The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
|
sequence length |
63
|
structure length |
63
|
Chain Sequence |
b'EEVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEWTADVADKGYTLNIKFAG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Single-site mutations induce 3D domain swapping in the B1 domain of protein L from Peptostreptococcus magnus.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein L
|
| source organism |
Finegoldia magna
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| total genus |
18
|
| structure length |
63
|
| sequence length |
63
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K50 A; 2J53 A; 4KGR A; 2KAC A; 1K51 A; 1FCL A; 5BMH A; 1MHX A; 2PLP A; 4IOI E; 1HZ6 A; 4OZA A; 2JWU A; 4OZC A; 2LUM A; 1XF5 L; 2JZP A; 1P7F A; 3UI3 A; 2PW9 A; 2ZW1 A; 1PGA A; 2RMM A; 5BMI A; 1F2R C; 5HG2 A; 2KDM A; 1IBX A; 3GB1 A; 4HKZ E; 2GI9 A; 1EM7 A; 3FIL B; 1GB1 A; 1PGB A; 2KN4 A; 2N7J A; 2OED A; 1KH0 A; 1ZXH A; 5HFY A; 4MAC A; 4HJG E; 2JXT A; 1MPE A; 1UWX A; 1K52 A; 4D2K A; 1D4B A; 2QMT A; 2ONQ A; 1P7E A; 2QSD A; 3V3X A; 3MP9 A; 2IGD A; 1JML A; 2K0P A; 1FCC C; 1C9F A; 2I2Y A; 2PTL A; 1HZ5 A; 5HI1 A; 1YMH E; 1PGX A; 2KWD A; 5JXV A; 1HEZ E; 2IGH A; 2N9K A; 2NMQ A; 2EEL A; 5BMG A; 4KGT A; 2JU6 X; 1GB4 A; 1MI0 A; 4WH4 A; 1XCT L; 1Q10 A; 1MHH E; 3FIL A; 2ON8 A; 2LHE A; 2N9L A; 1XCQ L; 1IBX B; 2GB1 A; 1QKZ A; 4GLS C; 4OZB A; 2J52 A; 1YNT E; 1IGD A; 2JSV X; 1MVK A; 2KQ4 X; 1F2R I; 2ZW0 A; 2LHD A; 2LGI A; 1IGC A; 2RPV A; 2I38 A; 4IKG A; 1FD6 A; 5HHD G; 1K53 A; 2IGG A; 4KGS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2J53 A; 2W3R A; 3ZRC A; 2MA9 B; 5BMH A; 4XDC A; 3TJP A; 4ZDV A; 2M17 A; 1DOI A; 5BYQ A; 4A3O A; 2E3T A; 2XNA C; 3CMM B; 1YJJ A; 3QQ8 B; 4YTP B; 2A5U A; 1WXS A; 2WXP A; 4DWF A; 1V1O A; 2HDE A; 5C23 A; 2LRW A; 5FR6 A; 1FXI A; 2LVP A; 1S3S G; 3KH0 A; 4NY0 A; 2G3Q B; 2MRP A; 2IZV B; 5D7G A; 4MH0 E; 1QLB B; 2LZ6 A; 2Z8L A; 1SEB D; 2JVC A; 1YD8 U; 3WAO A; 5IN7 A; 2IO0 B; 4FUL A; 2N1W A; 1ISN A; 1G6J A; 2LGD A; 5DCN A; 1L6U A; 2JYE A; 1GG3 A; 1ET9 A; 1E5W A; 2JUO A; 1ET6 A; 2KDF B; 3N30 A; 4LNN A; 2LJ5 A; 5HI1 A; 4GSW A; 2DZJ A; 3W5V B; 1YMH E; 4M8M A; 2RDG A; 2Z0E B; 1H8C A; 3AEA B; 3H1U A; 3DOW A; 2KJH B; 5BMG A; 2J42 A; 2KFK A; 2QIE B; 1XEE A; 5BYR A; 1WXM A; 3QAR A; 1XLO A; 1UF0 A; 4IM0 A; 3B1L X; 4ZRJ A; 3UIN B; 2JF5 A; 1RLF A; 3MHZ A; 1VZ6 A; 2PMV A; 1V5T A; 4OW0 A; 4RGO S; 2BKF A; 4KSL C; 5MPO A; 4YSY B; 1FFV A; 3SHQ A; 1FNU A; 4ZOH C; 1D5X C; 2VH1 A; 1IP9 A; 4RGM A; 5HHD G; 2N0S B; 3A1Q B; 4BOZ B; 1WE7 A; 2M56 B; 2WXM A; 3RNE C; 4M0W A; 4A55 A; 1CJE A; 2MCN B; 3H9D A; 1N61 A; 2NVU I; 2PW9 A; 3APD A; 2PPH A; 2IY1 B; 4MM3 B; 5CX3 A; 3C0R B; 3AE6 B; 3KYC D; 4M8N A; 1SXT A; 3QX1 A; 4FJZ A; 1I4H A; 2WNM A; 5DPW A; 1OGW A; 3KUD B; 3NY5 A; 3AUL A; 4RFB A; 4N6E B; 4K3B A; 4IC7 B; 5C2T B; 4NJC A; 1C4P A; 3ZUN A; 2MBO A; 2KTR A; 2K8C A; 1OQQ A; 3NS1 A; 3ML9 A; 2BVC A; 1TKG A; 3BVZ A; 3KWV A; 1XLN A; 3DDC B; 1STE A; 3Q3N C; 1Z5S B; 2CKH B; 1WM2 A; 4KZ0 A; 3U4E G; 5C1Z A; 2A4Z A; 2BKR B; 1WH3 A; 2KQ7 A; 2L7R A; 1N6Z A; 2PJH A; 4JE3 B; 4RMA A; 2KVR A; 3WAN A; 3RD2 A; 1UNS A; 1YQ4 B; 3PHX B; 1E9M A; 1EU3 A; 1XCQ L; 2AL3 A; 4HVB A; 1WJU A; 3Q3F A; 4M00 A; 4RF0 A; 2IBI B; 4K3C A; 2KDB A; 1R4N B; 4MEM A; 1SJE D; 1WYG A; 3AE4 B; 4B95 A; 2L8J A; 2WXO A; 4TQ0 A; 5EE1 A; 2I1K A; 4F1S A; 3RNA C; 3VR8 B; 3H7P B; 2K39 A; 3DBR B; 2IGG A; 2KDE B; 4MJS B; 1K50 A; 3Q8E A; 4FJV B; 4CYE A; 4EUT A; 2PLP A; 4PYZ A; 3DHI C; 3DBS A; 3ETR A; 4URK A; 1TBE A; 1T5X D; 2JZP A; 1NI2 A; 1Y56 A; 4MJS A; 4GMV A; 2V4L A; 1Q1O A; 2DYO A; 4IWP A; 2LD9 A; 1N60 A; 2NCN A; 2GI9 A; 1FM0 D; 1JW9 D; 3U7Z A; 2W82 A; 1LFD A; 3AV8 A; 3PO0 A; 3O13 A; 2IDY A; 2INC C; 1A5R A; 1FIQ A; 3P4Q B; 1JCK B; 2OHF A; 2ONQ A; 3M3J A; 2MLB A; 1CMX B; 4HCN B; 3JVZ X; 2OJW A; 2KFJ A; 2UWQ A; 2QIL A; 2MW5 A; 1XLP A; 3EGR A; 2FE8 A; 1VZ7 A; 4L1B A; 2R2Q A; 1RFK A; 4YWG G; 1QF6 A; 3KYD D; 1ZOY B; 1EWC A; 1WX7 A; 1HEZ E; 2BTE A; 2BT6 A; 2KAJ A; 3VUY A; 4A3P A; 5GMV A; 3L17 A; 4KGT A; 1GB4 A; 1WGG A; 4EFO A; 5DPR A; 4KKI A; 5GXG B; 3VHT C; 2H88 B; 1FRD A; 2G4S A; 4NAM A; 1ZE3 D; 1ENF A; 1JAL A; 2XK5 B; 2IO1 B; 3P4S B; 4A6Q A; 2KD0 A; 4C00 A; 2JZZ A; 4I6L B; 4A20 A; 5J18 A; 3QIJ A; 2GLS A; 1WY8 A; 4DHJ D; 2B76 B; 3A9J A; 4H2A A; 3RUI B; 2XK5 A; 2RPV A; 4PYU A; 1MG8 A; 3VVW B; 3AE3 B; 4BAX A; 3ENE A; 3JW0 X; 4G3X B; 3WCQ A; 2WP9 B; 4C7Z A; 2N9E B; 1WE6 A; 5G5G A; 1HA5 A; 2PVO D; 1F9J A; 4XWT A; 5J17 A; 4HRO A; 1KFY B; 1IYF A; 4MGI E; 2PKO A; 3RCZ A; 1AW7 A; 2WDR B; 3JYU A; 1RWS A; 2ZPN A; 4OHJ A; 1E7P B; 5JHA A; 1KH0 A; 3HIZ A; 4MDK E; 2JXT A; 2GBM A; 3AE8 B; 4NPN A; 2MH7 A; 4HPP A; 4GB9 A; 3MP9 A; 1JML A; 4KDL B; 3EUB 2; 1P1A A; 3P2B A; 5TSS A; 1KTK A; 1VR9 A; 1E8X A; 3W1S C; 1FCC C; 3ZNZ B; 2MJE A; 2M0X A; 1VCB A; 1WXV A; 2AQ2 B; 1F52 A; 4REZ A; 2NR2 A; 4XC2 A; 4RF1 A; 1T3Q A; 1NVI D; 4GIV A; 3TMP B; 2WXF A; 2Y5P A; 3JSV B; 1WGH A; 4ACF A; 2IPK D; 1XCT L; 3APC A; 1HTO A; 1VZ8 A; 4AQ7 A; 4FA6 A; 1SE3 A; 2V3P A; 4L2Y A; 2K9X A; 2QDF A; 2CHX A; 1WXA A; 3B2G A; 4M02 A; 1YNT E; 2RDB C; 3P4R B; 3NRZ A; 4LNI A; 1OEY J; 1NDD A; 3IXS A; 3IAM 1; 1DOY A; 4IKG A; 1GC6 A; 1FMA D; 2D3C A; 4K7U A; 1V2Y A; 1PDX A; 1TY0 A; 3D32 A; 1TY2 A; 2ZVN A; 3MTN B; 3T3N A; 3QC8 B; 1RYJ A; 1VDV A; 2SEB D; 1RFA A; 2BS4 B; 2LAS A; 4KIK A; 3RNG C; 2I1J A; 3PRM B; 4WQO B; 3ZNH B; 4NNJ B; 2KK8 A; 3R3M A; 2WXL A; 4P7I A; 3IBE A; 2Q5W D; 1D6E C; 3R2T A; 3VFK A; 2Z0D B; 1E90 A; 2J7Q B; 1GB1 A; 5AUI A; 3EEC A; 2DEN B; 2W3S A; 3QWZ B; 5E6J A; 3WAL A; 1ZDV A; 2SAK A; 2LI5 A; 4W9C A; 2QMT A; 1P7E A; 2GMI C; 1WWT A; 3AEB B; 2O2V B; 3RYT A; 4AJW A; 1I4X A; 1C9F A; 2BS3 B; 2N9X A; 2BBC A; 2AEH A; 2FCQ A; 2MJD A; 3MJW A; 3QK0 A; 3OAW A; 3V60 A; 2KZR A; 3PV1 A; 5G2N A; 2MP2 B; 2KLG A; 1NYQ A; 1IUE A; 1P3Q U; 4G50 A; 2GBN A; 1YIW A; 4BVU C; 1TZ1 A; 4WWM A; 4YTN B; 3UF8 A; 1WMH B; 3M95 A; 4AP4 C; 2N7E A; 1PUT A; 3N3K B; 2FCM A; 3OLM D; 5AZF A; 2L05 A; 1TYG B; 5DPT A; 3HM6 X; 3UGB B; 3N9Y C; 1KLG D; 2R61 A; 2KJR A; 3P42 A; 4J3O D; 2BYE A; 2J0M A; 5BO4 B; 2M1M A; 3P63 A; 4ANW A; 2DLB A; 2LEK A; 1WMH A; 3VH3 B; 1E8Z A; 4ZRP A; 3MC8 A; 3Q3M C; 4IWO A; 4XZ4 A; 2G45 B; 4I6P A; 1I4R A; 3BZD B; 4WJN A; 2WYQ A; 3N1X C; 1GC7 A; 4W9J A; 1TS3 A; 3QHT A; 4FHK A; 2L0T A; 2YEP B; 1FPY A; 1KRH A; 2R2O A; 2UYZ B; 3W9C B; 4EEW A; 1WGY A; 2RPQ A; 2HJ1 A; 4TMA B; 3UI3 A; 1E8Y A; 4F8C B; 2K5P A; 4K81 A; 3AEG B; 3QCA A; 1MG4 A; 4LNF A; 5IO9 A; 3TEY A; 2KLC A; 3NZ3 A; 3AH7 A; 2KQS A; 1C4A A; 2G4D B; 3CIR B; 2WX0 A; 1J19 A; 1WRI A; 3Q14 C; 4LDT D; 3PRP B; 1WI0 A; 2ICI A; 4LNO A; 1E6E B; 5HFY A; 2QHO A; 4L23 A; 4MAC A; 1E0Z A; 4FN2 A; 3X0W A; 4RM9 A; 4IW0 A; 3TEX A; 4M01 A; 2BYT A; 3GOE A; 2L3Z A; 2CJO A; 2WXN A; 2FUG 1; 3NVW A; 1LQB A; 4K1R B; 3L13 A; 3ONS A; 5LXI B; 4LDT B; 1KLV A; 1GAQ B; 2BQQ A; 2IO3 B; 3U30 A; 1MI0 A; 2DZI A; 3R66 C; 4W9L A; 4WH4 A; 4ANV A; 2K3U A; 1OFF A; 2VRR B; 1WGD A; 2WXH A; 1ESF A; 1M94 A; 1IBX B; 3BII D; 4O1N A; 1BXT A; 2WU5 B; 3EFC A; 1MVK A; 2DYM A; 2BWE S; 3NOB A; 2GOW A; 2K25 A; 3C19 A; 4F7Z A; 4DXF A; 4ZHO A; 3HVZ A; 2KC1 A; 1CK1 A; 3T9L A; 4C56 C; 1RM6 C; 2LGS A; 3RMK C; 2KDI A; 1Q5W B; 3CF6 E; 2Y5B B; 4G11 A; 4MGY E; 3S2A A; 1WXQ A; 4RCO A; 4LK0 M; 3PRE A; 1TJE A; 2IY0 B; 2LJI A; 3RNB C; 1E8W A; 5CHF A; 3T8M A; 1P7F A; 3NVZ A; 1PGA A; 1M4V A; 4ZRQ A; 1LXD A; 2FAZ A; 4KZC A; 2WU2 B; 1EUV B; 2MBQ A; 2FCN A; 3GB1 A; 3ZTC A; 2HJ8 A; 2HTH A; 2KN4 A; 1TGZ B; 3ZJV A; 4OVZ A; 3V6E B; 4FAD A; 1T6B X; 1D4B A; 2K8B A; 4DBG A; 3K9O B; 4ZRK A; 3A1Q A; 3N1Y C; 3EA6 A; 3DVG X; 2WXJ A; 1QT9 A; 2FID A; 4MH8 A; 3HK0 A; 1N5X A; 3BYT B; 2LGX A; 3B08 A; 1VLB A; 4IDI A; 4MM3 A; 1C78 A; 2IGH A; 2KX0 A; 2JT4 B; 4LTU A; 2MQJ A; 2DAJ A; 1AWD A; 2CR5 A; 3OG5 A; 1ZPS A; 3ZDM C; 4IM3 A; 2NPT B; 3B9J A; 1J0G A; 3LXF A; 3O65 B; 3L54 A; 3PRZ A; 2AQ1 B; 1E7V A; 1P0R A; 1P98 A; 2KAN A; 3E56 A; 3PLU A; 4BKG A; 4GU2 A; 2JSV X; 4ICV A; 4EOY A; 4GGQ A; 1J7C A; 4NAW B; 2KWC A; 4CQN A; 3IAS 1; 1XD3 B; 3Q6B A; 5D94 A; 3RZW C; 1LM8 B; 4FJY A; 3VQI A; 2KXJ A; 3VUW A; 4C4V B; 3AE5 B; 2LWP A; 5LNK 1; 1C1Y B; 2BF8 B; 1TTN A; 3ZLZ A; 1H4R A; 2MEK A; 2PE9 A; 4RH6 A; 3AN1 A; 1QOG A; 3BY4 B; 1F1H A; 3N20 C; 3ZNG C; 2MBH A; 3DWG C; 4HDO A; 2ZW1 A; 3MC9 A; 1GOZ A; 4YSX B; 2YVC A; 1V80 A; 5BMI A; 2M8S A; 3AEF B; 3FAH A; 4B0M A; 4ZYS A; 1YQB A; 2JY6 A; 1V6E A; 4JGH B; 3QJZ A; 4BKT A; 3PSE B; 2BS2 B; 1QQR A; 3TCA A; 4W9G A; 1IPG A; 1TIF A; 3U52 E; 1TS5 A; 3QAQ A; 1L2N A; 2ZPY A; 5BYS A; 1UZX B; 3TEW A; 1MFW A; 1MPE A; 4BOS C; 4FXC A; 1UBQ A; 3H7P A; 2NS5 A; 3RI7 C; 2H89 B; 2ZCC A; 3AU4 A; 2V3N A; 1L4Z B; 1FNV A; 2I2Y A; 1D5M C; 4YL8 A; 2AL6 A; 1NEK B; 2KHW B; 3I63 C; 5EDS A; 1NYR A; 1EF1 A; 3AB5 A; 2EEL A; 4TQ1 A; 4PT5 A; 4JPS A; 5G5H A; 2BGF A; 3TIX A; 2GBJ A; 3L08 A; 3SD5 A; 1U4A A; 1SIF A; 1SSN A; 3KUC B; 2AYO B; 2X8X X; 1SGH A; 4WQM A; 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4N9F 4; 1FXT B; 3JSV A; 3ZYY X; 1JQ4 A; 3TUO A; 1L5P A; 3ZRF A; 3LDZ E; 3TSS A; 1T0R C; 4FBJ B; 3A9K B; 1T0S C; 2KTF A; 1D3Z A; 4ICU A; 4GDL B; 2WHI A; 3URY A; 1DYQ A; 3B0A A; 4E74 A; 2JX5 A; 5JH5 C; 1UH6 A; 3HUI A; 4UDU C; 1T0Q C; 1PGB A; 3SFE B; 2Z59 B; 3ZQ4 A; 2DBY A; 4HJG E; 3GZN B; 4MGK E; 2V0G A; 4GDL A; 5IKC M; 4NZL B; 4MSQ B; 1ZXI A; 1WSP A; 4GXB A; 2RD0 A; 2L52 A; 3Q8F A; 4FHJ A; 4B6W A; 2D2Q A; 4ZHP A; 2DHZ A; 2D3A A; 2PTL A; 4RM8 A; 2PIA A; 1HZ5 A; 1JWS D; 1S1Q B; 3GE3 C; 1NBF C; 1C79 A; 3ZXR A; 1PGX A; 3NUH B; 2KVZ A; 1TS2 A; 5E6P A; 4WAA A; 5AZG A; 2L1A A; 4US8 A; 3V61 A; 4YTM B; 1I35 A; 4DDG D; 2GBK A; 2JWZ A; 1JRO A; 5LXH A; 2JU6 X; 3AE2 B; 1SE4 A; 2REX A; 1ZP0 B; 4B0E A; 3H7S A; 5T8I A; 4GDK B; 5EE3 A; 1ROE A; 1WFY A; 4WWP A; 5KHO A; 2GB1 A; 3FC4 A; 4LJP B; 4EKU A; 3Q3J A; 5L83 A; 3GE8 C; 5AZH A; 2C7M B; 2CU1 A; 1IGD A; 2O2V A; 4DQO C; 1L7Y A; 2DWQ A; 3V05 A; 2PE6 B; 3BIN A; 4KDI C; 4GDK A; 2K6D B; 2OJR A; 2KJ6 A; 5AEK B; 1SJH D; 3PPA A; 2MP2 A; 4KGR A; 3BK2 A; 1GPX A; 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