1K2BA

Combining mutations in hiv-1 protease to understand mechanisms of resistance
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Combining mutations in HIV-1 protease to understand mechanisms of resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1k2bA00
4B00A 5P0LA 4L1AB 5ER1E 5P38A 3DCKA 5P3FA 5P8CA 4APRE 3DM6A 3Q70A 5HU1A 4YD3A 2FDPA 4ZPFA 4J0VA 5OZWA 3A2OA 4TRWA 5P0IA 4HA5A 3RTHA 4Y47A 4AMTA 2QI7A 4OBJA 5UPJA 5P2IA 5AHCA 5P2MA 4CPSA 2PYNA 5ENMA 4PPHA 2PK6A 5P2UA 9HVPA 3VEUA 5OYSA 3O9GA 3HVGA 5P1ZA 3PLLA 3NUOA 4Y3EA 4IVTA 1KJGA 4Y43A 2G22A 5P3MA 1HPVA 1K6CA 5P2RA 1A8GA 3OUBA 1HPOA 4BEKA 5P7NA 3QP0A 1DW6C 4YE3A 5P14A 4U7QA 2FDDA 4I10A 1FGCC 3QRVA 5P10A 4Y53A 5DR0A 5P7XA 2G1OA 2QD8A 4AA8A 3PB5A 2H6SA 3LINA 5AHAA 2FIVA 5FIVA 2OF0A 3UFNA 2AVQA 5P58A 4RROA 5OZLA 3O9FA 5P6EA 2O4SA 3OADA 3IXOA 5P37A 3OU4B 3UHLA 1E5OE 1ME6A 5JODA 1HBVA 3OXWA 4Y37A 2J9JA 5JG1A 4Y3RA 5P7CA 5P4PA 3TLHA 1YT9A 2NMZA 4I11A 3NDWA 1SIVA 3R4BA 2G94A 4HLAA 4ER1E 5P0QA 3GGXA 4DJUA 2BPYA 5P2TA 1B6LA 4CPXA 5OZHA 1QBRA 2XYFA 1HEFE 1HIHA 5KQXA 4Y48A 1EEDP 1MSMA 5JFUA 2HS2A 4Y3FA 2HAHA 5P4NA 1MVPA 5P5ZA 1KJFA 4Y4DA 2WECA 1MRXA 1BWBA 2AOJA 5P8DA 5HU0A 5P4GA 4FL8A 3LHGA 2ZDZA 2V13A 5P1CA 3PWMA 5P8BA 2RMPA 2V16C 4HDPA 5P0WA 5AH8A 2JXRA 3OU4A 2B42A 3S85A 2VJ6A 3SM1A 4WY6A 1D4JA 3OQFA 4Y5KA 4Y3SA 3G70A 4KE1A 5P6MA 1PPME 4OBZB 4A6BA 2HB4A 4GYEA 5P3ZA 2Z4OA 4ZLSA 5P7LA 5OZSA 4AA9A 3IGBA 5P5IA 4LL3A 5P15A 3UFLA 3EL4A 5P1HA 5P5XA 1NSOA 3PGIA 2FGVA 4J1IA 1BXOA 4TRYA 1BAIA 3OXVA 2EWYA 4PYVA 4IVSA 3Q5HA 1SDVA 2F8GA 1M43A 3PI0A 5P2SA 2VIEA 5P7BA 1RQ9A 5I3VA 1W5YA 4CKUA 3R1GB 5P2HA 4Y3DA 5P05A 3WSJA 3ZPTA 4NJTA 1LF3A 3T7QA 2B8VA 5KQYA 3G72A 2F81A 1PSOE 2VIJA 4OBZA 4I0ZA 4YA8A 4EJKA 3WB5A 5P6LA 1MT7A 2I4XA 5COPA 4Q1WA 1AJXA 2JYSA 5P8TA 5P4WA 1MESA 2Q54A 3SAAA 1K1TA 5DR4A 3PRSA 2ZJJA 5P0GA 5P3PA 4OBDA 3GW5A 4B77A 1MT8A 3BGCA 3R0WA 1U8GA 3KDDA 4Y3TA 2Q3KA 5P01A 5P5JA 5P5AA 4J17A 5P65A 5IVQA 2G20A 1KZKA 3OUDA 5SY3A 3VLBA 3KDBA 2ZHRA 5P7TA 5P0XA 3OAGB 3LIZA 1BWAA 4YCKA 2VA6A 4XX3A 1IVPA 1WBMA 2Q11A 2BPVA 3UDJA 1EC2A 3SA4A 1D4SA 5P3KA 3GI4A 3ZKSA 4B70A 5P80A 1NPVA 4JP9A 1G6LA 3VLAA 4JOOA 3QVIA 1D4YA 1BV9A 2I1AA 5OYWA 3UTLA 1MTRA 2FNSA 5DPZA 4B05A 5P22A 4QJ8A 1YX9A 5P6GA 3S43B 1FQ6A 1IZIA 5DR1A 4CPTA 3K1WA 1HPSA 5P76A 2HIZA 5P03A 3VYDA 1NPAA 6APRE 4EYRA 7UPJA 5P7JA 5P35A 1APWE 3RTMA 3OAGA 4RLDA 4Y50A 3F9QA 2BKSA 3O9IA 3UQWA 5P1FA 2QNPA 4MC2A 5P8IA 4ZPEA 3HBOA 2IRZA 3L5DA 4RCFA 2P3BB 3L5FA 4EXGA 5P4DA 2I4VA 2IDWA 3H5BA 4I0IA 3BVBA 5P1RA 5P2YA 3ZKGA 2WF3A 5P6XA 1LF2A 5P6IA 5P3IA 1HVHA 4YBIA 4EJDA 3PBZA 4YD6A 5P1WA 3SABA 4Y39A 4ACXA 3S43A 5P7ZA 2WEAA 5P3GA 4QJAA 1FF0C 3K5FA 4YOBA 5P0DA 1WKRA 5DQ4A 1B6KA 3K4VC 4J54A 1HOSA 2OAHA 3R2FA 5P7QA 5P47A 1J71A 4FAFA 3LPJA 5P04A 3IN3A 5ER2E 3OY4A 1MEUA 4FRSA 5P2AA 4ZSMA 5OZIA 2I0DA 3ZKNA 2PC0A 5P12A 4AUCA 4I0JA 1XL2A 3ZLQA 5P81A 5P42A 5P87A 5KR1A 3B7VA 3T11A 5P4BA 1MIQA 5AH9A 3NU3A 1MT9A 1T7KA 3EC0A 5P68A 4EP2A 5OZUA 4QJ9A 3GI6A 1HVCA 5P5VA 1W6IA 2P3BA 2AVSA 3T6IA 5F01A 5HDZA 5P1GA 3OU1B 1GNNA 1FLHA 3TOGA 1SDTA 3L5EA 2MIPA 5P7WA 5P3VA 2IGXA 5P5PA 5SXNA 4Y3JA 1KJ7A 2FNTA 3SLZA 3MSJA 4YCTA 5J25A 5HE7A 3ZKXA 3S53A 1MSNA 1LYBB 3D1YA 5P5WA 5P0TA 1K6TA 5OZEA 1PROA 1DP5A 2QD6A 4CPQA 4FCOA 4R91A 5KOSA 2HB2A 2AOIA 4MC6A 4EQJA 4I1CA 3MXEA 4EP3A 2VNMA 5P0HA 5PEPA 5OZ3A 3QIHA 4N00A 2O4PA 2PWCA 5P3NA 2QD7A 5OZ1A 1FG8C 5DR7A 1TSQA 1F34A 2F80A 4ZPGA 2HM1A 3UQPA 1PPKE 4K4PA 3T7PA 3VFBA 3TKWA 1KJHA 2QK5A 2VNNA 2XFKA 3KN0A 3RSXA 2OHUA 5P8GA 1FEJC 3I25A 1M4HA 5P8FA 3SQFA 3KM4A 4APEA 5HDUA 5P6PA 3PCZA 3SA8A 4B1DA 1W5WA 3LZSA 4BFBA 1JLDA 4H3IA 3UQXA 5P00A 4DQHA 3KYRA 3NDXA 1Z1HA 5P62A 5OYXA 4H3FA 3QRMA 3Q6YA 4DVFA 1FMUA 5P7HA 5P2FA 4CPUA 5P4CA 5P1IA 3NYGA 5P07A 2WJOA 2AVMA 3HAUA 4Y9WA 3VV8A 4EJ8A 5P7UA 2G27A 3SM2A 4Y5NA 4F74A 2V11C 5P5HA 5P60A 5P0UA 3K5DA 3VYFA 4A6CA 1G35A 2QP8A 3TPPA 4RVIA 1HXBA 3EBZA 3DUYA 3VF3A 5P7PA 4PZXA 3ZMGA 3PWRA 1SDUA 3SO9A 1QS8A 5P4YA 4D83A 5P0AA 5P2NA 5P61A 2ZHVA 2ER9E 2J9KA 1QBSA 4Y35A 2ZHUA 5OZNA 1K6PA 3OADB 3AUPA 1RNEA 3JVWA 7HVPA 1HSHA 3FNUA 5P63A 4Y45A 5P6CA 2P4JA 3BUFA 4CPWA 4Y3ZA 4Y56A 5P7FA 2J9JB 1TQFA 1FB7A 1OD1A 5P59A 5P86A 5P3BA 4J5JA 5P43A 2V10C 5JFPA 2JE4A 2OHKA 4LC7A 5P18A 2QZXA 1EBKC 5OZXA 5P64A 3OWNA 5P8LA 4NJUA 1XN3A 4KE0A 1HWRA 5F00A 2ZJMA 3QROA 3OUCA 4Y36A 1RPIA 3OHHA 5OZFA 3VG1A 2AOEA 3KMXA 3G6ZA 2G1NA 2VJ7A 3CKTA 4DJVA 3IXJA 1D4IA 1XN2A 1EBYA 4R92A 4ER2E 3ZL7A 1TZSA 2AQUA 4L6BA 3HDKA 1LV1A 5OZPA 5P4SA 5P0FA 4DUSA 1EPNE 5P0RA 5DGWA 5COKA 3EKWA 2QMGA 5P06A 2IKUA 1FQ4A 1W51A 5HTZA 4H1EA 3KMYA 2ER7E 4EWOA 5ISJA 1FQ8A 1EPLE 1MTBA 2XFIA 1HSIA 4FAEA 4Y4WA 3UQUA 3NWQA 4GJ8A 2HB3A 3ST5A 1HRNA 2O40A 4OBFA 3OQDA 3LPKA 1LYAA 3D3TA 3S45A 4EXHA 3ZKIA 1TCWA 4YD5A 5I3XA 1B6PA 3ZPUA 3NXEA 1TCXA 1IZEA 5P1EA 3UDMA 4Y4JA 4LBTA 5OYQA 5OZ9A 2QZKA 3GGUA 3NDTA 4FM8A 4Y5GA 3RVIA 2BPZA 5IVTA 2QI6A 4GJCA 5P31A 3LIVA 2AOFA 3NDUA 4RVXA 5P7EA 4WTUA 3O99A 2VJ9A 2SAMA 5P3TA 3O9CA 4J55A 5OZDA 5KAOA 5P77A 2AVVA 3LIXA 4EQ0A 4DJRA 5P6SA 4J0PA 5I3WA 4ACUA 4NPUA 1A9MA 3GI5A 5APRE 1HVLA 3UDQA 1GNOA 4J1HA 2QMFA 3NR6A 5E5JA 5P1QA 2F3KA 4F76A 1DIFA 3RU1A 1SGUA 1M0BA 4H3JA 3ZKQA 3BUGA 4OD9A 4RCEA 5P8RA 1B6MA 1VIKA 2Q55A 5P7RA 5P82A 5P6VA 1TSUA 2R8NA 3LZYA 4FRKA 2R9BA 3S2OA 3EM4A 1BXQA 1SMRA 1MPPA 4Y5AA 1A94A 1ZSRA 5P5CA 2QHCA 2RENA 2PWRA 2V12C 5P3SA 1GKTA 3TTPA 2OHSA 4LXKA 1BV7A 3LITA 3VV6A 1HXWA 1DPJA 2ZGAA 5P5NA 3O9BA 5P33A 1TW7A 5P4ZA 5P4AA 2I4UA 4FGXA 1K2CA 4WY1A 3UDRA 2IEOA 3OUDB 1YTHA 5DGUA 3EKVA 3T3CA 1HVKA 4Z4XA 4GJAA 4Y4ZA 2WEZA 5P3HA 3PJ6A 1C70A 5P2CA 5KR2A 1KJ4A 3PSYA 3B80A 1T7IA 5P7AA 2RKFA 5P1SA 2QI3A 2P3CA 3H0BA 1AJVA 2G1RA 3BXRA 4TVGA 5OZQA 1D4LA 4E43A 5P0VA 3EKPA 3CKRA 3SKFA 3DOXA 5HE4A 5P3LA 4ZSRA 1EC0A 3WZ6A 4Y38A 2Q64A 4RRNA 5P5UA 1SH9A 3INFA 4KUPA 5P2XA 4LHHA 5P1UA 2VIZA 5P11A 2OHPA 5BRYA 3TPRA 4Y57A 5P8HA 1FG6C 2P83A 1FQXA 4Y3YA 4U7VA 4TVHA 5DQ1A 5P0ZA 5P6ZA 4I0GA 1CZIE 3EKYA 4YOAA 3L58A 4LP9A 2PSGA 4B0QA 5P4QA 5P8JA 4QJ6A 2B7FA 2QI0A 1SBGA 5DQ2A 4Y4XA 2B7ZA 4Y5MA 5P5DA 5KR8A 2AOGA 4NKKA 4TRZA 5P8EA 4Y4BA 4Y3MA 3D20A 1NH0A 5E5KA 4F73A 4RZ1A 2AODA 4M8XA 5OZVA 2ANLA 5P28A 2OHRA 5OZOA 1ZP8A 2A1EA 5AGZA 2BQVA 5P48A 2O4NA 3K5CA 2R5QA 6FIVA 5KOQA 4DJYA 2IQGA 3IVIA 5P7OA 2ZJNA 4Z50A 2IENA 5P8SA 3PCWA 3U71A 1SP5A 2O4KA 4Y3AA 5P6RA 2G26A 1ODXA 3BRAA 2XYEA 4JPEA 5OZCA 3VF7A 4UPJA 3QBFA 4Y3HA 3OOZA 5OZ7A 5KQZA 5EZXA 1E81E 2Q63A 5P7SA 1BBSA 3OGPA 1T3RA 5P5OA 3L5CA 1BDRA 2APRA 2P8HA 3DV1A 4ZSQA 4NPTA 1ZJ7A 3PVKA 3IA9A 3SA7A 2V00A 3S8IA 3BHEA 1B11A 1ZSFA 5P4HA 3SKGA 4YD4A 1FKNA 4DJOA 2ZJLA 4RYGA 4DQFA 5P27A 4ZIPA 1LYWA 3AIDA 3NU6A 1G0VA 4DFGA 1AM5A 1ZAPA 3APPA 2NXMA 4JPCA 3BXSA 1BVGA 4Y5BA 4PEPA 4J1EA 2WEBA 4Y3GA 4GB2A 2WHHA 3ZOVA 3FNTA 5P0PA 1ZPAA 4Y4UA 5ISKA 5P1VA 5P0OA 3BC4A 5OZYA 5IVRA 4R95A 3DJKA 4I8ZA 2QU3A 3O9HA 5P0JA 1HIIA 4K4QA 3JW2A 5P3XA 3RSVA 4Y3XA 3INDA 1HIVA 1K2BA 5KR0A 3CYWA 2QU2A 3KT2A 5P84A 3OQ7A 1APTE 3URJA 4DPIA 1GVVA 3CIDA 3CICA 4I12A 5P5MA 2RKGA 5P1MA 5P56A 5P6HA 3Q4BA 3KT5A 1GVXA 1IZDA 4ZEAA 4Q1XA 5IE1A 1BILA 4HEGA 1UPJA 3L38A 1HVRA 3L5BA 5P5LA 5OZMA 5P3OA 5HD0A 2IKOA 3EKTA 5P34A 5HE5A 5P19A 1RV7A 3ECGA 5SY2A 3UDNA 3I7EA 2NXLA 1GNMA 4GJBA 5P7MA 3KFSA 1ZBGA 3QI1A 2WF2A 3EL0A 3M9FA 5AH7A 5P1TA 5P6YA 2ZHTA 3QS1A 3MSLA 2AOCA 1AXAA 3IN4A 5OZ5A 5P1JA 2FXDA 3OK9A 4L7HA 3K5GA 2ER6E 5P57A 3VSWA 5P36A 1HTFA 2FMBA 1HVJA 5P2QA 4L7GA 5OZRA 1NPWA 1D4KA 1RL8A 3WZ8A 4Y3PA 5P3WA 2ZJKA 4Y5CA 2BJUA 3LPIA 4GJ5A 3NU4A 3ER5E 3TPJA 1F7AA 3PSUA 5P7DA 1ZLFA 3TL9A 4U8WA 5C9FA 5P8PA 4Y5LA 5P2BA 5OYVA 1DMPA 4FM6A 3KA2A 5P4KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B00 A;  5P0L A;  4L1A B;  5ER1 E;  5P38 A;  3DCK A;  5P3F A;  5P8C A;  4APR E;  3DM6 A;  3Q70 A;  5HU1 A;  4YD3 A;  2FDP A;  4ZPF A;  4J0V A;  5OZW A;  3A2O A;  4TRW A;  5P0I A;  4HA5 A;  3RTH A;  4Y47 A;  4AMT A;  2QI7 A;  4OBJ A;  5UPJ A;  5P2I A;  5AHC A;  5P2M A;  4CPS A;  2PYN A;  5ENM A;  4PPH A;  2PK6 A;  5P2U A;  9HVP A;  3VEU A;  5OYS A;  3O9G A;  3HVG A;  5P1Z A;  3PLL A;  3NUO A;  4Y3E A;  4IVT A;  1KJG A;  4Y43 A;  2G22 A;  5P3M A;  1HPV A;  1K6C A;  5P2R A;  1A8G A;  3OUB A;  1HPO A;  4BEK A;  5P7N A;  3QP0 A;  1DW6 C;  4YE3 A;  5P14 A;  4U7Q A;  2FDD A;  4I10 A;  1FGC C;  3QRV A;  5P10 A;  4Y53 A;  5DR0 A;  5P7X A;  2G1O A;  2QD8 A;  4AA8 A;  3PB5 A;  2H6S A;  3LIN A;  5AHA A;  2FIV A;  5FIV A;  2OF0 A;  3UFN A;  2AVQ A;  5P58 A;  4RRO A;  5OZL A;  3O9F A;  5P6E A;  2O4S A;  3OAD A;  3IXO A;  5P37 A;  3OU4 B;  3UHL A;  1E5O E;  1ME6 A;  5JOD A;  1HBV A;  3OXW A;  4Y37 A;  2J9J A;  5JG1 A;  4Y3R A;  5P7C A;  5P4P A;  3TLH A;  1YT9 A;  2NMZ A;  4I11 A;  3NDW A;  1SIV A;  3R4B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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