1K2CA

Combining mutations in hiv-1 protease to understand mechanisms of resistance
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPSNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Combining mutations in HIV-1 protease to understand mechanisms of resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1k2cA00
2ZE1A 3OXWA 4LL3A 3S7MA 1PPME 5OZ6A 5P6MA 5I3VA 2OF0A 4ACXA 5P6OA 3K1WA 2I4WA 2WHHA 2PSVA 4DJQA 5P04A 5OZLA 4Z2ZA 2V10C 3PSUA 1IZIA 3KT2A 4L1AB 5HU1A 2QZWA 5P7RA 4GJ8A 4YOAA 4RCDA 4J1FA 4Y3MA 3D1XA 3H0BA 3SPKA 4RYCA 4YBIA 2BKSA 2QI3A 1ER8E 3RSXA 3OU4A 2NXDA 1EPRE 2QI4A 5P4WA 2OHSA 4ZPGA 4AMTA 1UH8A 2WL0A 5EZZA 3IN4A 1HXWA 4D83A 2CEJA 5P4LA 3O9LB 5P63A 5P10A 5P4HA 4ZE6A 2Q63A 3D3TA 4WTUA 5P3CA 5P7IA 3ZL7A 5P4YA 5HVPA 4NKKA 2F8GA 3TTPA 5EZXA 3JW2A 2Q15A 3VYDA 4EXHA 1QBSA 1IZHA 4TRZA 4JP9A 4FRJA 4FLGA 4R8YA 5IVTA 4JPCA 5OYRA 3KDDA 3VV7A 5APRE 3S43A 3INEA 3SA8A 2B60A 2AODA 2HB3A 5KQYA 5TOLA 5P5XA 2FLEA 3IXKA 3INDA 4H1EA 3JVWA 1DMPA 1YTIA 3RVIA 4QJ8A 4D85A 1T7IA 5P6YA 4EJDA 3OQAA 4F75A 1D4HA 4HVPA 5P8IA 4CPWA 1FQ5A 3OTSA 5P7CA 3ZKXA 5P2IA 4TRYA 1SP5A 5OZKA 4I10A 2VJ9A 3EL1A 3LPKA 1G35A 3VSXA 2ZJMA 2IENA 5P5CA 5P0FA 2A1EA 1BXOA 5P80A 1SMEA 1RNEA 5P4FA 5OYZA 4MC9A 2PK5A 4L7JA 4Y39A 3BUHA 4OBHA 5P5UA 1HTGA 5P8EA 1FG8C 5P4NA 1G2KA 5SXNA 3QRSA 2WF0A 3BUFA 2G26A 5ISKA 1FEJC 3I7EA 2IRZA 2HIZA 5DGWA 3GI0A 3L3AA 3NXEA 4FCOA 1XDHA 5P06A 5P0PA 2AOFA 4IVSA 2IS0A 2R9BA 5AH9A 1PROA 3L5EA 4J0TA 2R5QA 1LYWB 2Q5KA 4Y43A 2JJIA 9HVPA 4Z22A 4ZSQA 5OZ5A 3HAWA 1AAQA 5P3RA 4FRSA 3O9AA 5P81A 2VA7A 5I70A 4Y37A 5COKA 5OZ2A 3SQFA 3UDNA 4Y41A 3OADA 3VYFA 3LINA 3UHLA 2QD6A 2B7ZA 3KFRA 5P3HA 5P41A 3VF7A 2AVSA 1PSOE 1SDUA 4I0ZA 3LHGA 4RLDA 5OYQA 3D1YA 5HU0A 5P2FA 5P4PA 4HLAA 1MEUA 2XFJA 3EC0A 2I0AA 4DQCA 1HPXA 5IVQA 5P4QA 5P0AA 5P00A 3OUDB 4DVFA 3QPJA 4LC7A 3DJKA 1LV1A 4FM7A 4R95A 5P31A 1LYAB 4YCYA 2OHTA 3NU6A 5KAOA 1SIPA 4Y4AA 5COPA 4OC6A 1MVPA 2OHQA 1EBYA 3H5BA 5HDZA 5ENMA 5HTZA 5P39A 4Y4UA 1YM4A 5P6JA 4NPTA 1A30A 3L5CA 5P2RA 5P3IA 3URJA 3EM4A 5P35A 5P2WA 5P2NA 1DAZC 2NTRA 5P51A 1M43A 1EC3A 2H6TA 1IDAA 3EBZA 5HD0A 5P8OA 2IQGA 1VIKA 2QI6A 3OAGB 4GB2A 5P7FA 2VS2A 4EXGA 2VIYA 4OD9B 4KUPA 3PMUA 1ZSRA 4GJBA 2QZXA 4B77A 1K6PA 2PSUA 3KM4A 4J0PA 5OYVA 3OHHA 4YD6A 3SO9A 4D89A 3D91A 4NJUA 3K4VA 4EP3A 1FQ7A 4N00A 5P75A 5P68A 2AOIA 3LZSA 2AZBA 1DPJA 4LXKA 5OZ9A 4Y4EA 5P0GA 5P7MA 5P4DA 1HIIA 5P8SA 5KR0A 1LEEA 5P3OA 2J9KA 5HDUA 4EP2A 3QS1A 4Q1WA 2ZDZA 5OZRA 3OWNA 4Y9WA 2AOJA 5P57A 5OZFA 2G1NA 2G1YA 3HZCA 1OHRA 5P2LA 1T7KA 3VV6A 4YOBA 5JFUA 4Y5GA 5P6SA 4Y57A 3SM2A 3PSYA 5CLMA 5P0QA 2I4QA 3U7SA 5P4JA 1UH9A 5OZ3A 1IBQA 3APRE 3ER5E 3ZKQA 5IE1A 3HDKA 1MUIA 1LYBB 4GJDA 2IKOA 3T6IA 3L59A 2BB9A 4AA8A 3O9EA 5P22A 5P8LA 2I4VA 3U6AA 5ENKA 3IN3A 2RKFA 1AIDA 5P2SA 3QVIA 5P8TA 5P1NA 5OZ8A 2V0ZC 4NJTA 2PH8A 5P3SA 1HSGA 1IVPA 4A6BA 1FLHA 4FGXA 5P8UA 4RCFA 4ZPFA 4S1GA 4YE3A 4YDGA 4ACUA 3GI5A 3K5FA 4FSLA 5OZOA 1D4JA 3QN8A 1W51A 4Y5KA 5P1JA 1BV7A 3SA6A 3LIVA 3OQDA 5JFPA 1EBZA 3APPA 4DJUA 4PEPA 2G1SA 2G1OA 3VYEA 3ZKGA 3G72A 2ZHVA 1GNMA 4Q1YA 3VEUA 1AM5A 5P12A 5P74A 5P0EA 3DV1A 3S54A 3TOHA 5P55A 1B6JA 2QI7A 4CMSA 3NR6A 2JXRA 3FV3A 2WEAA 1XS7D 4H3GA 4QJ2A 2QHYA 1BILA 4FRKA 4ER4E 3HVPA 3PSGA 4U8WA 5P1GA 2VNNA 3O9BA 5P4XA 4RVXA 5OZHA 3LZVA 2SAMA 1TW7A 2WF1A 2O40A 4I0FA 1RPIA 1CZIE 1FMBA 1BWAA 5P3MA 4EQJA 4J55A 3OU4B 4Y5AA 4Y3XA 2NNPA 1NPVA 4Y5MA 4KE0A 1GVXA 1HPOA 5OZMA 5P1AA 1YTHA 5P4EA 3UDJA 5P1UA 1BDLA 4Y53A 3PWWA 5OZJA 3N4LA 3DCRA 2OHNA 1ZSFA 3O99A 1FGCC 1HSIA 5P7XA 5P0JA 2AOHA 2FS4A 1SGZA 3NDWA 4Y3ZA 4Y4WA 4YD4A 4Q5MA 4UPJA 1SGUA 4FSEA 4Y5PA 4RROA 3F9QA 3S7LA 5HE4A 4J1IA 5P8MA 3CKRA 2ZHSA 5P7EA 2FGUA 2VJ7A 5P8JA 3HD8A 2XYEA 3EL0A 3B80A 2V11C 1K2CA 4WY1A 4Y4DA 2RENA 5JG1A 5P30A 4Y4BA 2VIZA 5P5GA 4QLHA 5OZGA 2FDDA 2I1AA 3EKVA 5P2DA 4DJRA 4I11A 3TKGA 5P7YA 2FXDA 1K6CA 3BGCA 4NJSA 1HVIA 2BBBA 2HM1A 4FM6A 5P3ZA 4ER1E 3LPJA 3PBDA 5P03A 1B5FA 4DQGA 1EPPE 2QD8A 3D20A 5P3NA 4EPJA 3URLA 3EXOA 3S45A 2FMBA 2QI0A 3G70A 3JVYA 4J17A 5T4SA 1MTBA 4J1KA 3TPPA 4J5JA 4DJXA 4FIVA 2G21A 3TPJA 3WZ6A 3OXVA 4QJ7A 5DR7A 1K6TA 2G24A 4LXAA 1EBWA 5P43A 1YG9A 1SDTA 4H3IA 4NPUA 5P4BA 4DI2A 4EHCA 4H3FA 4Y3TA 1MSMA 4ZEAA 5DQ4A 3CKTA 4DJPA 4XX3A 1D4YA 1GVUA 3O9HA 5P89A 1LS5A 3PEPA 2WEZA 3O9GA 2WF3A 3ZPTA 4Z50A 5P56A 3NU4A 3PLLA 5OYWA 4BEKA 5SY3A 2AZ9A 3LZUA 5KOSA 5P6XA 5P2GA 5P2HA 3ZKMA 3MSLA 3OADB 5P5IA 3O9FA 5P0HA 1T7JA 3K5CA 1ODYA 5P0ZA 3OOZA 5P29A 2PH6A 1FQXA 3FNTA 3K4VC 5OZXA 5P79A 5OZSA 2OAHA 5OZBA 2G1RA 5KR2A 3S85A 5P1HA 4PHVA 3SM1A 4GMIA 5AH7A 2UY0A 1EPNE 1QS8A 1E5OE 1IZDA 4F74A 1NPWA 2RMPA 5P17A 4AZYA 5OYYA 3HVGA 2OHRA 5P2ZA 3SA7A 4I0HA 3OU1A 2OHUA 4OC6B 4Y56A 3OQ7A 5P36A 5DQ2A 3DCKA 3FNUA 1W5WA 2VA5A 2J9JA 1GVVA 2QI5A 1HXBA 3LZYA 4FL8A 2QZLA 5DR8A 5OZ7A 3O9CA 1GKTA 2BPWA 2Z54A 4U7VA 4JOOA 3OOTA 4QJ6A 3S53A 4Y36A 3FSMA 5P05A 3BUGA 3SABA 3L58A 1YX9A 5I3YA 4Q1NA 1B6PA 4Y3RA 1HIVA 5P1YA 2ANLA 4PZXA 5P53A 4HEGA 3A2OA 2FDEA 5OZ0A 3EKWA 3ECGA 3QBFA 2VNMA 1RV7A 1C6YA 1DW6C 3OUBA 5P5OA 2FDPA 1APVE 4Y58A 5P1XA 4ZLSA 5P52A 5P3QA 5P0TA 3OUCA 5P61A 4LXMA 2ZJLA 4AUCA 1NH0A 3QROA 3UFNA 4YBFA 1HEFE 5CONA 1TZSA 4L7GA 1DIFA 3BVAA 4M8XA 3TL9A 5P3WA 5P65A 1LZQA 1EEDP 1PPKE 5P34A 5P6ZA 2V12C 1W50A 4B1CA 2OHPA 1ENTE 5OZYA 5P2CA 2B42A 5KR1A 2AVVA 5P1SA 4GJ9A 3I2LA 4MC1A 5OZ1A 1YT9A 3VF5A 1FQ4A 4YA8A 2AZCA 1HVSA 3O9IA 5IVSA 3C9XA 4Y50A 5P2BA 3QVCA 5P4MA 1C70A 3WB4A 4B70A 2O4KA 3TKWA 1TSQA 3L5BA 4K4QA 3PWMA 1WBKA 5P5ZA 5P7ZA 3SFCA 3R4BA 4Y3JA 2JYSA 2UPJA 2WEDA 1APTE 3I8WA 4EJKA 3TOFA 4RZ1A 5P27A 4DUSA 2PK6A 5P1BA 1SH9A 5KOQA 1Z1RA 3PRSA 4ZIPA 3UQWA 5HCOA 3VSWA 5P11A 3KT5A 2QP8A 4B1DA 5P5MA 4XXSA 3K5GA 3ZKIA 6UPJA 3M9FA 5BWYA 5P4SA 2WEBA 2Q64A 5P6WA 4CPUA 3SA5A 5OYUA 5B18A 5P7OA 1WBMA 5OZPA 3RSVA 5P0IA 1LF3A 3OTYA 3OGPA 3PI0A 4X7IA 2Q11A 3NXNA 3NSHA 5P3BA 1HHPA 1BVGA 4Y44A 1ZLFA 4Y4XA 5P2YA 1M0BA 2ZHRA 5AGZA 4J1EA 2R8NA 2ER0E 3S56A 4L7HA 1NPAA 4I0EA 3LNKA 4XKXA 5OZQA 3FIVA 4HDFA 3ZPSA 2QNQA 3VCMA 4F76A 3EKXA 3KFNA 5P3UA 2ASIA 5P6TA 3VFBA 7HVPA 3PMYA 1E82E 4MC2A 5P38A 5P87A 4TVHA 5DQ1A 1AJVA 5OZVA 4OBKA 2XYFA 1D4SA 4TVGA 3S2OA 4E43A 2R38A 4Y4ZA 3NDUA 5HCTA 5P5TA 1A94A 3IAWA 4ZSMA 3UDKA 4XX4A 2ZHTA 4DH6A 4RVJA 5P7TA 3D1ZA 4J1HA 1VIJA 3WSJA 2P3AA 5P8RA 2P3DA 5P0LA 3PHVA 5OZZA 5P20A 5P70A 4Y45A 5P2VA 5P2OA 4ZSRA 3ZKNA 5P2KA 1LF4A 5P1ZA 3QI1A 3IGBA 5P6HA 5P6BA 5P77A 1HWRA 1K1UA 1B6MA 4DJWA 5AHCA 4OBZA 4B78A 3NDTA 5JODA 5P6EA 2G20A 3ZLQA 5P6IA 1EC0A 4PZWA 5P5SA 3WZ8A 2G27A 5P8KA 2XFIA 3UDPA 2RSPA 4I0IA 1EPLE 2V13A 3UDRA 1KJGA 2AOEA 4J1CA 1PSNA 3UPJA 3MSKA 4GJ7A 1B6LA 2QMGA 5P3XA 5P72A 2V16C 3NWXA 3OUAA 5P02A 5P2AA 5P58A 2NPHA 5P42A 4PYVA 2OHKA 5P5RA 3FNSA 5P5JA 5P5EA 2FGVA 1MT7A 4B00A 5P5WA 2HB4A 5P0KA 4Y3FA 1HTEA 5P4KA 4Y51A 2NNKA 4EJLA 1EBKC 1HVLA 5P88A 2F3FA 5P6AA 4Y5BA 1FFFC 4Y3GA 2QU3A 1B5FB 5KQZA 5P3DA 3CICA 4M8YA 4FAEA 5P5LA 1APWE 1FF0C 1Z1HA 4Y38A 2BPXA 3RU1A 1T6GA 4DJYA 3OXXA 4GJ6A 5P49A 5P2XA 3PLDA 4Y3DA 4PPHA 1BWBA 4YDFA 3SKFA 3GGAA 4EQ0A 5P1TA 4I0JA 1G0VA 3NU5A 5P3YA 3VFAA 1MT9A 3KDCA 4LHHA 5P13A 4RCEA 2QCIA 5P8DA 1HOSA 2PC0A 1EPQE 3GI6A 3LPIA 5P2MA 4CPXA 3NUJA 5P4AA 3QRVA 4YD7A 3WZ7A 1HIHA 1HPSA 5P07A 4LAPA 1ZAPA 5AHBA 4J0ZA 1F34A 3LIXA 3MXEA 5E5KA 2P8HA 2NXMA 5P62A 5P4ZA 5P5VA 3VF3A 3N3IA 1ZPKA 1WKRA 2QI1A 3Q3TA 5OZUA 5P3VA 4APEA 5P08A 3QBHA 3ST5A 3URIA 5P6GA 1D4IA 2RKGA 4OBGA 4BFBA 3CMSA 1JLDA 1U8GA 4YCTA 3PWRA 1RQ9A 3PI5A 1SIVA 4YD3A 1HBVA 2WKZA 5P1EA 3VLBA 4Y3NA 3BC4A 5ISJA 1ZPAA 5P5DA 5P33A 5P5PA 4X2LA 3FX5A 5P8AA 1TCXA 3KYRA 4B1EA 4R93A 1ZBGA 4K8SA 2AQUA 3OU1B 5P23A 5P1FA 5F01A 2VJ6A 1ME6A 2VKMA 5P4RA 5P26A 1FG6C 5P84A 4FAFA 2QZKA 5P0CA 4GJAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZE1 A;  3OXW A;  4LL3 A;  3S7M A;  1PPM E;  5OZ6 A;  5P6M A;  5I3V A;  2OF0 A;  4ACX A;  5P6O A;  3K1W A;  2I4W A;  2WHH A;  2PSV A;  4DJQ A;  5P04 A;  5OZL A;  4Z2Z A;  2V10 C;  3PSU A;  1IZI A;  3KT2 A;  4L1A B;  5HU1 A;  2QZW A;  5P7R A;  4GJ8 A;  4YOA A;  4RCD A;  4J1F A;  4Y3M A;  3D1X A;  3H0B A;  3SPK A;  4RYC A;  4YBI A;  2BKS A;  2QI3 A;  1ER8 E;  3RSX A;  3OU4 A;  2NXD A;  1EPR E;  2QI4 A;  5P4W A;  2OHS A;  4ZPG A;  4AMT A;  1UH8 A;  2WL0 A;  5EZZ A;  3IN4 A;  1HXW A;  4D83 A;  2CEJ A;  5P4L A;  3O9L B;  5P63 A;  5P10 A;  5P4H A;  4ZE6 A;  2Q63 A;  3D3T A;  4WTU A;  5P3C A;  5P7I A;  3ZL7 A;  5P4Y A;  5HVP A;  4NKK A;  2F8G A;  3TTP A;  5EZX A;  3JW2 A;  2Q15 A;  3VYD A;  4EXH A;  1QBS A;  1IZH A;  4TRZ A;  4JP9 A;  4FRJ A;  4FLG A;  4R8Y A;  5IVT A;  4JPC A;  5OYR A;  3KDD A;  3VV7 A;  5APR E;  3S43 A;  3INE A;  3SA8 A;  2B60 A;  2AOD A;  2HB3 A;  5KQY A;  5TOL A;  5P5X A;  2FLE A;  3IXK A;  3IND A;  4H1E A;  3JVW A;  1DMP A;  1YTI A;  3RVI A;  4QJ8 A;  4D85 A;  1T7I A;  5P6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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