1K1TA

Combining mutations in hiv-1 protease to understand mechanisms of resistance
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPIMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPSNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Combining mutations in HIV-1 protease to understand mechanisms of resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1k1tA00
3BUGA 4R8YA 3RTNA 3O9EA 5P4GA 5P3EA 1TZSA 5P2VA 4BFDA 1MUIA 3CKPA 2I4QA 5P3SA 4Y56A 2AVOA 4YD5A 3U71A 1GNNA 1MPPA 4EJKA 5P2YA 5P02A 3R4BA 4GMIA 1TCWA 3QBHA 2HS1A 5P7NA 5P77A 4CPSA 4EJDA 2G26A 2UY0A 2VA7A 4DPFA 4Y48A 1GVUA 5P8RA 3PI5A 3VEUA 4ACUA 4R95A 2BPZA 1J71A 4NPTA 5P0XA 4A6BA 3OUCA 4H1EA 3T3CA 1OEXA 4ZSQA 5P5UA 1M4HA 4GIDA 5P8QA 4J54A 3PLDA 1LEEA 4QJ8A 3NXNA 3ER5E 4QJ2A 2G1RA 5OYQA 5P6KA 2JXRA 3Q3TA 3O99A 4DQEA 4NJSA 4FRSA 4Z4XA 5P0GA 5JODA 4ER4E 3HLOA 1XL2A 3I25A 5P3ZA 2VIYA 1HIHA 3O9AA 3MSLA 1FFIC 5P68A 5OZ4A 2R5QA 1MESA 5P2CA 5P7DA 3IXOA 3L5FA 3Q5HA 4Y57A 5DR8A 3ZKIA 1PPME 5OYYA 3SO9A 3MXEA 2ZYEA 5P3PA 4I0ZA 3GI5A 5P2XA 5I3XA 2PK6A 1LYWB 4L6BA 4DQBA 1ER8E 3QI1A 5P7HA 4U7VA 3S43B 2IEOA 5P6SA 1K2BA 3IXJA 4JECA 1EBZA 5P3FA 5P5FA 2QHCA 5P1GA 1G2KA 5P31A 3K5DA 5P1AA 4DI2A 4LAPA 5P00A 4CP7A 1ZBGA 5P5CA 1PPLE 4LP9A 1IVQA 1MRWA 1EBYA 1NPVA 5P6CA 4Y4UA 4DJWA 3BVAA 1YTJA 2QNNA 4BELA 1W5YA 1IVPA 5P3VA 5P06A 1B6PA 4ZSMA 3EBZA 2ZJIA 5P8PA 5P6IA 2I4UA 3VSXA 2QP8A 5KQZA 2I1AA 3UQXA 1AIDA 1F7AA 3TOFA 4RROA 1D4HA 2QMPA 3TLHA 4OBGA 4XKXA 2QI6A 5P46A 4CKUA 5C9FA 4AMTA 1YTIA 3RU1A 3OU4B 5OZ8A 5P0AA 5P7TA 5P2ZA 3WZ6A 2JJIA 3UCBA 2PSVA 1FF0C 5E5JA 5P0RA 1AAQA 4JP9A 4MC2A 3NU9A 5P34A 5OZ2A 3VLAA 5DR1A 3KN0A 5P3HA 5P8NA 1ZPAA 4Y5KA 3OADB 2G94A 4RRSA 2AOEA 4DJOA 3G72A 1HOSA 4Y3JA 4NJUA 3PGIA 5KQYA 3URJA 5OZWA 2OHPA 3HD8A 3RVIA 4Y45A 3K5FA 2XYFA 1T6GA 5P8AA 4Y41A 2VJ6A 5P0UA 3OAGB 2FIVA 1EC0A 3L5EA 5P32A 5P54A 4Z50A 4Y35A 5P5BA 2P8HA 2F81A 5OZ5A 3EKPA 3S7MA 5P65A 3OOZA 4J0PA 3OGPA 5HE5A 2I0DA 4Z22A 3N3IA 3O9IA 5DQ2A 3FNTA 4FE6A 3VFBA 1FQ6A 2BBBA 5P25A 5P47A 5P52A 4Y5PA 2QU2A 5P7LA 3KT5A 4I11A 3KFRA 3ZKXA 2Q11A 4HDFA 5P17A 1PSNA 3TPRA 5I3WA 4ZPEA 5OZFA 4K4RA 1Z1HA 3L59A 4R92A 1HVCA 2IQGA 3UFNA 5P4OA 4L7JA 5P4PA 4L7HA 5P1NA 2QZXA 1HPVA 4QLHA 4WY1A 2Z4OA 2V00A 2QAKA 5SXNA 2O40A 1ZLFA 4FGXA 4I12A 3WB5A 3NU3A 2QHZA 3GGVA 4I0JA 2HS2A 4GYEA 4YCYA 2WF3A 4PZXA 1FG6C 2P3AA 4OC6A 1SBGA 2HAHA 5KR1A 1EPOE 2A4FA 5P26A 5P4HA 4OBHA 1HEGE 4DUSA 5P6DA 5P7OA 5I3YA 1EC2A 1MT8A 5P8FA 4U8WA 4CPWA 3OWNA 1AJVA 2O4NA 1QDMA 4L7GA 1G6LA 4HDPA 2AQUA 3MXDA 1A8GA 4H3JA 4HLAA 4I0IA 4R91A 5P2MA 3PWWA 3NYGA 3SA9A 3DK1A 1FEJC 1GVVA 4Y4ZA 5P6AA 4GJ9A 5P2TA 1A30A 1EBKC 2HPFA 1IDBA 5P2AA 3INFA 3SA4A 4YDFA 2R43A 5IVRA 1D4JA 3HVPA 5P4YA 1RQ9A 4FAEA 4KUPA 3LZYA 2OHRA 5ER2E 3KYRA 1FMBA 1TCXA 3TPJA 4YE3A 2I4VA 4U7QA 2AOCA 5P35A 3KFPA 3QPJA 1ZSFA 5P5AA 4DQFA 3LIVA 5OZKA 3KT2A 2CEMA 2G1YA 5DR0A 3C9XA 6FIVA 4ZEAA 5P0WA 5P24A 2WEBA 5EZZA 5P78A 5HDXA 3SQFA 4RCFA 3QS1A 3WSJA 4Y38A 5P0SA 3PB5A 2HB4A 2PYMA 3OK9A 5P1WA 2EWYA 2P3DA 4DQGA 1HWRA 3T7QA 1GNMA 5P3GA 2ZHSA 2QU3A 1BIMA 4OBZB 5P2BA 3LINA 3LPIA 4RRNA 4DJQA 4LXAA 1B6JA 4CMSA 3SPKA 4J1KA 5P1FA 3FX5A 1GNOA 3DJKA 1PSOE 1OD1A 4Y50A 4DQCA 5ISJA 1FFFC 3S7LA 5P60A 3FSMA 1B6KA 4HZTA 4BEKA 2FS4A 3CKRA 5P1QA 1FG8C 1A9MA 3CIDA 3ZL7A 5AHCA 3KDDA 3QIHA 1W5VA 3BXRA 3SAAA 2G27A 4NKKA 1EC1A 3CICA 3GI0A 5OZIA 3NU5A 2BKSA 2UXZA 3L5BA 2QZWA 4A4QA 5CLMA 4DJVA 3OU1B 3KMYA 1LF3A 3L58A 5P7UA 2RENA 2PSUA 3OUDA 5P5SA 4X7IA 3QAAA 3OUBA 1EC3A 5T4SA 5P1SA 4KE1A 5AGZA 2APRA 1HPSA 1HVIA 5OZEA 5P3JA 5P4FA 5P72A 3ZKNA 5P20A 4JPCA 4GJ6A 4Z2ZA 5C9BA 4Y4BA 1XN2A 4L1AB 3SABA 5EZXA 3VF7A 3D3TA 4DFGA 4CPTA 4ZLSA 1SP5A 2NNKA 5P7VA 3I7EA 3DUYA 1ODYA 3KA2A 3SM2A 3VSWA 2ZJLA 5P09A 3KF0A 2B42A 7HVPA 5P5HA 1HTFA 4OD9A 5HU0A 1FQ5A 1RPIA 1ZPKA 2J9JA 2WEZA 2WF2A 4Y4GA 1A94A 4I8WA 2P3BB 5OYZA 2J9KA 5HE7A 1BV7A 1ME6A 5P5EA 1HVJA 4QJAA 2R3TA 4PPHA 3R0WA 5P0YA 4CPUA 1KJGA 2Q54A 2QZKA 1M0BA 5P4QA 3VFAA 1HTRB 2AZCA 4EXGA 3QVIA 1YT9A 2OHNA 2VS2A 5OZ0A 2CENA 4GZFA 2WHHA 5P4RA 3IVIA 5P53A 4EQ0A 5P5ZA 3EL4A 2R9BA 4I0EA 2I4WA 1FLHA 3L3AA 3PLLA 5P40A 4Y4AA 5KR2A 1LYWA 1DPJA 3O9DA 4Y4TA 3GGUA 3ZLQA 3UDQA 5P4NA 1K6CA 4Y5NA 1KJ4A 1MT9A 2QCIA 2PK5A 1BVGA 1IZIA 1T6EX 5OZ7A 2F3KA 4YBFA 3OXWA 5P57A 3MSJA 2B8LA 1CMSA 2PWCA 3ZPTA 1RL8A 5P2FA 3VYEA 3Q6YA 5OZPA 3MWSA 5DGWA 5P85A 5P6NA 1VIJA 5P1LA 5P83A 2I4DA 4Y37A 2G24A 1XS7D 2AOHA 3OXCA 4RVJA 4NJVA 4Y3PA 4K4QA 2NXMA 3JVWA 3VF3A 3KDBA 3OXXA 2AODA 2Q55A 4B1DA 4Y51A 3OXVA 5P1BA 3NUOA 4S1GA 1UH8A 4H3FA 5HCTA 3VF5A 5OZDA 4Y53A 3VCMA 1F34A 2NPHA 1IBQA 4J0TA 4J0YA 2IKOA 3EM3A 2Q3KA 4TVGA 3EKQA 5P2OA 5P3AA 5P05A 1E82E 3TTPA 5AH9A 1FIVA 2ZJJA 3PEPA 2OF0A 1Q9PA 5DR7A 1FQ4A 2NXDA 3EXOA 1IZEA 1LS5A 3Q4BA 1AXAA 2AOFA 3NU4A 1YM2A 3LIQA 4KB9A 3OADA 3OGQA 5P0IA 4I1CA 4M8XA 5P5PA 1APTE 4Y4WA 1ZTZA 5P14A 5OYWA 2QNQA 4Y36A 4FL8A 3TOHA 4D89A 3VYDA 4FS4A 3O9LB 5P6QA 1DAZC 1ODXA 5HDUA 4R93A 8HVPA 5P6JA 5P6WA 4LXMA 4QJ9A 3L5DA 3SA8A 3K1WA 2G69A 1SGUA 5P8KA 4JOOA 5ENMA 4B1EA 3SA3A 2AVSA 5P3OA 2XFKA 5P4AA 1WBMA 4FCOA 3CYWA 3D1YA 3IN4A 3R0YA 4J1EA 2PWRA 3KM4A 4QJ7A 2O4LA 2WJOA 3JW2A 4RCEA 5AHAA 1LV1A 2XFIA 2VNMA 5P3LA 5P6RA 2PSGA 1XL5A 5P2RA 5P1UA 5P11A 2A1EA 2FXDA 5P87A 3EL1A 4JPEA 4K4PA 2R8NA 1MVPA 2PYNA 4GJ7A 3IGBA 3EC0A 4D88A 3PMUA 3H5BA 5P30A 4IVTA 3QRVA 2QZLA 5P10A 3TNEA 4YCTA 2V0ZC 1W6HA 4M8YA 2HB3A 4Y5MA 1NSOA 2ER0E 2AOGA 3U6AA 3N4LA 5P79A 3D1XA 4PZWA 4Q1YA 2OHLA 3NDXA 5P4TA 3NUJA 4J1IA 1SGZA 3EMYA 2O4PA 1EPME 2AVVA 3SM1A 4H3IA 4GJ8A 4I10A 5P15A 1D4KA 1SDTA 4EJ8A 5P80A 5P6XA 3VLBA 4RGHA 1YTGA 1LZQA 1WBKA 5P0BA 5J25A 3U7SA 3WZ7A 4QGIA 1BV9A 5P7SA 1PSAA 5KAOA 3IXKA 4Y3GA 2FMBA 3NXEA 5HU1A 3DV1A 4EP2A 5P5OA 1MTRA 4DPIA 3G70A 4Y3RA 6UPJA 1SDUA 1LYAB 3UDJA 1DIFA 2QHYA 2G1NA 1HXBA 4GJ5A 3VV7A 4B78A 3TH9A 2OHSA 1MERA 5P3IA 4DVFA 1DW6C 4Y5BA 3OTYA 4BFBA 3BRAA 5IVQA 4Y3WA 4GJCA 2VJ7A 5P3NA 3A2OA 6APRE 2Q5KA 2BKTA 1ENTE 3B80A 3OQDA 5P0LA 5C9DA 2QMGA 1HBVA 1XN3A 2QI4A 2ER7E 2VNNA 5P1HA 5TOLA 4B72A 4B70A 4AA9A 5P7AA 3EL0A 5P5GA 3INHA 3UDMA 5DQ5A 1SH9A 5P22A 1BDRA 5OZZA 3FV3A 5P8HA 5OYXA 5P0FA 3WB4A 4YD7A 4OBZA 2ZJMA 5OZSA 4QJ6A 3UQPA 5P84A 1D4YA 5P2EA 3R1GB 4YA8A 4COEA 5IS4A 2BQVA 3TKWA 5HVPA 2WF1A 2P83A 3VUCA 4OBJA 3OQFA 4Q1WA 4Y54A 2QMDA 5P4IA 3FNSA 5OZHA 1ZSRA 2BPVA 3DOXA 3I6OA 5P6FA 3OQAA 2WECA 5P1ZA 5P4VA 3KFSA 3INEA 2O4SA 3D1ZA 3O9HA 4YBIA 1G0VA 4KE0A 1W5WA 5OZ6A 3T6IA 4TVHA 4EWOA 1OEWA 1Z1RA 2ZHTA 1B6LA 3TOGA 5P2DA 1T7JA 3OU1A 1QBSA 3S53A 3O9GA 5P7WA 5P33A 2WEDA 5P4SA 2MIPA 3QBFA 3I2LA 1HVRA 4OBKA 3NWXA 3EKVA 4YD4A 3URIA 2BJUA 2OHQA 2IDWA 5P5NA 1WKRA 3TL9A 4HEGA 5P8BA 1K6VA 2AZBA 2OHTA 4LBTA 3BXSA 3PWRA 5P4DA 5IVTA 5P4KA 1PROA 3AUPA 4K8SA 1C6XA 3RSXA 4L1AA 5KQXA 5P0KA 9HVPA 5P2UA 4MC6A 4OBDA 3H0BA 2FNTA 4Y3YA 4Y5CA 3OY4A 3OHHA 5P23A 5P59A 1HRNA 5P62A 4A6CA 1Z8CA 2NMZA 5P86A 3I8WA 2FLEA 5OYVA 5P1EA 3UQRA 4YOBA 5P7ZA 5P8VA 5P0PA 3UQUA 1EPQE 3UQWA 5KR8A 5P37A 3SA6A 2P3BA 5P51A 4CPQA 2QI5A 4FSLA 2HB2A 1IZDA 4Y5LA 5P7FA 4Y3MA 3O9FA 5BWYA 2V12C 1GVWA 5P07A 3CIBA 3LPKA 5P2QA 4RLDA 2XYEA 2NMYA 4E43A 4Y47A 3O9BA 5P39A 5P7QA 3PCWA 3LZSA 3HVGA 3BUHA 3L5CA 5UPJA 5F00A 5P1XA 2PMAA 3OU3A 4Y5AA 4YD6A 5P7RA 5BS4A 5P8EA 1APWE 3EKTA 4Y3EA 4AZYA 1G35A 4Q1XA 3PMYA 3PRSA 1FGCC 2B8VA 1HSHA 1YM4A 1LF4A 4DJPA 1JLDA 3OOTA 5AH7A 5OZJA 4J1FA 4J17A 1MTBA 1UH7A 5P6EA 5JFUA 5P5IA 5P8CA 1C6ZA 2PH8A 1EPLE 5OZBA 2ANLA 5P6VA 5ISKA 2RKGA 5P67A 5DR4A 4FRJA 1A8KA 1LYBB 5P7CA 4ER1E 4EPJA 5P0ZA 1IZHA 3EM6A 5E5KA 5P7XA 2HIZA 4RVIA 4Y3TA 3DM6A 5P8TA 1QS8A 2OHUA 1BXQA 5P3DA 2JJJA 2FDPA 3UDKA 5P28A 5P1VA 4DJXA 1MSNA 1W51A 2IS0A 1AM5A 4Y3XA 3UTLA 4Y5EA 3S45A 3BVBA 5ENKA 4DJRA 3SKGA 2ZE1A 4DQHA 5P1RA 4PEPA 4MC9A 2V16C 2WKZA 5P64A 4Y3DA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BUG A;  4R8Y A;  3RTN A;  3O9E A;  5P4G A;  5P3E A;  1TZS A;  5P2V A;  4BFD A;  1MUI A;  3CKP A;  2I4Q A;  5P3S A;  4Y56 A;  2AVO A;  4YD5 A;  3U71 A;  1GNN A;  1MPP A;  4EJK A;  5P2Y A;  5P02 A;  3R4B A;  4GMI A;  1TCW A;  3QBH A;  2HS1 A;  5P7N A;  5P77 A;  4CPS A;  4EJD A;  2G26 A;  2UY0 A;  2VA7 A;  4DPF A;  4Y48 A;  1GVU A;  5P8R A;  3PI5 A;  3VEU A;  4ACU A;  4R95 A;  2BPZ A;  1J71 A;  4NPT A;  5P0X A;  4A6B A;  3OUC A;  4H1E A;  3T3C A;  1OEX A;  4ZSQ A;  5P5U A;  1M4H A;  4GID A;  5P8Q A;  4J54 A;  3PLD A;  1LEE A;  4QJ8 A;  3NXN A;  3ER5 E;  4QJ2 A;  2G1R A;  5OYQ A;  5P6K A;  2JXR A;  3Q3T A;  3O99 A;  4DQE A;  4NJS A;  4FRS A;  4Z4X A;  5P0G A;  5JOD A;  4ER4 E;  3HLO A;  1XL2 A;  3I25 A;  5P3Z A;  2VIY A;  1HIH A;  3O9A A;  3MSL A;  1FFI C;  5P68 A;  5OZ4 A;  2R5Q A;  1MES A;  5P2C A;  5P7D A;  3IXO A;  3L5F A;  3Q5H A;  4Y57 A;  5DR8 A;  3ZKI A;  1PPM E;  5OYY A;  3SO9 A;  3MXE A;  2ZYE A;  5P3P A;  4I0Z A;  3GI5 A;  5P2X A;  5I3X A;  2PK6 A;  1LYW B;  4L6B A;  4DQB A;  1ER8 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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