1K6CA

Lack of synergy for inhibitors targeting a multi-drug resistant hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLMNLPGRWKPKMGGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL polyprotein
publication title Lack of synergy for inhibitors targeting a multi-drug-resistant HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 94
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1k6cA00
3LPJA 3NDXA 4U8WA 3GGAA 5P8FA 4OBKA 2FDDA 1QBRA 3PI0A 2BPXA 5P5TA 1HXWA 1ODXA 4DI2A 3T3CA 4XKXA 2R43A 1HVSA 4ZIPA 5P84A 3QS1A 1K6TA 5P12A 4ZSRA 4K4RA 3I8WA 2AQUA 1BDQA 4K4PA 2Q54A 3UFNA 5P3EA 4JOOA 1PSNA 5P1BA 5P6AA 2OHLA 3PBDA 2V12C 3OTYA 1HHPA 1GNMA 1D4HA 4ER1E 4Y4EA 1BVGA 1DP5A 1J71A 2VKMA 2OHTA 4ZSQA 2G27A 4GIDA 4HVPA 5OYXA 3KM4A 4Y3XA 4Y4BA 3BHEA 4XX3A 1AJXA 4U7VA 3DCRA 3NU5A 1QBUA 1EBZA 3URLA 5JODA 4Y3NA 4CPRA 2AZ9A 4RRNA 3ER3E 4J1HA 5P3JA 3UFLA 4Y5EA 1HIVA 5P2VA 2I0DA 5HDVA 1T7KA 4Y3MA 4FIVA 4H3GA 3LIVA 4I0FA 4J0ZA 3PSYA 5OZYA 3U6AA 3A2OA 1MIQA 5P3BA 2PYNA 4RGHA 3CMSA 4Y41A 3O9LB 4Y4DA 5P69A 5OZ2A 4Y3ZA 5OZXA 1FMUA 3DV5A 3O9HA 3R2FA 2IS0A 5P41A 5P07A 5P33A 2FDEA 5P4QA 1LV1A 3OU4A 3UQXA 5FIVA 4DQHA 1T6GA 2OHRA 2AVVA 4IVTA 3TH9A 2ZHVA 2WKZA 1PPKE 2HPEA 3KFSA 2QMPA 5OZQA 4A6BA 1GVUA 5P7KA 4WY1A 1DPJA 5P0SA 1EAGA 2PWRA 5P7AA 2AODA 3OOTA 2I4UA 5P6VA 4XXSA 4Y3AA 1MVPA 4Y5AA 3EXOA 3D91A 4Y5NA 4Y3EA 3L5EA 5P0DA 5I70A 4Y4GA 4KE0A 3FKTA 5P5NA 2IDWA 3KT5A 3NDUA 2HS1A 5P4JA 5P2RA 3URIA 2ZJJA 5OYVA 1BWAA 3WB4A 3QVCA 5KAOA 1SGUA 5P7UA 3T7XA 3ZKQA 3L59A 4GJBA 3QRMA 1SIVA 4J1KA 4GYEA 3SPKA 3MXEA 1PFZA 2SAMA 2UPJA 5BRYA 3C9XA 3TPLA 3I6OA 5P6DA 2IGXA 4YE3A 4LXKA 1HIIA 3EKWA 5P3WA 3UDQA 1D4JA 5P67A 4NPTA 3HAUA 2RKGA 5IVSA 2BQVA 2FDPA 3SFCA 2ZJIA 3UDNA 1FQ4A 5P77A 5DGWA 2F3FA 5P0TA 3UHLA 3SA3A 4FM6A 5HDXA 3VG1A 4DJVA 1OHRA 5P6WA 1D4IA 4GJ6A 3PI5A 4CPXA 4DJXA 2O4KA 3IN3A 4U7QA 4Y9WA 5OZCA 3S54A 5OZHA 2QMDA 3NU9A 4Y5BA 1FQ6A 2ER7E 4FSLA 4I0GA 3SABA 4MC1A 2QI1A 3I25A 3QI1A 4YA8A 5P0JA 4COEA 2ER0E 3EM4A 5P6NA 4Y5KA 3WZ6A 4I12A 5P6YA 2IEOA 1TQFA 2G1YA 3LIYA 4RLDA 4B77A 5OZBA 5P7GA 5ISJA 2NXDA 3IXKA 2AVQA 3PEPA 3DM6A 4DUSA 1BBSA 1ODYA 2VJ6A 1HTRB 3NU4A 5P53A 4DQGA 4EP2A 3GI4A 5HDZA 5P39A 4J1FA 1B6MA 4Y4JA 1APVE 1YTIA 5P31A 3IXJA 4FE6A 1HPSA 5PEPA 4EJLA 2QHCA 1TCXA 4GB2A 3CKTA 3VF3A 5P35A 3VF7A 3L38A 4Y57A 2NPHA 4X7IA 4E43A 3O9CA 5P57A 5P59A 2G20A 1AAQA 4DFGA 3CICA 5AH9A 5KQYA 2ZHUA 1EBYA 1LF3A 5P20A 3OY4A 2OHNA 3PMYA 1EPNE 5P5HA 2FGVA 6APRE 4F75A 4UPJA 3PM4A 2I1AA 3Q3TA 1E81E 4FAEA 5TOLA 3APRE 2QI4A 2VIJA 4CPWA 4YD6A 4EXHA 5P24A 1FFFC 1Q9PA 5P5BA 5P10A 2XFIA 2BPWA 1AXAA 1BAIA 2JYSA 2AIDA 2V13A 1ME6A 5P05A 4QLHA 4JPCA 1M0BA 3TPJA 1EPRE 2HPFA 1LYWB 3PCZA 3TPRA 5P8SA 3TKWA 3EMYA 3NYGA 3VV6A 5P7WA 5AHCA 3CKRA 5P1PA 3EM3A 3TTPA 4Z22A 2ZJNA 7UPJA 3EL1A 2HC0A 4GJAA 6FIVA 3R1GB 3OAGB 5P4WA 2O4PA 1LEEA 1PPME 3EKQA 5AH8A 5P17A 5P3AA 5OZAA 3EKPA 2HIZA 3OHHA 5P3GA 2WF4A 1ZP8A 3S2OA 4HEGA 5P6GA 4R92A 2WHHA 5P51A 5P8HA 5P09A 1EEDP 5P32A 5DQCA 3L5FA 1U8GA 2ZJHA 4DPFA 4GJCA 3NU3A 5P28A 2V00A 4OD9A 5P81A 3RSVA 1AM5A 5P1VA 1ZLFA 5P2WA 2ANLA 3DUYA 5OZUA 4PZWA 3FSMA 5P1YA 5P8IA 3BUGA 3PBZA 5P6BA 3IVHA 6UPJA 5SY2A 3ZPUA 1G0VA 2ASIA 5AH7A 3S43B 3N3IA 4NJTA 2QNPA 2QI7A 3G70A 1K1UA 4I0EA 3BC4A 5OZRA 5P2XA 4N00A 3OU3A 1ZSFA 4CKUA 2AZ8A 1GVWA 4DVFA 1VIJA 7HVPA 1CZIE 2QI5A 5P8DA 3ZL7A 5P1KA 4BEKA 3LZYA 4ZSMA 1F34A 1KJHA 3LIQA 4B72A 4QJ2A 3KT2A 2IQGA 2UXZA 3CKPA 3SKGA 3AUPA 3LHGA 1D4KA 5P8OA 4F76A 4B1DA 5P4KA 5OZTA 3UDMA 3ZMGA 3K4VA 3RSXA 3K1WA 5P7FA 4NJUA 2ER6E 3B80A 5P0GA 4YDGA 1UH8A 1W5YA 2OHSA 1MT7A 3FX5A 4B00A 1KJ7A 2ZHSA 5DR1A 5P0QA 4YD5A 3SKFA 5P72A 3VV8A 1B5FB 1KJGA 2WEAA 5SXNA 5P4VA 3GGVA 4J5JA 3EBZA 2NXMA 5P87A 2VIYA 3OQFA 3LNKA 1K1TA 4Y48A 4RROA 2I4DA 5EZZA 1LYAB 5SZ9A 3AIDA 2WL0A 4K4QA 5P5YA 2OHPA 1GNNA 2QZXA 1VIKA 5P0OA 3NDTA 5P4IA 5E5JA 1TSQA 5DR3A 1IVPA 4KE1A 1EC0A 4PHVA 3K5GA 3UQWA 4DJUA 5P3MA 2QI3A 3O9EA 4Y39A 5P1EA 5P2KA 2I4WA 2VS2A 5P0ZA 5P7BA 2NMZA 1B6LA 5JG1A 4J0YA 5P1DA 3SLZA 1KJFA 3MWSA 1YTHA 5P8QA 1NH0A 4I0IA 1ZPKA 1EC3A 1AIDA 4AMTA 5P40A 2B42A 4F74A 5P88A 1XN2A 2R3TA 5P11A 1XS7D 1QRPE 4GZFA 2F3KA 3NXEA 2P83A 3UDHA 5I3XA 1EC2A 3I2LA 2R38A 5P1AA 1LYBA 4A6CA 2AOGA 4GJ8A 4CPUA 3UDYA 3LPKA 4PPHA 5P5EA 3KFPA 5P3LA 4RZ1A 1YTGA 5P1GA 5P8UA 5P3KA 5I3VA 5P2MA 3OXCA 5OZ0A 4J0VA 5HU1A 2FLEA 2P3CA 1FIVA 2ZJKA 5DQ1A 2BB9A 5IVRA 2WECA 5KR0A 4R91A 5P1JA 2PMAA 5P1OA 3WSJA 4QJ9A 5OZPA 5P4FA 3MSJA 5P4PA 4ZPFA 5AHAA 1IZDA 3SM1A 2I4QA 2G1OA 5COPA 1N49A 1DIFA 5P8LA 5P4GA 5P19A 3SA8A 4Z4XA 1RQ9A 3R0YA 2A4FA 3IAWA 1APTE 5P1WA 1XE5A 5P7NA 1TW7A 3OUBA 3OGQA 1HXBA 3NLSA 3IXOA 1CPIA 3D1YA 2IL2A 3VV7A 4DQEA 5SY3A 1BXQA 4CMSA 4YD7A 2FGUA 1QBSA 4QJAA 5P8GA 3TOGA 5P0HA 4FAFA 1AZ5A 1HTFA 5P44A 4DH6A 1RPIA 4GJ7A 1IDBA 5KOSA 1SH9A 4J1IA 3H0BA 2AOFA 1LYWA 2QD6A 3OU1B 2CENA 3S7LA 3G72A 3JVYA 4GMIA 5P14A 5DPZA 5P79A 1HIHA 3NUJA 2AOIA 4Y5GA 4L7GA 5P38A 3ZLQA 2IKUA 3RTMA 5P5QA 3VCMA 1ZBGA 4B0QA 4Y35A 2G22A 2QCIA 3FIVA 5P3ZA 3OAGA 3NUOA 4GJ9A 5P85A 3EKVA 4JPEA 5P0UA 5P6FA 2HB2A 4FLGA 5P4NA 4S1GA 5P86A 5P1NA 3S45A 1ZTZA 2OAHA 3FV3A 1MSMA 4Y4WA 1MESA 3ECGA 2QZWA 5P5DA 5P34A 3SA5A 3ZKXA 4EWOA 3GW5A 3EKYA 2P8HA 1OEXA 5IVQA 5C9BA 1IDAA 2HAHA 4Y3YA 2AVOA 2RSPA 3DCKA 4Z2ZA 4OBZA 5P8KA 1D4SA 4EJDA 4D89A 2UY0A 3KYRA 4I8WA 1EC1A 4DJOA 4FGXA 1FEJC 2XYEA 4I10A 1B6KA 1HBVA 4TRZA 5OZGA 3UQUA 3OADB 5T4SA 3LZVA 2VJ9A 5P7SA 4DPIA 5B18A 3NDWA 5P89A 5P8AA 3KDBA 5P29A 1W6IA 4DJQA 2OHKA 4YHQA 3G6ZA 3PSUA 5P3HA 4PYVA 3UPJA 2QZLA 1QDMA 2QAKA 5P5CA 2JE4A 4L7JA 4GJDA 1HPOA 5P6OA 5P56A 2Q5KA 3VLAA 4YOBA 3L58A 5P5RA 2VA5A 5OZJA 5P4YA 5P3NA 3T7QA 2PK5A 5IVTA 5P80A 3S8IA 4EPJA 2VNMA 1MEUA 2WF1A 4MC2A 5P1CA 5P3YA 5P3XA 1ZSRA 3HVGA 4YOAA 3PWWA 4YCYA 5HTZA 5P4LA 3O9FA 3TLHA 9HVPA 2RMPA 1YTJA 5HVPA 3VF5A 1EPQE 2PSGA 1HPVA 3B7VA 3BGCA 2XFJA 5P3TA 1C6XA 5P7EA 5P0EA 5P2DA 5P65A 4AA8A 5P6KA 3QP0A 3KFRA 2BPYA 4DQCA 4R8YA 4D85A 2P3AA 2VJ7A 1GVTA 2QK5A 5P64A 2Q3KA 5C9DA 4OC6B 1SIPA 5P04A 4RVIA 1TZSA 3OUDB 4YD3A 4YCKA 5P7CA 3ZKIA 1IZHA 3QRVA 1Z1HA 1XL2A 2VNNA 2R3WA 1EPME 1D4LA 2AZBA 3SO9A 1UH9A 3SQFA 5P5KA 1FQ8A 1MRWA 4FRJA 2V10C 3NWXA 4QJ7A 1IZIA 5P7PA 2NNPA 1NSOA 3ER5E 1G35A 5P0BA 5P4SA 3U71A 1A8KA 3S53A 5P0YA 4OBHA 1WBMA 5P7MA 5P83A 4DQBA 2JJIA 4X2LA 1CMSA 5P4TA 4L1AA 5OZ5A 2FXDA 1HVCA 2ZJMA 2P3BA 2BKTA 5P8TA 1MPPA 4Y3WA 5COOA 5P4BA 2F3EA 5P54A 5P8VA 4ACUA 4ER2E 3BVAA 5EZXA 1RNEA 5P00A 2QZKA 5P13A 3UDJA 2B60A 2G21A 2PH8A 5OZ3A 3DJKA 4Y5CA 5P3SA 5BS4A 5P6LA 2AZCA 5P4DA 3O9AA 1HVKA 4Q1WA 4B05A 1G6LA 5C9FA 1EBWA 5P6MA 5KQZA 5P15A 5P70A 2NR6A 1YX9A 3UDRA 1K2CA 2I4VA 1B11A 5IS4A 1NPVA 2BPZA 4A4QA 1T3RA 3BRAA 3PWRA 1W6HA 4Y5PA 4LP9A 4ACXA 5P2ZA 3U7SA 2QD7A 4ZE6A 3RVIA 3NR6A 5P2HA 4DJYA 3INEA 1HRNA 1K2BA 3L5CA 4I8ZA 1QS8A 5P08A 1FKNA 3DOXA 1MSNA 2G1RA 3HD8A 3L3AA 3CYWA 1FQXA 5OZ1A 5P62A 1BIMA 1SP5A 1Z1RA 3ZKNA 2FS4A 3BVBA 5P4AA 1ZPAA 1XN3A 3Q6YA 5P2GA 1BV9A 2J9JB 2A1EA 3OXVA 1BXOA 3JVWA 4Y45A 4JP9A 3ZKSA 4PZXA 4I0JA 4HDPA 5P1RA 1C70A 2QU3A 5P7VA 1FMBA 3I7EA 1K6PA 1ER8E 5OYRA 5P45A 5P52A 3OXXA 1FGCC 3D3TA 4PEPA 2ZHTA 3ST5A 5P47A 5P5XA 1GVXA 1HVRA 2Q55A 5IE1A 1HSIA 3KDDA 1YM4A 1RV7A 3KF0A 5HE4A 4ER4E 1YT9A 2QNQA 3F9QA 5P2FA 4HA5A 2AOCA 2ZYEA 3NXNA 5P3QA 3PWMA 4DJRA 1MRXA 3O9LA 1FMXA 2QMGA 3T7PA 4Y3RA 2Z4OA 3EKTA 2OHQA 1HSGA 1HVLA 5KQFA 1GKTA 5P49A 3NU6A 3QRSA 5P43A 5P4OA 3OUCA 5P3FA 4HDBA 3IVIA 4Y5MA 4H3JA 3BUHA 3ZPTA 4LAPA 3CIDA 5P4RA 5P5SA 1K6VA 5P6CA 4LBTA 4EQ0A 3RTHA 3N4LA 4EJKA 3OK9A 5P0PA 4FL8A 3O9DA 3BXSA 5P1TA 5P7OA 5P2OA 4CP7A 1PPLE 4DQFA 4J1EA 4EP3A 1B6JA 3PRSA 4RYGA 1OD1A 3EL9A 3OUAA 3TKGA 4I1CA 5P5FA 4YCTA 1ZAPA 1W5XA 2I0AA 3VYFA 1W50A 5CONA 4Y58A 2VIZA 1NPAA 3HBOA 2VIEA 4H1EA 5P2TA 5P42A 5DR4A 4YBIA 3EL5A 4APEA 1LF4A 5UPJA 4D8CA 5P46A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LPJ A;  3NDX A;  4U8W A;  3GGA A;  5P8F A;  4OBK A;  2FDD A;  1QBR A;  3PI0 A;  2BPX A;  5P5T A;  1HXW A;  1ODX A;  4DI2 A;  3T3C A;  4XKX A;  2R43 A;  1HVS A;  4ZIP A;  5P84 A;  3QS1 A;  1K6T A;  5P12 A;  4ZSR A;  4K4R A;  3I8W A;  2AQU A;  1BDQ A;  4K4P A;  2Q54 A;  3UFN A;  5P3E A;  4JOO A;  1PSN A;  5P1B A;  5P6A A;  2OHL A;  3PBD A;  2V12 C;  3OTY A;  1HHP A;  1GNM A;  1D4H A;  4ER1 E;  4Y4E A;  1BVG A;  1DP5 A;  1J71 A;  2VKM A;  2OHT A;  4ZSQ A;  2G27 A;  4GID A;  4HVP A;  5OYX A;  3KM4 A;  4Y3X A;  4Y4B A;  3BHE A;  4XX3 A;  1AJX A;  4U7V A;  3DCR A;  3NU5 A;  1QBU A;  1EBZ A;  3URL A;  5JOD A;  4Y3N A;  4CPR A;  2AZ9 A;  4RRN A;  3ER3 E;  4J1H A;  5P3J A;  3UFL A;  4Y5E A;  1HIV A;  5P2V A;  2I0D A;  5HDV A;  1T7K A;  4Y3M A;  4FIV A;  4H3G A;  3LIV A;  4I0F A;  4J0Z A;  3PSY A;  5OZY A;  3U6A A;  3A2O A;  1MIQ A;  5P3B A;  2PYN A;  4RGH A;  3CMS A;  4Y41 A;  3O9L B;  4Y4D A;  5P69 A;  5OZ2 A;  4Y3Z A;  5OZX A;  1FMU A;  3DV5 A;  3O9H A;  3R2F A;  2IS0 A;  5P41 A;  5P07 A;  5P33 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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