 4TSCA 5I54A 1D6PA 4QDNA 1VDTA 1JKDA 4YM8A 1GE3A 1LZSA 4Z46A 4TX7A 4GN3A 5DN5A 4H92A 1IC7Y 3TXDA 2BQOA 1BB3A 4NSGA 4AXTA 1BB4A 2BQDA 1NF5A 1LJKA 1LZ9A 1T6VL 4XN6A 1B5UA 134LA 2RSCA 4C5FA 1IY3A 4LGKA 5KXMA 1GD6A 1LZ5A 4LYBA 2DQIY 1REZA 5DLAA 4NG1A 3AW7A 1A4VA 1JTOL 3A95A 1B7MA 4HP0A 4NY5A 4WO9A 2Z2FA 3TMUA 1GB5A 5L3HA 2MEEA 1N4FA 1IY4A 1UIBA 1H6MA 1LSNA 1FLQA 1H87A 4H93A 2XBSA 1F6RA 3CQLA 1GFRA 2G4NA 4G9SA 1YAOA 1OUCA 4H9IA 1GB6A 1IIZA 4NGWA 4O34A 1OUIA 3AGIA 3ZVQB 1BQLY 5I4XA 1REXA 4XADA 3TXJA 3RZ4A 3AZ5A 4HV2A 2BLXA 4EMNA 1BWJA 1DPXA 4YENA 5B1GA 3CSRA 2EQLA 4H9FA 4NWEA 1GFGA 5KKJA 1DI5A 5FHWA 5KXOA 1QUSA 1GBYA 2X0AA 1GB0A 3ULRA 1NWGA 1JKBA 1REYA 1G7JC 2F4GA 4H94A 5LA8A 5LAFA 1D0KA 1UA6Y 1UCOA 1YKZX 2D4IA 5I4WA 4GN5C 4GCDA 1DI4A 1HSXA 1XEJA 4XJFA 4R6CA 1GE2A 4M4OA 4C3WA 5LIOA 1B7OA 4NGZA 1ZVYB 2HEAA 2ZWBA 3ATNA 5I5QA 4RDSA 1G7MC 1J1PY 4B49A 1IWUA 2Z38A 2IHLA 2H5ZA 1F6SA 1DKKA 1LMAA 1INUA 2MEAA 3A8ZA 1LKSA 4N8ZA 4B1AA 1J1OY 9LYZA 4DD7A 4PRUA 1UIFA 3WPJA 1I1ZA 1BHZA 3RW8A 1GF5A 208LA 4LFXA 1UACY 2BQBA 2C8PA 3A6CY 4NIJA 3W6EA 1NHEA 1C08C 1HEMA 2Z37A 2DQFC 5KXTA 1XEKA 1LJEA 1WQRA 5KXNA 1C45A 1GBZA 2LYZA 2MEBA 4ZEEA 3WXUA 4NWHA 1B5WA 4FDYA 3K3TA 2BQIA 1LAAA 5HNLA 5I4YA 1YL0X 4X3BA 1T3PA 2I6ZA 1XGTC 2BQAA 2LYOA 3N9AA 1PS5A 4OW1A 4L41A 3W6DA 1TEWA 1UIHA 3FE0A 1YROA 2BQNA 2BAAA 1IP1A 4LZTA 4RW1A 4WOAA 3T36A 2BQJA 2YVBA 4W96A 5KXLA 2HTXA 1JJ3A 1YAMA 3HBEX 3WPKA 1MLCE 1AT6A 1LZ8A 5F16A 3ZEKA 3A92A 3TMWA 1LZGA 5HNCA 4DD2A 3RNXA 1EQEA 1OUBA 2A7DA 1JEFA 2EPEA 1GXXA 3CT1A 1BWHA 1LSBA 1B5ZA 1YILA 4IASA 1NKHA 1GF6A 4NHIA 4P2EA 1FBIX 3WU7A 1LSAA 1LSDA 1KIRC 2ZILA 3AB6A 2A7FA 3G3AB 2Z18A 4MR1A 1GBXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H9EA 5A3ZA 234LA 3HTBA 3PDSA 230LA 1PZYA 1L24A 4LT2A 2XTHA 1LSEA 2RBPA 2YBLA 1CU2A 4U3XB 1L80A 155LA 4QGZA 4D9ZA 4LYOA 2F4AA 5DN4A 1IP5A 4PPOA 4OO9A 1A2YC 196LA 4GN4A 1JUGA 4LDEA 1BWIA 1WVUA 4OWCA 3OK0A 4BADA 1HNLA 2W1MA 3GUKA 1LMPA 5KXWA 1OUFA 1C63A 1EL1A 3HT8A 3G3WA 1IC4Y 220LA 1RE2A 2Z12A 4H9BA 1HF4A 194LA 2N5ZA 1OV5A 1GBWA 1FLUA 5APCA 4LT1A 1QTZA 1L88A 1B5VA 1L79A 2BQEA 4PHIA 1QUGA 1JSFA 2DQDY 3GUNA 4J1BA 242LA 1WQOA 1IWXA 3A67Y 5E9RA 1JWRA 252LA 229LA 1RI8B 1B7PA 2MECA 4DYGA 1P37A 1TBYA 4N5RA 3OE6A 2XBRA 1L60A 4MSTA 2W1LA 2O7AA 1NBYC 1OYUA 1C64A 3LZTA 171LA 3VWOA 1G1VA 1CNSA 1WQPA 4J1AA 3WVXA 2H9JA 1HEPA 1L40A 4N0JA 4WM5A 1L29A 5APDA 2F2QA 5APFA 1JPOA 1L86A 4GRVA 3DNAA 4I0CA 3CDVA 2O4WA 2OU0X 3G3XA 132LA 2MEHA 1LKRA 3FI5A 4XJDA 1G06A 3HDEA 1IOCA 1GF7A 1IP4A 3M18B 2ZYCA 1YKYX 1HFYA 4WG7A 236LA 1LZRA 211LA 1CV5A 1W08A 2B74A 4YX7C 3C7YA 1BVKC 3HT7A 2HUBA 1CTWA 3TXKA 1V7SA 5FELA 1L97A 7LZMA 2Z2EA 1LJ3A 4KXIA 1LZTA 2DQCY 3WULA 255LA 1QTHA 1ZVHL 3A34A 173LA 1VEDA 1P56A 1NHBA 1L06A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A91 A;  4H9E A;  4H8Z A;  1V7T A;  5A3Z A;  4MCK A;  3P64 A;  4DD0 A;  4B0D A;  1PZY A;  4J0L A;  2YBI A;  5ILC A;  4NGV A;  1LSG A;  3B0K A;  4LT2 A;  1UUZ C;  2XTH A;  2BQM A;  1LSE A;  3G3B B;  2YBL A;  1LZ6 A;  1BB5 A;  4EOF A;  4G4C A;  4U3X B;  2FYC A;  1GF3 A;  5C6L A;  1C43 A;  1VDP A;  1G7H C;  4QGZ A;  3LN2 A;  1F10 A;  4D9Z A;  1VDS A;  4YF2 A;  5LAG A;  1GAY A;  2IFF Y;  1LSC A;  2Z19 A;  4LYO A;  2LZ2 A;  1WTN A;  3CSZ A;  1UIG A;  2F4A A;  1GFU A;  4RLM A;  3TXB A;  5F9U A;  5IHG A;  2W1Y A;  5C6J A;  5DN4 A;  1IP5 A;  4PPO A;  1B9O A;  1CJ7 A;  3B0O A;  4A7D A;  4N1E I;  5A3E A;  5FEK A;  4RLN A;  4XJI A;  1A2Y C;  5IDD A;  4Z3M A;  4GN4 A;  3LYM A;  1OUD A;  1LSZ A;  4H91 A;  1JUG A;  4YEM A;  3WL2 A;  1GDX A;  5D5C A;  2H9K A;  5J7C A;  2D4J A;  1BWI A;  4YOP A;  1WVU A;  1YAQ A;  4OWC A;  3OK0 A;  4BAD A;  4CJ2 A;  1HNL A;  1XFP L;  5B59 A;  1LHL A;  2W1M A;  4NSI A;  5L9J A;  1GB8 A;  1MEL L;  8LYZ A;  1G7I C;  5KXS A;  3A3R X;  1GDW A;  4GCF A;  1TDY A;  1LMP A;  1RFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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