The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
|
sequence length |
72
|
structure length |
72
|
Chain Sequence |
b'MHHHHHHAMEEVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEWTVDVADGGYTLNIKFAG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Single-site mutations induce 3D domain swapping in the B1 domain of protein L from Peptostreptococcus magnus.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein L
|
| source organism |
Finegoldia magna
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| total genus |
20
|
| structure length |
72
|
| sequence length |
72
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4WH4 A; 2LGI A; 2GB1 A; 2ONQ A; 1FCL A; 1HEZ E; 1YNT E; 1KH0 A; 2PLP A; 2K0P A; 2GI9 A; 2ZW1 A; 2I2Y A; 3GB1 A; 1IGC A; 1MHX A; 1F2R C; 4GLS C; 5HHD G; 2IGD A; 1D4B A; 1PGB A; 3FIL A; 2KN4 A; 5HG2 A; 2KAC A; 2ZW0 A; 4IOI E; 4KGT A; 4OZC A; 2I38 A; 1F2R I; 2RMM A; 1MI0 A; 1GB4 A; 1MHH E; 1XCQ L; 2IGH A; 1K52 A; 5HI1 A; 1C9F A; 1K50 A; 2JZP A; 1YMH E; 1P7E A; 1PGX A; 4HJG E; 5BMH A; 2EEL A; 4KGR A; 3FIL B; 2QMT A; 1Q10 A; 2JXT A; 4MAC A; 2IGG A; 3MP9 A; 5BMG A; 1FCC C; 2LHE A; 1K51 A; 1HZ5 A; 1K53 A; 2KDM A; 2KWD A; 2N9K A; 1GB1 A; 4KGS A; 5BMI A; 1FD6 A; 2N9L A; 5JXV A; 2N7J A; 3UI3 A; 1JML A; 1HZ6 A; 1ZXH A; 4HKZ E; 2OED A; 1UWX A; 1IBX A; 2RPV A; 1QKZ A; 5HFY A; 2J53 A; 2PW9 A; 2JU6 X; 2LUM A; 2PTL A; 2ON8 A; 2KQ4 X; 3V3X A; 1IGD A; 4D2K A; 1PGA A; 2NMQ A; 4IKG A; 1MVK A; 1XF5 L; 1P7F A; 1EM7 A; 2JWU A; 4OZB A; 1MPE A; 2QSD A; 2JSV X; 1IBX B; 2LHD A; 1XCT L; 4OZA A; 2J52 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KLS X; 4M0W B; 1FFV A; 1FCL A; 4OHJ A; 1EUV B; 4C56 C; 2MA9 B; 2VZK B; 3FAH A; 1UGJ A; 2GI9 A; 2LD9 A; 2I2Y A; 2KX0 A; 2WXG A; 1QLB B; 4MGI E; 1YJI A; 2WDT B; 2ZCC A; 3B2G A; 3MC0 B; 5FKA C; 2Z0D B; 4EZL A; 3DHH C; 1RRB A; 1TY0 A; 1PYW D; 1XLP A; 4AWJ A; 1D5M C; 4A6Q A; 4ZOH C; 2WLB A; 3ECI A; 3NVV A; 2E6X A; 1K50 A; 2JZP A; 1BXT A; 2D10 A; 1V81 A; 4WQO B; 5J2R A; 1SXT A; 1AYF A; 2XBB C; 4W9H A; 1I4P A; 4XDD A; 3RPF C; 1WGY A; 3W5V B; 2IZV B; 4N9F 4; 1KLU D; 3Q2A C; 3NVY A; 3AE8 B; 1V5O A; 3N20 C; 2DEN B; 2WXI A; 3EA6 A; 3Q3O C; 2Z59 B; 4C00 A; 1RFA A; 4AOF A; 2JQR B; 1E0Z A; 4A55 A; 1WZ3 A; 4ARI A; 4NJC A; 2BVC A; 1JRU A; 4EE2 A; 1GOZ A; 2NS5 A; 5DCN A; 4FN2 A; 3T8M A; 2ASQ A; 1HZ6 A; 2ZCB A; 3H1U A; 2VZK D; 1OFF A; 3AU5 A; 2L32 A; 3VXW A; 2FCN A; 2BWE S; 3VTW A; 2GOW A; 1KOT A; 2NTS A; 1ZUD 2; 1SF0 A; 2CJN A; 3H7P A; 2BYE A; 4G3X B; 1SE4 A; 2GBR A; 3X23 A; 2WXP A; 2WS3 B; 2PW9 A; 4HLE A; 4GOC A; 3ZUN A; 1FXI A; 3PRP B; 1DOX A; 2M8S A; 3M63 B; 2IPK D; 3Q3J A; 3KUD B; 4BBN F; 3W2D A; 2N4F A; 1WE7 A; 3DBH I; 2LGI A; 1WX7 A; 3RNA C; 2Y5B B; 4MEL A; 4W9D A; 4FHK A; 1SBB B; 3APD A; 3UGB B; 2CS4 A; 3ML8 A; 1ZP0 B; 3RZF A; 1KM7 A; 1VCB A; 2LGD A; 4HJK A; 3OLM D; 2FIF A; 3H7S A; 2DHZ A; 4LTU A; 4JL9 A; 2N9X A; 2KAC A; 2KDF B; 1WRI A; 4IOI E; 4US9 A; 3DOW A; 3EHV A; 3N9Y C; 2OHF A; 3LJ3 A; 2W9N A; 4ZHO A; 3QQ8 B; 3WIM A; 1BUI C; 2LJI A; 5JHB A; 1LFD A; 2UWQ A; 3L17 A; 1WYW B; 2JY6 A; 1S1Q B; 1BML C; 5D2M B; 2JXT A; 3IT4 B; 1FCC C; 3ZJU A; 3Q6B A; 2K22 A; 3AN1 A; 3BK1 A; 1JWA D; 1FM0 D; 3FKY A; 1YD8 U; 1FRD A; 3WAN A; 5BMI A; 3N3K B; 1F0Z A; 1RM6 C; 2BQQ A; 1FO4 A; 4XGA B; 3ZGZ A; 1CK1 A; 2WHI A; 1D3Z A; 1WZ0 A; 4M8N A; 3GE3 C; 1OQR A; 4EZJ A; 4A8X C; 1R4N I; 2ZPN A; 2KLG A; 1J0G A; 1I4G A; 3AI5 A; 4DBG A; 2IBI B; 2KTF A; 1SE9 A; 3K9P B; 2JRI B; 3E9S A; 2NMQ A; 3RNE C; 4DXG A; 2FAZ A; 5BYR A; 2KQ7 A; 4TMA B; 2JF5 A; 5JHA A; 3URY A; 4RM9 A; 3ZNZ B; 3WAL A; 2ZNV C; 5JZE B; 2J52 A; 3B2F A; 3DBH B; 1E5W A; 3M62 B; 2SEB D; 3U30 A; 4PS7 A; 4NY0 A; 3ZDM C; 2AL3 A; 3U7D A; 1I4X A; 4B9K A; 5IO9 A; 3ZRF A; 3SFD B; 3PS6 A; 3DVG Y; 1OQQ A; 2AQ2 B; 3MC9 A; 1WX8 A; 1UEL A; 4YTN B; 1IP9 A; 2Z0E B; 2KDI A; 1D4B A; 3DQV A; 3KUZ A; 2KJH B; 1MG4 A; 4HDO A; 3NS1 A; 4E74 A; 1ZGU B; 4I6L B; 4FHJ A; 3VTU A; 1AAR A; 1N60 A; 2MSE D; 4M8M A; 3Q8C A; 2DZJ A; 2GBM A; 2J42 A; 2N7D A; 4FLH A; 1C9F A; 4KV2 A; 3KH0 A; 5T8I A; 1V80 A; 2C7M B; 2DZI A; 2EEL A; 2DWQ A; 1NI2 A; 3DBL I; 3GZN I; 1OTR B; 3TUO A; 5EDS A; 4FJZ A; 1QIL A; 1L2N A; 4YTM B; 4US8 A; 4YSZ B; 4C80 A; 5DPS A; 1TKY A; 3N32 A; 2KWU B; 3P2B A; 4JLC A; 4JE3 B; 4KX6 B; 5CHV C; 4KDI C; 1R4N B; 3DHG C; 4HVB A; 1E8Z A; 1Q0W B; 2KX3 A; 2SAK A; 2WXQ A; 5CHW A; 1C79 A; 3AM9 A; 4NAW A; 4NJ7 A; 1VZ6 A; 1PGA A; 2PKO A; 5JH5 C; 2DYO A; 3Q3F A; 4WJQ A; 1PUT A; 1JWM D; 1YN3 A; 2KNB A; 2LRU A; 2GBN A; 2WXL A; 3H7P B; 4C7Y A; 2ONQ A; 4M0W A; 1T0Q C; 3VRA B; 1FNV A; 2A4Z A; 2ZNV B; 1U4A A; 4BBN C; 1T5X D; 1IGC A; 2D2Q A; 3KQ4 A; 5HKH A; 3SEB A; 1WMH B; 1V2Y A; 2WGS A; 3I9V 1; 3P1M A; 4B95 A; 3VVW B; 5J18 A; 3AB5 A; 1PGB A; 1SE2 A; 5HG2 A; 1LXD A; 1MJD A; 3RNC C; 4ICV A; 3DWM A; 2D07 B; 5AUI A; 2IGH A; 1QZE A; 3W9C B; 1J7A A; 2W3S A; 4RFB A; 3EGR A; 4KSL C; 2LGS A; 3PV1 A; 3ONS A; 2N9P C; 4L23 A; 2WXH A; 2M0A A; 3DBL B; 3WAM A; 3GZN B; 2KMA A; 1Q10 A; 3DBR I; 1GG3 A; 1JW9 D; 2IGG A; 4OW0 A; 1V9J A; 4P7I A; 1CJE A; 1UGM A; 2KDM A; 3EFC A; 3HK0 A; 1TKG A; 1OEY A; 5TSS A; 1VDV A; 1CZP A; 3VR9 B; 2N9L A; 1KF6 B; 5GXG B; 2N7J A; 3QJZ A; 3W1Y A; 2IO1 B; 2KFK B; 3IVF A; 3V62 A; 5IAA C; 3BWU D; 1T0S C; 2BF8 B; 1FNW A; 2DBY A; 2GLS A; 5HFY A; 1MG8 A; 3VUY A; 4JPS A; 1FEH A; 3KYD D; 2B76 B; 3ZNI D; 3OJ3 A; 3I5J C; 1SIJ A; 2WDV B; 4IW0 A; 5KHO A; 3GS2 A; 2NPT A; 2WXF A; 4RH6 A; 1L4D B; 1EM7 A; 1MPE A; 5EE0 A; 3VQI A; 5C1Z A; 4DQO C; 2REX A; 4XC2 A; 1TT5 B; 3A1Q A; 1N5X A; 3HHM A; 3OWE B; 1B1Z A; 3JYU A; 2MEK A; 1Y56 A; 3H8H A; 3SDL C; 3QAQ A; 2WYQ A; 2MQJ A; 1WXM A; 3PRE A; 2AX5 A; 4IM0 A; 3QK0 A; 4GN1 A; 1RLF A; 3ZKJ C; 4EKU A; 2LJ5 A; 1XLN A; 3V60 A; 4G50 A; 1E6E B; 1J19 A; 2MH7 A; 3IAM 1; 3NOB A; 2BBC A; 1TTN A; 1I7H A; 1C4P A; 4MH8 A; 2KK8 A; 4E3C A; 2RMM A; 3AU4 A; 1QQR A; 2ACZ B; 4LJP B; 2KZR A; 1UBQ A; 1VRA B; 2BYT A; 1GAQ B; 3AXC A; 4CO7 A; 3PHW B; 1WM3 A; 3DDC B; 3DBR B; 3A4S C; 3DBS A; 4DDI D; 2NBV B; 3BVZ A; 2MHJ A; 3VFK A; 4WIP A; 1QOF A; 2K6D B; 2CU3 A; 1KLV A; 2V3P A; 2AL6 A; 5G2N A; 1N6Z A; 3V6E B; 1FD6 A; 2KDB A; 2GMI C; 4BOZ B; 3TEW A; 1FXA A; 1M4V A; 1YJJ A; 3UF8 A; 4GDL B; 3EEC A; 3Q8E A; 3A9K A; 1N62 A; 1QF6 A; 5L95 C; 3DVN U; 1I42 A; 1SJH D; 5I4D A; 1L0X B; 4MEM A; 2IY1 B; 4IWP A; 4D2K A; 4BAX A; 5MPO A; 2ZVN A; 1E8X A; 1VJK A; 2LFI A; 2V4L A; 3AUL A; 1KTK A; 2J0K A; 4MDK E; 4LNF A; 1V5T A; 3Q8F A; 2AWT A; 3QWZ B; 3U52 E; 2O6V A; 1WGK A; 1UF0 A; 1L0V B; 1OGW A; 5GMV A; 4K3B A; 1EU3 A; 4P6V F; 3C8Y A; 4AS1 A; 4JGH B; 5E6J A; 1MHX A; 3V6C B; 2K1F A; 4XYC A; 3O65 B; 4PYU A; 2JYT A; 2KN4 A; 3Q69 A; 2WNM A; 3LXF A; 2DYB A; 2JYE A; 4OZC A; 5G5G A; 2KJR A; 1GB4 A; 2WXK A; 4WWM A; 3ZJT A; 4L2Y A; 1EU4 A; 2AQ3 B; 1D6E C; 3I57 A; 1C3T A; 4HJG E; 1NI3 A; 1VZ8 A; 3HVD A; 1EWY C; 2BPS A; 1SIF A; 4MSM B; 2G4D B; 3AEB B; 1AWD A; 5G55 A; 4N6E B; 1YIW A; 3QIJ A; 4NAM A; 3OJ4 B; 2CU1 A; 1DOY A; 3VTV A; 4K7W A; 3RNF C; 3OAW A; 1SSN A; 1FFU A; 2K8H A; 3MHZ A; 2GRI A; 2JUO A; 2RDB C; 2C9W B; 3R3M A; 2FCS A; 2PPH A; 1WH3 A; 3Q8B A; 4WWP A; 2KC1 A; 4G0N B; 2G45 B; 4B6W A; 3QAR A; 2JU6 X; 2FCQ A; 3I63 C; 3BK2 A; 1E8Y A; 1EO6 A; 1WJ4 A; 3LDZ E; 4ZDV A; 4RGO S; 4IUM B; 1UUP A; 2BTE A; 1XCT L; 3L54 A; 1XD3 B; 4BVU C; 1XLO A; 1XO3 A; 1T3Q A; 4ACF A; 4IC7 B; 4HRS A; 2RDG A; 2JPH A; 4KDL B; 4ITK A; 3MJ5 A; 2NPT B; 1WXQ A; 4HXD A; 1TGZ B; 2UU7 A; 1F2R C; 3VH4 B; 1NEK B; 2BKF A; 1ZKH A; 1WMH A; 3FIL A; 3I3T B; 1VD2 A; 3A1Q B; 3RUI B; 2ZW0 A; 1SJE D; 3MHS D; 1H8C A; 3V61 A; 2W3R A; 1F2R I; 2QDF A; 3L0W B; 4LK0 M; 3ENE A; 1MI0 A; 1D5X C; 3AEG B; 4YWG G; 4B0E A; 5CHF A; 3L4P A; 5H92 C; 5KHQ A; 3ZIM A; 4CYE A; 2MRP A; 4FXC A; 4FJV B; 4BFR A; 1PGX A; 1M94 A; 3R7R A; 1GUA B; 3DWG C; 1STE A; 2N0S B; 3CSF A; 1MFW A; 1E10 A; 3HRD D; 5J17 A; 1LO5 D; 2FUH B; 4DXA B; 1VLB A; 2XNA C; 4ANV A; 1DOI A; 4NJ6 A; 5IP4 D; 3KVF B; 4KGS A; 1E7P B; 3NG0 A; 3RFZ B; 1A70 A; 3AED B; 3T3O A; 4TSS A; 1JML A; 3HM3 A; 1TBE A; 2DAJ A; 1AW7 A; 2JZ3 B; 4P1B C; 2KFK A; 3EFU A; 3ZXR A; 2N1W A; 3TCA A; 5LLI A; 4MH0 E; 4W9K A; 2LUM A; 3ZDT A; 2KQ4 X; 2HD5 B; 2EMT A; 2PVO D; 3AEA B; 1B9R A; 3NZU A; 1V1O A; 3U8Z A; 1WJU A; 1WR1 A; 1Z2M A; 3PZ8 A; 2G3Q B; 3NY5 A; 4FUL A; 4WUR A; 3RT3 B; 1L7Y A; 3A9K B; 4YXD B; 1ZPS A; 4WH4 A; 4HPL B; 4ZYS A; 2Y3A A; 2PVG C; 4RCO A; 4CHK A; 1RWS A; 3ZNG C; 2GBJ A; 2MJD A; 3LYY A; 2WU5 B; 2ZW1 A; 2L1A A; 2TSS A; 2Z8L A; 3BYT B; 1FPY A; 3NUH B; 1UBI A; 3VDZ A; 1JRO A; 3A4R A; 2H89 B; 4KVG B; 4NNJ B; 3GP7 A; 1TIF A; 2O6V B; 3U7Z A; 3AEC B; 2KOX A; 2LVO A; 2N1V A; 2XN9 C; 4WAA A; 4EOY A; 4XX5 A; 2VH1 A; 3HVZ A; 4TQ1 A; 2K8B A; 2WDQ B; 1JRP A; 4P16 A; 4ZRK A; 5C23 A; 1G6J A; 1JWU D; 2BS3 B; 3RMK C; 4IDI A; 4TQ0 A; 3JVZ X; 5AZF A; 3KW5 B; 2CHW A; 1CQV A; 2CHZ A; 4USA A; 4PS8 A; 1TS2 A; 1WGG A; 1SE3 A; 1QT9 A; 4GXB A; 2MBO A; 4A3O A; 2FUG 1; 3QA8 A; 2KN5 A; 1ZXH A; 2OJR A; 3AE6 B; 1AN8 A; 4W9L A; 5D94 A; 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3RNG C; 2BS2 B; 1ET6 A; 4HCP B; 2PLP A; 1WI0 A; 4I6P A; 3ABV B; 4J3O D; 2BGF A; 1NVI D; 5CX3 A; 1KJT A; 2RD0 A; 3RYT A; 1FNU A; 2L0F A; 4XZ4 A; 1C78 A; 1RFK A; 4KSK C; 3MJW A; 1OQY A; 1Q5W B; 4GLS C; 5IN7 A; 2YVC A; 4M02 A; 2K3U A; 4HK2 A; 4GDK A; 4JX1 C; 1LGR A; 2C7N B; 3E56 A; 4W9F A; 2M1M A; 3AE1 B; 5LXH A; 1MHH E; 2WQY B; 1WX9 A; 3ML9 A; 4AJW A; 4QAY A; 2LVP A; 2LMC A; 1WM2 A; 3B1L X; 3OG5 A; 4ANU A; 3ZO5 B; 1WGR A; 2G4S A; 3W5U B; 4N58 A; 3N1Y C; 1Y8R C; 3MP9 A; 4S0R A; 2JWZ A; 4REZ A; 2L3Z A; 1NDD A; 1TY2 A; 3PT2 B; 2MCN B; 5AEK B; 1WIA A; 1T0R C; 1SGH A; 2J0M A; 1P9D U; 2Q5W D; 1KFY B; 5C3J B; 5JXV A; 3QC8 B; 2O2V A; 3R8B A; 2K25 A; 3U4E G; 2L76 A; 2LGX A; 2IO2 B; 4GU2 A; 1ZW7 A; 1J7C A; 1P3Q U; 1T6B X; 5TR5 A; 4MM3 A; 3ZTC A; 3ZQ4 A; 1IPG A; 3PRM B; 4B0M A; 4R3D A; 3VAW A; 2V0G A; 1V1P A; 3ZTD A; 2N9E B; 1BT0 A; 4NZL B; 3AE5 B; 2EMS A; 3RN9 C; 4ASW C; 4OZB A; 1YX6 B; 4C7Z A; 4OZA A; 3HM6 X; 5D6J B; 1I4R A; 1F52 A; 3IAS 1; 5IOI A; 3H9D A; 3P63 A; 3KWV A; 2D3B A; 1YNT E; 3TBL D; 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