1K1UA

Combining mutations in hiv-1 protease to understand mechanisms of resistance
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPIMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Combining mutations in HIV-1 protease to understand mechanisms of resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1k1uA00
3OADA 3ZKIA 2QZKA 5JFPA 4EXGA 2PK5A 1EEDP 3DM6A 5P5NA 4B78A 3O9LA 2I4UA 3VV7A 3PWWA 5P1MA 5P1JA 5ER2E 2OHSA 1SH9A 5P1IA 5KQXA 2WF1A 3TKGA 5OZYA 3OQAA 1HVJA 1HSIA 5COKA 1D4HA 3GW5A 3AIDA 2NNPA 5P6HA 4DQBA 5DQ5A 4I0ZA 1M43A 4Y3ZA 3S8IA 3VYFA 3RSVA 1UH8A 4GJBA 5P3XA 1HTGA 5P2YA 1IZEA 4OBZA 4ZPEA 4FAFA 5OYUA 4ZIPA 3KFRA 3GGXA 4Y48A 5P5RA 3TLHA 1XS7D 4DJUA 3CYWA 5P4UA 4QJAA 1LF3A 2AIDA 4CKUA 4D83A 4B70A 4F75A 1HBVA 3NU5A 5P0IA 2PK6A 3ZKXA 5DQCA 3HVGA 5DR4A 4NPTA 4DI2A 1PROA 1AXAA 3DV5A 3HW1A 3UDNA 4K4PA 4OD9B 3N3IA 3UF3A 3OU4A 5EZXA 4BFDA 4NPUA 2ER6E 3CIBA 4FRSA 1MEUA 4J1EA 1K1TA 3SFCA 5P66A 3UQPA 1KJGA 5P1SA 1M0BA 4BFBA 5P7CA 3EKQA 4Y5KA 1HIIA 5P7MA 4AZYA 5B18A 5OZBA 4YE3A 3L5CA 2J9KA 3BXSA 5P1DA 3EKTA 5P4XA 3LZYA 4Y3AA 3OAGA 4Y38A 2J9JB 3R4BA 1YTHA 4FIVA 3ZKGA 5IE1A 2AOFA 2QI5A 1PSNA 1LYBA 4Y5GA 1ODYA 5KQFA 3PJ6A 2I0DA 5P0UA 3LITA 3U6AA 4TRYA 4PEPA 5P6BA 1EBYA 2QI6A 2I4VA 4NJTA 3Q5HA 5P7TA 3CYXA 5OZFA 1ODXA 3BGBA 5P3QA 5OYRA 4YOBA 5I70A 1YTJA 4JOOA 5P1WA 5CONA 3GI0A 1B5FB 4Y4ZA 5P6XA 3KN0A 3INEA 1HVIA 2WF3A 2R5PA 3SA5A 1ZLFA 5P75A 3VEUA 3MXDA 1EPLE 4N00A 3LHGA 5I3XA 1W5WA 4PZWA 5P1VA 2VIEA 2F3FA 1MESA 4B1CA 2ANLA 1SGZA 3EL4A 5P7ZA 4M8XA 1KJHA 5DQ4A 5P3ZA 5P4GA 3EL9A 5P7AA 1OD1A 4Q1XA 3VSXA 4Q5MA 2QD8A 5P13A 5P7HA 3HDKA 4RRNA 5P7NA 2VKMA 3L59A 5ENMA 4NJSA 5P2AA 1EC3A 4RLDA 4TRWA 4J0VA 2Q5KA 4Y3DA 4EJLA 4JECA 2P83A 3I25A 5P1GA 3CKRA 5P5TA 3ZPSA 4Y4JA 1GNMA 4DFGA 4J1CA 4FSEA 5T4SA 2V13A 5P30A 4Y3MA 3PSYA 4I0IA 5P2EA 5P5JA 1OEWA 4Y5LA 1PFZA 4Y5CA 5P7DA 4Q1NA 6FIVA 1HWRA 4OC6A 3NYGA 5P3LA 1YM4A 3NU9A 2BBBA 1RL8A 2O4PA 5ER1E 1TSQA 3OU4B 5OYXA 5KOSA 1SBGA 1NH0A 3HAWA 1D4YA 2B7FA 5P37A 2ZYEA 4QJ7A 2ASIA 5P6RA 4AMTA 2F3KA 4Y4DA 3O9GA 4OBDA 1B6PA 4B1EA 4EJKA 2B60A 3WZ6A 3S45A 2V10C 3IXJA 2G27A 3OAGB 1PSAA 3B7VA 2WEDA 3EM4A 3LPKA 3PRSA 5HD0A 3EBZA 5P2OA 5P78A 1NSOA 3UDKA 1LYBB 4L1AA 5P3UA 1ME6A 4AA8A 5P88A 3PHVA 5P3AA 5P5FA 1APTE 2HC0A 4JPEA 4GJDA 3QN8A 4Y4GA 3OXXA 3SAAA 1WBKA 5F01A 3VSWA 5P2LA 3I7EA 4Y5AA 3QROA 1EPNE 4OBFA 5KR0A 1MPPA 3K4VA 4TVHA 4MC2A 1Z1HA 3OUCA 4OBGA 1SMRA 1IZDA 1GVXA 3EM6A 5P4AA 5P3DA 2O4SA 5P4ZA 2G20A 2G1NA 1B6JA 2HB4A 2QZLA 5P6CA 5P4EA 1BVGA 5P2XA 3L5FA 3IA9A 4PZXA 5COPA 2V0ZC 4Y44A 2HPEA 3VLBA 4QLHA 5P39A 3ZKMA 1SIVA 1D4LA 7UPJA 3OQDA 3C9XA 3BXRA 5P58A 5P2MA 2XFIA 2WEAA 5P6OA 3OK9A 1HEFE 3RSXA 2B8LA 5HDXA 1MT7A 2NXLA 5OZQA 5OZ6A 4J0YA 2R38A 1K6VA 2QP8A 3OQKA 2P3BB 2FDDA 3PCZA 4Y50A 5P8PA 5P8NA 4EP3A 5P1PA 5P3TA 3BGCA 3OXWA 4L7JA 1NPWA 4A6BA 4CPRA 5P2UA 5P8AA 2ZJNA 4DJPA 1HVRA 4Z50A 1HVKA 1FG6C 5P4SA 2BKTA 5P28A 5P49A 4J1HA 2BPVA 5P7FA 3PB5A 2RENA 4I8WA 5P06A 3EMYA 5P6DA 1AVFA 2ZHTA 4H3JA 5P8FA 3ST5A 2V12C 5P4QA 5P6FA 4H3IA 5AHBA 4GJ9A 1SMEA 4Y4BA 1HIVA 1HRNA 5OZWA 5P2FA 4D88A 3IAWA 5P3JA 4ZPGA 3IXKA 1FMXA 2WF2A 2I0AA 5DR3A 3A2OA 2VA7A 3DOXA 2G1SA 3OTSA 1FQ6A 5DR8A 4L7HA 4H3FA 1BILA 5OZPA 4ZSQA 5P8BA 3HVPA 5P27A 5OZ4A 5C9DA 5P63A 4LL3A 5P3NA 4Y4WA 2B8VA 1E81E 1DMPA 3INHA 4ZE6A 3KM4A 3PCWA 2FXEA 4Z22A 3URJA 5P2NA 3I8WA 3T6IA 1FFIC 5P0QA 4EQJA 3QRMA 2RSPA 3UDYA 5OZOA 3ECGA 3UHLA 2HAHA 1LYWA 4A6CA 4CPTA 5KR1A 5P8TA 2I1AA 4FCOA 4DH6A 3UDMA 3NLSA 3EC0A 5IVTA 1LF4A 3S2OA 4ER4E 5KQZA 5OZ8A 5P2HA 1IDAA 1LYAB 5P74A 4Y3XA 2NXMA 4FRJA 3VLAA 2Q3KA 1FEJC 1YT9A 2JJJA 2NMZA 3OQFA 5P07A 5P7IA 1MVPA 1MERA 5P43A 1QBUA 5P10A 4DQEA 5P6VA 1DIFA 4FRKA 5OZ1A 4Y3RA 4GJCA 4DQFA 5P33A 5P0ZA 2ER0E 5OYZA 2A1EA 5P71A 1C6ZA 1HPSA 3ER5E 4NJVA 2O4NA 5P45A 3OGQA 5P09A 5P5EA 5P8JA 1QBSA 5P67A 2AVQA 3EKYA 4RVXA 2H6TA 3IVIA 5SY3A 5P34A 1SDVA 4QJ8A 3NXNA 5AHCA 2AZBA 3NU6A 5P6WA 5P46A 5OZJA 3Q3TA 3TPRA 6APRE 1META 4Y3YA 3DCKA 3RTNA 5P56A 4Y4TA 5SXNA 3UDPA 1E5OE 2AVSA 3K5DA 5P8CA 5P8QA 5P5GA 1BIMA 2PMAA 1YM2A 1FQ4A 2WF4A 5E5KA 5P7UA 3PMYA 1SIPA 3OU1A 3LIXA 3QRSA 5P4TA 3NU4A 4OBKA 4I8ZA 1VIKA 1T3RA 1UPJA 2NTRA 4I10A 5P7OA 4YA8A 4Y37A 5P4LA 3CICA 5P3MA 3UPJA 2QMFA 2XFJA 5P2GA 5SY2A 5P1YA 1E82E 3PWMA 1A94A 4Q1YA 4X7IA 3UDRA 5P0CA 3KT5A 3QI1A 4I12A 1D4SA 4NJUA 1TZSA 4MC1A 1WKRA 4I0GA 4YD5A 1G2KA 1BXQA 1XE5A 5P1LA 1HPOA 5P82A 1APUE 4EP2A 5P3YA 5P5UA 4NKKA 4K8SA 5OZCA 4J0TA 3EL0A 3T11A 5KOQA 3ZOVA 4Y36A 2G22A 5P80A 4YCYA 3IXOA 5P64A 4U7QA 4LXMA 5P68A 1HXWA 3O9EA 4Y3QA 2QHZA 2UXZA 2Z54A 3OUDA 5IVRA 1SDUA 3BUGA 4DV9A 2QMDA 5P32A 5P4FA 1MT9A 2P3CA 3D1ZA 3VFAA 3D1YA 3SA8A 4ZLSA 2OHKA 4Y5EA 1ZBGA 4DJRA 3S7LA 2VNMA 2G26A 3DCRA 4F76A 2IRZA 5HCOA 2ZHVA 4WTUA 2WJOA 5P7JA 3VV8A 1EPRE 4JPCA 1K6PA 1T7KA 5P5XA 5CLMA 3S43B 3PEPA 4GJ8A 4GIDA 3CMSA 5OZZA 2G1OA 4FM6A 2V16C 3NSHA 5OZDA 4IVTA 5P53A 1TCWA 4Y4EA 2QNPA 1EBKC 2VJ6A 5HDUA 1EPQE 5P4DA 5P59A 5AH8A 5IS4A 2VIJA 4J17A 4FM7A 4H1EA 1GNOA 2BPYA 3UQRA 3TOFA 3UTLA 1HVLA 5OYTA 1T6EX 2V00A 1GVTA 5P7LA 3U7SA 1FFFC 2ZDZA 3Q70A 4AA9A 3SA6A 5J25A 1LF2A 4B05A 3SQFA 4YBFA 3GGUA 1AAQA 1C6YA 2AVVA 5P17A 3PWRA 4DJVA 5P3PA 2OHUA 3OUAA 5P4BA 5COOA 5OZ5A 4B72A 4GYEA 1GVVA 1FQ7A 5OZSA 5P18A 2BKSA 4QJ2A 4DQCA 1M4HA 3BVBA 3ZPUA 1QRPE 3UQXA 1ZSRA 5PEPA 3OADB 5P77A 5P7BA 3KDBA 4Y4UA 3EKVA 2AVMA 2CENA 3O9LB 3NDWA 1GNNA 5APRE 4YD6A 5P2QA 2OHRA 3H5BA 1FMBA 4TRZA 2QCIA 3HAUA 7HVPA 1XN3A 5OZ9A 5HDZA 1D4KA 3AUPA 1OHRA 5KQYA 3LZVA 5P05A 4F73A 4OBZB 5P8RA 2RKFA 4CMSA 1SDTA 5P8DA 1ZPAA 2HS2A 2ZJMA 3SLZA 1NPVA 2AOGA 1SGUA 4Y3SA 5DR7A 1C70A 5P3IA 4Y5NA 4CPSA 3OTYA 4RGHA 5EZZA 2NMYA 4HDPA 3QAAA 5P5OA 1YTGA 2BPZA 5P1FA 2PQZA 4PPHA 3TTPA 4RROA 4YD7A 1W6IA 1Q9PA 3D91A 5P25A 3PBDA 4Y3PA 1HTRB 4HDBA 5AH7A 3ZLQA 3L58A 1IZIA 1B6KA 2AQUA 5OZUA 2FLEA 4DQHA 1TSUA 4ZSMA 1HPXA 2RKGA 2WF0A 1EBZA 5P89A 2QI7A 3FKTA 3QRVA 1ER8E 5P7GA 5AH9A 1Z8CA 5P7SA 4J0PA 3FNTA 5P6GA 1XDHA 5P0TA 5OZEA 4YCKA 5F00A 2O4LA 1HSGA 3QP0A 2F80A 3IN4A 3MSLA 2P8HA 3QPJA 5P2DA 5P73A 5P7KA 1HTFA 2QU3A 4EYRA 4YCTA 3ZL7A 5P2CA 3Q4BA 1QDMA 2PH8A 5P1OA 3CIDA 5P4OA 2ZE1A 4QGIA 5P0JA 5P1RA 3KFNA 5P8MA 4J0ZA 1EC2A 1MIQA 3TPLA 3KT2A 4K4QA 5P0VA 4L6BA 1A30A 1MTBA 1K6TA 2H6SA 5KR8A 4D85A 4I0FA 2APRA 4CP7A 1J71A 4WY6A 4EPJA 5P8IA 2VA5A 3EKWA 4J1KA 4YD4A 4Y5PA 2QI4A 5P8VA 5P1UA 5P0MA 5P8HA 3RVIA 5P5VA 2QNQA 5P35A 5OZKA 3O9IA 1PPLE 2G69A 5P6YA 3LZUA 2ER7E 2AODA 1GKTA 1RV7A 3VYEA 5P52A 5P4CA 2HS1A 3I2LA 3MSKA 5P6LA 4RVJA 1MTRA 4TVGA 3SA3A 3OUBA 3QBHA 1ZP8A 5P83A 3NXEA 5P5HA 1MUIA 1KJ4A 5HE7A 5IVQA 5P29A 2XYEA 1B6MA 5P0NA 1LEEA 4EWOA 4K9HA 4RCEA 5P0FA 1BXOA 1FGCC 3RU1A 2AOIA 2JE4A 1K6CA 1ZSFA 2OAHA 1KJFA 4U8WA 2IENA 2OHQA 4FL8A 2O40A 2WECA 5P4MA 3N4LA 2Q15A 2JXRA 4I0JA 2QU2A 3OXVA 4YHQA 3LZSA 2CEJA 5P61A 3B80A 4Q1WA 2AOHA 1AZ5A 5HDVA 3FNUA 3NUOA 5P7RA 4J1IA 2BB9A 4YDFA 5P6SA 5P4KA 3VF3A 3UDQA 4Y6MA 3HLOA 4OC6B 3MSJA 4AUCA 4Y53A 5P3CA 3OGPA 5P0KA 4J55A 3T7QA 5P0OA 4Y3GA 2VA6A 2R43A 5DGWA 5HCTA 4Y3NA 5P6KA 5I3WA 2PYNA 3IVHA 3OOTA 5P4PA 5P87A 3VV6A 1HSHA 1UH7A 3SKGA 5P2IA 4ACUA 5P47A 4COEA 4ZSPA 5P19A 4R92A 1HTEA 2VJ9A 2EWYA 3FNSA 3O99A 5P11A 5P2TA 3TPJA 3INDA 4J54A 5P5QA 3WB5A 1APWE 1KZKA 3TNEA 1G0VA 1G35A 2AZ9A 4RZ1A 2QZXA 1PPME 3PLLA 3NWXA 4Y9WA 3GI6A 1QBTA 3QIHA 3OHHA 4L1AB 1AJXA 3MWSA 2ZJIA 3NR6A 5JODA 1ZJ7A 3JW2A 3ZKQA 3ZMGA 4HDFA 2R3TA 5P0WA 2UPJA 5P3VA 1YG9A 5P6QA 5P22A 2P4JA 1HIHA 4DJWA 3ZKNA 5DR1A 4Y45A 2MIPA 1NPAA 2G21A 3GGVA 4K4RA 2P3AA 1HPVA 2RMPA 3H0BA 4Y58A 4Y3HA 2PWCA 4I0HA 3T7XA 1BV9A 3UDJA 4HA5A 5P69A 4Y51A 4I1CA 1MT8A 5OZTA 5P4JA 3F9QA 5P5CA 5BWYA 2F3EA 1LV1A 2CEMA 4B77A 4FAEA 5P0EA 3O9HA 3DJKA 4OD9A 5AH6A 4FE6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OAD A;  3ZKI A;  2QZK A;  5JFP A;  4EXG A;  2PK5 A;  1EED P;  3DM6 A;  5P5N A;  4B78 A;  3O9L A;  2I4U A;  3VV7 A;  3PWW A;  5P1M A;  5P1J A;  5ER2 E;  2OHS A;  1SH9 A;  5P1I A;  5KQX A;  2WF1 A;  3TKG A;  5OZY A;  3OQA A;  1HVJ A;  1HSI A;  5COK A;  1D4H A;  3GW5 A;  3AID A;  2NNP A;  5P6H A;  4DQB A;  5DQ5 A;  4I0Z A;  1M43 A;  4Y3Z A;  3S8I A;  3VYF A;  3RSV A;  1UH8 A;  4GJB A;  5P3X A;  1HTG A;  5P2Y A;  1IZE A;  4OBZ A;  4ZPE A;  4FAF A;  5OYU A;  4ZIP A;  3KFR A;  3GGX A;  4Y48 A;  5P5R A;  3TLH A;  1XS7 D;  4DJU A;  3CYW A;  5P4U A;  4QJA A;  1LF3 A;  2AID A;  4CKU A;  4D83 A;  4B70 A;  4F75 A;  1HBV A;  3NU5 A;  5P0I A;  2PK6 A;  3ZKX A;  5DQC A;  3HVG A;  5DR4 A;  4NPT A;  4DI2 A;  1PRO A;  1AXA A;  3DV5 A;  3HW1 A;  3UDN A;  4K4P A;  4OD9 B;  3N3I A;  3UF3 A;  3OU4 A;  5EZX A;  4BFD A;  4NPU A;  2ER6 E;  3CIB A;  4FRS A;  1MEU A;  4J1E A;  1K1T A;  3SFC A;  5P66 A;  3UQP A;  1KJG A;  5P1S A;  1M0B A;  4BFB A;  5P7C A;  3EKQ A;  4Y5K A;  1HII A;  5P7M A;  4AZY A;  5B18 A;  5OZB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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